单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6361	2025-04-18	Parallel comparison of T cell and B cell subpopulations of adenoid hypertrophy and tonsil hypertrophy of children 2025-Apr-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58094-w PMID:40229254	研究论文	比较儿童腺样体肥大和扁桃体肥大的T细胞和B细胞亚群的差异	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了腺样体肥大和扁桃体肥大在免疫微环境中的差异	样本量相对较小（12对配对样本），且仅针对儿童患者	探究腺样体肥大和扁桃体肥大在免疫微环境中的差异	1209名1-15岁被诊断为腺样体肥大的儿科患者及其12对配对腺样体和扁桃体样本	免疫学	腺样体肥大和扁桃体肥大	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1209名儿科患者（流行病学数据）和12对配对样本（单细胞RNA测序）
6362	2025-04-18	Multi-omics analysis identifies diagnostic circulating biomarkers and potential therapeutic targets, revealing IQGAP1 as an oncogene in gastric cancer 2025-Apr-14, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00895-9 PMID:40229327	研究论文	本研究采用多组学整合方法，识别胃癌(GC)的循环生物标志物，并探讨其作为治疗靶点的潜力	通过多组学数据整合，识别出四个基因和四个蛋白质作为潜在的胃癌生物标志物，并揭示了IQGAP1在肿瘤生长中的关键作用	NA	识别胃癌的循环生物标志物并探索其治疗靶点潜力	胃癌患者的血浆和肿瘤组织样本	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因和蛋白质定量性状位点分析、孟德尔随机化	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	来自UK Biobank和FinnGen的数据
6363	2025-04-18	IL1RAP is an immunotherapeutic target for normal karyotype triple-mutated acute myeloid leukemia 2025-Apr-14, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00769-z PMID:40229904	研究论文	该研究通过多组学分析发现IL1RAP是正常核型三重突变急性髓系白血病（NKt-AML）的免疫治疗靶点	首次将IL1RAP鉴定为NKt-AML的潜在免疫治疗靶点，并证明其与患者预后不良和治疗反应差相关	样本量相对较小（12例NKt-AML），需要进一步验证	寻找NKt-AML的新型免疫治疗靶点	正常核型三重突变急性髓系白血病（NKt-AML）患者样本	血液肿瘤学	急性髓系白血病	多组学分析、表面蛋白质组富集、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	100例原发性AML样本（含12例NKt-AML）进行表面蛋白质组分析，691例AML样本进行转录组分析，23例AML样本进行单细胞RNA测序
6364	2025-04-18	Extracellular vesicle-derived miRNA-mediated cell-cell communication inference for single-cell transcriptomic data with miRTalk 2025-Apr-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03566-x PMID:40229908	研究论文	介绍了一种名为miRTalk的新方法，用于推断由细胞外囊泡（EVs）衍生的miRNA介导的细胞间通讯（CCC）	miRTalk是一种首创的方法，用于推断由EV衍生的miRNA-靶标相互作用（MiTIs）介导的CCC，并在模拟和真实数据集上表现出优越性能	NA	通过单细胞RNA测序技术解析细胞间通讯（CCC）的机制	细胞外囊泡（EVs）衍生的miRNA及其靶标相互作用（MiTIs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	miRTalk	单细胞转录组数据	NA
6365	2025-04-18	Comprehensive bioinformatics and immunohistochemical analyses identify phosphoinositide metabolism and PNPLA7 as potential biomarkers in urological cancers 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97118-9 PMID:40221501	研究论文	通过综合生物信息学和免疫组织化学分析，识别磷酸肌醇代谢和PNPLA7作为泌尿系统癌症的潜在生物标志物	首次探索磷酸肌醇代谢相关成分在泌尿系统癌症中的作用，并鉴定PNPLA7基因作为潜在生物标志物	研究主要依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证	研究磷酸肌醇代谢在泌尿系统癌症中的贡献及其作为预后生物标志物的潜力	透明细胞肾癌、膀胱癌和前列腺腺癌	生物信息学	泌尿系统癌症	生物信息学分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学评估	NA	基因表达数据、临床样本	公共数据库中的多组数据及临床样本
6366	2025-04-18	Exploring the tumor microenvironment of breast cancer to develop a prognostic model and predict immunotherapy responses 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97784-9 PMID:40221624	研究论文	通过探索乳腺癌肿瘤微环境，开发预后模型并预测免疫治疗反应	利用转录组和单细胞测序数据，结合多种分析方法，构建了一个能够准确区分高低风险患者并预测免疫治疗反应的预后模型	研究基于公共数据库数据，可能受限于数据的质量和样本量	开发乳腺癌预后模型并预测免疫治疗反应	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	转录组测序、单细胞RNA测序、WGCNA、Cox回归、Lasso回归	预后模型	转录组数据、单细胞测序数据	公共数据库中的乳腺癌患者数据
6367	2025-04-18	The origin of patient-derived cancer organoids from pathologically undiagnosed specimen in patients with pancreatobiliary cancers 2025-Apr, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01026-5 PMID:39688793	research paper	本研究探讨了从病理未确诊样本中建立患者源性癌症类器官（PDCOs）的可能性，并验证其在胰腺胆道癌诊断和研究中的潜力	首次证实了从病理阴性样本中建立的PDCOs能够代表患者的癌症组织，并在多组学水平上验证其诊断价值	样本量较小（仅4名患者9个样本），需要更大规模的试验来验证结果	探索PDCOs作为胰腺胆道癌诊断和研究工具的潜力	胰腺胆道癌患者（3例胰腺癌和1例胆囊癌）的组织样本	digital pathology	pancreatobiliary cancers	肿瘤panel测序、单细胞RNA测序、H&E染色、免疫组化染色	PDCOs（患者源性癌症类器官）	基因组数据、转录组数据、病理图像数据	4名患者的9个样本（包括病理阴性样本）
6368	2025-04-18	Gut microbiota-derived tryptophan metabolites improve total parenteral nutrition-associated infections by regulating Group 3 innate lymphoid cells 2025-Apr, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70007 PMID:40236767	研究论文	本研究探讨了肠道微生物群衍生的色氨酸代谢物通过调节第3组先天淋巴细胞（ILC3s）改善全肠外营养相关感染的机制	揭示了ILC3s分泌IL-22减少是导致TPN相关感染的重要因素，并发现特定代谢物通过激活核受体Rorγt促进IL-22分泌的分子机制	具体代谢物名称在摘要中未明确提及，机制研究仍需进一步验证	阐明全肠外营养相关感染的发病机制并探索改善方法	慢性肠功能衰竭患者和小鼠的肠道微生物群及ILC3s	免疫学	肠功能衰竭相关感染	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、16S rRNA基因测序、宏基因组测序	NA	基因测序数据	慢性肠功能衰竭患者和小鼠的肠道微生物样本
6369	2025-04-18	HLF and PPARα axis regulates metabolic-associated fatty liver disease through extracellular vesicles derived from the intestinal microbiota 2025-Apr, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70022 PMID:40236774	研究论文	本研究探讨了肠道微生物来源的细胞外囊泡通过HLF/PPARα轴在代谢相关脂肪肝病(MAFLD)中的作用机制	首次发现肠道HLF通过调节PPARα表达影响肠道屏障功能，并通过微生物囊泡介导的TCDCA抑制肝细胞铁死亡	研究主要基于动物模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明肠道参与MAFLD发展的分子机制	食蟹猴肠道组织、基因敲除小鼠模型	代谢疾病研究	代谢相关脂肪肝病	单细胞转录组分析、脂质组学	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、脂质组数据	未明确说明样本数量
6370	2025-04-18	Spatially resolved transcriptomics and graph-based deep learning improve accuracy of routine CNS tumor diagnostics 2025-02, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00904-z PMID:39880907	研究论文	本文介绍了一种名为NePSTA的空间转录组学分析方法，结合图神经网络，用于中枢神经系统肿瘤的自动组织学和分子评估	开发了NePSTA方法，利用空间转录组学和图神经网络，从单个5微米组织切片中实现全面的形态学和分子神经病理学诊断	需要进一步验证其在更广泛样本和临床环境中的适用性	提高中枢神经系统肿瘤的诊断准确性和效率	中枢神经系统肿瘤患者和健康捐赠者的组织样本	数字病理学	中枢神经系统肿瘤	空间转录组学、NGS、甲基化分析	图神经网络	组织切片图像、分子数据	130名参与者，包括CNS恶性肿瘤患者和健康捐赠者，来自四个医疗中心
6371	2025-04-18	Cellular Crosstalk Promotes Hepatic Progenitor Cell Proliferation and Stellate Cell Activation in 3D Co-culture 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101472 PMID:39892785	研究论文	该研究通过3D共培养系统探讨了肝祖细胞与肝星状细胞之间的直接相互作用及其在肝纤维化中的作用	开发了一种3D共培养系统，实时观察肝祖细胞与肝星状细胞的相互作用，并验证了它们在人类肝组织中的共表达	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探究肝祖细胞与肝星状细胞在肝损伤和纤维化过程中的相互作用机制	小鼠肝星状细胞和荧光标记的肝祖细胞	细胞生物学	肝纤维化	3D共培养系统、空间转录组学	3D器官共培养模型	基因表达数据、细胞形态数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠肝星状细胞和人类肝组织样本
6372	2025-04-18	Exploring the impact of cuproptosis on prostate cancer prognosis via RNA methylation regulation based on single cell and bulk RNA sequencing data 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1573611 PMID:40235543	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据，探讨铜死亡对前列腺癌预后的影响及其RNA甲基化调控机制	首次结合铜死亡和RNA甲基化调控因子，构建前列腺癌预后风险模型，并通过单细胞RNA测序揭示免疫特征和药物敏感性	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模临床样本验证	探究铜死亡和RNA甲基化调控因子在前列腺癌预后中的作用机制	前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	scRNA-seq, qPCR, IHC	Cox回归模型	RNA测序数据	TCGA数据集及外部验证队列
6373	2025-04-18	Unveiling purine metabolism dysregulation orchestrated immunosuppression in advanced pancreatic cancer and concentrating on the central role of NT5E 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569088 PMID:40236698	research paper	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了胰腺癌微环境中嘌呤代谢失调对免疫抑制的调控作用，并聚焦于NT5E的核心角色	首次在胰腺癌微环境中系统性地研究了嘌呤代谢的异质性及其对免疫抑制的影响，并确定了NT5E作为关键调控因子	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证NT5E的分子机制	探究胰腺癌微环境中嘌呤代谢失调如何调控免疫抑制	胰腺癌微环境中的肿瘤细胞、成纤维细胞和免疫细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、细胞共培养实验	AUCell、Ucell评分算法、Cellchat分析	转录组数据、空间数据	未明确说明样本数量，但涉及胰腺癌患者的转录组数据分析
6374	2025-04-18	PM2.5 exposure reprograms cell cycle dynamics in uterine immune cells at single-cell resolution 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561290 PMID:40236703	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究PM2.5暴露对小鼠子宫免疫细胞周期动态的影响	首次在单细胞分辨率下揭示PM2.5暴露如何重编程子宫免疫细胞的细胞周期动态	研究仅基于小鼠模型，人体效应尚不明确	探究PM2.5暴露影响生殖功能的细胞机制	小鼠子宫免疫细胞	单细胞组学	生殖功能障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	9000个平衡细胞
6375	2025-04-18	Modeling reproductive and pregnancy-associated tissues using organ-on-chip platforms: challenges, limitations, and the high throughput data frontier 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1568389 PMID:40236940	综述	本文综述了用于模拟生殖和妊娠相关组织的器官芯片技术，探讨了其挑战、局限性和高通量数据前沿	介绍了克服器官芯片技术局限性的新方法，如空间转录组学、飞行时间成像细胞术和外泌体分析	器官芯片技术的局限性包括细胞数量少、上清液体积小以及制造材料的限制	探讨器官芯片技术在生殖和妊娠相关组织建模中的应用及其潜力	生殖和妊娠相关的器官芯片平台	生物医学工程	NA	空间转录组学、飞行时间成像细胞术、外泌体分析	器官芯片（OC）平台	显微镜成像、免疫细胞化学、实时聚合酶链反应、细胞因子多重分析	NA
6376	2025-04-17	Nanoparticle-mediated sodium butyrate delivery for repairing hypoxic-ischemic brain injury in premature infants 2025-Jun, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101665 PMID:40230649	研究论文	本研究探讨了载有丁酸钠的磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复早产儿缺氧缺血性脑损伤的分子机制	首次利用磁性荧光纳米颗粒（MNs@SB）靶向递送丁酸钠，通过调节Sp1和TGF-β1信号通路修复缺氧缺血性脑损伤	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床试验	探索纳米颗粒介导的丁酸钠递送对早产儿缺氧缺血性脑损伤的修复作用	早产儿缺氧缺血性脑损伤（HIEP）小鼠模型	纳米医学	早产儿缺氧缺血性脑病	单细胞RNA测序、高通量转录组分析、TEM、DLS	小鼠模型	代谢组学数据、转录组数据、图像数据	HIEP小鼠模型
6377	2025-04-17	Regulatory role of CD177+ neutrophils in BMP signaling pathway and its implications for inflammatory bowel disease, sepsis, and intestinal tumors 2025-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102336 PMID:40158420	研究论文	本研究探讨了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对炎症性肠病、败血症和肠道肿瘤的影响	首次揭示了CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的关键调控作用，并提供了潜在的治疗靶点	需要进一步的临床验证以转化为有效的治疗策略	探索CD177+中性粒细胞在BMP信号通路中的调控作用及其对疾病发生、发展和治疗的影响	炎症性肠病(IBD)、败血症和肠道肿瘤	生物信息学与分子生物学	炎症性肠病、败血症、肠道肿瘤	生物信息学分析(WGCNA、功能富集分析)、单细胞分析、体外实验(细胞培养、CCK-8、流式细胞术、qRT-PCR、平板克隆形成实验)	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	来自GEO数据库的IBD和败血症基因表达数据，以及体外实验使用的Caco-2细胞
6378	2025-04-17	Dynamic changes of molecular pattern and cellular subpopulation in puncture-induced tendon injury model 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112034 PMID:40230536	research paper	该研究通过建立穿刺诱导的肌腱损伤模型，探究了早期肌腱损伤过程中的分子模式和细胞亚群	揭示了肌腱早期修复阶段的七个基因集和参与修复过程的八种髓系细胞类型及七种间充质细胞类型	临床早期肌腱损伤样本获取有限可能影响研究结果的普适性	阐明早期肌腱修复的分子机制和细胞动态变化	穿刺诱导的肌腱损伤模型	分子生物学	肌腱损伤	RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6379	2025-04-17	Senescent CD8+ T cells: a novel risk factor in atrial fibrillation 2025-Apr-15, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae222 PMID:39382426	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和多色流式细胞术，揭示了衰老CD8+ T细胞在心房颤动（AF）中的重要作用及其潜在机制	首次发现衰老CD8+ T细胞与AF的患病率和术后复发独立相关，并揭示了其通过分泌IFN-γ诱导心房肌细胞钙处理异常的机制	研究样本量有限，且机制研究主要基于体外实验，需要进一步的体内验证	探究免疫细胞在AF发展中的作用及其潜在机制	AF患者和非AF对照者的外周静脉和左心房组织	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 多色流式细胞术, 心脏光学标测	NA	基因表达数据, 流式细胞数据	AF患者和非AF对照者（具体数量未提及）
6380	2025-04-17	Dual regulation of Atf3 and Lonp1 as therapeutic targets in cerebral ischaemia-reperfusion injury 2025-Apr-15, Stroke and vascular neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1136/svn-2024-003324 PMID:40044488	研究论文	本研究探讨了Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的作用及其调控机制	揭示了Atf3通过调控Lonp1表达影响线粒体功能和神经元存活的分子机制	研究结果需要在动物模型中进行进一步验证	探究Atf3和Lonp1在脑缺血再灌注损伤中的分子机制及其治疗潜力	脑缺血再灌注损伤中的神经元	神经科学	脑血管疾病	单细胞转录组学和蛋白质组学分析	NA	转录组数据和蛋白质组数据	NA