单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6921	2025-02-23	By integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing, plasma cells signature and tertiary lymphoid structures were verified to contribute to outcome in lung adenocarcinoma 2025-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1746 PMID:39974398	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，验证了浆细胞特征和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的作用	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，首次系统性地探讨了浆细胞和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的具体作用	研究主要依赖于公开数据库的数据，缺乏独立验证队列	探讨三级淋巴结构和浆细胞在肺腺癌预后中的作用	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床信息	来自GEO和TCGA数据库的肺腺癌患者数据
6922	2025-02-23	Mapping cell-cell fusion at single-cell resolution 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.627873 PMID:39896473	研究论文	本文开发了一种分子工具包ClonMapper Duo（CMDuo），用于在肿瘤细胞群体中追踪和分析单个细胞融合事件的起源和结果	开发了CMDuo平台，通过报告基因表达和工程化荧光相关索引序列与随机生成的核苷酸条形码相结合，识别经历细胞融合的细胞，并利用scRNA-seq对索引条形码进行测序，从而在整个细胞群体中映射每组亲本细胞和融合后代	未提及具体局限性	研究细胞融合在癌症进展和治疗反应中的作用	三阴性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
6923	2025-02-23	HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes 2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633627 PMID:39896613	研究论文	本文研究了HPV整合在头颈癌中的影响，特别是其与不良临床结果的关系	通过分析大量HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，揭示了HPV整合的致癌网络，并基于RNA特征对HPV整合阳性患者进行分类，发现部分患者具有更差的临床结果	主要关注RNA而非DNA，可能忽略了DNA层面的重要信息	探讨HPV整合在头颈癌中的致癌机制及其与临床结果的关系	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	癌症研究	头颈癌	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括102个HPV阳性参与者的DNA HPV整合事件
6924	2025-02-23	Pro-cumulin addition in a biphasic in vitro oocyte maturation system modulates human oocyte and cumulus cell transcriptomes 2025-Jan-17, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf001 PMID:39862403	研究论文	本研究探讨了在双相体外卵母细胞成熟系统中添加pro-cumulin对人类卵母细胞和卵丘细胞转录组的影响	首次在人类双相体外卵母细胞成熟系统中研究了pro-cumulin对卵母细胞和卵丘细胞转录组的调节作用	未在蛋白质组水平上评估pro-cumulin的影响，也未评估其对胚胎学结果的影响	研究pro-cumulin在双相体外卵母细胞成熟系统中的作用，以提高卵母细胞的发育能力	人类卵母细胞和卵丘细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类卵母细胞和卵丘细胞
6925	2025-02-23	Classifying cell cycle states and a quiescent-like G0 state using single-cell transcriptomics 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.16.589816 PMID:38659838	研究论文	本文介绍了一种高分辨率的细胞周期分类器ccAFv2，用于单细胞RNA测序数据中细胞周期状态的分类	ccAFv2能够分类六种细胞周期状态和一个类似静止的G0状态，并在多种细胞类型中表现出色	G0、G1和Late G1状态在非神经上皮细胞类型中的分类准确性较低	开发一种高精度的细胞周期分类器，以解析细胞异质性和细胞周期对细胞过程的影响	人类神经干细胞和其他细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ccAFv2分类器	单细胞RNA测序数据	人类和小鼠的细胞、细胞核和空间转录组数据
6926	2025-02-23	Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.31.578123 PMID:38352551	研究论文	本文介绍了一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，采用了一种新的损失函数SmoothF1 loss，该函数近似F1分数以直接惩罚假阳性和假阴性	提出了SmoothF1损失函数，这是一种新的损失函数，能够近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微性，适用于深度学习训练	NA	开发一种全自动的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，以提高RNA FISH成像数据的分析准确性和高通量处理能力	荧光显微镜图像中的斑点	计算机视觉	NA	RNA FISH	深度学习	图像	358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张合成图像
6927	2025-02-23	Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607784 PMID:39185246	研究论文	本文探讨了实验和计算方法如何改进单核RNA测序（snRNA-seq）数据中的等位基因失衡分析	开发了一套新的计算工具来处理和分析scRNA-seq和snRNA-seq数据，用于等位基因特异性表达（ASE）分析，并展示了如何通过实验选择（如RNA来源、读长、测序深度、基因分型等）提高ASE方法的效力	未明确提及研究的局限性	改进单细胞水平上的等位基因失衡分析方法，以更好地理解人类基因组变异对RNA表达的影响	单核RNA测序（snRNA-seq）数据	生物信息学	帕金森病	单核RNA测序（snRNA-seq），等位基因特异性表达（ASE）分析	NA	RNA测序数据	94名帕金森病患者的队列
6928	2025-02-23	The landscape of cell regulatory and communication networks in the human dental follicle 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1535245 PMID:39974190	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类牙囊的细胞组成和调控网络，揭示了牙囊在发育和生物学功能中的复杂调控机制	首次使用单细胞RNA测序技术全面解析了人类牙囊的细胞组成和基因调控网络，揭示了血管和免疫细胞在牙囊生物学活动中的相互作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	揭示人类牙囊的细胞组成和调控机制，以理解其在牙周组织发育和生物学功能中的作用	人类牙囊	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
6929	2025-02-23	Research hotspots and frontiers in the tumor microenvironment of colorectal cancer: a bibliometric study from 2014 to 2024 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1525280 PMID:39975599	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究现状、热点和未来趋势	首次对2014年至2024年间结直肠癌肿瘤微环境的研究进行文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和未来趋势	研究仅基于Web of Science核心合集数据库，可能未涵盖所有相关文献	提供结直肠癌肿瘤微环境领域的当前研究状态、热点和未来趋势的全面图景	结直肠癌肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	文献计量分析	NA	文献数据	748篇出版物
6930	2025-02-22	Identification of novel hub gene and biological pathways associated with ferroptosis in In-Stent restenosis 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149287 PMID:39880339	研究论文	本研究通过整合GEO数据库和单细胞测序数据，揭示了与铁死亡相关的分子靶点，并构建了lncRNA-miRNA-SP1调控网络，以探索支架内再狭窄（ISR）的治疗新策略	首次将铁死亡与血管平滑肌细胞在支架内再狭窄中的作用联系起来，并识别出SP1作为关键调控因子	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认SP1的功能和调控机制	揭示支架内再狭窄中与铁死亡相关的分子靶点，探索新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMCs）	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
6931	2025-02-22	scRDiT: Generating Single-cell RNA-seq Data by Diffusion Transformers and Accelerating Sampling 2025-Feb-21, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00688-5 PMID:39982678	研究论文	本文介绍了一种名为scRDiT的生成方法，通过扩散变换器生成单细胞RNA测序数据，并加速采样过程	提出了一种基于去噪扩散概率模型（DDPMs）和扩散变换器（DiTs）的神经网络方法，能够从真实数据集中学习特征并生成虚拟单细胞RNA测序数据	未提及具体局限性	开发一种能够生成高质量虚拟单细胞RNA测序数据的方法，并加速采样过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	扩散变换器（DiTs）和去噪扩散概率模型（DDPMs）	单细胞RNA测序数据	两个不同的单细胞RNA测序数据集
6932	2025-02-21	ARP2/3 complex affects myofibroblast differentiation and migration in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Mar-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35246 PMID:39472297	研究论文	本研究探讨了ARP2/3复合物在胰腺导管腺癌（PDAC）中肌成纤维细胞分化和迁移的影响	揭示了ARP2/3复合物在癌症相关成纤维细胞（CAFs）迁移和分化中的关键作用，并提出了针对该复合物的治疗PDAC的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需进一步验证其在人体中的效果	阐明ARP2/3复合物对PDAC进展中CAFs活动的影响及其与患者预后的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症研究	胰腺癌	微阵列分析、RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）	NA	基因表达数据	p48; LSL-Kras小鼠模型、人类永生化胰腺星状细胞（PSCs）和原发性PDAC来源的CAFs
6933	2025-02-21	Schwann Cell-Secreted S100B Promotes Wound Healing via Paracrine Modulation 2025-Mar, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241296103 PMID:39711160	研究论文	本研究探讨了Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的关键作用及其通过S100B/RAGE/NF-κB/Notch旁分泌轴的机制	揭示了Schwann细胞通过分泌S100B蛋白在腭黏膜伤口愈合中的关键作用，并阐明了其通过RAGE受体激活NF-κB和Notch信号通路的机制	研究主要基于非人灵长类动物模型，尚未在人类中进行验证	探究Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的作用及其分子机制	腭黏膜、颊附着龈和皮肤的伤口愈合	生物医学	伤口愈合	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	非人灵长类动物、大鼠和猴子的皮肤样本
6934	2025-02-21	Potential therapeutic effect of dimethyl fumarate on Treg/Th17 cell imbalance in biliary atresia 2025-Mar, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110439 PMID:39863040	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸（DMF）对胆道闭锁（BA）患者Treg/Th17细胞失衡的潜在治疗效果及其机制	首次将DMF应用于BA患者Treg/Th17细胞失衡的治疗研究，并揭示了其通过Nrf2/抗氧化反应元件（ARE）途径的作用机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证DMF的疗效	探索DMF对BA患者Treg/Th17细胞失衡的调节作用及其潜在机制	胆道闭锁（BA）患者的Treg和Th17细胞	免疫学	胆道闭锁	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、酶联免疫吸附试验（ELISA）、q-PCR、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、细胞频率数据、生化标志物数据、细胞因子数据	BA患者和胆总管囊肿（CC）患者的肝脏样本、BA小鼠模型
6935	2025-02-21	Unveiling ferroptosis genes and inhibitors in diabetic retinopathy through single-cell analysis and docking simulations 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101932 PMID:39968183	研究论文	本文通过单细胞分析和对接模拟揭示了糖尿病视网膜病变中的铁死亡基因和抑制剂	首次通过单细胞RNA测序数据集识别铁死亡相关基因，并利用分子对接和模拟技术探索药物与靶蛋白的相互作用稳定性	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探讨铁死亡在糖尿病视网膜病变中的作用，以推动对该复杂疾病的理解并开发创新治疗方法	糖尿病视网膜病变患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序，分子对接，分子动力学模拟	NA	单细胞RNA测序数据	NA
6936	2025-02-21	Single-cell transcriptomics reveals the multidimensional dynamic heterogeneity from primary to metastatic gastric cancer 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111843 PMID:39967875	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了从原发性到转移性胃癌的多维动态异质性	首次全面描述了胃癌从原发到转移阶段的动态异质性，并识别了卵巢和腹膜转移中的免疫细胞变化	研究未涉及所有可能的转移部位，且样本量可能不足以代表所有胃癌亚型	探索胃癌从原发到转移阶段的肿瘤微环境动态变化	胃癌的原发肿瘤和器官特异性转移	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个胃癌队列
6937	2025-02-21	Molecular subtyping combined with multiomics analysis to study correlation between TACE refractoriness and tumor stemness in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01955-z PMID:39961903	研究论文	本研究通过分子亚型分析与多组学数据结合，探讨了肝细胞癌（HCC）中TACE耐药性与肿瘤干性之间的潜在关联	首次将TACE耐药性与肿瘤干性联系起来，并提出了一种新的亚型分类方法以指导个性化治疗	研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证	探索TACE耐药性与HCC肿瘤干性之间的相关性及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序	无监督聚类	RNA测序数据、微阵列数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	多个HCC数据集，包括RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序和临床队列
6938	2025-02-21	Analysis of fatty acid metabolism in prostate cancer and discovery of a new programmed cell death-associated luminal cell subpopulation 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01982-w PMID:39961915	研究论文	本研究聚焦于脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用，特别是在代谢重编程影响下与程序性细胞死亡相关的致癌性腔细胞	发现了与程序性细胞死亡密切相关的腔细胞亚群，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用及其与肿瘤侵袭性和转移能力的关系	前列腺癌中的腔细胞及其亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、NMF、去卷积方法	NA	转录组数据	NA
6939	2025-02-21	ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies 2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.08.637251 PMID:39975093	研究论文	本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模，研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平	使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用，并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用	单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断，细胞群体水平的研究存在固有困难	研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路，以促进化疗反应	胰腺癌细胞和肿瘤	生物信息学	胰腺癌	迭代间接免疫荧光成像，互信息建模	互信息模型	蛋白质测量数据	NA
6940	2025-02-21	NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf074 PMID:39970285	研究论文	本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响	揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位，从而影响自噬复合物的生物发生	研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制	人类神经细胞和RTT患者样本	神经科学	Rett综合征	单细胞RNA测序和分子分析	NA	RNA测序数据	人类神经细胞和RTT患者样本