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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6021 | 2025-10-06 |
Robust Cluster Prediction Across Data Types Validates Association of Sex and Therapy Response in GBM
2025-Jan-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17030445
PMID:39941811
|
研究论文 | 利用稳健集成机器学习构建跨数据类型的预测模型,验证胶质母细胞瘤中性别与治疗反应的关联 | 使用注释的“遗留数据”训练能够跨平台(包括RNA-seq和潜在scRNA-seq)进行多目标预测的稳健模型 | 预测特征集仅对女性患者有效,应用于男性患者产生意外结果 | 验证胶质母细胞瘤中性别特异性分型与治疗反应的关联 | 胶质母细胞瘤患者 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | 基因微阵列,RNA-seq,scRNA-seq | 稳健集成机器学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 基因微阵列,RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6022 | 2025-10-06 |
Low fucosylation defines the glycocalyx of progenitor cells and melanocytes in the human limbal stem cell niche
2025-01-14, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2024.11.008
PMID:39706176
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研究论文 | 本研究揭示了人角膜缘干细胞微环境中祖细胞和黑色素细胞糖萼的低岩藻糖基化特征 | 首次发现角膜缘祖细胞和黑色素细胞表面存在特异性低岩藻糖基化特征,并证明岩藻糖基化调控对干细胞增殖潜能的重要影响 | 研究主要基于体外实验,需要进一步验证在体内环境中的生理意义 | 探索成人干细胞糖萼的独特组成及其在干细胞自我更新和分化中的调控作用 | 人角膜缘上皮细胞、毛囊上皮和睑板腺导管基底细胞 | 细胞生物学 | 眼科疾病 | 荧光激活细胞分选,单细胞转录组学 | NA | 流式细胞数据,转录组数据 | 人角膜缘组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6023 | 2025-10-06 |
Robust single-nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity
2025-Jan-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97981
PMID:39804687
|
研究论文 | 开发了一种稳健的单核RNA测序技术,用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群体动态 | 提出了一种适用于多种组织类型的核分离技术,显著提高了snRNA-seq数据质量,并首次通过整合bulk核RNA-seq识别了按大小和功能分类的脂肪细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型,技术在不同组织类型中的普适性需要进一步验证 | 研究肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞动力学机制 | 小鼠脂肪组织中的各种细胞类型,特别是脂肪细胞亚群 | 单细胞测序 | 肥胖 | 单核RNA测序(snRNA-seq), bulk核RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6024 | 2025-10-06 |
Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures
2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631928
PMID:39829741
|
研究论文 | 开发DeepTopics方法分析类风湿关节炎滑膜空间转录组数据,识别异位淋巴结构的细胞组成和微环境特征 | 提出基于狄利克雷变分自编码器的无参考解卷积方法DeepTopics,首次在类风湿关节炎滑膜中发现两种不同的异位淋巴结构细胞模式 | 仅分析6名患者的8个滑膜组织样本,样本量有限 | 研究类风湿关节炎滑膜中细胞类型相互作用和微环境对细胞状态的影响 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织和异位淋巴结构 | 空间转录组学 | 类风湿关节炎 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 狄利克雷变分自编码器 | 空间转录组数据 | 6名患者的8个滑膜组织样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6025 | 2025-10-06 |
scProAtlas: an atlas of multiplexed single-cell spatial proteomics imaging in human tissues
2025-Jan-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae990
PMID:39526396
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研究论文 | 构建了一个名为scProAtlas的多重单细胞空间蛋白质组学成像图谱数据库 | 开发了首个整合多种空间蛋白质组学技术的综合性功能注释知识库,包含近1,750万个细胞的详细空间信息 | 与空间转录组学相比,空间蛋白质组学检测的蛋白质数量有限 | 帮助用户全面理解不同组织类型在单细胞分辨率和多尺度下的空间背景 | 人类组织中的细胞空间分布 | 数字病理学 | NA | 空间蛋白质组学成像 | NA | 空间蛋白质组学图像数据 | 17,468,394个细胞,来自15种组织的945个感兴趣区域 | NA | 空间蛋白质组学成像 | NA | 八种空间蛋白质成像技术 |
| 6026 | 2025-10-06 |
Spatial Expression of Long Non-Coding RNAs in Human Brains of Alzheimer's Disease
2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.27.620550
PMID:39554066
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研究论文 | 通过空间转录组学分析阿尔茨海默病患者大脑中长链非编码RNA的空间表达模式 | 首次系统绘制人类大脑中lncRNA的空间表达图谱,发现lncRNA比mRNA具有更强的亚区域特异性表达 | 样本量相对有限(78个脑切片,21名参与者),仅分析前额叶皮层区域 | 探索长链非编码RNA在阿尔茨海默病发病机制中的空间表达和功能作用 | ROSMAP研究参与者的78个死后大脑切片 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 网络分析,统计建模 | 空间转录组数据 | 78个脑切片来自21名ROSMAP参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6027 | 2025-10-06 |
FlyPhoneDB2: A computational framework for analyzing cell-cell communication in Drosophila scRNA-seq data integrating AlphaFold-multimer predictions
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.032
PMID:40677242
|
研究论文 | 介绍FlyPhoneDB2计算框架,用于分析果蝇单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯,整合了AlphaFold-multimer预测 | 显著扩展了配体-受体对知识库,整合哺乳动物物种注释和AlphaFold-Multimer结构预测,优化算法性能并增加新功能 | 原始FlyPhoneDB受限于可用配体-受体对数量较少 | 开发改进的计算工具来分析细胞间通讯 | 果蝇单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,AlphaFold-Multimer预测 | 计算框架 | 单细胞RNA测序数据 | 果蝇全身单核RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6028 | 2025-10-06 |
Medulloblastoma: biology and immunotherapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1602930
PMID:40677711
|
综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的生物学特征及免疫治疗最新进展 | 整合单细胞转录组学对髓母细胞瘤亚型的新发现,系统探讨肿瘤微环境与免疫治疗的关联机制 | NA | 探讨髓母细胞瘤生物学特性与免疫治疗策略的协同应用 | 髓母细胞瘤及其肿瘤微环境组分 | NA | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6029 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic analysis of 4NQO-induced tongue cancer revealed cellular lineage diversity and evolutionary trajectory
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1592044
PMID:40678065
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研究论文 | 通过空间转录组学分析4NQO诱导的舌癌,揭示细胞谱系多样性和进化轨迹 | 首次结合人工智能算法和空间转录组学技术系统描绘4NQO诱导舌癌的空间时间演化过程,识别出13个细胞亚群和肿瘤侵袭相关开关基因 | 基于化学诱导的舌癌模型,与人类自发舌癌可能存在差异 | 阐明化学诱导舌癌的细胞谱系多样性和肿瘤进化轨迹 | 4NQO诱导的舌癌组织 | 空间转录组学 | 舌癌 | 空间转录组测序, AI算法 | AI分类器 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6030 | 2025-10-06 |
FN1 from cancer-associated fibroblasts orchestrates pancreatic cancer metastasis via integrin-PI3K/AKT signaling
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1595523
PMID:40678072
|
研究论文 | 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞中FN1通过整合素-PI3K/AKT信号轴驱动胰腺癌转移的分子机制 | 首次发现FN1在转移性CAF亚群中高表达,并通过整合素受体激活PI3K/AKT通路,同时证明其双重作用:直接促进肿瘤侵袭和间接形成免疫抑制微环境 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,缺乏体内动物模型验证 | 阐明癌症相关成纤维细胞在胰腺导管腺癌转移中的具体分子机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)、癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 转录组测序、单细胞测序、Western blotting、qRT-PCR、Transwell迁移实验 | NA | 基因表达数据、单细胞数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、转录组测序 | NA | NA |
| 6031 | 2025-10-06 |
Cooling Blood and Detoxicating Formula Treats Psoriasis Through RHCG-Related Mechanisms
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/5132158
PMID:40678620
|
研究论文 | 本研究探讨凉血解毒方通过RHCG相关机制治疗银屑病的潜力 | 首次结合网络药理学、单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统揭示凉血解毒方治疗银屑病的作用机制,并发现RHCG是关键作用靶点 | 需要进一步的临床验证和机制研究 | 探索凉血解毒方治疗银屑病的治疗潜力和作用机制 | 银屑病实验模型 | 生物医学 | 银屑病 | 网络药理学,单细胞RNA测序,空间转录组学,分子对接 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 6032 | 2025-10-06 |
Evaluating transcriptional tumour microenvironment response to immunotherapy using microarray analysis: From harvesting tumours to data analysis
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.004
PMID:40683680
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用微阵列转录组分析评估肿瘤对免疫治疗反应的实验方案 | 提供了一种在不需要单细胞RNA测序详细程度的情况下,经济有效地评估肿瘤微环境对免疫治疗转录反应的方法 | 该方法分辨率低于单细胞RNA测序,仅适用于研究广泛的转录反应 | 评估肿瘤微环境对免疫治疗的转录反应 | 肿瘤组织和肿瘤微环境 | 生物信息学 | 肿瘤 | 微阵列转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 微阵列分析 | NA | NA |
| 6033 | 2025-10-06 |
Guidelines for the assessment of high endothelial venule functionality and health
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.02.001
PMID:40683671
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指南 | 本文开发了评估高内皮微静脉在应激条件下功能状态的操作指南 | 首次建立了系统性评估HEV在炎症和淋巴结转移等应激条件下功能变化的标准化方法 | 未提及具体验证数据或临床应用范围 | 建立高内皮微静脉功能评估的共识指南 | 高内皮微静脉 | 病理学 | 炎症性疾病 | 免疫荧光染色,单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质表达数据,RNA表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6034 | 2025-10-06 |
Secretory IgA dysfunction underlies poor prognosis in Fusobacterium-infected colorectal cancer
2025-Dec, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2528428
PMID:40667611
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了具核梭杆菌通过破坏IgA浆细胞发育和分泌型IgA产生导致结直肠癌预后不良的机制 | 首次发现具核梭杆菌通过破坏肿瘤相关巨噬细胞与IgA浆细胞间的通讯,损害黏膜免疫并增加细菌浸润 | 样本量相对有限(42例患者),且动物模型结果向人类临床转化的有效性需进一步验证 | 探究具核梭杆菌感染导致结直肠癌预后不良的免疫机制 | 结直肠癌患者组织样本和无菌小鼠模型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 42例结直肠癌患者组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6035 | 2025-10-06 |
RORγt eTACs mediate oral tolerance and Treg induction
2025-Aug-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20250573
PMID:40298935
|
研究论文 | 本研究揭示了RORγt eTACs在口服耐受和调节性T细胞诱导中的关键作用 | 首次发现RORγt eTACs是口服耐受的关键介导者,并确定其必需的分子特征包括MHCII和整合素β8表达 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的相关性需要进一步验证 | 阐明口服耐受的细胞机制和关键参与者 | RORγt谱系抗原呈递细胞,特别是RORγt eTACs | 免疫学 | 免疫耐受相关疾病 | 谱系追踪,单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据,功能实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6036 | 2025-10-06 |
Thymic Microenvironment Remodeling in Cancer Cachexia as a Determinant of Checkpoint Inhibitor Efficacy and Toxicity
2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.13874
PMID:40665793
|
研究论文 | 本研究探讨癌症恶病质通过破坏胸腺微环境影响T细胞阴性选择,进而调节免疫检查点抑制剂疗效与毒性的机制 | 首次揭示癌症恶病质通过胸腺髓质成纤维细胞成熟障碍导致T细胞阴性选择受损,并发现血清自身抗体水平与ICI疗效的临床关联 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本量有限,需要更大规模验证 | 探究癌症恶病质对胸腺退化的影响及其与免疫检查点抑制剂治疗的关联 | 肝癌恶病质小鼠模型和接受抗PD-1/L1抗体治疗的晚期癌症患者 | 免疫学 | 肝癌 | 单细胞测序, 免疫荧光, 流式细胞术, 单细胞TCR测序, 共培养实验 | 原位肝癌小鼠模型 | 单细胞测序数据, 流式细胞数据, 临床随访数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序 | NA | NA |
| 6037 | 2025-10-06 |
ECM1 expression in chronic liver disease: Regulation by EGF/STAT1 and IFNγ/NRF2 signalling
2025-Aug, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101423
PMID:40671832
|
研究论文 | 本研究揭示了ECM1在慢性肝病中的调控机制,发现EGF/STAT1信号维持ECM1表达而IFNγ/NRF2信号抑制其表达 | 首次阐明EGF/EGFR/STAT1信号通路通过STAT1 S727磷酸化维持ECM1表达,以及IFNγ通过诱导STAT1 Y701磷酸化和NRF2核转位抑制ECM1的双重调控机制 | 样本量相对有限(小鼠模型2-6只,患者22例),需要更大规模研究验证 | 探究肝细胞中ECM1在病理生理条件下的调控机制 | AML12细胞、小鼠和人类原代肝细胞、小鼠和患者肝组织 | 分子生物学 | 慢性肝病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, 启动子分析, 功能测定 | NA | 基因表达数据, 测序数据 | 小鼠模型2-6只,Western饮食喂养小鼠8-10只,慢性肝病患者22例 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6038 | 2025-10-06 |
Rod-shaped microglia represent a morphologically distinct subpopulation of disease-associated microglia
2025-Jul-16, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03504-5
PMID:40671004
|
研究论文 | 本研究在小鼠模型中鉴定了一种形态独特的杆状小胶质细胞亚群,并探讨其形成机制 | 首次发现杆状小胶质细胞是神经退行性疾病早期出现的独特活化亚群,其形成不依赖C1q介导的突触修剪机制 | 研究仅基于GCLC缺陷小鼠模型,尚未在其他神经退行性疾病模型中验证 | 探究小胶质细胞形态变化与基因表达谱的关联机制 | 谷胱甘肽缺陷诱导氧化应激的GCLC缺陷小鼠模型中的小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单核RNA测序, 通路富集分析, 分子分析 | NA | 基因表达数据, 形态学数据 | GCLC缺陷小鼠皮质组织 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
| 6039 | 2025-10-06 |
Campylobacter jejuni regulates cell cycle progression to potentiate host cell invasion
2025-Jul-16, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02348-z
PMID:40671100
|
研究论文 | 本研究揭示了空肠弯曲菌通过调节宿主细胞周期进程来增强细胞入侵能力 | 首次发现空肠弯曲菌通过调控宿主细胞G1期来促进细菌入侵和炎症反应 | 研究主要使用INT 407细胞系,未在体内模型或原代细胞中验证 | 探究空肠弯曲菌如何通过调控宿主细胞周期来增强其致病性 | 空肠弯曲菌感染的INT 407人上皮细胞 | 细胞生物学 | 肠道感染 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,RT-qPCR,共聚焦显微镜,ELISA | NA | 基因表达数据,细胞图像,细胞周期数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6040 | 2025-10-06 |
Vagal Stimulation Rescues HFpEF by Altering Cardiac Resident Macrophage Function
2025-Jul-15, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326236
PMID:40662221
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了经皮迷走神经刺激通过调节心脏驻留巨噬细胞功能改善射血分数保留型心衰的机制 | 首次发现tVNS通过改变心脏驻留巨噬细胞亚群的功能(减少CCR2+巨噬细胞及其Spp1表达,同时诱导TLF+/MHC2+巨噬细胞表达Igf1)来改善HFpEF | 研究基于小鼠模型,需要在人类患者中进一步验证 | 探究迷走神经刺激改善HFpEF的心脏驻留巨噬细胞机制 | HFpEF小鼠模型 | 心血管研究 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,超声心动图 | NA | 基因表达数据,心脏功能数据 | 对照组、HFpEF+假刺激组、HFpEF+tVNS组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |