单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6441	2025-04-15	PANoptosis-related gene biomarkers in aortic dissection 2025-Jun, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110385 PMID:40086567	研究论文	该研究探讨了PANoptosis相关基因在主动脉夹层中的作用，并鉴定了关键基因	首次在单细胞水平评估主动脉夹层中VSMCs的PANoptosis水平，并鉴定了19个PANoptosis相关差异表达基因	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	阐明PANoptosis在主动脉夹层发病机制中的作用	血管平滑肌细胞(VSMCs)和主动脉夹层组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序，加权基因共表达网络分析	NA	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE213740, GSE153434等)和患者/小鼠主动脉组织
6442	2025-04-15	Reevaluating the role of Pou3f1 in striatal development: Evidence from transgenic mouse models 2025-May, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111302 PMID:40088991	research paper	本研究通过转基因小鼠模型重新评估了Pou3f1在纹状体发育中的作用	挑战了基于人类数据的计算机预测，发现Pou3f1缺失并不显著影响MSNs的数量或亚型组成	不能完全排除Pou3f1在纹状体发育其他方面的潜在作用	重新评估Pou3f1在纹状体发育中的角色	转基因小鼠模型中的纹状体和中等多棘神经元(MSNs)	神经生物学	NA	条件性敲除(cko)技术	转基因小鼠模型	基因表达数据	NA
6443	2025-04-15	Understanding the cellular and molecular heterogeneity in colorectal cancer through the use of single-cell RNA sequencing 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102374 PMID:40163910	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究结直肠癌的细胞和分子异质性	使用单细胞RNA测序技术深入解析结直肠癌的肿瘤微环境，发现新的B细胞亚型及其在免疫调节中的作用，并构建预测模型用于患者生存结果分类	样本量相对较小（51,204个细胞），且仅针对结直肠癌，结果可能不适用于其他癌症类型	揭示结直肠癌的细胞和分子异质性，为靶向治疗和个体化医疗提供新思路	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	predictive model	RNA-seq data	51,204个细胞
6444	2025-04-15	TriDeNT : Triple deep network training for privileged knowledge distillation in histopathology 2025-May, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2025.103479 PMID:40174325	研究论文	提出了一种名为TriDeNT的新型自监督方法，用于利用推理时不可用的特权数据来提高计算病理学模型的性能	TriDeNT是一种创新的自监督方法，能够利用推理阶段不可获取的特权数据（如额外的免疫组化染色和空间转录组学数据）来提升模型性能	未明确提及具体限制	提高计算病理学模型的性能，特别是在处理常规输入时	免疫组化、空间转录组学和专家核注释等多种配对数据	数字病理学	NA	自监督学习	TriDeNT（三重深度网络）	图像、空间转录组数据、专家注释	未明确提及具体样本量
6445	2025-04-15	Discovering genetically-supported drug targets for multisite chronic pain through multi-omics Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing 2025-Apr-19, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.02.038 PMID:39993665	研究论文	通过多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	结合多组学孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出KLC1和LANCL1作为多部位慢性疼痛的潜在药物靶点，并揭示了其作用机制	研究主要基于UK Biobank的数据，可能受到样本来源和数量的限制	发现多部位慢性疼痛的基因支持药物靶点	多部位慢性疼痛(MCP)患者	生物信息学	慢性疼痛	多组学孟德尔随机化、单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用分析	孟德尔随机化、贝叶斯共定位、转录组关联研究(TWAS)	基因表达数据、蛋白质丰度数据、单细胞测序数据	UK Biobank的汇总数据
6446	2025-04-15	Identification of a Novel Mitochondrial-Related Gene Signature for BMSCs in Osteoporosis Combining Single-Cell and Bulk Transcriptome Data 2025-Apr-13, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-025-11099-y PMID:40221950	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	结合单细胞和批量转录组数据，首次识别出与骨质疏松症相关的线粒体基因特征，并发现DUT基因在其中的关键作用	研究样本量有限，且仅针对骨髓间充质干细胞进行研究	识别骨质疏松症患者骨髓间充质干细胞中线粒体相关基因特征	骨质疏松症患者和健康个体的骨髓间充质干细胞	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序、批量转录组测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光	LASSO logistic回归、随机森林算法	转录组数据	GSE147287和GSE35956数据集中的样本
6447	2025-04-15	Identification of the disulfidptosis-related key gene CD2AP as a potential biomarker and new therapeutic target for LUAD patients by comprehensive multi-omics analysis 2025-Apr-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02308-6 PMID:40214854	research paper	该研究通过多组学分析探讨了CD2AP在肺腺癌（LUAD）中的功能及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	首次将CD2AP与新型细胞死亡机制disulfidptosis联系起来，并系统评估了其在LUAD中的临床意义及对肿瘤免疫微环境和药物敏感性的影响	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证和前瞻性临床研究数据	探索CD2AP在肺腺癌中的作用机制及其临床转化价值	肺腺癌患者样本及相关公共数据库数据	digital pathology	lung cancer	多组学分析（转录组学、甲基化分析、免疫浸润分析、空间转录组学）	NA	omics数据、临床数据	TCGA、GEO等公共数据库中的LUAD患者样本
6448	2025-04-15	Integrated single cell and bulk RNA sequencing analyses reveal the impact of tryptophan metabolism on prognosis and immunotherapy in colon cancer 2025-Apr-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85893-4 PMID:40216815	research paper	该研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了色氨酸代谢对结肠癌预后和免疫治疗的影响	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建色氨酸代谢风险评分模型，并评估其对免疫治疗反应的预测价值	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	分析色氨酸代谢特征对结肠癌预后和免疫治疗反应的影响	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	random forest	RNA sequencing data	473个肿瘤样本和41个正常组织样本（TCGA训练队列），902名癌症患者（多个GEO数据集验证队列）
6449	2025-04-15	Spatiotemporal transcriptomics reveals key gene regulation for grain yield and quality in wheat 2025-Apr-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03569-8 PMID:40217326	research paper	该研究通过时空转录组学揭示了小麦籽粒发育和品质调控的关键基因	首次在小麦籽粒早期发育阶段进行空间转录组学研究，鉴定出192个标记基因和关键转录因子TaABI3-B1	研究仅覆盖了授粉后4至12天的早期发育阶段，未涵盖整个籽粒发育过程	解析小麦籽粒发育和品质形成的分子调控机制	小麦籽粒早期发育阶段的细胞类型和基因表达	植物分子生物学	NA	空间转录组学，WGCNA分析	NA	转录组数据	授粉后4至12天的小麦籽粒样本
6450	2025-04-15	The crucial role of neutrophil extracellular traps and IL-17 signaling in indomethacin-induced gastric injury in mice 2025-Apr-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-95880-4 PMID:40204883	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）和IL-17信号在吲哚美辛诱导的小鼠胃损伤中的关键作用	揭示了NETs形成在吲哚美辛诱导胃损伤中的关键作用，并发现IL-17信号可能是NETs形成的关键细胞内机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究吲哚美辛诱导胃损伤的分子机制	小鼠胃黏膜损伤模型	病理学	胃溃疡	蛋白质组学分析、ELISA、免疫荧光、TEM、Western blot、实时PCR、scRNA-seq	小鼠胃损伤模型	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明小鼠数量，但涉及体外实验使用200µL、400µL和600µL吲哚美辛处理
6451	2025-04-15	Development of a fully human glioblastoma-in-brain-spheroid model for accelerated translational research 2025-Apr-04, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.03.055 PMID:40188875	研究论文	开发了一种全人源胶质母细胞瘤-脑球体模型hGliCS，用于加速转化研究	结合患者来源的GBM细胞和诱导多能干细胞来源的成熟人类皮质神经元，克服了现有模型系统的关键限制	NA	研究胶质母细胞瘤生物学和肿瘤-神经元相互作用	胶质母细胞瘤细胞和人类皮质神经元	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	hGliCS模型	基因表达数据	NA
6452	2025-04-15	Identification of BHLHE40-Expressing CD4+ T Cells Producing GM-CSF in Rheumatoid Arthritis 2025-Apr, International journal of rheumatic diseases IF:2.4Q2 DOI:10.1111/1756-185X.70219 PMID:40223427	research paper	该研究探讨了BHLHE40和CSF2在类风湿性关节炎(RA)患者CD4+ T细胞中的表达及其与疾病的关系	首次在IL-1富集的炎症部位研究了BHLHE40和CSF2在CD4+ T细胞中的表达，并发现这些基因在RA患者滑膜液中的表达显著增加	研究主要依赖于已有的公开数据库数据，缺乏实验验证	研究BHLHE40和CSF2基因在RA发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和健康对照者的外周血和滑膜液中的CD4+ T细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, RNA-seq, 微阵列数据分析	NA	基因表达数据	来自RA患者和健康对照者的外周血和滑膜液样本
6453	2025-04-15	Multi-Manifolds fusing hyperbolic graph network balanced by pareto optimization for identifying spatial domains of spatial transcriptomics 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf162 PMID:40220278	research paper	提出了一种基于多流形融合的双曲图网络方法MManiST，用于空间转录组学中的空间域识别	首次在空间转录组学中引入多流形融合和双曲神经网络，通过Pareto优化平衡多种重建损失	未明确说明方法在计算效率方面的表现	开发更有效的空间转录组学空间域识别方法	空间转录组学数据	computational biology	NA	spatial transcriptomics	hyperbolic graph network, attention mechanism	spatial transcriptomics data	multiple benchmark datasets
6454	2025-04-15	Cohesin rad21 mutation dysregulates erythropoiesis and granulopoiesis output within the whole kidney marrow of adult zebrafish 2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00657.2024 PMID:39548947	研究论文	研究cohesin复合体亚基rad21突变对成年斑马鱼肾脏骨髓中红细胞生成和粒细胞生成的影响	首次在成年斑马鱼模型中揭示了cohesin亚基rad21杂合突变对造血过程的转录调控紊乱和细胞输出改变	未观察到明显的造血细胞形态学异常，突变对造血系统的长期影响尚不明确	探究cohesin基因突变对造血系统发育和功能的影响	携带rad21杂合突变的成年斑马鱼肾脏骨髓造血系统	发育生物学	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	斑马鱼遗传模型	转录组数据	未明确说明样本量的突变型和野生型斑马鱼
6455	2025-04-14	Glomerular mesangial cells derived complement factor H regulates complement activation, influences cell proliferation, and maintains actin cytoskeleton 2025-May-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114544 PMID:40157080	研究论文	本研究探讨了补体因子H（CFH）在肾小球系膜细胞中的功能，包括其在补体激活调节、细胞增殖影响以及肌动蛋白细胞骨架维持中的作用	揭示了肾小球系膜细胞衍生的CFH不仅具有经典的补体激活调节功能，还具有影响细胞增殖和维持细胞骨架的非经典功能	外源性补充的CFH未能影响细胞增殖和细胞骨架，其具体机制尚不明确	研究CFH在肾小球系膜细胞中的功能及其在补体激活、细胞增殖和细胞骨架维持中的作用	原代人肾小球系膜细胞（pHGMCs）	细胞生物学	IgA肾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
6456	2025-04-14	Pan-HDAC inhibitor LAQ824 inhibits the progression of pancreatic ductal adenocarcinoma and suppresses immune escape by promoting antigen presentation 2025-May-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114528 PMID:40158429	研究论文	本研究探讨了泛组蛋白去乙酰化酶抑制剂LAQ824在胰腺导管腺癌(PDAC)中的治疗潜力及其在调节免疫逃逸机制中的作用	首次揭示了LAQ824通过上调MHC-I介导的抗原提呈增强PDAC免疫原性的新机制，并确定了HDAC1是PDAC细胞中MHC-I的关键抑制因子	研究主要基于小鼠模型，尚未进行临床试验验证	评估LAQ824对PDAC的治疗效果及其免疫调节机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	IHC、流式细胞术、RNA测序、单细胞RNA测序	C57BL/6J小鼠皮下肿瘤模型	体内外实验数据	未明确说明样本数量
6457	2025-04-14	The characterization and validation of regulated cell death-related genes in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-May-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114509 PMID:40158428	研究论文	本研究系统调查了调控性细胞死亡（RCD）机制在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）发病和进展中的作用	首次在CRSwNP中描绘了8种RCD亚型的激活特征，并构建了具有诊断潜力的细胞死亡指数（CDI）	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探究RCD机制在CRSwNP发病和进展中的作用	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者	生物信息学	慢性鼻窦炎	转录组分析、WGCNA、LASSO回归、scRNA-seq、qRT-PCR	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE136825等）及临床组织样本
6458	2025-04-14	Targeting inflammation and necroptosis in diabetic kidney disease: A novel approach via PPARα modulation 2025-May-08, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114562 PMID:40174339	研究论文	本研究探讨了PPARα在糖尿病肾病(DKD)中通过调节炎症和坏死性凋亡的作用机制	首次揭示了PPARα通过抑制RIP1/RIP3/MLKL介导的坏死性凋亡来延缓DKD进展的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化效果尚需进一步验证	阐明PPARα在DKD中的保护作用机制并探索其治疗潜力	糖尿病肾病小鼠模型和肾小管上皮细胞	分子病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、AAV9病毒载体转染	DKD小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
6459	2025-04-14	Cancer-associated fibroblast heterogeneity in chordoma† 2025-May, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6420 PMID:40088426	评论	本文讨论了脊索瘤中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤进展中的作用	定义了脊索瘤中的炎症性CAF亚型（iCAF），并探讨其与不良预后和肿瘤侵袭的关联	在CAFs调控肿瘤表型中区分相关性和因果关系仍是一个重大挑战	研究脊索瘤中CAFs的异质性及其在肿瘤生态系统中的作用	脊索瘤中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	脊索瘤	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
6460	2025-04-14	Leveraging machine learning for integrative analysis of T-cell receptor repertoires in colorectal cancer: Insights into MAIT cell dynamics and risk assessment 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102358 PMID:40088748	research paper	该研究通过分析结直肠癌患者的T细胞受体（TCR）库，探讨了MAIT细胞动态与风险评估的关系	发现了在转移性和非转移性患者中MAIT细胞的升高存在，并识别出9对相同的TCR alpha和TCR beta对，这些序列在单细胞和批量数据中均有出现	TCR库存在显著变异性且序列重叠可能性低，样本量相对有限	增强对结直肠癌中TCR库的理解，探索TCR序列作为疾病结果生物标志物的潜力	结直肠癌患者的T细胞受体（TCR）库	machine learning	colorectal cancer	bulk sequencing, single-cell sequencing	NA	sequencing data	205名患者（批量测序数据集）和22名患者（两个单细胞测序数据集）