单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7121	2025-02-05	Crotonylation-Related Prognostic Model of Esophageal Squamous Cell Carcinoma Based on Transcriptome Analysis and Single-Cell Sequencing Analysis 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S493800 PMID:39895826	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了crotonylation相关基因在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用，并构建了预后模型	首次在ESCC中研究了crotonylation相关基因的作用，并利用单细胞测序分析评估了细胞通讯和伪时间动态	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	探讨crotonylation相关基因在ESCC中的作用及其预后价值	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	生物信息学	食管癌	转录组分析、单细胞测序分析	LASSO回归模型	基因表达数据	三个ESCC数据集，包含24个crotonylation相关基因
7122	2025-02-05	Sonic hedgehog medulloblastoma cells in co-culture with cerebellar organoids converge towards in vivo malignant cell states 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae218 PMID:39896075	研究论文	本研究通过将Sonic hedgehog髓母细胞瘤（SHH-MB）细胞与小脑类器官共培养，探讨了非恶性肿瘤微环境对SHH-MB细胞表型特性的影响	开发了一种新型的体外SHH-MB模型，揭示了微环境对肿瘤细胞状态的非细胞自主性诱导作用	研究仅基于两种SHH-MB细胞系，可能无法完全代表所有SHH-MB亚型的特性	识别由非恶性肿瘤微环境驱动的SHH-MB细胞表型特性	Sonic hedgehog髓母细胞瘤（SHH-MB）细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两种SHH-MB细胞系与小脑类器官共培养
7123	2025-02-05	Single-cell analysis reveals islet autoantigen's immune activation in type 1 diabetes patients 2025-Jan, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.24-86 PMID:39896168	研究论文	本研究利用单细胞测序技术，全面检测了1型糖尿病患者外周血单核细胞在GAD、IA-2和胰岛素抗原重叠肽刺激下的基因表达和T细胞受体库	首次在单细胞水平上揭示了1型糖尿病患者胰岛自身抗原的免疫激活机制，并发现了T细胞受体β链在特定配对中的单克隆增加	样本量较小，仅包括20名男性患者，且仅对其中4名进行了BD Rhapsody系统分析	研究1型糖尿病的发病机制，寻找潜在的治疗靶点	1型糖尿病患者的外周血单核细胞	单细胞测序	1型糖尿病	单细胞测序，T细胞受体库分析	NA	单细胞基因表达数据，T细胞受体序列数据	20名男性1型糖尿病患者，其中4名进行了BD Rhapsody系统分析
7124	2025-02-05	CLEC11A-Driven Molecular Mechanisms in Intervertebral Disc Degeneration: A Comprehensive Multi-Omics Study 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505296 PMID:39897524	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CLEC11A在椎间盘退变（IVDD）中的分子机制	结合MR、转录组测序和单细胞转录组学，首次揭示了CLEC11A通过调控炎症介质ARTN和血清代谢物在IVDD中的关键作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	揭示IVDD的遗传发病机制和关键驱动因素	椎间盘退变（IVDD）	生物信息学	椎间盘退变	MR、转录组测序、单细胞转录组学	NA	基因表达数据、单细胞数据	NA
7125	2025-02-04	Dysfunctional KLRB1+CD8+ T-cell responses are generated in chronically inflamed systemic sclerosis skin 2025-Feb-01, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.01.022 PMID:39894688	研究论文	本研究分析了弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）皮肤病变中的CD8+ T细胞反应，揭示了两种主要的CD8+ T细胞亚群在疾病不同阶段的作用	通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，首次鉴定了dcSSc皮肤病变中两种发育相关的CD8+ T细胞亚群，并揭示了它们在疾病不同阶段的功能差异	研究主要基于皮肤样本，未涉及其他器官或系统的免疫反应	分析dcSSc皮肤病变中的免疫机制，特别是CD8+ T细胞反应	弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）患者的皮肤样本	免疫学	系统性硬化症	单细胞转录组学、表观基因组学、多色免疫荧光显微镜	NA	单细胞RNA测序数据、表观遗传数据、图像数据	dcSSc患者皮肤样本与健康对照皮肤样本
7126	2025-02-04	DUX4-stimulated genes define the antiviral response to herpesviruses in human trophoblasts 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634317 PMID:39896594	研究论文	本文研究了人类滋养层细胞对七种致畸病毒的反应，发现疱疹病毒诱导了DUX4刺激基因（DSGs）的表达，这些基因在滋养层细胞中具有独特的抗病毒功能	揭示了DUX4及其刺激基因（DSGs）在滋养层细胞中作为抗疱疹病毒防御机制的关键作用，填补了滋养层细胞对致畸病毒反应理解的空白	研究仅限于七种致畸病毒，且主要关注疱疹病毒，未涵盖所有可能的病毒类型	探讨滋养层细胞对致畸病毒的抗病毒反应机制	人类滋养层细胞	分子生物学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类滋养层细胞器官样体
7127	2025-02-04	Accurate tiling of spatial single-cell data with Tessera 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633630 PMID:39896464	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7128	2025-02-03	Periductal fibroblasts participate in liver homeostasis, fibrosis, and tumorigenesis 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232123 PMID:39888328	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了肝脏中不同成纤维细胞群体的生理功能及其在肝纤维化和肿瘤发生中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定了Cd34和Dpt作为肝成纤维细胞特异性基因，并揭示了它们在肝纤维化和肝内胆管癌中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究肝脏中不同成纤维细胞群体的生理功能及其在肝纤维化和肿瘤发生中的作用	小鼠肝脏中的成纤维细胞	生物医学	肝纤维化, 肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肝脏组织样本
7129	2025-02-03	Sp3 ameliorated experimental autoimmune encephalomyelitis by triggering Socs3 in Th17 cells 2025-Jan-28, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.01.051 PMID:39884649	研究论文	本研究探讨了Sp3在Th17细胞介导的实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的作用及其分子机制	揭示了Sp3通过上调Socs3抑制RORγt表达及Stat3和Smad2/3的磷酸化，从而改善EAE症状的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索Sp3对Th17细胞介导的EAE的影响及其分子机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型小鼠及Th17细胞	免疫学	多发性硬化症	scRNA-seq数据分析、流式细胞术、ELISA、PCR、WB、免疫荧光和报告基因技术	NA	基因表达数据、细胞数据	Sp3+/+CD4Cre小鼠和Sp3+/-基因敲除小鼠
7130	2025-01-31	Epidermal stem cell derived exosomes-induced dedifferentiation of myofibroblasts inhibits scarring via the miR-203a-3p/PIK3CA axis 2025-Jan-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03157-9 PMID:39881312	研究论文	本研究通过比较转录组学和单细胞测序技术，探讨了表皮干细胞来源的外泌体（EpiSC-EVs）通过miR-203a-3p/PIK3CA轴抑制肌成纤维细胞去分化，从而减少瘢痕形成的机制	首次揭示了EpiSC-EVs通过miR-203a-3p抑制PIK3CA表达和PI3K/AKT/mTOR通路过度激活，从而促进肌成纤维细胞去分化的分子机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证其安全性和有效性	探索抑制瘢痕形成的分子机制和潜在治疗方法	肌成纤维细胞和瘢痕组织	细胞生物学	瘢痕	比较转录组学、单细胞测序、miRNA测序、超速离心、过滤、Western blotting、免疫荧光	NA	转录组数据、单细胞数据、miRNA数据	NA
7131	2025-02-02	Cholesterol restriction primes antiviral innate immunity via SREBP1-driven noncanonical type I IFNs 2025-Jan, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00346-9 PMID:39668245	研究论文	本文探讨了胆固醇代谢与先天免疫反应之间的关系，特别是通过SREBP1驱动的非经典I型干扰素（IFN）表达来增强RIG-I依赖的抗病毒反应	揭示了胆固醇合成限制通过SREBP1转录因子依赖的方式诱导非经典I型IFN（如IFN-ω）的表达，从而增强RIG-I介导的信号传导	研究主要集中于特定细胞类型和小鼠模型，尚未在更广泛的生物体或临床环境中验证	研究胆固醇代谢如何影响先天免疫反应，特别是RIG-I依赖的抗病毒反应	特定细胞类型和小鼠模型	免疫学	病毒感染	化学筛选、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	小鼠模型和特定细胞类型
7132	2025-02-01	Single-cell transcriptomics of bronchoalveolar lavage during PRRSV infection with different virulence 2025-Jan-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54676-2 PMID:39875369	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，评估了不同毒力PRRSV感染期间支气管肺泡灌洗液中免疫细胞组成的变化及其临床结果	揭示了高毒力和中等毒力PRRSV感染在肺损伤时间点、免疫细胞组成变化及机制上的差异，特别是发现了抗炎M2样巨噬细胞在肺恢复中的作用	研究主要关注PRRSV感染，结果可能不直接适用于其他呼吸道病毒感染	理解PRRSV不同毒力水平对免疫细胞组成和临床结果的影响，以促进疾病管理和疫苗开发	支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	生物信息学	猪繁殖与呼吸综合征	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
7133	2025-02-01	RASGRF2 as a potential pathogenic gene mediating the progression of alcoholic hepatitis to alcohol-related cirrhosis and hepatocellular carcinoma 2025-Jan-28, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01853-4 PMID:39875737	研究论文	本研究通过多转录组数据库分析，确定了酒精性肝炎（AH）和肝细胞癌（HCC）之间的潜在共享基因，并验证了RASGRF2作为核心共享基因的作用	首次通过多转录组数据库和机器学习算法筛选出AH和HCC之间的共享基因，并验证了RASGRF2在AH向酒精性肝硬化（AC）和HCC进展中的致病作用	研究主要依赖于转录组数据和体外实验，缺乏体内实验验证	确定AH和HCC之间的共享基因，并验证其在疾病进展中的作用	酒精性肝炎（AH）、酒精性肝硬化（AC）和肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝细胞癌	转录组分析、免疫浸润分析、单细胞转录组分析、空间转录组分析	机器学习算法	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	多个转录组数据库和独立验证队列的数据
7134	2025-02-01	Prognostic models of immune-related cell death and stress unveil mechanisms driving macrophage phenotypic evolution in colorectal cancer 2025-Jan-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06143-9 PMID:39875913	研究论文	本文构建了一个与免疫相关的细胞死亡和应激（ICDS）预后模型，揭示了肿瘤细胞通过铜死亡下调GAL3ST4表达以抑制M2样巨噬细胞极化的机制	首次构建了ICDS预后模型，并揭示了肿瘤细胞通过铜死亡调控巨噬细胞极化的新机制	研究主要基于转录组数据，缺乏更多实验验证	揭示结直肠癌中免疫细胞浸润、程序性细胞死亡和应激之间的复杂相互作用，以指导治疗策略和改善患者预后	结直肠癌患者的转录组数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序、生化实验	机器学习模型	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的大量结直肠癌样本
7135	2025-02-01	UBE2J1 is identified as a novel plasma cell-related gene involved in the prognosis of high-grade serous ovarian cancer 2025-Jan-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06135-9 PMID:39876019	研究论文	本研究通过单细胞测序数据识别了高浆液性卵巢癌（HGSOC）中的关键免疫细胞类型，并揭示了UBE2J1作为HGSOC的新型预后标志物和致癌基因	首次将UBE2J1识别为HGSOC的新型预后标志物和致癌基因，揭示了其在细胞增殖、侵袭、迁移和肿瘤生长中的关键作用	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏独立验证队列	识别HGSOC中的关键免疫细胞标志物并探索其在肿瘤进展和治疗反应中的作用	高浆液性卵巢癌（HGSOC）患者和细胞系	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序、CCK-8、Transwell、克隆形成、伤口愈合、免疫荧光和体内肿瘤生长实验	NA	单细胞测序数据、批量测序数据	来自GEO和TCGA数据库的HGSOC样本
7136	2025-02-01	Integrating representation learning, permutation, and optimization to detect lineage-related gene expression patterns 2025-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56388-7 PMID:39870610	研究论文	本文开发了一种名为PORCELAN的方法，用于识别与细胞谱系紧密相关的基因或子树，并应用于小鼠肺癌模型和胚胎发育的单细胞RNA测序数据	PORCELAN方法结合了表示学习、排列和优化技术，能够识别与细胞谱系紧密相关的基因或子树，为研究细胞状态记忆提供了新工具	方法主要应用于小鼠模型和C. elegans的胚胎发育数据，尚未在更广泛的生物系统中验证	研究细胞谱系相关的基因表达模式，特别是在肺癌进展和胚胎发育中的细胞状态记忆	小鼠肺癌模型、小鼠和C. elegans的胚胎发育	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	表示学习、排列和优化	单细胞RNA测序数据	小鼠肺癌模型、小鼠和C. elegans的胚胎发育数据
7137	2025-02-01	Computational Identification of Migrating T cells in Spatial Transcriptomics Data 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619870 PMID:39484480	研究论文	本研究开发了一种名为ReMiTT的计算方法，利用空间转录组数据追踪T细胞在肿瘤组织中的迁移模式	ReMiTT方法首次利用空间转录组数据追踪T细胞迁移，揭示了迁移路径上的关键基因和通路	研究主要基于计算模型，缺乏实验验证	研究T细胞在肿瘤微环境中的迁移模式及其与肿瘤免疫逃逸的关系	T细胞	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	ReMiTT	空间转录组数据	多个肿瘤样本
7138	2025-02-01	The Role of Dectin-1-Akt-RNF146 Pathway in β-Glucan Induced Immune Trained State of Monocyte in Sepsis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S482213 PMID:39881796	研究论文	本文探讨了Dectin-1-Akt-RNF146通路在β-葡聚糖诱导的单核细胞免疫训练状态中的作用，特别是在脓毒症中的应用	揭示了RNF146和Akt在脓毒症免疫抑制期的作用，并发现β-葡聚糖预处理可通过Dectin-1-Akt-mTOR通路逆转免疫抑制，促进免疫训练状态	研究主要基于小鼠模型和细胞系，尚未在人类患者中进行验证	研究脓毒症中免疫训练状态的分子机制及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的外周血单核细胞、脓毒症小鼠模型及小鼠单核/巨噬细胞系RAW264.7	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠双打击模型、RAW264.7细胞系	RNA测序数据、细胞实验数据	脓毒症患者的外周血单核细胞、小鼠模型及RAW264.7细胞系
7139	2025-02-01	Therapeutic potential and mechanisms of umbilical cord mesenchymal stem cells differentiating into tendon cells and promotion of rotator cuff tendon-bone healing 2025 Jan-Dec, Journal of tissue engineering IF:6.7Q1 DOI:10.1177/20417314251315185 PMID:39882545	研究论文	本文探讨了脐带间充质干细胞（UCMSCs）分化为肌腱细胞的机制及其在促进肩袖肌腱-骨愈合中的潜力	通过单细胞测序分析分化过程中的关键细胞亚群和信号通路，并发现Hes1基因的过表达显著促进了UCMSCs向肌腱细胞的分化	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验	探索UCMSCs分化为肌腱细胞的机制及其在肩袖损伤修复中的应用	脐带间充质干细胞（UCMSCs）和肩袖肌腱损伤	细胞治疗	肩袖损伤	单细胞测序	动物模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
7140	2025-01-31	Single-cell transcriptomic profiling of maize cell heterogeneity and systemic immune responses against Puccinia polysora Underw 2025-Feb, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.14519 PMID:39612313	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了玉米对Puccinia polysora感染的细胞异质性及系统免疫反应	首次创建了玉米叶片在真菌攻击下的单细胞图谱，并重建了易感品系N110和抗病品系R99在感染期间的细胞轨迹，揭示了R99在不同叶片细胞类型中的多样化调控程序	NA	解析玉米对Puccinia polysora感染的细胞异质性及系统免疫反应机制	玉米叶片细胞	植物病理学	玉米锈病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	易感品系N110和抗病品系R99的玉米叶片细胞