单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-04-05	Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3 2025-Apr-04, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf035 PMID:40184040	research paper	研究揭示了Batf3转录因子在肺驻留记忆CD4+ T细胞发育中的作用及其对过敏性炎症的影响	首次发现Batf3缺陷小鼠缺乏表达Cxcr6的肺驻留CD4+ T细胞亚群，并证明其对长期哮喘模型的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究肺驻留记忆T细胞积累的细胞和分子机制	Batf3缺陷小鼠和野生型小鼠的肺驻留记忆CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
762	2025-04-05	BASELINE: A CRISPR Base Editing Platform for Mammalian-Scale Single-Cell Lineage Tracing 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644238 PMID:40166145	研究论文	介绍了一种名为BASELINE的CRISPR碱基编辑平台，用于哺乳动物规模的单细胞谱系追踪	使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成靶位点生成高分辨率谱系树，信息记录量比现有技术提高50倍	未明确提及具体限制	开发一种高分辨率、大规模的细胞谱系追踪技术	哺乳动物细胞，特别是胰腺癌模型中的细胞	基因编辑	胰腺癌	CRISPR碱基编辑，单细胞测序	Cas12a腺嘌呤碱基编辑器	基因组数据	未明确提及具体样本数量
763	2025-04-05	NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial 2025-Apr-03, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO-24-01818 PMID:40179324	research paper	该研究通过基因组分析和转录组测序，探讨了NOTCH1突变作为预测食管鳞状细胞癌患者对tislelizumab治疗反应的生物标志物的潜力	首次将NOTCH1突变与tislelizumab治疗食管鳞状细胞癌的生存益处联系起来，并揭示了其潜在的分子机制	研究样本来自特定的临床试验(RATIONALE-302)，可能限制了结果的普遍性	寻找预测食管鳞状细胞癌患者对PD-1靶向治疗反应的可靠生物标志物	晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	RATIONALE-302研究中的样本
764	2025-04-05	Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification 2025-Apr-03, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00700-y PMID:40180773	研究论文	提出了一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞分类	通过联合使用未标记细胞数据上的多个K-means聚类任务进行模型训练，缓解了标记数据有限的问题，并引入了局部增强图神经网络以捕捉细胞间潜在相互作用	未明确提及具体局限性	开发计算生物学方法以提高单细胞RNA测序数据中的细胞分类准确性和泛化能力	单细胞RNA测序数据中的细胞	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
765	2025-04-05	MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis 2025-Apr-03, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01976-0 PMID:40181105	research paper	该研究揭示了拟南芥脱落区表皮细胞通过转分化途径重新指定的发育程序	发现了转录因子MYB74在指导非表皮残留细胞转分化为表皮细胞中的核心作用，并揭示了这一过程的三阶段特征及其对植物生长和保护的独特优势	研究仅针对拟南芥模型，尚未验证其他植物物种中是否存在类似机制	探究植物脱落区表皮细胞重新指定的分子机制及其生物学意义	拟南芥脱落区的非表皮残留细胞(RECs)	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量，研究对象为拟南芥脱落区细胞
766	2025-04-05	Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction 2025-Apr-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02612-0 PMID:40181168	research paper	提出了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散和降维重建空间条形码位置	开发了一种无需成像设备的高保真、可扩展的空间转录组学方法，适用于厘米级组织	未提及方法在复杂组织或特定疾病模型中的验证情况	提高空间转录组学的可及性和通量，支持大规模研究	组织样本中的基因表达空间定位	空间转录组学	NA	分子扩散、降维	NA	基因表达数据	厘米级组织（具体样本数量未提及）
767	2025-04-05	Machine Learning-based Gene Biomarker Identification for Improving Prognosis and Therapy in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359092250304031435 PMID:40183270	research paper	本研究通过整合基因表达、机器学习、肿瘤微环境分析和药物敏感性分析，开发了一个用于预测肝细胞癌（HCC）预后和个性化治疗的HPRI指标	结合多种机器学习算法和单细胞测序分析，识别出7个关键基因并开发了HPRI指标，用于预测HCC预后和治疗反应	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据的异质性影响	识别肝细胞癌的分子生物标志物以改善预后和治疗	肝细胞癌（HCC）患者	machine learning	hepatocellular carcinoma	Cox回归分析、差异表达分析、单细胞测序分析	多种统计模型	基因表达数据、临床病理信息	多个队列的数据来自ICGC、GEO和TCGA数据库
768	2025-04-05	Recurrent Composite Markers of Cell Types and States 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.17.549344 PMID:37503180	研究论文	介绍了一种名为RECOMBINE的算法，用于识别定义层次细胞身份的重复复合标记集	RECOMBINE算法在识别区分性标记方面比现有方法（包括差异基因表达分析）具有更高的准确性	NA	解码生物复杂性，识别定义和区分层次细胞身份的可解释复合标记集	细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞数据分析和空间转录组学	RECOMBINE算法	单细胞数据和空间转录组数据	小鼠视觉皮层数据、Tabula Sapiens项目的人类组织数据
769	2025-04-05	Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution 2025-Apr-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605 PMID:39774838	research paper	整合空间转录组和单细胞RNA测序数据，揭示胃癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	发现两种独立的演化轨迹，与特定分子亚型、临床预后、基质微环境和遗传驱动因素相关，并识别肿瘤-基质界面为肿瘤生态学的独特状态	NA	研究胃癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	胃癌	digital pathology	gastric cancer	spatial transcriptomic (GeoMx Digital Spatial Profiler), single-cell RNA sequencing	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	multiple gastric cancers
770	2025-04-05	Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq 2025-Apr-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00883-z PMID:40169777	research paper	利用机器学习和单细胞RNA测序技术揭示免疫检查点反应的基因和细胞特征	结合单细胞RNA测序数据和机器学习方法预测患者反应，同时保持可解释性和单细胞分辨率，并开发了强化学习模型以识别最具预测性的单细胞	研究主要基于黑色素瘤浸润的免疫细胞数据，可能在其他癌症类型中的普适性有待验证	提高免疫检查点抑制剂治疗反应的预测准确性，深化对癌症免疫的理解	黑色素瘤浸润的免疫细胞	machine learning	melanoma	single-cell RNA-seq	XGBoost, reinforcement learning	RNA-seq data	NA
771	2025-04-05	Functional maturation of preterm intestinal epithelium through CFTR activation 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07944-w PMID:40169914	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集分析和人源早产儿回肠组织模型，探讨了人源Wharton胶间充质干细胞来源的细胞外囊泡（EVs）促进肠道成熟的潜力	发现EV39处理能显著上调与肠上皮功能相关的成熟特异性基因表达，并通过CFTR依赖机制增强细胞增殖、上皮屏障完整性和脂肪酸摄取	研究结果仅在人源早产模型中观察到，未在小鼠肠道类器官中重现	探索促进早产儿肠道上皮功能成熟的方法	早产儿回肠组织模型及人源Wharton胶间充质干细胞来源的细胞外囊泡	生物医学	早产儿相关疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	人源早产肠道模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量，涉及人源早产儿回肠组织模型
772	2025-04-05	Life-long microbiome rejuvenation improves intestinal barrier function and inflammaging in mice 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02089-8 PMID:40176137	研究论文	该研究探讨了终身微生物组 rejuvenation 对小鼠肠道屏障功能和炎症衰老的影响	首次在小鼠模型中验证了终身微生物组 rejuvenation 对延缓衰老的潜在作用，并揭示了其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索微生物组干预对延缓衰老过程的影响	小鼠	微生物组学	衰老相关疾病	粪便微生物移植(FMT), 16S rRNA基因分析, 宏基因组学, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据, 微生物组数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
773	2025-04-05	Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02078-x PMID:40176190	research paper	研究Faecalibacterium prausnitzii及其外膜囊泡在缓解猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染中的作用	首次发现Faecalibacterium prausnitzii的外膜囊泡（OMVs）通过改变肠道菌群代谢和增加磷脂酰胆碱（PC）水平来缓解PEDV感染	研究仅基于猪模型和细胞实验，尚未进行人体或更广泛的动物验证	探索Faecalibacterium prausnitzii及其OMVs在缓解PEDV感染中的潜在应用	猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染的猪模型及IPEC-J2和Vero细胞	微生物学与病毒学	猪流行性腹泻	蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、单细胞测序	NA	微生物组数据、代谢组数据、单细胞测序数据	猪模型及IPEC-J2和Vero细胞
774	2025-04-05	A spatiotemporal cell atlas of cardiopulmonary progenitor cell allocation during development 2025-Apr-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115513 PMID:40178979	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和计算分析，构建了心肺祖细胞（CPPs）在发育过程中的时空细胞图谱	揭示了CPPs衍生的细胞谱系，包括所有肺中胚层谱系、心室心肌细胞、心外膜和心包细胞，这些之前未被充分认识	CPPs的指定机制仍不明确	探索心肺祖细胞在发育过程中的分配机制	心肺祖细胞（CPPs）及其衍生的细胞谱系	发育生物学	心肺发育疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算分析	基因表达数据	E8.5时期的Wnt2 CPPs及其发育过程中的后代细胞
775	2025-04-05	Single-cell RNA-seq analysis identifies the atlas of lymph fluid and reveals a sepsis-related T cell subset 2025-Apr-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115469 PMID:40178976	research paper	通过单细胞RNA测序分析淋巴液中的免疫细胞，发现了一种与脓毒症相关的CD4 T细胞亚群	首次在淋巴液中鉴定出CD4_Icos T细胞亚群，并揭示其在脓毒症早期炎症抑制中的作用	研究主要基于大鼠模型，临床样本验证有限	探究淋巴液中免疫细胞的组成及其在脓毒症中的作用	大鼠淋巴液中的免疫细胞，特别是CD4 T细胞亚群	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	大鼠淋巴液样本及临床脓毒症患者数据
776	2025-04-05	Ciliary marginal zone of the developing human retina maintains retinal progenitor cells until late gestational stages 2025-Apr-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115460 PMID:40178972	research paper	该研究揭示了人类视网膜发育晚期睫状边缘区（CMZ）仍保持视网膜祖细胞（RPCs）的增殖能力	首次发现人类发育晚期的CMZ区域细胞仍具有增殖能力，并能产生早期和晚期神经元	研究仅关注发育晚期阶段，未涉及成年后CMZ功能丧失的机制	探究人类视网膜发育过程中CMZ区域神经发生的持续时间	人类发育晚期的视网膜组织	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、5-乙炔基-2'-脱氧尿苷（EdU）示踪	NA	基因表达数据、细胞增殖数据	未明确说明数量的人类发育晚期视网膜样本
777	2025-04-05	Single-cell atlas profiling revealed cellular characteristics and dynamic changes after PD-1 blockade therapy of brain metastases from laryngeal squamous cell carcinoma 2025-Apr, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-05064-3 PMID:39085744	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了喉鳞状细胞癌脑转移患者在PD-1阻断治疗前后的细胞特征和动态变化	揭示了PD-1阻断治疗对癌细胞转移促进通路和免疫细胞功能的调控作用，并发现了与脑转移相关的基因NUPR1和NEAT1	样本量有限，且仅针对喉鳞状细胞癌脑转移患者	研究PD-1免疫治疗对喉鳞状细胞癌脑转移的影响	喉鳞状细胞癌脑转移患者的肿瘤样本	digital pathology	laryngeal squamous cell carcinoma	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	配对的转移性肿瘤样本（治疗前后）和原发性喉鳞状细胞癌数据集
778	2025-04-05	Unveiling the dynamics of B lymphocytes in systemic lupus erythematosus patients treated with belimumab through longitudinal single-cell RNA sequencing 2025-Apr-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae364 PMID:39037931	research paper	通过纵向单细胞RNA测序揭示系统性红斑狼疮患者接受belimumab治疗后B淋巴细胞的动态变化	利用单细胞RNA测序技术首次详细描述了SLE患者在接受抗BAFF治疗期间B细胞亚群的动态变化及其激活通路的下调	样本量较小（仅4名韩国SLE患者），且未涉及其他种族或更大规模人群的验证	探究系统性红斑狼疮患者接受抗BAFF治疗期间B细胞的动态变化及其免疫学机制	系统性红斑狼疮患者的B淋巴细胞	digital pathology	systemic lupus erythematosus	single-cell RNA sequencing, flow cytometry	NA	RNA-seq, protein expression data	4名韩国SLE患者的PBMCs（超过73,000个细胞），以及22名日本SLE患者的批量转录组数据
779	2025-04-05	Characterization of NK Cells Using Single-Cell RNA Sequencing in Patients With Acute-On-Chronic Liver Failure 2025-Apr, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16870 PMID:39800654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了急性慢性肝衰竭(ACLF)患者外周血中自然杀伤(NK)细胞亚群的特征及其在炎症反应中的作用	首次利用单细胞RNA测序技术系统解析ACLF患者NK细胞亚群异质性，发现炎症性NK细胞亚群与疾病进展相关，并鉴定CEMIP2作为潜在分子标志物	样本量相对有限(14,751个细胞)，且未深入探讨CEMIP2的具体作用机制	阐明ACLF患者NK细胞亚群特征及其在疾病进展中的作用	ACLF患者和健康对照者的外周血NK细胞	单细胞组学	肝衰竭	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	14,751个NK细胞(来自ACLF患者和健康对照)
780	2025-04-05	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	research paper	该研究揭示了RUNX2通过肺泡到病理性成纤维细胞的转变促进肺纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是CTHRC1POSTN病理性成纤维细胞的主要来源，并证实RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索肺纤维化中病理性成纤维细胞生成的关键调控机制	小鼠肺纤维化模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	小鼠遗传模型	单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据	两种小鼠肺纤维化模型