单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
721	2025-04-06	Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development 2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633065 PMID:39868227	research paper	该研究通过整合小鼠肾脏发育的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle袢降支细段形成中的作用	首次发现近端小管细胞可以发育为Henle袢降支细段细胞，并揭示了转录因子Hnf4a在这一过程中的调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究Henle袢降支细段细胞的发育起源	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和Henle袢降支细段细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, 谱系追踪	NA	单细胞RNA测序数据	多个非突变发育中小鼠肾脏数据集
722	2025-04-06	Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes 2025-Mar-21, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016 PMID:40122457	研究论文	本研究旨在利用肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因开发膀胱癌（BLCA）的预测模型	构建了一个新的TIIC特征评分，用于BLCA的预后和免疫治疗预测，并发现该评分与生存状态、肿瘤分期及PD-L1免疫治疗反应显著相关	未发现非癌性膀胱状况与BLCA之间的显著统计学关联，仅在SNP位点rs3763840上观察到显著关联	开发基于TIIC相关基因的膀胱癌预测模型，并评估其预后和免疫治疗预测能力	膀胱癌（BLCA）患者及其肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因	机器学习	膀胱癌	RNA表达数据分析、scRNA-seq、单变量Cox分析	20种机器学习算法	RNA表达数据、scRNA-seq数据	来自TCGA和GEO数据库的多组RNA表达数据和scRNA-seq数据
723	2025-04-06	Expansion and pathogenic activation of skeletal muscle-resident macrophages in mdx5cv/Ccr2-/- mice 2025-Mar-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2410095122 PMID:40067893	research paper	本研究探讨了在Duchenne肌营养不良症（DMD）小鼠模型中，骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病性激活机制	揭示了在CCR2缺陷小鼠中，骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病性激活，以及FAPs通过CSF-1刺激巨噬细胞增殖的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类DMD患者中验证	探究DMD小鼠模型中骨骼肌驻留巨噬细胞的扩增和致病性激活机制	mdx5cv/Ccr2-/-小鼠和野生型小鼠	生物医学研究	Duchenne肌营养不良症	单细胞RNA测序分析和基于谱系追踪的巨噬细胞起源研究	小鼠模型	基因表达数据和细胞增殖数据	未明确提及具体样本数量，但涉及mdx5cv/Ccr2-/-小鼠和野生型小鼠的比较
724	2025-04-06	High-throughput single cell -omics using semi-permeable capsules 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.642805 PMID:40166174	研究论文	介绍了一种基于半透性胶囊（SPCs）的高通量单细胞组学技术，用于多种核酸分析	SPCs技术支持单细胞长期培养和克隆扩增，克服了液滴微流控系统的局限性，并在转录组捕获方面表现出优越性	NA	开发一种高效、可扩展的单细胞组学技术，用于研究细胞表型和基因型的复杂性	白细胞（特别是造血系统疾病患者的白细胞）	单细胞组学	急性髓系白血病（AML）	数字PCR、基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、基于核酸标记的FACS分离	NA	核酸数据	造血系统疾病患者的白细胞样本
725	2025-04-06	Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.07.642107 PMID:40161587	研究论文	该研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序技术，分析了50个肿瘤生物样本中的200多万个细胞，开发了一种基于深度学习的策略来空间映射肿瘤细胞状态及其周围结构，揭示了肿瘤细胞村庄的概念及其与微环境的分子共依赖性	提出了空间动态网络(SDN)的概念，揭示了肿瘤细胞村庄与微环境的特异性分子共依赖性，并通过随机空间重排微环境验证了这种共依赖性对肿瘤细胞村庄稳定性的影响	样本量相对有限(50个肿瘤样本)，且研究仅针对肝癌	探究肿瘤空间景观的形成机制及其对肿瘤适应性的影响	肝癌肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	肝癌	空间单细胞成像, 单细胞RNA测序	深度学习	图像, RNA序列数据	50个肿瘤生物样本中的200多万个细胞
726	2025-04-06	CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf126 PMID:40178283	研究论文	提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据	CoupleVAE通过两个耦合的VAE和一个耦合器，在潜在空间中进行更复杂的单细胞状态转换，有效预测扰动后的单细胞RNA测序数据	NA	预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为	单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	VAE (变分自编码器)	RNA测序数据	三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测）
727	2025-04-06	Mouse-Geneformer: A deep learning model for mouse single-cell transcriptome and its cross-species utility 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011420 PMID:40106407	研究论文	本研究开发了一个针对小鼠的单细胞转录组深度学习模型mouse-Geneformer，并探讨了其跨物种应用的潜力	首次构建了基于小鼠大规模单细胞转录组数据的预训练模型mouse-Geneformer，并验证了其在小鼠和人类数据上的跨物种分析能力	在人类COVID-19模型上的分析结果与人类专用Geneformer仅部分一致，表明物种特异性模型对某些疾病机制分析的重要性	开发适用于小鼠单细胞转录组分析的深度学习模型，并探索其在跨物种分析中的应用	小鼠和人类的单细胞转录组数据	生物信息学	心肌梗塞和COVID-19	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer Encoder	单细胞转录组数据	2100万个小鼠单细胞转录组样本
728	2025-04-06	Chemokine Ligands and Receptors Regulate Macrophage Polarization in Atherosclerosis: A Comprehensive Database Mining Study 2025-Mar, CJC open IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.cjco.2024.11.018 PMID:40182401	研究论文	通过生物信息学方法研究趋化因子配体和受体在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用	首次通过公共数据库挖掘和生物信息学分析，揭示了趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的具体机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探究趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用机制	巨噬细胞极化和趋化因子	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, GEO2R, IPA分析	巨噬细胞极化调控模型	基因表达数据	公共数据库中的小鼠组织数据
729	2025-04-06	Spatial profiling of the interplay between cell type- and vision-dependent transcriptomic programs in the visual cortex 2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421022122 PMID:39946537	research paper	该研究通过空间转录组分析，探讨了视觉经验对初级视觉皮层（V1）中L2/3神经元细胞类型空间组织的影响	揭示了视觉剥夺诱导的转录组变化包含两个独立的基因程序，并提出了L2/3细胞类型空间分区与基因表达连续性的关联	研究仅关注了L2/3细胞类型，未涵盖其他皮层细胞类型	探究早期感觉经验如何影响哺乳动物新皮层神经元细胞类型的组织和功能	初级视觉皮层（V1）中的L2/3神经元细胞类型	神经科学	NA	空间转录组分析，单核RNA测序	多任务理论	转录组数据	正常饲养和黑暗饲养的L2/3细胞
730	2025-04-06	HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200 PMID:39680021	研究论文	本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的用途	发现HMGA2表达可预测PDAC患者的生存期和治疗反应，并与GATA6状态结合可识别疾病亚型	研究样本量有限，且需要进一步验证HMGA2作为生物标志物的临床应用价值	探索HMGA2在PDAC中的预后和治疗抵抗预测价值	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫组化(IHC)	NA	RNA-seq数据、免疫组化数据	172例患者样本(单细胞RNA-seq)、580例PDAC样本(多重IHC)、额外30例多样化患者样本
731	2025-04-06	Multi-omics-based mapping of decidualization resistance in patients with a history of severe preeclampsia 2025-Feb, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03407-7 PMID:39775038	研究论文	通过多组学策略揭示严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的细胞和分子特征	首次使用多组学方法（包括单细胞RNA测序和空间转录组学）系统研究严重子痫前期患者的子宫内膜蜕膜化抵抗现象	样本量相对较小（sPE患者n=11，对照组n=12），需要在更大队列中验证发现	探索严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的分子机制	严重子痫前期患者的子宫内膜组织	多组学分析	子痫前期	scRNA-seq, 空间转录组学, 激光捕获显微切割/质谱	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 质谱数据	23例子宫内膜样本（11例sPE患者，12例对照）
732	2025-04-06	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals SH3D21 promotes hepatocellular carcinoma progression by activating the PI3K/AKT/mTOR pathway 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0302766 PMID:40179068	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，揭示了SH3D21通过激活PI3K/AKT/mTOR通路促进肝细胞癌进展的机制	首次揭示了SH3D21作为新型遗传生物标志物在肝细胞癌中的表达和功能，并证实其通过激活PI3K/AKT/mTOR信号通路促进肿瘤进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究SH3D21在肝细胞癌中的表达特征、临床意义及其促癌机制	肝细胞癌患者样本和癌细胞系	癌症基因组学	肝细胞癌	RNA测序（bulk和单细胞）、qRT-PCR、CCK-8实验、集落形成实验、Western blot	NA	基因表达数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的肝细胞癌样本
733	2025-04-06	Predicting and comparing transcription start sites in single cell populations 2025, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012878 PMID:40179341	研究论文	该研究开发了一个名为scTSS的计算流程，用于预测和比较单细胞群体中的转录起始位点（TSS）	scTSS能够同时处理配对端和单端5'单细胞RNA测序数据，并进行差异TSS使用分析	当前方法缺乏在单细胞环境中的比较评估，且主要针对配对端数据	开发一个计算流程以分析单细胞分辨率下的转录起始位点	单细胞群体中的转录起始位点（TSS）	生物信息学	NA	5'单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Binomial广义线性混合模型	RNA测序数据	两种不同疾病的单细胞数据
734	2025-04-06	Unraveling the spatial and signaling dynamics and splicing kinetics of immune infiltration in osteoarthritis synovium 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1521038 PMID:40181977	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态、剪接动力学及信号通路	首次构建了骨关节炎滑膜的空间和转录图谱，鉴定了驱动免疫浸润的关键基因和转录因子，并提出了潜在的治疗靶点	样本量较小（8例OA和4例健康滑膜样本），且仅基于计算预测提出治疗靶点，需进一步实验验证	解析骨关节炎滑膜中免疫浸润的空间动态和分子机制	骨关节炎患者和健康人的滑膜组织	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq, 空间转录组学, Spatrio, STT分析, NMF, CellPhoneDB, pyLIGER	空间过渡张量(STT), 非负矩阵分解(NMF)	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	8例OA患者和4例健康人的滑膜样本
735	2025-04-06	A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1509771 PMID:40182050	研究论文	本研究基于自噬和衰老相关基因构建了一个胃癌预后模型，用于预测免疫浸润、免疫治疗效果并指导个性化治疗	首次结合自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型，并验证其在免疫治疗和个性化治疗中的潜在应用	研究结果需要进一步通过大规模临床试验验证	开发一个能够预测胃癌预后和免疫治疗效果的模型	胃癌患者	数字病理学	胃癌	基因表达分析、单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
736	2025-04-06	Temporal and spatial distribution of histone acetylation in mouse molar development 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19215 PMID:40183048	研究论文	本研究通过小鼠磨牙模型，揭示了组蛋白乙酰化修饰在牙齿发育过程中的时空分布及其作用机制	首次系统描绘了牙齿发育过程中组蛋白H3和H4及其乙酰化位点的分布模式，并鉴定了关键组蛋白乙酰转移酶和去乙酰化酶	研究仅局限于小鼠磨牙模型，人类牙齿发育中的组蛋白乙酰化机制仍需进一步验证	揭示组蛋白乙酰化修饰与牙齿发育的关联机制	小鼠磨牙发育过程中的上皮细胞和间充质细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）和免疫组织化学	NA	基因表达数据和蛋白质定位数据	NA
737	2025-04-05	Recent advances in single-cell RNA sequencing of bacteria: Techniques, challenges, and applications 2025-May, Journal of bioscience and bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.01.008 PMID:39984340	综述	本文综述了细菌单细胞RNA测序技术的最新进展、技术挑战及其在微生物学中的应用	重点介绍了针对细菌转录本特性的方法学创新，以及克服细菌mRNA缺乏poly-A尾和单细胞RNA含量低等限制的策略	不同细菌scRNA-seq方法在灵敏度、通量和适用性方面存在局限性	探讨细菌单细胞转录组学的现状和未来发展方向	细菌单细胞RNA测序技术	微生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
738	2025-04-05	Mechanistic insights into EIF6 as a target of Apigenin in alleviating chondrocyte senescence 2025-May, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2025.112725 PMID:40049422	研究论文	本研究探讨了芹菜素通过上调EIF6表达缓解软骨细胞衰老的机制及其在膝骨关节炎治疗中的潜在应用	首次发现EIF6是芹菜素在膝骨关节炎中的潜在作用靶点，并揭示了其通过上调EIF6表达缓解软骨细胞衰老的新机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证	探究芹菜素在膝骨关节炎中的作用靶点及分子机制	SW1353细胞和人软骨组织	分子生物学	膝骨关节炎	网络药理学分析、孟德尔随机化分析(SMR)、分子对接、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
739	2025-04-05	Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV 2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000935 PMID:40178436	review	探讨急性HIV感染期间宿主免疫系统表观遗传重编程的机制	揭示了HIV如何利用宿主表观遗传机制建立病毒持久性和逃避免疫清除	未提及具体研究样本量或实验设计的局限性	理解急性HIV感染期间表观遗传重编程对免疫失调的影响	宿主免疫系统在急性HIV感染期间的表观遗传变化	NA	HIV感染	全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学、染色质可及性分析	NA	表观遗传数据、转录组数据	NA
740	2025-04-05	Amino Acid Metabolism Subtypes in Neuroblastoma Identifying Distinct Prognosis and Therapeutic Vulnerabilities 2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00554 PMID:39442086	research paper	该研究基于氨基酸代谢相关基因，确定了三种与不同预后和特定功能相关的神经母细胞瘤亚型，并探讨了它们的治疗脆弱性	首次将氨基酸代谢与神经母细胞瘤关联，并识别出三种具有不同预后和治疗脆弱性的亚型	研究未涉及实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探索氨基酸代谢在神经母细胞瘤中的分型及其对预后和治疗的影响	神经母细胞瘤患者及其肿瘤组织	肿瘤代谢研究	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA