单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 10572 篇文献，本页显示第 6021 - 6040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6021 | 2025-10-06 |
Benchmarking spatial transcriptomics technologies with the multi-sample SpatialBenchVisium dataset
2025-Mar-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03543-4
PMID:40156041
|
研究论文 | 本研究通过构建SpatialBenchVisium数据集，对10x Genomics Visium空间转录组技术进行基准测试 | 创建了首个包含多种组织处理方案的空间转录组参考数据集，系统比较了不同样本处理方法的数据质量 | 研究仅针对小鼠脾脏组织，未验证其他组织类型 | 评估空间转录组技术的性能和数据质量 | 小鼠脾脏组织在疟疾感染反应中的空间基因表达 | 空间转录组学 | 疟疾感染 | 空间转录组技术，单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据，单细胞RNA测序数据 | 多个小鼠脾脏组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Visium | 10x Visium平台，包含新鲜冷冻和FFPE样本处理，支持手动和CytAssist组织放置 |
| 6022 | 2025-10-06 |
An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution
2025, International reviews of immunology
IF:4.3Q2
DOI:10.1080/08830185.2024.2443420
PMID:39707914
|
综述 | 基于单细胞转录组学研究，系统描述COVID-19感染和疫苗接种过程中宿主免疫细胞的分子行为变化 | 首次在单细胞分辨率下系统总结先天性和适应性免疫细胞在COVID-19感染和疫苗接种过程中的动态变化 | 仅基于过去3-4年发表的研究，未包含最新进展 | 探究SARS-CoV-2感染过程中宿主免疫反应的细胞和分子机制 | 先天性和适应性免疫细胞类型及状态 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6023 | 2025-10-06 |
Next-generation deconvolution of the tumor microenvironment with omnideconv
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.003
PMID:40683686
|
研究论文 | 介绍了一个名为omnideconv的R软件包，用于整合多种肿瘤微环境细胞反卷积方法 | 开发了统一框架整合多种反卷积算法，简化了使用流程并统一了数据语义 | NA | 开发标准化工具来简化肿瘤微环境细胞组成的计算分析 | 乳腺癌肿瘤微环境中的恶性和正常细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | 反卷积算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 6024 | 2025-10-06 |
VEGFA and APOE regulate distinct functional states of mast cells in hepatocellular carcinoma: A single-cell transcriptome analysis
2025-Sep, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146131
PMID:40683486
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肝细胞癌中肥大细胞的功能异质性及其对预后的影响 | 首次在肝细胞癌中鉴定出四种功能不同的肿瘤相关肥大细胞亚群，并发现VEGFA和APOE分别调控其促癌和抑癌功能状态 | 样本量相对有限，需要更大规模的研究验证发现 | 研究肝细胞癌中肥大细胞的异质性及其在肿瘤发展中的双重作用 | 肝细胞癌患者肿瘤组织和癌旁组织 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫组化，细胞功能实验 | NA | 单细胞转录组数据，免疫组化数据，公共数据库数据 | 32例HCC患者肿瘤组织，5例癌旁组织，90对验证用肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA测序，多重免疫组化 | NA | NA |
| 6025 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models
2025-Jul-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08385-1
PMID:40659881
|
研究论文 | 通过小鼠模型研究CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用机制 | 首次系统揭示CAPZA2基因缺陷导致神经发育障碍的分子机制和表型特征 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证 | 探究CAPZA2基因在神经发育障碍中的致病机制 | CAPZA2杂合敲除和点突变小鼠模型 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序,行为学分析,形态学分析 | 基因编辑小鼠模型 | 基因表达数据,行为数据,形态学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6026 | 2025-10-06 |
Aging induces T cells with distinct transcriptomic profiles and functions in brain-associated tissues
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1619196
PMID:40534878
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现衰老诱导脑相关组织中CD4+和CD8+T细胞转录组向效应记忆表型转变，并鉴定出具有潜在保护功能的CD153+ CD4+T细胞亚群 | 首次在脑相关组织（脑膜和脉络丛）中系统揭示衰老诱导的T细胞转录组变化，并发现CD153+ CD4+T细胞在衰老大脑中的潜在保护功能 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证；功能机制研究仍需深入 | 探究衰老对非淋巴组织中T细胞转录组和功能特性的影响 | 年轻和年老小鼠脑相关组织（脑膜、脉络丛、海马体）中的CD4+和CD8+T细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术，抗体清除实验 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠的脑相关组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6027 | 2025-10-06 |
Microglia Single-Cell RNA-Seq Enables Robust and Applicable Markers of Biological Aging
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70095
PMID:40371813
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据开发基于小胶质细胞的生物年龄标记物 | 首次在单细胞水平开发基于小胶质细胞的生物年龄时钟，采用无监督频率汇总方法平衡准确性、可解释性和计算效率 | 研究依赖于现有单细胞数据集，需要进一步实验验证 | 开发稳健且适用的生物年龄标记物 | 人类和小鼠的小胶质细胞 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | 无监督频率汇总方法 | 单细胞转录组数据，批量RNA测序数据 | 三个不同的单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6028 | 2025-10-06 |
Aging Compromises Terminal Differentiation Program of Cytotoxic Effector Lineage and Promotes Exhaustion in CD8+ T Cells Responding to Coronavirus Infection
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70109
PMID:40396260
|
研究论文 | 本研究通过小鼠冠状病毒感染模型揭示衰老如何通过调控关键转录因子损害CD8+T细胞的终末分化程序并促进T细胞耗竭 | 首次发现衰老会损害（而非促进）病毒特异性CD8+T细胞的终末分化程序，并鉴定出ZEB2和KLF2转录因子在此过程中的关键调控作用 | 研究基于小鼠冠状病毒感染模型，在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究衰老对冠状病毒感染中病毒特异性T细胞分化程序的影响机制 | 年轻和年老小鼠的CD8+T细胞、CD4+T细胞及髓系细胞 | 免疫学 | 冠状病毒感染 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄组的小鼠T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6029 | 2025-10-06 |
Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions
2025-Jun, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00964-9
PMID:40419763
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和空间成像技术揭示胚胎性多层菊花团肿瘤的细胞层级结构及其调控机制 | 首次系统解析ETMR肿瘤的细胞层级结构，发现C19MC微RNA簇在干细胞样细胞中的主导表达及其调控网络，并识别出可靶向的致癌信号通路 | 样本量较小（11例患者样本），需要更大规模研究验证发现 | 探究胚胎性多层菊花团肿瘤的细胞异质性和致病机制 | 胚胎性多层菊花团肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 儿科脑肿瘤 | 单细胞转录组学，多重空间成像，microRNA-mRNA结合全基因组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间成像数据 | 11例ETMR患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 6030 | 2025-10-06 |
Differential memory enrichment of cytotoxic CD4 T cells in Parkinson's disease patients reactive to α-synuclein
2025-May-14, NPJ Parkinson's disease
DOI:10.1038/s41531-025-00981-6
PMID:40368950
|
研究论文 | 本研究探讨帕金森病患者中对α-突触核蛋白有反应的细胞毒性CD4 T细胞的记忆富集差异 | 首次发现CELSR2在PD患者CD4效应记忆T细胞中高表达，并揭示Granulysin CD4细胞毒性T细胞在PD_R患者中减少 | 样本量有限，未涵盖所有PD患者亚型，机制研究尚不完善 | 深入理解对α-突触核蛋白有反应的帕金森病患者T细胞亚群的病理变化 | 帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞 | 免疫学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 帕金森病患者和健康对照者（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6031 | 2025-10-06 |
Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652924
PMID:40463031
|
研究论文 | 本研究探讨肽酰精氨酸脱亚氨酶对脊髓损伤后中性粒细胞功能和长期预后的性别依赖性影响 | 首次描述脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能存在性别差异，强调临床前研究需纳入两性样本的重要性 | 未观察到PAD4缺失对运动功能恢复的影响，组织保护效应存在性别差异但机制尚不明确 | 探究PADs在脊髓损伤恢复中的作用及性别差异 | 小鼠脊髓损伤模型中的中性粒细胞功能 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序，基因敲除模型，pan-PAD抑制剂处理 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，组织学数据，行为学数据 | 未明确样本数量的小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6032 | 2025-10-06 |
BDNF-GABA signaling in astrocytes: enhancing neural repair after SCI through MSC therapies
2025-05, Spinal cord
IF:2.1Q1
DOI:10.1038/s41393-025-01077-x
PMID:40229538
|
研究论文 | 通过生物信息学分析探索星形胶质细胞在脊髓损伤修复中的作用机制及间充质干细胞治疗的潜在价值 | 首次整合单细胞转录组、空间转录组和bulk RNA-seq数据，系统揭示BDNF调控的GABA信号通路在星形胶质细胞介导的神经修复中的关键作用 | 基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证 | 探索脊髓损伤后星形胶质细胞的变化及其在间充质干细胞治疗中的作用机制 | 星形胶质细胞、间充质干细胞、诱导多能干细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, GSEA | NA | 转录组数据 | 来自GEO数据库的公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 6033 | 2025-10-06 |
Regulatory mechanisms of the Hippo/YAP axis by G-protein coupled estrogen receptor in gastric signet-ring cell carcinoma
2025-09, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101199
PMID:40554953
|
研究论文 | 本研究揭示了G蛋白偶联雌激素受体通过调控Hippo/YAP信号轴在胃印戒细胞癌中的致癌机制 | 首次在胃印戒细胞癌中发现GPER通过竞争性结合ARRB2抑制LATS1介导的YAP磷酸化，并揭示GPER与YAP之间存在的正反馈循环机制 | 研究主要基于细胞系和异种移植模型，缺乏临床患者样本的验证 | 阐明GPER在胃印戒细胞癌中调控Hippo/YAP信号轴的功能机制 | 胃印戒细胞癌细胞系和裸鼠异种移植模型 | 癌症生物学 | 胃癌 | 单细胞测序，体外细胞功能实验，体内异种移植模型 | NA | 测序数据，实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6034 | 2025-10-06 |
Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets
2025-Jun-13, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaf021
PMID:39977234
|
研究论文 | 本研究通过转录组学分析探索克罗恩病纤维狭窄的分子特征，识别关键生物标志物和治疗靶点 | 首次系统揭示克罗恩病纤维狭窄的独特转录组特征，结合机器学习方法识别特异性基因表达模式 | 样本量较小（仅9例患者），需要在更大队列中验证发现 | 探索克罗恩病纤维狭窄的转录组特征及其生物学机制 | 克罗恩病患者手术切除的纤维狭窄肠道组织 | 转录组学 | 克罗恩病 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR | 随机森林 | RNA测序数据 | 9例克罗恩病患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | 10x Chromium Controller | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 6035 | 2025-10-06 |
Comparison of differences in transcriptional and genetic profiles between intra-central nervous system and extra-central nervous system large B-cell lymphoma
2025-02, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2024.101119
PMID:39733690
|
研究论文 | 通过多组学测序比较中枢神经系统内和中枢神经系统外大B细胞淋巴瘤的转录和遗传特征差异 | 首次通过单细胞RNA测序和全外显子测序系统揭示PCNS-DLBCL特有的B细胞亚群、免疫抑制微环境和BCR-NFkB/TLR通路突变特征 | 样本量相对有限（93例患者），且为观察性研究 | 探索PCNS-DLBCL的特定发病机制和治疗靶点 | PCNS-DLBCL、继发性CNS-DLBCL和颅外DLBCL患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 全外显子测序, 多组学测序 | NA | 转录组数据, 基因组数据 | 93例患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 6036 | 2025-10-06 |
Overexpression of CX3CL1-CX3CR1 Signaling in the Stria Vascularis rather than the Basilar Membrane May Be the Trigger for Inflammaging in the Cochlea
2025, ORL; journal for oto-rhino-laryngology and its related specialties
DOI:10.1159/000545134
PMID:40058359
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗血管纹基底细胞中的过表达可能是老年性听力损失中炎症衰老的触发因素 | 首次通过单细胞RNA测序揭示CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗不同区域的分布差异及其在炎症衰老中的特异性作用 | 仍需进一步的体内干预实验验证研究结论 | 探究CX3CL1-CX3CR1信号通路在耳蜗炎症衰老中的作用机制 | 年轻和老年小鼠的耳蜗组织及BV2细胞系 | 单细胞转录组学 | 老年性听力损失 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 实时定量PCR, Western blot, 细胞迁移实验 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 蛋白质数据 | 年轻和老年小鼠的耳蜗组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6037 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing on PBMCs from patients with HA and HB with inhibitors reveals different immune responses to FVIII and FIX
2025-Aug-12, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2025015799
PMID:40402102
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析血友病A和血友病B伴抑制剂患者外周血单个核细胞的免疫应答差异 | 首次在单细胞水平比较血友病A和血友病B伴抑制剂患者对FVIII和FIX的不同免疫应答机制 | 样本量较小（各5例患者），需更大样本验证 | 探索血友病A和血友病B患者对FVIII和FIX的不同免疫应答机制 | 血友病A和血友病B伴抑制剂患者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 血友病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5例HA患者和5例HB患者，共75,051个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6038 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Aging-Related Impairment of Microglial Efferocytosis Contributing to Apoptotic Cells Accumulation After Retinal Injury
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70097
PMID:40374315
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示衰老导致小胶质细胞清除凋亡细胞功能受损，造成视网膜损伤后凋亡细胞积累 | 首次在单细胞水平系统揭示衰老通过影响小胶质细胞清除凋亡细胞功能导致视网膜损伤后凋亡细胞积累的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类视网膜衰老的验证尚需进一步研究 | 阐明衰老对视网膜小胶质细胞清除凋亡细胞功能的影响及其机制 | 年轻和老年小鼠视网膜细胞，BV2小胶质细胞系 | 单细胞转录组学 | 年龄相关性视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 74,412个视网膜细胞来自年轻和老年小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6039 | 2025-10-06 |
Circadian Gene BMAL1 Regulation of Cellular Senescence in Thyroid Aging
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70119
PMID:40434135
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了昼夜节律基因BMAL1通过调控NFKBIA表达影响甲状腺细胞衰老的机制 | 首次发现昼夜节律核心基因BMAL1在甲状腺衰老过程中的关键作用及其通过NF-κB通路调控细胞衰老的新机制 | 研究样本量有限，机制研究主要基于动物模型和细胞系实验，在人体中的直接验证不足 | 探究甲状腺衰老的分子机制及昼夜节律基因在其中的作用 | 人类甲状腺组织、甲状腺特异性Bmal1敲除小鼠模型、甲状腺细胞系 | 单细胞生物学 | 甲状腺疾病 | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 基因敲除 | 动物模型, 细胞系模型 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | 年轻、中年和老年组的人类甲状腺样本，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6040 | 2025-10-06 |
Cross-Analysis of Single-Cell Transcriptomic Datasets Reveals Conserved Neurogenic Gene Signatures and New Insights Into Neural Stem Cell Aging
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70106
PMID:40464165
|
研究论文 | 通过跨分析单细胞转录组数据集揭示神经干细胞保守的神经源性基因特征及其在衰老过程中的变化 | 识别了神经干细胞中保守的基因表达谱，提出了新的标记物作为标准化参考，并利用伪时间推断分析揭示神经干细胞的时间动态 | 依赖公开可用的单细胞RNA测序数据集，可能存在数据质量和注释不一致的问题 | 解决神经干细胞分子分类和功能研究中的挑战，优化其分类框架 | 海马体成人神经干细胞 | 单细胞转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间推断分析 | 单细胞转录组数据 | 多个公开单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |