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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7101 | 2025-10-06 |
CellTypeAgent: Trustworthy cell type annotation with Large Language Models
2025-May-13, ArXiv
PMID:40463689
|
研究论文 | 开发了一种结合大语言模型与数据库验证的可信细胞类型注释工具CellTypeAgent | 首次将大语言模型与数据库验证相结合用于细胞类型注释,有效减轻幻觉问题 | NA | 提高单细胞RNA测序分析中细胞类型注释的准确性和可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大语言模型 | 文本 | 9个真实数据集,包含36个组织的303种细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7102 | 2025-10-06 |
Single‑cell transcriptomic analysis revealed the tumor‑associated microenvironment of papillary thyroid carcinoma with metastasis
2025-Mar, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2025.14876
PMID:40496475
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了转移性甲状腺乳头状癌的肿瘤相关微环境特征 | 首次在单细胞水平上系统比较了转移性PTC、非转移性PTC和正常组织中免疫细胞的异质性,发现M2巨噬细胞、DC2s和Tregs与淋巴结转移相关 | 样本数量有限,仅分析了单个转移性PTC病例 | 探究甲状腺乳头状癌转移的免疫微环境机制 | 转移性甲状腺乳头状癌患者组织、非转移性PTC组织和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例转移性PTC患者的多组组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7103 | 2025-10-06 |
Pharmacological insights into targeting PI3K/Akt and NF-κB pathways for treating endometriosis-associated infertility
2025 Mar-Apr, Pakistan journal of pharmaceutical sciences
IF:0.7Q4
PMID:40501243
|
研究论文 | 本研究通过靶向PI3K/Akt和NF-κB信号通路探讨子宫内膜异位症相关不孕的机制及潜在药物治疗靶点 | 首次在子宫内膜异位症不孕研究中系统整合单细胞RNA测序、细胞培养和动物模型验证PI3K/Akt和NF-κB通路的治疗潜力 | 样本量有限(300例),缺乏多中心验证数据 | 阐明子宫内膜异位症相关不孕的分子机制并识别潜在药物靶点 | 300例子宫内膜异位症患者(轻度和重度)及对照组人群 | 生殖医学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序,细胞培养,动物模型 | 动物模型 | 临床数据,分子表达数据,单细胞测序数据 | 300例患者(分轻度、重度和对照组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7104 | 2025-10-06 |
Unraveling the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma through single-cell sequencing: A comprehensive review
2025-02, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189264
PMID:39805342
|
综述 | 通过单细胞测序技术系统综述食管鳞癌肿瘤微环境的研究进展 | 首次在单细胞水平系统整合食管鳞癌肿瘤微环境中各类细胞的异质性特征及相互作用网络 | NA | 阐明食管鳞癌肿瘤微环境的细胞组成与分子特征 | 食管鳞癌肿瘤微环境中的肿瘤细胞、免疫细胞、内皮细胞及成纤维细胞等 | 数字病理学 | 食管鳞癌 | 单细胞多组学技术 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | NA |
| 7105 | 2025-10-06 |
A Risk Model Based on Ferroptosis-Related Genes OSMR, G0S2, IGFBP6, IGHG2, and FMOD Predicts Prognosis in Glioblastoma Multiforme
2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70161
PMID:39815665
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研究论文 | 本研究基于铁死亡相关基因构建了一个风险模型,用于预测多形性胶质母细胞瘤的预后 | 首次基于铁死亡相关基因构建了包含OSMR、G0S2、IGFBP6、IGHG2和FMOD五个基因的风险预后模型 | 研究依赖于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索铁死亡分类及其风险模型在GBM中的意义,评估其在预后评估中的潜力 | 多形性胶质母细胞瘤患者 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 单变量Cox回归, LASSO回归 | 风险预测模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | TCGA-GBM和CGGA-GBM数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 7106 | 2025-10-06 |
Exploring the mechanism of action of succinic acid in ovarian cancer via single-cell sequencing of the tumor immune microenvironment
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1535504
PMID:40196737
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术探索琥珀酸在卵巢癌肿瘤免疫微环境中的作用机制 | 首次结合生物信息学和单细胞测序技术系统分析琥珀酸在卵巢癌治疗中的潜在靶点和作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证 | 探索琥珀酸在卵巢癌治疗中的潜在靶点和治疗机制 | 卵巢癌患者和正常个体的肿瘤免疫微环境细胞 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞测序, 生物信息学分析 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7107 | 2025-10-06 |
Gene set optimization for single cell transcriptomics
2025, Computational intelligence methods for bioinformatics and biostatistics : ... international meeting, CIBB ... : revised selected papers. CIBB (Meeting)
DOI:10.1007/978-3-031-89704-7_14
PMID:40487192
|
研究论文 | 本文提出了一种针对单细胞转录组数据的基因集优化方法 | 利用人类蛋白质图谱单细胞类型图谱中的细胞类型特异性信息,为基因集计算权重,实现基因集测试的定制化 | 方法依赖于HPA数据库的81种人类细胞类型数据,可能不适用于其他物种或罕见细胞类型 | 提高单细胞RNA测序数据中基因集测试的统计功效和可解释性 | 单细胞转录组数据和基因集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于HPA单细胞类型图谱的81种人类细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7108 | 2025-10-06 |
Multi-omics analysis and single-cell sequencing revealed the lysosome associated molecular subtypes and prognostic model development of papillary thyroid carcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0325486
PMID:40493560
|
研究论文 | 通过多组学分析和单细胞测序揭示了甲状腺乳头状癌的溶酶体相关分子亚型并开发了预后模型 | 首次系统研究溶酶体在PTC中的作用,开发了基于五个预后相关LAGs的评分系统,并通过单细胞测序解析了这些基因在不同细胞类型中的表达 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证;样本量可能有限 | 研究溶酶体在甲状腺乳头状癌中的作用机制并开发预后预测模型 | 甲状腺乳头状癌患者和细胞系 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 多组学分析, 单细胞测序, western blot, qRT-PCR, 集落形成实验, Transwell实验 | 预后评分模型 | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | TCGA和GEO数据库中的PTC样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 7109 | 2025-10-06 |
Malignant epithelial cell marker-driven risk signature enables precise stratification in esophageal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1610991
PMID:40496864
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,构建了食管癌恶性上皮细胞标志物驱动的风险特征模型 | 首次在单细胞分辨率下系统表征食管癌上皮细胞异质性,基于恶性上皮亚群标志基因构建六基因预后模型,并实验验证关键基因HMGB3的致癌功能 | 研究样本量有限,主要基于公共数据库数据,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 开发能够精确预测食管癌预后、免疫状态和药物反应的风险分层模型 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)组织和细胞系 | 数字病理 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, qRT-PCR, 细胞功能实验 | 多基因风险评分模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | TCGA和GEO(GSE53624)队列的食管癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7110 | 2025-10-06 |
Deciphering mitochondrial dysfunction in keratoconus: Insights into ACSL4 from machine learning-based bulk and single-cell transcriptome analyses and experimental validation
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.013
PMID:40496889
|
研究论文 | 通过机器学习驱动的转录组分析和实验验证揭示ACSL4在圆锥角膜线粒体功能障碍中的关键作用 | 首次结合机器学习算法、单细胞转录组分析和体外实验验证,系统阐明ACSL4作为圆锥角膜线粒体功能障碍的关键生物标志物 | 研究主要基于转录组数据,功能机制验证仍需进一步深入 | 探究线粒体功能障碍在圆锥角膜发病机制中的作用 | 圆锥角膜患者转录组数据和人类基质角质细胞 | 机器学习 | 圆锥角膜 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qPCR, Western blot | 多种机器学习算法 | 转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 7111 | 2025-06-13 |
[ELUCIDATION OF PATHOGENESIS IN HUMAN INFLAMMATORY SKIN DISEASES USING SINGLE-CELL RNA-SEQ ANALYSIS]
2025, Arerugi = [Allergy]
DOI:10.15036/arerugi.74.107
PMID:40500185
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7112 | 2025-10-06 |
3D-printed advanced scaffold armed with exosomes derived from human skeletal stem cell identified by single-cell RNA sequencing enhances osteochondral regeneration
2025-Sep, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.04.028
PMID:40487240
|
研究论文 | 本研究开发了一种装载人骨骼干细胞外泌体的3D打印水凝胶支架,用于增强骨软骨再生 | 利用单细胞RNA测序鉴定具有高分化潜能的骨骼干细胞,并首次将其外泌体与3D打印技术结合构建新型生物支架 | 研究仅在动物模型中进行验证,尚未进行临床试验 | 开发有效的骨软骨缺损修复策略 | 大鼠骨软骨缺损模型、人骨骼干细胞、骨髓间充质干细胞 | 组织工程 | 骨软骨缺损 | 单细胞RNA测序, 3D打印, 流式细胞术, 高通量测序 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7113 | 2025-10-06 |
l-Cysteine Alleviates Peritoneal Fibrosis by Repressing PKM2 in Peritoneal Mesothelial Cells
2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500229R
PMID:40497367
|
研究论文 | 本研究探讨了L-半胱氨酸通过抑制PKM2缓解腹膜纤维化的分子机制 | 首次揭示PKM2通过乙酰化H3K9促进SNAI2表达进而诱导间皮-间质转化的新机制 | 分子机制研究主要基于体外实验,需要更多体内实验验证 | 探索腹膜纤维化的发病机制及治疗策略 | 腹膜间皮细胞和腹膜透析患者 | 分子生物学 | 腹膜纤维化 | 单细胞RNA测序, 免疫共沉淀, 染色质免疫沉淀, 基因沉默 | NA | 单细胞RNA测序数据, 分子实验数据 | 长期腹膜透析患者的腹腔积液细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7114 | 2025-10-06 |
Filtering for Highly Variable Genes and High-Quality Spots Improves Phylogenetic Analysis of Cancer Spatial Transcriptomics Visium Data
2025-Jun-11, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2024.0614
PMID:40495757
|
研究论文 | 探索通过筛选高变异基因和高质量位点来改进癌症空间转录组学Visium数据系统发育分析的方法 | 首次在空间转录组学数据中应用高变异基因筛选和考虑RNA捕获异质性的预处理方法,改进了系统发育重建的准确性 | 仅针对Visium平台数据,方法在其他空间转录组技术中的适用性有待验证 | 开发优化的空间转录组数据预处理流程以提高癌症系统发育分析的准确性 | 癌症空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组测序 | 系统发育分析模型 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组学平台 |
| 7115 | 2025-10-06 |
C-C Chemokine Receptor 2 is a Tissue Biomarker for Abdominal Aortic Aneurysmal and Occlusive Disease
2025-Jun-11, Annals of surgery
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/SLA.0000000000006778
PMID:40495781
|
研究论文 | 本研究评估CCR2作为主动脉疾病严重程度的组织生物标志物,特别是在腹主动脉瘤患者中的应用价值 | 首次系统评估CCR2在腹主动脉瘤和闭塞性疾病中的表达特征,并通过单细胞RNA测序技术明确其主要表达细胞类型 | 样本量相对有限(42例),且为观察性研究,需要更大规模研究验证 | 探索CCR2作为主动脉疾病生物标志物的潜力 | 人类主动脉组织样本,包括非破裂和破裂腹主动脉瘤、主髂动脉闭塞性疾病及正常主动脉组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,细胞因子检测 | NA | 组织样本,基因表达数据 | 42例个体主动脉组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7116 | 2025-10-06 |
SERPINA1 is a new frontier in cancer immunotherapy and drug targeting by pan-cancer analysis
2025-Jun-08, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02832-5
PMID:40483643
|
研究论文 | 通过泛癌分析发现SERPINA1在癌症免疫治疗和药物靶向中的新作用 | 首次通过多组学数据库全面分析SERPINA1在多种癌症中的表达、预后价值及免疫调节功能 | 研究主要基于数据库分析,需要进一步实验验证 | 探索SERPINA1作为癌症免疫治疗和靶向治疗新靶点的潜力 | 多种癌症类型,重点关注乳腺癌和胶质瘤 | 生物信息学 | 多种癌症 | 单细胞测序,多组学分析,DNA甲基化分析,基因突变分析 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | NA |
| 7117 | 2025-10-06 |
Establishment of M2 macrophage-related prognostic signature in pancreatic ductal adenocarcinoma
2025-Jun-08, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02838-z
PMID:40483657
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序建立了胰腺导管腺癌中M2巨噬细胞相关的预后特征模型 | 首次在PDAC中鉴定出M2巨噬细胞的三种分化状态,并构建了基于M2标记基因的预后特征模型 | 研究结果仅为初步发现,需要通过体外/体内实验敲除特征基因或配体-受体对基因来验证其在巨噬细胞发育中的作用 | 探索M2巨噬细胞在胰腺导管腺癌中的潜在通讯机制和临床意义 | 胰腺导管腺癌(PDAC)中的M2巨噬细胞、恶性PDAC细胞和成纤维细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq) | LASSO算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 7118 | 2025-10-06 |
Glutamate transporter SLC1A6 promotes resistance to immunotherapy in cancer
2025-Jun-07, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04074-4
PMID:40481876
|
研究论文 | 本研究探讨谷氨酸转运蛋白SLC1A6在癌症免疫治疗耐药中的作用机制 | 首次发现SLC1A6在免疫治疗耐药肿瘤中高表达,并证实其通过影响CD8⁺ T细胞功能介导耐药 | 研究主要基于膀胱癌和肺癌数据,需在其他癌种中验证 | 探究SLC1A6在癌症免疫治疗耐药中的作用及机制 | 膀胱癌和肺癌患者样本、CD8⁺ T细胞、体内肿瘤模型 | 癌症免疫学 | 膀胱癌,肺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光染色,转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据,流式细胞数据,免疫荧光图像 | 膀胱癌新辅助免疫治疗患者队列,肺癌单细胞数据集,膀胱癌和肺癌转录组队列 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,转录组分析 | NA | NA |
| 7119 | 2025-10-06 |
Annexin A1-FPR1 Interaction in dendritic cells promotes immune microenvironment modulation in Thyroid Cancer
2025-Jun-07, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-025-10042-6
PMID:40483281
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转录组分析揭示甲状腺癌中树突状细胞通过ANXA1-FPR1相互作用调控免疫微环境的机制 | 首次发现ANXA1与FPR1在树突状细胞中的相互作用及其在甲状腺癌免疫调控中的关键作用 | NA | 探索甲状腺癌免疫微环境中树突状细胞的功能及其调控机制 | 甲状腺癌组织中的树突状细胞群体 | 单细胞生物学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组RNA测序,meta分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 7120 | 2025-10-06 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize mouse long bone fracture healing process
2025-Jun-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08316-0
PMID:40483363
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术,系统表征了小鼠长骨骨折愈合过程中的细胞定位和相互作用 | 优化了使用Morse溶液的去钙化方法显著提高RNA质量,结合Visium CytAssist平台和多种分析工具,首次实现了骨折愈合过程中关键细胞群体的精确定位和转化过程解析 | 研究仅限于小鼠模型,且仅分析了骨折后特定时间点(第0、5、15天),未能覆盖完整愈合过程的所有阶段 | 阐明骨折愈合过程中细胞间的协调相互作用和分子调控机制 | 小鼠股骨骨折模型 | 空间转录组学 | 骨折 | 空间转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | 小鼠股骨骨折模型在骨折前(第0天)和骨折后第5、15天的时间点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist空间转录组平台 |