单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6781	2025-03-11	Joint imputation and deconvolution of gene expression across spatial transcriptomics platforms 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.638195 PMID:40027720	研究论文	本文介绍了一种名为SIID的算法，用于从不同空间转录组学技术的数据中重建潜在的基因表达矩阵	SIID算法通过空间对齐和联合非负因子分解模型，能够准确估算缺失的基因表达并从混合的空间转录组数据中推断细胞类型的基因表达特征	NA	整合不同空间转录组学技术的数据，以克服单个技术的局限性，实现未测量基因的表达估算和低空间分辨率技术的混合表达解卷积	人类乳腺癌和结肠癌组织的10x Xenium-Visium配对数据	数字病理学	乳腺癌, 结肠癌	空间转录组学技术	联合非负因子分解模型	基因表达数据	NA
6782	2025-03-11	Identification and Pharmacological Targeting of Treatment-Resistant, Stem-like Breast Cancer Cells for Combination Therapy 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.08.562798 PMID:38798673	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，识别并药理学靶向治疗耐药、干细胞样乳腺癌细胞，用于联合治疗	利用单细胞RNA测序和CROP-seq实验验证，识别出能够逆转化疗耐药性癌症干细胞样细胞转录状态的药物，并发现阿苯达唑与紫杉醇的联合使用具有显著协同效应	研究样本量较小，仅涉及七名转移性乳腺癌患者	开发基于机制的联合疗法，靶向互补的肿瘤亚群	乳腺癌患者中的癌症干细胞样细胞	癌症研究	乳腺癌	单细胞RNA测序, CROP-seq	NA	RNA测序数据	七名转移性乳腺癌患者
6783	2025-03-10	Endothelial senescence induced by PAI-1 promotes endometrial fibrosis 2025-Mar-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02377-0 PMID:40050610	研究论文	本文研究了PAI-1诱导的内皮细胞衰老如何促进子宫内膜纤维化	通过单细胞测序和实验验证，揭示了PAI-1在子宫内膜纤维化中的作用机制，并提出了抑制PAI-1作为治疗子宫内膜纤维化的新策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨子宫内膜纤维化的病理机制及潜在治疗方法	子宫内膜纤维化患者和小鼠模型	生物医学	子宫内膜纤维化	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	IUA患者和小鼠模型
6784	2025-03-09	Targeting Caveolin-1 for enhanced rotator cuff repair: findings from single-cell RNA sequencing 2025-Mar-05, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02359-2 PMID:40044676	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了肩袖损伤组织中细胞亚群的异质性，并评估了Caveolin-1（Cav-1）的调节作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Cav-1在肩袖损伤中的负相关作用及其通过运动或靶向治疗调节的潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证	探索Cav-1在肩袖损伤修复中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肩袖损伤组织中的细胞亚群	生物医学研究	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cav-1敲除和过表达模型	RNA测序数据	动物模型中的肩袖损伤组织
6785	2025-03-09	PCBP2 promotes immune evasion via cGAS-STING pathway in biochemical recurrence of prostate cancer 2025-Mar, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250173 PMID:40051782	研究论文	本研究探讨了前列腺癌（PCa）中与免疫逃逸相关的基因（CIERGs），并开发了用于预测生化复发（BCR）的签名	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，鉴定了48个与BCR显著相关的CIERGs，并开发了一个基于CIERGs的风险签名，揭示了PCBP2通过抑制cGAS-STING通路促进PCa细胞增殖、迁移和侵袭的机制	研究主要依赖于公共数据库的数据，可能缺乏实验验证的广泛性	探索前列腺癌中与免疫逃逸相关的基因，并开发预测生化复发的签名	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	RNA-seq, scRNA-seq	LASSO回归	RNA测序数据	TCGA-PRAD和GSE70769队列的数据
6786	2025-03-09	AI applications in HIV research: advances and future directions 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942 PMID:40051479	综述	本文探讨了人工智能（AI）在HIV研究中的应用进展及未来方向	整合AI与单细胞测序等技术，实现精确生物标志物识别和改进治疗靶向	数据限制和模型可解释性等挑战	探索AI技术在HIV研究中的应用进展	人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）和获得性免疫缺陷综合征（AIDS）	医学研究	HIV/AIDS	单细胞测序	NA	NA	NA
6787	2025-03-08	Fuzzy-Based Identification of Transition Cells to Infer Cell Trajectory for Single-Cell Transcriptomics 2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0432 PMID:39670822	研究论文	本文提出了一种基于模糊聚类的新型单细胞轨迹推断方法scFCTI，用于识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并重构包含过渡路径的单细胞轨迹	引入模糊聚类和量化细胞不确定性，能够识别不稳定细胞状态中的过渡细胞，并获得更精确的单细胞轨迹重构	未提及具体局限性	开发一种新的单细胞轨迹推断方法，以更准确地识别细胞发育过程中的过渡细胞并重构细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	模糊聚类	单细胞RNA测序数据	五个真实数据集和四个不同结构的模拟数据集
6788	2025-03-08	iDog: a multi-omics resource for canids study 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1031 PMID:39526388	研究论文	iDog是一个为家犬和野生犬科动物研究设计的综合公共资源，整合了多组学数据，为全球犬类研究社区提供数据服务	iDog 2.0显著增加了基因组样本数量，包括来自1929个现代样本的29.55百万个单核苷酸多态性（SNPs）和16.54百万个插入/缺失（InDels），以及来自111个古代犬科样本的29.09百万个SNPs，并新增了13个分析工具	NA	为全球犬类研究社区提供综合的多组学数据资源	家犬（Canis lupus familiaris）和野生犬科动物	生物信息学	NA	多组学数据分析	NA	基因组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据、DNA甲基化数据、染色质可及性数据	1929个现代样本、111个古代样本、105057个Beagle海马细胞、547个DNA甲基化样本、87个染色质可及性样本
6789	2025-03-08	The role of tenascin-C in tumor microenvironments and its potential as a therapeutic target 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1554312 PMID:40046232	综述	本文综述了Tenascin-C（TNC）在肿瘤微环境（TME）中的多方面作用及其作为治疗靶点的潜力	整合了单细胞测序和空间组学的最新进展，提出了利用TNC进行个性化癌症治疗的创新策略	未提及具体的研究样本量或实验数据	探讨TNC在不同肿瘤微环境中的作用及其作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	Tenascin-C（TNC）及其在肿瘤微环境中的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，空间组学	NA	NA	NA
6790	2025-03-08	Integrating genome-wide association studies and transcriptomics prioritizes drug targets for meningioma 2025, Brain communications IF:4.1Q2 DOI:10.1093/braincomms/fcaf053 PMID:40046334	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究（GWAS）和转录组学分析，揭示了脑膜瘤的病理基础并发现了新的药物靶点	利用总结数据为基础的孟德尔随机化（SMR）、共定位分析和孟德尔随机化方法，确定了四个关键治疗靶点，并通过分子对接识别了潜在调节剂	NA	揭示脑膜瘤的分子基础并发现新的药物靶点	脑膜瘤	精准肿瘤学	脑膜瘤	GWAS, 转录组分析, SMR, 共定位分析, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 分子对接	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
6791	2025-03-06	EPAS1 induction drives myocardial degeneration in desmoplakin-cardiomyopathy 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111895 PMID:40034852	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了EPAS1在DSP心肌病中的心肌退化调控作用	首次发现EPAS1在DSP心肌病中作为线粒体稳态的潜在调节因子，并揭示了其在心肌细胞中的功能异常	研究样本量有限，仅基于一名患者的移植心脏和少量遗传性心肌病患者的移植心脏	探究DSP心肌病中心肌退化的分子机制	携带致病性DSP基因变异的心肌细胞	分子生物学	心肌病	空间转录组学	NA	基因表达数据	一名DSP心肌病患者的移植心脏及少量遗传性心肌病患者的移植心脏
6792	2025-03-06	Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610 PMID:39666379	研究论文	本文通过数学建模预测了免疫检查点抑制剂与放疗的最佳组合及给药时间	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了放疗期间淋巴细胞介导的分子相互作用动态变化，并构建了数学模型预测不同时间点给药的效果	研究仅基于食管癌患者的组织样本，结果可能不适用于其他类型癌症	探索放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳给药时间点和药物组合	食管癌患者的组织样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析	数学模型	RNA测序数据, 空间转录组数据	食管癌患者的组织样本
6793	2025-03-06	Single-cell Atlas of Developing Mouse Palates Reveals Cellular and Molecular Transitions in Periderm Cell Fate 2025-Mar-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf013 PMID:40037804	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探索了小鼠腭部发育过程中的细胞和分子转变，特别是关于periderm细胞的亚群和发育轨迹	揭示了periderm细胞在腭部发育中的四个亚群及其细胞命运的两条不同轨迹，并发现了claudin家族基因和Arhgap29在腭板接触前的非粘附功能，以及Pitx2在腭板接触时的粘附作用	研究局限于小鼠模型，未涉及人类样本	理解腭部发育过程中的细胞和分子机制，特别是periderm细胞的命运决定	小鼠胚胎腭部发育过程中的细胞	单细胞转录组学	腭裂	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠胚胎从E10.5到E16.5的腭部样本
6794	2025-03-06	spatialGE Is a User-Friendly Web Application That Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346 PMID:39636739	研究论文	本文介绍了spatialGE，一个用户友好的网络应用程序，旨在简化空间转录组学数据分析	开发了一个无需编程技能即可进行空间转录组学数据分析的网络应用程序，支持多种分析流程和技术	未明确提及具体的技术限制或应用范围限制	简化空间转录组学数据分析，使其对更广泛的科研人员可用	空间转录组学数据	生物信息学	黑色素瘤转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术（如10× Visium和NanoString CosMx）	NA	空间转录组学数据	两个数据集：黑色素瘤转移的10× Visium样本和默克尔细胞癌的NanoString CosMx视野样本
6795	2025-03-06	Single cell transcriptomic analysis reveals tumor immune infiltration by macrophage cells gene signature in lung adenocarcinoma 2025-Mar-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01834-7 PMID:40029500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的基因特征及其在肿瘤免疫浸润中的作用	利用单细胞RNA测序数据构建了一个新的肿瘤相关巨噬细胞基因特征（TGS）评分，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫反应	研究样本量相对较小，仅包括19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本	识别肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）相关的生物标志物，并探讨巨噬细胞浸润在肺腺癌中的意义	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本
6796	2025-03-06	Cancer-associated fibroblast-derived MMP11 promotes tumor progression in pancreatic cancer 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16418 PMID:39639765	研究论文	本研究探讨了基质金属蛋白酶11（MMP11）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的表达模式及其作用，揭示了MMP11在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的主要表达及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制	首次揭示了MMP11在PDAC中的表达模式及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制，明确了CAF与癌细胞之间的TGF-β1和MMP11介导的相互作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨MMP11在PDAC中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、共免疫荧光染色	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	PDAC组织和CAFs细胞系（AsPC-1和BxPC-3）
6797	2025-03-06	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Tumor Heterogeneity and Immunosuppressive Microenvironment in Urothelial Carcinoma 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16436 PMID:39726326	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了尿路上皮癌（UC）的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	发现了具有上皮-间质转化（EMT）和癌症干细胞（CSC）特征的罕见上皮细胞亚型EP9，并揭示了不同UC亚型中ACKR1+内皮细胞、炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）、ESM1+内皮细胞、CD8+效应T细胞、Tregs、C1QC+巨噬细胞和LAMP3+树突状细胞的分布差异	样本量较小，仅涉及13名患者	研究尿路上皮癌的细胞异质性和微环境组成，以指导新疗法的开发	尿路上皮癌患者（膀胱、输尿管、肾盂）	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13名患者（4名膀胱UC，5名输尿管UC，4名肾盂UC）
6798	2025-03-06	Unveiling tumor-infiltrating immune cell-driven immune-mediated drug resistance in clear cell renal cell carcinoma: prognostic insights and therapeutic strategies 2025-Mar-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01890-z PMID:40025304	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后和治疗意义，旨在揭示药物抵抗的分子基础及潜在对策	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，构建了基于TIIC的预后模型，并验证了其在预测患者结果方面的优越性	研究依赖于现有数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	揭示ccRCC中TIICs在药物抵抗中的作用，并开发针对肿瘤微环境的精准治疗策略	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	转录组分析，单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	多个队列的转录组和单细胞RNA测序数据
6799	2025-03-06	Association between cancer-associated fibroblasts and prognosis of neoadjuvant chemoradiotherapy in esophageal squamous cell carcinoma: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing 2025-Mar-01, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03709-x PMID:40025479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新辅助放化疗（NCRT）对食管鳞状细胞癌（ESCC）微环境的影响，并构建了预后模型	首次系统性地描述了NCRT后ESCC微环境中肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的亚型及其与预后的关系，并构建了基于myCAFs标志基因的预后模型	需要进一步的研究来验证这些发现并探索其临床意义	探讨新辅助放化疗对食管鳞状细胞癌微环境的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	生物信息学	食管癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
6800	2025-03-06	Identification and multi-omics analysis of essential coding and long non-coding genes in colorectal cancer 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101938 PMID:40034256	研究论文	本文通过整合CRISPR/Cas9基因筛选和单细胞RNA测序数据，识别了结直肠癌中的关键编码基因和长非编码基因，并进行了多组学分析	首次在单细胞水平上识别结直肠癌中的关键基因，并揭示了这些基因对肿瘤微环境的影响	研究主要基于细胞系和组织样本，未涉及临床患者数据的验证	识别结直肠癌中的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌细胞系和组织样本	数字病理学	结直肠癌	CRISPR/Cas9基因筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Hypergeometric Test (HT)、Personalized PageRank (PPR)	基因表达数据、DNA突变数据、DNA甲基化数据	8个全基因组CRISPR功能缺失筛选数据集和结直肠癌组织的单细胞RNA测序数据