单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7081	2025-02-06	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626638 PMID:39677753	研究论文	本文介绍了GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞数据中推断多模态速度和分子机制	GraphVelo通过保留向量大小和方向信息在不同数据表示之间的转换，扩展了RNA速度到多模态数据，并揭示了基因、病毒与宿主细胞之间以及不同基因调控层之间的定量非线性调控关系	现有方法在复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因上存在限制，且不适用于非转录组模态的数据	研究目的是从高通量单细胞数据中提取时间分辨信息，并扩展RNA速度到多模态数据	单细胞数据，包括病毒-宿主互作组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq	基于图的机器学习	单细胞数据	多个合成和实验scRNA-seq数据集
7082	2025-02-06	HapCNV: A Comprehensive Framework for CNV Detection in Low-input DNA Sequencing Data 2025-Jan-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.19.629494 PMID:39763944	研究论文	本文介绍了一个名为HapCNV的综合统计框架，用于在单细胞或低细胞DNA测序数据中进行数据标准化和CNV检测	HapCNV框架通过构建新型基因组位置特异性伪参考，使用初步细胞聚类方法选择无偏参考，有效保留了常见的CNV，从而在CNV检测中表现出色，特别是在短CNV的检测上	虽然HapCNV在模拟和真实寄生虫数据集中表现出色，但其在更广泛的应用场景和不同生物样本中的普适性仍需进一步验证	开发一种适用于单细胞或低细胞DNA测序数据的CNV检测方法，以克服现有方法在单倍体基因组中的局限性	单细胞或低细胞DNA测序数据中的CNV	基因组学	NA	DNA测序	统计框架	DNA测序数据	模拟数据和真实寄生虫数据集
7083	2025-02-06	Single-Cell Transcriptomics Reveals Evolutionary Reconfiguration of Embryonic Cell Fate Specification in the Sea Urchin Heliocidaris erythrogramma 2025-Jan-06, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evae258 PMID:39587400	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了海胆Heliocidaris erythrogramma胚胎细胞命运规范的进化重构	利用单细胞转录组分析技术，比较了H. erythrogramma和Lytechinus variegatus的发育时间序列，揭示了胚胎模式中的多种进化变化	研究依赖于单细胞转录组数据，可能无法完全捕捉所有调控互作的变化	研究目的是识别发育机制中的进化变化，特别是在胚胎细胞命运规范方面	研究对象为海胆Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus的胚胎细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	转录组数据	多个物种的胚胎细胞样本
7084	2025-02-06	GP73 reinforces cytotoxic T-cell function by regulating HIF-1α and increasing antitumor efficacy 2025-Jan-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009265 PMID:39762082	研究论文	本研究探讨了GP73在调节T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制	揭示了GP73通过调节HIF-1α增强T细胞功能的新机制，为肿瘤免疫治疗提供了新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床样本量有限，需要进一步验证	研究GP73在T细胞介导的抗肿瘤免疫中的作用机制	小鼠T细胞和临床肿瘤患者的T细胞	免疫学	肿瘤	单细胞测序、RNA测序、实时定量PCR、Western blotting、流式细胞术、Seahorse分析、葡萄糖摄取和L-乳酸分泌测定	GP73敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、细胞代谢数据	小鼠模型和临床肿瘤患者的血液样本
7085	2025-02-06	Galaxy as a gateway to bioinformatics: Multi-Interface Galaxy Hands-on Training Suite (MIGHTS) for scRNA-seq 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae107 PMID:39775842	研究论文	本文介绍了一个名为MIGHTS的多界面Galaxy实践培训套件，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，旨在降低生物信息学的学习门槛	MIGHTS提供了图形界面和代码并行的分析方法，促进了生物学家与程序员之间的跨学科交流，并通过实际数据分析促进批判性思维和最佳实践	NA	降低生物信息学的学习门槛，提供有效的单细胞RNA测序分析培训	生物学家和生物医学科学家	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
7086	2025-02-06	Spatial and single-cell transcriptomics reveal cellular heterogeneity and a novel cancer-promoting Treg cell subset in human clear-cell renal cell carcinoma 2025-Jan-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010183 PMID:39755578	研究论文	本研究通过空间和单细胞转录组学技术揭示了人类透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的细胞异质性，并发现了一种新的促进癌症的Treg细胞亚群	发现了具有终末效应Treg细胞分子特征但表达多种细胞因子的特殊Treg细胞亚群，并揭示了其与MRC1 + FOLR2 +肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的协同促癌作用	样本量较小，仅分析了4名患者的单细胞和空间转录组数据，并在15名患者的组织和血液样本中进行了验证	研究ccRCC中免疫抑制细胞的空间和功能异质性及其相互作用促进免疫抑制的机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	单细胞和空间转录组RNA测序	NA	RNA测序数据	4名患者的单细胞和空间转录组数据，15名患者的组织和血液样本
7087	2025-02-06	Eosinophils Enhance Granuloma-Mediated Control of Persistent Salmonella Infection 2025-Jan-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5610725/v1 PMID:39801515	研究论文	本文通过小鼠模型研究嗜酸性粒细胞在控制持久性鼠伤寒沙门氏菌感染中的作用	首次发现嗜酸性粒细胞在限制鼠伤寒沙门氏菌在肉芽肿巨噬细胞中的利用方面发挥关键作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨嗜酸性粒细胞在控制持久性鼠伤寒沙门氏菌感染中的保护作用	小鼠模型中的鼠伤寒沙门氏菌感染	免疫学	感染性疾病	空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
7088	2025-02-06	Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Jan-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5743704/v1 PMID:39801521	研究论文	本文提出了一种多尺度细胞间交互空间转录组学（MCIST）分析方法，结合多尺度拓扑表示和空间深度学习技术，用于空间转录组数据分析	首次提出多尺度细胞间交互空间转录组学分析方法，填补了当前空间转录组分析中忽视多尺度细胞间交互的空白	未明确提及具体局限性	改进空间转录组数据分析方法，提升空间域检测、轨迹推断、差异表达基因检测和信号通路富集分析的性能	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	空间深度学习技术	空间转录组数据	37个基准空间转录组数据集
7089	2025-02-06	Combined statistical-biophysical modeling links ion channel genes to physiology of cortical neuron types 2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.02.530774 PMID:39803528	研究论文	本文开发了一种结合统计和机制模型的混合建模方法，通过基因表达模式预测细胞的电生理活动	结合统计和生物物理模型，将基因表达与细胞电生理特性联系起来，克服了数学模型与数据不匹配的挑战	NA	研究基因表达与细胞电生理特性之间的关系	皮质细胞类型	生物信息学	NA	单细胞转录组学	Hodgkin-Huxley模型	多模态Patch-seq数据	多种皮质细胞类型
7090	2025-02-06	Biologically inspired heterogeneous learning for accurate, efficient and low-latency neural network 2025-Jan, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwae301 PMID:39758128	研究论文	本文提出了一种受生物启发的异质学习机制，用于构建准确、高效且低延迟的神经网络	结合了自抑制突触和神经元异质性的神经科学发现，创新性地提出了具有增强学习和记忆能力的脉冲神经网络（SNN）	未明确提及具体限制	追求与生物神经网络相媲美的准确性、效率和低延迟的人工神经网络	脉冲神经网络（SNN）及其在AI任务中的应用	机器学习	脑部疾病	scRNA-seq	SNN	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
7091	2025-02-06	Single-Cell RNA-Sequencing of Zebrafish Olfactory Epithelium Identifies Odor-Responsive Candidate Olfactory Receptors 2025-Jan, Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms IF:1.3Q4 DOI:10.1111/gtc.13191 PMID:39789807	研究论文	本文采用单细胞RNA测序技术分析了斑马鱼嗅觉感觉神经元，以识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体	通过优化单细胞分离程序和使用冷活性蛋白酶，最小化神经元激活的假象，成功分类了不同细胞类型，并验证了嗅觉受体在不同嗅觉感觉神经元簇中的非重叠表达	NA	分析斑马鱼嗅觉感觉神经元的基因表达谱，识别对特定气味刺激响应的候选嗅觉受体	斑马鱼嗅觉感觉神经元	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
7092	2025-02-06	Acquisition of discrete immune suppressive barriers contributes to the initiation and progression of preinvasive to invasive human lung cancer 2025-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.31.630523 PMID:39803458	研究论文	本文通过单细胞技术构建了高分辨率的肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的细胞组成、功能状态、发育轨迹和多细胞交互网络图谱	首次构建了肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的高分辨率单细胞图谱，揭示了免疫抑制细胞表型的演变及其在疾病进展中的作用	研究主要基于单细胞技术，可能无法完全反映体内复杂的微环境变化	揭示肺癌前侵袭到侵袭性腺癌的早期疾病发生和进展的决定因素	肺癌前侵袭和侵袭性腺癌的微解剖非固体（前侵袭）和固体（侵袭）部分	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 多重成像质谱流式细胞术, 空间转录组学	NA	单细胞数据, 空间数据	个体部分固体结节的微解剖样本
7093	2025-02-05	The next generation of regenerative dentistry: From tooth development biology to periodontal tissue, dental pulp, and whole tooth reconstruction in the clinical setting 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.002 PMID:39885872	review	本文综述了牙齿发育的基础过程、基础研究的最新发现以及牙科再生医学中的临床应用，探讨了实现牙齿和牙周组织完全再生的潜力	本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学等最新技术，探讨了从牙齿发育生物学到牙周组织、牙髓及全牙重建的再生牙科新方向	尽管技术进展显著，但牙齿和牙周组织的完全再生在临床应用中仍未实现	探讨实现牙齿和牙周组织完全再生的科学基础和临床潜力	牙齿、牙周组织、牙髓及全牙重建	再生医学	牙科疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	分子数据	NA
7094	2025-02-05	Hepatic HSD17B6 is dispensable for diet-induced fatty liver disease in mice 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101924 PMID:39896111	研究论文	本研究探讨了HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用	首次揭示了HSD17B6在肝脏中的表达与脂肪肝疾病的相关性，并发现其肝脏特异性缺失不影响脂肪肝疾病的发展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究HSD17B6在饮食诱导的脂肪肝疾病中的作用	小鼠模型	代谢疾病研究	脂肪肝疾病	单细胞RNA测序, AAV8介导的基因编辑	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据, 蛋白质组数据	小鼠模型
7095	2025-02-05	Single-cell RNA sequencing provides new insights into the interaction between astrocytes and neurons after spinal cord injury in mice 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101917 PMID:39896108	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠脊髓损伤后不同阶段及正常组织中星形胶质细胞和神经元亚型的动态变化及其功能，揭示了特定星形胶质细胞亚型在脊髓损伤过程中可能向神经元转化的机制	发现了一种特定亚型的星形胶质细胞，其具有独特的基因表达特征，并在脊髓损伤过程中可能转化为神经元，同时揭示了糖酵解途径在这一细胞转化过程中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨脊髓损伤后星形胶质细胞与神经元之间的相互作用及其在疾病进展中的机制	小鼠脊髓损伤模型中的星形胶质细胞和神经元	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠脊髓损伤模型及正常组织样本
7096	2025-02-05	Single-cell transcriptome atlas of male mouse pituitary across postnatal life highlighting its stem cell landscape 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111708 PMID:39898054	研究论文	本文构建了雄性小鼠内分泌垂体的单细胞转录组图谱，涵盖了健康与损伤状态下的重要出生后年龄段，重点研究了垂体干细胞及其复杂身份和微环境	通过单细胞转录组技术揭示了垂体干细胞的标记物和调控因子，并利用垂体干细胞类器官功能验证了转录组发现，特别是KLF5、AP-1复合物和EGF通路在垂体干细胞调控中的作用	研究主要基于小鼠模型，尽管部分发现可转化至人类，但仍需进一步验证	揭示垂体干细胞的生物学特性及其在衰老过程中的变化	雄性小鼠的垂体	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	涵盖健康与损伤状态下的雄性小鼠垂体样本
7097	2025-02-05	Fusobacterium nucleatum promotes colorectal cancer through neogenesis of tumor stem cells 2025-Feb-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181595 PMID:39656543	研究论文	本研究揭示了Fusobacterium nucleatum通过激活LY6A+复兴干细胞（RSCs）并促进其转化为肿瘤干细胞，从而加速结直肠癌（CRC）发生的机制	发现了F. nucleatum通过LY6A受体上调RPS14，驱动RSCs过度增殖和肿瘤转化的新信号轴	研究主要基于小鼠模型和临床样本分析，尚未在人体中进行干预实验验证	探讨Fusobacterium nucleatum在结直肠癌发生中的作用机制	结直肠癌患者和小鼠模型中的肠道隐窝细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞测序分析	小鼠模型	基因表达数据	结直肠癌患者和小鼠模型
7098	2025-02-04	Exploring the tumor microenvironment of colorectal cancer patients post renal transplantation by single-cell analysis 2025-Feb, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16409 PMID:39623744	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，探索了肾移植后结直肠癌患者的肿瘤微环境，揭示了免疫抑制药物对肿瘤免疫微环境的影响	首次在肾移植后结直肠癌患者中应用单细胞RNA测序技术，详细比较了移植与非移植患者的肿瘤免疫微环境差异，并发现了CD8效应T细胞和CD4FOXP3调节T细胞的功能变化	样本量较小，仅包括4名肾移植后结直肠癌患者和23名非移植结直肠癌患者的数据	研究肾移植后结直肠癌患者的肿瘤免疫微环境变化及其对免疫治疗策略的影响	肾移植后结直肠癌患者的肿瘤和正常组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	4名肾移植后结直肠癌患者和23名非移植结直肠癌患者
7099	2025-02-05	MAZ-mediated tumor progression and immune evasion in hormone receptor-positive breast cancer: Targeting tumor microenvironment and PCLAF+ subtype-specific therapy 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102280 PMID:39805182	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了激素受体阳性乳腺癌的肿瘤亚型，揭示了C3 PCLAF+肿瘤细胞亚型在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用，并提出了新的预后模型	通过单细胞RNA测序技术识别了C3 PCLAF+肿瘤细胞亚型，并发现MAZ在该亚型中的关键作用，提出了基于PCLAF+/MAZ调控网络的新型预后模型	研究主要基于数据库和体外实验，缺乏临床样本的验证	揭示激素受体阳性乳腺癌的分子机制，特别是肿瘤异质性和肿瘤微环境的变化，以克服治疗耐药性并开发新的治疗靶点	激素受体阳性乳腺癌（HR+BC）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	NA
7100	2025-02-05	Histone methyltransferase KMT2A promotes pulmonary fibrogenesis via targeting pro-fibrotic factor PU.1 in fibroblasts 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70217 PMID:39888275	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶KMT2A在肺纤维化中的作用及其通过调控PU.1转录因子促进纤维化的机制	揭示了KMT2A通过催化PU.1基因启动子区域的H3K4me3修饰来上调PU.1表达，从而促进肺纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨KMT2A在肺纤维化中的作用及其潜在的治疗靶点价值	肺纤维化患者和小鼠模型中的成纤维细胞	表观遗传学	肺纤维化	微阵列分析、单细胞测序、生物信息学分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	IPF患者和小鼠模型的肺组织样本