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当前共找到 10384 篇文献，本页显示第 661 - 680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 661 | 2025-12-10 |
Deep Learning-Based Quality Control Using Subcellular RNA Spatial Distribution Patterns for Cell Segmentation in Spatial Transcriptomics Data
2025-Nov-27, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202500885
PMID:41311019
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的质量控制方法，利用亚细胞RNA空间分布模式来评估和改进空间转录组学数据中的细胞分割结果 | 首次利用亚细胞RNA空间分布模式通过深度神经网络进行细胞分割的质量控制，并能识别部分分割或合并的细胞，结合Transformer方法提升分割性能 | 方法主要针对基于测序的空间转录组学数据，在真实数据中的泛化能力可能需要进一步验证 | 提高空间转录组学数据中细胞分割的准确性和质量 | 空间转录组学数据中的细胞分割结果 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学测序 | 深度神经网络, Transformer | 空间转录组学数据 | 合成数据和真实Stereo-seq数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 662 | 2025-11-16 |
Spatial Transcriptomics and Proteomics of Mycosis Fungoides Biopsies from Skin of Color Patients Reveal Biomarkers and Potential Treatment Targets
2025-Nov-17, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.608
PMID:41237899
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 663 | 2025-12-10 |
Four Decades of Inquiry Into the Genetic Bases of Specific Reading Disability
2025-Nov-11, Journal of speech, language, and hearing research : JSLHR
DOI:10.1044/2025_JSLHR-25-00050
PMID:41091061
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研究论文 | 本研究通过系统梳理过去四十年与特定阅读障碍相关的候选基因，并分析其进化保守性、发育表达模式和功能网络，以探究阅读障碍的遗传基础 | 挑战了存在阅读特异性基因的观念，提出特定阅读障碍反映了在人类特有大脑结构中运作的古老进化神经机制被破坏，并识别了发育表达转换和功能网络 | 研究基于文献综述和生物信息学分析，缺乏直接的实验验证，且候选基因列表可能不完全 | 探究特定阅读障碍的遗传基础，填补对阅读能力遗传结构理解的知识空白 | 175个与特定阅读障碍及阅读相关过程相关的候选基因 | 自然语言处理 | 特定阅读障碍 | 文献综述、生物信息学分析、发育转录组分析、单细胞转录组分析、功能通路分析 | NA | 基因序列数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | Allen Institute for Brain Science | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | Allen Brain Atlas | Allen Brain Atlas 发育和单细胞转录组数据集 |
| 664 | 2025-12-10 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于环状RNA（circRNA）的靶向GPC3的肝癌疫苗，并通过结合TLR4激动剂佐剂，在小鼠模型中验证了其抑制肿瘤进展、激活适应性免疫应答的疗效和机制 | 首次开发了靶向GPC3的circRNA癌症疫苗，克服了传统mRNA疫苗的不稳定性和递送效率问题，并通过结合TLR4佐剂增强了抗肿瘤免疫应答 | 研究主要基于小鼠模型，其疗效和安全性在人体中尚未验证；机制研究虽深入，但临床转化路径仍需探索 | 开发一种更稳定、高效的circRNA癌症疫苗，用于治疗肝细胞癌（HCC） | 肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境（TME） | 免疫治疗，癌症疫苗 | 肝细胞癌 | 环状RNA疫苗设计，TLR4激动剂佐剂，多重免疫荧光，单细胞测序，空间转录组学，质谱流式细胞术 | NA | 测序数据，成像数据，流式细胞数据 | 小鼠模型（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 665 | 2025-12-10 |
Heterogeneous generation and expansion of epidermal-resident memory T cells in individuals allergic to nickel
2025-Nov-06, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf427
PMID:41206452
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研究论文 | 本研究探讨了镍过敏个体在反复暴露于镍后，表皮驻留记忆T细胞的异质性生成和扩增机制 | 首次通过重复斑贴试验结合单细胞RNA测序，揭示了镍过敏个体表皮中CD4+和CD8+ TRM细胞的克隆扩增、分化异质性及耗竭样群体的存在 | 无法将特定T细胞亚型与临床反应严重程度相关联，样本量较小（仅12名参与者） | 研究反复镍暴露如何影响镍过敏个体的临床反应及表皮TRM细胞的积累和分化 | 镍过敏个体的表皮T细胞 | 免疫学 | 过敏性接触性皮炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名镍过敏参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 666 | 2025-12-10 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、TCR-pMHC相互作用的生物物理测量和结构分析，揭示了T细胞受体（TCR）与配体之间的原子水平相互作用如何指导记忆T细胞的分化命运 | 首次在分子水平上系统地将TCR的机械转导特性（如力依赖性结合）与记忆T细胞亚群（TCM与TEM）的分化联系起来，并提出了“双极性”克隆型的概念 | 研究基于小鼠模型和单一的流感病毒表位（NP），其在人类其他病原体或癌症抗原中的普适性仍需验证 | 阐明初始CD8 T细胞在抗原刺激后分化为不同记忆T细胞亚群（中央记忆TCM与效应记忆TEM）的分子机制 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型，这些克隆特异性识别由H-2D呈递的流感A病毒（IAV）免疫显性表位NP | 免疫学 | 传染病（流感病毒感染） | 单细胞转录组测序、TCR测序、生物物理测量（力依赖性相互作用）、结构分析 | NA | 转录组数据、序列数据、生物物理测量数据、结构数据 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 667 | 2025-12-10 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 本文提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE，用于识别沿伪时间轨迹的时间差异表达基因 | 通过功能主成分分析建模基因表达作为伪时间函数，有效捕捉共享的基因表达变异和伪时间结构，同时缓解零膨胀问题 | 未明确说明方法在复杂轨迹或多分支轨迹中的适用性，以及计算效率方面的潜在限制 | 开发一种稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法，以更准确地识别时间差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 功能主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 668 | 2025-12-10 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
|
研究论文 | 本文介绍了Atacformer，一种基于Transformer的基础模型，用于分析和解释ATAC-seq数据 | Atacformer是首个为scATAC-seq数据设计的基于Transformer的基础模型，能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示，并支持跨模态对齐和RNA数据推算 | 模型在scATAC-seq数据上的迁移学习潜力尚未充分探索，且现有工具在处理大规模复杂数据集时存在限制 | 开发一个基础模型以解决scATAC-seq数据统一分析和下游任务（如聚类、细胞类型注释和参考映射）的挑战 | scATAC-seq实验数据，包括公共存储库中的近10,000个实验 | 机器学习 | NA | ATAC-seq, scATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组数据（原始片段文件、BED文件） | 近10,000个scATAC-seq实验 | NA | single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 669 | 2025-12-10 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
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研究论文 | 本文介绍了一个名为CeDNe的开源计算框架，用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的多尺度数据并建模其结构-功能关系 | 开发了首个统一的开源计算框架，能够将解剖学、分子和成像数据集整合到基于图的表示中，并在单一计算环境中实现跨组学层的多模态数据分析 | 框架目前主要针对秀丽隐杆线虫开发，在其他生物神经网络中的通用性需要进一步验证 | 建立神经回路结构与功能之间的联系，实现多尺度神经回路分析 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 计算神经科学 | NA | 计算建模、网络分析、神经动力学模拟 | 图神经网络、动力学网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、全脑神经活动成像数据、行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 670 | 2025-12-10 |
COL8A1 regulates endothelial phenotype in inflammatory endothelial-to-mesenchymal transition
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00339.2025
PMID:41042748
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研究论文 | 本研究探讨了胶原蛋白VIII的α1链（COL8A1）在炎症诱导的内皮-间质转化（EndMT）中的作用及其机制 | 揭示了COL8A1在炎症性EndMT中的双相调控作用，并阐明其通过NF-κB/Snail信号通路调节内皮稳定性的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型（HAECs），体内功能验证和临床相关性需要进一步研究 | 探究COL8A1在炎症性血管病理（如动脉粥样硬化）中内皮-间质转化过程中的调控作用 | 小鼠和人类内皮细胞，特别是人主动脉内皮细胞（HAECs） | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光分析，基因敲低，过表达 | NA | RNA-seq数据，图像数据 | 未明确指定具体样本数量，涉及小鼠和人类内皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 671 | 2025-12-10 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
|
综述 | 本文回顾了髓系肿瘤分类系统自1976年FAB分类以来的50年演变历程，重点探讨了二代测序技术对分类的影响以及未来单细胞测序和多组学技术的整合前景 | 从历史视角系统分析髓系肿瘤分类学的演变，并首次提出基于克隆造血不确定潜能（CHIP）的细胞水平达尔文主义概念框架 | 作为历史回顾性分析，缺乏原始实验数据支持；未涉及具体临床验证研究 | 追溯髓系肿瘤分类系统的发展历史，探讨新技术对疾病定义和治疗策略的影响 | 髓系肿瘤分类系统（特别是FAB分类及其后续演进） | 血液病理学 | 髓系肿瘤 | 二代测序技术，单细胞测序，多组学技术 | NA | 文献与分类标准文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 672 | 2025-12-10 |
Injury-induced connexin 43 expression regulates endothelial wound healing
2025-Nov-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology
DOI:10.1152/ajpheart.00153.2025
PMID:41060772
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研究论文 | 本研究探讨了损伤诱导的连接蛋白43（Cx43）表达在调节内皮伤口愈合中的作用 | 首次证明大动脉内皮机械损伤会诱导间隙连接蛋白Cx43的表达，并揭示了Cx43磷酸化对内皮细胞迁移和增殖能力的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证；单细胞RNA-seq分析仅针对18小时损伤时间点 | 阐明Cx43在内皮损伤后伤口愈合中的分子机制 | 小鼠颈动脉内皮细胞 | 血管生物学 | 血管疾病 | RNA-seq，单细胞RNA-seq | 基因敲除小鼠模型（EC-Cx43 KO），磷酸化位点突变模型 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 10829个细胞（来自野生型和EC-Cx43 KO小鼠颈动脉） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 673 | 2025-12-10 |
Decoding heart failure subtypes with neural networks via differential explanation analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf581
PMID:41222558
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研究论文 | 本文介绍了一种基于神经网络和可解释AI的新方法，用于识别心力衰竭亚型特异性基因，以解码心力衰竭亚型 | 提出了一种基于自定义神经网络重要性评分的新方法，用于识别差异解释基因，优于传统方法，能更有效地揭示心力衰竭亚型特异性通路 | 方法可能依赖于神经网络模型的特定架构和参数，且在实际应用中需验证其泛化能力 | 解码心力衰竭亚型，通过识别差异基因签名来理解分子机制 | 单细胞转录组数据中的细胞，特别是与心力衰竭相关的细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 深度神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 674 | 2025-12-10 |
Nonhuman Primate Model of Super-selective Intra-arterial Ophthalmic Arterial Interventional Thrombolysis for Treatment of Ophthalmic Arterial Embolism Resulting From Hyaluronic Acid Filler Cosmetic Injection
2025-Oct-16, Aesthetic surgery journal
IF:3.0Q1
DOI:10.1093/asj/sjaf132
PMID:40601619
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研究论文 | 本研究建立了一种非人灵长类动物模型，用于模拟眼动脉栓塞及超选择性眼动脉内介入溶栓治疗，以评估透明质酸填充剂注射后视网膜缺血再灌注的疗效 | 首次在非人灵长类动物中建立眼动脉栓塞模型，并应用单细胞RNA测序技术分析视网膜细胞在缺血再灌注过程中的分子变化 | 研究样本量较小，且模型可能无法完全模拟人类临床情况的复杂性 | 评估眼动脉内溶栓治疗对透明质酸填充剂注射所致眼动脉栓塞后视觉功能改善的有效性，并建立临床相关的视网膜缺血再灌注模型 | 恒河猴（非人灵长类动物） | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、数字减影血管造影、眼底荧光血管造影、视网膜电图、组织学染色、透射电子显微镜 | NA | 基因表达数据、影像数据、电生理数据、组织学数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及多个时间点（立即、1、4、24小时）的干预 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 675 | 2025-12-10 |
Computer Vision Methods for Spatial Transcriptomics: A Survey
2025-Oct-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.13.682148
PMID:41280008
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综述 | 本文首次系统性地综述了计算机视觉AI模型在空间转录组学分析中的应用，涵盖架构、学习范式、任务和数据集，并追踪其技术演变 | 首次系统性地综述计算机视觉方法在空间转录组学中的应用，强调其超越传统生物信息学、整合形态学与分子状态、以及解决ST技术限制（如高成本、临床适用性有限、2D分析限制）的新视角 | 作为一篇综述文章，未直接进行实验研究，因此不涉及具体模型或数据的局限性；但文中讨论了ST技术本身的限制（如高成本、2D分析） | 综述计算机视觉AI模型在空间转录组学分析中的应用，探索其如何利用组织学图像增强空间转录组数据分析，并推动基础研究和临床实践 | 空间转录组学数据及相关计算机视觉AI模型 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像（组织学图像）和空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 676 | 2025-12-10 |
Islet-intrinsic sex differences in inflammatory signaling contribute to autoimmune diabetes susceptibility
2025-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.06.680429
PMID:41279069
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研究论文 | 本研究探讨了胰岛内在的性别差异在炎症信号传导中的作用，以解释1型糖尿病（T1D）的性别偏向易感性 | 揭示了男性胰岛对促炎细胞因子反应更强烈，而雌激素（E2）能抑制炎症信号并降低β细胞免疫原性，为性别偏向的T1D易感性提供了机制性见解 | 研究主要基于体外实验和NOD小鼠模型，人类样本的临床验证有限，且未全面探索其他性激素或长期效应 | 探究性别特异性胰岛炎症反应如何影响1型糖尿病的易感性差异 | 人类胰岛、小鼠β细胞、非肥胖糖尿病（NOD）小鼠 | NA | 1型糖尿病 | 转录组学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | 人类胰岛来自男性和女性供体，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 677 | 2025-12-10 |
IFN-I-Mediated Transcriptional Reprogramming Drives Myeloid-skewed Hematopoiesis in Sickle Cell Anemia
2025-Oct-07, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7766748/v1
PMID:41282081
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验，揭示了镰状细胞贫血中I型干扰素信号驱动的造血干细胞向髓系分化的转录重编程机制 | 首次发现镰状细胞贫血中I型干扰素信号异常激活导致造血干细胞转录重编程，并揭示其对G-CSF的意外反应性 | 未明确I型干扰素信号激活的具体上游触发因素，且样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 探究镰状细胞贫血中病理性髓系生成和炎症的内在机制 | 镰状细胞贫血患者的造血干细胞和多能祖细胞 | 单细胞组学 | 镰状细胞贫血 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 678 | 2025-12-10 |
distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data
2025-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.04.647121
PMID:40291679
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研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用群体规模单细胞RNA测序数据识别分布数量性状位点，以更精细地研究遗传变异对基因表达的影响 | 采用Fréchet回归方法，将完整的经验分布作为响应对象，而非传统的简单汇总统计量（如均值），从而在单细胞水平上更准确地识别eQTLs | 方法主要应用于外周血单核细胞数据，可能在其他细胞类型或组织中的适用性有待验证 | 开发一种新方法来识别分布数量性状位点，以克服传统批量eQTL方法在细胞异质性方面的局限 | 来自982名捐赠者的外周血单核细胞的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名捐赠者的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 679 | 2025-12-10 |
The single-cell landscape of the human vein after arteriovenous fistula creation and implications for maturation failure
2025-Sep-22, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.08.024
PMID:40992573
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和组织学分析，揭示了人类动静脉瘘（AVF）创建后静脉壁的细胞和分子变化，特别是成熟失败的相关机制 | 首次创建了人类静脉在动静脉瘘创建前后的单细胞转录组图谱，识别了成熟失败AVF中持续的炎症反应和过度愈合特征，并发现巨噬细胞来源的骨桥蛋白是关键旁分泌信号 | 样本量相对有限（20例患者用于单细胞测序），且研究主要关注静脉壁变化，未全面评估全身或血流动力学因素 | 探究动静脉瘘成熟失败的生物学机制，以改善血液透析患者的AVF成熟结果 | 人类静脉组织样本，包括预接入静脉、早期切除样本、成熟AVF和失败AVF | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据，组织切片图像 | 23例患者用于组织学活检，20例患者用于单细胞RNA测序（共70,281个细胞） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 680 | 2025-12-10 |
Hematopoietic EphA4 Deficiency Alters Microglial Heterogeneity and Improves Chronic Spatial Memory After Brain Injury
2025-Aug-29, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7265717/v1
PMID:40909780
|
研究论文 | 本研究通过构建造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠模型，探究了外周免疫细胞来源的EphA4信号在创伤性脑损伤后对小胶质细胞动态及长期功能恢复的调控作用 | 首次揭示了外周免疫细胞来源的EphA4信号通过调节小胶质细胞异质性，负向调控脑损伤后的长期神经免疫重塑与功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人类中的适用性有待验证；单细胞测序仅针对90天后的海马组织，未能覆盖更完整的时空动态 | 探究外周免疫细胞来源的EphA4信号在创伤性脑损伤后对小胶质细胞动态及功能恢复的影响 | 造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠 | 神经免疫学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序，骨髓嵌合小鼠模型，受控皮质撞击损伤模型 | 动物模型（小鼠） | 单细胞转录组数据，行为学数据，形态学数据 | 未在摘要中明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |