本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6881 | 2025-10-06 |
Ash1l loss-of-function results in structural birth defects and altered cortical development
2025-Jan-07, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae218
PMID:38943682
|
研究论文 | 本研究探讨组蛋白甲基转移酶ASH1L功能缺失对小鼠结构出生缺陷和皮质发育的影响 | 首次系统揭示ASH1L在皮质神经元命运决定和分化轨迹中的关键作用,通过单细胞RNA测序发现突变神经元呈现异常聚类模式 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类组织中验证;样本量有限(如单细胞测序样本数未明确说明) | 探究ASH1L功能缺失对胚胎发育、颅面骨骼形成和大脑皮质发育的影响机制 | Ash1l基因敲除小鼠模型(cre诱导型外显子4缺失) | 发育神经生物学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, EdU标记, 假时序分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据, 组织图像数据 | 胚胎期e18.5: n=77, 出生时p0: n=41, 鼻骨测量: n=31, SATB2神经元计数: n=6/基因型, EdU标记: n=4/基因型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6882 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of vascularized human brain organoids decipher lineage-specific stress adaptation in fetal hypoxia-reoxygenation injury
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.117001
PMID:40585969
|
研究论文 | 本研究通过建立血管化人脑类器官模型,解析胎儿缺氧-复氧损伤中谱系特异性应激适应机制 | 开发了首个整合皮质和血管类器官的血管化人脑类器官模型,揭示了人类特异性神经血管病理机制和动物模型无法捕捉的细胞间通讯网络 | 模型虽能模拟中晚期妊娠神经发育,但仍无法完全复制体内复杂微环境 | 解析人类胎儿缺氧损伤中细胞类型特异性机制并寻找治疗靶点 | 血管化人皮质类器官中的神经祖细胞、神经元、小胶质细胞和功能血管系统 | 单细胞转录组学 | 胎儿缺氧性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | 血管化人脑类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6883 | 2025-10-06 |
Endothelium-specific sensing of mechanical signals drives epidermal aging through coordinating retinoid metabolism
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.112299
PMID:40585982
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞通过机械信号感知协调视黄醇代谢驱动皮肤衰老的机制 | 首次发现内皮细胞通过整合素介导的机械转导协调成纤维细胞-内皮-表皮三方轴调控视黄醇代谢的新机制 | 研究主要基于模型系统验证,人体直接证据仍需进一步确认 | 探究机械信号感知在内皮细胞介导皮肤衰老过程中的作用机制 | 人皮肤样本、衰老小鼠模型和皮肤类器官系统 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,RT-qPCR,免疫荧光染色,HE染色 | NA | 基因表达数据,图像数据,机械性能数据 | 年轻、中年和老年人类皮肤样本,衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 6884 | 2025-10-06 |
Epithelial cells with high TOP2A expression promote cervical cancer progression by regulating the transcription factor FOXM1
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1604960
PMID:40589640
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了宫颈癌中高表达TOP2A的上皮细胞亚群及其在肿瘤进展中的关键作用 | 首次在单细胞水平识别了高表达TOP2A的上皮细胞亚群,并揭示其通过LAMC1-(ITGA3-ITGB1)信号通路调控肿瘤微环境的机制 | NA | 探索宫颈癌进展过程中上皮细胞的分子特征,为精准靶向治疗提供新靶点 | 宫颈癌患者的上皮细胞 | 单细胞测序分析 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | Slingshot, Cellchat, SCENIC | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6885 | 2025-10-06 |
ScRNA-seq combined with ATAC-seq analysis to explore the metabolic balance mechanism of CCl4-induced liver inflammatory injury
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1600685
PMID:40589742
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和ATAC测序联合分析探索CCl4诱导的肝脏炎症损伤的代谢平衡机制 | 首次结合scRNA-seq和ATAC-seq技术系统研究CCl4诱导的慢性肝损伤中代谢平衡恢复机制,发现Zhx2和Zbtb20在代谢平衡调节中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证;机制研究仍待深入 | 探索四氯化碳诱导的肝损伤后细胞代谢机制 | CCl4诱导的慢性肝损伤小鼠模型 | 生物信息学 | 药物性肝损伤 | scRNA-seq, ATAC-seq, RNA-seq, 功能富集分析, 转录因子分析 | NA | 基因组学数据, 表观基因组学数据, 转录组学数据 | 小鼠肝组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 6886 | 2025-10-06 |
Sphingosine-1-phosphate stimulates colorectal cancer tumor microenvironment angiogenesis and induces macrophage polarization via macrophage migration inhibitory factor
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1564213
PMID:40589755
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和体外实验,阐明鞘氨醇-1-磷酸在结直肠癌肿瘤微环境中通过巨噬细胞移动抑制因子促进血管生成和诱导巨噬细胞极化的机制 | 首次在单细胞转录组水平揭示S1P通过MIF通路调控肿瘤相关巨噬细胞极化和血管生成的作用机制 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步的体内实验验证 | 探究S1P在结直肠癌肿瘤微环境中的作用机制及其对血管生成和巨噬细胞极化的影响 | 结直肠癌肿瘤微环境中的肿瘤细胞和巨噬细胞 | 肿瘤微环境研究 | 结直肠癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 免疫组化染色, 空间转录组学 | 细胞水平实验模型 | 转录组数据, 单细胞数据, 蛋白质表达数据 | 人类组织样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 6887 | 2025-10-06 |
Therapeutic implications of cancer-associated fibroblast heterogeneity: insights from single-cell and multi-omics analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1580315
PMID:40589759
|
研究论文 | 通过单细胞和多组学分析探索癌症相关成纤维细胞异质性及其在肿瘤微环境中的功能作用 | 识别了四种CAF亚群并开发了基于预后基因的风险评分模型,首次系统揭示CAF异质性对免疫治疗敏感性的影响 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;实验验证仅针对HIP1R基因 | 探索癌症相关成纤维细胞异质性及其在肿瘤进展和治疗抵抗中的功能作用 | 癌症相关成纤维细胞(CAFs)及其亚群 | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, siRNA干扰, qPCR, Western blotting | Cox回归, LASSO回归, 风险评分模型 | 单细胞RNA测序数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6888 | 2025-10-06 |
Cell types and neuronal genetic architecture in the rat CSF-contacting nucleus and the role of 5-HT in this nucleus in mediating morphine addiction through the brain-CSF circuit
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1603486
PMID:40589789
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术解析了大鼠脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征,并探讨了其在吗啡成瘾中的作用机制 | 首次系统描绘脑脊液接触核的单细胞转录组图谱,发现该核团通过调节5-HT释放参与吗啡成瘾的新机制 | 研究主要聚焦大鼠模型,人类相关性需要进一步验证;机制研究仍处于探索阶段 | 阐明脑脊液接触核的细胞组成和基因表达特征,探讨其在吗啡成瘾中的功能作用 | 大鼠脑脊液接触核 | 神经科学 | 药物成瘾 | 单细胞RNA测序, GO分析, KEGG通路分析, 条件性位置偏爱测试, 化学遗传学技术, ELISA, UPLC-MS | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据, 行为学数据, 生化检测数据 | 单细胞测序数据已存入中国国家生物信息中心(编号: CRR790158) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6889 | 2025-10-06 |
Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC
2025-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03412-1
PMID:40251391
|
研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管腺癌中癌症干细胞通过富含TSPAN8的外泌体增强非干细胞癌细胞的干性并促进恶性进展的机制 | 首次发现癌症干细胞分泌的富含TSPAN8的外泌体可通过激活Sonic Hedgehog信号通路增强非干细胞癌细胞的干性 | 具体靶向治疗策略仍需进一步研究 | 探索胰腺导管腺癌中癌症干细胞与非干细胞癌细胞间的通讯机制及其在恶性进展中的作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)细胞系和动物模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,外泌体分析 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6890 | 2025-10-06 |
Neuroprotective liver portal area macrophages attenuate hepatic inflammation
2025-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02190-y
PMID:40537510
|
研究论文 | 本研究通过整合全肝叶成像和单细胞RNA测序技术,发现了一种具有神经保护功能的肝脏门静脉区巨噬细胞亚群 | 首次识别出CX3CR1+CD63+肝脏门静脉区巨噬细胞(LPAMs)这一新亚群,揭示了其与交感神经的相互作用及其在肝脏免疫稳态中的保护功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类肝脏中得到验证 | 探究肝脏巨噬细胞亚群的空间分布和功能特性 | 小鼠肝脏中的CX3CR1+细胞 | 单细胞生物学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序,全肝叶成像 | NA | 单细胞转录组数据,空间成像数据 | 小鼠肝脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6891 | 2025-10-06 |
Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis
2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfae292
PMID:39694817
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示ANCA相关性肾小球肾炎中经典单核细胞来源巨噬细胞和SPP1脂质相关巨噬细胞介导炎症和纤维化的机制 | 首次在ANCA相关性肾小球肾炎中鉴定出四种主要巨噬细胞亚群,特别是发现经典单核细胞来源巨噬细胞和SPP1脂质相关巨噬细胞分别介导炎症和纤维化过程 | 样本量较小(仅5名活动期AGN患者),缺乏纵向随访数据 | 探究ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的异质性及其在疾病发病机制中的作用 | ANCA相关性肾小球肾炎患者、狼疮性肾炎患者和肾切除对照者的肾脏CD45+免疫细胞 | 单细胞转录组学 | ANCA相关性肾小球肾炎 | 单细胞RNA测序, 免疫染色, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫组织化学数据, 流式细胞数据 | 25,485个新鲜获取的未冻存高质量肾脏CD45+免疫细胞,来自5名活动期AGN患者、1名狼疮性肾炎患者和1名肾切除对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6892 | 2025-10-06 |
Uncovering minimal pathways in melanoma initiation
2025-Jun-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60742-0
PMID:40571713
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了黑色素瘤起始的最小通路,发现仅携带Braf突变的裸鼠也能产生缓慢生长的肿瘤 | 发现仅Braf单突变即可诱导黑色素瘤形成,并鉴定出神经嵴样细胞作为恶性前体细胞 | 无法找到解释大多数肿瘤发生的从头突变或结构变异 | 探索黑色素瘤起始的最小遗传通路 | 小鼠黑色素瘤模型 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6893 | 2025-10-06 |
Direct single cell-type gene expression analysis in peripheral blood: novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for detection of bacterial infection
2025-Jun-23, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaf103
PMID:40581066
|
研究论文 | 开发了一种无需细胞分选的单细胞类型基因表达分析方法DIRECT LS-TA,用于检测细菌感染 | 提出了基于比例的生物标志物方法,使用PSAP和CTSS作为新型单核细胞参考基因,可直接从外周血量化单核细胞特异性基因表达 | NA | 开发无需细胞分选的单细胞类型基因表达分析方法用于细菌感染检测 | 外周血单核细胞基因表达 | 基因表达分析 | 细菌感染 | 单细胞类型基因表达分析,比例生物标志物方法 | 数学细胞混合基因表达模型 | 基因表达数据 | 多个数据集验证 | NA | 基因表达分析 | NA | NA |
| 6894 | 2025-10-06 |
Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer
2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304
PMID:40358364
|
研究论文 | 本研究探讨奥拉帕尼联合或不联合地加瑞克在新诊断前列腺癌中的疗效及生物学机制 | 首次在无同源重组修复基因突变的前列腺癌患者中研究PARP抑制剂联合雄激素阻断的疗效机制 | 样本量有限,为单中心研究 | 研究PARP抑制剂和雄激素阻断联合治疗对原发性前列腺癌的生物学效应 | 前列腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,免疫组化,基因测序 | NA | 组织样本,基因表达数据 | 未明确样本数量的前列腺癌患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6895 | 2025-10-06 |
Dissection of the immune landscape in psoriatic arthritis defines immunoproteasome up-regulation in treatment resistance
2025-06-06, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adu0284
PMID:40478933
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者滑膜液免疫图谱,发现免疫蛋白酶体上调与治疗耐药性相关 | 首次在银屑病关节炎耐药患者中发现免疫蛋白酶体和MHC I类基因表达上调,并通过功能实验验证其治疗潜力 | 样本量相对有限(41例PsA患者和9例OA对照),需要更大规模研究验证 | 探索银屑病关节炎治疗耐药性的免疫学机制 | 银屑病关节炎患者和骨关节炎对照患者的滑膜液免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 银屑病关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 41例银屑病关节炎患者和9例骨关节炎对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6896 | 2025-10-06 |
Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf277
PMID:40545244
|
研究论文 | 提出Perturb-STNet框架,通过融合时空和网络模型来识别单细胞扰动中的多尺度效应 | 开发了首个基于网络的时空模型框架,能够对单细胞扰动数据中的空间和时间差异表达调控因子进行排序 | 方法在复杂多细胞/多组织系统中的验证仍需进一步扩展 | 识别驱动发育和疾病过程的时空差异表达调控因子 | 单细胞扰动数据中的调控因子、细胞和邻域相互作用 | 计算生物学 | 肺癌、黑色素瘤、结肠炎 | 单细胞成像、空间转录组学 | 网络时空模型 | 单细胞时空数据 | 合成数据、肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型、结肠炎数据 | NA | CODEX单细胞成像、MERFISH空间转录组学 | NA | CODEX单细胞成像时间序列数据、MERFISH空间转录组学时间序列数据 |
| 6897 | 2025-07-02 |
Correction to: ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf337
PMID:40580031
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6898 | 2025-10-06 |
T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity
2025-04-25, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784
PMID:40279405
|
研究论文 | 本研究揭示了脑膜异位淋巴滤泡中T细胞与B细胞的广泛合作如何促进中枢神经系统自身免疫 | 首次通过活体成像直接观察T17-B细胞在脑膜异位淋巴滤泡中的持久抗原特异性接触,并发现中枢神经系统T细胞依赖B细胞维持促炎细胞因子谱 | 研究采用实验性自身免疫性脑脊髓炎模型,可能不完全反映人类多发性硬化症的复杂病理过程 | 探究脑膜异位淋巴滤泡在中枢神经系统自身免疫中的作用机制 | T细胞、B细胞及其在中枢神经系统的相互作用 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,活体成像 | T辅助17细胞过继转移实验性自身免疫性脑脊髓炎模型 | 基因表达数据,影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6899 | 2025-10-06 |
Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma
2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-025-02345-4
PMID:40227386
|
研究论文 | 本研究通过基因共表达网络分析和机器学习方法,识别IDH野生型胶质母细胞瘤复发相关基因并建立预测模型 | 首次在IDH野生型组织学胶质母细胞瘤中鉴定8个复发相关基因,并开发了基于随机森林的高精度预测模型 | 研究样本量相对有限,需要更多独立队列验证模型的泛化能力 | 探索胶质母细胞瘤复发的分子机制并建立复发预测模型 | IDH野生型组织学胶质母细胞瘤患者 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), RT-qPCR, 单细胞RNA测序, 机器学习 | 随机森林(RF) | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | CGGA-693队列190例, CGGA-325队列111例, 另有两个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 6900 | 2025-10-06 |
Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts
2025-04-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519
PMID:40215323
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和脂质组学分析揭示了心理压力通过TGFβ抑制真皮成纤维细胞免疫功能从而增加皮肤感染的机制 | 首次发现心理压力通过脑-皮肤轴介导的TGFβ信号通路抑制成纤维细胞产生抗菌肽cathelicidin的免疫防御功能 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类中得到验证 | 探究心理压力增加皮肤感染易感性的分子机制 | 小鼠模型中的真皮成纤维细胞 | 免疫学 | 皮肤感染 | 单细胞转录组学, 脂质组学分析 | NA | 基因表达数据, 脂质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |