单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7061	2025-02-07	SCovid v2.0: a comprehensive resource to decipher the molecular characteristics across tissues in COVID-19 and other human coronaviruses 2025-Feb-04, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01933-24 PMID:39714149	研究论文	SCovid v2.0是一个更新的数据库，旨在通过转录组测序帮助研究人员揭示2019冠状病毒病（COVID-19）在不同组织中的分子特征	SCovid v2.0相较于其前身，增加了全面的数据、实用的功能，并重建了分析流程，包括更多的单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，以及与其他人类冠状病毒的比较分析	NA	揭示COVID-19在不同组织中的分子特征，并进行与其他人类冠状病毒的比较分析	COVID-19及其他人类冠状病毒的分子特征	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	3,544,360个细胞来自45个单细胞RNA测序数据集，涵盖15个组织的789个样本；1,688个样本来自12个组织的62个COVID-19批量RNA测序数据；7个与其他人类冠状病毒相关的批量RNA测序数据集
7062	2025-02-07	Development of a prognostic model based on four genes related to exhausted CD8+ T cell in triple-negative breast cancer patients: a comprehensive analysis integrating scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-Feb-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01812-z PMID:39899181	研究论文	本研究旨在开发基于与耗竭CD8+ T细胞相关的四个基因的三阴性乳腺癌（TNBC）预后模型，并探讨其临床和免疫相关性	通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，筛选出与TNBC患者生存显著相关的四个基因，构建了一个新的预后模型	研究主要依赖于公开数据集，缺乏独立的外部验证队列	开发一个基于耗竭CD8+ T细胞相关基因的TNBC预后模型，并评估其临床和免疫相关性	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	TCGA队列和外部队列的TNBC患者数据
7063	2025-02-07	EMT-driven plasticity prospectively increases cell-cell variability to promote therapeutic adaptation in breast cancer 2025-Feb-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03637-w PMID:39901189	研究论文	本文研究了上皮-间质转化（EMT）驱动的细胞可塑性在三阴性乳腺癌（TNBC）治疗适应中的作用	首次揭示了EMT驱动的可塑性如何增加细胞间表型多样性，并在化疗前产生罕见的预适应状态	研究仅基于体外模型，未涉及体内环境	探讨EMT驱动的可塑性在TNBC治疗适应中的作用	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个TNBC体外模型
7064	2025-02-07	Oxygen-dependent alternative mRNA splicing and a cone-specific motor protein revealed by single-cell RNA sequencing in hypoxic retinas 2025-Feb, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110190 PMID:39638278	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了缺氧条件下小鼠视网膜中特定细胞类型的反应，揭示了氧依赖的mRNA选择性剪接和锥体特异性运动蛋白Kif4的表达	首次在缺氧视网膜中发现了锥体特异性运动蛋白Kif4的强烈诱导表达，并揭示了RNA结合蛋白Rbm3和Cirbp在缺氧条件下的异构体转换	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类视网膜的缺氧反应	理解特定视网膜细胞类型在缺氧条件下的反应机制	小鼠视网膜细胞	单细胞RNA测序	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠视网膜细胞
7065	2025-02-07	Heterogeneity of tertiary lymphoid structures predicts the response to neoadjuvant therapy and immune microenvironment characteristics in triple-negative breast cancer 2025-Feb, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02917-y PMID:39658606	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中三级淋巴结构（TLSs）对新辅助治疗（NAT）反应和免疫微环境特征的预测作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）和放射组学技术，评估TNBC患者NAT前后的TLSs和肿瘤微环境（TME）变化，并开发了预测TLS状态和NAT疗效的影像生物标志物评分系统	CD8+T细胞水平未能有效预测NAT反应，研究样本量未明确说明	探讨TLSs在TNBC中对NAT反应和免疫微环境特征的预测作用	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光染色（mIF）、放射组学	NA	RNA测序数据、影像数据	NA
7066	2025-02-07	TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407408 PMID:39665254	研究论文	本研究揭示了TEAD1在促进血管平滑肌细胞（VSMCs）向成纤维样细胞转分化中的关键作用，以及这一过程在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的重要性	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和VSMC谱系追踪研究，揭示了TEAD1在VSMCs向成纤维样细胞转分化中的关键作用，并阐明了其通过Wnt4/β-Catenin通路促进斑块稳定性和修复的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨TEAD1在动脉粥样硬化斑块稳定性和破裂后修复中的作用	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），谱系追踪	NA	基因表达数据	小鼠模型
7067	2025-02-07	Single-Nucleus and Spatial Transcriptome Profiling Delineates the Multicellular Ecosystem in Hepatocellular Carcinoma After Hepatic Arterial Infusion Chemotherapy 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405749 PMID:39686623	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，描绘了肝动脉灌注化疗（HAIC）后肝细胞癌（HCC）的多细胞生态系统	首次整合单核RNA测序和空间转录组学技术，详细描述了HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统，并揭示了CD4 T、CD20 B和树突状细胞亚型的增加及其在细胞通讯中的作用	研究样本量有限，且未涉及长期随访数据	研究HAIC治疗后HCC的多细胞生态系统	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	治疗前和治疗后的HCC肿瘤样本
7068	2025-02-06	Single-cell transcriptomics and metabolomic analysis reveal adenosine-derived metabolites over-representation in pseudohypoxic neuroendocrine tumours 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70159 PMID:39902723	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7069	2025-02-07	Molecular and cellular morphology of placenta unveils new mechanisms of reproductive immunology 2025-Jan-20, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.01.025 PMID:39842636	研究论文	本文通过空间转录组学、多重免疫组化和双重标记技术，研究了早期和晚期胎盘的分子和细胞特征，揭示了人类生殖过程中免疫调节的新机制	发现了胚胎滋养层在植入前早期表达免疫检查点蛋白，揭示了胎儿和母体免疫系统之间的免疫反应机制，并提出了胎儿驱动的免疫平衡机制	研究主要基于正常和异位妊娠以及动物模型，可能无法完全代表所有人类妊娠情况	研究胎盘在早期和晚期的分子和细胞特征，以更好地理解人类生殖过程中的免疫调节	早期和晚期胎盘、正常和异位妊娠、动物模型	生殖免疫学	NA	空间转录组学(ST)、多重免疫组化、双重标记（免疫组化和荧光原位杂交(FISH)）	NA	组织、细胞、蛋白质和分子水平的数据	正常和异位妊娠样本及动物模型
7070	2025-02-07	A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection 2025-Jan, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012855 PMID:39869679	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了西尼罗河病毒（WNV）感染期间库蚊中肠的细胞类型及其对病毒感染的响应	首次构建了库蚊中肠的单细胞图谱，并揭示了不同细胞类型对WNV感染的响应差异，特别是肠内分泌细胞（EE）中病毒RNA的高水平复制	未在全中肠水平检测到显著的抗病毒免疫基因上调，且研究仅限于库蚊中肠，未涉及其他组织或物种	研究库蚊中肠在WNV感染期间的细胞类型及其对病毒感染的响应	库蚊中肠细胞	单细胞测序	西尼罗河病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	库蚊中肠细胞
7071	2025-02-06	Gal-3 activates Tyro3 to ameliorate ferroptosis of hippocampal neurons after traumatic brain injury 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102433 PMID:39902149	研究论文	本文研究了创伤性脑损伤（TBI）后海马神经元的铁死亡机制，并探讨了Gal-3通过激活Tyro3来改善神经元铁死亡的作用	首次揭示了Tyro3在TBI后神经元铁死亡中的关键作用，并发现Gal-3通过激活Tyro3具有神经保护作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探讨TBI后海马神经元铁死亡的机制及其潜在治疗靶点	创伤性脑损伤后的海马神经元	生物信息学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
7072	2025-02-06	BRD4 Induces Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via the Wnt/β-catenin Pathway 2025-Feb-04, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11043-0 PMID:39903433	研究论文	本研究探讨了BRD4在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的作用及其分子机制	首次全面探索BRD4在ESCC中的功能，并揭示了其通过Wnt/β-catenin信号通路促进ESCC进展的机制	未提及具体样本量，且未讨论BRD4在其他类型癌症中的潜在作用	研究BRD4在ESCC中的作用及其分子机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	癌症研究	食管鳞状细胞癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
7073	2025-02-06	Single-cell omics in inflammatory bowel disease: recent insights and future clinical applications 2025-Feb-04, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334165 PMID:39904604	综述	本文综述了单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	单细胞组学技术克服了传统批量分析的局限性，揭示了多细胞组织的复杂性，并发现了与疾病活动或并发症发展相关的新细胞类型和功能	尽管单细胞组学技术在IBD研究中显示出巨大潜力，但其在临床实践中的应用仍处于早期阶段，存在一定的局限性	探讨单细胞组学技术在炎症性肠病（IBD）研究中的应用及其未来临床应用的潜力	溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	单细胞组学数据	NA
7074	2025-02-06	Single-cell transcriptomic analysis reveals efferocytosis signature predicting immunotherapy response in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-03, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.dld.2025.01.196 PMID:39904693	研究论文	本文通过单细胞转录组分析开发了一个与efferocytosis相关的基因签名（ER.Sig），用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	开发了一个新的efferocytosis相关基因签名（ER.Sig），并利用多组学方法深入解析了HCC的预后特征	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和一致性的限制	预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	随机生存森林模型	RNA测序数据	多个公共数据库中的HCC患者样本
7075	2025-02-06	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence 2025-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02044-2 PMID:39633115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）复发过程中肿瘤微环境的动态变化	识别了与NMIBC复发相关的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）亚型和具有显著免疫抑制特征的巨噬细胞亚型，并发现雌激素在复发性尿路上皮癌细胞中的上调	样本量较小，仅包括10个原发性和复发性NMIBC样本	深入了解尿路上皮膀胱癌（UBC）复发过程中肿瘤微环境的变化	非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	10个原发性和复发性NMIBC样本
7076	2025-02-05	Dynamic evolution of TCF3-PBX1 leukemias at the single-cell level under chemotherapy pressure 2025-Feb, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70071 PMID:39901941	研究论文	本文通过建立TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型，研究了化疗压力下急性淋巴细胞白血病（ALL）在单细胞水平的动态演化	首次在单细胞水平上揭示了TCF3-PBX1白血病在化疗后的克隆动态演化和表型多样性，并发现了与化疗耐药相关的信号通路	研究主要基于小鼠模型，结果在人类ALL中的适用性需要进一步验证	研究TCF3-PBX1白血病在化疗压力下的动态演化和耐药机制	TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型和化疗后的白血病细胞	数字病理学	白血病	下一代测序技术（NGS）和质谱流式细胞术	小鼠模型	单细胞RNA测序数据和质谱流式细胞数据	TCF3-PBX1白血病小鼠模型
7077	2025-02-06	Inferring disease progression stages in single-cell transcriptomics using a weakly supervised deep learning approach 2025-Jan-22, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278812.123 PMID:39622637	研究论文	本文提出了一种新的深度学习方法scIDST，用于推断单细胞转录组数据中的疾病进展阶段	scIDST方法通过弱监督框架推断单个细胞的疾病进展水平，解决了患者来源组织中细胞异质性问题	NA	开发一种新的单细胞测序分析方法，以识别真实的疾病相关分子特征	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞/核基因组测序	深度学习	单细胞转录组数据	NA
7078	2025-02-06	Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5656204/v1 PMID:39877088	研究论文	本研究比较了基于成像的单细胞分辨率空间转录组学平台在福尔马林固定、石蜡包埋的肿瘤样本中的性能	首次系统评估了商业化的空间转录组学平台在空间生物学研究中的性能，并揭示了组织年龄和探针设计等参数对数据质量的影响	研究仅限于肺腺癌和胸膜间皮瘤样本，可能不适用于其他类型的肿瘤	比较不同单细胞空间转录组学平台的性能，以确定其在肿瘤生物学研究中的适用性	福尔马林固定、石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤样本	数字病理学	肺癌	空间转录组学（ST）、RNA测序、多重免疫荧光、GeoMx数字空间分析仪、苏木精和伊红染色	NA	图像、RNA测序数据	肺腺癌和胸膜间皮瘤样本的组织微阵列
7079	2025-02-06	Bypassing cisplatin resistance in Nrf2 hyperactivated head and neck cancer through effective PI3Kinase targeting 2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632413 PMID:39868226	研究论文	本研究探讨了PI3K抑制剂在绕过Nrf2介导的顺铂耐药性中的疗效，特别是在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的应用	研究发现PI3K抑制剂gedatolisib能有效抑制顺铂耐药的HNSCC增殖，并通过激活自噬、衰老和破坏脂肪酸代谢来增强顺铂的疗效	研究主要依赖于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证	评估PI3K抑制剂在克服Nrf2介导的顺铂耐药性中的效果	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）	癌症研究	头颈部鳞状细胞癌	转录组学、代谢组学、空间转录组学	皮下、原位和转移性异种移植模型	转录组数据、代谢组数据	使用免疫缺陷和人源化小鼠模型进行体内实验
7080	2025-02-06	Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis 2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.05.616802 PMID:39868275	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的变化	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了动脉粥样硬化中外膜成纤维细胞的动态变化，并发现SERPINH1基因在其中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用，寻找新的治疗靶点	小鼠主动脉外膜细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	雄性Ldlr -/-小鼠，每组3只，共两组