单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6601	2025-04-05	Differentiation stage predicts radiosensitivity in mesenchymal-like pancreatic cancer 2025-Apr-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2025.03.034 PMID:40180058	研究论文	通过基因组分类器预测胰腺癌细胞系和患者的放射敏感性，以实现基因组引导的放射治疗	利用单细胞RNA测序数据区分上皮和间充质细胞，预测胰腺癌细胞系的分化阶段，并发现分化阶段与放射敏感性相关	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床患者数据的验证仍需进一步研究	预测胰腺癌的放射敏感性，优化放射治疗方案	胰腺癌细胞系和患者	基因组学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	基因组分类器	RNA测序数据	45个胰腺癌细胞系和来自The Cancer Genome Atlas的胰腺癌患者数据
6602	2025-04-05	Construction of a Single-cell Atlas of Thyroid Cancer 2025-Mar-10, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303359688250209090544 PMID:40183263	研究论文	通过单细胞RNA测序技术构建甲状腺癌的单细胞图谱，揭示肿瘤细胞的异质性	首次构建了甲状腺癌的单细胞全景图谱，并发现lncRNA XIST在未分化甲状腺癌中的高表达及其调控机制	样本量较小（20例患者），且数据来源于公共数据库，可能影响结果的广泛适用性	探索甲状腺癌的分子特征，为临床分期和治疗策略提供新见解	甲状腺癌及癌旁组织、转移淋巴结和远处转移灶	数字病理	甲状腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	20例患者的11个原发肿瘤组织、6个癌旁组织、8个转移淋巴结和2个远处转移灶
6603	2025-04-05	Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveals the Prognostic Significance of HOXC9-Related Immune Gene Signatures in Hepatocellular Carcinoma 2025, OncoTargets and therapy IF:2.7Q3 DOI:10.2147/OTT.S509625 PMID:40177614	研究论文	本研究整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了基于HOXC9相关免疫基因（HRIGs）的风险评分模型，并评估其在肝细胞癌（HCC）中的预后价值	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建基于HOXC9相关免疫基因的风险评分模型，并验证其在HCC预后评估和免疫治疗预测中的价值	研究主要基于公共数据库数据，缺乏多中心临床验证	评估HOXC9相关免疫基因在HCC预后和免疫微环境中的作用	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、临床数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者数据
6604	2025-04-04	Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence 2025-Apr-03, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0262 PMID:40177712	研究论文	本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析，探索了与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群	首次鉴定了影响瘢痕疙瘩复发的关键致病性成纤维细胞亚群FB1，并发现CD26+/CD117+/CD34+表型可作为复发预测标志物	研究样本来源为公共数据库，缺乏独立验证队列	鉴定参与瘢痕疙瘩复发的关键致病性细胞亚群	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群	单细胞组学	皮肤纤维化疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术(FCM)	逻辑回归分析	单细胞转录组数据、流式细胞数据	公共数据库中的瘢痕疙瘩组织样本（具体数量未说明）
6605	2025-04-04	PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0999 PMID:39808445	研究论文	该研究通过分析种系遗传变异与肿瘤免疫基因特征的关联，发现蛋白激酶C delta（PKCδ）作为候选靶点，并通过小鼠实验验证其在增强抗肿瘤免疫中的作用	首次将PKCδ种系变异与抗肿瘤免疫联系起来，并揭示了PKCδ通过调节髓系细胞状态影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩大样本量	探索新的癌症免疫治疗靶点	PKCδ基因及其在小鼠和人类中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和临床样本（具体数量未明确说明）
6606	2025-01-20	Unlocking the potential of spatial transcriptomics with custom microfluidic chips 2025-Apr, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2771-9 PMID:39826037	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6607	2025-04-04	Dynamic Alterations in DNA Methylation of CD4+ T Cells and Macrophages in a Murine Model of Tuberculous Pleural Infection Induced by BCG Vaccination 2025-Apr, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70166 PMID:40170749	研究论文	本研究分析了BCG诱导的小鼠结核性胸膜炎模型中CD4+ T细胞和巨噬细胞的DNA甲基化和转录组数据，揭示了免疫细胞在结核性胸膜感染过程中的动态变化和调控特性	首次揭示了结核性胸膜感染过程中免疫细胞DNA甲基化的动态变化及其对Th1、Th17和Th22细胞分化的调控作用，并发现C1q在感染过程中的表达增加及其调控机制	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类结核性胸膜感染尚需进一步验证	探究结核性胸膜感染过程中免疫细胞的DNA甲基化动态变化及其调控机制	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞	免疫学	结核病	DNA甲基化分析、转录组测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	DNA甲基化数据、转录组数据	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型在特定时间点（第0、1、7和14天）的胸膜灌洗液样本
6608	2025-04-04	Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis 2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00914-3 PMID:40164620	research paper	该研究通过整合多模态数据和构建知识图谱，探索帕金森病不同变异之间的共同分子失调机制	利用患者特异性中脑类器官的高通量成像和RNA测序数据构建知识图谱，并首次在特发性帕金森病患者中发现与单基因型帕金森病共同的转录组失调	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映人体内复杂的病理生理过程	探索帕金森病不同变异形式之间的共同生物医学特征	携带LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S或MIRO1-R272Q突变的PD患者特异性中脑类器官，以及特发性PD患者(IPD)的中脑类器官	systems biomedicine	Parkinson's disease	high-content imaging, RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	knowledge graph	omics data, imaging data	多种基因突变的PD患者特异性中脑类器官和特发性PD患者类器官
6609	2025-04-04	A practical guide for single-cell transcriptome data analysis in neuroscience 2025-Mar-29, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.03.006 PMID:40164433	教程	本文为神经科学领域中的单细胞转录组数据分析提供实用指南	专注于神经科学中的scRNA-seq数据分析，提供从质量控制到差异表达分析的完整工作流程，并强调结果的生物学解释	主要基于Seurat R包进行分析，可能未涵盖其他分析工具或方法	提高神经科学中scRNA-seq研究的可靠性和可重复性，支持对细胞机制和脑功能及疾病的研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经系统疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
6610	2025-04-04	Determining composition and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in mouse ventral tegmental area brain region with single-cell sequencing approach 2025-Mar-28, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntaf075 PMID:40177951	研究论文	本研究通过单细胞测序方法确定了小鼠腹侧被盖区（VTA）脑区中尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）的组成和分布	首次在单细胞水平上揭示了VTA区nAChR亚基的组成和分布，并预测了不同神经元中nAChR亚基的潜在组合	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需验证	探究尼古丁乙酰胆碱受体在腹侧被盖区单细胞水平的分布和组成	C57BL/6小鼠的腹侧被盖区细胞	神经科学	NA	单细胞核测序, scFEA, hdWGCNA	NA	单细胞测序数据	6只小鼠的53,855个VTA细胞
6611	2025-04-04	LSD1 inhibition corrects dysregulated MHC-I and dendritic cells activation through IFNγ-CXCL9-CXCR3 axis to promote antitumor immunity in HNSCC 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643710 PMID:40166238	研究论文	本研究探讨了LSD1抑制在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中通过IFNγ-CXCL9-CXCR3轴调节MHC-I和树突状细胞激活以促进抗肿瘤免疫的机制	发现LSD1抑制通过上调MHC-I和诱导树突状细胞产生CXCL9，进而通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8+ T细胞产生IFNγ，揭示了LSD1在抗肿瘤免疫中的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	阐明LSD1在HNSCC抗肿瘤免疫中的作用机制	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）小鼠模型和人类HNSCC细胞	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA-seq分析	小鼠HNSCC模型、人类HNSCC细胞与PBMCs共培养模型	基因表达数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类PBMCs共培养实验
6612	2025-04-04	Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD 2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643146 PMID:40161827	研究论文	本文介绍了一种名为CONCORD的自监督对比学习框架，用于单细胞RNA测序数据的降维和整合	CONCORD通过概率性、数据集和邻域感知的采样策略，提高了细胞状态的分辨率并减少了批次效应	NA	解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观的复杂结构解析问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNAseq	对比学习框架	单细胞RNA测序数据	NA
6613	2025-04-04	Transcriptomic and genetic analysis suggests a role for mitochondrial dysregulation in schizophrenia 2025-Mar-15, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.14.25323827 PMID:40162239	研究论文	该研究通过整合遗传分析和单核RNA测序，揭示了精神分裂症中线粒体功能障碍等细胞类型特异性病因相关扰动	整合遗传分析与单核RNA测序技术，首次在精神分裂症中系统揭示了不同神经元亚型及胶质细胞的转录组变化与线粒体功能障碍的关联	样本量相对有限（43例患者和42例对照），且仅分析了背侧前额叶皮层（Brodmann Area 8/9）区域	阐明精神分裂症的细胞类型特异性分子机制	精神分裂症患者和神经典型对照的背侧前额叶皮层组织	神经科学	精神分裂症	单核RNA-seq（snRNA-seq）、表达数量性状位点分析（eQTL）、全转录组关联分析（TWAS）	NA	转录组数据	85例（43例精神分裂症患者和42例对照）的536,618个细胞核
6614	2025-04-04	A Noninvasive Menstrual Blood-Based Diagnostic Platform for Endometriosis Using Digital Droplet Enzyme-Linked Immunosorbent Assay and Single-Cell RNA Sequencing 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0652 PMID:40171018	research paper	开发了一种基于月经血的无创诊断平台，用于子宫内膜异位症的检测，结合了数字液滴酶联免疫吸附试验（ddELISA）和单细胞RNA测序技术	首次将月经血作为无创诊断样本，开发了高灵敏度的ddELISA方法，并结合单细胞RNA测序验证了月经血中子宫内膜细胞的炎症和免疫特性与子宫内膜异位症病变相似	研究中未提及样本的具体数量，且新方法的临床实用性尚需进一步验证	开发一种高特异性、无创的体外诊断方法，用于子宫内膜异位症的检测	月经血中的遗传和炎症标志物	digital pathology	endometriosis	digital droplet enzyme-linked immunosorbent assay (ddELISA), single-cell RNA sequencing	NA	genetic and inflammatory markers, RNA sequencing data	NA
6615	2025-04-04	Spatial genomics reveals cholesterol metabolism as a key factor in colorectal cancer immunotherapy resistance 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1549237 PMID:40171265	研究论文	该研究利用空间转录组学技术揭示了胆固醇代谢在结直肠癌免疫治疗耐药中的关键作用	首次通过空间转录组学技术系统分析了肿瘤微环境中胆固醇代谢与免疫治疗耐药的关系	研究样本量相对较小(16个肿瘤)，且基于小鼠模型(Mc38)的结果需要进一步在人类样本中验证	探索结直肠癌免疫检查点抑制剂(ICI)治疗耐药的分子机制	MC38同源肿瘤模型(小鼠结直肠癌模型)	空间转录组学	结直肠癌	空间转录组学、bulk-RNA测序	MC38同源肿瘤模型	空间转录组数据、bulk-RNA测序数据	16个肿瘤样本，48,636个转录组测序点
6616	2025-04-04	Uncovering the heterogeneity of NK cells on the prognosis of HCC by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1570647 PMID:40171266	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据，揭示了自然杀伤细胞(NK细胞)在肝细胞癌(HCC)预后中的异质性	首次基于NK细胞标志物建立了两基因预后特征，并揭示了其在肿瘤微环境(TME)中的作用，为免疫治疗策略提供了新见解	研究样本量有限，且仅基于特定数据集进行分析	探究NK细胞在HCC肿瘤微环境中的作用及其预后价值	肝细胞癌(HCC)患者及其肿瘤微环境中的NK细胞	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), WGCNA, ssGSEA	预后风险评分模型	RNA-seq数据	来自GSE149614和TCGA数据集的样本(具体数量未明确说明)
6617	2025-04-03	Single‑cell RNA‑Seq reveals PBMC profile alterations in a patient following a radiation accident 2025-May, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2025.12846 PMID:40165803	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了一名辐射事故患者外周血单核细胞的动态变化	首次应用单细胞RNA测序技术分析辐射暴露后PBMCs的动态变化，揭示了细胞比例变化和信号通路失调	样本量较小，仅包含一名辐射患者和10名健康对照	探究辐射暴露对人体血液免疫反应的影响	辐射事故患者和健康对照者的外周血单核细胞(PBMCs)	生物医学	辐射损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	1名辐射患者(两个时间点)和10名健康对照者，共计24,440个细胞
6618	2025-04-03	Comprehensive Multi-omics and Mendelian Randomization Reveal the Key Role of Monocytes in Aging and Osteoarthritis 2025-Apr-02, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01416-6 PMID:40172742	研究论文	本研究通过多组学和孟德尔随机化方法，探讨了骨关节炎（OA）与衰老之间的潜在联系和分子机制	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序数据、孟德尔随机化、共定位分析和细胞功能分析，揭示了单核细胞在OA和衰老中的关键作用，并鉴定了与OA有因果关系的四个关键标记基因	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	探索OA与衰老之间的潜在联系和分子机制	OA患者、衰老患者和对照组的单核细胞	生物信息学	骨关节炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 孟德尔随机化, 共定位分析	NA	RNA测序数据	OA、衰老和对照组的scRNA-seq数据
6619	2025-04-03	Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Mar-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00631-0 PMID:40148878	研究论文	通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点	整合遗传数据与AKI GWAS结果，利用多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列分析验证其稳健性	研究结果需在独立队列中进一步验证，且药物再利用分析的实际效果尚待临床实验确认	识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会	与AKI相关的5,883个独特蛋白质和基因	生物信息学	急性肾损伤	GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组分析	NA	遗传数据, 转录组数据	涉及多个独立队列的样本，具体数量未明确说明
6620	2025-04-03	Inhibition of ERK1/2 mediated activation of Drp1 alleviates intervertebral disc degeneration via suppressing pyroptosis and apoptosis in nucleus pulposus cells 2025-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.01.013 PMID:40160807	research paper	研究探讨了Drp1在椎间盘退变(IVDD)中的作用机制，并评估了Drp1抑制剂Mdivi-1的治疗效果	首次揭示了Drp1通过ERK1/2磷酸化调控椎间盘退变的机制，并验证了Mdivi-1的治疗潜力	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床试验	阐明Drp1在椎间盘退变中的作用机制并评估其抑制剂的效果	椎间盘髓核细胞(NPCs)和8周龄大鼠	NA	椎间盘退变	单细胞测序分析、Western blot、流式细胞术、免疫荧光染色	大鼠椎间盘退变模型	分子生物学数据、影像学数据	NA