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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6041 | 2025-10-06 |
Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq
2025-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01112-w
PMID:39979460
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研究论文 | 开发了一种名为SEC-seq的新方法,能够将单个细胞的转录组与其分泌蛋白量关联起来 | 首次实现了在单细胞水平上同时测量转录组和分泌蛋白量的技术,通过纳米孔技术和寡核苷酸条形码标记系统 | 需要特定的纳米孔技术和设备,可能对某些实验室来说设备要求较高 | 研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关联 | T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌型细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,微流控技术 | NA | 单细胞转录组数据,分泌蛋白定量数据 | 数千个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 微流控油包水乳液系统 |
| 6042 | 2025-10-06 |
TRain: T-cell receptor automated immunoinformatics
2025-Mar-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06074-8
PMID:40050726
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研究论文 | 开发了一个名为TRain的自动化生物信息学工具,用于简化从T细胞受体序列到三维TCR-pMHC复合物结构预测的流程 | 首次提供了一个整合的自动化流程,将单细胞测序数据转换为完整的TCR氨基酸序列,并自动化进行TCR结构建模和与pMHC的对接预测 | 依赖于现有的TCR特异性建模流程和RosettaDock工具,可能受限于这些工具的准确性和局限性 | 开发自动化工具简化TCR-pMHC复合物结构预测流程 | T细胞受体和肽-MHC复合物 | 生物信息学 | 免疫相关疾病 | 单细胞测序,蛋白质结构建模,分子对接 | RosettaDock | 序列数据,结构数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 6043 | 2025-10-06 |
β-Catenin mediated TAM phenotype promotes pancreatic cancer metastasis via the OSM/STAT3/LOXL2 axis
2025-02, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2024.101096
PMID:39740539
|
研究论文 | 本研究揭示了β-连环蛋白通过调控肿瘤相关巨噬细胞表型促进胰腺癌转移的新机制 | 首次发现β-连环蛋白信号在TAM中特异性激活,并鉴定出β-连环蛋白/OSM-STAT3/LOXL2信号轴在TAM诱导的胰腺癌进展中的关键作用 | 研究主要基于细胞系和动物模型,需要进一步在临床样本中验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞促进胰腺导管腺癌进展的分子机制 | 胰腺导管腺癌细胞、THP-1来源的巨噬细胞、Panc02肺转移模型 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 体外共培养, 体内转移模型 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6044 | 2025-10-06 |
Tcf21 as a founder transcription factor in specifying Foxd1 cells to the juxtaglomerular cell lineage
2025-Jan-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00235.2024
PMID:39589156
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子Tcf21在Foxd1阳性基质祖细胞向肾小球旁细胞谱系分化过程中的关键作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析,揭示了Tcf21在肾脏发育早期阶段对Foxd1细胞向肾小球旁细胞分化的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类肾脏发育中的类似机制仍需进一步验证 | 探究Tcf21转录因子在Foxd1阳性基质祖细胞向肾小球旁细胞分化过程中的作用机制 | 小鼠肾脏Foxd1阳性基质祖细胞和肾小球旁细胞 | 发育生物学 | 肾脏发育疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫染色, 原位杂交 | 小鼠基因敲除模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据, 组织图像数据 | 2,054个细胞(来自E12、E18、P5和P30时间点的GFP阳性基质谱系细胞) | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 6045 | 2025-10-06 |
Identification and Construction of a R-loop Mediated Diagnostic Model and Associated Immune Microenvironment of COPD through Machine Learning and Single-Cell Transcriptomics
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02232-x
PMID:39798034
|
研究论文 | 通过机器学习和单细胞转录组学构建R-loop介导的COPD诊断模型并分析其免疫微环境特征 | 首次系统研究R-loop调节因子在COPD中的作用,利用12种机器学习算法识别关键R-loop调节因子,建立基于14个R-loop调节因子的风险评分模型并发现两种不同COPD亚型 | 研究样本量未明确说明,部分发现仅在动物模型中验证 | 探索R-loop调节因子在慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的作用并构建诊断模型 | COPD患者肺组织、小鼠肺组织 | 机器学习, 单细胞转录组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, RT-PCR | 机器学习算法(12种算法150种组合) | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 6046 | 2025-10-06 |
PD-L1 Promotes Immunological Tolerance and Enhances Visual Protection of hESC-RPE Grafts in Retinal Degeneration
2025-Aug, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70007
PMID:39953740
|
研究论文 | 本研究探讨PD-L1过表达在改善人胚胎干细胞来源视网膜色素上皮细胞移植治疗年龄相关性黄斑变性中的免疫保护作用 | 提出无需删除MHC基因仅通过PD-L1过表达即可增强hESC-RPE移植物存活和视觉保护的新策略 | 研究主要聚焦于PD-L1的免疫调节作用,未全面评估其他免疫检查点的潜在影响 | 探索PD-L1过表达对hESC-RPE移植免疫耐受和视觉功能保护的作用机制 | 人胚胎干细胞来源视网膜色素上皮细胞和视网膜退行性病变模型 | 细胞治疗 | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6047 | 2025-10-06 |
Exploration of heterogeneity and recurrence signatures in hepatocellular carcinoma
2025-Aug, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.70012
PMID:40018995
|
研究论文 | 本研究通过整合分析肝细胞癌的单细胞RNA测序数据,揭示了复发肿瘤的异质性特征并构建了复发预后模型 | 首次系统揭示肝细胞癌复发过程中的细胞异质性变化,识别MIF-(CD74+CXCR4)信号通路的关键作用,并开发了基于机器学习的新型复发风险评分模型 | 研究样本量有限,需要更大规模队列验证模型的普适性 | 探索肝细胞癌复发异质性特征并开发预后预测模型 | 肝细胞癌患者样本和小鼠移植模型 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, 机器学习, RT-qPCR, 免疫组化 | 机器学习模型 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6048 | 2025-10-06 |
Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis
2025-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09018-7
PMID:40369079
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术发现肿瘤微环境中的牛磺酸通过驱动糖酵解促进白血病发生 | 首次系统描绘白血病进展过程中基质信号的动态变化,鉴定牛磺酸-TAUT轴作为侵袭性髓系白血病的关键依赖性通路 | 研究主要聚焦于髓系白血病,对其他类型白血病的适用性需进一步验证 | 探索肿瘤微环境对白血病干细胞的支持机制 | 白血病干细胞、骨髓基质细胞、小鼠模型和患者来源的急性髓系白血病细胞 | 单细胞生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序、CRISPR筛选、多组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6049 | 2025-10-06 |
Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy
2025-Aug-01, The British journal of radiology
DOI:10.1093/bjr/tqaf114
PMID:40419861
|
综述 | 探讨放射治疗中内皮细胞与免疫系统的相互作用机制及其对治疗效果的影响 | 提出通过靶向内皮-免疫轴来增强放射治疗疗效的新策略 | NA | 改善放射治疗的疗效并减少副作用 | 血管内皮细胞与免疫细胞在放射治疗中的相互作用 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 6050 | 2025-10-06 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2025-Jul-22, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115909
PMID:40570367
|
研究论文 | 研究细胞因子混合物对人THP-1巨噬细胞向阿尔茨海默病相关表型重编程的作用 | 首次使用特定细胞因子组合(IL-4、CSF1、IL-34和TGF-β)在体外将人巨噬细胞重编程为AD相关表型 | 研究仅限于体外THP-1巨噬细胞模型,未在体内验证 | 开发阿尔茨海默病相关的体外巨噬细胞模型 | 人THP-1巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,功能测定 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | THP-1巨噬细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6051 | 2025-10-06 |
Generation and long-term culture of human cerebellar organoids from pluripotent stem cells
2025-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01093-w
PMID:39623220
|
研究论文 | 开发了一种从人多能干细胞生成和长期培养人类小脑类器官的方案 | 首次建立了能够复制胎儿小脑细胞多样性和独特细胞结构特征的人类小脑类器官模型 | NA | 研究人类小脑发育和疾病 | 人类小脑类器官 | 发育神经生物学 | 小脑疾病 | 单细胞转录组学、免疫组织化学、钙动力学、电生理学 | NA | 转录组数据、图像数据、电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6052 | 2025-10-06 |
Targeting of arachidonic acid-modulated autophagy to enhance the sensitivity of ROS1 + or ALK + non-small cell lung cancer to crizotinib therapy
2025-Mar-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-2025-105
PMID:40248722
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研究论文 | 本研究揭示了花生四烯酸通过调节自噬流促进ROS1+或ALK+非小细胞肺癌对克唑替尼耐药的机制 | 首次发现STAT3磷酸化失活和PTGS2下调导致花生四烯酸积累,进而通过促进自噬流驱动克唑替尼耐药的新机制 | 研究主要基于细胞系模型,尚未进行体内动物实验验证 | 阐明克唑替尼耐药机制并寻找克服耐药的新治疗策略 | ROS1+或ALK+非小细胞肺癌细胞系(HCC78和H3122) | 癌症生物学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学分析 | 细胞耐药模型 | 基因表达数据,代谢物数据 | 2种细胞系,3个类器官样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6053 | 2025-10-06 |
Osteocyte connexin hemichannels and prostaglandin E2 release dictate bone marrow mesenchymal stromal cell commitment
2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412144122
PMID:39937859
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研究论文 | 本研究揭示了骨细胞连接蛋白43半通道通过释放前列腺素E2调控骨髓间充质干细胞谱系分化的关键机制 | 首次发现骨细胞Cx43半通道通过PGE2释放调控BM-MSPC命运决定,揭示了骨细胞与间充质干细胞间的新型通讯机制 | 研究主要基于转基因小鼠模型,人类组织验证尚不充分 | 探究骨细胞如何通过Cx43半通道调控骨髓间充质干细胞的谱系定向分化 | 转基因小鼠模型的骨髓间充质干细胞和祖细胞 | 细胞生物学 | 骨骼疾病 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 两种Cx43突变转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6054 | 2025-10-06 |
Divergent Clinical and Immunologic Outcomes Based on STK11 Co-mutation Status in Resectable KRAS-Mutant Lung Cancers Following Neoadjuvant Immune Checkpoint Blockade
2025-Jan-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2983
PMID:39545922
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研究论文 | 本研究探讨了可切除KRAS突变肺癌中STK11共突变状态对新辅助免疫检查点阻断治疗后临床和免疫学结果的影响 | 首次在可切除NSCLC新辅助免疫治疗背景下揭示KRAS/STK11共突变的临床意义,并通过单细胞转录组学发现T细胞转录命运的差异 | 样本量有限(7个KRASmut/STK11wt肿瘤和6个KRASmut/STK11mut肿瘤),需要更大规模研究验证 | 评估KRAS和STK11共突变对可切除非小细胞肺癌新辅助免疫治疗疗效的影响 | 可切除的KRAS突变非小细胞肺癌患者 | 癌症免疫学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 13个肿瘤样本(7个KRASmut/STK11wt,6个KRASmut/STK11mut) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6055 | 2025-10-06 |
Impact of Curcumin on the IL-17A-Mediated p53-Fibrinolytic System: Mouse Proteomics and Integrated Human Fibrosis scRNAseq Insights
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02167-3
PMID:39424752
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研究论文 | 本研究探讨姜黄素通过调节IL-17A介导的p53-纤溶系统对急性肺损伤向特发性肺纤维化发展的影响机制 | 首次整合小鼠蛋白质组学与人类肺纤维化单细胞RNA测序数据,揭示IL-17A在p53-纤溶系统中的新作用及姜黄素的调节机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证相对有限 | 阐明IL-17A在急性肺损伤向肺纤维化进展中的作用机制及姜黄素的治疗潜力 | C57BL/6小鼠和人类IPF肺组织标本 | 生物信息学 | 肺纤维化 | 蛋白质组学,单细胞RNA测序,分子对接 | Schroedinger分子对接模型 | 蛋白质组数据,单细胞RNA测序数据 | 20例IPF患者和10例对照肺组织标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6056 | 2025-10-06 |
Multiple Machine Learning Identifies Key Gene PHLDA1 Suppressing NAFLD Progression
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02164-6
PMID:39496918
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研究论文 | 本研究通过多种机器学习方法鉴定出PHLDA1基因在抑制非酒精性脂肪肝疾病进展中的关键作用 | 首次通过整合多种机器学习策略和单细胞RNA测序数据,系统鉴定PHLDA1作为NAFLD的新型生物标志物,并验证其在细胞和小鼠模型中的功能 | 研究主要基于公共数据库数据,临床样本验证有限,机制研究仍需深入 | 识别非酒精性脂肪肝疾病的新型生物标志物和治疗靶点 | 非酒精性脂肪肝疾病相关基因表达数据、细胞模型和小鼠模型 | 机器学习 | 非酒精性脂肪肝疾病 | 差异表达分析,WGCNA,机器学习,ROC分析,单细胞RNA测序,基因集富集分析 | 多种机器学习策略 | 基因表达数据,转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 三个NAFLD数据集中的23个重叠差异表达基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6057 | 2025-10-06 |
Comprehensive Analysis of Sialylation-Related Gene Profiles and Their Impact on the Immune Microenvironment in Periodontitis
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02177-1
PMID:39609348
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研究论文 | 通过综合分析唾液酸化相关基因谱及其对牙周炎免疫微环境的影响 | 首次系统鉴定牙周炎中唾液酸化相关核心基因并构建诊断模型,结合单细胞测序揭示唾液酸化对单核细胞发育和细胞通讯的影响 | 研究基于公共数据集,需要实验验证;样本量有限 | 识别与牙周炎相关的唾液酸化相关基因并探索其对牙周免疫微环境的影响 | 牙周炎患者 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞测序,差异表达分析,机器学习,加权基因共表达网络分析,伪时间序列分析,细胞通讯分析 | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6058 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Increased and Activated Post-Capillary Venule Endothelial Cells in Erythrodermic Psoriasis
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02216-x
PMID:39786459
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了红皮病型银屑病中毛细血管后微静脉内皮细胞显著增加和激活的现象 | 首次在单细胞水平发现红皮病型银屑病中毛细血管后微静脉内皮细胞的异常增加和激活状态 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探究红皮病型银屑病中血管内皮细胞的病理变化 | 人类和小鼠的红皮病型银屑病皮肤组织样本 | 单细胞组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,流式细胞术 | 轨迹分析 | 单细胞转录组数据,图像数据,流式数据 | 人类患者活检样本和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6059 | 2025-10-06 |
Unveiling the mechanisms of CEBPD-orchestrated TAM polarization through RGS2/PAR2 pathway and its impact on ICB efficacy in clear cell renal cell carcinoma
2025-Jul-13, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010898
PMID:40659446
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研究论文 | 本研究揭示CEBPD通过RGS2/PAR2轴调控透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞极化并影响免疫检查点阻断剂疗效的机制 | 首次发现CEBPD作为关键转录因子通过RGS2/PAR2轴调控TAM极化状态,并证实其与ICB疗效的关联 | NA | 探索CEBPs在ccRCC免疫微环境中调控TAM极化的机制及其对免疫检查点阻断治疗的影响 | 透明细胞肾细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序, 蛋白质印迹, 免疫荧光, 体外极化实验, 染色质免疫沉淀测序, 双荧光素酶报告实验, 电泳迁移率变动分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据, 临床标本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6060 | 2025-10-06 |
Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656486
PMID:40501968
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研究论文 | 介绍Chevreul——一个用于单细胞RNA测序数据处理和可视化的R Bioconductor包及交互式Shiny应用 | 专门支持全长RNA测序数据的分析,包括外显子覆盖度和转录本异构体推断,并提供批处理校正功能 | NA | 开发一个易于使用的单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |