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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6561 | 2025-10-06 |
Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor
2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628399
PMID:39713285
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现Sp140L是一种新型疱疹病毒限制因子 | 首次鉴定Sp140L为疱疹病毒限制因子,揭示了其连接病毒DNA感知与转录抑制的新机制 | 研究主要聚焦于EB病毒,对其他DNA病毒的验证仍需进一步扩展 | 探索疱疹病毒如何逃避宿主防御机制并鉴定新的病毒限制因子 | EB病毒感染的B细胞和疱疹病毒松鼠猴ORF3蛋白 | 分子生物学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | EBNA-LP敲除感染的B细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6562 | 2025-10-06 |
[Research Advances in the Replication of Animal Models for Periodontal Diseases]
2025-Mar-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition
DOI:10.12182/20250360103
PMID:40599292
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综述 | 本文综述了近年来牙周病动物模型建模方法与特点,并提出整合空间转录组学等技术的多模态评估框架 | 提出整合空间转录组学、单细胞测序和荧光成像技术的多模态评估框架以解决现有模型局限 | 现有牙周炎动物模型难以同时捕捉疾病复杂性、追踪动态修复过程并满足转化需求 | 研究牙周病动物模型的建模方法与评估体系 | 啮齿类动物牙周病模型 | NA | 牙周病 | 空间转录组学, 单细胞测序, 荧光成像 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞测序 | NA | NA |
| 6563 | 2025-10-06 |
Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens
2025-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.17.643805
PMID:40166301
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析新生儿和成人MR1T细胞的差异,发现新生儿MR1T细胞具有更丰富的TCR多样性、较低的细胞毒性和对常见儿童病原体反应能力不足的特点 | 首次系统比较新生儿与成人MR1T细胞的TCR多样性、功能表型和病原体识别能力差异,并通过结构生物学揭示新生儿MAIT TCR与抗原结合亲和力降低的分子机制 | 样本量较小(新生儿和成人各5例),且仅研究了脐带血来源的细胞 | 探究新生儿MR1T细胞的免疫特性及其与新生儿感染易感性的关系 | 新生儿脐带血和成人外周血中的MR1T细胞 | 免疫学 | 新生儿败血症 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 结构生物学分析 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 结构生物学数据 | 5例新生儿脐带血样本和5例成人外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 6564 | 2025-10-06 |
SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors
2025-Jan-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472
PMID:39387817
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研究论文 | 开发了一种无需参考数据的空间转录组细胞类型反卷积方法SpatialDeX,用于解析实体瘤中的细胞空间组织 | 提出首个无需单细胞RNA-seq参考数据的空间转录组反卷积方法,在实验数据上表现优于基于参考和无参考的方法 | 主要针对多细胞分辨率的空间转录组数据,未在单细胞分辨率平台上充分验证 | 开发无需参考数据的空间转录组细胞类型反卷积方法 | 实体瘤组织中的细胞类型空间分布 | 空间转录组学 | 实体瘤 | 空间转录组测序 | 回归模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6565 | 2025-10-06 |
Clearance of p21 highly expressing senescent cells accelerates cutaneous wound healing
2025-Jan, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00755-4
PMID:39537987
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术识别伤口愈合过程中p21高表达衰老细胞的作用机制 | 首次发现p21高表达衰老细胞亚群在伤口愈合中的促炎特性及其清除对伤口闭合的加速作用 | 未明确p21高表达衰老细胞的具体来源及其与其他衰老细胞亚群的相互作用机制 | 探究p21高表达衰老细胞在皮肤伤口愈合过程中的功能作用 | 皮肤伤口愈合过程中的衰老细胞亚群 | 空间转录组学 | 皮肤创伤 | Xenium空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组分析平台 |
| 6566 | 2025-10-06 |
Triple-Negative Breast Cancer on the Rise: Breakthroughs and Beyond
2025, Breast cancer (Dove Medical Press)
DOI:10.2147/BCTT.S516125
PMID:40599557
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综述 | 本文综述了三阴性乳腺癌发病率上升趋势、分子特征、治疗突破和诊断进展 | 整合了免疫检查点抑制剂、PARP抑制剂和抗体药物偶联物等最新治疗突破,以及基于机器学习的影像学和空间转录组学等新兴诊断工具 | 作为综述文章,未包含原始研究数据,主要基于现有文献综合分析 | 探讨三阴性乳腺癌的流行病学特征、分子机制、治疗进展和诊断创新 | 三阴性乳腺癌患者群体,重点关注年轻女性和不同人口统计学差异 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 机器学习,空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6567 | 2025-10-06 |
Identification of anoikis-related subtypes and a risk score prognosis model, the association with TME landscapes and therapeutic responses in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602831
PMID:40599775
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研究论文 | 本研究通过分析失巢凋亡相关基因在肝细胞癌中的表达特征,建立了预后风险评分模型并验证其临床价值 | 首次在肝细胞癌中基于失巢凋亡相关基因进行分子分型,并构建了包含TTC26和TPX2的两基因预后模型 | 研究主要基于公共数据集,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 阐明失巢凋亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义和治疗相关性 | 肝细胞癌患者和癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO Cox回归, 体外实验 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 突变数据, 拷贝数变异数据 | 公共数据集中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6568 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing: new insights for pulmonary endothelial cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1576067
PMID:40599812
|
综述 | 本文系统综述了单细胞RNA测序技术对肺内皮细胞研究的新见解 | 通过单细胞RNA测序揭示了肺内皮细胞在表型多样性、分子特征和空间定位依赖的异质性方面的新认知 | NA | 探讨单细胞RNA测序在肺内皮细胞研究中的应用与前景 | 肺内皮细胞 | 单细胞组学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6569 | 2025-10-06 |
Hydroxychloroquine cures autoimmune myocarditis by inhibiting the innate immune system via the C-X-C motif chemokine ligand 16 and C-X-C motif receptor 6 axis between macrophages and T cells
2025-Aug, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.70028
PMID:40222951
|
研究论文 | 本研究评估羟氯喹通过抑制CXCL16/CXCR6轴治疗自身免疫性心肌炎的疗效 | 首次揭示羟氯喹通过下调YY1转录因子抑制CXCL16表达,从而减少巨噬细胞对Th17和NKT细胞的趋化作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 评估羟氯喹治疗心肌炎的效果及作用机制 | 实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型 | 免疫学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,蛋白质印迹,超声心动图 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6570 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Functional Exhaustion of T Cells in Oral Lichen Planus
2025-Aug, Molecular oral microbiology
IF:2.8Q3
DOI:10.1111/omi.12495
PMID:40366262
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示口腔扁平苔藓中T细胞功能耗竭的机制 | 首次在单细胞水平系统揭示OLP中T细胞组成异质性及CD8+耗竭T细胞的终末分化特征 | 样本量较小(3例患者+3例对照),动物模型与人类疾病存在物种差异 | 解析口腔扁平苔藓免疫微环境中T细胞的组成和功能状态 | 口腔黏膜组织(人类患者和健康个体)、小鼠慢性炎症模型 | 单细胞组学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序、RT-qPCR、免疫荧光染色、HE染色 | NA | 单细胞转录组数据、基因表达数据、组织病理图像 | 3例OLP患者+3例健康个体的人类组织,小鼠慢性炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6571 | 2025-10-06 |
Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs
2025-Jul, Journal of biomaterials science. Polymer edition
DOI:10.1080/09205063.2024.2445376
PMID:39729311
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综述 | 本文综述骨质疏松症的分子机制与临床突破,重点关注基因表达和激素信号调控 | 整合单细胞RNA测序、长链非编码RNA等最新技术,提出基于遗传和激素变异的个体化治疗策略 | 未涉及具体实验验证,主要基于现有文献的综合分析 | 探讨骨质疏松症的分子机制并推动临床治疗突破 | 骨质疏松症的基因表达调控和激素信号通路 | 医学研究 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6572 | 2025-10-06 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔板的两种单细胞RNA测序方法在分析冷冻保存人支气管肺泡灌洗液细胞中的表现 | 首次系统比较两种scRNA-seq平台在冷冻保存人BALF细胞分析中的性能差异,特别发现微孔板方法能独特识别脆性嗜酸性粒细胞 | 仅使用4个BALF样本,样本量较小;仅比较两种技术平台 | 评估不同单细胞RNA测序方法在分析冷冻保存人支气管肺泡灌洗液细胞中的适用性 | 人支气管肺泡灌洗液细胞 | 单细胞测序 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4个BALF样本 | NA | 单细胞RNA测序 | 液滴平台,微孔板平台 | 基于液滴的单细胞RNA测序方法,基于微孔板捕获的单细胞RNA测序方法 |
| 6573 | 2025-10-06 |
Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer
2025-Jul, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432
PMID:40424767
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研究论文 | 通过整合AI/ML和多组学方法研究TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在靶点 | 首次将空间转录组学、ceRNA网络分析与基于Transformer的深度学习模型SELFormer结合,用于胰腺癌药物靶点发现 | 研究主要基于计算预测和体外模拟,需要实验验证 | 发现胰腺导管腺癌的新治疗靶点和药物 | 胰腺导管腺癌(PDAC)微环境中的癌细胞 | 机器学习 | 胰腺癌 | 多组学分析、深度学习、分子动力学模拟、虚拟筛选 | Transformer、SELFormer、QSAR模型 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学、bulk基因组学、蛋白质组学 | NA | NA |
| 6574 | 2025-10-06 |
Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics
2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70172
PMID:40522253
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研究论文 | 通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆 | 首次结合多重免疫荧光-RNA原位杂交和单细胞空间转录组学技术,在单细胞水平定位和表征SVALI中的超扩增T细胞克隆 | 仅分析单个患者的肝脏样本,样本量有限 | 表征严重SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤患者的免疫浸润特征 | SVALI患者的肝脏移植样本 | 数字病理学 | 肝损伤 | T细胞受体测序, 多重免疫荧光, RNA原位杂交, 单细胞空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据, 序列数据 | 1例严重SVALI患者的肝脏移植样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞分析 | Xenium | Xenium原位平台用于单细胞空间转录组学分析 |
| 6575 | 2025-10-06 |
Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma
2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16985
PMID:40296254
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研究论文 | 通过整合机器学习算法和单细胞测序分析,揭示了结肠腺癌中胞葬作用相关的分子亚型和预后评分系统 | 首次系统鉴定结肠腺癌中胞葬作用相关基因并建立预后评分模型,结合单细胞测序验证关键基因TIMP1的功能 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步临床验证 | 探索胞葬作用相关基因在结肠腺癌中的预后价值和治疗意义 | 结肠腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 结肠癌 | 单细胞测序,多组学整合分析,体外功能实验 | 机器学习算法 | 多组学数据,单细胞测序数据 | 162个胞葬作用相关基因,22个在结肠腺癌中异常表达 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6576 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection
2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504840
PMID:40598825
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间IFNγ-IL8信号通路诱导的保守性抗菌中性粒细胞状态 | 首次在尼罗罗非鱼模型中系统描绘了细菌感染期间的免疫细胞动态,并发现IFNγ-IL8信号通路在脊椎动物中的保守性机制 | 研究主要基于鱼类模型,在人类中的验证仍需进一步研究 | 探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化和调控机制 | 尼罗罗非鱼的头肾和脾脏免疫细胞 | 单细胞组学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 113,356个单免疫细胞,涵盖多个感染时间点(0,1,5,10,75天感染后和3天再感染后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6577 | 2025-10-06 |
CD38 ligation in sepsis promotes nicotinamide phosphoribosyltransferase-mediated IL-6 production in kidney stromal cells
2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfae269
PMID:39568061
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研究论文 | 本研究通过单细胞和单核RNA测序技术揭示了CD38连接在脓毒症中通过NAMPT信号通路促进肾脏基质细胞产生IL-6的机制 | 首次发现CD38连接通过NAMPT信号通路诱导肾脏基质细胞产生IL-6,并证实该信号通路在小鼠和人类脓毒症中具有保守性 | 研究主要基于LPS诱导的脓毒症模型,需要在其他脓毒症模型中进一步验证 | 阐明CD38连接在脓毒症中的作用机制并寻找新的治疗靶点 | 小鼠腹膜免疫细胞、肾脏组织以及人类脓毒症组织 | 单细胞测序分析 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单核RNA测序(snRNA-seq)、组织学分析 | LPS诱导的脓毒症小鼠模型 | RNA测序数据、组织学数据 | 小鼠模型和人类脓毒症组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
| 6578 | 2025-10-06 |
Molecular mechanisms of diquat-induced brain injury: Insights from network toxicology and single-cell RNA sequencing
2025-Jun-30, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118597
PMID:40592154
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术,探讨了敌草快诱导脑损伤的分子机制 | 首次结合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术系统研究敌草快脑毒性机制,识别出五个核心靶点并验证其结合亲和力 | 研究主要基于数据库预测和计算分析,缺乏实验验证 | 阐明敌草快诱导脑损伤的分子机制 | 敌草快靶向基因和脑损伤相关基因 | 生物信息学 | 脑损伤 | 网络毒理学, 单细胞RNA测序, 分子对接 | PPI网络分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6579 | 2025-10-06 |
Targeting Annexin A2 to reactivate tumor-associated antigens presentation and relieve immune tolerance in liver cancer
2025-Jun-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011716
PMID:40571481
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研究论文 | 本研究通过靶向膜联蛋白A2恢复肿瘤相关抗原呈递并改善肝癌免疫耐受 | 首次揭示膜联蛋白A2通过结合HSP90调控肿瘤相关抗原呈递的分子机制,并证明其可作为癌症免疫治疗的新靶点 | 研究主要聚焦于肝癌模型,在其他癌症类型中的普适性需进一步验证 | 探索肿瘤细胞通过调控抗原呈递逃逸免疫监视的分子机制及干预策略 | 肝癌细胞、CD8+ T细胞、原发性和原位移植肝癌模型 | 癌症免疫学 | 肝癌 | CRISPR-Cas9基因敲除、单细胞测序、免疫共沉淀-液相色谱-串联质谱联用 | NA | 单细胞测序数据、质谱数据、细胞实验数据 | 多种肝癌模型(化学诱导、遗传诱导、原位移植) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6580 | 2025-10-06 |
Cell-specific nanoengineering strategy to disrupt tolerogenic signaling from myeloid-derived suppressor cells and invigorate antitumor immunity in pancreatic cancer
2025-Jun-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04096-y
PMID:40549154
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研究论文 | 开发了一种针对胰腺癌中PMN-MDSCs的细胞特异性纳米工程策略,通过CXCR2靶向纳米颗粒递送JAK2/STAT3抑制剂,破坏免疫抑制信号并增强抗肿瘤免疫 | 首次开发了CXCR2靶向纳米颗粒,能够特异性靶向PMN-MDSCs而不影响中性粒细胞存活,避免了传统系统性抑制导致的粒细胞缺乏症 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 克服胰腺癌中髓源性抑制细胞介导的免疫抑制,增强抗肿瘤免疫反应 | 胰腺导管腺癌(PDAC)中的多形核髓源性抑制细胞(PMN-MDSCs) | 癌症免疫治疗 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,纳米工程技术 | NA | 基因表达数据,细胞成像数据,体内治疗效果数据 | 人类和小鼠PDAC样本,治疗初治PDAC患者外周血细胞,KPC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |