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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6421 | 2025-10-06 |
Microglia heterogeneity, modeling and cell-state annotation in development and neurodegeneration
2025-Jul, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01931-4
PMID:40195564
|
综述 | 本文综述了小胶质细胞在发育和神经退行性疾病中的异质性、建模与细胞状态注释方法 | 提供了基于基因表达的小胶质细胞状态注释工具,整合了发育、神经退行性疾病、性别和中枢神经系统区域等多维度异质性分析 | NA | 深入理解小胶质细胞在健康和疾病状态下的转录异质性及其功能动态 | 小鼠和人类的小胶质细胞 | 生物信息学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6422 | 2025-10-06 |
Fibroblast Activation Protein (FAP)+ cancer-associated fibroblasts induce macrophage M2-like polarization via the Fibronectin 1-Integrin α5β1 axis in breast cancer
2025-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03359-3
PMID:40263422
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研究论文 | 本研究揭示了表达成纤维细胞活化蛋白的癌症相关成纤维细胞通过纤连蛋白1-整合素α5β1轴诱导巨噬细胞M2样极化,促进乳腺癌免疫抑制的机制 | 首次发现FAP CAFs通过分泌FN1激活巨噬细胞整合素α5β1-FAK-AKT-STAT3信号通路,驱动M2样极化,并证实靶向该轴可重塑肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于小鼠模型和临床标本,尚未在更广泛的人群中验证治疗策略的临床效果 | 探究FAP CAFs在乳腺癌免疫微环境中的调控机制及潜在治疗靶点 | 乳腺癌微环境中的FAP阳性癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,体内外实验,临床标本分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,临床数据,实验数据 | 临床标本和小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6423 | 2025-10-06 |
A dynamic and multimodal framework to define microglial states
2025-Jul, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01978-3
PMID:40394327
|
研究论文 | 提出微胶质细胞状态连续体模型,挑战传统离散分类范式 | 首次提出微胶质细胞存在于连续体而非离散亚群的理论框架 | 主要基于计算方法分析,缺乏实验验证 | 建立微胶质细胞状态分类的稳健理论框架 | 中枢神经系统微胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 连续体模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6424 | 2025-10-06 |
Spatial multiomics decipher fibroblast-macrophage dynamics in systemic sclerosis
2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.04.025
PMID:40410053
|
研究论文 | 通过空间多组学技术解析系统性硬化症中成纤维细胞-巨噬细胞动态相互作用 | 首次构建系统性硬化症皮肤纤维化微环境的空间图谱,揭示ACKR3在肌成纤维细胞前体中的选择性表达及其调控巨噬细胞募集的机制 | 样本量相对有限(14例皮肤活检),需要更大规模研究验证发现 | 探索系统性硬化症皮肤组织中细胞空间组织和协调机制,为精准医疗提供新见解 | 系统性硬化症患者皮肤组织、SSc小鼠模型、伤口愈合驯鹿模型 | 空间转录组学 | 系统性硬化症 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据 | 14例皮肤活检(10例弥漫性皮肤SSc患者,4例健康对照) | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 6425 | 2025-10-06 |
CD4+ tissue-resident memory Th17 cells are a major source of IL-17A in Spondyloarthritis synovial tissue
2025-Jul, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.04.018
PMID:40413112
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间RNA分析,确定了CD4+组织驻留记忆Th17细胞是脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的主要来源 | 首次在脊柱关节炎滑膜组织中鉴定CD4+CXCR6+ TRM17细胞为主要的IL-17A产生细胞,并发现BRD1表观遗传调控因子在TRM17细胞生成中的关键作用 | 样本量相对较小(单细胞RNA测序n=11,空间RNA分析n=4),需要在更大队列中验证 | 确定脊柱关节炎滑膜组织中IL-17A的细胞来源及其调控机制 | 脊柱关节炎患者的滑膜组织和血液记忆CD4+ T细胞 | 单细胞生物学 | 脊柱关节炎 | 单细胞RNA测序, 空间RNA分析, CellPhoneDB细胞通讯分析, siRNA, CRISPR | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 单细胞RNA测序:11例(5例轴性脊柱关节炎,6例银屑病关节炎);空间RNA分析:4例银屑病关节炎 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
| 6426 | 2025-10-06 |
Disruption of Morrbid alleviates autoinflammatory osteomyelitis in Pstpip2-deficient mice
2025-Jul-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.052176
PMID:40503910
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了Morrbid基因在慢性复发性多灶性骨髓炎(CRMO)发病机制中的作用 | 首次发现Morrbid基因缺失可缓解Pstpip2缺陷小鼠的自发性炎症性骨髓炎症状 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究Morrbid基因在慢性复发性多灶性骨髓炎发病机制中的作用 | Pstpip2缺陷小鼠模型及Morrbid/Pstpip2双缺陷小鼠 | 单细胞组学 | 骨髓炎 | 单细胞转录组测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6427 | 2025-10-06 |
Inhibitor of DNA-Binding 3 Is a Novel Regulator of Limbal Epithelial Cell Migration Via the EphA2/Akt Signaling Pathway
2025-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.9.2
PMID:40590805
|
研究论文 | 本研究揭示了ID3通过EphA2/Akt信号通路调控角膜缘上皮细胞迁移的新机制 | 首次发现ID3通过EphA2/Akt信号轴调控角膜上皮细胞迁移,揭示了ID3在角膜伤口愈合中的抑制作用 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步体内验证 | 探索角膜伤口愈合过程中细胞迁移的调控机制 | 角膜缘上皮细胞、hTCEpi细胞系 | 细胞生物学 | 角膜损伤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, siRNA转染, 划痕实验 | NA | 基因表达数据, 细胞迁移数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 6428 | 2025-10-06 |
Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans
2025-Jun, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03472-y
PMID:40272718
|
研究论文 | 本研究通过基因测序和功能分析确定了CFAP221基因变异与人类弱畸精子症之间的因果关系 | 首次发现CFAP221基因是男性不育的新致病基因,并揭示了其在精子鞭毛发育中的关键作用 | 研究仅基于两个中国家庭的病例,样本量较小 | 探索男性不育症中弱畸精子症的遗传病因 | 两个无血缘关系的中国不育男性家庭 | 生殖医学 | 男性不育症 | 全外显子组测序,桑格测序,扫描电镜,透射电镜,免疫荧光染色,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 基因组数据,图像数据,转录组数据 | 2个不育患者家庭 | NA | 单细胞RNA测序,全外显子组测序 | NA | NA |
| 6429 | 2025-10-06 |
Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.21.655347
PMID:40501697
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统分析酒精使用障碍患者外周血单核细胞的免疫细胞比例和基因表达差异,并发现性别和剂量依赖的免疫细胞功能特征 | 研究样本量有限,仅关注外周血单核细胞,未涉及其他组织或细胞类型 | 表征酒精使用障碍中的免疫失调机制 | 酒精使用障碍患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 酒精使用障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 酒精使用障碍患者和健康对照者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6430 | 2025-10-06 |
Characterization of T-bet expressing B cells in lupus patients indicates a putative prognostic and therapeutic value of these cells for the disease
2025-Jan-21, Clinical and experimental immunology
IF:3.4Q3
DOI:10.1093/cei/uxaf008
PMID:39918986
|
研究论文 | 本研究探讨T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮患者中的预后和治疗价值 | 首次系统评估T-bet+ B细胞及其亚群在狼疮患者中的临床意义,并测试多种药物对这些细胞的调控作用 | 样本量较小(10名健康供体和22名活动性SLE患者),部分结论基于间接证据 | 评估T-bet+ B细胞作为系统性红斑狼疮预后标志物和治疗靶点的潜力 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血B细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, 全血培养实验 | NA | 流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据 | 10名健康供体和22名活动性SLE患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6431 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies a unique ZEB2-Regulated Clec4d+ macrophage state contributing to early inflammatory injury in cardiac hypertrophy
2025-Sep-05, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867
PMID:40543740
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态在心脏肥大早期炎症损伤中的作用 | 首次在心脏肥大模型中鉴定出Clec4d+巨噬细胞的特异状态,并揭示转录因子ZEB2通过调控Unc93b1促进巨噬细胞炎症激活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究巨噬细胞在心脏肥大早期炎症反应中的调控机制 | 横向主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型心脏组织中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, ChIP-seq, 差异表达分析, 调控网络分析, 轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 25,328个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6432 | 2025-10-06 |
Tissue-origin transcriptomic interactions as indicators of inflammatory aging and aging gene discovery
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110534
PMID:40527241
|
研究论文 | 本研究开发了一种将单细胞RNA测序数据转换为图像表示的方法,用于构建组织特异性炎症衰老时钟 | 首次提出将scRNA-seq数据转换为语义上有意义的图像表示(genomap),通过空间编码转录组相互作用来揭示衰老相关的相互作用模式变化 | 未在文中明确说明具体的研究局限性 | 识别精确的免疫遗传衰老标志物并构建组织特异性炎症衰老时钟 | 衰老过程中的基因-基因相互作用模式和转录组相互作用 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 图像表示学习模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6433 | 2025-10-06 |
Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653
PMID:40543274
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,揭示了胃癌中癌症相关成纤维细胞的代谢相关特征及其预后价值 | 首次发现CAF_6成纤维细胞亚群与胃癌患者不良预后显著相关,并构建了具有强预后相关性的代谢相关特征 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索胃癌中癌症相关成纤维细胞的分子和功能异质性,开发预后预测模型 | 胃癌患者样本数据 | 机器学习 | 胃癌 | 微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA测序 | 机器学习组合策略 | 基因表达数据 | GSE15459、GSE26253、GSE183904和TCGA-STAD数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 6434 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-omics analysis reveals the plasticity of isthmus stem cells in gastric carcinogenesis
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110662
PMID:40580616
|
研究论文 | 通过单细胞多组学测序揭示胃峡部干细胞在胃癌发生中的可塑性 | 首次通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,识别出胃峡部干细胞在胃癌背景下的三种不同状态,并重建了胃癌细胞的谱系轨迹 | NA | 探究胃癌发生过程中细胞组成和发育轨迹 | 胃癌患者的配对肿瘤和癌旁组织样本 | 单细胞多组学 | 胃癌 | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学测序,单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 6435 | 2025-10-06 |
Brain macrophages and pial fibroblasts promote inflammation in a hypomyelination model
2025-Jul-04, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02063-3
PMID:40615895
|
研究论文 | 本研究探讨了脑巨噬细胞和软脑膜成纤维细胞在低髓鞘化模型中促进炎症的机制 | 首次揭示软脑膜成纤维细胞被招募至低髓鞘化皮层并与脑巨噬细胞建立稳定相互作用,驱动慢性炎症 | 研究基于特定基因敲除小鼠模型,在人类疾病中的直接适用性需进一步验证 | 阐明难治性神经系统疾病中慢性进行性神经功能缺损的机制 | Pdgfra条件性敲除的 neonatal 小鼠大脑皮层 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析 | NA | 基因表达数据,组织图像 | 基因修饰 neonatal 小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6436 | 2025-10-06 |
Interleukin-32-expressing CD4+ T cells are a potentially pathogenic subset in systemic sclerosis with interstitial lung disease
2025-Jul-04, Respiratory investigation
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.resinv.2025.06.008
PMID:40617174
|
研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,发现表达IL-32的CD4+ T细胞是系统性硬化症伴间质性肺病中的潜在致病亚群 | 首次在SSc-ILD中鉴定出IL32高表达的CD4+ T细胞亚群,并揭示其在疾病发病机制中的关键作用 | 需要进一步研究来探索IL-32的治疗潜力及其具体作用机制 | 表征SSc-ILD中CD4+ T细胞亚群的异常细胞因子产生 | 系统性硬化症伴间质性肺病患者的CD4+ T细胞 | 生物信息学 | 系统性硬化症伴间质性肺病 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13例SSc和11例健康对照肺活检样本, 18例SSc-ILD和16例健康对照外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 6437 | 2025-10-06 |
Human airway submucosal gland organoids to study respiratory inflammation and infection
2025-Jul-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.05.013
PMID:40513559
|
研究论文 | 本研究利用长期培养的器官芯片模型研究人类气道黏膜下腺体在呼吸道炎症和感染中的独特生理特性 | 首次分别建立表面气道上皮和黏膜下腺体器官芯片模型,发现CD13/ANPEP特异性标记SMG分泌细胞及其对冠状病毒的易感性 | 研究仅限于体外器官芯片模型,需进一步体内验证 | 研究呼吸道炎症和感染的病理生理机制 | 人类气道表面气道上皮和黏膜下腺体 | 单细胞生物学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序 | 器官芯片 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6438 | 2025-10-06 |
Ensemblex: an accuracy-weighted ensemble genetic demultiplexing framework for population-scale scRNAseq sample pooling
2025-Jul-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03643-1
PMID:40611203
|
研究论文 | 提出Ensemblex框架,通过集成四种算法实现高精度单细胞RNA测序样本解复用 | 开发了基于准确度加权的集成遗传解复用框架,显著提升高度多重化实验中的样本识别精度 | NA | 解决单细胞RNA测序中样本多重化后的供体识别问题 | 计算和实验混合的单细胞RNA测序样本 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6439 | 2025-10-06 |
An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis
2025-Jul-02, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03306-6
PMID:40604997
|
研究论文 | 本研究开发了一种口服可用的BRD4抑制剂,用于治疗博来霉素诱导的肺纤维化 | 首次设计并验证了口服可用的BRD4抑制剂ZL0969在肺纤维化模型中的治疗效果 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 研究BRD4信号在肺纤维化发病机制中的作用 | C57BL6小鼠和人类IPF样本 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类IPF样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6440 | 2025-10-06 |
Benchmarking metabolic RNA labeling techniques for high-throughput single-cell RNA sequencing
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61375-z
PMID:40593761
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研究论文 | 通过系统比较十种化学转化方法在单细胞RNA测序中的表现,为代谢RNA标记技术提供选择指导 | 首次对代谢RNA标记技术中的化学方法进行系统性基准测试,并确定了最优的on-beads方法 | 研究主要基于Drop-seq平台,对其他平台的适用性需要进一步验证 | 评估不同代谢RNA标记化学方法在单细胞RNA测序中的性能表现 | 52,529个测试细胞和9,883个斑马鱼胚胎细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 代谢RNA标记,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 52,529个测试细胞 + 9,883个斑马鱼胚胎细胞 | 多个商业平台 | 单细胞RNA测序 | Drop-seq | Drop-seq平台及两种具有更高捕获效率的商业平台 |