单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6761	2025-03-13	A novel signature predicts prognosis in pancreatic cancer based on tumor membrane-associated genes 2025-Feb-28, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2025.e42791 PMID:40066030	研究论文	本研究基于肿瘤膜相关基因构建了一个新的签名模型MaGPS，用于预测胰腺癌患者的预后，并探索了潜在的治疗靶点	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和蛋白质表达数据，首次构建了基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型MaGPS，并揭示了其与药物敏感性的关联	研究依赖于外部数据集进行验证，可能受到数据质量和样本异质性的限制	开发一个基于肿瘤膜相关基因的预后预测模型，以改善胰腺癌患者的治疗策略	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 蛋白质表达分析	LASSO, Cox回归	RNA-seq, 蛋白质表达数据	来自TCGA、ICGC和GEO数据库的患者队列
6762	2025-03-13	The tree labeling polytope: a unified approach to ancestral reconstruction problems 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.14.638328 PMID:40027631	研究论文	本文提出了一种基于树标记多面体的新方法，用于解决系统发育树中的祖先状态重建问题	引入了树标记多面体这一几何对象，其顶点表示树的可行祖先标记，从而提供了一种多项式时间的线性规划算法	虽然新方法在模拟和真实数据集上表现优异，但其在大规模数据集上的计算效率仍需进一步验证	解决系统发育树中的祖先状态重建问题，特别是在现代应用中引入的额外全局约束	系统发育树中的祖先状态	计算生物学	肺癌	线性规划、混合整数规划	树标记多面体	系统发育树数据	数千个叶节点的大树，包括小鼠转移性肺腺癌模型的数据
6763	2025-03-13	The tumor coagulome as a potential biological determinant of postsurgical recurrence of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oral health IF:3.0Q1 DOI:10.3389/froh.2025.1554739 PMID:40065838	研究论文	本研究探讨了肿瘤凝血组作为口腔鳞状细胞癌（OSCC）术后复发的潜在生物学决定因素	首次将肿瘤凝血组与OSCC术后复发联系起来，并识别了与复发相关的七个凝血相关基因	研究主要依赖于转录组数据分析，未进行实验验证	研究肿瘤凝血组在OSCC术后复发中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	RNA-seq	机器学习	转录组数据	TCGA等来源的85个基因的RNA-seq数据
6764	2025-03-13	Augmenting the human interactome for disease prediction through gene networks inferred from human cell atlas 2025, Animal cells and systems IF:2.5Q1 DOI:10.1080/19768354.2025.2472002 PMID:40066175	研究论文	本文介绍了一种名为scNET的框架，用于从单细胞转录组数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，并展示了其在增强人类相互作用组以更准确预测疾病基因方面的应用	开发了scNET框架，通过dropout填补、元细胞形成和数据转换等方法解决了单细胞数据推断网络时的噪声和稀疏性问题，显著提高了疾病基因预测的准确性	虽然scNET框架在数据预处理方面有所改进，但单细胞数据的噪声和稀疏性仍然是挑战，且需要进一步验证其在不同数据集上的普适性	通过从单细胞基因表达数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，增强人类相互作用组，以提高疾病基因预测的准确性	单细胞转录组数据	网络医学	NA	单细胞转录组测序	scNET	单细胞基因表达数据	覆盖多种细胞类型和组织的单细胞图谱数据，整合了超过850K的推断链接
6765	2025-03-12	Deciphering the Vulnerability of Pollen to Heat Stress for Securing Crop Yields in a Warming Climate 2025-Apr, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15315 PMID:39722468	review	本文综述了热应激如何影响花粉发育的基因调控网络，并探讨了这些变化对花粉发育各阶段的影响	利用单细胞RNA测序等基因组技术揭示热应激引发的基因调控重编程，提出花粉选择作为提高作物耐热性的关键策略	NA	研究热应激对花粉发育的影响，以提高作物在气候变暖条件下的耐热性	花粉	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR/Cas系统	NA	基因组数据	NA
6766	2025-03-12	Complement activation in tumor microenvironment after neoadjuvant therapy and its impact on pancreatic cancer outcomes 2025-Mar-03, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00848-2 PMID:40032924	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的不同影响，并发现NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了患者的总体生存率	首次揭示了NAT通过上调TME中的补体基因表达，改善了PDAC患者的预后，并提出了局部补体动态作为新的生物标志物的潜力	样本量相对较小（23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC），需要更大规模的研究进一步验证	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的影响，并探索补体基因表达在预后和治疗反应中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤微环境研究	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗和13例NAT未治疗的PDAC样本
6767	2025-03-12	Inhibition of the Hippo pathway by verteporfin reduces the proliferation and stemness of rat hair follicle neural crest stem cells under hypoxia 2025-Mar, FASEB bioAdvances IF:2.5Q3 DOI:10.1096/fba.2025-00025 PMID:40060945	研究论文	本研究探讨了Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞增殖和干性维持的调控作用	首次研究了Hippo信号通路在缺氧环境下对毛囊神经嵴干细胞生长的调控作用	研究仅在大鼠毛囊神经嵴干细胞中进行，未涉及人类细胞或其他类型的干细胞	研究Hippo通路在缺氧条件下对毛囊神经嵴干细胞的调控作用	大鼠毛囊神经嵴干细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、定量实时PCR、免疫荧光、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	大鼠毛囊神经嵴干细胞
6768	2025-03-12	High expression of stearoyl-coenzyme A desaturase in colorectal cancer oncogenic functions and its potential as a therapeutic target 2025-Feb-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i2.100237 PMID:40061980	研究论文	本文探讨了硬脂酰辅酶A去饱和酶（SCD）在结直肠癌（CRC）中的临床和病理意义，并评估了氯化硝基喹啉（NC）与SCD的靶向亲和力	首次整合多中心高通量数据，结合单细胞测序和分子对接技术，明确了SCD在CRC中的致癌功能及其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探索SCD在CRC中的临床和病理意义，并评估NC与SCD的靶向亲和力	结直肠癌组织和细胞	癌症研究	结直肠癌	高通量数据分析、免疫组化染色、CRISPR敲除筛选、单细胞测序、分子对接	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据、单细胞测序数据	2482个CRC样本和1334个非癌性结直肠组织对照
6769	2025-03-12	A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639556 PMID:40060457	研究论文	本文开发了一种人源化小鼠模型系统，模拟了产前寨卡病毒感染，并揭示了神经干细胞的过早分化	开发了一种人源化、免疫活性小鼠模型系统，能够模拟从轻度到重度的产前寨卡病毒感染，并通过单细胞RNA测序揭示了寨卡病毒感染对大脑皮层转录组的影响	模型系统虽然模拟了人类表型谱，但仍需进一步验证其在临床转化中的可靠性	开发一种可靠的、临床可转化的实验系统，模拟人类产前寨卡病毒感染的情况	人源化小鼠模型	生物医学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	人源化小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及样本数量
6770	2025-03-12	PLXNB1 and other signaling drives a pathologic astrocyte state contributing to cognitive decline in Alzheimer's Disease 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639868 PMID:40060644	研究论文	本文通过单核转录组数据分析，揭示了阿尔茨海默病中一种特定星形胶质细胞亚群Ast10在认知衰退中的关键作用及其信号驱动机制	首次通过大规模单核转录组数据分析，识别出Ast10星形胶质细胞亚群在阿尔茨海默病和衰老相关认知衰退中的关键作用，并揭示了其信号驱动机制	研究主要依赖于转录组数据，未涉及蛋白质水平的功能验证，且样本来源主要为已故个体，可能无法完全反映活体中的动态变化	探讨阿尔茨海默病中星形胶质细胞亚群Ast10在认知衰退中的作用及其信号驱动机制	869个不同来源的脑组织样本，包括阿尔茨海默病患者和健康对照	生物信息学	阿尔茨海默病	单核转录组测序（snRNAseq），空间转录组学	NA	转录组数据	869个脑组织样本
6771	2025-03-12	Molecular differences between young and mature stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111832 PMID:40028281	研究论文	本文通过开发新生和成熟小鼠的全组织外植模型，研究了耳蜗血管纹（SV）的分子差异及其在听力损失中的作用	开发了新生和成熟小鼠的全组织外植模型，并首次通过单细胞RNA测序揭示了SV增殖和维持的关键基因和通路	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）的分子差异及其在听力损失中的作用	新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹（SV）及其周围组织	分子生物学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	新生和成熟小鼠的耳蜗血管纹（SV）及其周围组织
6772	2025-03-12	A Nerve-Fibroblast Axis in Mammalian Lung Fibrosis 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.611003 PMID:39314391	研究论文	本文揭示了哺乳动物肺纤维化中神经-成纤维细胞轴的存在及其在纤维化过程中的作用	发现了α1-肾上腺素受体表达的肌成纤维细胞在纤维化肺中接收交感神经来源的去甲肾上腺素输入，并定义了一个由异常模式化的交感神经和α1-肾上腺素受体亚型D表达的肌成纤维细胞组成的纤维化单位	NA	研究肺纤维化的机制，特别是肌成纤维细胞在纤维化过程中的作用	小鼠和人类纤维化肺组织	生物医学	肺纤维化	光学清除、全肺成像、细胞特异性基因删除、药理学干预、交感神经共培养、精确切割肺切片、支气管肺泡灌洗液分析、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据、组织样本	来自不同形式肺纤维化患者的肺成纤维细胞
6773	2025-03-12	Subepicardial adipose genes contribute to the deterioration of heart failure preserved ejection fraction 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1501397 PMID:40060963	研究论文	本研究探讨了内脏脂肪细胞基因对心力衰竭保留射血分数（HFpEF）恶化的影响，并通过单细胞测序数据、细胞系和人类样本验证了关键基因的表达	通过Venn图和蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出与内脏脂肪细胞相关的差异表达基因，并验证了这些基因在HFpEF患者中的表达及其对细胞衰老的影响	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨内脏脂肪细胞基因在HFpEF恶化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	内脏脂肪细胞基因、HFpEF患者的心肌细胞和纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	人类样本、细胞系
6774	2025-03-12	scLTNN: an innovative tool for automatically visualizing single-cell trajectories 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf033 PMID:40061870	研究论文	本文介绍了一种名为scLTNN的创新工具，用于自动可视化单细胞轨迹	结合人工神经网络和分布模型，创建了scLTNN工具，能够自动推断细胞的起源和终端状态，并以最小的计算资源和时间准确描绘细胞发育轨迹	NA	开发一种新的工具，用于自动推断和可视化单细胞RNA测序数据中的细胞命运轨迹	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系
6775	2025-03-12	Application of Spatial Omics in the Cardiovascular System 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0628 PMID:40062231	综述	本文探讨了空间组学技术在心血管系统研究中的应用，包括空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学和空间表观组学	空间组学技术的应用为心血管疾病的分子和细胞基础提供了更深入的见解，并强调了其在心血管科学中的关键贡献	未具体提及研究的局限性	探讨空间组学技术在心血管疾病研究中的应用及其对精准医学、靶向治疗和个性化治疗的贡献	心血管系统	生物信息学	心血管疾病	空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学、空间表观组学	NA	多组学数据	NA
6776	2025-03-11	TREM2 as a Therapeutic Target in Atherosclerosis 2025-Apr, Cell biology international IF:3.3Q3 DOI:10.1002/cbin.12279 PMID:39891588	review	本文回顾了TREM2从基础研究到作为动脉粥样硬化治疗靶点的历程，并探讨了其临床应用的可能性	揭示了TREM2在泡沫巨噬细胞存活和动脉粥样硬化进展中的重要性，并提出了TREM2作为治疗靶点的潜力	NA	探讨TREM2作为动脉粥样硬化治疗靶点的可行性和临床应用前景	动脉粥样硬化中的泡沫巨噬细胞和TREM2表达	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
6777	2025-03-11	Spatial-Temporal Diversity of Extrachromosomal DNA Shapes Urothelial Carcinoma Evolution and Tumor-Immune Microenvironment 2025-Mar-11, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1532 PMID:40062518	研究论文	本文通过计算分析方法研究了595例尿路上皮癌（UC）患者全基因组测序数据中的染色体外DNA（ecDNA），揭示了ecDNA在肿瘤进化和免疫微环境中的作用	首次系统性地分析了ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响，揭示了ecDNA通过结构重排驱动克隆进化的机制	研究主要基于尿路上皮癌患者的数据，可能不适用于其他类型的癌症	研究ecDNA在尿路上皮癌中的时空多样性及其对肿瘤进化和免疫微环境的影响	595例尿路上皮癌患者的全基因组测序数据	基因组学	尿路上皮癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	595例尿路上皮癌患者
6778	2025-03-11	Neoplastic immune mimicry potentiates breast tumor progression 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633673 PMID:39896558	研究论文	本文探讨了乳腺癌进展中肿瘤细胞通过去分化程序增强适应性，并发现部分去分化的肿瘤细胞表达白细胞表面受体蛋白，称为“免疫拟态”	首次提出并验证了乳腺癌细胞通过表达白细胞表面受体蛋白进行免疫拟态的现象，并发现这种拟态与肿瘤的侵袭性和治疗抵抗性相关	研究主要基于单细胞RNA测序数据和细胞系模型，尚未在更大规模的临床样本中进行验证	研究乳腺癌进展中肿瘤细胞的去分化及其对肿瘤侵袭性和治疗抵抗性的影响	乳腺癌细胞、人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠转基因和细胞系来源的乳腺肿瘤模型	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织病理学样本	公共人类乳腺癌单细胞RNA测序数据集、乳腺癌细胞系、小鼠模型
6779	2024-10-04	A Single-Cell RNA Sequencing Atlas of the Chronic Obstructive Pulmonary Disease Distal Lung to Predict Cell-Cell Communication 2025-Mar, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0232LE PMID:39356793	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6780	2025-03-11	STEAM: Spatial Transcriptomics Evaluation Algorithm and Metric for clustering performance 2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.17.636505 PMID:40027655	研究论文	本文提出了一种名为STEAM的空间转录组学评估算法和指标，用于评估聚类性能的一致性和可靠性	STEAM通过机器学习分类和预测方法，结合空间邻近性和基因表达模式，提供了一个用户友好的计算框架，用于评估聚类结果的稳健性和可重复性	由于缺乏真实标签，验证聚类一致性和可重复性仍然具有挑战性	开发一个计算评估框架，以严格且无偏见地评估空间转录组学数据的聚类性能	空间转录组学数据	空间生物学	NA	机器学习分类和预测方法	NA	空间转录组学和蛋白质组学数据	多个公共数据集，涵盖多细胞到单细胞分辨率