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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6021 | 2025-10-06 |
The role of ATF3 in precision medicine of brain arteriovenous malformation: based on endothelial cell proliferation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567970
PMID:40655140
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析揭示了ATF3在脑动静脉畸形内皮细胞增殖中的关键作用 | 首次发现ATF3在脑动静脉畸形发病机制中的关键作用,并验证其通过影响内皮细胞增殖促进疾病进展 | NA | 探索脑动静脉畸形的发病机制并开发新的治疗策略 | 脑动静脉畸形患者的内皮细胞 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序, 多组学分析, 细胞转染, CCK-8, RT-qPCR, Transwell, EdU, 管形成实验 | monocle2, CytoTRACE, slingshot, CellChat, pySCENIC | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学分析 | NA | NA |
| 6022 | 2025-10-06 |
Using pseudotime derivative on single-cell RNA sequencing data to identify genes undergoing cell cycle regulation
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf123
PMID:40655197
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研究论文 | 开发了一种利用单细胞RNA测序数据和伪时间导数识别细胞周期调控基因的新方法 | 通过伪时间方法和基因表达速度计算,无需细胞周期同步化或选择实验即可研究细胞周期 | 方法主要适用于细胞系实验,可能受技术变异影响 | 开发无需化学修饰或特定阶段细胞选择的研究细胞周期的方法 | 细胞周期调控基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6023 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals the spatiotemporal effects of long-term electromagnetic field exposure on the liver
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1579121
PMID:40655943
|
研究论文 | 通过单细胞分析研究长期电磁场暴露对肝脏的时空影响 | 首次在单细胞分辨率下系统评估长期电磁场暴露对肝脏的时空影响,揭示了不同肝细胞区域对电磁辐射的敏感性差异 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类外推需谨慎 | 系统评估长期电磁场暴露对肝脏的影响 | 小鼠肝脏细胞 | 单细胞分析 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序,脂质组学分析,组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据,血清生化数据,组织学图像 | 长期电磁场暴露的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6024 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Analysis Reveals the transforming growth factor-β Signaling-Driven Multicellular Interactions with Prognostic Relevance in Cervical Cancer Progression
2025, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.114505
PMID:40657372
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了宫颈癌进展中TGF-β信号驱动的多细胞相互作用及其预后相关性 | 首次在单细胞分辨率上系统描绘宫颈癌不同进展阶段的肿瘤微环境动态变化,发现TGF-β驱动的Epi0-中性粒细胞-CAFs生态位形成及其预后价值 | 样本量相对有限(scRNA-seq仅11例),需要更大队列验证 | 解析宫颈癌进展过程中肿瘤微环境异质性演变及其预后意义 | 宫颈癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,多重免疫组化 | 计算模型,基因集变异分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,批量转录组数据 | scRNA-seq: 11例(局部3例、区域4例、转移4例),TCGA-CESC队列: 304例 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 6025 | 2025-10-06 |
Integration of Multi-Scale Profiling and Machine Learning Reveals the Prognostic Role of Extracellular Matrix-Related Cancer-Associated Fibroblasts in Lung Adenocarcinoma
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.113580
PMID:40657391
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研究论文 | 本研究通过整合多尺度分析和机器学习方法,揭示了细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞在肺腺癌进展和预后中的关键作用 | 首次系统鉴定eCAFs作为CAF分化的进化终点,发现其通过COL1A1-CD44和COL1A2-CD44配体-受体对与SPP1+巨噬细胞相互作用的新机制 | 需要进一步的实验验证 | 研究肺腺癌中细胞外基质相关癌症相关成纤维细胞的预后作用和治疗靶点价值 | 肺腺癌肿瘤样本和多个队列的转录组数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 机器学习 | 101种机器学习算法 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据 | 15个LUAD肿瘤样本,整合TCGA、GSE31210、GSE72094多队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组分析 | NA | NA |
| 6026 | 2025-10-06 |
Unique Cell Type-Specific Signaling Patterns Define Cholesteatoma
2025-Aug-01, Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/MAO.0000000000004455
PMID:40062383
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析胆脂瘤的细胞组成和细胞类型特异性信号通路 | 首次在单细胞水平上识别胆脂瘤的细胞类型特异性信号模式,揭示了传统批量分析无法发现的细胞异质性 | 样本量有限,仅为计算机模拟细胞研究 | 识别驱动胆脂瘤的细胞类型和信号通路 | 人类胆脂瘤标本和正常人类鼓膜组织 | 数字病理学 | 胆脂瘤 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | CellChat算法 | 单细胞RNA测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6027 | 2025-10-06 |
Network-Guided Sparse Subspace Clustering on Single-Cell Data
2025-Jul-15, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251359688
PMID:40662619
|
研究论文 | 开发了一种网络引导的稀疏子空间聚类方法NetworkSSC,用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 在传统稀疏子空间聚类基础上整合了基因网络拉普拉斯矩阵的正则化项,能够捕捉基因间的功能关联 | 仅在九个单细胞RNA测序数据集上进行了比较分析,样本规模有限 | 解决单细胞数据高维特性导致的传统聚类方法效果不佳问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏子空间聚类 | 基因表达数据 | 九个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6028 | 2025-10-06 |
Integrative Single-Cell Analysis Decodes Gene Expression and Chromatin Accessibility in the Developing Human Fetal Brain
2025-Jul-15, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-05184-x
PMID:40663269
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序,系统解析人类胎儿大脑发育过程中的基因表达和染色质调控机制 | 首次构建人类胎儿大脑发育的单细胞多组学整合图谱,揭示神经细胞分化轨迹和动态调控机制 | 研究样本仅涵盖8-17周孕期的流产胎儿组织,样本来源有限 | 解析人类胎儿大脑发育过程中的细胞异质性、谱系关系和转录调控网络 | 8-17周孕期的人类胎儿脑组织 | 单细胞组学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 流产胎儿脑组织(孕8-17周) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 6029 | 2025-10-06 |
Testis Molecular Pathways in CAIS Unveil Testosterone/Estradiol on Germ Cell Tumor Risk in Non-Obstructive Azoospermia
2025-Jul-14, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/clinem/dgaf404
PMID:40658795
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示非梗阻性无精子症中睾丸分子通路与生殖细胞肿瘤风险的关联 | 首次在CAIS患者睾丸体细胞中发现与精原细胞瘤微环境相关的转录特征,并证实睾酮/雌二醇比值对非遗传性NOA患者TGCC的预后价值 | 样本量有限,特别是CAIS病例仅有一例,需要更大规模研究验证 | 建立非遗传性和遗传性NOA睾丸体细胞中共享或特异的分子通路 | 睾丸体细胞、NOA患者、CAIS患者、Klinefelter综合征患者和睾丸生殖细胞癌患者 | 单细胞测序分析 | 男性不育症、睾丸生殖细胞癌 | 单细胞RNA测序、数据整合分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、临床数据 | 752名年龄匹配男性(120名生育者,155名不育者,116名NOA患者,18名KS患者,343名TGCC患者) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6030 | 2025-10-06 |
SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis
2025-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf402
PMID:40650988
|
研究论文 | 开发了一个基于大型语言模型的R包SCassist,用于指导单细胞RNA测序数据分析 | 首次将大型语言模型集成到单细胞RNA测序分析工作流中,提供参数推荐和结果解释 | NA | 简化单细胞RNA测序数据分析流程,降低技术门槛 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | LLM(大型语言模型) | 基因表达数据 | NA | Google, OpenAI, Meta | 单细胞RNA-seq | Gemini, GPT, Llama3 | 基于大型语言模型的单细胞分析辅助工具 |
| 6031 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals immunotherapy-driven bone marrow niche remodeling in AML
2025-Jul-11, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adw4871
PMID:40632867
|
研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学揭示了免疫治疗驱动的急性髓系白血病骨髓微环境重塑 | 整合单细胞RNA测序与单细胞空间转录组学数据,开发基于深度学习的图像分析方法,实现精确的转录本定位和细胞间距离量化 | 存在测序深度限制,需要整合多种技术来弥补数据不足 | 研究免疫治疗对AML骨髓微环境中细胞相互作用的影响 | 接受pembrolizumab和地西他滨治疗的急性髓系白血病患者骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学, 深度学习图像分析 | CNN | 空间转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 6032 | 2025-10-06 |
PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2
2025-Jul-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61759-1
PMID:40640184
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研究论文 | 研究发现小分子抑制剂RMC-113通过抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶,逆转SARS-CoV-2诱导的自噬流障碍,从而抑制病毒复制 | 首次揭示PIP4K2C在SARS-CoV-2进入、RNA复制和组装/释放中的作用,并发现其与病毒非结构蛋白6结合调控自噬流 | 研究主要基于人类肺类器官模型,尚未进行体内验证 | 开发广谱抗病毒药物,研究SARS-CoV-2复制机制 | SARS-CoV-2和其他RNA病毒,人类肺类器官 | 病毒学 | COVID-19 | 脂质组学分析,蛋白质组学,单细胞转录组学,功能测定 | NA | 分子相互作用数据,基因表达数据,代谢物数据 | 人类肺类器官模型 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 6033 | 2025-10-06 |
Mineralocorticoid receptor knockout alters hippocampal CA2 neurons to become like those in CA1
2025-Jul-10, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08378-0
PMID:40640339
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学方法发现盐皮质激素受体敲除会导致海马CA2神经元获得CA1样分子表型 | 首次揭示盐皮质激素受体在控制海马CA2神经元身份中的关键作用,证明其缺失会使CA2神经元转变为CA1样表型 | 研究主要关注发育阶段,对成年期的影响尚不明确 | 探究盐皮质激素受体敲除对海马CA2神经元命运的影响 | 小鼠海马CA2区域神经元 | 神经科学 | NA | 空间转录组学 | 条件性基因敲除模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 6034 | 2025-10-06 |
Early developmental origins of cortical disorders modeled in human neural stem cells
2025-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61316-w
PMID:40634286
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研究论文 | 本研究通过人类神经干细胞模型探索皮层障碍的早期发育起源 | 首次在人类神经干细胞中系统分析皮层和神经精神疾病风险基因的表达动态,揭示疾病特异性关键阶段和跨疾病信号汇聚机制 | 研究主要基于体外模型,与体内真实发育环境存在差异 | 探索人类端脑早期发育阶段在皮层障碍病因学中的作用 | 人类神经干细胞和皮层发育过程 | 发育神经生物学 | 皮层障碍,自闭症 | 单细胞转录组测序,基因表达分析 | 人类神经干细胞体外分化模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6035 | 2025-10-06 |
TCF7 functions as a prognostic biomarker in bladder cancer by strengthening EMT and stemness associated with TGF-β/SMAD3 signaling
2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05241-y
PMID:40025258
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研究论文 | 本研究探讨TCF7通过调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路,从而促进膀胱癌EMT和干细胞特性的机制 | 首次揭示TCF7通过转录调控TGFBR1影响TGF-β/SMAD3通路驱动膀胱癌EMT和干细胞特性的新机制 | TCF7在膀胱癌中的具体转录调控机制仍需进一步阐明 | 探究TCF7在膀胱癌进展中的作用及调控机制 | 膀胱癌 | 肿瘤生物学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6036 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions
2025-Jul, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05234-x
PMID:40072674
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析机械负荷对胫骨软骨细胞的影响 | 首次在单细胞水平构建正常胫骨软骨在机械负荷条件下的图谱,并鉴定负荷相关枢纽基因 | 样本量有限(6名供体),仅分析胫骨特定区域 | 探究机械负荷对软骨细胞生物学过程的影响机制 | 人胫骨软骨组织样本 | 单细胞组学 | 骨关节疾病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 11个软骨组织样本(来自6名供体),132,685个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6037 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals that human milk feeding shapes neonatal immune cell interleukin signaling pathways in a nonrandomized clinical trial
2025-Jul, The American journal of clinical nutrition
DOI:10.1016/j.ajcnut.2025.04.024
PMID:40294751
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析比较母乳喂养和配方奶喂养婴儿的免疫细胞基因表达差异 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示母乳喂养对新生儿免疫细胞白介素信号通路的调节作用 | 非随机临床试验设计,样本量较小(n=9) | 表征母乳喂养与配方奶喂养婴儿循环免疫细胞亚群的基因表达差异 | 健康婴儿(3-3.5个月大)的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9名婴儿(6名母乳喂养,3名配方奶喂养) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6038 | 2025-10-06 |
Epitenon-derived progenitors drive fibrosis and regeneration after flexor tendon injury in a spatially-dependent manner
2025-Jul-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60704-6
PMID:40593535
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研究论文 | 本研究通过遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术,揭示了腱外膜来源的祖细胞在肌腱损伤后纤维化和再生过程中的关键作用 | 首次明确鉴定腱外膜作为肌腱损伤后纤维化和再生的重要祖细胞来源,并证明其空间依赖性功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究肌腱损伤修复过程中的细胞来源和机制 | 小鼠肌腱损伤模型和人类肌腱周围瘢痕组织 | 单细胞生物学 | 肌腱损伤 | 遗传谱系追踪,单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6039 | 2025-10-06 |
Deciphering cholangiocarcinoma heterogeneity and specific progenitor cell niche of extrahepatic cholangiocarcinoma at single-cell resolution
2025-Jun-23, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01716-z
PMID:40551145
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学方法揭示胆管癌的分子异质性及肝外胆管癌特异性祖细胞生态位 | 首次在单细胞分辨率下系统比较肝内和肝外胆管癌的肿瘤生态系统差异,发现肝外胆管癌特有的LY6D+基底样癌细胞亚群及其ISG15富集的微环境 | 样本量相对有限(28个样本),需要更大规模研究验证发现 | 解析胆管癌异质性并识别肝外胆管癌特异性祖细胞生态位 | 胆管癌患者组织样本(包括慢性胆道炎症和不同解剖部位胆管癌) | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,空间RNA原位测序,多组学分析,组织微阵列,患者来源类器官,小鼠模型 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,多组学数据 | 109,071个单细胞来自28个样本(7个慢性胆道炎症,21个胆管癌) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 6040 | 2025-10-06 |
[Biological characteristics of liver zonation and its role in disease and aging]
2025-Jun-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
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综述 | 本文总结了肝脏分区代谢特征在维持肝功能中的重要作用及其与疾病和衰老的关系 | 整合单细胞基因组学和空间转录组学新技术揭示肝脏分区在疾病与衰老中的作用机制 | NA | 探讨肝脏分区的生物学特性及其在疾病和衰老过程中的作用 | 肝脏细胞沿门静脉-中央静脉轴的异质性 | 空间转录组学 | 肝脏疾病 | 单细胞基因组学, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |