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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7001 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblasts in breast cancer in the single-cell era: Opportunities and challenges
2025-04, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189291
PMID:40024607
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综述 | 本文探讨了单细胞时代乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性、生物标志物分类及其在肿瘤进展中的作用 | 利用单细胞RNA测序技术系统分析乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性和功能亚群 | NA | 探索乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的亚群分类及其在肿瘤微环境中的功能作用 | 乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7002 | 2025-10-06 |
CAD manipulates tumor intrinsic DHO/UBE4B/NF-κB pathway and fuels macrophage cross-talk, promoting HCC metastasis
2025-Mar-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001304
PMID:40073276
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研究论文 | 本研究揭示了CAD通过调控DHO/UBE4B/NF-κB通路和巨噬细胞重编程促进肝细胞癌转移的机制 | 首次发现CAD通过调控嘧啶从头合成导致DHO积累,直接结合UBE4B并激活NF-κB通路,同时重编程巨噬细胞为促肿瘤表型 | 样本量相对有限(159例患者),需要更大规模研究验证 | 阐明PVTT形成和HCC转移的机制,寻找临床干预靶点 | 肝细胞癌患者样本(包括37例PVTT患者)和实验模型 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 多组学分析、代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、蛋白质组数据、代谢组数据、单细胞RNA测序数据 | 159例HCC患者(包括37例PVTT患者) | NA | 单细胞RNA测序, 代谢组学, 转录组学, 蛋白质基因组学 | NA | NA |
| 7003 | 2025-10-06 |
The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application
2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469
PMID:39625818
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综述 | 癌症免疫治疗学会对组织基技术在免疫肿瘤生物标志物发现与应用中的观点总结 | 整合多重免疫组化、单细胞转录组与空间蛋白质组学等前沿技术,提出生物标志物技术评估框架 | 未涉及具体临床验证数据,主要基于技术原理和现有研究进行展望 | 指导免疫肿瘤生物标志物技术发展方向和临床转化 | 组织基生物标志物检测技术 | 数字病理 | 多种癌症 | 多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱蛋白质组学 | NA | 多组学数据、空间蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学、蛋白质组学成像 | NA | NA |
| 7004 | 2025-10-06 |
Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis
2025-01-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-81110-w
PMID:39848950
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研究论文 | 通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征的分子特征 | 整合多个数据集进行综合分析,发现PCOS中新的共表达模块和信号通路,并通过伪时间轨迹分析揭示疾病发展轨迹 | NA | 揭示多囊卵巢综合征的分子机制 | 多囊卵巢综合征患者基因表达数据 | 生物信息学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, RT-qPCR | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自三个数据集(GSE138518, GSE155489, PRJNA600740) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7005 | 2025-10-06 |
Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks
2025-01-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-78502-3
PMID:39843498
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研究论文 | 本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序识别脓毒症预后生物标志物并构建ceRNA调控网络 | 首次结合RNA测序、单细胞RNA测序和meta分析筛选脓毒症预后相关核心基因,并构建了包含4个circRNA、26个miRNA和2个mRNA的ceRNA调控网络 | 样本量较小(幸存组26例,非幸存组6例),需要在更大样本中验证 | 识别脓毒症预后生物标志物并构建ceRNA调控网络以深入理解脓毒症发病机制 | 脓毒症患者血液样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞RNA测序,差异表达分析,GO分析,meta分析 | ceRNA调控网络 | RNA测序数据,单细胞RNA测序数据 | 32例脓毒症患者(幸存组26例,非幸存组6例) | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10×Single-cell RNA sequencing |
| 7006 | 2025-10-06 |
DiabetesOmic: A comprehensive multi-omics diabetes database
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.05.008
PMID:40502930
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研究论文 | 介绍了一个名为DiabetesOmic的综合多组学糖尿病数据库,整合了五种高通量测序数据 | 首个专门针对糖尿病的综合多组学数据库,整合了五种测序模态数据并提供了临床并发症注释 | 目前仅包含487个样本,样本规模相对有限 | 为糖尿病研究提供分子资源,促进对糖尿病病理机制的深入理解 | 1型和2型糖尿病患者的多种组织样本 | 生物信息学 | 糖尿病 | ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq, scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 多组学测序数据 | 487个样本,涵盖1型和2型糖尿病的多种组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 批量ATAC-seq | NA | NA |
| 7007 | 2025-10-06 |
Exosomal BMPR2 Macromolecule Facilitates Alveolar Epithelial Cell Repair Through Functional Complex Formation with BMPR1B in Acute Lung Injury
2025, International journal of nanomedicine
IF:6.6Q1
DOI:10.2147/IJN.S519393
PMID:40502982
|
研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞来源的外泌体通过BMPR2-BMPR1B复合物形成促进急性肺损伤中肺泡上皮细胞修复的分子机制 | 首次发现外泌体BMPR2通过与上皮细胞BMPR1B形成功能复合物激活SMAD1信号通路,促进AT2向AT1细胞转分化 | 研究主要聚焦于分子机制,临床转化潜力需进一步验证 | 探索急性肺损伤中肺泡修复的分子机制和治疗策略 | 巨噬细胞来源的外泌体和肺泡上皮细胞 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 动态光散射,透射电镜,免疫印迹,蛋白质组学,分子对接,单细胞RNA测序,生化分析,共聚焦共定位,近红外成像,多重免疫荧光,伪时间轨迹分析 | NA | 蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7008 | 2025-10-06 |
Exploring the role of neutrophils in inflammatory pain hypersensitivity via single-cell transcriptome profiling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1552993
PMID:40503232
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析探索中性粒细胞在炎症性疼痛超敏反应中的作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析术后和CFA诱导炎症中CD11b+细胞的组成,并发现CXCR2抑制剂NAMO通过抑制中性粒细胞分化成熟缓解疼痛 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索中性粒细胞在炎症性疼痛中的作用机制 | 小鼠术后和CFA诱导炎症模型中的CD11b+细胞 | 单细胞转录组学 | 炎症性疼痛 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学分析,生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 小鼠炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7009 | 2025-10-06 |
Identification of mitophagy-related biomarkers in severe acute pancreatitis: integration of WGCNA, machine learning algorithms and scRNA-seq
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1594085
PMID:40503237
|
研究论文 | 本研究通过整合多种生物信息学方法和实验验证,识别出MAPK14作为重症急性胰腺炎中关键的线粒体自噬相关生物标志物 | 首次将WGCNA、机器学习算法和单细胞RNA测序技术相结合,系统性地识别重症急性胰腺炎中的线粒体自噬相关基因,并发现MAPK14在胰腺巨噬细胞中的重要作用 | 研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证,需要在人类临床样本中进一步验证 | 识别重症急性胰腺炎中关键的线粒体自噬相关基因,为深入研究其发病机制提供理论基础 | 重症急性胰腺炎患者基因表达数据、SAP小鼠模型 | 生物信息学 | 重症急性胰腺炎 | WGCNA, 机器学习算法, 单细胞RNA测序, ssGSEA | 机器学习算法 | 基因表达数据 | GSE194331和GSE279876数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 基因表达分析 | NA | NA |
| 7010 | 2025-10-06 |
Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury
2025-Sep, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302
PMID:40345569
|
研究论文 | 本研究揭示了Plxdc2蛋白在调节小胶质细胞稳态和减轻缺血性脑损伤中的关键作用 | 首次发现Plxdc2在小胶质细胞中高表达并在脑卒中后显著下调,阐明了其通过PPARγ通路调控NF-κB信号和脂质代谢的新机制 | 研究主要聚焦于小胶质细胞,Plxdc2在其他神经细胞中的作用尚未完全阐明 | 探究Plxdc2在缺血性脑卒中中小胶质细胞功能调节中的作用机制 | 小胶质细胞和缺血性脑损伤模型 | 神经科学 | 缺血性脑卒中 | scRNA-seq, 转录组分析, 腺相关病毒(AAV)过表达, 慢病毒干扰 | NA | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7011 | 2025-10-06 |
Microglial colonization routes and their impacts on cellular diversity
2025-Jul, Neuroscience research
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.neures.2025.04.004
PMID:40288616
|
综述 | 探讨小胶质细胞通过不同定植路线进入大脑并影响其细胞多样性的机制 | 重点关注小胶质细胞通过多种定植路线形成细胞多样性的假说,整合单细胞转录组学最新发现 | 作为综述文章,未提供原始实验数据验证假说 | 阐明小胶质细胞多样性形成机制 | 小胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7012 | 2025-10-06 |
Insights into Keratinocyte and Immunologic Landscape in Cutaneous Graft-Versus-Host Disease through Single-Cell Transcriptomics
2025-Jul, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2025.100373
PMID:40492027
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析皮肤慢性移植物抗宿主病中角质形成细胞和免疫细胞的分子特征 | 首次在单细胞水平揭示慢性GVHD皮肤中角质形成细胞的非免疫学变化和免疫细胞的组成改变 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探究皮肤慢性移植物抗宿主病的发病机制 | 慢性GVHD患者和健康对照的皮肤样本 | 单细胞组学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 慢性GVHD和健康对照皮肤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7013 | 2025-10-06 |
SOAR elucidates biological insights and empowers drug discovery through spatial transcriptomics
2025-Jun-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt7450
PMID:40498826
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研究论文 | 介绍空间转录组学分析资源SOAR平台及其在生物学发现和药物研发中的应用 | 开发了包含3461个样本的综合性空间转录组学平台,整合了多种物种、组织类型和技术平台的数据 | 未提及具体的技术限制或数据质量限制 | 通过空间转录组学数据挖掘生物学见解并推动药物发现 | 13个物种、42种组织类型的3461个空间转录组学样本 | 空间转录组学 | 癌症、溃疡性结肠炎 | 空间转录组学技术 | NA | 空间转录组数据 | 3461个样本 | NA | 空间转录组学 | NA | 涵盖19种不同的空间转录组学技术 |
| 7014 | 2025-10-06 |
NOTCH1 dimeric signaling is essential for T-cell leukemogenesis and leukemia maintenance
2025-Jun-12, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024027020
PMID:40009499
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研究论文 | 本研究揭示了NOTCH1二聚体信号在T细胞急性淋巴细胞白血病发生和维持中的关键作用 | 首次证明NOTCH1二聚体信号对T-ALL发生至关重要,并发现HES4通过调控Δ133p53亚型和BCL2L1表达促进白血病细胞存活 | 研究主要基于合成模型和患者来源的异种移植模型,在原发性人类T-ALL样本中的验证仍需进一步深入 | 探究NOTCH1二聚体信号在T细胞白血病发生和维持中的分子机制 | 人类造血干细胞/祖细胞、T-ALL细胞系、患者来源的异种移植模型和原发性T-ALL样本 | 癌症生物学 | T细胞急性淋巴细胞白血病 | RNA测序,染色质免疫沉淀测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据,单细胞转录组数据 | 脐带血来源的造血干细胞/祖细胞、T-ALL细胞系和原发性T-ALL样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7015 | 2025-10-06 |
Machine learning-driven construction and validation of an intra-tumoral heterogeneity-associated prognostic model for bladder urothelial carcinoma
2025-Jun-11, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2025.2516767
PMID:40500142
|
研究论文 | 本研究构建并验证了一个基于肿瘤内异质性相关基因的膀胱尿路上皮癌预后模型 | 首次结合LASSO和随机生存森林算法开发14基因预后特征,并通过单细胞RNA测序分析验证模型基因的表达模式 | 研究依赖于公共数据库数据,缺乏前瞻性验证 | 构建膀胱尿路上皮癌的预后预测模型 | 膀胱尿路上皮癌患者 | 机器学习 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | LASSO,随机生存森林 | 转录组数据,临床数据 | 多个公共队列数据 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 7016 | 2025-10-06 |
Differentiation of lung tissue-resident c-Kit+ cells into microvascular endothelial cells alleviates pulmonary vascular remodeling
2025-Jun-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.01.010
PMID:39909047
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研究论文 | 本研究揭示了肺组织驻留c-Kit+细胞通过分化为微血管内皮细胞缓解肺血管重构的机制 | 首次阐明肺组织驻留c-Kit+细胞在肺血管重构中的保护作用及其通过NR2F2调控的分化机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究肺c-Kit细胞分化在肺血管重构中的作用机制 | 肺组织驻留c-Kit+细胞及其分化的内皮细胞 | 病理生理学 | 肺动脉高压 | 遗传谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | SU5416/低氧诱导的肺血管重构小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7017 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011
PMID:40185093
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示色氨酸代谢抑制肝细胞癌内三级淋巴结构成熟的机制 | 首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境导致三级淋巴结构成熟偏离,并证明抑制色氨酸代谢可促进三级淋巴结构成熟并增强免疫治疗效果 | 研究主要聚焦于肝细胞癌,在其他癌种中的普适性需要进一步验证 | 探究三级淋巴结构成熟机制及其对免疫治疗的影响 | 肝细胞癌中的三级淋巴结构及其微环境 | 空间转录组学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 近单细胞空间转录组图谱 |
| 7018 | 2025-10-06 |
eIF5A maintains intestinal epithelial homeostasis by sustaining intestinal stem cells
2025-Jun-09, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00243-z
PMID:40488929
|
研究论文 | 本研究揭示了eIF5A通过调控线粒体翻译维持肠道干细胞功能和肠道上皮稳态的关键作用 | 首次发现eIF5A通过调控线粒体翻译来维持肠道干细胞功能和肠道上皮稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和肠道类器官,尚未在人类样本中验证 | 探究eIF5A在肠道上皮稳态维持中的功能及其分子机制 | 小鼠肠道上皮细胞、肠道干细胞、肠道类器官 | 细胞生物学 | 肠道疾病 | 条件性基因敲除、质谱分析、单细胞RNA测序、线粒体功能检测 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、功能实验数据 | 成年小鼠肠道上皮细胞和肠道类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7019 | 2025-10-06 |
Prognostic and immune modulatory effects of ammonia-induced cell death in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Jun-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02508-0
PMID:40490575
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研究论文 | 本研究探讨了氨诱导细胞死亡在头颈部鳞状细胞癌中的预后价值和免疫调节作用 | 首次建立氨死亡特征作为HNSC的新型预后生物标志物,揭示了氨代谢与肿瘤进展和免疫抑制的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 评估氨诱导细胞死亡在头颈部鳞状细胞癌中的预后意义和免疫调节机制 | 头颈部鳞状细胞癌患者和单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 随机生存森林,单细胞RNA测序,ssGSEA,TIP分析 | RSF,Cox回归 | 转录组数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7020 | 2025-10-06 |
Single-cell chromatin accessibility profiling reveals regulatory mechanisms and evolution in pig brains
2025-Jun-09, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02263-2
PMID:40490756
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研究论文 | 通过单细胞染色质可及性测序揭示猪大脑的调控机制和进化特征 | 首次在家猪和野猪大脑中进行大规模单细胞染色质可及性分析,揭示了少突胶质细胞祖细胞可能具有更快的进化速率,并发现猪在阿尔茨海默病研究中的模型优势 | 研究仅聚焦于大脑皮层和小脑区域,未涵盖全脑所有区域;样本数量相对有限 | 探究猪大脑的调控机制及其在进化过程中的变化 | 家猪和野猪的大脑皮层和小脑细胞 | 单细胞基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞染色质可及性测序,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 71,798个细胞 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |