单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7181	2025-01-30	MAIT Cell-Mediated Immune Mechanisms of Dialysis-Induced Peritoneal Fibrosis and Therapeutic Targeting 2025-Jan-28, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000627 PMID:39874111	研究论文	本研究探讨了MAIT细胞在长期腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的免疫机制及治疗靶点	首次揭示了MAIT细胞通过MR1受体与间皮细胞相互作用，激活mTORC1信号通路，促进腹膜纤维化的机制，并提出了通过阻断MR1-MAIT相互作用来治疗纤维化的新策略	研究主要基于体外模型和Mr1基因敲除小鼠，尚未在人体临床试验中验证其治疗效果	探讨MAIT细胞在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	长期接受腹膜透析的患者及Mr1基因敲除小鼠	免疫学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	长期腹膜透析患者及Mr1基因敲除小鼠
7182	2024-12-09	NLRP3 inflammasome mediates pyroptosis of alveolar macrophages to induce radiation lung injury 2025-Feb-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136740 PMID:39642726	研究论文	研究探讨了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用	首次揭示了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用，并提出了潜在的治疗策略	NA	探讨辐射诱导的肺损伤中肺泡巨噬细胞焦亡和炎症小体激活的机制	肺泡巨噬细胞、T细胞、B细胞和上皮细胞	NA	辐射诱导的肺损伤	多色流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、共免疫沉淀和Duolink技术	NA	细胞和组织微环境数据	NA
7183	2025-01-28	COSIME: Cooperative multi-view integration and Scalable and Interpretable Model Explainer 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.11.632570 PMID:39868220	研究论文	本文介绍了COSIME，一种用于多组学数据集成和可解释性模型解释的新方法	COSIME通过可学习的最优传输（LOT）的反向传播和蒙特卡洛采样，实现了多视图数据的集成和特征关系的解释	NA	解决多组学数据集成和特征关系解释的瓶颈问题	单细胞转录组学、单细胞空间转录组学、表观基因组学和代谢组学数据	机器学习	阿尔茨海默病	可学习的最优传输（LOT）、蒙特卡洛采样	深度神经网络	多组学数据	模拟数据和真实世界数据集
7184	2025-01-28	Exosomal miRNA reprogramming in pyroptotic macrophage drives silica-induced fibroblast-to-myofibroblast transition and pulmonary fibrosis 2025-Feb-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136629 PMID:39603130	研究论文	本文研究了二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）通过诱导巨噬细胞焦亡和释放外泌体，进而驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞转化，促进肺纤维化的机制	揭示了SiNPs通过诱导巨噬细胞焦亡和外泌体释放，调控TGF-β信号通路，促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	揭示二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）、巨噬细胞、成纤维细胞、外泌体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量miRNA测序、高光谱成像、人工智能病理识别	NA	RNA测序数据、高光谱图像	体外和体内矽肺模型
7185	2025-01-28	Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110422 PMID:39701169	研究论文	本文探讨了常驻滑膜巨噬细胞（RSMs）在滑液中的存在及其对免疫调节的影响	创建了一种新型的体外模型来验证人类滑膜中的RSMs，并发现这些细胞在炎症性关节炎中上调了促纤维化和促破骨细胞途径	滑膜屏障破裂后，这些细胞是否持续或引发滑液中的慢性炎症仍未知	识别人类滑液中的RSMs作为滑膜屏障完整性的间接测量	人类滑液和滑膜	免疫学	关节炎	scRNA-seq	体外模型	基因表达数据	NA
7186	2025-01-28	The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress 2025-Jan-27, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453941 PMID:39868728	研究论文	本研究通过结合与缺氧和内质网应激相关的基因，构建了一个乳腺癌预后模型	结合缺氧和内质网应激相关基因构建预后模型，并分析免疫浸润和药物敏感性	未提及样本量是否足够大，以及模型在其他数据集上的验证情况	预测乳腺癌患者的预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq	Cox回归和Lasso回归	RNA-seq数据和临床数据	未明确提及具体样本量
7187	2025-01-28	Deciphering the senescence-based tumoral heterogeneity and characteristics in pancreatic cancer: Results from parallel bulk and single-cell transcriptome data 2025-Jan, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70001 PMID:39865528	研究论文	本文通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征	首次在胰腺癌中通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，并鉴定了与胰腺癌迁移和预后相关的衰老相关基因	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，以促进胰腺癌的治疗和精准治疗发展	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, ssGSEA算法, infercnv算法	NA	RNA测序数据	来自TCGA-PAAD、PACA-AU、PACA-CA和GSE154778数据集的胰腺癌患者样本
7188	2025-01-27	Prenatal exposure on nanoplastics: A study of spatial transcriptomics in hippocampal offspring 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125480 PMID:39644950	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，研究了母体暴露于聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs）对大鼠后代海马区的影响，揭示了纳米塑料对后代海马发育的神经毒性及其与学习记忆功能下降的关联	首次使用空间转录组学技术系统性地研究了纳米塑料对后代海马区的影响，揭示了细胞类型特异性基因表达谱的变化及其与神经发育障碍的关联	研究仅针对大鼠模型，尚未在人类中验证；未探讨长期暴露的累积效应	探究母体暴露于纳米塑料对后代海马区发育的影响及其机制	大鼠后代海马区	空间转录组学	神经发育障碍	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
7189	2025-01-27	DEHP-mediated oxidative stress leads to impaired testosterone synthesis in Leydig cells through the cAMP/PKA/SF-1/StAR pathway 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125503 PMID:39657860	研究论文	本研究探讨了环境中的增塑剂DEHP如何通过氧化应激影响Leydig细胞（LCs）的睾酮合成，揭示了cAMP/PKA/SF-1/StAR通路在其中的作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析与体内外实验，揭示了DEHP通过氧化应激抑制cAMP/PKA/SF-1/StAR通路，从而损害LCs睾酮合成的机制	研究主要聚焦于DEHP对LCs的影响，未涉及其他环境污染物或细胞类型的潜在作用	探究DEHP对Leydig细胞损伤的分子机制，特别是其对睾酮合成的影响	Leydig细胞（LCs）	生物医学	男性生殖系统疾病	scRNA-seq分析、体内外实验	NA	单细胞RNA测序数据、生化指标数据	未明确说明样本数量，但涉及体内外实验
7190	2025-01-27	Single-cell transcriptome sequencing analysis of physiological and immune profiling of crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Feb, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.110087 PMID:39662647	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和组织学分析，首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性	首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性，揭示了ILCM的代谢活跃状态和免疫调节的主要途径	研究局限于鲫鱼鳃的细胞类型和功能分析，未涉及其他鱼类或器官	探索鲫鱼鳃的生理和免疫功能，特别是在单细胞水平上的功能异质性	鲫鱼（Carassius auratus）的鳃	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	鲫鱼鳃的19种细胞类型
7191	2025-01-27	Aberrant c-AMP signalling in richter syndrome revealed by single-cell transcriptome and 3D chromatin analysis 2025-Jan-23, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00723-5 PMID:39849544	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高通量染色体构象捕获技术，揭示了Richter综合征（RS）中cAMP信号通路的异常及其在B细胞转化中的作用	首次结合单细胞RNA测序和Hi-C技术，全面解析了RS中的B细胞转化和染色质结构变化，并发现了cAMP信号通路的异常	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小，可能限制了结果的普适性	揭示Richter综合征的分子机制，特别是cAMP信号通路在B细胞转化中的作用	Richter综合征患者的DLBCL-RS样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量染色体构象捕获（Hi-C）	NA	单细胞RNA测序数据、染色质构象数据	超过10,000个细胞
7192	2025-01-26	Epigenomics-guided precision oncology: Chromatin variants in prostate tumor evolution 2025-Jan-23, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35327 PMID:39853587	review	本文探讨了表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，特别是染色质变异如何促进肿瘤进化和治疗抵抗	提出了染色质变异作为表观基因组异质性的基本单位，并探讨了其在指导精准肿瘤学新时代中的潜力	主要基于现有研究的综述，缺乏新的实验数据支持	探索表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，以改善患者治疗效果	前列腺癌细胞中的染色质变异	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序和液体活检表观基因组分析	NA	表观基因组数据	NA
7193	2025-01-26	The role of MRO as an M2 macrophage-associated gene in non-small cell lung cancer: insights into immune infiltration, prognostic significance, and therapeutic implications 2025-Jan-21, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01817-8 PMID:39838218	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞相关基因MRO在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用，重点关注免疫浸润、预后意义和治疗潜力	首次系统性地研究了MRO基因在NSCLC中的表达及其与M2巨噬细胞的关联，并评估了其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于TCGA数据库的样本，缺乏外部验证队列，且未进行实验验证	探讨MRO基因在非小细胞肺癌中的免疫浸润、预后意义和治疗潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）样本，包括肺腺癌（LUAD）和肺鳞状细胞癌（LUSC）	数字病理学	肺癌	CIBERSORT算法、单细胞RNA测序、ESTIMATE算法、TIDE和Submap分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据库中的NSCLC样本
7194	2025-01-26	Novel Integration of Spatial and Single-Cell Omics Data Sets Enables Deeper Insights into IPF Pathogenesis 2025-Jan-13, Proteomes IF:4.0Q2 DOI:10.3390/proteomes13010003 PMID:39846634	研究论文	本文通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，深入研究了特发性肺纤维化（IPF）的发病机制，并识别了与疾病相关的细胞类型和潜在治疗靶点	创新性地整合了空间转录组学、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，提供了对IPF发病机制的更深入理解，并验证了方法的通用性	研究主要基于已发表的数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	研究目标是识别与IPF发病机制相关的细胞类型和潜在治疗靶点	研究对象为特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微切割质谱	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	基于已发表的数据集，具体样本数量未明确
7195	2025-01-26	A comprehensive analysis framework for evaluating commercial single-cell RNA sequencing technologies 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1186 PMID:39675380	研究论文	本研究评估了九种商业化的单细胞RNA测序（scRNA-seq）试剂盒，并引入了一个新的度量标准——读取利用率，以区分不同试剂盒的性能	引入了读取利用率这一新度量标准，用于评估scRNA-seq试剂盒将测序读取转化为可用计数的效率	研究仅使用了来自单一供体的外周血单核细胞（PBMCs），可能限制了结果的普适性	评估和比较商业化的单细胞RNA测序技术，以促进单细胞研究的有效实施	九种商业化的单细胞RNA测序试剂盒	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	169,262个细胞
7196	2025-01-25	Zinc ions facilitate metabolic bioenergetic recovery post spinal cord injury by activating microglial mitophagy through the STAT3-FOXO3a-SOD2 pathway 2025-Feb-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.11.045 PMID:39613048	研究论文	本研究探讨了锌离子通过激活小胶质细胞线粒体自噬，促进脊髓损伤后代谢能量恢复的机制	揭示了锌离子通过STAT3-FOXO3a-SOD2轴调控线粒体基因表达，改善小胶质细胞能量稳态的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索锌离子在脊髓损伤后小胶质细胞代谢恢复中的作用	脊髓损伤后的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
7197	2025-01-25	Single-cell analysis of human peripheral blood reveals high immune response activity in successful ageing individuals 2025-Feb, Mechanisms of ageing and development IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.mad.2024.112011 PMID:39622417	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）外周血的免疫系统动态调控及其分子机制	揭示了成功老龄化个体中CD8效应记忆T细胞和终末分化B细胞的富集，以及CD56 NK细胞中Fc-γ受体信号通路的激活，这些发现可能作为健康老龄化的生物标志物	样本量相对较小，仅包括7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照	研究老龄化过程中免疫系统的动态调控及其分子机制	成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）的外周血单核细胞	生物信息学	老年病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	87,215个外周血单核细胞，来自7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照
7198	2025-01-25	Cellular heterogeneity and cytokine signatures in acute myeloid leukemia: A novel prognostic model 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102194 PMID:39689517	研究论文	本研究利用高分辨率单细胞RNA测序技术，解析了急性髓性白血病（AML）的复杂细胞景观，并构建了一个基于七种关键细胞因子相关基因的预后风险评分模型	通过单细胞RNA测序揭示了AML的细胞异质性，并首次构建了一个基于细胞因子相关基因的预后风险评分模型，该模型在多个独立AML患者队列中验证了其强大的预后能力	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	解析AML的细胞异质性并开发一个临床适用的预后风险评分模型	AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	预后风险评分模型	RNA测序数据	多个独立AML患者队列
7199	2025-01-25	Heterogeneity of cancer-associated fibroblast subpopulations in prostate cancer: Implications for prognosis and immunotherapy 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102255 PMID:39721245	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群的多样性及其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	首次系统性地描述了前列腺癌中CAF的四个主要亚群，并构建了反映这些亚群临床相关性的预后模型	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	阐明癌症相关成纤维细胞在前列腺癌肿瘤微环境中的多重作用，特别是其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	前列腺癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	前列腺癌样本
7200	2025-01-25	Novel photocrosslinking chemical probes utilized for high-resolution spatial transcriptomics 2025-Jan-20, RSC chemical biology IF:4.2Q2 DOI:10.1039/d4cb00262h PMID:39845105	研究论文	本文介绍了一种名为CrossSeq的新技术，利用光交联荧光探针和共聚焦显微镜激活，在固定细胞上标记用户定义的感兴趣区域，用于多重空间转录组分析	开发了CrossSeq技术，结合光交联荧光探针和共聚焦显微镜，提高了空间转录组分析的分辨率和多重性	目前的技术在标记的空间分辨率、可测序的RNA数量以及在同一组织景观中分离空间上不同的细胞方面仍存在限制	解决现有空间转录组分析技术在空间分辨率和多重性方面的限制	固定细胞和MDA-MB-231-LM2转移性癌症迁移模型	空间转录组学	癌症	光交联荧光探针、共聚焦显微镜、流式细胞术	NA	RNA表达数据	NA