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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6061 | 2025-10-06 |
NRF2 modulates WNT signaling pathway to enhance photodynamic therapy resistance in oral leukoplakia
2025-Jul, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00256-w
PMID:40494896
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现NRF2通过激活WNT信号通路增强口腔白斑的光动力疗法耐药性 | 首次在单细胞水平揭示NRF2通过调控WNT信号通路介导口腔白斑光动力疗法耐药的新机制 | 样本量相对有限,需要更大规模临床试验验证NRF2抑制剂的治疗效果 | 探究口腔白斑光动力疗法耐药的关键调控通路 | 口腔白斑患者样本和4NQO诱导的小鼠口腔白斑模型 | 单细胞组学 | 口腔白斑 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例单细胞测序样本(3例敏感,3例耐药),117例验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6062 | 2025-10-06 |
Validation of Fiber-Dominant Expressing Gene Promoters in Populus trichocarpa
2025-Jun-25, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14131948
PMID:40647957
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和AspWood数据库,鉴定并验证了毛果杨中木质部纤维优势表达基因的启动子 | 首次通过整合单细胞RNA测序和AspWood数据库系统鉴定毛果杨木质部纤维优势表达基因启动子,并创建了启动子::GUS转基因杨树进行功能验证 | 研究仅针对毛果杨这一树种,未在其他树种中验证启动子的保守性和功能 | 鉴定和验证适用于林木育种的木质部纤维特异性基因启动子 | 毛果杨(Populus trichocarpa)的基因启动子和转基因植株 | 植物分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 激光捕获显微切割, RT-qPCR, 组织化学GUS染色 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 32个候选基因,最终验证9个基因启动子 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6063 | 2025-10-06 |
A Reproducibility Focused Meta-Analysis Method for Single-Cell Transcriptomic Case-Control Studies Uncovers Robust Differentially Expressed Genes
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618577
PMID:39463993
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荟萃分析 | 开发了一种专注于可重复性的单细胞转录组病例对照研究荟萃分析方法,用于识别稳健的差异表达基因 | 提出基于跨数据集相对差异表达排序可重复性的非参数荟萃分析方法SumRank | 依赖已发表研究的质量和一致性,可能受原始实验设计差异影响 | 评估单细胞转录组研究中差异表达基因的可重复性并开发改进的识别方法 | 阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、精神分裂症和COVID-19的单细胞RNA测序研究数据 | 生物信息学 | 神经退行性疾病,精神疾病,传染病 | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | 非参数荟萃分析模型 | 基因表达数据 | 多个已发表研究的汇总数据 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 6064 | 2025-10-06 |
Integrated single cell spatial multi-omics landscape of WHO grades 2-4 diffuse gliomas identifies locoregional metabolomic regulators of glioma growth
2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651361
PMID:40654923
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞空间多组学技术,揭示了WHO 2-4级弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢调控机制 | 首次结合空间转录组学、成像质谱流式和质谱成像技术,系统解析胶质瘤核心与边缘区域的代谢异质性 | 样本量相对有限,需要进一步验证代谢物的功能机制 | 探索弥漫性胶质瘤区域特异性代谢依赖性与肿瘤生长的关系 | WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者肿瘤组织(核心与边缘区域) | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 空间转录组学, 成像质谱流式, 质谱成像 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质组数据, 代谢组数据 | WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者肿瘤样本(包含IDH突变少突胶质细胞瘤和IDH野生型星形细胞瘤) | NA | 空间转录组学, 质谱成像 | NA | NA |
| 6065 | 2025-10-06 |
A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651907
PMID:40654841
|
研究论文 | 开发了一个名为SPLISOSM的计算框架,用于从空间转录组数据中检测异构体分辨率模式 | 首次提出了能够同时考虑位点和异构体水平依赖关系的多变量测试方法,在稀疏数据上表现出稳健性能 | NA | 研究转录多样性的空间协调机制 | 小鼠大脑和人类胶质母细胞瘤 | 生物信息学 | 神经精神疾病, 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 多变量统计模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6066 | 2025-10-06 |
CRISPRi perturbation screens and eQTLs provide complementary and distinct insights into GWAS target genes
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.05.651929
PMID:40654604
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研究论文 | 系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL分析在识别GWAS靶基因方面的互补性和差异性 | 首次系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL分析两种方法在识别非编码变异靶基因方面的表现 | 研究主要关注血液细胞性状相关的基因组区域,可能不适用于其他组织或疾病类型 | 评估不同方法在识别非编码变异靶基因方面的效果和互补性 | 数百个与血液细胞性状相关的基因组区域 | 功能基因组学 | 血液相关疾病 | CRISPR干扰, 单细胞转录组测序, eQTL分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 数百个基因组区域 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6067 | 2025-10-06 |
Cross-species analysis of experimental PH at single cell resolution reveals prominent contributions Ednrb + EC and Dhcr24 + macrophage populations
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651587
PMID:40655025
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研究论文 | 通过跨物种单细胞分析揭示实验性肺动脉高压中新型巨噬细胞和内皮细胞亚群的作用 | 首次建立跨物种单细胞图谱,鉴定出Dhcr24高表达巨噬细胞亚群和Ednrb阳性内皮细胞亚群在肺动脉高压中的新作用 | 动物模型与人类疾病的完全对应关系仍需进一步验证 | 研究肺动脉高压动物模型与人类疾病的细胞水平关联 | 小鼠、大鼠肺动脉高压模型和人类肺动脉高压患者 | 单细胞测序分析 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多种啮齿类动物模型和人类数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6068 | 2025-10-06 |
Data standards for single-cell RNA-sequencing of paediatric cancer
2025-May, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.70033
PMID:40416408
|
研究论文 | 系统评估儿科癌症单细胞RNA测序数据存储现状并提出标准化建议框架 | 首次系统分析儿科癌症scRNA-seq数据存储的不一致性问题,并提出改善数据存储实践的具体建议框架 | 仅分析已公开的scRNA-seq数据集,未涉及其他单细胞测序技术 | 改善儿科癌症单细胞RNA测序数据的存储标准和使用效率 | 公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 儿科癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 488个临床样本,超过130万个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6069 | 2025-10-06 |
Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy
2025-Apr-25, Journal of molecular histology
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s10735-025-10427-1
PMID:40278950
|
研究论文 | 本研究探讨妊娠期肝内胆汁淤积症中胆汁酸通过NRF1/PGC-1α通路导致胎盘滋养细胞线粒体功能障碍的机制 | 首次在单细胞水平揭示ICP胎盘滋养细胞线粒体功能损伤机制,发现NRF1/PGC-1α通路介导的线粒体转录机制受损 | 研究主要基于细胞模型,需要更多临床样本验证 | 探究胆汁酸诱导线粒体功能障碍的机制,为ICP治疗提供精准靶点 | 人类胎盘组织和滋养细胞 | 单细胞生物学 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 单细胞测序,荧光共聚焦显微镜,电子显微镜,线粒体膜电位检测 | 细胞模型 | 单细胞测序数据,显微镜图像,分子检测数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6070 | 2025-10-06 |
Biological sex affects gene expression and functional variation across the human genome
2025-Apr-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.03.24313025
PMID:39281750
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类基因组中性别差异对基因表达和功能变异的影响 | 首次在单细胞水平系统识别1200个性别偏向表达基因,发现79%的性别差异基因受转录因子调控,并鉴定出2390个性别偏向eQTL | 独立数据集中复制证据有限,主要基于淋巴母细胞系研究 | 探索人类性别二态性的遗传机制及其对疾病的影响 | 480个淋巴母细胞系 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习, 线性模型 | 基因表达数据 | 480个淋巴母细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6071 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.636192
PMID:40027755
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研究论文 | 本研究通过构建发育中抑制性神经元的单细胞转录组图谱,揭示了SST+神经元多样化的三种不同模式 | 开发了计算流程富集和整合稀有细胞类型,构建了包含超过51,000个SST+神经元的发育图谱,首次发现抑制性神经元多样化的三种模式:不变、扩张和收缩 | 主要基于小鼠数据,人类数据验证有限;稀有细胞类型的捕获仍存在技术挑战 | 探究大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制 | 小鼠和人类胎儿的生长抑素表达(SST+)抑制性神经元 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 计算分析流程 | 单细胞转录组数据 | 超过51,000个小鼠SST+神经元 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6072 | 2025-10-06 |
EIF4A3 Promotes Muscle Atrophy and Aging by Inhibiting the FAK Pathway Through NEDD9 mRNA Destabilization
2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.70010
PMID:40641186
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研究论文 | 本研究揭示了EJC核心解旋酶EIF4A3通过促进NEDD9 mRNA降解抑制FAK通路,从而促进肌肉萎缩和衰老的机制 | 首次发现EJC复合物核心组分EIF4A3在肌肉萎缩中的关键作用,并阐明其通过NEDD9 mRNA稳定性调控FAK信号通路的新机制 | 样本量相对有限(人类n=5,小鼠n=6-10),需在更大规模人群中验证 | 探究外显子连接复合物在肌肉萎缩中的作用机制 | 人类肌肉组织、小鼠模型、肌管细胞 | 分子生物学 | 肌肉萎缩症 | 单细胞转录组分析、RNA-seq、RIP-seq、RT-qPCR、免疫印迹 | NA | 转录组数据、蛋白质数据 | 人类:5例年轻与老年对照;小鼠:每组6-10只 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6073 | 2025-10-06 |
Unraveling the Transcription Factor Code of Odontoblast Differentiation
2025-Jul-12, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345251348148
PMID:40650465
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq分析揭示了调控成牙本质细胞分化的转录因子代码 | 首次鉴定并验证了4个在牙齿发育中未被研究过的转录因子在成牙本质细胞分化中的功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类细胞中验证 | 解析干细胞向成牙本质细胞分化的分子机制 | 小鼠持续生长牙齿中的干细胞和诱导多能干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA-seq,多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠牙齿样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6074 | 2025-10-06 |
Quantification of transcript isoforms at the single-cell level using SCALPEL
2025-Jul-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61118-0
PMID:40640129
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研究论文 | 开发了一种名为SCALPEL的单细胞RNA测序工具,用于在单细胞水平定量分析转录本亚型 | 基于Nextflow的工具能够从标准3' scRNA-seq数据中定量表征转录本亚型,相比现有方法具有更高的灵敏度和特异性 | NA | 改进单细胞水平转录本亚型的定量分析,探索转录后基因调控机制 | 转录本亚型、细胞群体、3' UTR长度变化、miRNA特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、长短读长测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、合成数据、真实数据集 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 标准3'单细胞RNA测序 |
| 6075 | 2025-10-06 |
Exploration and validation of the prognostic value of mitophagy and mitochondrial dynamics-related genes in cervical cancer
2025-Jul-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-09310-6
PMID:40640353
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研究论文 | 本研究探索并验证了线粒体自噬和线粒体动力学相关基因在宫颈癌中的预后价值 | 首次结合孟德尔随机化和101种机器学习模型识别宫颈癌中线粒体自噬和线粒体动力学的预后基因,并构建了高精度的风险模型 | 研究机制仍需进一步实验验证,风险模型AUC值仅超过0.6,准确度有提升空间 | 评估线粒体自噬和线粒体动力学在宫颈癌中的预后意义 | 宫颈癌患者 | 机器学习 | 宫颈癌 | 孟德尔随机化,单细胞RNA测序,基因集富集分析 | 多种机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6076 | 2025-10-06 |
Single cell RNA sequencing analysis of mice hindlimb muscles identifies transcriptional heterogeneity in aging and physical frailty
2025-Jul-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-10421-3
PMID:40640360
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析小鼠后肢肌肉,揭示衰老和身体衰弱过程中的转录异质性 | 首次在单细胞水平系统比较相对健康衰老、年龄相关衰弱和年龄无关衰弱三种状态的转录调控网络和细胞通讯差异 | 研究仅针对小鼠模型,结果需要进一步在人类样本中验证 | 阐明衰老和身体衰弱的分子机制 | 小鼠后肢肌肉组织 | 单细胞转录组学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序,SMART测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老小鼠,分为非衰弱年轻/年老组和衰弱年老组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6077 | 2025-10-06 |
Unveiling the therapeutic potential of senescence-related IQGAP2 in pancreatic Cancer through post-GWAS genomic and scRNA-seq analyses
2025-Jul-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03078-x
PMID:40640432
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析揭示衰老相关基因IQGAP2在胰腺癌中的治疗潜力 | 首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序方法系统研究衰老相关基因在胰腺癌中的作用,发现IQGAP2在胰腺癌中的因果作用和治疗靶点潜力 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证IQGAP2的功能机制 | 探索衰老相关基因在胰腺癌发生发展中的作用及其治疗潜力 | 胰腺癌细胞和衰老相关基因 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 功能富集分析 | SMR分析, HEIDI检验, 共定位分析 | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6078 | 2025-10-06 |
MTMR14 depletion aggravates intrapulmonary inflammation and emphysema in experimental COPD through activating macrophage M1 polarization
2025-Jul-10, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03293-8
PMID:40640787
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研究论文 | 本研究探讨MTMR14在COPD巨噬细胞极化中的作用机制 | 首次揭示MTMR14通过PI3K/Akt和NF-κB通路负调控巨噬细胞M1极化,并发现TRIM21通过泛素-蛋白酶体系统下调MTMR14 | 未提供临床样本量具体数据,动物模型结果向临床转化的有效性需进一步验证 | 研究MTMR14在慢性阻塞性肺疾病巨噬细胞中的功能和机制 | 巨噬细胞、肺泡上皮细胞、小鼠模型、临床标本 | 分子生物学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 生物信息学分析、单细胞测序、免疫共沉淀、环己酰亚胺追踪实验 | 基因敲除小鼠模型、细胞敲低/过表达模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、功能实验数据 | 临床标本、动物模型和细胞模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6079 | 2025-10-06 |
Temporal dynamics of the multi-omic response reveals the modulation of macrophage subsets post-myocardial infarction
2025-Jul-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06726-6
PMID:40640882
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据,揭示了心肌梗死后巨噬细胞亚群的异质性及蛋白质水平动态变化 | 首次整合单细胞转录组和蛋白质组数据系统分析心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及蛋白质翻译后修饰 | 研究主要基于动物实验数据,尚未在人类样本中进行验证 | 探究心肌梗死后巨噬细胞亚群的异质性及其蛋白质水平动态变化对预后的影响 | 心肌梗死后小鼠模型中的巨噬细胞亚群 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 未明确样本数量,包含多个时间点(3天、7天、28天)的巨噬细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 6080 | 2025-10-06 |
Biomarkers and therapeutic strategies targeting microglia in neurodegenerative diseases: current status and future directions
2025-Jul-10, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-025-00867-4
PMID:40640892
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综述 | 本文综述了神经退行性疾病中小胶质细胞靶向治疗的生物标志物和策略现状及未来方向 | 系统整合了新兴的小胶质细胞靶向治疗策略和生物标志物,并提出了将肿瘤学中伴随诊断模式应用于神经退行性疾病的创新思路 | 许多生物标志物仍局限于临床前研究,面临物种特异性差异、缺乏标准化和临床异质性等转化挑战 | 探讨神经退行性疾病中小胶质细胞靶向治疗的生物标志物和策略 | 阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化、帕金森病和额颞叶痴呆等神经退行性疾病 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞组学、空间转录组学、人工智能多模态数据整合 | NA | 多模态数据 | NA | NA | 单细胞组学, 空间转录组学 | NA | NA |