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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7541 | 2025-10-06 |
Identification of PRKCQ-AS1 as a Keratinocyte-Derived Exosomal lncRNA That Promotes Th17 Differentiation and IL-17 secretion in Psoriasis Through Bioinformatics, Machine Learning Algorithms, and Cell Experiments
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S521553
PMID:40433053
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研究论文 | 本研究通过生物信息学、机器学习算法和细胞实验,鉴定出角质形成细胞来源的外泌体lncRNA PRKCQ-AS1可通过激活STAT3信号通路促进Th17细胞分化和IL-17分泌,从而参与银屑病发病机制 | 首次鉴定PRKCQ-AS1作为角质形成细胞来源的外泌体lncRNA在银屑病中的作用机制,并通过多种机器学习算法和实验验证其功能 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,需要进一步的体内实验验证 | 探索调控银屑病Th17/IL-17轴的关键外泌体ncRNA及其作用机制 | 银屑病相关的ncRNA、Th17细胞、角质形成细胞、CD4+T细胞 | 生物信息学 | 银屑病 | RNA测序、单细胞RNA测序、全基因组关联研究、机器学习算法、免疫荧光、qRT-PCR、Western blot | 加权基因共表达网络分析、五种机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞数据、GWAS数据 | 来自GEO数据库的批量RNA测序数据集、大规模单细胞RNA测序数据 | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7542 | 2025-10-06 |
Reversing VTN deficiency inhibits the progression of pancreatic cancer and enhances sensitivity to anti-PD1 immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1578870
PMID:40433359
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研究论文 | 本研究揭示细胞外基质蛋白玻连蛋白(VTN)在胰腺癌中的双重功能:抑制肿瘤进展并增强抗PD1免疫疗法敏感性 | 首次系统阐明VTN在胰腺癌中的双重调控作用,发现其既能抑制肿瘤恶性表型又能调节免疫治疗反应 | 研究主要基于临床前模型,需要进一步临床验证 | 探索VTN作为胰腺癌预后生物标志物和免疫治疗增敏靶点的潜力 | 胰腺癌细胞系、小鼠皮下肿瘤模型、公共数据库临床样本 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、功能实验、机制研究 | 同基因小鼠皮下肿瘤模型 | 基因表达数据、细胞功能数据、动物实验数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7543 | 2025-10-06 |
Glypican-3 regulated epithelial mesenchymal transformation-related genes in osteosarcoma: based on comprehensive tumor microenvironment profiling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1566061
PMID:40433364
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研究论文 | 本研究通过综合分析骨肉瘤肿瘤微环境,揭示了Glypican-3调控上皮间质转化相关基因的作用机制 | 首次基于EMT相关基因构建骨肉瘤预后模型,并结合单细胞RNA测序技术验证模型基因在细胞亚群中的表达特征 | 研究样本量有限,功能验证仅在MG-63细胞系中进行,需要更多临床样本验证 | 探索EMT在骨肉瘤发生发展和免疫治疗反应中的作用机制 | 骨肉瘤患者样本和MG-63细胞系 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,LASSO算法,基因敲除 | 预后预测模型 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 多个骨肉瘤转录组数据集和验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7544 | 2025-10-06 |
Investigating the molecular mechanisms associated with ulcerative colitis through the application of single-cell combined spatial transcriptome sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1534768
PMID:40433374
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研究论文 | 通过单细胞联合空间转录组测序研究溃疡性结肠炎的分子机制 | 首次结合单细胞测序与空间转录组技术系统分析UC相关单核细胞亚型,并鉴定出GNG5和TIMP1两个关键调控基因 | 研究样本量有限,动物模型与人类疾病存在差异,需要进一步的功能验证实验 | 阐明溃疡性结肠炎的发病分子机制 | 溃疡性结肠炎患者样本和DSS诱导的结肠炎小鼠模型 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫组织化学, 免疫荧光, Western blotting | LASSO, SVM | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7545 | 2025-10-06 |
CD4+T and CD8+T cells profile in lung inflammation and fibrosis: targets and potential therapeutic drugs
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1562892
PMID:40433386
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综述 | 本文总结了CD4+T细胞和CD8+T细胞在肺纤维化中的作用及其潜在治疗靶点 | 通过调节T淋巴细胞不同亚群比例及相关信号通路为延缓肺纤维化进程提供新的治疗视角 | 主要基于现有研究总结,缺乏原始实验数据验证 | 探讨T淋巴细胞亚群在肺纤维化中的作用机制和潜在治疗策略 | 肺纤维化患者和矽肺病小鼠模型中的T淋巴细胞 | 免疫学 | 肺纤维化 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7546 | 2025-10-06 |
CDT1 is a Potential Therapeutic Target for the Progression of NAFLD to HCC and the Exacerbation of Cancer
2025, Current genomics
IF:1.8Q3
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别了NAFLD向HCC进展过程中的关键基因CDT1,并验证其作为潜在治疗靶点 | 首次通过机器学习模型结合单细胞测序分析确定CDT1是NAFLD向HCC进展中最关键的基因 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 识别NAFLD向HCC进展的潜在治疗靶点 | 非酒精性脂肪肝病(NAFLD)和肝细胞癌(HCC)患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 二代测序, 单细胞测序, 机器学习 | Cox比例风险模型, Lasso回归模型 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的大样本数据 | NA | 单细胞RNA测序, 伪时序分析 | NA | NA |
| 7547 | 2025-10-06 |
A Latent Activated Olfactory Stem Cell State Revealed by Single-Cell Transcriptomic and Epigenomic Profiling
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564041
PMID:37961539
|
研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析揭示嗅觉上皮干细胞在损伤诱导再生过程中的潜在激活状态 | 首次结合单细胞基因表达和染色质可及性分析,发现处于静息状态但表观遗传预激活的嗅觉干细胞亚群 | 研究聚焦于嗅觉上皮特定再生过程,结论在其他神经再生系统中的普适性需进一步验证 | 解析损伤诱导再生过程中嗅觉上皮干细胞命运决定的分子机制 | 谱系追踪的单个嗅觉上皮干细胞 | 单细胞组学 | 神经再生 | 单细胞测序,染色质可及性分析 | NA | 单细胞转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 7548 | 2025-10-06 |
The covariance environment defines cellular niches for spatial inference
2025-Feb, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02193-4
PMID:38565973
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研究论文 | 提出了一种利用基因-基因协变结构表示细胞邻域特征的空间分析方法 | 引入了协变环境(COVET)表示法和基于最优传输的距离度量,开发了环境变分推断(ENVI)模型 | NA | 解决高分辨率空间分析技术中细胞邻域特征表示的关键挑战 | 细胞邻域或生态位 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序,单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器 | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 数百万细胞 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7549 | 2025-10-06 |
Efficient and accurate detection of viral sequences at single-cell resolution reveals putative novel viruses perturbing host gene expression
2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.11.571168
PMID:38168363
|
研究论文 | 开发了一种基于高度保守氨基酸域的高效准确检测病毒序列的方法,可在单细胞分辨率下识别新型病毒及其对宿主基因表达的影响 | 提出不依赖参考基因组的病毒检测方法,能够在单细胞水平同时分析病毒存在和宿主基因表达,首次实现超过10万种RNA病毒的检测覆盖 | 方法主要针对RNA病毒,对其他类型病毒的检测能力可能有限,且目前仅在恒河猴PBMC数据中得到验证 | 开发高效准确的病毒检测方法,研究病毒感染对宿主基因表达的影响 | 病毒序列和宿主基因表达 | 生物信息学 | 病毒感染 | 高通量测序,单细胞转录组学 | 基于保守氨基酸域的检测算法 | 转录组测序数据 | 恒河猴外周血单个核细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7550 | 2025-10-06 |
Landscape of spatial disruption of homeostasis in the middle temporal gyrus of epileptic patients
2025-Aug-01, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2025.149688
PMID:40350141
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析癫痫患者颞中回的细胞和空间稳态破坏 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学揭示癫痫患者颞中回的细胞空间重组和稳态破坏机制 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明癫痫相关的细胞和空间稳态破坏机制 | 癫痫患者和对照组的颞中回脑组织 | 空间转录组学 | 癫痫 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 空间转换张量算法 | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7551 | 2025-10-06 |
Immune checkpoint inhibitor-associated pneumonitis: focus on diagnosis and underlying mechanisms
2025-Jul-01, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000001175
PMID:40265506
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综述 | 本文综述免疫检查点抑制剂相关肺炎的诊断、风险因素、治疗策略及其病理生理机制 | 重点关注支气管肺泡灌洗液单细胞RNA测序等新技术在揭示疾病机制中的应用 | NA | 更新对免疫检查点抑制剂相关肺炎的认识,特别关注其病理生理机制 | 免疫检查点抑制剂相关肺炎 | NA | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7552 | 2025-10-06 |
Elevating single-particle encapsulation in droplet microfluidics by utilizing surface acoustic wave and flow control
2025-May-28, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00787e
PMID:40302630
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研究论文 | 提出了一种集成表面声波和鞘流控制的液滴微流控系统,显著提高了单颗粒封装效率 | 结合表面声波和鞘流控制实现颗粒线性排列,突破传统方法的泊松分布限制 | 未明确说明系统在更复杂生物样本中的应用限制 | 提高液滴微流控中单颗粒封装效率 | 聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞 | 微流控技术 | NA | 表面声波(SAW)、鞘流控制、液滴微流控 | NA | 实验数据 | 多种浓度溶液的聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞 | NA | 液滴微流控、单细胞分析 | NA | 集成表面声波和鞘流控制的液滴微流控系统 |
| 7553 | 2025-10-06 |
Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data
2025-May-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-01862-x
PMID:40413226
|
研究论文 | 提出深度学习算法STaCker,通过图像配准统一空间转录组切片的坐标框架 | 开发了首个通过整合组织图像和基因表达构建复合图像表示的空间转录组坐标统一算法,仅使用合成数据进行训练 | 未提及算法在极端组织变形情况下的性能表现 | 解决空间转录组切片间缺乏统一坐标框架的问题,实现数据比较和整合 | 空间转录组数据切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 深度学习 | 图像、基因表达数据 | 多个基准测试数据集和真实空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 7554 | 2025-10-06 |
Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis
2025-May-21, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038
PMID:40409464
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研究论文 | 通过多组学分析揭示急性髓系白血病细胞耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动 | 开发了新型多重单细胞RNA测序策略NAMUL-seq,并首次系统整合scRNA-seq、scATAC-seq、DNA甲基化分析和全外显子组测序来解析AML耐药机制 | 研究主要使用AML细胞系而非原代患者样本,且样本量有限 | 阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制 | AML细胞系(KG-1a、Kasumi-1和HL-60) | 多组学分析 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 染色质可及性分析, DNA甲基化分析, 全外显子组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 基因组数据 | 3种AML细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 7555 | 2025-10-06 |
Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171
PMID:40258553
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析构建深度学习模型,揭示了FGF7+和MGST1+成纤维细胞在心肌梗死后心力衰竭中的关键特征 | 首次发现FGF7MGST1成纤维细胞在心肌梗死后心力衰竭中下调,并通过多组学分析揭示其细胞通讯特征和因果关联 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,需要在人类样本中进一步验证 | 探究成纤维细胞异质性在心肌梗死后心力衰竭中的作用机制 | 心脏组织中的成纤维细胞,特别是FGF7+和MGST1+成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,qRT-PCR,孟德尔随机化分析 | 深度学习模型,机器学习算法 | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量,包含小鼠心脏组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7556 | 2025-10-06 |
Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403
PMID:40268016
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研究论文 | 本研究探讨了铜死亡相关基因在脊髓损伤中的调控机制,并评估了神经营养因子-3/壳聚糖在促进功能恢复方面的治疗潜力 | 首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析脊髓损伤后铜死亡相关基因的调控网络,发现神经营养因子-3/壳聚糖可抑制铜死亡相关基因表达 | 需要在更大样本队列中验证研究结果,并进一步探索NT3-壳聚糖调控铜死亡相关基因的详细机制 | 研究脊髓损伤中铜死亡相关基因的调控机制及潜在治疗方法 | 小鼠脊髓组织 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接分析 | 机器学习 | 基因表达数据 | 小鼠脊髓组织在不同时间点的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7557 | 2025-10-06 |
Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy
2025-03-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14060393
PMID:40136642
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研究论文 | 本研究探讨了半乳糖神经酰胺代谢在痛性糖尿病周围神经病变中卫星胶质细胞功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用 | 首次揭示半乳糖神经酰胺耗竭是痛性糖尿病周围神经病变中卫星胶质细胞功能障碍的核心介质,并识别出易受影响的卫星胶质细胞亚群 | 研究仅使用大鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 研究半乳糖神经酰胺在糖尿病周围神经病变进展过程中对卫星胶质细胞功能和神经元-胶质细胞相互作用的影响 | 痛性糖尿病周围神经病变大鼠模型的背根神经节卫星胶质细胞和神经元 | 神经科学 | 糖尿病周围神经病变 | 单细胞RNA测序、靶向质谱分析、免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据、质谱数据、图像数据 | 痛性糖尿病周围神经病变大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7558 | 2025-10-06 |
Multihormone-producing capabilities of normal pancreatic islet cells-spatial transcriptomics analysis using Xenium
2025, Biomedical research (Tokyo, Japan)
DOI:10.2220/biomedres.46.129
PMID:40436764
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研究论文 | 通过Xenium空间转录组学分析研究成人胰岛细胞的多激素产生能力 | 首次使用Xenium空间转录组技术揭示成人胰岛细胞具有同时产生多种胰腺激素的基因表达潜力 | 样本量较小(仅3例患者),仅基于基因转录水平推测激素产生能力,未验证蛋白质表达 | 阐明成人胰岛细胞是否严格维持单一激素产生能力或保留多激素产生可塑性 | 人胰腺胰岛细胞 | 空间转录组学 | 胰腺肿瘤 | 空间转录组学分析 | NA | 空间基因表达数据 | 3例胰腺肿瘤患者的11个胰岛,共773个胰岛细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间基因表达平台,使用477个探针 |
| 7559 | 2025-10-06 |
GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data
2025-05, IEEE transactions on neural networks and learning systems
IF:10.2Q1
DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753
PMID:38896510
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研究论文 | 提出一种基于图神经网络和结构因果模型的GRACE框架,用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行因果推理 | 将结构因果模型与图神经网络结合,首次在单细胞RNA测序数据中实现基因因果关系的显式建模和推理 | 未明确说明模型的计算复杂度或对大规模数据集的扩展性 | 从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络并揭示基因间的因果关系 | 基因调控网络和基因因果关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 自编码器, 结构因果模型 | 基因表达数据 | 7个基准数据集和人类外周血单核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7560 | 2025-10-06 |
GALNT5 promotes migration and invasion of pancreatic ductal adenocarcinoma cells by activating Erk signaling pathway
2025-03, Biochimica et biophysica acta. General subjects
DOI:10.1016/j.bbagen.2025.130769
PMID:39870120
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研究论文 | 本研究揭示了GALNT5通过激活Erk信号通路促进胰腺导管腺癌细胞的迁移和侵袭 | 首次通过TCGA和GTEx数据鉴定GALNT5为PDAC中最显著上调的糖基化相关基因,并阐明其通过Erk信号通路促进肿瘤进展的机制 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究GALNT5在胰腺导管腺癌进展中的作用机制 | 胰腺导管腺癌细胞系(PANC-1、MIAPaCa-2、AsPC-1) | 癌症生物学 | 胰腺癌 | RNA-seq,单细胞测序 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | TCGA和GTEx数据库的RNA-seq数据,公开可用的单细胞测序数据 | NA | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |