单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-04-08	Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf136 PMID:40185158	review	本文综述了深度学习方法在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战，并从数据科学的角度进行了系统评价	系统评估了58种计算方法在21个数据集上的性能，揭示了模型性能在不同数据集和评估指标间的显著差异，并提出了深度学习方法在转录组数据分析中的三个关键发展方向	高质量标注数据集仍然有限，且生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间背景具有挑战性	探讨深度学习方法在单细胞和空间转录组数据分析中的应用及其面临的挑战	单细胞和空间转录组数据	machine learning	NA	单细胞测序、空间转录组学	深度学习	基因表达、表观遗传修饰、代谢物水平、空间位置等多模态数据	21个数据集来自9个基准测试
662	2025-04-08	Immune-responsive gene-1: The mitochondrial Key to Th17 Cell Pathogenicity in CNS Autoimmunity 2025-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.573264 PMID:38234838	research paper	该研究探讨了免疫响应基因1（IRG1）在中枢神经系统自身免疫疾病中对致病性Th17细胞的调控作用	首次揭示了IRG1通过NLRP3/IL-1β轴调控致病性Th17细胞极化的分子机制	研究主要基于EAE动物模型，尚未在人类多发性硬化症患者中验证	阐明IRG1在自身免疫疾病中对Th17细胞致病性的调控机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型小鼠的免疫细胞	免疫学	多发性硬化症	RNA-seq、单细胞RNA测序、骨髓嵌合体实验	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	EAE模型小鼠及其免疫细胞
663	2025-04-08	Single-cell sequencing reveals the mechanisms of multiple myeloma progression: clarity or confusion? 2025-Feb, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06241-0 PMID:39918600	综述	本文综述了单细胞测序在揭示多发性骨髓瘤进展机制中的新见解，包括克隆进化、微环境转变、表观遗传变化及新型预后和治疗策略	利用单细胞测技术解析多发性骨髓瘤的细胞异质性和分子模式，为理解其生物学和进化动力学提供突破性视角	研究范围和技术的持续扩展与优化仍需进一步探索	探讨多发性骨髓瘤的进展机制及未来治疗方向的改进	多发性骨髓瘤的克隆进化、微环境转变及表观遗传变化	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
664	2025-04-08	Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis 2025-01-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81110-w PMID:39848950	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征（PCOS）的分子特征	整合多个数据集进行生物信息学分析，揭示了PCOS的复杂分子网络，包括差异表达基因、共表达模块和细胞亚群的潜在发育轨迹	研究依赖于公共数据集，可能受到样本来源和数量的限制	揭示PCOS的潜在分子机制	多囊卵巢综合征（PCOS）患者	生物信息学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、生物信息学分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自GSE138518、GSE155489和PRJNA600740的数据集
665	2025-04-08	Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks 2025-01-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78502-3 PMID:39843498	研究论文	通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别与脓毒症预后相关的生物标志物并构建ceRNA调控网络	首次构建了脓毒症相关的circRNA-miRNA-mRNA调控网络，并识别出GSPT1和NPRL3作为新的预后生物标志物	样本量较小，非存活组仅6例，可能影响结果的统计效力	探索脓毒症的发病机制，寻找早期识别和治疗的新靶点	脓毒症患者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序（mRNA/circRNA），10×单细胞RNA测序	ceRNA调控网络	RNA测序数据	存活组26例，非存活组6例
666	2025-04-07	Overcoming immunotherapy resistance in colorectal cancer through nano-selenium probiotic complexes and IL-32 modulation 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123233 PMID:40081224	研究论文	本研究提出了一种新型纳米硒益生菌复合物结合IL-32调控的方法，以增强CD8+ T细胞介导的免疫反应并克服结直肠癌的免疫治疗耐药性	首次将硒纳米颗粒负载的细胞外囊泡与IL-32及工程化益生菌大肠杆菌Nissle 1917结合，形成SeNVs@NE-IL32-EcN复合物，用于增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	克服结直肠癌免疫治疗耐药性，增强CD8+ T细胞介导的免疫反应	结直肠癌患者及人源化异种移植小鼠模型	纳米医学与免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、电子显微镜、动态光散射(DLS)	人源化异种移植小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明患者样本数量，使用人源化小鼠模型
667	2025-04-07	Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials 2025-Sep, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123275 PMID:40138961	research paper	开发了一种电导性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子反应	开发了具有电导性的3D心脏芯片模型（eHOC），相比非导电模型，展现出增强的收缩功能、改善的钙瞬变及心脏相关基因表达的上调	未明确提及具体限制，但可能包括模型复杂性和实际应用中的技术挑战	构建更接近天然心肌的电导性心脏组织模型，用于药物测试和疾病建模	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）衍生的心肌细胞（hiCMs）和心脏成纤维细胞（hiCFs）	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D电导性心脏芯片（eHOC）	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
668	2025-04-07	PINK1 link mitochondria-ER contacts controls deposition of intramuscular fat in pigs 2025-May-20, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151672 PMID:40138759	研究论文	本研究探讨了PINK1如何通过调节线粒体与内质网的相互作用调控猪肌肉内脂肪沉积	首次揭示了PINK1通过调控线粒体-内质网接触点来控制猪肌肉内脂肪沉积的分子机制	研究仅针对猪模型，人类或其他动物的适用性尚不明确	探究PINK1在调控猪肌肉内脂肪沉积中的作用机制	猪的肌肉内脂肪沉积过程	农业生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个猪品种的肌肉组织样本
669	2025-04-07	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-Apr-05, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	研究论文	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇并构建了风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者预后较差的原因，并发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索乳酸代谢相关基因与DLBCL预后及免疫微环境相互作用的关系	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的患者数据
670	2025-04-07	Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis 2025-Apr-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90596 PMID:40184163	研究论文	通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层	整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别出14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有独特神经元特征的远端结肠细胞群	EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未充分定义	解析肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道动态平衡中的作用	肠嗜铬细胞（EC细胞）	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学、空间图像分析	NA	单细胞RNA测序数据、空间图像数据	NA
671	2025-04-07	Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics 2025-Apr-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq1575 PMID:40184463	research paper	该研究通过空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了线粒体心肌病（MCM）从代偿到功能障碍转变的机制，并发现Atf3在女性MCM进展中的关键作用	首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了Atf3在女性线粒体心肌病进展中的性别特异性调控作用	研究样本量有限，仅基于一名患者和小鼠模型，需要在更大样本中验证	探究线粒体心肌病从代偿到功能障碍转变的分子机制	线粒体心肌病患者的心脏组织和小鼠模型	转录组学	线粒体心肌病	空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	Ndufs6基因敲除小鼠模型(FS6KD)	RNA测序数据	一名患者和小鼠模型
672	2025-04-07	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Apr-04, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎中滑膜免疫细胞的失调	首次揭示了损伤和肥胖在骨关节炎中独立和协同地改变滑膜免疫细胞景观的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及正常体重和肥胖小鼠的比较
673	2025-04-07	Individualized patient tumor organoids faithfully preserve human brain tumor ecosystems and predict patient response to therapy 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.01.002 PMID:39938519	research paper	开发了一种快速、高效且复杂的培养系统（IPTO），能够准确再现人脑肿瘤的细胞和分子病理学	IPTO模型能够培养多种中枢神经系统肿瘤，包括成人、儿童和转移性脑癌，并能预测患者特异性药物反应	NA	开发一种能够准确模拟人脑肿瘤并预测治疗反应的临床前模型	人脑肿瘤	digital pathology	brain cancer	iPSC-derived cerebral organoids, scRNA-seq	IPTO	genomic, epigenomic, scRNA-seq data	前瞻性患者队列
674	2025-04-07	Interferon-responsive intestinal BEST4/CA7+ cells are targets of bacterial diarrheal toxins 2025-Apr-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.02.003 PMID:40010349	研究论文	本文研究了人类肠道中BEST4/CA7细胞的功能，特别是在电解质平衡和免疫反应中的作用	首次建立了人类肠道类器官中BEST4/CA7细胞的分化协议，并揭示了其在细菌感染引起的腹泻中的作用机制	研究依赖于体外模型，缺乏体内实验验证，且小鼠模型中不存在BEST4/CA7细胞	探索BEST4/CA7细胞在电解质平衡和免疫反应中的功能	人类肠道中的BEST4/CA7细胞	细胞生物学	细菌性腹泻	单细胞RNA测序，类器官培养	人类肠道类器官	基因表达数据	NA
675	2025-04-07	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	research paper	提出了一种名为'recall'的方法，用于防止单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的过度聚类问题	通过引入人工变量来控制'双重浸入'（double dipping）的影响，提高聚类准确性	未提及具体的数据集或实验条件下的局限性	改进单细胞RNA测序数据分析中的聚类步骤，避免过度聚类导致的误导性结果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	真实和模拟数据
676	2025-04-07	Integrated proteogenomic characterization of localized prostate cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies 2025-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58569-w PMID:40180929	研究论文	本文通过整合基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据，对145例中国患者的局限性前列腺癌进行了分子分型，并鉴定出NANS蛋白作为潜在的预后生物标志物和治疗靶点	首次在局限性前列腺癌中整合多组学数据进行分子分型，并发现NANS蛋白通过调节sialoglycan-sialic acid-Siglec轴逆转免疫抑制微环境的新机制	样本量相对有限（145例），且仅针对中国患者群体	阐明局限性前列腺癌的分子异质性并发现新的治疗靶点	145例中国患者的局限性前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	基因组测序、转录组测序、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、scRNA-seq、免疫荧光分析	细胞来源原位移植小鼠模型	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组）	145例局限性前列腺癌患者样本
677	2025-04-07	Development and validation of basement membrane-related signatures for predicting postoperative recurrence, tumor microenvironment and drug candidates in chordomas 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14006-1 PMID:40181316	研究论文	本研究开发并验证了与基底膜相关的基因特征，用于预测颅底脊索瘤的术后复发、肿瘤微环境和药物候选	首次建立了由五个基底膜相关基因组成的预后特征，并验证了其在颅底脊索瘤中的独立预后价值，同时揭示了基底膜相关基因通过PI3K-Akt信号通路影响脊索瘤的恶性行为	样本量相对较小（77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序），且仅针对颅底脊索瘤患者	探索基底膜相关基因在颅底脊索瘤预后评估和生物学行为中的作用	颅底脊索瘤患者	数字病理学	颅底脊索瘤	批量转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO Cox回归分析	NA	转录组数据	77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序的颅底脊索瘤患者
678	2025-04-07	Microwave ablation of non-small cell lung cancer enhances local T-cell abundance and alters monocyte interactions 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14002-5 PMID:40181307	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了微波消融（MWA）对非小细胞肺癌（NSCLC）微环境中免疫细胞群体和基因表达的影响	首次在单细胞水平上揭示了MWA后NSCLC微环境中T细胞丰度的增加以及单核细胞与T细胞（或B细胞）之间相互作用的改变	样本量较小，且仅针对NSCLC患者，结果可能不适用于其他癌症类型	探究MWA对NSCLC微环境中免疫细胞群体和基因表达的影响	接受分次MWA治疗的NSCLC患者的肿瘤活检样本	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多次活检样本
679	2025-04-07	FOSB is a key factor in the genetic link between inflammatory bowel disease and acute myocardial infarction: multiple bioinformatics analyses and validation 2025-Apr-03, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02129-0 PMID:40181401	research paper	该研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了FOSB等关键基因在炎症性肠病（IBD）和急性心肌梗死（AMI）共病中的重要作用	首次通过多组学分析识别出THBD、FOSB等5个IBD-AMI共病关键基因，并构建了高预测精度的AMI诊断模型	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证其临床适用性	阐明IBD与AMI共病的遗传机制并寻找潜在治疗靶点	IBD和AMI患者的基因表达数据	生物信息学	炎症性肠病, 急性心肌梗死	微阵列分析, WGCNA, 机器学习(LASSO/随机森林/Boruta), qRT-PCR, Western blotting, 单细胞测序	诊断模型	基因表达数据	NCBI GEO数据库中的多个微阵列数据集（具体数量未说明）
680	2025-04-07	Exploring Human Brain Metabolism via Genome-Scale Metabolic Modeling with Highlights on Multiple Sclerosis 2025-04-02, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.5c00006 PMID:40091499	研究论文	通过基因组尺度代谢模型探索人脑代谢，重点研究多发性硬化症	重建了脑细胞特异性基因组尺度代谢模型（GEMs），并整合单细胞RNA-seq数据和全局Human1，通过tINIT算法生成了组合脑模型iHumanBrain2690	未提及具体样本量或实验验证的局限性	理解人脑生理和疾病中的复杂代谢	神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞和少突胶质前体细胞	系统生物学	多发性硬化症	单细胞RNA-seq、基因组尺度代谢模型（GEMs）、tINIT算法	iHumanBrain2690	RNA-seq数据	NA