单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 10776 篇文献，本页显示第 6381 - 6400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6381 | 2025-10-06 |
ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability
2025-Jun-11, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877
PMID:40505628
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研究论文 | 通过建立携带自闭症相关拷贝数变异的小鼠胚胎干细胞模型，揭示细胞类型特异性翻译脆弱性 | 建立了包含63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系的标准化生物资源库，首次系统揭示不同神经元类型中UPF3B表达降低的共同表型 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 解析自闭症谱系障碍的细胞类型特异性发病机制 | 63个基因修饰小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序，神经分化 | 小鼠胚胎干细胞模型 | 单细胞转录组数据 | 63个干细胞系，其中12个代表性细胞系进行详细分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6382 | 2025-10-06 |
DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327
PMID:40444783
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研究论文 | 开发了一种用于个体水平单细胞RNA测序数据快速差异表达分析的统计工具DiSC | 通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制错误发现率 | NA | 开发高效且统计功效强大的个体水平差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | COVID-19, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 飞行时间细胞术 | 统计模型, 置换测试 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6383 | 2025-10-06 |
Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350
PMID:40511994
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研究论文 | 提出一种基于深度学习的空间转录组学数据整合方法GSI，通过表征学习提取基因空间分布特征并消除批次效应 | 首次将基因空间分布特征与基因表达特征整合到同一特征空间，并有效解决多样本批次效应问题 | 方法主要关注空间分布特征，可能未充分利用其他空间信息如细胞邻近性 | 开发空间转录组学数据分析方法，提升多样本整合分析性能 | 人类背外侧前额叶皮层组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，单细胞分析 | 自编码器 | 空间转录组数据 | 包含样本151673和151672等多人脑组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6384 | 2025-10-06 |
SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358
PMID:40581358
|
研究论文 | 开发了一个名为SeuratIntegrate的R软件包，用于扩展Seurat中的单细胞数据整合方法 | 在R环境中集成了Python方法，提供自动化Python环境管理、跨语言对象转换和整合基准测试工具 | NA | 改进单细胞RNA测序数据分析中的多数据集整合流程 | 单细胞RNA测序数据整合方法和工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6385 | 2025-10-06 |
Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration
2025-Jun, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01467-4
PMID:40490493
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研究论文 | 本研究通过时序单细胞测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在促进肌肉再生中的关键作用 | 首次发现并鉴定了一个表达Gpnmb基因的特殊巨噬细胞亚群，该亚群在肌肉再生过程中发挥关键作用 | 巨噬细胞表型多样性的理解仍不完整，特殊亚群向消退期巨噬细胞转化的机制仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞在骨骼肌修复过程中的表型多样性及其在再生中的作用机制 | 骨骼肌损伤模型中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肌肉损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据 | 不同时间点的骨骼肌单个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6386 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration
2025-Apr-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07887-2
PMID:40251274
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了光氧化应激下成年小鼠视网膜中区域特异性基因表达变化及其对视网膜退化的驱动作用 | 首次识别出距视神经头约800µm的特定区域是视网膜分子变化的关键驱动区域，并发现了新的血管生成信号通路 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类视网膜中得到验证 | 探究光氧化应激下视网膜退化的空间分子机制 | 成年小鼠视网膜 | 空间转录组学 | 年龄相关性黄斑变性 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6387 | 2025-10-06 |
Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation
2025-04-17, International journal of oral science
IF:10.8Q1
DOI:10.1038/s41368-025-00361-z
PMID:40240339
|
研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞来源的补体C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化驱动实验性牙周炎进展的机制 | 首次通过单细胞测序确定牙周炎中C3的主要来源是成纤维细胞，并阐明C3a通过巨噬细胞极化和破骨细胞分化促进牙周组织破坏的新机制 | 研究主要基于动物模型，人类数据的验证相对有限 | 探究补体C3在牙周炎进展中的来源、作用和分子机制 | 小鼠牙周炎模型和人类牙周炎患者的牙周组织 | 单细胞生物学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 小鼠模型和人类患者牙周组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6388 | 2025-10-06 |
Single-nuclei RNA-sequencing fails to detect molecular dysregulation in the preeclamptic placenta
2025-01, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2024.12.011
PMID:39733647
|
研究论文 | 本研究比较单细胞RNA测序和单核RNA测序在检测先兆子痫胎盘分子失调方面的效果 | 首次系统比较scRNA-seq和snRNA-seq在胎盘研究中的敏感性差异，发现单核测序无法检测疾病相关应激和炎症信号 | 样本量相对较小，仅针对早发型先兆子痫进行研究 | 评估单核RNA测序在检测先兆子痫胎盘分子失调方面的有效性 | 人类胎盘组织 | 单细胞基因组学 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 45,836个细胞和27,078个核，来自10例早发型先兆子痫和5例对照 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 6389 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic and m6A methylation analyses reveal platelet-mediated immune regulatory mechanisms in sepsis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1607732
PMID:40625751
|
研究论文 | 通过单细胞转录组和m6A甲基化分析揭示脓毒症中血小板介导的免疫调节机制 | 首次整合单细胞RNA测序与m6A甲基化测序数据，系统揭示脓毒症进程中血小板功能重塑的m6A依赖性调控机制，并鉴定出关键靶基因RPA1 | 研究基于公共数据集GSE167363，样本来源和数量可能受限，需要进一步实验验证 | 探究脓毒症中免疫细胞组成变化、细胞间通讯特征及m6A修饰的潜在调控机制 | 脓毒症患者的外周血单个核细胞，包括健康对照、存活者和非存活者 | 单细胞生物学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, m6A甲基化测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传学数据 | GSE167363数据集中的脓毒症患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 甲基化测序 | NA | NA |
| 6390 | 2025-10-06 |
Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf106
PMID:40626041
|
观点文章 | 讨论调控和系统基因组学领域的最新进展与挑战，重点关注顺式调控元件的解码方法 | 整合3D染色质组织研究与序列到功能神经网络，提出构建跨细胞类型和个体的通用顺式调控模型策略 | 存在知识空白、技术限制和计算方法基准测试的挑战 | 解码顺式调控代码，预测遗传变异对表型结果的影响 | 顺式调控元件、基因调控网络、遗传变异 | 基因组学 | 人类疾病 | 空间转录组学、基因组学分析 | 序列到功能神经网络 | 基因组序列数据、3D染色质结构数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6391 | 2025-10-06 |
CYLD as a key regulator of myocardial infarction-to-heart failure transition revealed by multi-omics integration
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1592985
PMID:40626177
|
研究论文 | 通过多组学整合分析识别CYLD作为心肌梗死向心力衰竭转变的关键调控基因 | 首次通过多组学整合分析揭示CYLD在心肌梗死向心力衰竭转变中的关键调控作用 | 研究基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探索心肌梗死向心力衰竭转变的分子机制 | 心肌梗死和心力衰竭患者基因表达数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 基因表达分析, 单细胞转录组测序, 机器学习 | 随机森林, WGCNA, Limma | 基因表达数据 | 5个GEO数据集(GSE59867, GSE62646, GSE168281, GSE267644, GSE269269) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 6392 | 2025-10-06 |
Sirtuin 2 regulates NOD-like receptor protein 3/nuclear factor kappa B axis to promote cartilage repair in osteoarthritis
2025-Sep, Journal of cell communication and signaling
IF:3.6Q3
DOI:10.1002/ccs3.70031
PMID:40620356
|
研究论文 | 本研究揭示了SIRT2通过调节NF-κB/NLRP3信号轴促进骨关节炎软骨修复的分子机制 | 首次阐明SIRT2通过去乙酰化NF-κB p65抑制NLRP3炎症小体激活，从而促进软骨修复的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验，尚未进行人体临床试验验证 | 阐明SIRT2在骨关节炎中调节NLRP3/NF-κB信号轴促进软骨修复的作用机制 | 骨关节炎小鼠模型和软骨细胞培养物 | 分子生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 实时PCR, 共免疫沉淀, 染色质免疫沉淀 | 动物模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6393 | 2025-07-09 |
Author Correction: Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration
2025-Jul-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08451-8
PMID:40624286
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6394 | 2025-10-06 |
Integration of Single-cell Sequencing Analysis Reveals Disulfidptosis Related Molecular Subtype and Novel Prognosis System for Osteosarcoma
2025-Jul-07, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序分析揭示了骨肉瘤中二硫化物死亡相关分子亚型并建立了新的预后系统 | 首次在骨肉瘤中探索二硫化物死亡的作用，建立了基于DRG的预后模型并发现POLR1D的致癌功能 | 研究主要基于公共数据库和生物信息学分析，实验验证相对有限 | 研究二硫化物死亡相关基因在骨肉瘤预后分层和治疗策略中的作用 | 骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序，Western blotting，qRT-PCR，细胞迁移和侵袭实验 | Cox回归，LASSO回归，聚类分析 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 公共数据库中的骨肉瘤样本和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6395 | 2025-10-06 |
Lactate-related gene signatures predict prognosis and immune profiles in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Jul-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10456-6
PMID:40617965
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研究论文 | 本研究通过识别食管鳞状细胞癌中六个乳酸相关枢纽基因，探索了乳酸代谢与肿瘤预后和免疫特征的关系 | 首次在食管鳞状细胞癌中系统识别了六个乳酸相关枢纽基因，并建立了乳酸化评分系统用于评估肿瘤免疫微环境 | 研究样本量有限，需要在更大队列中验证基因特征的预测价值 | 探索乳酸代谢相关基因在食管鳞状细胞癌预后预测和免疫特征分析中的作用 | 食管鳞状细胞癌患者样本和细胞系 | 癌症生物学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, CellChat分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 食管鳞状细胞癌样本和正常样本，两个ESCC细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6396 | 2025-10-06 |
Targeting PFKFB3 to restore glucose metabolism in acute pancreatitis via nanovesicle delivery
2025-Jul-05, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01261-y
PMID:40618046
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研究论文 | 本研究探索通过纳米囊泡递送抑制PFKFB3以恢复急性胰腺炎中葡萄糖代谢的方法 | 首次发现PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢紊乱中的关键作用，并开发纳米囊泡递送系统进行靶向治疗 | 研究主要基于动物和细胞模型，尚未进行临床试验验证 | 探索PFKFB3在急性胰腺炎葡萄糖代谢调节中的作用及纳米囊泡递送治疗的潜力 | 急性胰腺炎模型中的葡萄糖代谢机制 | 生物医学工程 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 纳米囊泡递送技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6397 | 2025-10-06 |
Reduced somatosensory innervation alters the skeletal transcriptome at a single cell level in a mouse model of type 2 diabetes
2025-Jul-04, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00436-x
PMID:40615376
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研究论文 | 本研究通过高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型，探索了糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 首次在单细胞水平揭示糖尿病状态下骨骼神经支配减少对骨骼转录组的改变，并重建了神经-骨骼信号传导相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究糖尿病外周神经病变对骨骼代谢的影响机制 | 高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 高脂饮食喂养的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6398 | 2025-10-06 |
Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03068-z
PMID:40608205
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现TMEM71是预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物 | 首次系统揭示TMEM71在乳腺癌中的免疫调节功能及其对免疫治疗反应的预测价值 | TMEM71的具体作用机制尚未完全阐明，需要进一步实验验证 | 探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义 | 乳腺癌患者样本及公共数据库数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 免疫浸润分析 | ssGSEA, CIBERSORT, GSEA | 基因表达数据, 单细胞RNA-seq数据 | 来自TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集的多个数据库整合 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 6399 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma
2025-Jul-03, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02909-1
PMID:40608217
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用 | 首次在单细胞水平揭示TSC-AML中雌激素相关的异质性，发现雌激素通过调控免疫抑制微环境和干细胞样肿瘤形成在女性患者中的特殊作用机制 | 样本量较小（仅4例患者），缺乏功能验证实验 | 探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用 | 结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者组织样本 | 单细胞组学 | 结节性硬化症 | 单细胞RNA测序 | AUCell分析, CellChat分析 | 单细胞转录组数据 | 4例TSC-AML患者（2女2男） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6400 | 2025-10-06 |
Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics
2025-Jul-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-05191-x
PMID:40610502
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析肾移植活检组织，发现与T细胞介导排斥反应相关的分子特征 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术分析肾移植排斥反应，识别出CD8效应记忆T细胞亚群和STAT1枢纽基因 | 样本量较小（仅6例患者），空间分析仅比较两名患者 | 研究肾移植中T细胞介导排斥反应的分子机制 | 肾移植患者的血液单核细胞和肾移植活检组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 6例患者（4例排斥反应患者，2例无排斥反应对照） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |