单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6281	2025-01-04	Decreased miR-486-5p is involved in lipopolysaccharide-induced HTR-8/SVneo cell dysfunction by promoting SMAD2 expression 2025-Jan-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-23-0502 PMID:39475824	研究论文	本研究揭示了miR-486-5p/Smad2通路在脂多糖（LPS）诱导的绒毛外滋养层细胞（EVT）功能障碍及早期妊娠丢失（EPL）发病机制中的作用	首次揭示了miR-486-5p通过调控SMAD2表达在LPS诱导的EVT功能障碍及EPL中的具体分子机制	研究主要基于细胞模型，缺乏体内实验验证	探讨miR-486-5p在早期妊娠丢失中的作用及其分子机制	HTR-8/SVneo细胞系及人类蜕膜单细胞RNA测序数据	分子生物学	妊娠并发症	单细胞RNA测序	细胞模型	RNA测序数据	人类蜕膜单细胞RNA测序数据集及GEO数据库中的转录组数据集
6282	2025-01-03	Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2561-0 PMID:39060615	综述	本文全面总结了单细胞组学技术的最新进展，特别是方法学部分	单细胞组学技术在生物医学领域具有突破性进展，提供了对复杂疾病（如癌症）的深刻理解	NA	指导研究人员选择适当的单细胞测序及相关数据分析方法	单细胞组学技术	生物医学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞组学数据	NA
6283	2025-01-03	A specific inflammatory suppression fibroblast subpopulation characterized by MHCII expression in human dilated cardiomyopathy 2025-Jan, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-04939-9 PMID:38462549	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了人类扩张型心肌病（DCM）中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群，并探讨了其在炎症抑制中的作用	首次识别并描述了DCM中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群（apFB），并揭示了其在炎症抑制中的关键作用	研究样本量较小，仅包括4个健康供体和6个DCM患者的心脏组织	探讨扩张型心肌病（DCM）中成纤维细胞的异质性及其与免疫细胞的相互作用	人类左心室组织，包括健康供体和DCM患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（ScRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	10个心脏组织（4个健康供体和6个DCM患者）
6284	2025-01-03	The heterogeneity of cellular metabolism in the tumour microenvironment of hepatocellular carcinoma with portal vein tumour thrombus 2025-Jan, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13738 PMID:39189673	研究论文	本研究通过多组学组合全面分析了肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本的代谢异质性	首次在多组学水平上描绘了HCC和PVTT中非恶性细胞的代谢异质性景观，并确定了PVTT形成和发展的代谢特征	NA	研究肝细胞癌及其门静脉癌栓的代谢异质性	肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光多重免疫组化	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据	NA
6285	2025-01-03	Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2638-9 PMID:39470923	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境	首次在单细胞水平上对卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境进行了全面解析，并识别了与疾病相关的关键细胞类型和分子特征	研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据	揭示卵巢子宫内膜异位囊肿的分子和细胞机制，以改善诊断和治疗策略	卵巢子宫内膜异位囊肿患者的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过52,000个单细胞，来自卵巢子宫内膜异位囊肿患者和健康捐赠者的子宫内膜组织
6286	2025-01-03	Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2624-9 PMID:39470924	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，探讨了SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的发育机制	首次通过单细胞测序技术揭示了SARS-CoV-2感染心脏微血栓形成过程中，MYO1ERASGEF1B单核细胞衍生巨噬细胞在免疫系统过度激活和外在凝血途径启动中的关键作用	研究样本量有限，且仅针对右心室游离壁组织，可能无法全面反映心脏其他部位的情况	研究SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的分子机制	健康供体、在特征性凝血异常（CAC）高凝期死亡的患者、在CAC纤溶期死亡的患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	61,187个细胞，包含24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群
6287	2025-01-03	Bayesian Phylogenetic Lineage Reconstruction with Loss of Heterozygosity Mutations Derived from Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_1 PMID:39745633	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的贝叶斯方法，用于从推断的杂合性缺失（LOH）事件重建细胞谱系	使用单细胞RNA测序数据，结合贝叶斯方法重建细胞谱系，并标注细胞表型和发育时间点	该方法目前仅应用于特定小鼠模型，尚未广泛验证	研究细胞谱系重建方法，以了解细胞发育历史	Emx1+皮质投射神经元和胶质细胞谱系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	RNA测序数据	C57Bl/6J (B6) 和 CAST/EiJ (CA) 杂交F1小鼠
6288	2025-01-03	Lineage Recording in Human Brain Organoids with iTracer 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_5 PMID:39745637	研究论文	本文详细介绍了iTracer在人类大脑类器官中记录细胞谱系的应用协议	iTracer结合了报告基因条形码和可诱导的CRISPR-Cas9标记，与单细胞和空间转录组学兼容，用于探索大脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动态	NA	研究人类器官发育过程中的细胞谱系关系	人类大脑类器官	生物医学工程	NA	iTracer, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	NA
6289	2025-01-03	Clonal Tracking in the Mouse Brain with Single-Cell RNA-Seq 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_6 PMID:39745638	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术在小鼠大脑中进行克隆追踪的方法	与传统基于稀疏荧光标记的方法相比，使用遗传条形码和单细胞RNA测序的克隆追踪方法具有超过100倍的吞吐量，并且使用的老鼠数量减少了10倍以上	NA	开发一种高吞吐量的克隆追踪方法，用于研究哺乳动物大脑中的细胞谱系关系	小鼠大脑中的细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	2周大的小鼠脑组织
6290	2025-01-03	LINNAEUS: Simultaneous Single-Cell Lineage Tracing and Cell Type Identification 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_12 PMID:39745644	研究论文	本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略，用于在数千个单细胞中同时进行谱系追踪和转录组分析	LINNAEUS结合了单细胞RNA测序和谱系条码的计算分析，能够重建生物体范围内的单细胞谱系树	NA	理解细胞类型在发育、再生和疾病等过程中的起源	单细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数千个单细胞
6291	2025-01-03	Paired Single-Cell Transcriptome and DNA Barcode Detection in Zebrafish Using ScarTrace 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_11 PMID:39745643	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPR/Cas9的遗传谱系追踪方法ScarTrace，用于在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行DNA条形码标记，并通过单细胞cDNA扩增和基因组DNA嵌套PCR分别捕获转录组和条形码序列	ScarTrace方法结合了CRISPR/Cas9技术和单细胞转录组分析，能够在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行独特的DNA条形码标记，并实现克隆追踪和谱系树重建	该方法目前仅应用于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中进行验证	研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运决定	斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞	遗传学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞cDNA扩增, 基因组DNA嵌套PCR	NA	DNA序列, 转录组数据	斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞
6292	2025-01-03	GEMLI: Gene Expression Memory-Based Lineage Inference from Single-Cell RNA-Sequencing Datasets 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_19 PMID:39745651	研究论文	本文介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，该工具仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系	GEMLI通过基因表达记忆现象预测细胞谱系，无需依赖遗传标记或物理细胞分离，极大地简化并扩展了谱系注释	NA	开发一种仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达矩阵	NA
6293	2024-12-31	Selenium promotes neural development through the regulation of GPX4 and SEPP1 in an iPSC-derived neuronal model 2025-May, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.123011 PMID:39708777	研究论文	本研究探讨了硒通过调控GPX4和SEPP1在iPSC衍生的神经元模型中对神经发育的促进作用	首次使用高生物利用度的硒纳米颗粒（SeNPs@LNT）在iPSC衍生的神经元模型中干预不同阶段的神经发育，并揭示了其通过激活PI3K/Akt/Nrf2信号通路调控硒蛋白的机制	研究主要基于体外模型，未在体内验证硒纳米颗粒的作用	探讨硒蛋白在不同神经元发育阶段的具体作用和机制	iPSC衍生的神经元模型	神经科学	自闭症谱系障碍（ASD）	单细胞RNA测序	iPSC-iNeuron模型	基因表达数据	NA
6294	2024-12-30	Mouse Tail-Skin Dissociation and Preparation of Live Single-Cell Suspension for Downstream Analysis of Melanocytes 2025-Jan, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13216 PMID:39625901	研究论文	本文开发了一种从小鼠尾皮中高效分离高质量活单细胞的方法，用于下游的黑色素细胞及其相互作用细胞的研究	开发了一种新的两阶段酶解步骤，结合碎片去除和活细胞富集，从小鼠尾皮中高效生成高活性的单细胞悬液	该方法主要针对小鼠尾皮，可能不适用于其他类型的皮肤组织	研究小鼠尾皮中黑色素细胞及其相互作用细胞的单细胞转录组分析	小鼠尾皮中的角质形成细胞、黑色素细胞和成纤维细胞	单细胞测序	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
6295	2024-12-29	CXC chemokine receptor 4 - mediated immune modulation and tumor microenvironment heterogeneity in gastric cancer: Utilizing multi-omics approaches to identify potential therapeutic targets 2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.2130 PMID:39431668	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性	首次全面揭示了CXCR4在胃癌肿瘤微环境中的免疫调节作用及其与T细胞耗竭的关系	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性，寻找潜在治疗靶点	胃癌细胞系AGS和SNU-1	肿瘤免疫学	胃癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、ELISA、PCR、CCK8实验、细胞划痕实验、集落形成实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	两种胃癌细胞系（AGS和SNU-1）
6296	2024-12-29	Construction of mitochondrial quality regulation genes-related prognostic model based on bulk-RNA-seq analysis in multiple myeloma 2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.2135 PMID:39446019	研究论文	本文基于批量RNA测序分析，构建了与线粒体质量调控基因相关的多发性骨髓瘤预后模型	开发了一个与线粒体质量调控基因相关的预后模型，并利用多种生物信息学工具进行综合分析	NA	构建多发性骨髓瘤患者的线粒体质量调控基因相关预后模型	多发性骨髓瘤患者	生物信息学	多发性骨髓瘤	批量RNA测序、单细胞RNA测序、突变分析、免疫浸润分析	RiskScore模型	RNA测序数据、突变数据、单细胞RNA测序数据	NA
6297	2024-12-29	Navigating the immune landscape with plasma cells: A pan-cancer signature for precision immunotherapy 2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.2142 PMID:39495620	研究论文	本研究通过泛癌单细胞RNA测序分析，发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig，能够显著预测患者对免疫治疗的反应	发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig，并通过机器学习算法验证了其在预测免疫治疗反应中的优越性	未提及具体的研究局限性	提高对肿瘤微环境中内在和外在免疫景观的理解，并为更精确的生物标志物引导的免疫治疗方法铺平道路	癌症患者	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	多个队列的癌症患者
6298	2024-12-28	Histopathologic Analysis of Human Kidney Spatial Transcriptomics Data: Toward Precision Pathology 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.011 PMID:39097165	研究论文	本文探讨了空间转录组学（ST）技术在人类肾脏样本中的应用，旨在通过形态学方法解释ST数据，提高对慢性肾脏病病变现象的理解	提出了基于形态学的ST数据分析方法，能够更准确地解释肾脏病变的细胞和分子机制	研究仅基于人类肾脏样本，未涉及其他组织或疾病模型	通过空间转录组学技术，提高对慢性肾脏病病变现象的理解，推动精准病理学的发展	人类肾脏样本	数字病理学	慢性肾脏病	空间转录组学（ST）	NA	空间转录组数据	人类肾脏样本
6299	2024-12-28	The contribution of the novel CLTC-VMP1 fusion gene to autophagy regulation and energy metabolism in cisplatin-resistant osteosarcoma 2025-Jan-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00302.2024 PMID:39466176	研究论文	本研究探讨了CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药机制中的作用及其通过调节自噬和凋亡平衡介导能量代谢重编程的分子机制	首次发现CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了肿瘤细胞的异质性	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床样本中进行验证	探索CLTC-VMP1基因融合在骨肉瘤化疗耐药机制中的作用	骨肉瘤细胞系和小鼠模型	分子生物学	骨肉瘤	单细胞转录组分析、慢病毒载体	NA	转录组数据	人类骨肉瘤细胞系和小鼠模型
6300	2024-12-26	Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00768-2 PMID:39169166	综述	本文综述了单细胞转录组学和空间转录组学在细胞身份和组织结构分析中的最新进展、挑战和前景	讨论了深度学习（包括基础模型）在单细胞和空间转录组数据分析中的应用，并展望了这些技术在生物研究和临床转化中的未来	未具体提及研究的局限性	探讨单细胞和空间转录组学在细胞状态和多细胞邻域识别与表征中的应用	健康与疾病组织中的细胞多样性和基因表达动态	生物信息学	肿瘤生物学	单细胞转录组学、空间转录组学	深度学习、基础模型	转录组数据	数百至数百万个细胞的靶向转录组和全转录组数据