单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-07-07	Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data 2025-May-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009 PMID:39963994	研究论文	介绍了一个名为Deconer的全面评估工具包，用于评估基于参考的去卷积方法在基因表达数据中的应用	提供了首个全面的评估工具包Deconer，用于系统比较16种基于参考的去卷积方法，并提供了多种可视化界面和数据集	未提及具体的局限性	评估和改进基于参考的去卷积方法在细胞类型去卷积分析中的性能	基因表达数据，包括批量测序和单细胞测序数据	生物信息学	NA	基因表达分析	NA	基因表达数据	未提及具体样本数量
662	2025-07-06	Single-cell sequencing reveals the expansion and diversity of T cell subsets in the bone marrow microenvironment of chronic myeloid leukemia 2025-Sep, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2025.101626 PMID:40612663	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了慢性髓性白血病（CML）患者骨髓微环境中T细胞亚群的扩增和多样性变化	首次在单细胞水平上系统解析了CML患者骨髓T细胞图谱，发现了CD8终末效应（TE）细胞的显著增加及CD4初始T细胞的减少	研究样本量未明确说明，且仅聚焦于T细胞亚群未涵盖其他免疫细胞类型	解析CML骨髓免疫微环境中T细胞亚群的动态变化	慢性髓性白血病患者的骨髓T细胞	单细胞组学	慢性髓性白血病	多层级单细胞测序（含T细胞受体测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确（CML患者骨髓样本）
663	2025-07-06	Exploring the untapped potential of single-cell and spatial omics in plant biology 2025-Aug, The New phytologist DOI:10.1111/nph.70220 PMID:40398874	综述	本文探讨了单细胞和空间组学技术在植物生物学中的未开发潜力及其当前应用	强调了单细胞和空间组学技术在植物生物学中的新兴应用及其未来潜力	植物特有的技术挑战如细胞壁复杂性和抗体资源有限	推动植物科学领域的重大发现	植物生物学中的单细胞和空间组学技术	植物生物学	NA	单细胞转录组、染色质可及性分析、空间转录组学、多组学、谱系追踪、分子记录、高通量遗传和化学扰动表型分析	NA	分子和细胞动态数据	多个模型植物物种
664	2025-07-06	Identification of novel macrophages and bone morphogenetic protein signals causing ectopic calcification and impairing muscle regeneration 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112841 PMID:40612505	研究论文	本文研究了异位钙化的机制，发现F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞和BMP信号在异位钙化中的作用，并提出BMP抑制剂作为潜在治疗方法	发现了F4/80(+)Csf1r(-)巨噬细胞在钙化肌肉中的特异性增加，并证实BMP信号和内皮-间质转化(EndoMT)在异位钙化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	探究异位钙化的分子机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠肌肉组织中的巨噬细胞和BMP信号通路	分子生物学	肌肉疾病	单细胞测序分析、谱系追踪分析	小鼠模型	基因表达数据	使用notexin和BaCl注射的小鼠模型
665	2025-07-06	Combining spatial transcriptomics and AI to enhance brain tumour diagnosis 2025-Jul-04, Nature reviews. Cancer DOI:10.1038/s41568-025-00851-6 PMID:40615732	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
666	2025-07-06	N6-methyladenosine-mediated upregulation of MANF promotes ER stress resistance in renal cell carcinoma 2025-Jul-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07798-4 PMID:40603319	研究论文	本研究揭示了MANF通过m6A修饰上调促进肾细胞癌（RCC）中内质网应激抵抗的新机制	首次发现MANF通过m6A修饰调控在RCC进展中的作用，并阐明其通过抑制IRE1α磷酸化缓解内质网应激的具体机制	未涉及MANF靶向治疗在动物模型或临床中的验证	探索肾细胞癌治疗抵抗的新机制并寻找潜在治疗靶点	肾细胞癌（RCC）及其近端小管细胞前体	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞转录组测序、m6A修饰分析	NA	转录组数据	NA
667	2025-07-06	Myeloma cell-intrinsic ANXA1 elevation and T cell dysfunction contribute to BCMA-negative relapse after CAR-T therapy 2025-Jul-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.03.001 PMID:40057828	研究论文	本研究探讨了多发性骨髓瘤(MM)患者在抗BCMA CAR-T细胞治疗后复发的原因，发现ANXA1的高表达与BCMA阴性复发相关	首次发现ANXA1高表达与BCMA阴性多发性骨髓瘤复发相关，并证实ANXA1可作为潜在治疗靶点	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	探究多发性骨髓瘤CAR-T治疗后BCMA阴性复发的机制	多发性骨髓瘤患者和癌细胞	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	小鼠模型	转录组数据	1例CAR-T治疗后复发患者及未暴露于CAR-T细胞的患者数据
668	2025-07-06	Gasdermin D aggravates a mouse model of radiation-induced liver disease by promoting chemokine secretion and neutrophil recruitment 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61397-7 PMID:40603284	研究论文	本研究揭示了Gasdermin D（GSDMD）在辐射诱导的肝病（RILD）中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	首次发现GSDMD在RILD中的关键作用，并揭示了其通过激活STAT5A和CXCL1促进中性粒细胞招募的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索辐射诱导肝病（RILD）的发病机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型和肝细胞	分子病理学	肝病	scRNA-seq、免疫荧光、荧光激活细胞分选	Gsdmd基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞图像数据	未明确说明小鼠数量
669	2025-07-06	AKR1C3 enhances radioresistance in esophageal adenocarcinoma via inhibiting ferroptosis through suppressing TRIM21-mediated ubiquitination of HSPA5 2025-Jul-02, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07773-z PMID:40603306	研究论文	本研究揭示了AKR1C3通过抑制铁死亡增强食管腺癌放射抵抗的分子机制	首次发现AKR1C3通过稳定HSPA5-GPX4通路抑制铁死亡从而介导放射抵抗	研究主要基于体外模型和患者来源类器官，缺乏体内实验验证	探索食管腺癌放射抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点	食管腺癌细胞系和患者来源类器官	肿瘤生物学	食管腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, TCGA数据分析, C11-Bodipy染色, 透射电镜	体外放射抵抗模型	基因表达数据, 影像数据	未明确说明具体样本数量
670	2025-07-06	scICE: enhancing clustering reliability and efficiency of scRNA-seq data with multi-cluster label consistency evaluation 2025-Jul-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60702-8 PMID:40603842	研究论文	本文开发了一种名为scICE的工具，用于评估单细胞RNA测序数据的聚类一致性并提供一致的聚类结果	scICE在速度上比传统共识聚类方法提高了30倍，并能有效识别一致的聚类结果	未明确提及方法的局限性	提高单细胞RNA测序数据聚类的可靠性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	48个真实和模拟的单细胞RNA测序数据集，部分包含超过10,000个细胞
671	2025-07-06	Single cell RNA sequencing to identify an Immunogenic cell death related prognostic signature in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08602-1 PMID:40604056	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究肝内胆管癌中免疫原性细胞死亡相关基因的预后特征	首次在肝内胆管癌中鉴定出免疫原性细胞死亡相关的预后特征，并揭示了其与免疫微环境和临床预后的关联	样本量相对较小（8例患者），且研究结果需要在更大规模的队列中验证	探索免疫原性细胞死亡相关基因在肝内胆管癌进展和患者预后中的作用	肝内胆管癌患者样本	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	PCA, UMAP, CellChat, CytoTRACE, Monocle2	RNA测序数据	8例肝内胆管癌患者的30,485个单细胞
672	2025-07-06	Machine learning-based integration identifies plasma cells-related gene signature ST6GAL1 in idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jul-02, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-025-03696-9 PMID:40604645	研究论文	本研究通过机器学习整合方法，识别出与特发性肺纤维化(IPF)预后相关的浆细胞相关基因特征ST6GAL1	开发了一种基于机器学习的整合程序构建浆细胞相关基因特征(PCRGS)，并验证了核心基因ST6GAL1的潜在治疗靶点作用	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量可能影响结论的普适性	系统探索与IPF患者预后相关的浆细胞相关基因	特发性肺纤维化(IPF)患者和博来霉素损伤小鼠模型	机器学习	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 批量RNA测序, 微阵列数据分析	机器学习整合模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及IPF患者和博来霉素损伤小鼠模型
673	2025-07-06	Association between periodontitis and blood lipid levels: a cross-sectional study 2025-Jul-02, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06341-3 PMID:40604728	研究论文	本研究探讨了血脂水平与牙周炎之间的相关性，并探索了血脂异常与牙周病之间的细胞和分子机制	通过单细胞RNA测序分析揭示了免疫细胞（特别是肥大细胞）在牙周炎组中脂质代谢增强，并通过炎症信号通路（如IL7、IL15）调节成纤维细胞活性	研究为横断面设计，无法确定因果关系	调查血脂水平与牙周炎之间的相关性，并探索其潜在的细胞和分子机制	2009-2014年国家健康与营养调查（NHANES）中具有完整血清脂质水平和牙周检查数据的参与者	NA	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血清脂质水平和牙周检查数据	5,342名参与者
674	2025-07-06	GADD45GIP1 promotes osteosarcoma progression by modulating RPL35 ubiquitination and alleviating endoplasmic reticulum stress via the PERK/eIF2α pathway 2025-Jul-02, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03866-z PMID:40604925	研究论文	本文研究了GADD45GIP1通过调节RPL35泛素化和减轻内质网应激促进骨肉瘤进展的分子机制	首次揭示了GADD45GIP1通过PERK/eIF2α通路调节RPL35泛素化和内质网应激促进骨肉瘤进展的新机制	研究样本量相对较小（41例正常组织和67例肿瘤组织），且机制研究主要在体外和动物模型中进行	探索骨肉瘤进展的新分子机制和潜在治疗靶点	骨肉瘤细胞和患者组织样本	肿瘤分子生物学	骨肉瘤	转录组生存分析、单细胞RNA测序、免疫共沉淀(IP)、液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	41例正常组织和67例肿瘤组织
675	2025-07-06	The role of B12 deficiency and methionine synthase in methionine-dependent cancer cells 2025-Jul-02, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00405-2 PMID:40605016	研究论文	探讨B12缺乏和甲硫氨酸合成酶在甲硫氨酸依赖性癌细胞中的作用	揭示了甲硫氨酸依赖性是由B12缺乏导致的低MTR活性引起的，并通过表达B12非依赖性甲硫氨酸合成酶恢复了癌细胞在homocysteine中的生长	研究仅基于细胞系，未涉及体内实验	解析癌细胞甲硫氨酸依赖性的机制	癌细胞系	癌症代谢	癌症	单细胞RNA测序、代谢流分析(MFA)、同位素稀释	NA	基因表达数据、代谢物数据	癌细胞系
676	2025-07-06	CircERC1 facilitates chemoresistance through inhibiting pyroptosis and remodeling extracellular matrix in pancreatic cancer 2025-Jul-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02385-9 PMID:40605033	研究论文	该研究揭示了circERC1在胰腺癌化疗耐药中的作用机制，通过抑制细胞焦亡和重塑细胞外基质来促进耐药性	首次发现circERC1作为PDAC分泌的EVs中的关键调节因子，通过抑制GEM-NabP诱导的细胞焦亡和重塑肿瘤微环境来促进化疗耐药	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证不足	探索胰腺导管腺癌(PDAC)对化疗药物耐药的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	circRNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、RNA pull-down、质谱分析、RNA免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	NA
677	2025-07-06	Investigating the potential role of EIF2S2 in OSCC progression through comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation 2025-Jul-02, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02830-x PMID:40605071	研究论文	通过综合生物信息学分析和实验验证，探讨EIF2S2在口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展中的潜在作用	首次全面分析EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与免疫微环境、突变负荷、药物敏感性和预后的关联	研究样本量未明确说明，且实验验证部分可能不够充分	探索EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与肿瘤进展和免疫逃逸的关联	口腔鳞状细胞癌（OSCC）组织和相关免疫细胞	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq、免疫评分、药物敏感性评估、分子对接	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	NA
678	2025-07-06	Identification of parthanatos-related molecular subtypes and development of prognostic risk models in ovarian cancer based on multi-omics analysis 2025-Jul-02, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01726-y PMID:40605104	研究论文	通过多组学分析识别卵巢癌中与parthanatos相关的分子亚型，并开发预后风险模型	首次基于parthanatos相关基因(PRG)构建卵巢癌预后风险模型，并验证TGFBI在卵巢癌细胞增殖、侵袭和克隆形成中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据集，需要更多独立队列验证模型的普适性	探索parthanatos在卵巢癌中的预后价值和生物学意义	卵巢癌患者和卵巢癌细胞系	生物信息学	卵巢癌	多组学分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blotting、集落形成实验、Transwell迁移实验	预后风险模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据集中的卵巢癌样本
679	2025-07-06	Iterative clustering algorithm G-DESC-E and pan-cancer key gene analysis based on single-cell sequencing data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf288 PMID:40608007	研究论文	提出了一种基于单细胞测序数据的迭代聚类算法G-DESC-E，并用于泛癌关键基因分析	首次将单细胞测序技术应用于泛癌分析中的关键基因研究，提出G-DESC-E算法，通过网格化方法有效区分降维数据，并结合标签熵和Kullback-Leibler散度公式构建目标函数，实现聚类结果的迭代优化	NA	提升单细胞测序数据在泛癌分析中的聚类准确性，并识别与不同癌症亚型相关的关键转录特征	单细胞测序数据	生物信息学	泛癌	单细胞测序	G-DESC-E算法	单细胞测序数据	NA
680	2025-07-06	Alternative splicing as a novel pathogenic mechanism in chronic kidney disease 2025-Jul-02, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111972 PMID:40614890	综述	本文综述了选择性剪接（AS）作为慢性肾脏病（CKD）新型致病机制的调控机制及其在CKD发病中的已知和新兴作用	提出选择性剪接（AS）作为CKD的新型致病机制，并探讨AS靶向治疗策略的潜力	未来研究需进一步探讨AS及其调控因子在CKD中的动态变化及其功能贡献	阐明AS与CKD之间的功能联系，探索AS靶向治疗策略	肾小管上皮细胞	病理学	慢性肾脏病	单细胞测序	NA	NA	NA