单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6541	2025-04-12	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Delineate the Microstructure and Immune Landscape of Intrahepatic Cholangiocarcinoma in the Leading-Edge Area 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412740 PMID:39716897	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组分析，描绘了肝内胆管癌前沿区域的微结构和免疫景观	揭示了肝内胆管癌前沿区域肿瘤细胞与免疫微环境的相互作用，特别是发现了由CD8+ T细胞、SPP1+巨噬细胞和POSTN+癌症相关成纤维细胞组成的独特'三联结构'	样本量较小（仅9例患者），且仅关注了肝内胆管癌的前沿区域	探索肝内胆管癌前沿区域的肿瘤细胞特征及其与免疫微环境的相互作用	肝内胆管癌患者的肿瘤核心、邻近非肿瘤组织和前沿区域	数字病理学	肝内胆管癌	scRNA-seq, 空间转录组分析	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	9例肝内胆管癌患者
6542	2025-04-12	Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans 2025-Jan-08, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae167 PMID:39693264	综述	本文概述了用于秀丽隐杆线虫基因表达检测的方法，包括原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序以及高通量蛋白质组学	总结了近年来基因表达检测新技术的发展，提供了选择这些技术的重要考虑因素和公开可用的基因表达数据资源	未提及具体实验数据或新技术的详细验证结果	理解发育过程并研究基因和环境扰动下的生物反应	秀丽隐杆线虫的基因表达	基因表达分析	NA	原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序、高通量蛋白质组学	NA	基因表达数据	NA
6543	2025-04-12	Integrating single-cell sequencing and clinical insights to explore malignant transformation in odontogenic keratocyst 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.027 PMID:40206344	研究论文	通过整合单细胞测序和临床数据，探索牙源性角化囊肿恶性转化的机制	首次在COKC中鉴定出两个特异性上皮亚群，揭示了它们在OKC癌变中的关键作用，并发现成纤维细胞和巨噬细胞的表型转变可能与癌变过程相关	样本量较小（仅3例COKC样本），且未明确验证MAST4在淋巴转移中的调控机制	阐明牙源性角化囊肿(OKC)恶性转化为癌性牙源性角化囊肿(COKC)的分子机制和临床特征	3例COKC患者的肿瘤样本及公共OKC数据集	数字病理学	牙源性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据、临床数据、影像学数据、组织病理学数据	3例COKC样本+公共OKC数据集（共22,509个单细胞）
6544	2025-04-12	Integrating multi-omics and machine learning methods reveals the metabolism of amino acids and derivatives-related signature in colorectal cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1565090 PMID:40206583	research paper	本研究整合多组学和机器学习方法，揭示了氨基酸及其衍生物代谢（MAAD）在结直肠癌（CRC）中的关键作用，并识别了潜在的治疗靶点	整合了批量转录组和单细胞转录组数据，结合多种机器学习方法构建预后模型，并实验验证了关键基因LSM8的作用	未明确提及样本量或数据来源的具体限制	探索MAAD在结直肠癌进展中的作用，识别潜在治疗靶点	结直肠癌（CRC）相关的氨基酸及其衍生物代谢（MAAD）基因	machine learning	colorectal cancer	bulk transcriptome, single-cell transcriptome, machine learning	NA	transcriptome data	NA
6545	2025-04-12	Identification of FDFT1 and PGRMC1 as New Biomarkers in Nonalcoholic Steatohepatitis (NASH)-Related Hepatocellular Carcinoma by Deep Learning 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S505752 PMID:40206734	研究论文	本研究通过深度学习等方法识别了FDFT1和PGRMC1作为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)相关肝细胞癌的新生物标志物	首次结合深度学习、WGCNA和PPI网络分析筛选出FDFT1和PGRMC1作为NASH相关HCC的新型生物标志物	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探索NASH相关肝细胞癌的新型生物标志物	非酒精性脂肪肝(NAFLD)和NASH相关肝细胞癌	数字病理学	肝细胞癌	深度学习、WGCNA、PPI网络分析、实时定量PCR	深度学习神经网络	基因组数据	NAFLD小鼠模型
6546	2025-04-12	Neutrophils in Rheumatoid Arthritis Synovium: Implications on Disease Activity and Inflammation State 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503144 PMID:40206809	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）滑膜中中性粒细胞的存在与疾病活动性和炎症状态的关系	揭示了中性粒细胞在RA滑膜炎中的特定作用，尤其是在疾病活动性和治疗反应方面的关联	样本量较小（55例患者），且为回顾性研究	研究中性粒细胞在RA滑膜炎中的病理作用及其与临床表型的关系	55例RA患者的滑膜组织和临床数据	风湿病学	类风湿性关节炎	H&E染色和单细胞RNA测序	NA	组织病理学数据和临床数据	55例RA患者
6547	2025-04-12	Prognostic and immunotherapeutic potential of disulfidptosis-associated signature in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1568976 PMID:40207217	研究论文	本研究通过整合多种数据集和生物信息学工具，探讨了二硫键凋亡在胰腺导管腺癌中的意义，并建立了一个8基因的预后特征	首次在胰腺导管腺癌中研究二硫键凋亡的意义，并建立了一个新的预后特征模型，能够预测免疫检查点阻断的敏感性	研究样本量相对较小（20对PDAC样本），需要更大规模的验证	阐明二硫键凋亡在胰腺导管腺癌中的预后和免疫治疗潜力	胰腺导管腺癌(PDAC)	数字病理学	胰腺癌	RNA测序、单细胞转录组分析、空间转录组分析	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、微阵列数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	20对PDAC样本及邻近正常组织
6548	2025-04-12	Integrating machine learning and multi-omics analysis to reveal nucleotide metabolism-related immune genes and their functional validation in ischemic stroke 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561544 PMID:40207230	研究论文	本研究通过整合机器学习和多组学分析，揭示了与缺血性卒中相关的核苷酸代谢相关免疫基因，并进行了功能验证	首次整合机器学习和多组学分析，识别出CFL1、HMCES和GIMAP1作为缺血性卒中的潜在生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开数据库的基因表达数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索与缺血性卒中相关的核苷酸代谢相关基因及其在疾病机制中的作用，以开发新的诊断和治疗策略	缺血性卒中患者的基因表达数据和核苷酸代谢相关基因	机器学习	缺血性卒中	加权基因共表达网络分析(WGCNA)、LASSO回归、SVM-RFE、随机森林算法、CIBERSORT、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接	LASSO、SVM-RFE、Random Forest	基因表达数据	NA
6549	2025-04-11	Integrated bioinformatics analysis to develop diagnostic models for malignant transformation of chronic proliferative diseases 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000226 PMID:40201199	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，开发了用于慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型	整合PV和AML的公共数据集，识别差异表达基因并构建加权相关网络，开发诊断模型，并通过临床样本验证基因表达	慢性疾病转化的长期性使得PV患者AML转化前后的纵向高通量测序研究复杂化	开发慢性增殖性疾病恶性转化的诊断模型，解决早期检测和干预的挑战	PV和AML患者	生物信息学	白血病	RNA-seq, scRNA-seq, cMAP, 分子对接	机器学习算法	基因表达数据	NA
6550	2025-04-11	Regulatory T Cell Infiltration-Driven Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies SAP18 as a Prognostic Marker for Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Apr-10, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01174-3 PMID:40208395	研究论文	通过整合GEO来源的批量RNA测序数据和单细胞转录组数据，开发了一个预后模型，并验证了SAP18作为食管鳞状细胞癌预后标志物的潜力	首次通过单细胞转录组分析揭示了Tregs在食管鳞状细胞癌免疫抑制微环境中的关键作用，并鉴定了SAP18作为新的预后标志物和治疗靶点	研究样本量可能有限，且需要在更大规模的临床队列中进一步验证模型的预测能力	探索Tregs在食管鳞状细胞癌免疫微环境中的作用，并开发预后预测模型	食管鳞状细胞癌患者样本和细胞系	数字病理学	食管鳞状细胞癌	RNA测序、单细胞转录组分析、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、CCK8、Transwell侵袭实验、划痕实验、集落形成实验、免疫荧光	预后预测模型	转录组数据、临床数据	未明确说明具体样本数量，但使用了GEO数据库数据和临床标本
6551	2025-04-11	Comprehensive bioinformatics analysis identified HMGB3 as a promising immunotherapy target for glioblastoma multiforme 2025-Apr-07, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02235-6 PMID:40192954	研究论文	通过综合生物信息学分析，确定HMGB3作为多形性胶质母细胞瘤（GBM）的潜在免疫治疗靶点	首次将HMGB3识别为GBM中具有异质性和免疫抑制特性的分子，并探讨其作为精准治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索GBM发展的分子机制并寻找相关预后生物标志物	多形性胶质母细胞瘤（GBM）	生物信息学	多形性胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，批量RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
6552	2025-04-11	Integrating multi-omics data reveals the antitumor role and clinical benefits of gamma-delta T cells in triple-negative breast cancer 2025-Apr-07, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14029-8 PMID:40197136	research paper	该研究通过整合多组学数据，揭示了γδ T细胞在三阴性乳腺癌中的抗肿瘤作用及其临床益处	首次全面评估γδ T细胞在乳腺癌中的作用，并建立了基于MRI的放射组学模型来预测γδ T细胞丰度	研究结果主要针对三阴性乳腺癌，对其他乳腺癌亚型的适用性尚不明确	探究γδ T细胞在乳腺癌中的作用及其临床价值	三阴性乳腺癌患者及其γδ T细胞	digital pathology	breast cancer	bulk and single-cell sequencing, radiomics, MRI, genomic analysis, immunohistochemistry	radiomic model	genomic data, imaging data, clinical data	未明确提及具体样本数量
6553	2025-04-11	CXCL12/CXCR4 axis mediates CD8 + T cell overactivation in the progression of viral myocarditis 2025-Apr-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06394-6 PMID:40186195	研究论文	本研究探讨了CXCL12/CXCR4轴在病毒性心肌炎中如何介导CD8+T细胞的过度激活	揭示了CXCL12/CXCR4轴在驱动CD8+T细胞反应中的新作用，并提出了该轴作为心肌炎治疗的新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化需进一步验证	探究病毒性心肌炎中CD8+T细胞过度激活的分子机制	儿童外周血单个核细胞及病毒性心肌炎小鼠模型	免疫学	心肌炎	单细胞RNA测序、细胞删除与过继转移、CXCR4阻断	病毒性心肌炎小鼠模型	RNA测序数据、细胞功能实验数据	未明确说明样本数量，涉及儿童外周血单个核细胞及小鼠模型
6554	2025-04-11	NAALAD2 mutations disrupt the fate of photoreceptor cells and retinal pigment epithelial cells during early retinal development 2025-Apr-02, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107724 PMID:40185296	研究论文	本文通过识别NAALAD2基因突变并利用小鼠模型，探讨了该突变与病理性近视发展的潜在联系	首次报道了NAALAD2基因突变与病理性近视的关联，并通过单细胞RNA测序揭示了突变对视网膜细胞组成和转录谱的影响	研究仅基于一个小鼠模型和一个中国家族，样本量有限	探讨NAALAD2基因突变与病理性近视发展的关系	NAALAD2基因突变小鼠模型和病理性近视患者家族	遗传学	近视	单细胞RNA测序	点突变敲入小鼠模型	基因表达数据	一个中国家族和相应的小鼠模型
6555	2025-04-11	S100A8/A9 innate immune signaling as a distinct mechanism driving progression of smoking-related breast cancers 2025-Apr, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03276-5 PMID:39856330	research paper	该研究揭示了S100A8/A9先天免疫信号作为吸烟相关乳腺癌进展的独特分子机制	发现了α7 nAChR-S100A8/A9-Syntaphilin免疫信号模块驱动尼古丁诱导的肿瘤进展，并将吸烟相关乳腺癌识别为一种独特的侵袭性亚型	研究主要关注吸烟相关乳腺癌，未涉及其他环境因素或遗传因素对乳腺癌进展的影响	探索吸烟如何通过先天免疫信号促进乳腺癌进展的分子机制	吸烟相关的乳腺癌细胞和患者样本	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包括乳腺癌细胞和患者样本
6556	2025-04-11	MiR-146a engineered extracellular vesicles derived from mesenchymal stromal cells more potently attenuate ischaemia-reperfusion injury in lung transplantation 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70298 PMID:40195092	研究论文	研究通过雾化递送工程化的人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡（hucMSC-EVs）来减轻大鼠肺移植模型中的缺血再灌注损伤（IRI）	使用miR-146a修饰的hucMSC-EVs通过抑制NLRP3炎症小体激活来减轻IRI，并通过雾化递送实现非侵入性治疗	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	探索减轻肺移植中缺血再灌注损伤的新方法	大鼠肺移植模型和细胞冷保存再灌注模型	数字病理	肺移植相关疾病	Bulk-RNA测序、单细胞测序分析、免疫荧光和Western blot	大鼠原位肺移植模型	基因表达数据和蛋白质数据	NA
6557	2025-04-11	A Krüppel-like factor establishes cellular heterogeneity during schistosome tegumental maintenance 2025-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013002 PMID:40153400	研究论文	本研究探讨了Krüppel样因子4（klf4）在血吸虫皮层细胞异质性建立中的作用	首次揭示了klf4在血吸虫皮层相关细胞谱系（TRL）维持中的关键作用，及其对皮层细胞分子特性的精细调控	未完全阐明klf4下游调控网络的具体机制	解析血吸虫长期存活于宿主血液中的分子机制	曼氏血吸虫的皮层细胞及其前体细胞	寄生虫学	血吸虫病	RNA干扰（RNAi）、单细胞RNA测序（scRNAseq）和批量RNA测序（bulk RNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
6558	2025-04-11	Modulation of cell fate by shock wave therapy in ischaemic heart disease 2025-Mar, European heart journal open DOI:10.1093/ehjopen/oeaf011 PMID:40201592	研究论文	研究探讨了心脏冲击波疗法（SWT）通过激活Toll样受体3（TLR3）促进心脏成纤维细胞向内皮细胞转分化，从而改善缺血性心肌病患者的左心室功能	首次揭示了SWT通过机械刺激激活TLR3信号通路，促进成纤维细胞向内皮细胞的转分化，并改善了心肌灌注和功能	研究主要基于体外实验和转基因小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究SWT如何通过TLR3激活改善缺血性心肌病的心功能	人类心脏成纤维细胞和转基因小鼠模型	心血管疾病	缺血性心肌病	单细胞RNA测序、RNA轨迹分析、染色质可及性测序（ATAC-seq）	转基因小鼠模型（Fsp1-Cre/LacZ）	RNA测序数据、染色质可及性数据	人类心脏成纤维细胞和转基因小鼠模型
6559	2025-04-11	Integrating mitochondrial and lysosomal gene analysis for breast cancer prognosis using machine learning 2025-01-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86970-4 PMID:39865118	research paper	该研究通过整合线粒体和溶酶体基因分析，利用机器学习开发预测模型，以改善乳腺癌患者的预后分层和个性化干预	首次结合线粒体和溶酶体共调控因子构建机器学习模型，并发现B细胞免疫浸润减少与mlMSGs活性增加是影响预后的关键因素	研究样本量未明确说明，且模型需进一步临床验证	开发乳腺癌预后预测模型并探索免疫微环境特征	乳腺癌患者及其相关基因数据	machine learning	breast cancer	scRNA-seq, CNV分析, SNPs分析, WGCNA, Cox回归	coxboost + Survivor-SVM	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	NA
6560	2025-04-11	The Role of Zuo Jin Wan in Modulating the Tumor Microenvironment of Colorectal Cancer 2025, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073281374231228041841 PMID:38284730	研究论文	探讨左金丸在调节结直肠癌肿瘤微环境中的作用	首次研究左金丸在结直肠癌免疫调节中的作用，揭示其通过调节多种细胞类型及下调TIMP1和MTDH表达来影响肿瘤微环境	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索左金丸对结直肠癌免疫微环境的调节作用	结直肠癌细胞、免疫细胞（T细胞、B细胞、肥大细胞等）及基质细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR	NA	基因表达数据	基于已发表研究的单细胞RNA测序数据（PMID: 32451460, 32103181, 32561858）