单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-04-07	FOXO4-DRI induces keloid senescent fibroblast apoptosis by promoting nuclear exclusion of upregulated p53-serine 15 phosphorylation 2025-Feb-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07738-0 PMID:39994346	research paper	该研究探讨了FOXO4-DRI通过促进上调的p53-serine 15磷酸化的核排斥诱导瘢痕疙瘩衰老成纤维细胞凋亡的机制	发现FOXO4-DRI通过促进p53-pS15的核排斥来诱导衰老成纤维细胞凋亡，为瘢痕疙瘩的治疗提供了新策略	研究主要基于体外模型和瘢痕疙瘩组织培养，未涉及体内实验或临床试验	研究瘢痕疙瘩中衰老成纤维细胞的凋亡抵抗机制及潜在治疗方法	瘢痕疙瘩中的成纤维细胞	分子生物学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序分析、磷酸特异性蛋白微阵列、Western blotting	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
702	2025-04-07	Gene expression patterns of the developing human face at single cell resolution reveal cell type contributions to normal facial variation and disease risk 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.18.633396 PMID:39868299	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了人类颅面发育的综合图谱，揭示了不同细胞类型在正常面部变异和疾病风险中的作用	首次在单细胞分辨率下解析人类颅面发育的基因表达模式，识别了关键细胞类型及其亚型，并揭示了人类特有的基因表达差异	研究仅涵盖了4-8孕周的胚胎样本，未能覆盖整个颅面发育过程	探索人类颅面发育的细胞和遗传机制，及其与面部形态变异和颅面疾病的关系	24个人类胚胎的颅面组织样本	发育生物学	颅面畸形	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据	24个胚胎样本，覆盖6个关键时间点(4-8孕周)
703	2025-04-07	Sexual dimorphism in the mouse bone marrow niche regulates hematopoietic engraftment via sex-specific Kdm5c/Cxcl12 signaling 2025-Jan-21, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182125 PMID:39836478	research paper	该研究揭示了小鼠骨髓微环境中的性别二态性通过性别特异的Kdm5c/Cxcl12信号调节造血移植	发现了骨髓微环境中性别二态性的新机制，即Kdm5c通过调节Cxcl12表达影响造血移植效率	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究骨髓微环境性别二态性对造血功能的调控机制	小鼠骨髓中的瘦素受体表达间充质基质细胞(LepR-MSCs)	造血生物学	造血系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 骨髓移植	Kdm5c基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
704	2025-04-07	Mapping the spatial atlas of the human bone tissue integrating spatial and single-cell transcriptomics 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1298 PMID:39817519	research paper	该研究通过整合空间和单细胞转录组学，绘制了人类骨组织的空间图谱，揭示了骨和骨髓中细胞的空间组织和相互作用	首次整合高分辨率空间和单细胞转录组学数据，发现了骨形成特化的微环境、新的细胞间通讯模式以及从骨小梁向外辐射的细胞组成和基因表达空间梯度	NA	揭示骨组织中细胞的空间组织和相互作用，以推动骨相关疾病的精准医学研究	人类股骨组织	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, single-cell transcriptomics	NA	transcriptomics data	NA
705	2025-04-07	Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771 PMID:40181989	研究论文	研究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组	揭示了哮喘诱导后神经免疫转录组在细胞簇和空间上的变化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探究哮喘诱导对肺神经免疫转录组的影响	小鼠的迷走神经节（结节/颈静脉神经节）和肺组织	神经免疫学	哮喘	RNA测序、单核RNA测序、空间RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠的迷走神经节和肺组织
706	2025-04-06	Targeting mTOR in myeloid cells prevents infection-associated inflammation 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112163 PMID:40177636	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现mTOR通路在COVID-19患者髓系细胞调控中的关键作用，并开发了一种靶向髓系细胞的mTOR抑制纳米生物制剂	首次开发了靶向髓系细胞及其骨髓祖细胞的mTOR抑制纳米生物制剂，并证明其能有效抑制感染相关炎症	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索预防感染相关并发症中有害器官炎症的治疗策略	COVID-19患者的髓系细胞和小鼠高炎症模型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠高炎症模型和急性呼吸窘迫综合征模型	RNA测序数据，流式细胞数据	人类原代免疫细胞和小鼠模型
707	2025-04-06	Integrated metabolomics and spatial transcriptomics of cystic pancreatic cancer precursors reveals dysregulated polyamine metabolism as a biomarker of progression 2025-Apr-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析囊性胰腺癌前体，揭示多胺代谢紊乱作为进展的生物标志物	首次结合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径的紊乱与胰腺癌前体恶性风险相关	样本量相对较小（125例患者），且仅针对IPMN这一特定胰腺癌前体	识别IPMN恶性风险相关的代谢标志物	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）患者	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例IPMN患者（低度异型增生和高度异型增生伴/不伴PDAC）
708	2025-04-06	Synaptic deregulation of cholinergic projection neurons causes olfactory dysfunction across five fly Parkinsonism models 2025-Apr-03, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98348 PMID:40178224	研究论文	本研究通过开发五种果蝇家族性帕金森病模型并进行单细胞RNA测序，揭示了胆碱能投射神经元在帕金森病早期嗅觉功能障碍中的作用	首次在五种家族性帕金森病模型中鉴定出胆碱能投射神经元是最易受损的细胞，并发现突触功能相关基因是最失调的基因	研究主要基于果蝇模型和体外人类诱导多巴胺能神经元，需要在更多哺乳动物模型中进行验证	探究帕金森病早期非运动症状(如嗅觉减退)的细胞和分子机制	五种果蝇家族性帕金森病模型和帕金森病患者三个特定脑区	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序, 单核测序	果蝇帕金森病模型, 人类诱导多巴胺能神经元体外模型	RNA测序数据	五种果蝇帕金森病模型和帕金森病患者三个脑区的样本
709	2025-04-06	Endogenous CD4+ T Cells That Recognize ALK and the NPM1::ALK Fusion Protein Can Be Expanded from Human Peripheral Blood 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0445 PMID:39774774	研究论文	本研究探讨了人类外周血中识别ALK及NPM1::ALK融合蛋白的内源性CD4+ T细胞的扩展情况	首次在人类外周血中检测到ALK特异性CD4+ T细胞，并鉴定了NPM1::ALK融合新抗原特异性T细胞受体	样本量较小（10名患者和6名健康供者），且仅针对ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者	研究ALK特异性CD4+ T细胞在癌症免疫治疗中的潜在应用	ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和健康供者的外周血CD4+ T细胞	免疫学	淋巴瘤	TCRαβ单细胞测序	NA	外周血样本	10名患者和6名健康供者
710	2025-04-06	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Apr-02, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	探讨肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物治疗抵抗的关联	揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物治疗反应持续性降低的原因	样本量较小（87名患者），且为横断面研究，无法确定因果关系	明确影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、转录组数据、蛋白质表达数据	87名患者（24名女性，63名男性）
711	2025-04-06	Knockout of cyclin-dependent kinases 8 and 19 leads to depletion of cyclin C and suppresses spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Apr-02, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96465 PMID:40172945	研究论文	研究CDK8和CDK19基因敲除对小鼠精子生成和雄性生育能力的影响	首次发现CDK8和CDK19双敲除导致细胞周期蛋白C（CCNC）耗竭，并揭示了其对精子生成和雄性生育能力的调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，未在人类或其他哺乳动物中验证	探究CDK8和CDK19在雄性生殖系统中的功能及其调控机制	CDK8和CDK19双敲除小鼠及其生殖系统	分子生物学	男性不育症	基因敲除技术、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	CDK8和CDK19双敲除小鼠及其对照组的生殖系统组织样本
712	2025-04-06	A donor PD-1+CD8+ TSCM-like regulatory subset mobilized by G-CSF alleviates recipient acute graft-versus-host-disease 2025-Apr-02, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02183-1 PMID:40175340	research paper	研究发现了一种新型供体外周T细胞亚群，能够抑制急性移植物抗宿主病（aGVHD）同时促进受者免疫重建	首次鉴定出一种具有双重调节功能的PD-1+CD8+ TSCM样调节性T细胞亚群，既能抑制aGVHD又能保留抗白血病效应	验证队列样本量较小（n=30），需进一步扩大临床验证	优化造血干细胞移植供体选择标准并探索与aGVHD相关的淋巴细胞亚群	80例G-CSF动员的造血干细胞供体及其对应的半相合/全相合移植受者	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠模型	临床样本数据，单细胞转录组数据	80对供受体（发现队列）+30对供受体（验证队列）
713	2025-04-06	A realistic FastQ-based framework FastQDesign for ScRNA-seq study design issues 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07938-8 PMID:40175506	研究论文	提出了一种基于FastQ文件的scRNA-seq研究设计框架FastQDesign，用于优化实验设计	首个基于FastQ文件的研究设计框架，利用公开数据集中的原始FastQ文件作为参考，在固定预算内提供最优设计建议	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq研究中的实验设计问题，优化细胞数量和测序深度	scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	FastQ文件	一个合成数据集和九个真实数据集
714	2025-04-06	Identification of potential shared gene signatures between periodontitis and breast cancer by integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data 2025-Apr-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95703-6 PMID:40175565	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，识别了牙周炎和乳腺癌之间潜在的共享基因特征	首次整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据研究牙周炎与乳腺癌的共享基因特征，并发现ANKRD29和TDO2作为两种疾病的共享诊断生物标志物	研究样本量有限，且需要进一步实验验证这些基因在两种疾病中的具体作用机制	探究牙周炎与乳腺癌之间相互作用的基因、通路和免疫细胞	牙周炎和乳腺癌患者样本	生物信息学	牙周炎和乳腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, qRT-PCR, 免疫组化染色	机器学习方法	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的牙周炎和乳腺癌样本
715	2025-04-06	scIDPMs: Single-Cell RNA-Seq Imputation Using Diffusion Probabilistic Models 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3430554 PMID:39093668	研究论文	本文提出了一种名为scIDPMs的新方法，利用条件扩散概率模型对单细胞RNA测序数据进行缺失值填补	scIDPMs采用条件扩散概率模型和带有注意力机制的深度神经网络，能够更好地捕获全局基因表达特征并优化填补过程	方法在极端稀疏数据下的表现未明确说明	解决单细胞RNA测序数据中假零值(丢失事件)导致的基因表达水平掩盖问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	扩散概率模型(Diffusion Probabilistic Models) + 带有注意力机制的深度神经网络	基因表达数据	模拟和真实scRNA-seq数据集(具体数量未说明)
716	2025-04-06	scSwinTNet: A Cell Type Annotation Method for Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Based on Shifted Window Attention 2025-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3487174 PMID:39466872	research paper	提出了一种基于移位窗口注意力的大规模单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scSwinTNet	首次使用基于预训练移位窗口注意力的模型进行单细胞RNA测序数据的细胞类型注释，无需先验知识或人工标注	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和效率	人类和小鼠组织的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基于移位窗口注意力的预训练模型	基因表达数据	399,760个人类和小鼠组织细胞
717	2025-04-06	ODSEI Chip: An Open 3D Microfluidic Platform for Studying Tumor Spheroid-Endothelial Interactions 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410659 PMID:39805002	research paper	介绍了一种新型开放式3D微流控平台ODSEI芯片，用于研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用	开发了一种能够阵列超过1000个肿瘤球体并允许单球体水平分析的开放式3D微流控平台	未提及具体的技术限制或应用范围的局限性	研究肿瘤球体与内皮细胞的相互作用及其在药物耐药性中的作用	乳腺癌肿瘤球体与血管内皮细胞	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing, protein arrays	3D-microarray platform	gene expression profiles, cytokines	超过1000个肿瘤球体
718	2025-04-06	AXL-Mediated Drug Resistance in ALK-Rearranged NSCLC Enhanced by GAS6 From Macrophages and MMP11 Positive Fibroblasts 2025-Apr, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70006 PMID:39904499	research paper	本研究探讨了AXL介导的ALK重排非小细胞肺癌（NSCLC）对ALK-TKI药物alectinib的耐药机制，特别是在肿瘤微环境中GAS6和MMP11的作用	揭示了AXL表达和GAS6在肿瘤微环境中的协同作用如何增强ALK-TKI耐药性，并识别了CAFs和TAMs作为GAS6的主要来源	研究主要基于体外和小鼠模型，未在大量患者样本中验证	探究ALK重排NSCLC对alectinib耐药的分子机制	ALK重排NSCLC细胞系（H3122）、小鼠模型、患者样本	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序、小鼠模型实验	NA	基因表达数据、临床样本数据	患者样本和小鼠模型
719	2025-04-06	SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881 PMID:40179332	研究论文	提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组学数据分析	SpaMask通过同时掩码部分节点和边，结合MGAE和MGCL模块，提高了模型的性能和鲁棒性	未明确提及具体局限性	改进空间转录组学数据分析中的空间域表征方法	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间分辨转录组学(SRT)	图神经网络(GNN), 图自编码器, 对比学习	空间转录组数据	来自5个不同平台的8个数据集
720	2025-04-06	scRNA-seq of the intestine reveals the key role of mast cells in early gut dysfunction associated with acute pancreatitis 2025-Mar-28, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i12.103094 PMID:40182603	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肥大细胞在急性胰腺炎早期肠道功能障碍中的关键作用	首次在单细胞水平解析急性胰腺炎早期肠道屏障功能障碍的分子机制，并鉴定出肥大细胞分泌的CCL5是潜在治疗靶点	研究仅基于动物模型，尚未在人类样本中验证	探索急性胰腺炎相关肠道损伤的生物学过程和机制，寻找早期防治靶点	小鼠小肠组织	单细胞组学	急性胰腺炎	scRNA-seq	动物模型（雨蛙素诱导急性胰腺炎）	单细胞转录组数据	33232个细胞（包含正常组、AP1组和AP2组）