单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6501	2025-04-13	Human Pituitary Organoids: Transcriptional Landscape Deciphered by scRNA-Seq and Stereo-Seq, with Insights into SOX3's Role in Pituitary Development 2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414230 PMID:39951008	研究论文	本研究通过优化培养条件和应用scRNA-seq和Stereo-seq技术，揭示了人类垂体类器官的细胞组成、细胞间相互作用和空间分布，并探讨了SOX3基因在垂体发育中的作用	首次在垂体类器官中应用scRNA-seq和Stereo-seq技术，揭示了其转录组景观和空间信息，并发现SOX3基因干扰会影响iPSCs向垂体类器官的分化	该技术仍处于起步阶段，对于垂体类器官的细胞组成和相互作用的理解仍有不确定性	研究人类垂体类器官的细胞组成、细胞间相互作用和空间分布，并探索SOX3基因在垂体发育中的作用	人类垂体类器官	数字病理学	垂体疾病	scRNA-seq, Stereo-seq	3D类器官模型	转录组数据	NA
6502	2025-04-13	Local genetic covariance analysis with lipid traits identifies novel loci for early-onset Alzheimer's Disease 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011631 PMID:40096060	研究论文	本研究通过基因组多性状遗传协方差分析，探讨早发性阿尔茨海默病（EOAD）与脂质通路的共享遗传性	首次使用SUPERGNOVA方法进行局部遗传协方差分析，识别出EOAD与脂质性状之间的共享遗传架构和机制通路	样本量虽大但EOAD病例相对较少，可能影响统计功效	揭示EOAD与脂质代谢的遗传关联	早发性阿尔茨海默病患者（n=19,668）和血脂性状人群（n=1,320,016）	遗传学	阿尔茨海默病	GWAS meta分析、SUPERGNOVA协方差分析、eQTL共定位分析、单细胞RNA测序	SUPERGNOVA	基因组数据	EOAD样本19,668例，血脂样本1,320,016例
6503	2025-04-13	Loss of mucin 2 and MHC II molecules causes rare resistance to murine RV infection 2025-Feb-25, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01507-24 PMID:39727412	研究论文	研究发现MUC2和MHC II分子的缺失导致小鼠对轮状病毒感染的罕见抗性	揭示了分泌细胞产物与MHC II表达之间先前未被认识的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究分泌细胞在轮状病毒感染中的作用	Atoh1敲除小鼠和野生型小鼠	病理学	肠道感染	单细胞RNA测序	Atoh1敲除小鼠模型	基因表达数据	Atoh1敲除小鼠和野生型小鼠
6504	2025-04-13	Dynamic regulation of Rgs16 and its correlation with Neuregulin1 expression in acute and chronic nerve injury 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1540453 PMID:40213396	研究论文	研究Rgs16在急性和慢性神经损伤中的动态调控及其与Neuregulin1表达的相关性	揭示了Rgs16在神经损伤后的动态表达模式及其与Neuregulin1的潜在反馈机制	需要进一步研究以明确Rgs16的具体功能	探究Rgs16在周围神经系统（PNS）损伤中的作用	小鼠和大鼠的坐骨神经和正中神经	神经科学	周围神经病变	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	野生型和CMT1A转基因大鼠的坐骨神经
6505	2025-04-13	Pan-cancer analysis reveals MTTP as a prognostic and immunotherapeutic biomarker in human tumors 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549965 PMID:40213543	research paper	该研究通过泛癌分析揭示了MTTP作为人类肿瘤预后和免疫治疗生物标志物的潜力	首次全面评估MTTP在多种癌症中的表达及其与免疫微环境和铁死亡的关系	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于胃癌细胞	探索MTTP在肿瘤中的预后价值和免疫治疗潜力	人类多种肿瘤类型和胃癌细胞系	肿瘤免疫学	泛癌研究（重点胃癌）	生物信息学分析（TIMER 2.0、GEPIA等）、单细胞测序、体外和体内实验	NA	RNA-seq数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的泛癌数据及胃癌细胞实验
6506	2025-04-13	An anti-FAP-scFv-functionalized exosome-carrying hydrogel delivers SKI mRNA to fibrotic nucleus pulposus cells to alleviate intervertebral disc degeneration by regulating FOXO3 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107776 PMID:40213661	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用及机制，并开发了一种靶向递送SKI mRNA的Gel@EX系统以缓解椎间盘退变	开发了一种pH响应的外泌体/水凝胶系统Gel@EX，用于靶向递送SKI mRNA至表达FAP的纤维化髓核细胞，并通过调控FOXO3抑制TGF-β信号通路	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用机制，并开发新的治疗策略	纤维化髓核细胞（NPC）和椎间盘退变（IVDD）	生物医学工程	椎间盘退变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、共免疫沉淀	大鼠模型	RNA测序数据、分子相互作用数据	未明确说明具体样本数量，但涉及大鼠模型和HEK-293T细胞
6507	2025-04-13	Hepatic stellate cell-derived microfibrillar-associated protein 2 prevents liver fibrosis by regulating extracellular matrix and inflammation 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109771 PMID:40213670	研究论文	研究探讨了微纤维相关蛋白2（MFAP-2）在肝纤维化中的作用及其机制	揭示了HSC来源的MFAP-2在肝纤维化中的保护作用及其通过调节ECM和炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MFAP-2在肝纤维化进程和消退中的作用	肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化小鼠模型	肝病研究	肝纤维化	组织芯片、小鼠模型、RNA测序（bulk和scRNA-seq）、蛋白质组学	小鼠肝纤维化模型（CCl4注射和胆管结扎）	基因表达数据、蛋白质数据	人类组织芯片和小鼠模型
6508	2025-04-13	A distinct subgroup with Schwann-like differentiation presents immune resistance and poor prognosis in plantar melanoma 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99526 PMID:40213656	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了足底黑色素瘤中一个具有雪旺细胞样分化的亚群，该亚群与免疫抵抗和不良预后相关	首次揭示了足底黑色素瘤向雪旺细胞样分化的独特进化轨迹，并发现该过程受特定转录因子调控，导致免疫耐受和淋巴结转移倾向增加	样本量相对有限（20例足底黑色素瘤和6例正常样本），且机制研究有待进一步深入	探究足底黑色素瘤的肿瘤异质性、细胞亚群进化及其对免疫环境和预后的影响	足底黑色素瘤患者肿瘤组织	digital pathology	melanoma	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, multiplex immunohistochemistry (mIHC), single-cell multiomics analysis	NA	single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomics data, bulk RNA sequencing data	20例足底黑色素瘤样本和6例正常样本（单细胞分析），68例黑色素瘤患者（批量RNA测序分析）
6509	2025-04-12	Transcriptome analysis reveals the potential role of neural factor EN1 for long-terms survival in estrogen receptor-independent breast cancer 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200965 PMID:40207200	研究论文	通过转录组分析揭示神经因子EN1在雌激素受体阴性乳腺癌长期生存中的潜在作用	发现神经相关通路在TNBC患者10年无复发生存中的差异富集，并开发了早期复发指数（ERI）及预测模型	研究主要基于回顾性数据，需要进一步实验验证EN1的功能机制	探索雌激素受体阴性乳腺癌复发相关的生物标志物和生物学过程	155名TNBC患者的285个癌及癌旁样本，以及7,449名乳腺癌患者的11个独立公共队列数据和26个单细胞RNA-seq数据集	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	转录组数据	155名TNBC患者（285个样本）+ 7,449名乳腺癌患者（公共数据）
6510	2025-04-12	Potential Crosstalk Between ANXA1+ Epithelial Cells and FABP4+ TAM Cells of Ferroptosis-Related Molecular Clusters Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-May, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23899 PMID:40040274	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关分子簇在非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其对免疫抑制微环境的影响	首次揭示了ANXA1+上皮细胞和FABP4+ TAM细胞亚群通过铁死亡相关分子簇促进NSCLC免疫抑制微环境的机制，并建立了基于这些分子簇的新型预后标志物和治疗靶点	研究样本量相对较小（n=18），且需要进一步实验验证ANXA1和FABP4作为生物标志物的临床适用性	探究铁死亡如何通过重塑肿瘤微环境影响非小细胞肺癌的进展	非小细胞肺癌肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤生物学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险评分模型	单细胞转录组数据	85,562个细胞（来自18个样本）
6511	2025-04-12	Interleukin-11 expressed in the polyp-enriched fibroblast subset is a potential therapeutic target in Peutz-Jeghers syndrome 2025-May, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6408 PMID:40070038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了Peutz-Jeghers综合征（PJS）息肉中富集的成纤维细胞亚群，并发现白细胞介素-11（IL-11）是其关键调控因子及潜在治疗靶点	首次鉴定出PJS息肉中富集的成纤维细胞亚群（pCTF），并揭示IL-11在成纤维细胞重编程中的核心作用，提出IL-11中和抗体作为新型治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究PJS息肉形成的细胞机制并寻找治疗靶点	Peutz-Jeghers综合征（PJS）患者和小鼠模型的胃肠道息肉	数字病理学	胃肠道息肉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Foxl1-Cre介导的Stk11条件性敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	PJS小鼠模型息肉及患者息肉样本（具体数量未明确说明）
6512	2025-04-12	Differential expression of endothelial derived galectins in response to shear stress 2025-Apr-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114521 PMID:40107440	研究论文	研究探讨了剪切应力对内皮细胞中半乳糖凝集素表达的调控作用及其在血管疾病中的潜在治疗意义	首次揭示了剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控机制，并发现不同剪切应力环境下半乳糖凝集素表达的变化	研究主要基于体外细胞实验和公开数据集，缺乏更多体内实验验证	探究剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控及其在血管疾病中的作用	人脐静脉内皮细胞(HUVEC)和人动脉内皮细胞(HAEC)	血管生物学	心血管疾病	qPCR、免疫荧光成像、ELISA、scRNAseq	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	公开数据集及培养的内皮细胞样本
6513	2025-04-12	GOLM1 Promotes Atherogenesis by Activating Macrophage EGFR-ERK Signaling Cascade 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325880 PMID:40026146	研究论文	本研究探讨了GOLM1在动脉粥样硬化中的作用及其机制	揭示了GOLM1通过激活巨噬细胞EGFR-ERK信号通路促进动脉粥样硬化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究GOLM1在动脉粥样硬化中的功能及治疗潜力	动脉粥样硬化患者和小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫染色、ELISA、单细胞测序分析、全局磷酸化蛋白质组学分析	Apoe-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	人类动脉粥样硬化病变基因表达数据集和小鼠模型
6514	2025-04-12	March2 Alleviates Aortic Aneurysm/Dissection by Regulating PKM2 Polymerization 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325049 PMID:40079144	research paper	该研究揭示了E3泛素连接酶March2通过调节PKM2聚合来缓解主动脉瘤/夹层(AAD)的机制	首次发现March2通过促进PKM2的K33连接多聚泛素化来抑制血管平滑肌细胞凋亡，从而缓解AAD	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究March2在主动脉瘤/夹层(AAD)中的保护作用机制	人类AAD组织样本和基因工程小鼠模型	心血管疾病	主动脉瘤/夹层	单细胞RNA测序、CUT&Tag、qPCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAD组织样本和多种基因工程小鼠
6515	2025-04-12	Multimodal glioma immunotherapy combining TLR9-targeted STAT3 antisense oligodeoxynucleotides with PD1 immune checkpoint blockade 2025-Apr-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf099 PMID:40214214	研究论文	该研究描述了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸（CpG-STAT3dsASO），用于靶向人类/小鼠胶质瘤细胞和GAMs，但不影响T细胞，结合PD1免疫检查点阻断治疗胶质母细胞瘤	开发了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸，选择性靶向胶质瘤细胞和GAMs，避免了单链寡核苷酸的神经毒性，并与PD1阻断联合治疗显著提高了治疗效果	CpG-STAT3dsASO单药治疗未能达到治愈效果，仅招募了数量有限且大多耗竭的效应CD8+ T细胞	探索胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法，克服其治疗抵抗性	人类U251胶质母细胞瘤异种移植模型、小鼠GL261和神经细胞来源的QPP8胶质瘤模型	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	STAT3反义寡核苷酸技术、PD1免疫检查点阻断、空间转录组学	NA	NA	免疫正常或免疫缺陷小鼠
6516	2025-04-12	Lost in translation: conserved amino acid usage despite extreme codon bias in foraminifera 2025-Apr-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03916-24 PMID:40042280	研究论文	通过单细胞转录组学和系统基因组学方法，探讨了有孔虫的密码子使用模式，揭示了在极端GC压力下氨基酸使用的保守性	在有孔虫这一古老且多样化的微真核生物类群中，发现了极端变异的核苷酸组成与高度保守的氨基酸使用模式之间的悖论	研究对象主要限于不可培养的有孔虫类群，可能无法完全代表其他真核生物的进化模式	探索真核生物基因组进化模式，特别是密码子使用与氨基酸选择之间的权衡关系	有孔虫（Foraminifera）这一单细胞真核生物类群	基因组学	NA	单细胞转录组学、系统基因组学	NA	转录组数据	49个个体（代表28个属）的1,044个基因家族数据
6517	2025-04-12	Generation of induced alveolar assembloids with functional alveolar-like macrophages 2025-Apr-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58450-w PMID:40199883	research paper	开发了一种结合人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞的共培养系统，创建了功能性诱导肺泡组装体	首次创建了功能性诱导肺泡组装体，用于研究人类肺部发育、免疫和疾病	未提及具体的样本量或实验重复次数，可能影响结果的普遍性	研究肺泡上皮细胞与巨噬细胞之间的相互作用及其在肺部健康和疾病中的作用	人类多能干细胞衍生的肺泡上皮类器官和诱导巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	single-cell RNA sequencing	organoids	RNA-seq	NA
6518	2025-04-12	Single-cell atlas of endothelial and mural cells across primary and metastatic brain tumors 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.022 PMID:40107274	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，全面分析了非肿瘤脑组织、IDH突变低级别胶质瘤、IDH野生型高级别胶质母细胞瘤（GBMs）以及来自不同原发肿瘤的脑转移瘤（BrMs）中两种主要的血脑屏障细胞类型：内皮细胞和周细胞	揭示了GBMs和BrMs中肿瘤血管系统的显著差异，特别是BrM血管显示出更高的通透性和与不同免疫细胞群更广泛的相互作用	研究主要集中在内皮细胞和周细胞，可能忽略了其他血管相关细胞类型的作用	理解脑肿瘤特异性血管特征，为开发针对血管和免疫的疗法提供基础	非肿瘤脑组织、IDH突变低级别胶质瘤、IDH野生型高级别胶质母细胞瘤（GBMs）和脑转移瘤（BrMs）	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间分析	NA	RNA测序数据	多种脑肿瘤样本（具体数量未明确说明）
6519	2025-04-12	Lipid metabolism analysis reveals that DGAT1 regulates Th17 survival by controlling lipid peroxidation in uveitis 2025-Apr-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184072 PMID:40197365	研究论文	本研究通过分析实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠的scRNA-Seq数据，揭示了DGAT1通过调控脂质过氧化影响Th17细胞存活的机制	首次发现DGAT1通过控制脂质过氧化调节Th17细胞存活，并验证其在人类VKH疾病中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步人体临床试验验证	阐明Th17细胞存活的调控机制，探索葡萄膜炎治疗新靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎(EAU)小鼠和VKH患者的CD4+ T细胞	免疫代谢	葡萄膜炎	scRNA-Seq	NA	RNA测序数据	EAU小鼠和VKH患者的CD4+ T细胞
6520	2025-04-12	Unique and shared transcriptomic signatures underlying localized scleroderma pathogenesis identified using interpretable machine learning 2025-Apr-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185758 PMID:40197368	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，结合可解释的机器学习方法SLIDE，揭示了局限性硬皮病（LS）在成人和儿童患者中的独特及共享的转录组特征	首次应用可解释的机器学习框架SLIDE分析LS的单细胞转录组数据，揭示了年龄和疾病严重程度相关的细胞类型特异性决定因素，以及LS与系统性硬化症（SSc）共享的信号机制	样本量未明确说明，可能限制结果的广泛适用性	探究局限性硬皮病（LS）的发病机制及炎症驱动的纤维化过程中的细胞内在和外在特征	成人和儿童局限性硬皮病患者及健康对照	机器学习	局限性硬皮病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	SLIDE（可解释的潜在因子回归框架）	转录组数据	NA