本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7121 | 2025-10-06 |
sEV-mediated intercellular transformation from MGAT4AHigh to MGAT4ALow tumor cells via the HOTAIRM1/miR-196b-5p axis promotes apoptosis resistance in CTCL
2025-Jun, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03356-6
PMID:40155530
|
研究论文 | 本研究揭示了sEV介导的HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴通过调控N-糖基化修饰诱导CTCL细胞凋亡抵抗的机制 | 首次发现MGAT4AHigh肿瘤细胞通过sEV传递miR-196b-5p将MGAT4ALow良性细胞转化为凋亡抵抗细胞,并开发了工程化sEV靶向治疗策略 | NA | 探究HOTAIRM1/miR-196b-5p/MGAT4A轴在皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)凋亡抵抗中的作用机制 | CTCL肿瘤细胞、良性CD4+T细胞、小细胞外囊泡(sEVs) | 分子生物学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 全转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7122 | 2025-10-06 |
Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics
2025-Jun, Journal of reproductive immunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jri.2025.104527
PMID:40203595
|
研究论文 | 通过生物信息学方法识别先兆子痫中线粒体相关基因及其与免疫细胞浸润的关联 | 首次系统分析先兆子痫中线粒体相关基因与免疫微环境的相互作用,发现CYP11A1可能是HELLP综合征的潜在生物标志物 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 探索先兆子痫中线粒体相关基因的调控机制及其与免疫细胞浸润的关系 | 先兆子痫患者胎盘组织及相关基因表达数据 | 生物信息学 | 先兆子痫 | LASSO回归分析,ROC曲线分析,基因集富集分析,单细胞测序分析,免疫荧光染色 | 预测模型 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE114691,GSE190971,GSE75010,GSE25906) | NA | 单细胞测序,基因表达分析 | NA | NA |
| 7123 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics Shows a Distinctive Tumour Microenvironment in the Invasive Versus Premalignant Portion of Early Cutaneous Squamous Cell Carcinoma
2025-Jun, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70125
PMID:40462294
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析早期皮肤鳞状细胞癌中侵袭性与癌前部分的肿瘤微环境差异 | 首次使用空间转录组学技术比较早期皮肤鳞癌中侵袭性与癌前部分在肿瘤细胞、免疫细胞和成纤维细胞中的基因表达差异 | 回顾性研究设计,样本量较小(17例患者) | 探究皮肤鳞状细胞癌从癌前病变向侵袭性癌转变过程中肿瘤微环境的基因表达变化 | 早期皮肤鳞状细胞癌组织样本,包含侵袭性和癌前部分 | 空间转录组学 | 皮肤鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 17例患者 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler |
| 7124 | 2025-10-06 |
DDR2-mediated autophagy inhibition contributes to angiotensin II-induced adventitial remodeling
2025-Jun, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70361
PMID:40468620
|
研究论文 | 本研究探讨了DDR2通过抑制自噬促进血管紧张素II诱导的血管外膜成纤维细胞表型转化和外膜重构的机制 | 首次揭示了DDR2通过PI3K/Akt/mTOR通路抑制自噬在血管外膜重构中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,在人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究DDR2在血管紧张素II诱导的血管外膜重构中的作用机制 | 血管外膜成纤维细胞(AFs)和小鼠模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因敲除,药物干预 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 野生型小鼠和Ddr2条件性敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7125 | 2025-10-06 |
Longitudinal scRNA-seq of retinal organoids derived from Stargardt disease patient with ABCA4 mutation
2025-May-27, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05079-5
PMID:40425564
|
研究论文 | 本研究利用携带ABCA4基因突变的Stargardt病患者来源iPSC生成视网膜类器官,并进行纵向单细胞RNA测序分析 | 首次在携带中国STGD患者最常见ABCA4突变的视网膜类器官模型中开展纵向单细胞转录组研究 | 研究仅针对特定ABCA4突变类型,且类器官模型可能无法完全模拟体内视网膜微环境 | 研究ABCA4基因突变相关的Stargardt病发病机制 | 患者来源iPSC生成的视网膜类器官 | 单细胞组学 | Stargardt病(遗传性视网膜变性) | 单细胞RNA测序 | 视网膜类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 5个主要发育阶段(40、90、150、200和260天)的视网膜类器官样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7126 | 2025-10-06 |
Selective GSK3α Inhibition Promotes Self-Renewal Across Different Stem Cell States
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.653860
PMID:40463072
|
研究论文 | 本研究揭示了选择性GSK3α抑制剂BRD0705能促进多种干细胞状态的自我更新能力 | 发现选择性GSK3α抑制可独立于β-catenin信号通路促进干细胞自我更新,并建立了支持多种多能干细胞状态共培养的新体系 | 研究主要基于小鼠干细胞模型,在人类干细胞中的适用性需要进一步验证 | 探索选择性GSK3α抑制在调控不同干细胞状态自我更新中的作用 | 小鼠胚胎干细胞(ESCs)、上胚层干细胞(EpiSCs)和神经干细胞(NSCs) | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学、表观基因组分析、功能实验 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | 多种小鼠干细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7127 | 2025-10-06 |
Single-cell meta-analysis of T cells reveals clonal dynamics of response to checkpoint immunotherapy
2025-May-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100842
PMID:40187353
|
研究论文 | 通过单细胞元分析揭示T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床反应的关联 | 首次在六种癌症类型中系统分析T细胞克隆动态,发现基于扩增CD8克隆的响应特征能区分治疗应答者与非应答者 | 样本来源和癌症类型有限,需要更大规模验证 | 研究T细胞克隆在免疫检查点抑制剂治疗中的动态变化及其与临床结果的关系 | 767,606个T细胞,来自460个样本,涵盖6种癌症类型 | 单细胞生物学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | 基因轨迹分析 | 单细胞转录组数据,T细胞受体序列数据 | 460个样本,767,606个T细胞 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞T细胞受体测序 | NA | NA |
| 7128 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct senotypes and a quiescence-senescence continuum at the transcriptome level following chemotherapy
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653730
PMID:40463227
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和时间推移成像技术揭示化疗后细胞存在不同的衰老类型和静息-衰老连续体 | 首次将细胞周期动态与单细胞转录组数据结合,识别出多种衰老类型并发现静息与衰老在转录组水平构成连续体 | 仅使用依托泊苷处理,未验证其他化疗药物;研究样本规模有限 | 区分化疗后细胞的静息状态和衰老状态,探索细胞周期退出机制 | 化疗处理后的细胞 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,时间推移成像,伪时间轨迹分析 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据,细胞成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7129 | 2025-10-06 |
Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells
2025-05-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473
PMID:40185089
|
研究论文 | 本研究通过建立成纤维细胞重编程为造血祖细胞的诱导系统,揭示了重编程过程中的基因调控网络动态竞争机制 | 首次发现重编程中间阶段存在相互竞争的命运决定,并通过抑制神经元命运相关信号通路提高了重编程效率 | 研究仅关注了SCL和LMO2两个转录因子诱导的重编程过程,可能未涵盖其他潜在重编程途径 | 探究成纤维细胞重编程为造血祖细胞的分子机制并提高重编程效率 | 成纤维细胞及其重编程过程中产生的造血祖细胞 | 基因调控与细胞重编程 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,表观基因组分析 | 基因调控网络分析 | 基因表达数据,表观遗传数据 | 不同重编程阶段的细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7130 | 2025-10-06 |
An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice
2025-May, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707
PMID:40245497
|
研究论文 | 本研究揭示了HCK通过调控非常规T细胞轴驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的慢性阻塞性肺疾病病理机制 | 首次发现HCK作为顶端调控因子通过Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关恒定T细胞驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞轴介导的COPD病理过程 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明HCK在慢性阻塞性肺疾病发病机制中的具体作用通路 | 基因靶向小鼠(Hck功能获得性突变)、骨髓嵌合体、特异性敲除小鼠 | 病理机制研究 | 慢性阻塞性肺疾病 | 组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序 | 基因工程小鼠模型 | 组织图像、细胞表型、基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 7131 | 2025-10-06 |
The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination
2025-May, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70347
PMID:40462502
|
研究论文 | 本研究揭示去泛素化酶OTUD3通过稳定PLK1表达抑制铁死亡,在脑缺血再灌注损伤中发挥神经保护作用 | 首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1(靶向K48连接的泛素化)调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡的神经保护机制 | NA | 探究OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护作用机制 | 小鼠神经元、原代皮层神经元、脑缺血再灌注模型小鼠 | 神经科学 | 脑卒中 | 共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、氧糖剥夺模型、泛素化实验 | NA | 分子生物学数据、行为学数据、细胞活力数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 7132 | 2025-10-06 |
Pan-cancer Analysis Identified Ectopic RUNX1T1 Associated with Lineage Plasticity
2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.18.649575
PMID:40488132
|
研究论文 | 通过泛癌分析发现异位RUNX1T1表达与肿瘤谱系可塑性相关 | 首次利用HOX代码量化肿瘤谱系可塑性,并鉴定RUNX1T1作为泛癌谱系可塑性标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证 | 鉴定与肿瘤谱系可塑性相关的泛癌生物标志物 | 114种癌症类型中的肿瘤细胞 | 生物信息学 | 多癌种(前列腺癌、肺癌、急性髓系白血病) | RNA测序、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 超过80,000个RNA测序样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 7133 | 2025-10-06 |
Identification of a liver fibrosis and disease progression-related transcriptome signature in non-alcoholic fatty liver disease
2025-03, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2025.106751
PMID:39909111
|
研究论文 | 本研究通过建立11个枢纽基因的转录组特征来识别非酒精性脂肪肝病患者的肝纤维化程度和疾病进展 | 首次建立了包含11个枢纽基因的转录组特征,能够区分NAFLD患者的轻度或晚期纤维化,并在单细胞水平验证了该特征与肝星状细胞活化的相关性 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,需要进一步实验验证基因特征的临床适用性 | 建立能够识别NAFLD患者肝纤维化程度和监测疾病进展的转录组特征 | 非酒精性脂肪肝病患者和肝星状细胞 | 生物信息学 | 非酒精性脂肪肝病 | 转录组测序,单细胞转录组测序,LASSO回归分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 6个批量转录组数据集和1个单细胞转录组数据集 | NA | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7134 | 2025-10-06 |
The end of the genetic paradigm of cancer
2025-Mar, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3003052
PMID:40100793
|
评论文章 | 本文讨论基因组测序和单细胞转录组学如何挑战癌症作为'遗传疾病'的传统观点 | 提出需要超越遗传范式,结合细胞状态动态和组织场概念来解释癌症发生机制 | 主要基于理论讨论,缺乏具体实验验证数据 | 探讨癌症发生机制的理论框架,挑战体细胞突变理论 | 癌症基因组数据和生物学理论 | 癌症生物学 | 癌症 | 基因组测序, 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7135 | 2025-10-06 |
Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes
2025-Sep-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723
PMID:40404118
|
研究论文 | 通过比较人类肝脏转录组,全面评估多种小鼠MASH模型的适用性 | 首次系统整合多种小鼠MASH模型的转录组数据并与人类MASH数据集进行对比分析 | 仅评估了部分常用小鼠模型,未涵盖所有可能的MASH建模方法 | 建立详细的转录组参考以指导MASH研究中的模型选择和实验设计 | 小鼠MASH模型和人类MASH肝脏组织 | 转录组学 | 代谢相关脂肪性肝炎 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三种小鼠MASH模型(HFD、MCD、CDA-HFD)及CCl₄诱导模型和人类MASH数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 7136 | 2025-10-06 |
mitoXplorer 3.0, A Web Tool for Exploring Mitochondrial Dynamics in Single-cell RNA-seq Data
2025-Aug-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169004
PMID:40133780
|
研究论文 | 介绍用于探索单细胞RNA测序数据中线粒体动力学的网络工具mitoXplorer 3.0 | 开发了适配单细胞测序数据分析的新功能,包括scXplorer格式化脚本和专门分析线粒体基因细胞间变异性的交互界面 | NA | 开发用于单细胞RNA测序数据中线粒体动力学分析的网络工具 | 单细胞RNA测序数据中的线粒体基因表达 | 生物信息学 | 脊髓小脑性共济失调1型 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7137 | 2025-10-06 |
TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data
2025-Aug-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205
PMID:40368275
|
研究论文 | 开发了一个名为TCREMP的生物信息学流程,用于从免疫组库和单细胞测序数据中高效嵌入T细胞受体序列 | 通过原型相似性对TCR氨基酸序列进行数字化嵌入,为比较分析提供参考点并帮助解码抗原特异性预测 | NA | 开发高效的T细胞受体序列嵌入方法,用于适应性免疫研究 | T细胞受体序列、抗原特异性T细胞群体 | 生物信息学 | 免疫相关疾病 | 单细胞测序、MHC多聚体分选测序 | 嵌入模型 | 序列数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 7138 | 2025-10-06 |
Delivery of Itgb1-siRNA by triptolide-modified and anti-Flt1 peptide-guided ionizable cationic LNPs for targeted therapy of corneal neovascularization
2025-Jul-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113811
PMID:40324532
|
研究论文 | 开发一种用于角膜新生血管靶向治疗的Itgb1-siRNA纳米递送系统 | 首次将雷公藤甲素修饰与抗Flt1肽引导的离子化阳离子脂质纳米粒相结合,实现角膜新生血管的靶向基因治疗 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 开发角膜新生血管的新型靶向治疗方法 | 角膜新生血管疾病模型 | 生物医学工程 | 角膜新生血管 | 单细胞测序,siRNA基因沉默技术 | NA | 基因表达数据,细胞功能实验数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7139 | 2025-10-06 |
Intercellular communication after myocardial infarction: Macrophage as the centerpiece
2025-Jul, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2025.102757
PMID:40320153
|
综述 | 本文总结了心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及其介导的细胞间通讯机制 | 聚焦乳酸化修饰对巨噬细胞亚群转化和细胞通讯的调控作用,提出以巨噬细胞为中心的新型靶向治疗策略 | NA | 阐明心肌梗死后巨噬细胞介导的细胞间通讯机制及其治疗潜力 | 心肌梗死后的巨噬细胞及其与心肌细胞、中性粒细胞、成纤维细胞、内皮细胞等心脏细胞的相互作用 | 病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7140 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic analyses provide insights into the tumor microenvironment heterogeneity and invasion phenotype in retinoblastoma
2025-Jul, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156009
PMID:40378583
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其与侵袭表型的关联 | 首次系统描绘视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性景观,揭示TAMs和星形胶质细胞样细胞特定亚群与肿瘤侵袭的潜在关联 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究仍需进一步实验证实 | 探究视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其在肿瘤侵袭中的作用机制 | 视网膜母细胞瘤肿瘤微环境中的各类细胞 | 单细胞组学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 微阵列数据分析 | CellChat, Monocle, CIBERSORT | 单细胞转录组数据, 微阵列数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |