单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6721	2025-03-22	Integrated single-cell analysis reveals the regulatory network of disulfidptosis-related lncRNAs in bladder cancer: constructing a prognostic model and predicting treatment response 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1527036 PMID:40110199	研究论文	本研究通过单细胞测序和RNA测序数据，构建了一个与膀胱癌（BLCA）患者预后相关的二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）模型	首次将二硫化物死亡相关基因（DRGs）与长链非编码RNA（lncRNAs）结合，构建了一个新的预后模型，并探讨了其在膀胱癌中的潜在应用	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨二硫化物死亡相关长链非编码RNA（DRLs）作为膀胱癌（BLCA）患者预后标志物的潜力	膀胱癌（BLCA）患者	生物信息学	膀胱癌	单细胞测序，RNA测序，RT-qPCR	LASSO回归，Cox回归	单细胞测序数据，RNA测序数据，临床信息	来自GEO和TCGA数据库的样本
6722	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing-guided engineering of mitochondrial therapies for intervertebral disc degeneration by regulating mtDNA/SPARC-STING signaling 2025-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.02.036 PMID:40104024	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据指导，开发了一种针对椎间盘退变的仿生疗法，并在动物模型中进行了验证	提出了线粒体移植作为一种新的治疗策略，并设计了具有抗氧化和抗炎活性的生物活性大分子，增强了治疗效果	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床试验中验证其安全性和有效性	开发针对椎间盘退变的新型治疗方法	人类髓核组织和动物模型	数字病理	椎间盘退变	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类髓核组织和动物模型
6723	2025-03-21	Double-target magnetic stimulation attenuates oligodendrocyte apoptosis and oxidative stress impairment after spinal cord injury via GAP43 2025-Apr, The spine journal : official journal of the North American Spine Society DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.025 PMID:39701305	研究论文	本研究评估了双靶点（大脑和脊髓）磁刺激（DTMS）治疗对脊髓损伤（SCI）大鼠的功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨了DTMS对胶质细胞调节的作用	揭示了DTMS通过调节GAP43在少突胶质细胞中的抗凋亡和抗氧化应激作用，促进少突胶质细胞的分支和成熟以及轴突再生，从而改善SCI后的神经回路功能	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	评估DTMS对脊髓损伤后功能恢复和神经回路改善的影响，并探讨其作用机制	脊髓损伤模型大鼠	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、Western blotting、免疫荧光染色、TUNEL染色、Annexin V-FITC凋亡试剂盒、脂质ROS试剂盒	NA	行为评估数据、组织染色数据、单细胞RNA测序数据	脊髓损伤模型大鼠
6724	2025-03-21	Trends in Research of Odontogenic Keratocyst and Ameloblastoma 2025-Apr, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241282256 PMID:39876078	综述	本文综述了牙源性角化囊肿（OKC）和成釉细胞瘤（AM）研究的最新进展和趋势	利用单细胞和空间组学技术深入理解OKC和AM的肿瘤微环境和细胞异质性，以及3D培养技术在AM亚型分析中的应用	尽管AM已有可靠的临床前模型，但OKC的可靠体外和体内模型仍然稀缺	探讨OKC和AM的生物学行为机制及其潜在治疗靶点	牙源性角化囊肿（OKC）和成釉细胞瘤（AM）	数字病理学	口腔颌面部疾病	单细胞组学、空间转录组学、3D培养技术、人工智能（机器学习和深度学习）	NA	NA	NA
6725	2025-03-21	SPRY1 regulates macrophage M1 polarization in skin aging and melanoma prognosis 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102331 PMID:40023001	研究论文	本研究探讨了SPRY1在皮肤老化中的作用，特别是其对巨噬细胞M1极化的影响，并探索其作为缓解皮肤老化和黑色素瘤治疗靶点的潜力	首次揭示了SPRY1在皮肤老化中的关键作用，特别是通过促进巨噬细胞M1极化加速皮肤老化，并发现其在黑色素瘤中的表达与患者生存率相关	研究主要基于体外实验，缺乏体内验证，未来需要进一步探索其调控网络	研究SPRY1在皮肤老化中的功能及其作为治疗靶点的潜力	RAW264.7小鼠单核/巨噬细胞白血病细胞和NIH/3T3小鼠皮肤成纤维细胞	生物信息学	黑色素瘤	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞测序、基因转染、CCK-8实验、qRT-PCR、ROS和SOD活性测量	NA	基因表达数据、细胞实验数据	GTEx和GEO数据库中的数据集，以及RAW264.7和NIH/3T3细胞系
6726	2025-03-21	Independent signaling pathways provide a fail-safe mechanism to prevent tumorigenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640798 PMID:40093137	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了促增殖信号对上皮细胞稳态的影响，揭示了EGFR-Ras和Hh信号通路在肿瘤发生中的独立作用	揭示了非相互作用的信号通路在转录水平上如何汇聚以防止恶性细胞行为的新机制	研究主要基于果蝇滤泡细胞系，可能需要在哺乳动物系统中进一步验证	研究促增殖信号对上皮细胞稳态的影响及其在肿瘤发生中的作用	果蝇滤泡细胞系	分子生物学	肿瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
6727	2025-03-21	Role of cancer stem cell heterogeneity in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Feb-28, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1286 PMID:40104739	研究论文	本研究探讨了癌症干细胞异质性在肝内胆管癌（ICC）中的作用，通过单细胞RNA测序技术分析了不同细胞亚群的信号通路活动和细胞间通讯	利用单细胞RNA测序技术深入探索了ICC中癌症干细胞的异质性，揭示了不同亚群对肿瘤进展和患者预后的影响	研究依赖于公开的数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	研究ICC中癌症干细胞异质性对预后的影响	肝内胆管癌（ICC）患者	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的scRNA-seq数据集GSE142784和TCGA数据库的Bulk RNA-seq数据
6728	2025-03-21	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Feb-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5921338/v1 PMID:40060050	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个级别上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力	NA	开发一种统计方法来识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序	线性混合模型	RNA测序数据	NA
6729	2025-03-21	Cluster replicability in single-cell and single-nucleus atlases of the mouse brain 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639959 PMID:40060489	研究论文	本文评估了小鼠大脑图谱中通过单细胞RNA测序和单核测序识别的细胞簇的可重复性	通过转录组范围的邻居投票方法，识别了2009对具有一致空间定位和协调基因表达的互配簇，这些簇在多个物种的数据集中也被观察到	下丘脑的异质性限制了簇的一致性，且使用标记基因区分紧密簇比区分大多数其他簇更具挑战性	评估小鼠大脑图谱中细胞簇的可重复性，以确定其生物学稳健性	小鼠大脑中的细胞簇	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序, 单核测序	NA	RNA测序数据	超过400万个细胞，分为5000多个簇
6730	2025-03-21	Cell Type-Agnostic Transcriptomic Signatures Enable Uniform Comparisons of Neurodevelopment 2025-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639936 PMID:40060479	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，开发了一种细胞类型无关的转录组特征模型，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	提出了一种细胞类型无关的模型，能够准确预测细胞自主成熟度，并在不同细胞类型和数据集中捕捉发育动态	尽管模型在人类神经类器官和小鼠大脑中表现出良好的泛化能力，但其在其他物种或更广泛的应用场景中的有效性仍需进一步验证	开发一种统一的框架，用于比较不同背景、模型系统和物种间的神经发育	人类大脑发育数据集和小鼠大脑发育数据	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	正则化回归模型	单细胞转录组数据	超过280万个细胞
6731	2025-03-21	Human Pancreatic Cancer Single-Cell Atlas Reveals Association of CXCL10+ Fibroblasts and Basal Subtype Tumor Cells 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2183 PMID:39636224	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了人类胰腺癌的单细胞图谱，揭示了CXCL10+成纤维细胞与基底亚型肿瘤细胞之间的关联	发现了CXCL10+癌症相关成纤维细胞与基底肿瘤细胞之间的新型富集和空间关联，并揭示了这些细胞类型在PDAC肿瘤微环境中的关系	研究主要依赖于公开的原始数据，可能受到数据质量和一致性的限制	开发基因组资源，以统计学严谨的方式识别新的潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST），多重免疫染色	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	229例患者样本，744例bulk RNA-seq样本，22例空间转录组样本，总计70万个细胞
6732	2025-03-21	Single-cell RNA sequencing of shoot apex reveals the mechanism of cyclin regulating cell division via auxin signaling pathway in Populus alba 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1555388 PMID:40104035	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了白杨顶端分生组织的细胞分裂和分化过程，揭示了细胞周期蛋白通过生长素信号通路调控细胞分裂的机制	首次在单细胞水平上揭示了白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制，特别是生长素信号通路在叶片组织发育中的作用	研究仅基于两个生物学重复，样本量较小，可能影响结果的普适性	研究白杨顶端分生组织中细胞分裂和分化的分子调控机制	白杨顶端分生组织	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29,011个细胞，来自两个生物学重复
6733	2025-03-21	Multi-omics approach reveals the impact of prognosis model-related genes on the tumor microenvironment in medulloblastoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1477617 PMID:40104502	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了预后模型相关基因对髓母细胞瘤肿瘤微环境的影响	开发了一个与肿瘤微环境相关的风险评分模型（TMErisk），并利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间RNA分析验证了结果	NA	预测髓母细胞瘤患者的预后并阐明生物学机制	髓母细胞瘤患者	数字病理学	髓母细胞瘤	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、空间RNA分析	LASSO-COX模型、COX回归模型	RNA测序数据	322个天坛样本和763个GSE85217样本
6734	2025-03-20	Targeting the histone reader ZMYND8 inhibits antiandrogen-induced neuroendocrine tumor transdifferentiation of prostate cancer 2025-Mar-18, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00928-z PMID:40102673	研究论文	本文通过CRISPR‒Cas9筛选与单细胞RNA测序追踪肿瘤转变，揭示了抗雄激素治疗诱导的ZMYND8依赖的表观遗传编程在前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化中的关键作用	揭示了ZMYND8依赖的表观遗传编程在前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化中的关键作用，并开发了iZMYND8-34小分子抑制剂以阻断这一过程	NA	研究抗雄激素治疗诱导的前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化的分子机制	前列腺癌神经内分泌肿瘤	表观遗传学	前列腺癌	CRISPR‒Cas9筛选, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
6735	2025-03-20	Pan-cancer analysis and experimental verification of cytochrome B561 as a prognostic and therapeutic biomarker in breast cancer 2025-Mar-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02094-1 PMID:40091073	研究论文	本研究探讨了细胞色素B561（CYB561）在泛癌中的表达、其与免疫侵袭的关系及其在乳腺癌（BRCA）患者中的预后价值	首次在泛癌范围内分析CYB561的表达，并验证其在乳腺癌中的预后和治疗生物标志物作用	研究主要依赖于TCGA数据库，缺乏外部验证数据集	探讨CYB561在癌症中的表达模式及其作为乳腺癌预后和治疗生物标志物的潜力	乳腺癌患者及癌细胞系	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序，基因敲除	逻辑回归，Cox回归分析	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的乳腺癌样本及实验验证的癌细胞系
6736	2025-03-20	Single-cell RNA sequencing revealed cell landscape of tongue dorsal mucosa in rats with gastric intestinal metaplasia 2025-Mar-16, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02386-z PMID:40090940	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胃肠化生大鼠舌背黏膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术揭示胃肠化生大鼠舌背黏膜的细胞景观，并发现与炎症反应和组织屏障完整性受损相关的基因表达变化	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探讨胃肠化生对舌背黏膜细胞景观的影响	胃肠化生大鼠的舌背黏膜	数字病理	胃肠化生	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胃肠化生大鼠模型
6737	2025-03-20	Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.23.639515 PMID:40060660	研究论文	本文研究了人类记忆CD4+ T细胞如何识别被结核分枝杆菌（Mtb）感染的巨噬细胞，并探讨了这些T细胞在结核病（TB）预防中的作用	研究发现，在稳定的潜伏性结核感染（LTBI）中，超过70%的独特和90%的总Mtb特异性TCR克隆型与识别感染巨噬细胞相关，同时揭示了Mtb特异性T细胞的效应功能特征	研究中发现部分T细胞需要外源性抗原暴露才能识别感染巨噬细胞，表明识别过程不完全	研究目的是了解CD4+ T细胞如何识别被Mtb感染的巨噬细胞，并探讨这些T细胞在结核病预防中的作用	研究对象为潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞	免疫学	结核病	T细胞抗原受体（TCR）测序、单细胞转录组学	NA	基因序列数据、单细胞转录组数据	潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞
6738	2025-03-20	MIG-21 is a novel regulator of Wnt and Netrin signaling in gonad migration identified from published scRNA-seq data and functionally validated in C. elegans 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.24.639896 PMID:40060509	研究论文	本文利用已发表的单细胞RNA测序数据，发现了一个新的调节Wnt和Netrin信号通路的基因MIG-21，并在秀丽隐杆线虫中进行了功能验证	首次发现MIG-21基因在生殖干细胞微环境中的调节作用，并揭示其在Wnt和Netrin信号通路中的整合功能	研究仅限于秀丽隐杆线虫模型，尚未在更复杂的生物系统中验证	揭示生殖干细胞微环境中新的遗传网络调节机制	秀丽隐杆线虫的远端尖端细胞（DTC）	遗传学	NA	scRNA-seq, RNAi knockdown, 活细胞成像	NA	单细胞RNA测序数据	NA
6739	2025-03-20	Multi-omics analysis of the dynamic role of STAR+ cells in regulating platinum-based chemotherapy responses and tumor microenvironment in serous ovarian carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545762 PMID:40098624	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了STAR+细胞在调节浆液性卵巢癌铂类化疗反应和肿瘤微环境中的动态作用	首次识别出STAR+细胞作为一种新型的CAF亚型，其在化疗敏感的浆液性卵巢癌患者中富集，并通过调节关键代谢途径和潜在抑制WNT信号传导来增强化疗敏感性	研究尚未完全阐明STAR+细胞与肿瘤细胞之间具体的相互作用机制，需要进一步的功能验证	探讨CAF亚型与化疗敏感性之间的关系，以改善浆液性卵巢癌的临床治疗效果	浆液性卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、空间转录组学、免疫组织化学（IHC）、免疫荧光（IF）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组织化学数据、免疫荧光数据	化疗敏感和化疗耐药的浆液性卵巢癌患者
6740	2025-03-20	Integrating machine learning and single-cell sequencing to identify shared biomarkers in type 1 diabetes mellitus and clear cell renal cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1543806 PMID:40098701	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞测序技术，识别了1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物	首次结合WGCNA、LASSO和SVM算法，从多组公开数据集中识别出1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同枢纽基因，并通过临床样本和单细胞测序数据验证其表达模式和细胞类型特异性	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	识别1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌的共同生物标志物，以促进高风险人群的预防和早期检测	1型糖尿病和透明细胞肾细胞癌	生物信息学	1型糖尿病, 透明细胞肾细胞癌	单细胞测序, WGCNA, LASSO, SVM	LASSO, SVM	基因表达数据, 单细胞测序数据	多个公开数据集和临床样本