单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6661	2025-03-29	Stressed hepatocyte sustains alcohol-associated hepatitis progression by producing leukocyte cell-derived chemotaxin 2 2025-Mar-26, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334318 PMID:40139745	研究论文	本研究探讨了白细胞源性趋化因子2（LECT2）在肝细胞-中性粒细胞相互作用中的调节作用及其对酒精性肝炎（AH）进展的影响	发现了LECT2通过与其相互作用蛋白PHB2结合，促进活性氧（ROS）产生，从而加剧酒精性肝损伤的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	阐明LECT2在酒精性肝炎发病机制中的作用	酒精性肝炎患者样本、基因修饰小鼠及体外培养细胞	肝脏病理学	酒精性肝炎	RNA测序（bulk和single-cell）、基因修饰技术	基因敲除小鼠模型、过表达小鼠模型	RNA测序数据、血清和肝脏样本数据	酒精性肝炎患者样本及多组基因修饰小鼠
6662	2025-03-29	Applying integrated transcriptome and single-cell sequencing analysis to develop a prognostic signature based on M2-like tumor-associated macrophages for breast cancer 2025-Mar-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02161-7 PMID:40131644	research paper	本研究通过整合转录组和单细胞测序分析，开发了一个基于M2样肿瘤相关巨噬细胞的乳腺癌预后特征	首次基于M2样肿瘤相关巨噬细胞相关基因构建乳腺癌预后模型，并结合单细胞转录组数据进行验证	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模临床样本验证	开发乳腺癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点	乳腺癌患者和细胞系	digital pathology	breast cancer	transcriptome sequencing, scRNA-seq, qRT-PCR	RiskScore model, nomogram	gene expression data	TCGA-BRCA、GSE20685和GSE176078数据集中的样本
6663	2025-03-29	Ginsenoside Rb1 and Berberine Synergistically Protect Against Type 2 Diabetes Mellitus via GDF15/HAMP Pathway Throughout the Liver Lobules: Insights from Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Mar-25, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107711 PMID:40147680	研究论文	本研究探讨了人参皂苷Rb1和小檗碱通过GDF15/HAMP通路在肝小叶中对2型糖尿病的协同保护作用	首次利用空间转录组学揭示了Rb1和BBR组合治疗在肝小叶各区域对代谢的全面调控作用，并提出了GDF15/HAMP通路作为关键机制	研究仅基于db/db小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究人参皂苷Rb1和小檗碱组合治疗对2型糖尿病的保护作用及其分子机制	db/db小鼠模型	代谢组学	2型糖尿病	空间转录组学分析	db/db小鼠模型	转录组数据	NA
6664	2025-03-29	Hepatic Growth Factor as a Potential Biomarker for Lung Adenocarcinoma: A Multimodal Study 2025-Mar-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030208 PMID:40136462	研究论文	本研究通过整合多种分析方法，探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系，并发现肝细胞生长因子（HGF）作为潜在生物标志物的重要临床意义	首次采用孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）数据的综合方法，揭示了HGF等炎症细胞因子与肺腺癌的因果关系及其在肿瘤微环境中的作用	研究未涉及具体干预措施或治疗效果的验证，且样本来源和数量未明确说明	探索炎症细胞因子与肺腺癌（LUAD）之间的因果关系及其分子机制	炎症细胞因子和肺腺癌患者	生物医学研究	肺腺癌	孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
6665	2025-03-29	Multi-Omics Profiling Reveals Glycerolipid Metabolism-Associated Molecular Subtypes and Identifies ALDH2 as a Prognostic Biomarker in Pancreatic Cancer 2025-Mar-18, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15030207 PMID:40137171	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了胰腺癌中甘油脂代谢相关的分子亚型，并鉴定ALDH2作为预后生物标志物	首次在胰腺癌中系统研究甘油脂代谢的分子特征，并发现新的预后生物标志物ALDH2	研究结果需要更多独立队列验证，ALDH2的功能机制有待进一步研究	探索甘油脂代谢在胰腺癌中的分子特征及其临床意义	胰腺癌患者样本	癌症研究	胰腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序、空间转录组学、脂质组学）、随机森林算法	随机森林(RF)	多组学数据（基因组、转录组、脂质组）	930例胰腺癌样本
6666	2025-03-29	K-Volume Clustering Algorithms for scRNA-Seq Data Analysis 2025-Mar-11, Biology DOI:10.3390/biology14030283 PMID:40136539	研究论文	本文提出了一种名为K-Volume的新型聚类算法，用于分析单细胞RNA测序数据	该算法使用由簇内点定义的总凸体积作为生物学相关且几何可解释的标准，同时通过非线性优化优化层次结构和每层的簇数	NA	解决计算生物学中高维和结构化数据聚类的关键挑战	单细胞和多组学数据集	计算生物学	NA	scRNA-Seq	K-Volume聚类算法	单细胞RNA测序数据	NA
6667	2025-03-29	Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding 2025-Mar-06, Biology DOI:10.3390/biology14030269 PMID:40136525	research paper	该研究探讨了烧伤后糖萼紊乱及MMP8在糖萼脱落中的新作用	首次提出MMP8在烧伤后糖萼脱落和肺损伤中的关键作用	样本量较小（28例患者），且为观察性研究	揭示烧伤后糖萼紊乱的分子机制及潜在治疗靶点	烧伤患者血清及体外肺组织模型	分子病理学	烧伤	scRNA-seq, 微阵列转录组分析	体外肺组织模型	转录组数据, 血清蛋白数据	28例烧伤患者
6668	2025-03-29	Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway 2025-Feb-25, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030147 PMID:40136401	研究论文	本研究旨在识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，以深入了解青光眼的病理生理学	通过微阵列和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出CTTNBP2和MGARP作为小梁网细胞的标志物，以及JAM2、PODXL和IFI27作为Schlemm管内皮细胞的新生物标志物	研究仅基于体外细胞实验，未进行体内验证，且样本来源和数量未明确说明	识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，为青光眼的靶向治疗奠定基础	人类小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞	生物医学研究	青光眼	微阵列、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、qPCR	NA	基因表达数据	NA
6669	2025-03-29	Cell signaling communication within papillary craniopharyngioma revealed by an integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06149-3 PMID:39871369	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，揭示了乳头状颅咽管瘤中细胞信号传导的主要通信机制	首次在乳头状颅咽管瘤中发现了成纤维细胞的存在，并揭示了上皮细胞与成纤维细胞之间通过Wnt信号通路和PI3K-Akt信号通路进行通信的关键作用	样本量较小（5个单细胞RNA测序样本和11个批量RNA测序肿瘤样本），可能影响结果的普遍性	阐明乳头状颅咽管瘤肿瘤细胞间的主要信号传导通信机制	乳头状颅咽管瘤肿瘤组织中的上皮细胞、成纤维细胞和中性粒细胞	生物信息学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	CellChat包（R软件）	RNA测序数据	5个单细胞RNA测序样本，11个肿瘤样本和5个正常对照的批量RNA测序数据
6670	2025-03-29	Multiomic characterization, immunological and prognostic potential of SMAD3 in pan-cancer and validation in LIHC 2025-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84553-3 PMID:39753728	研究论文	本研究通过生物信息学方法和体外实验，全面分析了SMAD3基因在泛癌中的表达、预后及免疫预测价值，并验证其在肝细胞癌中的功能	首次系统评估SMAD3在泛癌中的诊断、预后和免疫预测价值，并发现其与RNAm6A甲基化相关基因的关联	研究主要依赖生物信息学分析，体外实验仅针对肝细胞癌进行验证	评估SMAD3作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	泛癌数据集及肝细胞癌样本	生物信息学	泛癌（包括肝细胞癌）	生物信息学分析、体外实验	NA	基因组数据、表达数据、甲基化数据	来自TCGA、GTEx等多个数据库的泛癌数据集
6671	2025-03-29	Common biomarkers of idiopathic pulmonary fibrosis and systemic sclerosis based on WGCNA and machine learning 2025-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84820-3 PMID:39753882	研究论文	本研究通过WGCNA和机器学习方法，识别了特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症（SSc）的共同生物标志物CCL2，并探讨了其相关基因的富集通路和表达差异	首次使用WGCNA和机器学习方法识别IPF和SSc的共同生物标志物CCL2，并通过单细胞RNA测序揭示了CCL2在不同细胞类型中的表达差异	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证	探索IPF和SSc的共同生物标志物及其相关机制	特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症（SSc）患者	生物信息学	肺纤维化, 系统性硬化症	WGCNA, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, Kaplan-Meier曲线, 单变量Cox分析, 机器学习, 单细胞RNA测序（sc-RNAseq）	机器学习	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的数据集
6672	2025-03-29	Integrative multi-omics analysis and machine learning refine global histone modification features in prostate cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1557843 PMID:40144021	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习，研究前列腺癌中组蛋白修饰的全局特征及其对肿瘤异质性的影响	开发了综合机器学习组蛋白修饰评分（CMLHMS），用于根据组蛋白修饰模式将前列腺癌分为两种亚型，并揭示了与治疗反应相关的潜在治疗靶点	研究可能受限于样本量或数据集的多样性，且未在独立队列中验证CMLHMS模型的普适性	探索组蛋白修饰在前列腺癌异质性中的作用，并开发新的分类模型以指导精准治疗	前列腺癌（PCa）患者及其组蛋白修饰模式	机器学习	前列腺癌	多组学分析、单细胞RNA测序、药物敏感性分析	CMLHMS（综合机器学习组蛋白修饰评分）	多组学数据、单细胞RNA测序数据	NA
6673	2025-03-29	The role of TRAF2 in pan-cancer revealed by integrating informatics and experimental validation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1563435 PMID:40144665	研究论文	通过整合信息学和实验验证揭示了TRAF2在泛癌中的作用	揭示了TRAF2在多种癌症中的突变和过表达情况，及其与肿瘤微环境中免疫检查点基因和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，体内实验仅针对肝细胞癌，未涵盖所有癌症类型	探讨TRAF2在癌症预后和免疫治疗中的潜在作用	TRAF2基因及其在多种癌症中的表达和功能	生物信息学与肿瘤免疫学	肝癌及其他多种癌症	数据库分析（HPA、TIMER 2.0、TCGA、cBioPortal、GSCA、LinkedOmics）、单细胞测序、免疫荧光染色、siRNA敲除	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、突变数据、表观遗传数据、单细胞测序数据	多种癌症的肿瘤组织和正常组织样本（具体数量未明确提及）
6674	2025-03-28	The role of TIGIT-CD226-PVR axis in mediating T cell exhaustion and apoptosis in NSCLC 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02052-2 PMID:39725799	研究论文	本研究探讨了TIGIT-CD226-PVR信号轴在非小细胞肺癌（NSCLC）中T细胞耗竭和凋亡中的调控作用	揭示了TIGIT-CD226-PVR信号轴在CD27+/CD127+T细胞亚群中的高度活性及其与功能衰退和耗竭的密切关联，并通过实验证明调控该轴可显著恢复T细胞增殖和效应功能	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索NSCLC中T细胞耗竭和凋亡的分子机制，以提高免疫治疗效果	非小细胞肺癌（NSCLC）中的CD27+/CD127+T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序技术	小鼠模型	基因表达数据	NA
6675	2025-03-28	Single-cell insights into HNSCC tumor heterogeneity and programmed cell death pathways 2025-Apr, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102341 PMID:40068384	研究论文	该研究利用单细胞测序技术揭示头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤异质性，并探索程序性细胞死亡通路	通过单细胞测序识别了HNSCC中C2 MALAT1+肿瘤亚群的独特特征，并开发了新的预后模型MTRS	研究可能受限于样本量或特定亚群的分析深度	解析HNSCC的肿瘤异质性，寻找治疗靶点并优化预后模型	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的肿瘤亚群	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	LASSO回归	单细胞RNA测序数据	NA
6676	2025-03-28	Pathogenesis of systemic sclerosis: an integrative review of recent advances 2025-Apr-01, Journal of rheumatic diseases IF:2.2Q3 DOI:10.4078/jrd.2024.0129 PMID:40134549	综述	本文综述了系统性硬化症（SSc）的发病机制最新研究进展，强调了从基础研究向精准治疗方法的转变	整合了最新的转录组、基因组、蛋白质组和表观基因组数据，探索了流式细胞术和单细胞RNA测序等技术在研究致病细胞亚型中的潜力	NA	探讨系统性硬化症的发病机制，并推动未来研究向个性化和精准干预方向发展	系统性硬化症（SSc）的发病机制	医学研究	系统性硬化症（SSc）	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	转录组、基因组、蛋白质组、表观基因组数据	NA
6677	2025-03-28	CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data 2025-Mar-25, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01137-1 PMID:40133495	研究论文	本文介绍了CellPhoneDB v5，一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通讯的生物信息学工具包	增加了约1000种非肽配体介导的相互作用，提供了新的查询方式，整合了空间转录组学和染色质可及性数据的新策略，并引入了交互式可视化模块CellPhoneDBViz	需要基本的Python知识，且协议执行时间约为15分钟	提高细胞间通讯推断的精确度，为生理微环境中的组织生物学提供新见解	单细胞多组学数据中的细胞间通讯	生物信息学	NA	单细胞基因组学技术、空间转录组学技术、染色质可及性测定	NA	单细胞多组学数据	NA
6678	2025-03-28	RBAD: the first database dedicated alterations of blood RNA in individuals with Alzheimer's disease and their clinical relevance 2025-Mar-25, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01165 PMID:40145964	research paper	该研究开发了一个基于1468个血液样本的RNA数据库RBAD，专注于阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床相关性	首次建立了专注于阿尔茨海默病血液RNA变化的网络分析平台RBAD，并发现了与患者生存率和认知衰退相关的RNA标志物	研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证	探索阿尔茨海默病患者血液RNA变化及其临床意义	阿尔茨海默病患者的血液RNA特征	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, microRNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	1468个血液样本（包含人类和小鼠研究数据）
6679	2025-03-28	Single-cell RNA sequencing of the post-spinal cord injury dorsal root ganglia in cynomolgus monkeys: elucidation of the cellular immune microenvironment of the central nervous system 2025-Mar-25, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00974 PMID:40145972	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，分析了脊髓损伤后食蟹猴背根神经节中的免疫细胞微环境变化及其对轴突再生的影响	首次在食蟹猴模型中全面解析脊髓损伤后背根神经节的转录组特征，并揭示了巨噬细胞亚群在免疫微环境中的关键作用	研究仅基于食蟹猴模型，结果向人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明脊髓损伤后背根神经节免疫微环境的细胞组成及其功能机制	食蟹猴中胸段挫伤模型的背根神经节和脊髓细胞	digital pathology	spinal cord injury	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	食蟹猴中胸段挫伤模型的背根神经节和脊髓组织样本
6680	2025-03-28	Utilizing sc-linker to integrate single-cell RNA sequencing and human genetics to identify cell types and driver genes associated with non-small cell lung cancer 2025-Jan-23, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13525-1 PMID:39849454	研究论文	利用sc-linker整合单细胞RNA测序和人类遗传学数据，识别与非小细胞肺癌相关的细胞类型和驱动基因	结合scRNA-seq、表观基因组SNP-to-gene映射和GWAS摘要统计，推断遗传变异影响的潜在细胞类型和疾病	研究依赖于sc-linker框架的准确性，且样本来源和数量可能影响结果的普适性	识别与非小细胞肺癌相关的特定细胞类型和驱动基因，以揭示致病机制和开发治疗策略	非小细胞肺癌（NSCLC）相关的细胞类型和基因	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, MAGMA	sc-linker	单细胞RNA测序数据、表观基因组数据、GWAS摘要统计数据	NA