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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7461 | 2025-10-06 |
ECT2+ cell group acts as cancer stem cell in malignant pleomorphic adenoma
2025-Jun-17, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00974-x
PMID:40523903
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了恶性多形性腺瘤中的癌症干细胞群ECT2+细胞 | 首次在恶性多形性腺瘤中鉴定出ECT2+细胞作为癌症干细胞,并证明其与肿瘤侵袭性和预后的关联 | NA | 探索恶性多形性腺瘤中癌症干细胞的特性及其临床意义 | 恶性多形性腺瘤肿瘤组织和细胞系 | 数字病理学 | 唾液腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7462 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics analysis of the healing process of ligament rupture
2025-Jun-17, Bone & joint research
IF:4.7Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了韧带断裂修复过程中的细胞组成和遗传特征 | 首次在韧带组织中明确区分了肌腱细胞和成纤维细胞,并发现了人类前交叉韧带组织中肌腱细胞的10种不同亚型 | 样本量较小(仅6例),时间点有限(仅三个时间点) | 研究韧带断裂修复和愈合过程中的细胞和遗传学特征 | 前交叉韧带组织(来自3名健康个体和3名韧带断裂患者) | 单细胞组学 | 韧带损伤 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞基因表达数据 | 6例样本(3例健康,3例患者),83,195个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7463 | 2025-10-06 |
Single-cell dissection of prognostic architecture and immunotherap response in Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer
2025-Jun-17, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.99337
PMID:40525824
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示幽门螺杆菌感染相关胃癌的细胞异质性及其对免疫治疗反应的影响 | 首次在单细胞水平系统解析HpGC的细胞组成异质性,发现iCAF与Angio-TAM的相互作用机制,并建立可预测免疫治疗疗效的分子标志 | 样本量有限(共24例),缺乏独立验证队列 | 解析幽门螺杆菌感染相关胃癌的细胞分子特征与免疫治疗反应机制 | 胃癌患者(当前感染/既往感染/未感染)和健康对照的胃组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 24例样本(9例HpGC、3例ex-HpGC、6例non-HpGC、6例健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7464 | 2025-10-06 |
A multi-type programmed cell death gene signature predicts survival and reveals therapeutic targets in osteosarcoma
2025-Jun-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02944-y
PMID:40522389
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研究论文 | 本研究通过整合多种程序性细胞死亡相关基因,构建了一个能够预测骨肉瘤患者生存期的预后模型 | 首次整合18种程序性细胞死亡类型相关基因,建立了四基因预后特征模型,并利用单细胞RNA测序技术验证基因在不同细胞类型中的表达 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需要前瞻性研究进一步验证模型的临床适用性 | 开发骨肉瘤预后预测模型并识别潜在治疗靶点 | 骨肉瘤患者 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 转录组分析,单细胞RNA-seq,LASSO回归,功能富集分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据,临床数据 | 来自GEO和TARGET数据库的骨肉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7465 | 2025-10-06 |
Whole genome sequencing and single-cell transcriptomics identify KMT2D inactivation as a potential new driver for pituitary tumors: a case report
2025-Jun-16, BJC reports
DOI:10.1038/s44276-025-00155-0
PMID:40523964
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病例报告 | 通过全基因组测序和单细胞转录组学识别KMT2D失活作为垂体肿瘤潜在新驱动因子的病例研究 | 首次发现组蛋白甲基转移酶KMT2D可能是垂体神经内分泌肿瘤的新驱动基因,并揭示了其与转移性癌症相似的分子特征 | 仅基于单个病例报告,需要更大样本量验证 | 探索垂体神经内分泌肿瘤的分子驱动机制 | 一名50多岁混合性生长激素-催乳素细胞瘤患者 | 数字病理学 | 垂体肿瘤 | 全基因组测序, 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | 1例垂体肿瘤患者样本 | NA | 全基因组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7466 | 2025-10-06 |
Prognostic analysis of bladder cancer with neddylation-related genes
2025-Jun-16, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-025-00463-y
PMID:40524221
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析鉴定膀胱癌中与neddylation相关的关键基因,并构建预后预测模型 | 首次系统分析neddylation相关基因在膀胱癌中的预后价值,识别出六个关键基因并构建具有良好诊断效能的预后模型 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多临床样本验证模型的普适性 | 探索neddylation在膀胱癌进展中的作用及其预后意义 | 膀胱癌患者基因表达数据和临床样本 | 生物信息学 | 膀胱癌 | WGCNA, LASSO回归, Cox回归分析, PPI网络分析, GSEA, 单细胞测序, RT-qPCR | 预后预测模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA数据库中的膀胱癌样本和临床验证样本 | NA | 单细胞测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 7467 | 2025-06-20 |
Spatial transcriptomics of Hirschsprung disease resection margins marks differential gene expression in myenteric plexus
2025-Jun-16, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.06.012
PMID:40532828
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7468 | 2025-10-06 |
Exploring the role of LFNG in hepatoblastoma using multiomics and raise a query in proof link
2025-Jun-09, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149604
PMID:40499700
|
研究论文 | 通过多组学分析探索LFNG在肝母细胞瘤中的作用机制 | 首次结合单细胞转录组数据揭示LFNG作为细胞间通讯靶点促进肝母细胞瘤发展的机制 | 研究样本量有限,仅基于两个公共数据集 | 识别肝母细胞瘤中异常表达的基因并探索影响肿瘤免疫微环境的细胞间通讯靶点 | 肝母细胞瘤组织和HUH6细胞系 | 生物信息学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,差异表达分析,GO/KEGG富集分析,PPI网络构建,细胞迁移和侵袭实验 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 基于GSE133039和GSE180664两个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7469 | 2025-10-06 |
scMetaIntegrator: a meta-analysis approach to paired single-cell differential expression analysis
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.04.657898
PMID:40501846
|
研究论文 | 提出一种用于配对单细胞RNA测序数据的元分析方法,解决传统差异表达分析的局限性 | 开发了首个考虑生物学重复和细胞变异性的配对单细胞RNA测序元分析方法 | 方法验证主要基于真实和合成数据集,需要更广泛的实验验证 | 改进配对单细胞RNA测序数据的差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 元分析模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7470 | 2025-10-06 |
Exosomal PKM2: A Noninvasive Diagnostic Marker Linking Macrophage Metabolic Reprogramming to Gastric Cancer Pathogenesis
2025-Jun, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70056
PMID:40126044
|
研究论文 | 本研究探讨血浆外泌体PKM2作为胃癌诊断标志物的潜力及其通过调控巨噬细胞代谢重编程促进胃癌发展的机制 | 首次发现血浆外泌体PKM2可作为胃癌早期诊断和预后评估的新型无创生物标志物,并阐明其通过抑制SCAP多聚泛素化激活SREBP1脂质合成通路促进肿瘤相关巨噬细胞M2极化的新机制 | 样本量相对有限(216例),需要更大规模的多中心研究验证;机制研究主要基于体外实验,需要更多体内实验证实 | 探究外泌体PKM2在胃癌诊断中的价值及其在肿瘤微环境调控中的作用机制 | 胃癌患者和健康捐赠者的血浆样本、肿瘤相关巨噬细胞、胃癌细胞系 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序、Kaplan-Meier分析、免疫印迹、细胞功能实验 | NA | 基因表达数据、临床数据、蛋白质数据 | 216份血液样本(来自胃癌患者和健康捐赠者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7471 | 2025-10-06 |
Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples
2025-Jun, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202500481
PMID:40200683
|
研究论文 | 开发了一种名为smGel-seq的高通量微生物单细胞RNA测序方法,用于临床微生物组样本分析 | 使用可溶解水凝胶珠封装单个微生物,显著提高微生物回收率并降低样本输入需求 | NA | 开发适用于临床微生物组样本的高通量单细胞RNA测序方法 | 临床微生物组样本(肠道和痰液微生物组) | 单细胞测序 | 微生物组相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微流控平台与可溶解水凝胶珠封装技术 |
| 7472 | 2025-10-06 |
Perinatal Exposure to Lead or Diethylhexyl Phthalate in Mice: Sex-Specific Effects on Cardiac DNA Methylation and Gene Expression across Time
2025-Jun, Environmental health perspectives
IF:10.1Q1
DOI:10.1289/EHP15503
PMID:40315424
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型探讨围产期铅或DEHP暴露对心脏DNA甲基化和基因表达的性别特异性影响 | 首次系统研究围产期环境污染物暴露对心脏表观基因组和转录组的终身影响,并揭示性别特异性差异 | 需要更多研究确认表观遗传和转录差异对心血管健康的具体影响,特别是在老年阶段 | 研究围产期铅和DEHP暴露对心脏DNA甲基化和基因表达的终身影响 | 小鼠心脏组织 | 表观遗传学 | 心血管疾病 | ERRBS, RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq数据反卷积 | MuSiC算法, MethylSig, edgeR | DNA甲基化数据, 基因表达数据 | 每个性别每个暴露组至少5个样本,在3周、5个月和10个月时间点收集 | NA | 全基因组甲基化测序, 转录组测序 | NA | 增强型简化代表性亚硫酸氢盐测序(ERRBS)和RNA-Seq技术 |
| 7473 | 2025-10-06 |
Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma
2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.17.608386
PMID:39229240
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研究论文 | 通过多组学分析揭示食管腺癌原发和转移性肿瘤的细胞状态、表观遗传可塑性及空间定位特征 | 首次在食管腺癌中整合单核转录组、染色质可及性测序和空间分析,识别了五种恶性细胞程序及其与表观遗传可塑性的关联 | 样本量未明确说明,需依赖外部数据集进行验证 | 解析食管腺癌疾病进展和治疗反应的细胞机制 | 原发性和转移性食管腺癌肿瘤组织 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 单核转录组测序, 染色质可及性测序, 空间分析 | NA | 转录组数据, 表观遗传数据, 空间数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7474 | 2025-10-06 |
scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer
2025-Feb-25, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06061-z
PMID:39994539
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研究论文 | 提出了一种整合快速傅里叶变换和增强Transformer的新型单细胞注释方法scFTAT | 首次将FFT与增强Transformer结合用于单细胞注释,通过LDA降维、核近似、位置编码增强和注意力增强模块提升模型性能 | 仅在六种典型数据集上验证,未在其他组织或物种数据上进行广泛测试 | 开发自动单细胞注释方法以解决数据高稀疏性和大规模手动注释的挑战 | 人类和小鼠组织的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, FFT, LDA | 单细胞RNA测序数据 | 六个典型数据集(包括人类肾脏数据) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7475 | 2025-10-06 |
[Integrating single-cell analysis and epharmalib reverse virtual screening to predict novel vascular endothelial cell targets of dapagliflozin in treating diabetic cardiomyopathy]
2025-Jun-24, Zhonghua xin xue guan bing za zhi
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞分析与反向虚拟筛选技术,探索达格列净治疗糖尿病心肌病时对血管内皮细胞的潜在作用靶点 | 首次结合ePharmaLib反向虚拟筛选、单细胞RNA测序和芯片数据分析,系统识别达格列净在糖尿病心肌病血管内皮细胞中的多组学靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,人类临床验证尚不充分 | 探究糖尿病心肌病中内皮细胞异质性及达格列净的潜在治疗靶点 | 小鼠心脏组织内皮细胞、人脐静脉内皮细胞 | 生物信息学 | 糖尿病心肌病 | 单细胞RNA测序, 反向虚拟筛选, 微阵列芯片, Western blot, RT-PCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质结构数据, 转录组数据 | 野生型小鼠和db/db糖尿病心肌病小鼠模型,人脐静脉内皮细胞多浓度处理组 | Agilent | 单细胞RNA-seq, 微阵列芯片 | Agilent Mouse ceRNA Microarray chip | 单细胞RNA测序数据来自PRJNA1069235数据集 |
| 7476 | 2025-10-06 |
Ginsenoside Compound K Mitigates Mitochondrial Fission Through Bile Acid Receptors/YAP Signaling to Counteract Podocyte Injury in Lupus Nephritis
2025-Jun-18, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8492
PMID:40528637
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研究论文 | 本研究探讨人参皂苷化合物K通过胆汁酸受体/YAP信号通路调控线粒体分裂,减轻狼疮性肾炎足细胞损伤的机制 | 首次阐明人参皂苷化合物K通过胆汁酸受体-YAP信号轴调控线粒体动力学,揭示其在狼疮性肾炎足细胞保护中的新机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未进行临床试验验证 | 探究人参皂苷化合物K在狼疮性肾炎中保护足细胞的分子机制 | MRL/lpr狼疮易感小鼠和体外培养的足细胞 | 分子生物学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序,代谢组学分析,体外细胞实验 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,代谢物数据,病理数据 | MRL/lpr小鼠,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7477 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-omics reveals that FABP1 + renal cell carcinoma drive tumor angiogenesis through the PLG-PLAT axis under fatty acid reprogramming
2025-Jun-16, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02377-9
PMID:40518526
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研究论文 | 通过单细胞多组学技术揭示FABP1阳性肾癌细胞通过PLG-PLAT轴驱动肿瘤血管生成 | 发现FABP1+肾癌细胞亚群具有独特的空间分布特征,并首次揭示PLG-PLAT功能轴在肿瘤-内皮细胞相互作用中的关键作用 | 对脂肪酸代谢重编程的深入研究仍显不足,需要进一步验证FABP1-PLG-PLAT轴的具体分子机制 | 探究肾细胞癌中脂肪酸代谢重编程对肿瘤血管生成的影响机制 | 肾细胞癌肿瘤组织中的FABP1阳性肿瘤细胞亚群 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞多组学, 空间转录组学, 受体-配体相互作用分析 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 7478 | 2025-10-06 |
Role of local complement activation in kidney fibrosis and repair
2025-Jun-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI188345
PMID:40519169
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综述 | 探讨局部补体激活在肾脏纤维化与修复过程中的作用机制 | 揭示肾脏局部补体系统在纤维化微环境形成中的关键作用,并提出靶向局部补体治疗慢性肾脏病的新策略 | 主要依赖动物模型研究,人类临床数据有限 | 阐明局部补体激活在肾脏疾病进展中的病理机制 | 肾小球和肾小管间质肾病动物模型及慢性肾脏病患者 | 病理生理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织病理数据 | 动物模型及人类肾脏活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 7479 | 2025-10-06 |
From inserts to chips: microfluidic culture and 3D astrocyte co-culture drive functional and transcriptomic changes in hiPSC-derived endothelial cells
2025-Jun-16, Fluids and barriers of the CNS
IF:5.9Q1
DOI:10.1186/s12987-025-00672-7
PMID:40524169
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研究论文 | 本研究比较了微流体BBB芯片平台与传统细胞培养插入模型对人诱导多能干细胞来源内皮细胞功能和转录组表型的影响 | 首次系统比较微流体芯片与传统培养系统对hiPSC来源内皮细胞的影响,并发现3D星形胶质细胞共培养对维持内皮细胞单层的关键作用 | 研究仅聚焦于内皮细胞和星形胶质细胞,未包含BBB的其他重要组分如周细胞 | 研究不同培养平台如何改变hiPSC来源内皮细胞的功能和转录组表型 | 人诱导多能干细胞来源的内皮细胞和星形胶质细胞 | 生物医学工程 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,渗透性实验,蛋白表达分析 | 器官芯片模型,2D/3D细胞培养模型 | 转录组数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | AKITA plate | 微流体血脑屏障芯片平台 |
| 7480 | 2025-10-06 |
Exploring T-cell metabolism in tuberculosis: development of a diagnostic model using metabolic genes
2025-Jun-16, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02768-0
PMID:40524207
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结核病患者外周血单个核细胞,开发了基于T细胞代谢基因的诊断模型 | 首次整合单细胞RNA测序与机器学习算法识别T细胞相关代谢差异表达基因,构建结核病诊断模型并进行分子分型 | 样本量较小(仅7个个体),需要在更大队列中验证模型的普适性 | 探索T细胞代谢在结核病中的作用,开发活动性结核与潜伏感染的诊断模型 | 活动性结核患者、潜伏结核感染者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 生物信息学 | 结核病 | 单细胞RNA测序,机器学习算法(XGBoost、SVM-RFE、Boruta) | XGBoost、SVM-RFE、Boruta、诺模图预测模型 | 单细胞RNA测序数据 | 7个个体(2个健康对照、2个潜伏感染、3个活动性结核) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |