单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6261	2025-04-23	Longitudinal Changes in Peripheral and Alveolar Monocyte and Inflammatory Biomarkers are Distinct in Hypercapnia Patients Following Pulmonary Sepsis-Induced ARDS 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S508311 PMID:40255660	research paper	该研究比较了肺炎败血症诱发的ARDS患者中高碳酸血症与非高碳酸血症患者的细胞组成和炎症生物标志物的初始值和纵向变化	提供了关于单核细胞中心簇和相关生物标志物的新视角，这些在驱动肺炎败血症诱发的ARDS后高碳酸血症中起关键作用	样本量较小（61例严重肺炎患者），且研究时间较短（2022年12月至2023年4月）	探究高碳酸血症在ARDS中的免疫学机制	肺炎败血症诱发的ARDS患者（包括高碳酸血症和非高碳酸血症患者）以及非败血症肺炎患者作为对照	NA	ARDS（急性呼吸窘迫综合征）	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）、流式细胞术、细胞因子面板分析	NA	临床数据、呼吸参数、外周血单个核细胞（PBMCs）、支气管肺泡灌洗液（BALF）	61例严重肺炎患者（11例非败血症肺炎患者作为对照，50例肺炎败血症患者中26例发展为高碳酸血症）
6262	2025-04-23	Integrated multi-omics analysis reveals the functional and prognostic significance of lactylation-related gene PRDX1 in breast cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1580622 PMID:40256656	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了乳酰化相关基因PRDX1在乳腺癌中的功能和预后意义	首次全面分析了PRDX1在乳腺癌中的表达模式、细胞间通讯网络和空间异质性，并构建了基于PRDX1阳性单核细胞基因表达谱的预后模型	未来研究需要将PRDX1与其他生物标志物整合以提高个性化医疗的精确性	探究乳酰化相关基因PRDX1在乳腺癌中的调控机制及其预后意义	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	GWAS、单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、SMR分析、Cox回归、LASSO回归	预后预测模型	基因组数据、转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的多组学数据
6263	2025-04-23	Immune Landscape Variation in Antineutrophil Cytoplasmic Antibody-Associated Vasculitis Circulation Before and After Plasmapheresis by Single-Cell Transcriptome 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/5531382 PMID:40256686	研究论文	通过单细胞转录组研究血浆置换前后抗中性粒细胞胞浆抗体相关血管炎循环中的免疫景观变化	提出了一种新的单核细胞分类方法，并发现特定单核细胞簇与疾病活动性的相关性	研究样本量未明确提及，可能影响结果的普遍性	探索血浆置换对AAV患者免疫细胞的影响及其机制	抗中性粒细胞胞浆抗体相关血管炎(AAV)患者	生物医学研究	血管炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
6264	2025-04-23	Comprehensive evaluation of methods for identifying tissues or cell types of origin of the plasma cell-free transcriptome 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19241 PMID:40256737	研究论文	本文全面评估了用于识别血浆游离RNA（cfRNA）来源组织或细胞类型的方法	首次系统比较了七种解卷积方法在cfRNA来源分析中的性能，并利用单细胞RNA测序数据作为参考进行深入评估	未提及具体样本量限制或方法适用范围限制	评估和比较不同方法在识别血浆cfRNA来源方面的准确性和稳健性	血浆游离RNA（cfRNA）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	七种解卷积方法（未具体说明）	RNA测序数据	NA
6265	2025-04-22	Single-cell transcriptomic reveals network topology changes of cancer at the individual level 2025-Aug, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108401 PMID:40037020	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了癌症在个体水平上的网络拓扑结构变化	首次在个体水平上分析细胞类型特异性网络的拓扑特征在不同病理状态下的变化	研究依赖于公开的scRNA-seq数据集，样本量有限	探索不同病理状态下细胞类型特异性网络的拓扑特征变化	癌症和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	scRNA-seq	PPI网络和共表达网络	单细胞RNA测序数据	四个公开的scRNA-seq数据集
6266	2025-04-22	Multiple omics-based machine learning reveals specific macrophage sub-clusters in renal ischemia-reperfusion injury and constructs predictive models for transplant outcomes 2025-Aug, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108421 PMID:40086342	研究论文	本研究通过多组学机器学习方法揭示了肾缺血再灌注损伤中特定的巨噬细胞亚群，并构建了移植结果的预测模型	创新性地将基因表达矩阵转化为独特的图形像素模块，并应用先进的计算机视觉处理算法构建DGF预测模型，同时使用10种机器学习算法的111种组合开发移植存活的预测特征	研究主要基于GEO数据库的scRNA-Seq数据，可能受到数据来源的限制	分析巨噬细胞在IRI中的发育和分化特征，识别IRI的特定分子亚型，并建立DGF和移植存活的稳健预测策略	肾缺血再灌注损伤(IRI)中的巨噬细胞亚群	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq, qRT-PCR, WB, IHC	深度学习算法, 随机生存森林算法	基因表达数据, 图像数据	GEO数据库的scRNA-Seq数据和小鼠IRI模型
6267	2025-04-22	scRCA: A Siamese network-based pipeline for annotating cell types using noisy single-cell RNA-seq reference data 2025-May, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110068 PMID:40158457	research paper	该研究开发了一个基于Siamese网络的管道scRCA，用于在存在噪声的单细胞RNA-seq参考数据中准确注释细胞类型	提出了一种新的Siamese网络管道scRCA，能够在存在噪声的参考数据中进行细胞类型注释，并开发了解释器以评估预测的可靠性	未明确说明scRCA在处理极大规模数据集时的计算效率问题	开发一个能够在噪声参考数据中准确注释细胞类型的计算管道	单细胞RNA测序数据和细胞类型注释	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Siamese network	基因表达数据	14个数据集和4名多发性骨髓瘤患者的独立数据集
6268	2025-04-22	Involvement of ryanodine receptors in the contraction of small pulmonary veins 2025-May-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00375.2024 PMID:40183687	研究论文	研究兰尼碱受体（RyRs）在小肺静脉收缩中的作用及其在钙离子调控中的机制	首次在小肺静脉平滑肌细胞中证实RyRs的表达，并揭示RyR2、RyR1和RyR3在不同刺激下的差异性参与机制	研究主要基于外植体肺切片模型，可能无法完全反映体内生理环境	阐明兰尼碱受体在小肺静脉收缩中的具体作用机制	人类和大鼠肺组织中的小肺静脉平滑肌细胞	生理学	肺部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、外植体精准肺切片（PCLS）模型	NA	基因表达数据、功能实验数据	人类和大鼠肺组织样本（具体数量未明确说明）
6269	2025-04-22	Single-Cell Atlas of the Peripheral Immune Response in Patients With Chronic Hepatitis B 2025-May, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70360 PMID:40255189	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了慢性乙型肝炎(CHB)患者外周血单个核细胞的免疫细胞组成和转录差异，揭示了HBV感染后淋巴和骨髓区室的表型变化	发现了一群具有免疫抑制和抗炎表型的新型CD14+CD163+VSIG4+ M2样巨噬细胞，并揭示了其在严重CHB和肝衰竭患者中的富集	研究仅基于外周血样本，未直接分析肝脏组织中的免疫反应	阐明慢性HBV感染的免疫病理特征，为免疫介导的疾病和未解决的慢性HBV感染提供新的治疗策略	慢性乙型肝炎患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞	digital pathology	hepatitis B	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	慢性乙型肝炎患者和健康捐赠者的外周血单个核细胞样本
6270	2025-04-22	Deciphering the complex clonal heterogeneity of polycythemia vera and the response to interferon alfa 2025-Apr-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024012600 PMID:39874500	research paper	该研究通过整合集落形成实验、单细胞RNA测序和基因分型技术，探究了干扰素α（IFN-α）在红细胞分化过程中如何靶向治疗真性红细胞增多症（PV）的病变克隆	揭示了IFN-α通过诱导凋亡或促进分化减少循环突变细胞的长期治疗效果，并强调了核糖体基因和克隆先决条件在IFN-α治疗机制中的重要性	研究中未明确所有导致分子响应的克隆因素，且样本量可能限制了某些亚组分析的统计效力	探究IFN-α在PV治疗中的作用机制及其对不同克隆的影响	真性红细胞增多症（PV）患者和健康对照（HCs）的细胞	NA	真性红细胞增多症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因分型、集落形成实验	NA	单细胞转录组数据、基因型数据	PV患者和健康对照的细胞样本
6271	2025-04-22	GRLGRN: graph representation-based learning to infer gene regulatory networks from single-cell RNA-seq data 2025-Apr-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06116-1 PMID:40251476	研究论文	提出了一种名为GRLGRN的深度学习模型，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	使用图变换网络从先验GRN中提取隐含链接，并结合基因表达谱矩阵编码基因特征，利用注意力机制改进特征提取	未明确提及具体局限性，但单细胞RNA测序数据的细胞异质性、测量噪声和数据丢失可能影响模型性能	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	基因调控网络（GRN）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图变换网络（graph transformer network）	基因表达数据	七个细胞系数据集和三个真实网络
6272	2025-04-22	Novel PD-1-targeted, activity-optimized IL-15 mutein SOT201 acting in cis provides antitumor activity superior to PD1-IL2v 2025-Apr-17, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010736 PMID:40250867	研究论文	本文介绍了一种新型的PD-1靶向免疫细胞因子SOT201，其在抗肿瘤活性上优于PD1-IL2v	SOT201是一种新型的顺式作用免疫细胞因子，通过靶向PD-1+ T细胞并递送减弱的IL-15，在抗肿瘤活性上表现出优于PD1-IL2v的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中全面验证其安全性和有效性	评估SOT201在抗肿瘤治疗中的效果及其机制	PD-1+ CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及小鼠肿瘤模型	免疫治疗	癌症	单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠肿瘤模型（MC38, CT26, B16F10, CT26 STK11 KO）	细胞实验数据、流式细胞术数据、RNA测序数据	小鼠肿瘤模型及人类外周血单核细胞和细胞系
6273	2025-04-22	Multi-omics analysis reveals key immunogenic signatures induced by oncolytic Zika virus infection of paediatric brain tumour cells 2025-Apr-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97804-8 PMID:40240536	research paper	该研究通过多组学分析揭示了寨卡病毒（ZIKV）感染儿童脑肿瘤细胞时诱导的关键免疫原性特征	首次全面研究了寨卡病毒感染儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞的转录组反应，并发现TNF-alpha信号通路在溶瘤过程中的重要作用	研究主要基于体外实验，尚未进行临床验证	探索寨卡病毒作为溶瘤病毒治疗儿童脑肿瘤的分子机制	儿童髓母细胞瘤和非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞	digital pathology	brain tumour	multi-omics analysis, 49-plex ELISA, scRNA-Seq	NA	transcriptomic data, protein secretion data	未明确说明具体样本数量，但使用了多种儿童CNS肿瘤细胞
6274	2025-04-22	JAK3 A573V and JAK3 M511I mutations in peripheral T-cell lymphoma mediating resistance to anti-PD-1 therapy through the STAT3/PD-L1 pathway 2025-Apr-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010783 PMID:40199606	research paper	该研究探讨了JAK3 A573V和JAK3 M511I突变通过STAT3/PD-L1通路介导外周T细胞淋巴瘤对抗PD-1治疗的耐药性	首次系统地描绘了r/r PTCL患者的全面突变谱，并揭示了JAK3突变通过STAT3/PD-L1通路导致抗PD-1治疗耐药的新机制	研究样本量相对有限（109例患者），且主要关注JAK3突变，可能忽略了其他潜在耐药机制	阐明外周T细胞淋巴瘤对抗PD-1治疗耐药的生物学决定因素	复发/难治性外周T细胞淋巴瘤（r/r PTCL）患者	肿瘤免疫学	外周T细胞淋巴瘤	靶向下一代测序（440个癌症相关基因）、单细胞转录组学、Western blotting、流式细胞术	JAK3突变模型（Jurkat和BA/F3细胞系）、JAK3突变同源小鼠模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	109例r/r PTCL患者
6275	2025-04-22	Genome-coverage single-cell histone modifications for embryo lineage tracing 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08656-1 PMID:40011786	研究论文	本文开发了一种名为TACIT的方法，用于在小鼠早期胚胎中进行基因组覆盖的单细胞组蛋白修饰分析，并结合单细胞RNA测序数据绘制了单细胞分辨率的表观遗传景观	开发了TACIT方法，首次实现了基因组覆盖的单细胞七种组蛋白修饰分析，并结合机器学习鉴定了全能性基因调控网络	研究仅限于小鼠早期胚胎，尚未在人类或其他物种中验证	探索早期胚胎发育过程中的单细胞表观遗传重编程和细胞命运决定机制	小鼠早期胚胎	发育生物学	NA	TACIT（靶向染色质索引和标签化）、单细胞RNA测序、CRISPR激活	机器学习模型	表观遗传组数据、转录组数据	小鼠早期胚胎（具体数量未明确说明）
6276	2025-04-22	RETRACTION: Exploring Wound Management in Dental Pulp: Utilizing Single-Cell RNA Sequencing for Global Transcriptomic Analysis in Healthy and Inflamed Pulpal Tissues 2025-Apr, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.70539 PMID:40251782	撤稿声明	该文章因同行评审过程存在问题而被撤稿	NA	同行评审过程被破坏，导致文章被撤稿	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6277	2025-04-22	Integrative machine learning approach for identification of new molecular scaffold and prediction of inhibition responses in cancer cells using multi-omics data 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf006 PMID:40251828	研究论文	本研究利用多组学数据和机器学习方法，识别新的分子支架并预测癌细胞中的抑制反应	结合机器学习和多组学数据（包括单细胞RNA-seq数据）来预测药物反应，并识别新的潜在先导化合物	研究为计算机模拟（in silico）工作，尚未进行临床验证	提高癌症治疗的个性化和有效性，设计新的靶向癌症治疗药物	癌细胞系（特别是对Idasanutlin有反应的细胞系）和ChEMBL数据库中的化合物	机器学习	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA-seq、分子对接和动力学研究	机器学习模型（具体类型未明确说明）	多组学数据、单细胞RNA-seq数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个癌细胞系和ChEMBL数据库中的化合物
6278	2025-04-22	Understanding developing kidneys and Wilms tumors one cell at a time 2025, Current topics in developmental biology DOI:10.1016/bs.ctdb.2024.11.005 PMID:40254343	review	本文综述了单细胞测序技术在正常肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用及其技术选择	总结了当前可用的单细胞测序技术，并讨论了它们在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用及技术组合的潜力	未提及具体实验数据或样本量的限制	探讨单细胞测序技术在肾脏发育和Wilms肿瘤研究中的应用	正常肾脏发育和Wilms肿瘤	生物医学	Wilms肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
6279	2025-04-21	Development and validation of a transcription factor regulatory network-based signature for individualized prognostic risk in lung adenocarcinoma 2025-Jun-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35375 PMID:39960662	研究论文	本研究开发并验证了一个基于转录因子调控网络的签名（scGPS），用于肺腺癌（LUAD）患者的个体化预后风险评估	利用单细胞RNA测序数据构建了上皮细胞特异性转录因子调控网络，并从中提取了3521个基因对作为预后签名，相较于现有基因签名具有更优的预后分层能力	研究依赖于多个数据集的整合分析，可能存在批次效应或数据异质性问题	开发可靠的肺腺癌预后签名以实现风险分层	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列	scGPS（单细胞基因对签名）	基因表达数据	来自23个LUAD队列的2740名患者，包括1个scRNA-seq数据集、5个bulk RNA-seq数据集和17个微阵列数据集
6280	2025-04-21	Single-cell RNA sequencing highlights the role of proinflammatory fibroblasts, vascular endothelial cells, and immune cells in the keloid immune microenvironment 2025-May, International journal of dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/ijd.17516 PMID:39450923	研究论文	通过单细胞RNA测序分析瘢痕疙瘩和健康皮肤组织，揭示了促炎性成纤维细胞、血管内皮细胞和免疫细胞在瘢痕疙瘩免疫微环境中的作用	首次揭示了促炎性成纤维细胞和血管内皮细胞在瘢痕疙瘩免疫微环境中的关键作用，并提供了潜在的治疗靶点	样本量较小（3个瘢痕疙瘩和2个健康皮肤样本），且依赖公共数据库数据进行外部验证	探索瘢痕疙瘩免疫微环境中细胞的功能状态及其在疾病发展中的作用	瘢痕疙瘩和健康皮肤组织中的细胞	数字病理	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3个瘢痕疙瘩和2个健康皮肤样本