单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6701	2025-03-26	Causal Correlations Between Plasma Metabolites, Inflammatory Proteins, and Chronic Obstructive Pulmonary Disease: A Mendelian Randomization and Bioinformatics-Based Investigation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S513526 PMID:40125086	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和生物信息学方法探讨了血浆代谢物、炎症蛋白与慢性阻塞性肺病之间的因果关系	首次通过孟德尔随机化方法系统分析代谢-炎症-COPD的因果关系，并发现NRXN3在肺内皮细胞中表达对COPD具有保护作用	研究结果需要更多实验验证，且样本来源可能存在局限性	探究代谢、炎症与慢性阻塞性肺病之间的因果关系及其潜在机制	血浆代谢物、炎症蛋白和慢性阻塞性肺病	生物信息学	慢性阻塞性肺病	孟德尔随机化(MR)、蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)、基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集、单细胞测序、转录组分析	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据	识别出63种代谢物、10种代谢物比率和48种炎症蛋白与COPD相关
6702	2025-03-26	Exploring the Association Between Immune Cell Phenotypes and Osteoporosis Mediated by Inflammatory Cytokines: Insights from GWAS and Single-Cell Transcriptomics 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S510102 PMID:40125424	研究论文	本研究通过GWAS和单细胞转录组学探索了免疫细胞表型与炎症细胞因子介导的骨质疏松症之间的关联	首次通过双样本孟德尔随机化和单细胞转录组学分析揭示了IgD⁺CD24⁺ B细胞通过调节IL-17C水平加剧骨质疏松症风险的具体机制	研究主要基于欧洲人群的GWAS数据，可能限制结果在其他人群中的普适性	阐明免疫细胞表型和炎症细胞因子在骨质疏松症发病机制中的作用	731种免疫细胞类型、91种和41种炎症因子（可能有部分重叠）与5种骨质疏松症类型	生物医学	骨质疏松症	双样本孟德尔随机化(MR)、单细胞转录组学、微CT、流式细胞术、ELISA、Western blotting、免疫组化	地塞米松诱导的骨质疏松症模型	基因组数据、单细胞转录组数据、影像数据、蛋白质数据	GWAS数据样本量未明确说明，单细胞数据来自GEO数据库
6703	2025-03-25	Lysozyme modulates inflammatory responses to exacerbate the severity of rheumatoid arthritis 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114427 PMID:40056513	研究论文	该研究探讨了溶菌酶（LYZ）在类风湿性关节炎（RA）中的作用及其作为早期RA诊断生物标志物或治疗靶点的潜力	首次揭示了LYZ在早期RA患者血浆和滑膜巨噬细胞中的高表达，并通过基因敲除和沉默实验验证了LYZ在RA炎症调控中的作用	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未在更大规模的人类临床样本中验证LYZ的临床应用价值	探索RA的新治疗靶点或生物标志物以改善治疗效果	早期RA患者、CAIA小鼠模型和MH7A细胞	NA	类风湿性关节炎	血浆蛋白质组学、滑膜液单细胞测序分析、RNA-Seq	CAIA小鼠模型	蛋白质表达数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及早期RA患者、CAIA小鼠和MH7A细胞
6704	2025-03-25	Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics 2025-Mar-22, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04057-3 PMID:40119898	review	本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用及其在精准医学中的潜力	利用空间转录组学技术揭示三阴性乳腺癌的肿瘤微环境异质性，识别空间生物标志物，并预测免疫治疗反应	需要进一步发展空间转录组学技术、计算工具和多中心合作以促进其临床应用	探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用及其对精准医学的贡献	三阴性乳腺癌的肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	AI-based spatial analysis	transcriptomic data	NA
6705	2025-03-25	SENSITIVITY BASED MODEL AGNOSTIC SCALABLE EXPLANATIONS OF DEEP LEARNING 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639516 PMID:40093081	research paper	本文介绍了一种名为SensX的模型无关可解释AI框架，用于解释深度学习模型的内部机制	SensX在准确性和计算时间上优于当前最先进的XAI方法，并能扩展到解释具有超过150,000个特征的视觉变换器模型	NA	开发一种可扩展的模型无关解释方法，以揭示深度学习模型从数据中学到的机制关系	深度学习模型（特别是视觉变换器模型和用于单细胞RNA-seq数据注释的DNNs）	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	DNNs, ViT	gene expression data, facial images	NA
6706	2025-03-25	Analysis of Head and Neck Cancer scRNA-seq Data Identified PRDM6 Promotes Tumor Progression by Modulating Immune Gene Expression 2025-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.04.641548 PMID:40093183	研究论文	通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调节免疫基因表达促进肿瘤进展	首次揭示了PRDM6在促进肿瘤细胞增殖中的新作用，并发现HPV病毒致癌蛋白上调PRDM6表达	研究样本量有限，未进行大规模临床验证	探索头颈鳞状细胞癌中免疫应答基因的调控机制及其在肿瘤进展中的作用	头颈鳞状细胞癌患者样本	生物信息学	头颈癌	scRNA-seq	IRIS3	单细胞RNA测序数据	NA
6707	2025-03-25	Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.02.641101 PMID:40093102	研究论文	本研究探讨了小鼠嗅觉上皮中细胞分裂模式和组蛋白遗传模式，揭示了不对称组蛋白遗传在成年干细胞谱系中的生物学意义	首次在哺乳动物成年干细胞谱系中发现不对称组蛋白遗传现象，并阐明其与组织再生和动物行为的关联	研究仅聚焦于小鼠嗅觉水平基底细胞，其他干细胞系统的适用性尚待验证	探索哺乳动物中表观遗传的机制及其在细胞命运决定中的作用	小鼠嗅觉上皮的水平基底细胞(HBCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠嗅觉上皮组织
6708	2025-03-25	CITEgeist: Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes for Guided Exploration of Intrinsic Spatial Trends 2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.15.638331 PMID:40027773	研究论文	介绍了一种名为CITEgeist的新工具，该工具利用抗体捕获技术从同一组织切片中解卷积空间转录组数据	CITEgeist通过直接利用同一组织切片的细胞表面蛋白测量，避免了依赖scRNA-seq参考的限制，提供了一种经济高效且生物学基础坚实的替代方案	未明确提及具体限制，但可能依赖于抗体捕获技术的可用性和质量	开发一种无需scRNA-seq参考的空间转录组数据解卷积方法	空间转录组数据，特别是密集肿瘤微环境中的细胞类型解析	数字病理学	乳腺癌	抗体捕获技术，空间转录组学	数学优化模型	空间转录组数据	模拟数据和来自正在进行临床试验的ER+乳腺癌肿瘤的临床样本
6709	2025-03-23	Bioinformatic analysis of serpina1 expression in papillary thyroid carcinoma and its potential association with Hashimoto's thyroiditis 2025-Mar-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02079-0 PMID:40106166	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了SERPINA1在甲状腺乳头状癌（PTC）中的表达及其与桥本甲状腺炎（HT）的潜在关联	首次结合单细胞转录组数据和细胞间相互作用分析，揭示了SERPINA1在PTC和HT中的复杂作用机制	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源局限于TCGA和GEO数据库	探讨SERPINA1基因在PTC中的作用及其与HT的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）患者和桥本甲状腺炎（HT）患者	生物信息学	甲状腺癌	转录组数据分析、单细胞转录组分析、CIBERSORT工具、GSVA分析、CellChat分析	NA	转录组数据、单细胞转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的PTC患者数据
6710	2025-03-23	SAMD4A inhibits abdominal aortic aneurysm development and VSMC phenotypic transformation through targeting KDM2B 2025-Mar-11, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.018 PMID:40081568	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白SAMD4A在抑制血管平滑肌细胞（VSMC）表型转化和腹主动脉瘤（AAA）形成中的作用	首次揭示了SAMD4A通过靶向KDM2B抑制AAA发展和VSMC表型转化的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	确定SAMD4A是否抑制VSMC表型转化并抑制AAA形成	血管平滑肌细胞（VSMC）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA免疫沉淀（RIP）测序、染色质免疫沉淀（ChIP）-qPCR	小鼠AAA模型	RNA测序数据	小鼠模型
6711	2025-03-23	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4397799/v1 PMID:40092444	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症如何共同诱导内皮细胞重编程为免疫样细胞和泡沫细胞	首次验证了紊乱血流和高胆固醇血症共同作用下的内皮细胞重编程假说，并发现了内皮细胞向免疫样细胞（EndIT）和泡沫细胞（EndFT）的转变	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究紊乱血流和高胆固醇血症在动脉粥样硬化形成中的作用机制	小鼠内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学染色	小鼠模型	单细胞RNA测序数据，免疫组织化学数据	95只小鼠，98,553个单细胞
6712	2025-03-23	Single-Cell Landscape of Bronchoalveolar Lavage Fluid Identifies Specific Neutrophils during Septic Immunosuppression 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406218 PMID:39887584	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了脓毒症患者支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞景观，揭示了中性粒细胞驱动的肺部免疫抑制程序	首次在脓毒症免疫抑制阶段的中性粒细胞中发现了CXCR2和CD274IL1RN亚群的显著增加，并揭示了从CXCR2到CD274IL1RN中性粒细胞亚群的发展轨迹	研究主要基于支气管肺泡灌洗液的样本，可能无法全面反映全身免疫状态	探索脓毒症免疫抑制阶段的肺部免疫细胞变化及其潜在治疗靶点	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	脓毒症患者的支气管肺泡灌洗液样本
6713	2025-03-23	Lepidopteran scale cells derive from sensory organ precursors through a canonical lineage 2025-Mar-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204501 PMID:40052482	研究论文	本文通过发育和转录组学证据，揭示了鳞翅目昆虫鳞片的分化源自感觉器官前体细胞（SOP）	首次通过活体成像和单核RNA测序技术，揭示了鳞翅目昆虫鳞片分化的细胞谱系和基因表达模式，并发现了一个新的转录因子pdm3在鳞片分化中的作用	研究主要基于鳞翅目昆虫的早期蛹期翅膀，可能无法完全代表其他发育阶段或物种的鳞片分化机制	探索鳞翅目昆虫鳞片的起源和分化机制	鳞翅目昆虫的鳞片和感觉器官前体细胞（SOP）	发育生物学	NA	活体成像、单核RNA测序	NA	基因表达数据、影像数据	早期蛹期翅膀的细胞样本
6714	2025-03-23	Targeting glycolysis in esophageal squamous cell carcinoma: single-cell and multi-omics insights for risk stratification and personalized therapy 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1559546 PMID:40115255	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多组学方法，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）中糖酵解介导的机制，重点关注风险分层和治疗机会	提出了一个基于糖酵解的七基因风险评分模型，用于ESCC患者的风险分层和个性化治疗指导	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨ESCC中糖酵解代谢的作用及其在风险分层和个性化治疗中的应用	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、Western blotting	非负矩阵分解（NMF）、Cox回归	RNA测序数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的数据集
6715	2025-03-22	Screening Therapeutic Core Genes in Sepsis Using Network Pharmacology and Single-Cell RNA Sequencing 2025-Mar-20, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11075-6 PMID:40113718	研究论文	本研究采用网络药理学和单细胞RNA测序技术，筛选脓毒症中的核心治疗基因，并探讨金银花的潜在治疗机制	结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，首次系统性地筛选并验证了脓毒症中的核心治疗基因及其与金银花成分的潜在相互作用	研究结果需要进一步的实验验证，特别是金银花成分与核心基因的具体作用机制尚未明确	阐明金银花在脓毒症中的潜在治疗机制，并筛选核心治疗基因	脓毒症患者和健康对照者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、网络药理学	NA	RNA测序数据	22名脓毒症患者和10名健康对照者
6716	2025-03-22	The Role of Coagulation-Related Genes in Glioblastoma: A Comprehensive Analysis of the Tumor Microenvironment, Prognosis, and Treatment 2025-Mar-20, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11086-3 PMID:40113719	研究论文	本研究全面分析了凝血相关基因在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用，包括肿瘤微环境、预后和治疗反应	首次从肿瘤微环境、凝血功能差异、治疗和预后等多个角度全面探讨了凝血相关基因在GBM中的作用，并构建了基于五个CRGs的风险特征模型	研究主要依赖于公开数据集和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨凝血相关基因在GBM中的作用及其对预后和治疗的影响	胶质母细胞瘤（GBM）患者及其肿瘤微环境	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、CCK8实验、伤口愈合实验、克隆形成实验	LASSO回归、随机生存森林分析	SNP、拷贝数变异数据、单细胞RNA测序数据	461例GBM患者（TCGA队列）和CGGA693队列
6717	2025-03-22	Downregulated STAT3 and STAT5B are prognostic biomarkers for colorectal cancer and are associated with immune infiltration 2025-Mar-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02085-2 PMID:40100436	研究论文	本研究探讨了STAT家族在结直肠癌中的表达、预后价值及免疫功能，发现STAT3和STAT5B在结直肠癌中显著下调，并与较好的预后相关	首次系统地评估了STAT家族在结直肠癌中的表达水平和预后价值，并探索了其与免疫功能和免疫浸润水平的关系	研究主要依赖于公共数据库和有限的临床样本，可能影响结果的普遍性	研究STAT家族在结直肠癌中的表达、预后价值及免疫功能	结直肠癌样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学技术	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库644样本、GTEx数据库308样本、中国临床样本30样本
6718	2025-03-22	Identification of a Subpopulation of Astrocyte Progenitor Cells in the Neonatal Subventricular Zone: Evidence that Migration is Regulated by Glutamate Signaling 2025-Jan-09, Neurochemical research IF:3.7Q2 DOI:10.1007/s11064-024-04326-2 PMID:39789409	研究论文	本研究通过基因工程小鼠模型，探索了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制，特别是谷氨酸信号在其中的调控作用	首次发现并描述了新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群，并提供了谷氨酸信号调控这些细胞迁移的新证据	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索新生儿脑室下区星形胶质细胞前体细胞的亚群及其迁移机制	基因工程小鼠模型中的星形胶质细胞前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、器官型切片培养	NA	基因表达数据、荧光成像数据	1-3天大的小鼠皮质星形胶质细胞培养物
6719	2025-03-22	LKB1 inactivation promotes epigenetic remodeling-induced lineage plasticity and antiandrogen resistance in prostate cancer 2025-Jan, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-024-01025-z PMID:39743630	研究论文	本文探讨了LKB1失活在前列腺癌中促进表观遗传重塑诱导的谱系可塑性和抗雄激素耐药性的分子机制	揭示了LKB1失活导致AR独立的谱系可塑性和全局DNA低甲基化，并提出了通过靶向DNA低甲基化的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序，尚未在人类临床试验中验证	研究AR独立谱系可塑性的分子机制，并探索潜在的治疗策略	人类和小鼠前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、全基因组亚硫酸氢盐测序	基因工程小鼠模型	RNA测序数据、DNA甲基化数据	人类和小鼠前列腺癌样本
6720	2025-03-22	Identification and Evaluation of Lipocalin-2 in Sepsis-Associated Encephalopathy via Machine Learning Approaches 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S504390 PMID:40109658	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，识别并评估了在脓毒症相关脑病中起关键作用的Lipocalin-2（LCN2）基因	首次结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，识别出LCN2作为中性粒细胞诱导的脓毒症相关脑病的关键基因，并通过体内实验验证了其作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	识别与脓毒症相关脑病（SAE）相关的关键基因，并探索潜在的治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型	机器学习	脓毒症相关脑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting、行为测试	多种二分类机器学习算法	基因表达数据、行为数据	脓毒症患者和小鼠模型