单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6561	2025-04-11	Novel insights into Cntnap4 in Alzheimer's disease: Intestinal flora interaction 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138508 PMID:39647729	研究论文	本研究探讨了Cntnap4基因在阿尔茨海默病中的作用及其与肠道菌群的相互作用	揭示了Cntnap4缺陷如何通过影响Tau蛋白磷酸化、淀粉样斑块积累和神经元损失加剧AD，并首次提出肠道菌群与AD进展的潜在联系	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	阐明Cntnap4在AD发病机制中的作用及肠道菌群的可能参与	AD模型小鼠及其肠道菌群	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	scRNA-seq、高通量转录组测序、16s rRNA测序	动物模型	基因表达数据、微生物组数据	未明确说明数量的AD模型小鼠
6562	2025-04-11	Glucocorticoid receptor inhibits Th2 immune responses by down-regulating Pparg and Gata3 in schistosomiasis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518586 PMID:40196108	研究论文	研究糖皮质激素受体（GR）激活对血吸虫病中Th2免疫反应的影响	揭示了GR激活通过下调Gata3和Pparg抑制Th2免疫反应的新机制	需要进一步研究靶向GR激活治疗血吸虫病的可行性和安全性	探究GR激活对血吸虫病中Th2免疫反应的潜在影响	血吸虫感染的小鼠和体外培养的Th2细胞	免疫学	血吸虫病	RNA测序和单细胞测序	NA	基因表达数据	血吸虫感染的小鼠和体外培养的Th2细胞
6563	2025-04-11	A tumor-infiltrating B lymphocytes -related index based on machine-learning predicts prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1524120 PMID:40196113	研究论文	本研究基于机器学习方法开发了一个与肿瘤浸润B淋巴细胞相关的指数（BRI），用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	首次系统地描述了肺腺癌中肿瘤浸润B淋巴细胞的特征，并利用十种不同算法开发了BRI指数	研究结果需要更多独立队列验证，且BRI与CD8+ T细胞浸润的负相关机制尚不明确	开发预测肺腺癌患者预后和免疫治疗反应的生物标志物	肺腺癌患者和肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习（十种算法组合）	基因表达数据	TCGA、GSE31210、GSE72094等多个数据集
6564	2025-04-11	Immune cells differentiation in osteoarthritic cartilage damage: friends or foes? 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1545284 PMID:40201177	综述	本文综述了骨关节炎(OA)中免疫细胞分化的复杂作用及其在疾病进展中的双重角色	深入分析了OA中免疫细胞亚群的组成、分布和功能异质性，并比较了OA与类风湿关节炎(RA)在诊断和免疫治疗上的异同	未涉及具体实验验证，主要基于现有文献分析	阐明OA关节中免疫细胞的动态变化和相互作用，为未来临床精准靶向干预提供理论基础	骨关节炎(OA)中的免疫细胞亚群	免疫学	骨关节炎	单细胞测序和免疫组学技术	NA	NA	NA
6565	2025-04-11	Single-cell RNA sequencing advances in revealing the development and progression of MASH: the identifications and interactions of non-parenchymal cells 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1513993 PMID:40201243	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示代谢相关脂肪性肝炎（MASH）发展和进展中的作用，特别是非实质细胞（NPCs）的鉴定和相互作用	利用单细胞转录组测序技术深入理解非实质细胞在MASH中的异质性和细胞间相互作用，为疾病机制和潜在药物靶点提供新见解	综述性质，未涉及具体实验数据或新发现	探讨单细胞RNA测序技术在MASH研究中的应用，揭示非实质细胞的作用	代谢相关脂肪性肝炎（MASH）中的非实质细胞（如Kupffer细胞、肝星状细胞和肝窦内皮细胞）	数字病理学	代谢相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
6566	2025-04-11	Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal the evolution of glucose metabolism in hepatocellular carcinoma and identify G6PD as a potential therapeutic target 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1553722 PMID:40201344	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了肝细胞癌中葡萄糖代谢的时空演变，并验证了G6PD作为潜在治疗靶点	首次从时空角度解析肝细胞癌中葡萄糖代谢的变化，并实验验证G6PD在调控癌细胞增殖、迁移和侵袭中的作用	样本量相对较小（7例单细胞测序样本和4例空间转录组样本）	探索肝细胞癌中葡萄糖代谢的时空演变并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌组织及癌旁组织	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、空间转录组学(ST)、高通量测序、伤口愈合实验、CCK-8实验、transwell实验	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	7例HCC及癌旁组织的单细胞测序数据，4例HCC组织的空间转录组数据
6567	2025-04-11	Single-cell sequencing reveals the role of aggrephagy-related patterns in tumor microenvironment, prognosis and immunotherapy in endometrial cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1560625 PMID:40201347	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了聚集自噬相关模式在子宫内膜癌肿瘤微环境、预后及免疫治疗中的作用	首次在子宫内膜癌中系统研究了聚集自噬相关基因在肿瘤微环境中的功能，并发现其与免疫治疗反应和预后的关联	样本量相对较小（5个肿瘤样本），且需要进一步实验验证	探究聚集自噬在子宫内膜癌肿瘤微环境中的作用及其临床意义	子宫内膜癌肿瘤微环境中的细胞（成纤维细胞、巨噬细胞、CD8+T细胞和淋巴管内皮细胞）	digital pathology	endometrial cancer	single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫组化	NMF	RNA-seq数据	5个EC肿瘤样本的36,227个单细胞
6568	2025-04-11	Comprehensive Analyses of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data From M2 Macrophages to Elucidate the Immune Prognostic Signature in Patients with Gastric Cancer Peritoneal Metastasis 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S506143 PMID:40201390	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据分析M2巨噬细胞，构建胃癌腹膜转移患者的免疫预后特征模型	首次结合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析构建基于M2巨噬细胞的预后风险模型，用于预测胃癌腹膜转移患者的预后和化疗免疫治疗反应	模型仅在内部和外部验证集中进行了验证，需要更大规模的前瞻性研究进一步确认其临床适用性	提高胃癌腹膜转移患者预后的预测精度并指导个体化治疗	胃癌腹膜转移患者	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, WGCNA, LASSO分析	预后风险模型	RNA测序数据	TCGA、GSE62254和IMvigor210数据集
6569	2025-04-10	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and interactions of immune cells and Müller glia during zebrafish retina regeneration 2025-Dec-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-02083 PMID:38934409	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中免疫细胞和Müller胶质细胞的异质性及相互作用	首次发现两种静止状态的Müller胶质细胞（MG1和MG2）在视网膜损伤后的不同命运转变，以及三种小胶质细胞亚型在损伤后的动态变化	研究局限于斑马鱼模型，结果向哺乳动物的推广需要进一步验证	探究炎症如何调控Müller胶质细胞重编程以促进视网膜再生	斑马鱼视网膜中的免疫细胞和Müller胶质细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
6570	2025-04-10	Dynamic development of microglia and macrophages after spinal cord injury 2025-Dec-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00063 PMID:39101644	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的动态发展及其在疾病进程中的不同作用	首次在单细胞水平上区分了小胶质细胞和巨噬细胞在脊髓损伤后的不同演化路径，并发现了它们各自的特异性功能表型和细胞间通讯模式	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明脊髓损伤后继发性损伤过程中小胶质细胞和巨噬细胞的动态变化及其功能差异	脊髓损伤后的小胶质细胞和巨噬细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
6571	2025-03-11	Corrigendum to "ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost" [Microbiol. Res. 289 (2024) 127912] 2025-Jul, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128137 PMID:40058996	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6572	2025-04-10	FoxO1 mediates odontoblast differentiation of hDPSCs via B cell-derived ANGPTL1 in dental caries: A laboratory investigation 2025-May, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14206 PMID:39904951	research paper	本研究探讨了B细胞及其分泌因子ANGPTL1在龋齿条件下促进人牙髓干细胞(hDPSCs)向成牙本质细胞分化的作用，重点关注FoxO1的激活	揭示了B细胞分泌的ANGPTL1通过上调FoxO1促进hDPSCs向成牙本质细胞分化的新机制	研究主要基于实验室数据，尚未进行临床验证	探索龋齿环境下牙髓修复和再生的分子机制	人牙髓干细胞(hDPSCs)和B细胞	dental research	dental caries	scRNA-Seq, ELISA, 免疫荧光染色, 双荧光素酶报告基因检测, 染色质免疫沉淀	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	NA
6573	2025-04-10	ROICellTrack: A deep learning framework for integrating cellular imaging modalities in subcellular spatial transcriptomic profiling of tumor tissues 2025-Apr-08, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf152 PMID:40199763	研究论文	开发了一个名为ROICellTrack的深度学习框架，用于更好地整合细胞成像与空间转录组分析	提出了一种新的深度学习框架，将细胞成像与空间转录组分析相结合，以分析肿瘤异质性	研究样本量较小，仅分析了56个ROI	提高对肿瘤异质性的理解，以支持个性化和靶向治疗	膀胱尿路上皮癌（UCB）和上尿路尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤组织	数字病理学	膀胱癌	空间转录组技术（如GeoMx Digital Spatial Profiler）	深度学习	图像和转录组数据	56个ROI
6574	2025-04-10	A replication study of novel fetal hemoglobin-associated genetic variants in sickle cell disease-only cohorts 2025-Apr-06, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf015 PMID:39886999	research paper	本研究验证了镰状细胞病(SCD)患者中胎儿血红蛋白(HbF)水平与五个新基因位点的关联，并探索了这些位点在调控β-珠蛋白基因表达中的作用	首次在独立SCD队列中验证了GWAS发现的五个新HbF相关位点，并利用CRISPR抑制和单细胞转录组学揭示了非编码变异对β-珠蛋白基因表达的调控机制	未能发现对HbF水平有显著影响的罕见遗传变异，样本量虽大但仍可能限制对罕见变异的检测能力	验证新发现的HbF相关遗传变异在SCD患者中的关联性，并探索其分子机制	3740例SCD患者和1354例SCD患者的全外显子组数据	遗传学	镰状细胞病	GWAS、CRISPR抑制、单细胞转录组学、全外显子测序	NA	基因组数据、转录组数据	3740例SCD患者用于验证研究，1354例SCD患者用于全外显子分析
6575	2025-04-10	Origin and stepwise evolution of vertebrate lungs 2025-Apr, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02642-6 PMID:39953253	research paper	该研究通过分析脊椎动物成年和发育中肺部的单细胞RNA测序数据，揭示了肺部细胞组成、发育轨迹和基因表达模式的显著相似性，并探讨了肺部进化的遗传基础	研究发现软骨鱼类虽无肺部，但存在大量与肺部相关的基因、共表达模式和增强子，表明颌类脊椎动物共同祖先已具备肺部发育的遗传基础，并识别出哺乳动物特有的肺泡1型细胞和基因	研究未涉及肺部功能在进化过程中的具体适应性变化及其生态意义	研究脊椎动物肺部的起源和逐步进化过程	脊椎动物的成年和发育中肺部	进化生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	跨脊椎动物物种的成年和发育中肺部样本
6576	2025-04-10	H1-0 is a specific mediator of the repressive ETV6::RUNX1 transcriptional landscape in preleukemia and B cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Apr, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70116 PMID:40177616	研究论文	本研究揭示了连接组蛋白H1-0在ETV6::RUNX1融合基因诱导的儿童B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）前白血病状态中的关键作用	首次发现H1-0是ETV6::RUNX1转录景观的特异性调节因子，并证明HDAC抑制剂Quisinostat与化疗药物联合治疗的潜在协同效应	研究主要基于hiPSC模型和体外实验，需要进一步体内验证	阐明ETV6::RUNX1+前白血病细胞静默状态的分子机制	ETV6::RUNX1融合基因阳性的BCP-ALL患者样本和hiPSC模型	血液肿瘤学	B细胞急性淋巴细胞白血病	CRISPR/Cas9基因编辑、全转录组分析、双荧光素酶报告基因检测、单细胞测序	hiPSC模型	基因表达数据、转录组数据	1,727例白血病患者样本
6577	2025-04-10	The single-cell transcriptional landscape of lung cells from PCV2d-infected mice 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1554961 PMID:40196036	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析PCV2d感染小鼠肺组织中10种细胞类型的转录组变化	首次系统性地研究了PCV2d感染后小鼠肺组织中不同细胞类型的转录组变化，并建立了全面的标记基因目录	研究仅使用BALB/c小鼠模型，可能无法完全反映猪类宿主的感染情况	研究PCV2d亚型的生物学特性及其引起的免疫反应机制	PCV2d感染的小鼠肺组织细胞	生物信息学	猪圆环病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	PCV2d感染和未感染的BALB/c小鼠肺组织细胞
6578	2025-04-09	Fasting-mimicking diet-enriched Bifidobacterium pseudolongum suppresses colorectal cancer by inducing memory CD8+ T cells 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333020 PMID:39870395	研究论文	本研究探讨了模拟禁食饮食(FMD)通过调节肠道微生物群抑制结直肠癌(CRC)的机制，并发现Bifidobacterium pseudolongum及其代谢产物L-精氨酸在增强CD8+ T细胞记忆功能中的关键作用	首次揭示了B. pseudolongum通过产生L-精氨酸促进CD8+ T细胞分化为记忆细胞，从而增强FMD抗肿瘤效应的分子机制	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，需要更大规模的临床研究验证	探究FMD通过调节肠道微生物群保护免受CRC的机制	结直肠癌小鼠模型和CRC患者	肿瘤免疫学	结直肠癌	粪便宏基因组测序、单细胞RNA测序、多色流式细胞术、代谢组学分析	正交小鼠CRC模型	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	小鼠模型和有限数量的CRC患者样本
6579	2025-04-09	Exploring and validating the marmoset as a primate model for chromosomal instability in early development 2025-Apr-07, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf012 PMID:40193493	research paper	本研究探索并验证了狨猴作为灵长类动物模型在研究早期发育中染色体不稳定性（CIN）的适用性	首次将狨猴确立为研究非整倍体的合适模型，并建立了具有内在染色体不稳定性的naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	研究结果主要基于体外实验，体内验证仍需进一步研究	探索早期发育中染色体不稳定性的分子机制	狨猴胚胎细胞和naïve-like狨猴多能干细胞系（cjPSCs）	developmental biology	early miscarriage	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	狨猴胚胎细胞和cjPSCs
6580	2025-04-09	Multi-omics analysis identifies DLX4 as a novel biomarker for diagnosis, prognosis, and immune infiltration: from pan-cancer to renal cancer 2025-Apr-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02258-z PMID:40186710	研究论文	通过多组学分析，探讨DLX4在泛癌及肾癌中的诊断、预后及免疫浸润作用	首次全面分析DLX4在泛癌中的分子机制，特别是在肾透明细胞癌中的作用，并验证其作为生物标志物的潜力	研究主要基于数据库分析，实验验证部分仅限于肾癌组织	探究DLX4在癌症中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	泛癌及肾透明细胞癌（KIRC）	生物信息学	肾癌	多组学分析、Spatial Transcriptomics、RT-PCR、免疫组化	NA	基因表达数据、突变数据、甲基化数据、免疫浸润数据	26种癌症类型的数据及肾癌组织样本