单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6881	2025-02-28	Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635593 PMID:39975097	研究论文	本文介绍了一种名为causarray的双重稳健因果推断框架，用于分析基于阵列的基因组数据，旨在解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题	causarray框架结合了广义混杂因素调整方法和灵活的机器学习技术，能够在多种设置下稳健地分离处理效应和混杂因素，并保留生物信号	NA	解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题，揭示因果关系	基于阵列的基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平的数据	基因组学	自闭症, 阿尔茨海默病	单细胞测序, CRISPR技术	NA	基因组数据	两个单细胞基因组研究：一个涉及发育中的小鼠大脑的自闭症风险基因的体内Perturb-seq研究，另一个涉及使用三个人类大脑转录组数据集的阿尔茨海默病病例对照研究
6882	2025-02-28	MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116 PMID:39710325	研究论文	本文研究了MAP3K4信号在滋养层干细胞中调控HDAC6和TRAF4共表达和稳定的机制	揭示了MAP3K4、HDAC6和TRAF4在胎盘发育中的新关联，并发现了Traf4与Map3k4或Hdac6在胎盘迷路分化过程中的共表达转换	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘中的相关机制尚需进一步验证	探讨MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与HDAC6和TRAF4的关系	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织样本
6883	2025-02-28	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635498 PMID:39975411	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个层次上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力，相比现有方法在控制假阳性率的同时增加了检测能力	NA	开发一种统计方法，用于识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌, 结核病, SARS-CoV-2感染	单细胞RNA测序	线性混合模型	单细胞RNA测序数据	NA
6884	2025-02-27	Optimizing duodenal tissue acquisition for mechanistic studies of duodenal ablation in type 2 diabetes 2025, Endoscopy international open IF:2.2Q2 DOI:10.1055/a-2503-2135 PMID:40007651	研究论文	本文介绍了一种优化的十二指肠组织采集协议，用于研究2型糖尿病和代谢综合征中十二指肠消融后的形态学变化	使用十二指肠冷圈套切除术创建组织微阵列（TMAs）并进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），以解决传统活检中组织方向变异性的问题	研究样本量较小，DIRECT研究中仅包括9名患者，EMINENT-2研究中样本量未明确	优化十二指肠组织采集协议，以支持十二指肠消融对代谢综合征和2型糖尿病影响的机制研究	接受上消化道内镜介入治疗的患者	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	DIRECT研究中9名患者，共16次冷圈套切除术；EMINENT-2研究中38次冷圈套切除术
6885	2025-02-28	Integrated Bioinformatic Analyses Reveal Thioredoxin as a Putative Marker of Cancer Stem Cells and Prognosis in Prostate Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251319872 PMID:40008390	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了硫氧还蛋白（TXN）作为前列腺癌干细胞（CSCs）的潜在标志物及其与预后的关系	首次发现TXN在前列腺癌干细胞中的高表达及其与患者不良预后的相关性，提出TXN可能作为新的治疗靶点	样本量有限，需进一步进行体外和体内实验验证TXN是否功能性地调节前列腺癌干细胞	识别调节干细胞特性的新因素并预测前列腺癌的预后	前列腺癌干细胞（CSCs）	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集富集分析（GSEA）	NA	RNA测序数据	2个前列腺癌组织的单细胞RNA测序数据集
6886	2025-02-27	Pan-cancer characterization of m6A-mediated regulation of T cell exhaustion dynamics and clinical relevancies in human cancers 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102465 PMID:39995977	研究论文	本文通过整合多组学数据，探讨了m6A修饰在T细胞耗竭（TEX）动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	首次在泛癌水平上揭示了m6A修饰对TEX动态的调控作用，并基于m6A-TEX相互作用识别了三种泛癌亚型，每种亚型具有独特的分子特征、免疫表型和生存结果	研究主要基于多组学数据的整合分析，缺乏实验验证，且样本来源多样，可能存在异质性	探讨m6A修饰在T细胞耗竭动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	T细胞耗竭（TEX）及其与m6A修饰的相互作用	癌症免疫治疗	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA测序	NA	多组学数据、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集、免疫治疗数据集	多种细胞系、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集和免疫治疗数据集
6887	2025-02-27	Liver transcriptome analysis reveals PSC-attributed gene set associated with fibrosis progression 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101267 PMID:39996122	研究论文	本研究通过RNA测序分析，识别了与原发性硬化性胆管炎（PSC）相关的胆道纤维化发展的基因特征	揭示了PSC特有的基因特征，这些特征与胆道纤维化的发展相关，可能有助于识别新的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小，且需要进一步的外部验证和机制研究	识别与PSC相关的胆道纤维化发展的基因特征	原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	RNA测序数据	47例肝活检样本（PSC 16例，PBC 15例，MASLD 16例），外部验证集73例PSC肝活检样本
6888	2025-02-27	Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway 2025-Feb-25, Journal of periodontal research IF:3.4Q1 DOI:10.1111/jre.13394 PMID:40007244	研究论文	本文研究了Toll样受体7（TLR7）在牙周炎中的作用及其潜在机制	揭示了TLR7在牙周炎中的新角色，并强调了TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探讨TLR7在牙周炎中的作用及其机制	牙周炎患者和健康个体的牙龈组织，小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	生物医学	牙周炎	单细胞测序，TLR7抑制剂M5049，NF-κB抑制剂PDTC	小鼠牙周炎模型	基因表达数据，炎症反应数据	健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本，小鼠模型
6889	2025-02-27	SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance 2025-Feb-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02354-7 PMID:39988626	研究论文	本研究探讨了前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	通过单细胞测序和转录因子调控网络分析，首次揭示了SREBF1在前列腺癌代谢重编程和铁死亡抵抗中的关键作用，并验证了SREBF1抑制剂的治疗效果	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	探讨前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, hdWGCNA, bulk RNA分析	NA	RNA测序数据	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织样本
6890	2025-02-27	Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.634337 PMID:39975309	研究论文	本文探讨了短读RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，并进行了针对性实验以研究片段长度、PCR升温速率和核糖体耗竭的影响	本文通过实验和数据分析，挑战了先前关于RNA-Seq非均匀性来源的假设，提供了新的见解	研究结果与先前出版物或建议相矛盾，可能需要进一步验证	研究RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，以改进实验协议和分析方法	RNA-Seq数据中的非均匀覆盖现象	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	使用了不同样本质量、PCR循环数、逆转录酶和技术或生物学重复的现有数据集
6891	2025-02-27	Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning 2025-Jan-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06031-8 PMID:39748378	研究论文	本研究利用单细胞测序和机器学习技术，揭示了肺纤维化的复杂细胞和分子机制，旨在提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	通过单细胞测序和机器学习分析，发现了与肺纤维化相关的新的基因特征和免疫细胞特征，并开发了具有更高精度的诊断模型	研究主要基于肺纤维化患者的肺组织样本，样本来源和数量可能限制了结果的普适性	揭示肺纤维化的细胞和分子机制，提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	肺纤维化患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序	机器学习	基因表达数据	肺纤维化患者的肺组织样本
6892	2025-02-26	Exploring immune gene expression and potential regulatory mechanisms in anaplastic thyroid carcinoma using a combination of single-cell and bulk RNA sequencing data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108311 PMID:39674047	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量RNA测序数据，探索了未分化甲状腺癌（ATC）中的免疫基因表达及其潜在调控机制	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了ATC中的差异表达免疫基因，并发现了潜在的调控转录因子和药物靶点	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	识别ATC中的新型治疗靶点，以改善ATC的诊断和治疗	未分化甲状腺癌（ATC）和乳头状甲状腺癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的ATC和PTC样本
6893	2025-02-26	Development of a centrosome amplification-associated signature in kidney renal clear cell carcinoma based on multiple machine learning models 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108317 PMID:39675190	研究论文	本研究通过多种机器学习模型开发了与肾透明细胞癌（KIRC）中心体扩增相关的特征，并评估了其对预后和治疗反应的预测能力	首次构建了与KIRC中心体扩增相关的预后指数（CAAPI），并揭示了其在肿瘤微环境调节和免疫治疗反应中的重要作用	研究主要依赖于TCGA-KIRC数据集，外部验证数据集较少，可能影响结果的普适性	探索中心体扩增相关特征在KIRC预后和治疗反应预测中的作用	肾透明细胞癌（KIRC）患者	机器学习	肾癌	随机生存森林分析、Cox回归分析、单细胞RNA测序	随机生存森林、Cox回归模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-KIRC数据集、ICGC和GEO数据集用于验证，单细胞RNA测序数据来自GSE159115
6894	2025-02-26	High antigen-presenting CAF levels correlate with reduced glycosaminoglycan biosynthesis-heparan sulfate/heparin metabolism in immune cells and poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma: Insights from bulk and single-cell transcriptome profiling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140418 PMID:39889995	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了食管鳞状细胞癌中抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）对肿瘤代谢环境的重塑作用及其与患者不良预后的关联	首次在食管鳞状细胞癌中识别出抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）亚群，并揭示了其对肿瘤代谢环境的重塑机制	研究中未详细探讨apCAF如何具体影响免疫逃逸的分子机制	探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的代谢重编程作用及其对患者预后的影响	食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
6895	2025-02-26	Resolving the bone - optimizing decalcification in spatial transcriptomics and molecular pathology 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2446038 PMID:39723974	综述	本文探讨了在空间转录组学和分子病理学中优化骨组织脱钙的方法，以提高研究结果	提出了传统和现代脱钙方法的比较，并提供了技术和方法上的改进建议，以实现分子稳健的骨和钙化组织处理	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	优化骨组织脱钙方法，以改善空间转录组学和分子病理学的研究结果	骨组织和钙化组织	分子病理学	NA	脱钙技术	NA	NA	NA
6896	2025-02-26	Human placental extract improves liver cirrhosis in mice with regulation of macrophages and senescent cells 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.017 PMID:39991509	研究论文	本研究探讨了人胎盘提取物（HPE）对肝硬化小鼠模型的治疗效果及其机制	首次使用空间转录组学详细分析HPE对肝硬化的抗炎机制，特别是对巨噬细胞和衰老细胞的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	开发肝硬化的新型治疗方法，替代肝移植	肝硬化小鼠模型	生物医学	肝硬化	实时PCR、免疫染色、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、血清ALT水平数据	每组8只小鼠
6897	2025-02-26	Advancing our understanding of root development: Technologies and insights from diverse studies 2025-Feb-07, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae605 PMID:39688896	综述	本文综述了根发育研究中的技术进展，特别是单细胞基因表达分析的变革性影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的应用，使得根生物学研究能够进行详细的细胞特异性基因表达分析，创建全面的根图谱，预测细胞发育，并以前所未有的精度绘制基因调控网络（GRNs）	NA	增强对根发育的理解，以促进植物生长和健康	根发育	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多模态分析、生物信息学、CRISPR、生物传感器、微流控设备	NA	基因表达数据	NA
6898	2025-02-26	Experimental Framework for Assessing Mouse Retinal Regeneration Through Single-Cell RNA-Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_8 PMID:39240520	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序评估小鼠视网膜再生的实验框架	利用单细胞RNA测序技术增强了对Müller胶质细胞源性视网膜再生的理解，并提供了小鼠视网膜细胞制备的实验框架	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类视网膜再生	评估和促进视网膜再生，以治疗视网膜退行性疾病	小鼠视网膜细胞	生物信息学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
6899	2025-02-26	Establishment of a Lactylation-Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3547543 PMID:39990773	研究论文	本研究旨在开发一个与乳酸化相关的基因特征（LRG）用于肝细胞癌（HCC），并通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析验证其预后价值	首次开发了一个基于乳酸化相关基因的HCC预后模型，并通过单细胞RNA测序揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	开发并验证一个乳酸化相关基因特征用于HCC的预后评估和治疗靶点识别	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归模型、Riskscore模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及肿瘤和正常组织的对比分析
6900	2025-02-26	Integrative multi-omics and machine learning identify a robust signature for discriminating prognosis and therapeutic targets in bladder cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105066 PMID:39991573	研究论文	本研究通过整合转录组学和蛋白质组学数据，分析了膀胱癌的预后基因，并建立了预后模型，旨在为膀胱癌治疗提供新的见解	整合多组学数据和机器学习方法，识别出膀胱癌的预后标志物和治疗靶点，构建了风险模型和列线图模型	样本量较小，仅使用了6个肿瘤组织和6个癌旁组织样本	分析膀胱癌的预后基因，建立预后模型，为膀胱癌治疗提供新的见解	膀胱癌肿瘤组织和癌旁组织	机器学习	膀胱癌	转录组学、蛋白质组学、蛋白质乙酰化测序、单细胞RNA测序	Cox回归分析、LASSO Cox回归	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	6个膀胱癌肿瘤组织和6个癌旁组织样本，以及TCGA-BLCA和GSE13507数据集