单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-04-09	Characterizing macrophage diversity in colorectal malignancies through single-cell genomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1526668 PMID:40191203	综述	本文综述了结直肠癌中巨噬细胞多样性的特征及其在肿瘤微环境中的作用	通过单细胞组学技术重新定义巨噬细胞亚型，突破传统极化亚型的局限	缺乏对巨噬细胞多样性命名和分子特征的统一阐释	探讨结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)的异质性及其功能	结直肠癌中的巨噬细胞亚群	单细胞组学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
642	2025-04-09	Successful cryopreservation of marine invertebrates immune cells enables long-term studies of common octopus, Octopus vulgaris Cuvier 1797, hemocyte immune functions 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1543587 PMID:40191212	research paper	该研究成功实现了海洋无脊椎动物免疫细胞的冷冻保存，为长期研究普通章鱼（Octopus vulgaris）的血细胞免疫功能提供了工具	首次展示了冷冻保存的章鱼血细胞的功能性结果，包括高存活率和与新鲜细胞相似的吞噬细菌能力	研究仅针对普通章鱼，未涉及其他软体动物物种	研究章鱼免疫系统的防御机制，以理解其对环境侵害的响应并保障其健康	普通章鱼（Octopus vulgaris）的血细胞	细胞生物学	NA	冷冻保存技术	NA	细胞功能数据	未明确说明样本数量，但涉及冷冻保存15周后的细胞
643	2025-04-09	Molecular biology of the deadliest cancer - glioblastoma: what do we know? 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530305 PMID:40191211	review	本文综述了胶质母细胞瘤的分子生物学特性及其微环境，强调了其生物学特性和分子通讯模式	利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤的新见解，强调了个性化多免疫疗法的必要性	NA	总结当前关于胶质母细胞瘤及其微环境的知识，探讨个性化免疫疗法的潜力	胶质母细胞瘤细胞及其微环境	分子生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
644	2025-04-08	Photo-Biomodulation of the Hippocampus Using Near-Infrared Laser to Enhance Cognitive Function in Mice 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417380 PMID:40190133	研究论文	研究探讨了近红外激光对小鼠海马进行光生物调节以增强认知功能的效果	首次展示了近红外激光通过调节海马神经元活动和基因表达来增强认知功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索光生物调节作为认知功能障碍非侵入性治疗方法的潜力	小鼠海马区	神经科学	认知功能障碍	近红外激光照射，单细胞RNA测序	NA	行为学数据，电生理数据，基因表达数据	多组小鼠实验（具体数量未明确说明）
645	2025-04-08	From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411752 PMID:40190183	研究论文	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究腺肌症中子宫内膜异位穿透特征的分子机制	首次绘制了腺肌症从子宫内膜内陷部位到异位病变的空间转录组图谱，并揭示了SFRP5上皮细胞、ESR1平滑肌细胞和CNN1基质成纤维细胞在病理过程中的作用	研究样本量未明确说明，且体外实验的验证可能无法完全模拟体内环境	阐明腺肌症中子宫内膜异位穿透的分子机制	腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变	数字病理学	腺肌症	空间转录组学、单细胞RNA测序、批量RNA测序解卷积、组织学技术	NA	转录组数据、组织学图像	NA
646	2025-04-08	Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413493 PMID:40190189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫动态	发现了与肿瘤发生相关的肾上腺皮质细胞亚型，提出了clusterin作为肾上腺皮质腺瘤的潜在生物标志物，并揭示了MYCN阳性簇与较差生存率的相关性	研究依赖于公共数据集整合，可能受限于原始数据的质量和覆盖范围	探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫微环境动态	非功能性肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤	数字病理学	肾上腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	302,696个细胞
647	2025-04-08	Tumor-colonizing Pseudoalteromonas elyakovii metabolically reprograms the tumor microenvironment and promotes breast ductal carcinoma 2025-Apr-07, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03873-24 PMID:40192290	研究论文	研究探讨了肿瘤内微生物群与乳腺癌导管癌发展的关系，并揭示了特定微生物代谢产物对肿瘤微环境的调控作用	首次详细描述了Pseudoalteromonas elyakovii在乳腺癌中的定植特征及其代谢产物对肿瘤生长的促进作用	样本量相对较小(102例)，且仅针对乳腺癌导管癌这一亚型进行研究	探究肿瘤内微生物群在乳腺癌发生发展中的作用机制	乳腺癌导管癌患者肿瘤组织及癌旁正常组织	肿瘤微生物组学	乳腺癌	qRT-PCR、双免疫荧光染色、SweAMI探针杂交、scRNA-seq	NA	微生物组数据、基因表达数据、单细胞转录组数据	102例乳腺癌样本
648	2025-04-08	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Apr-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了PQQ在减少氧化应激和逆转衰老相关表型方面的作用，并鉴定了关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫系统衰老中的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习程序	单细胞转录组数据	小鼠模型中的脾脏和骨髓细胞
649	2025-04-08	Single-cell transcriptomic landscape deciphers intratumoral heterogeneity and subtypes of acral and mucosal melanoma 2025-Apr-07, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	本研究通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤（AM）和黏膜黑色素瘤（MM）的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次系统比较AM和MM的单细胞转录组和基因组特征，发现亚型特异性基质-免疫互作及分子程序，并提出精准治疗靶点（如AM中的TIGIT、MM中的CXCL3⁺巨噬细胞）	样本量相对有限（42例），且未涵盖所有黑色素瘤亚型	解析AM和MM的瘤内异质性及微环境特征，探索亚型特异性治疗策略	肢端黑色素瘤（AM）和黏膜黑色素瘤（MM）的肿瘤细胞及微环境	数字病理	黑色素瘤	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、全外显子测序、体外迁移实验、共培养系统、异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（28例AM、11例MM、3例非肢端皮肤黑色素瘤）
650	2025-04-08	Single-cell transcriptional responses of T cells during microsporidia infection 2025-Apr-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07990-4 PMID:40185986	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠脾脏T细胞在微孢子虫感染期间的转录反应	首次全面分析了微孢子虫感染期间T细胞各亚群的反应，发现了Th1、Tfh、效应CD8+ T细胞和增殖CD8+ T细胞的激活和扩增，并识别了特定基因表达模式	仅在小鼠模型中进行研究，未涉及人类或其他动物模型	探究微孢子虫感染期间T细胞各亚群的作用和功能	小鼠脾脏T细胞	免疫学	微孢子虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠脾脏T细胞
651	2025-04-08	Machine learning-based in-silico analysis identifies signatures of lysyl oxidases for prognostic and therapeutic response prediction in cancer 2025-Apr-05, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02176-1 PMID:40186284	研究论文	本研究通过机器学习方法全面评估了赖氨酰氧化酶（LOX/LOXL）在癌症中的表达及其临床意义	开发了一种新的胶质瘤预后模型，并揭示了LOXL2过表达在复发性胶质瘤中的恶性细胞群体特征	研究主要基于公共数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	评估LOX/LOXL家族在癌症中的表达及其对预后和治疗反应的预测价值	33种癌症类型，特别是胶质瘤、膀胱癌和肾癌	机器学习	癌症	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	机器学习算法（共10种）	RNA测序数据	来自GEO、CGGA和TCGA的六个数据集
652	2025-04-08	STAT3 signaling enhances tissue expansion during postimplantation mouse development 2025-Apr-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115506 PMID:40188437	research paper	该研究探讨了STAT3信号在小鼠胚胎植入后组织扩张中的作用	揭示了STAT3在胚胎发育时间控制中的新角色，特别是在需要快速细胞分裂的组织中	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的直接证据有限	探究STAT3信号在胚胎发育过程中的功能	小鼠胚胎干细胞和胚胎组织	developmental biology	NA	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠胚胎干细胞和胚胎组织样本
653	2025-04-08	RIPK2 promotes colorectal cancer metastasis by protecting YAP degradation from ITCH-mediated ubiquitination 2025-Apr-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07599-9 PMID:40185717	研究论文	本研究揭示了RIPK2通过保护YAP免受ITCH介导的泛素化降解促进结直肠癌转移的机制	首次发现RIPK2作为独立风险因子通过调控YAP稳定性促进结直肠癌转移，并揭示了细菌感染-MDP-NOD2-RIPK2-YAP信号轴	未明确RIPK2在其他癌症类型中的普适性作用，动物模型需要进一步验证	探究结直肠癌转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞及肿瘤组织	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确样本量（包含CRC组织与癌旁组织的对比）
654	2025-04-08	CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis 2025-Apr-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00442-4 PMID:40185975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和常规RNA测序分析脓毒症的免疫景观，发现适应性免疫受到急性且强烈的抑制	发现CD47通过诱导淀粉样蛋白β（Aβ）的产生，与B细胞上的CD74相互作用，导致B细胞抑制和随后的适应性免疫抑制	研究主要基于小鼠模型，临床数据验证有限	阐明脓毒症中宿主反应失调的机制	脓毒症患者的免疫细胞和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和常规RNA-seq	NA	RNA测序数据	脓毒症患者和小鼠模型
655	2025-04-08	CCR8 antagonist suppresses liver cancer progression via turning tumor-infiltrating Tregs into less immunosuppressive phenotype 2025-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03286-x PMID:40186298	研究论文	本研究探讨了CCR8拮抗剂IPG0521m通过改变肿瘤浸润性调节性T细胞（Tregs）的表型，抑制肝癌进展的机制	首次揭示了CCR8拮抗剂在肝癌中的作用机制，并展示了IPG0521m通过改变Tregs的免疫抑制表型增强抗肿瘤免疫的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究CCR8拮抗剂在肝癌治疗中的作用及机制	人类肝癌组织和小鼠肝癌模型	肿瘤免疫学	肝癌	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序、实时PCR	小鼠肝癌模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类肝癌组织样本和小鼠模型
656	2025-04-08	The role of lactate metabolism in retinoblastoma tumorigenesis and ferroptosis resistance 2025-Apr-01, Tissue & cell IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.tice.2025.102893 PMID:40188688	研究论文	本研究探讨了乳酸代谢在视网膜母细胞瘤肿瘤发生和铁死亡抵抗中的作用	揭示了乳酸代谢在视网膜母细胞瘤中的关键作用，特别是通过MCT1介导的乳酸转运促进肿瘤细胞存活和铁死亡抵抗	研究主要基于体外和动物模型，临床样本的验证有待进一步研究	阐明乳酸代谢相关基因表达谱在视网膜母细胞瘤中的作用及其对肿瘤发生和铁死亡抵抗的影响	视网膜母细胞瘤细胞系和患者组织样本	肿瘤代谢	视网膜母细胞瘤	单细胞RNA测序	小鼠异种移植模型	转录组数据	未明确说明患者样本数量，使用了视网膜母细胞瘤细胞系和小鼠模型
657	2025-04-08	Circadian Rhythm Disruption in Triple-Negative Breast Cancer: Molecular Insights and Treatment Strategies 2025-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.70042 PMID:40193174	研究论文	探讨昼夜节律紊乱（CRD）对三阴性乳腺癌（TNBC）的影响，通过分析RNA测序数据、代谢组学特征和肿瘤微环境评估，揭示CRD对代谢重编程和免疫逃逸的作用	首次使用CYCLOPS方法分析TNBC中节律基因表达模式的显著变化，并发现CRD与色氨酸代谢上调和免疫抑制微环境的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌的影响及其潜在治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、代谢组学分析	CYCLOPS	RNA测序数据、代谢组学数据	未明确说明样本数量
658	2025-04-08	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Mar-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了热射病（HS）诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	发现中性粒细胞通过'Cxcr2-Cxcl2'受体-配体对增强浸润是HS诱导肺损伤的显著特征，并识别了Cd177+中性粒细胞在器官损伤中的关键作用及Cebpe的转录调控功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索热射病导致多器官功能障碍（MODS）的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	数字病理	热射病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提及使用小鼠模型
659	2025-04-08	Thor: a platform for cell-level investigation of spatial transcriptomics and histology 2025-Mar-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4909620/v1 PMID:40162205	research paper	介绍了一个名为Thor的综合计算平台，用于空间转录组学和组织学图像的多模态分析	Thor平台采用抗收缩马尔可夫扩散方法从点级数据推断单细胞空间转录组，有效整合细胞形态与空间转录组学	未明确提及具体限制	开发一个能够无缝整合基因组和图像分析的计算平台	空间转录组学数据和组织学图像	digital pathology	heart failure, breast cancer, bladder cancer	spatial transcriptomics, immunofluorescence staining, Visium HD	anti-shrinking Markov diffusion method	image, transcriptomics data	多种数据集包括ISH、MERFISH、Xenium、Stereo-seq以及内部的心脏衰竭患者样本和小鼠嗅球样本
660	2025-04-08	Integration of lipidomics with targeted, single cell, and spatial transcriptomics defines an unresolved pro-inflammatory state in colon cancer 2025-Mar-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332535 PMID:39658263	研究论文	通过整合脂质组学与靶向、单细胞和空间转录组学，定义了结肠癌中未解决的促炎症状态	揭示了结肠癌中脂质失调与炎症未能消退的关联，提出了‘分辨率医学’作为新的治疗策略	样本量相对较小，且仅针对人类结直肠癌进行研究	探索结直肠癌中脂质失调是否由炎症消退失败驱动	人类结直肠癌及正常配对样本	脂质组学与转录组学	结直肠癌	液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)、定量逆转录PCR、空间转录组学、scRNASEQ	NA	脂质组学数据、基因表达数据	40对（非靶向分析）和81对（靶向定量分析）人类结直肠癌及正常配对样本