单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-04-10	Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression 2025-Apr-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412 PMID:40199574	research paper	该研究探讨了肠道和肝内CD8+ T淋巴细胞在酒精相关性肝病（ALD）中的调控作用及其对疾病进展的贡献	揭示了CD8+ T细胞在肠道和肝脏中的相反调控机制及其在ALD中的关键作用，提出了通过恢复这些细胞功能治疗ALD的新策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明肠道和肝内CD8+ T细胞在ALD发病机制中的调控作用	ALD患者和小鼠模型	免疫学	酒精相关性肝病	单细胞RNA测序（scRNA seq）	Cd8 Bcl-2转基因小鼠和Cd8 -/-小鼠	基因表达数据和功能研究数据	ALD患者和小鼠模型
582	2025-04-10	ROICellTrack: A deep learning framework for integrating cellular imaging modalities in subcellular spatial transcriptomic profiling of tumor tissues 2025-Apr-08, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf152 PMID:40199763	研究论文	开发了一个名为ROICellTrack的深度学习框架，用于更好地整合细胞成像与空间转录组分析	提出了一种新的深度学习框架，将细胞成像与空间转录组分析相结合，以分析肿瘤异质性	研究样本量较小，仅分析了56个ROI	提高对肿瘤异质性的理解，以支持个性化和靶向治疗	膀胱尿路上皮癌（UCB）和上尿路尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤组织	数字病理学	膀胱癌	空间转录组技术（如GeoMx Digital Spatial Profiler）	深度学习	图像和转录组数据	56个ROI
583	2025-04-10	Identification of Crosstalk Genes Between Primary Sjögren's Syndrome and Primary Biliary Cirrhosis by Transcriptome Analysis 2025-Apr-08, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-08917-z PMID:40199818	研究论文	通过转录组分析识别原发性干燥综合征（pSS）与原发性胆汁性胆管炎（PBC）之间的串扰基因	首次利用转录组学方法识别了pSS和PBC之间的7个关键串扰基因，并揭示了NK细胞、CD4+ T细胞和CD8+ T细胞在疾病机制中的重要作用	研究依赖于公开数据库的转录组数据，未进行实验验证	探究pSS和PBC两种自身免疫性疾病之间的分子联系	原发性干燥综合征（pSS）和原发性胆汁性胆管炎（PBC）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	转录组分析、差异表达分析、WGCNA、LASSO回归、ssGSEA、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	两个GEO数据集（GSE66795和GSE119600）
584	2025-04-10	Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens 2025-Apr-08, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02155-9 PMID:40200121	research paper	该研究通过整合大量RNA测序数据和全基因组序列，构建了鸡28种组织的调控变异图谱，揭示了调控变异对基因表达和转录后修饰的影响	首次系统地描述了鸡基因组中的功能变异，并构建了跨组织的调控变异图谱，为理解鸡的复杂性状提供了新资源	研究仅基于特定品种的鸡，可能无法完全代表所有鸡种的遗传多样性	系统表征鸡基因组中的功能变异，并解析其对复杂性状的调控机制	鸡的28种组织	基因组学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组测序	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 全基因组序列	7,015个RNA-seq样本, 127,598个单细胞, 2,869个全基因组序列
585	2025-04-10	Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review 2025-Apr-08, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-025-04103-5 PMID:40200175	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展	结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析肾脏疾病中的细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用	NA	探讨scRNA-seq和ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的阐明	肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织	digital pathology	kidney disease	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data, spatial transcriptomics data	NA
586	2025-04-10	Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples 2025-Apr-08, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202500481 PMID:40200683	research paper	介绍了一种名为smGel-seq的高通量单微生物RNA测序方法，用于临床微生物组样本，通过水凝胶珠封装单个微生物以减少微生物损失和输入要求	使用新型微通道阵列设备封装单个微生物于可溶性水凝胶珠中，并结合优化的自动化微流控平台实现高通量条形码标记，显著提高了微生物回收率	NA	开发一种适用于临床微生物组样本的高通量单微生物RNA测序方法，以提高微生物回收率和降低输入要求	临床微生物组样本中的单个微生物	microbial genomics	NA	single-microbe RNA sequencing (mscRNA-seq), microfluidic platform	NA	RNA-seq data	临床微生物组样本，微生物输入量比之前方法低20倍
587	2025-04-10	Single-cell transcriptome integrated with genome-wide association study reveals heterogeneity of carotid and femoral plaques and its association with plaque stability 2025-Apr-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96434-4 PMID:40189611	研究论文	本研究通过单细胞转录组与全基因组关联研究整合，揭示了颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关联	首次整合单细胞转录组和全基因组关联研究分析颈动脉与股动脉斑块的异质性，并识别与斑块栓塞相关的关键基因和细胞类型	未明确说明样本量大小及具体临床特征，可能影响结果的普适性	探究颈动脉和股动脉斑块的基因/细胞表达差异及其与斑块栓塞的关系	颈动脉和股动脉斑块的细胞和基因	数字病理学	心血管疾病	sc-RNA-seq, 批量RNA测序	7种机器学习模型（未指定具体类型）	单细胞转录组数据, 批量RNA数据	NA
588	2025-04-10	A single-cell atlas of spatial and temporal gene expression in the mouse cranial neural plate 2025-Apr-07, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102819 PMID:40192104	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了小鼠胚胎颅神经管闭合过程中六个连续阶段的基因表达图谱	首次系统分析了颅神经板闭合过程中空间调控的细胞命运和行为的转录变化，揭示了SHH信号在前脑、中脑和后脑中的不同调控程序	研究仅局限于小鼠模型，未涉及其他哺乳动物或人类样本	探究哺乳动物大脑形成过程中颅神经板区域化和形态发生的分子机制	小鼠胚胎颅神经板	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个连续发育阶段的小鼠胚胎样本
589	2025-04-10	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Apr-07, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型	首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并通过碱基编辑技术创建了人源化疾病模型	研究样本量较小（仅9名男性患者），且缺乏长期随访数据	探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制	VEXAS综合征患者和通过碱基编辑创建的人源化模型	血液病学	VEXAS综合征（一种成人发病的自身炎症性疾病）	单细胞转录组学、碱基编辑、竞争性移植	人源化疾病模型	单细胞转录组数据、免疫表型数据	9名男性VEXAS综合征患者
590	2025-04-10	A replication study of novel fetal hemoglobin-associated genetic variants in sickle cell disease-only cohorts 2025-Apr-06, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf015 PMID:39886999	research paper	本研究验证了镰状细胞病(SCD)患者中胎儿血红蛋白(HbF)水平与五个新基因位点的关联，并探索了这些位点在调控β-珠蛋白基因表达中的作用	首次在独立SCD队列中验证了GWAS发现的五个新HbF相关位点，并利用CRISPR抑制和单细胞转录组学揭示了非编码变异对β-珠蛋白基因表达的调控机制	未能发现对HbF水平有显著影响的罕见遗传变异，样本量虽大但仍可能限制对罕见变异的检测能力	验证新发现的HbF相关遗传变异在SCD患者中的关联性，并探索其分子机制	3740例SCD患者和1354例SCD患者的全外显子组数据	遗传学	镰状细胞病	GWAS、CRISPR抑制、单细胞转录组学、全外显子测序	NA	基因组数据、转录组数据	3740例SCD患者用于验证研究，1354例SCD患者用于全外显子分析
591	2025-04-10	Single-cell transcriptomics reveals liver developmental trajectory during lineage reprogramming of human induced hepatocyte-like cells 2025-Apr-06, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05677-x PMID:40188417	研究论文	利用单细胞转录组学揭示人类诱导肝细胞样细胞在谱系重编程过程中的肝脏发育轨迹	通过单细胞RNA测序技术揭示了两步重编程过程中肝细胞特异性基因调控网络的建立过程，并识别了关键的表面标记物和转录因子	研究可能受限于样本数量和重编程效率	研究肝细胞特异性基因调控网络的建立过程	人类诱导肝细胞（hiHeps）	单细胞转录组学	肝脏疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
592	2025-04-10	PRMT5 deficiency in myeloid cells reprograms macrophages to enhance antitumor immunity and synergizes with anti-PD-L1 therapy 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011299 PMID:40187753	研究论文	本文研究了PRMT5在骨髓细胞中的缺失如何重编程巨噬细胞以增强抗肿瘤免疫，并与抗PD-L1疗法协同作用	揭示了PRMT5通过STAT6-PPARγ途径调控脂质代谢和巨噬细胞极化，促进免疫抑制性肿瘤微环境的新机制，并展示了PRMT5缺失与抗PD-L1疗法的协同治疗效果	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究PRMT5在巨噬细胞生物学中的作用及其在癌症免疫治疗中的潜在应用	骨髓细胞、巨噬细胞和肿瘤微环境	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组分析、批量转录组学	小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及多癌种单细胞数据分析和小鼠实验
593	2025-04-10	Conformation-sensitive targeting of CD18 depletes M2-like tumor-associated macrophages resulting in inhibition of solid tumor progression 2025-Apr-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011422 PMID:40187756	research paper	该研究揭示了新型肽药物偶联物TB511通过靶向M2样肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的激活CD18蛋白，抑制实体肿瘤进展的机制	首次鉴定出激活CD18作为M2-TAMs的特异性靶标蛋白，并阐明了TB511通过结合CD18半胱氨酸富集域诱导M2-TAMs凋亡的作用机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证TB511的安全性和有效性	开发靶向肿瘤微环境中M2样巨噬细胞的精准治疗策略	结直肠癌（CRC）、非小细胞肺癌（NSCLC）和胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型中的M2样肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌、非小细胞肺癌、胰腺癌	LC-MS/MS分析、表面等离子共振技术、肽-蛋白质相互作用3D建模、空间转录组学	小鼠肿瘤模型、人源化小鼠模型	蛋白质组学数据、转录组学数据、流式细胞术数据	多种实体瘤小鼠模型（具体数量未明确说明）
594	2025-04-10	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2025-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	research paper	通过单细胞RNA测序技术，研究发现内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖	首次揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类细胞中进行验证	探索调控β细胞生理性增殖的细胞内和细胞外信号通路	小鼠胰腺β细胞	digital pathology	diabetes	scRNA-seq, RNA-seq	NA	RNA sequencing data	43,724个内分泌和非内分泌细胞（其中15,569个β细胞）
595	2025-04-10	Origin and stepwise evolution of vertebrate lungs 2025-Apr, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-025-02642-6 PMID:39953253	research paper	该研究通过分析脊椎动物成年和发育中肺部的单细胞RNA测序数据，揭示了肺部细胞组成、发育轨迹和基因表达模式的显著相似性，并探讨了肺部进化的遗传基础	研究发现软骨鱼类虽无肺部，但存在大量与肺部相关的基因、共表达模式和增强子，表明颌类脊椎动物共同祖先已具备肺部发育的遗传基础，并识别出哺乳动物特有的肺泡1型细胞和基因	研究未涉及肺部功能在进化过程中的具体适应性变化及其生态意义	研究脊椎动物肺部的起源和逐步进化过程	脊椎动物的成年和发育中肺部	进化生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	跨脊椎动物物种的成年和发育中肺部样本
596	2025-04-10	H1-0 is a specific mediator of the repressive ETV6::RUNX1 transcriptional landscape in preleukemia and B cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Apr, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1002/hem3.70116 PMID:40177616	研究论文	本研究揭示了连接组蛋白H1-0在ETV6::RUNX1融合基因诱导的儿童B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）前白血病状态中的关键作用	首次发现H1-0是ETV6::RUNX1转录景观的特异性调节因子，并证明HDAC抑制剂Quisinostat与化疗药物联合治疗的潜在协同效应	研究主要基于hiPSC模型和体外实验，需要进一步体内验证	阐明ETV6::RUNX1+前白血病细胞静默状态的分子机制	ETV6::RUNX1融合基因阳性的BCP-ALL患者样本和hiPSC模型	血液肿瘤学	B细胞急性淋巴细胞白血病	CRISPR/Cas9基因编辑、全转录组分析、双荧光素酶报告基因检测、单细胞测序	hiPSC模型	基因表达数据、转录组数据	1,727例白血病患者样本
597	2025-04-10	Spatial Transcriptomics Identifies Immune-Stromal Niches Associated with Cancer in Adult Dermatomyositis 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644147 PMID:40166232	研究论文	通过空间转录组学和单细胞转录组学分析，揭示了成人皮肌炎中与癌症相关的独特免疫和基质微环境	首次全面绘制了成人皮肌炎中免疫和基质细胞的空间分布图，并发现了与癌症相关的特定免疫浸润模式	研究样本可能有限，未涉及所有皮肌炎亚型	探索成人皮肌炎中免疫和基质微环境与癌症的关联	成人皮肌炎患者的皮肤组织	数字病理学	皮肌炎	空间转录组学, 单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
598	2025-04-10	Single-Cell Proteomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2025-Mar-14, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.mcpro.2025.100949 PMID:40090465	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学技术揭示了前列腺癌耐药细胞的分子特征及其与形态变化的关联	采用优化的高通量数据非依赖性采集(DIA)方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定超过1300种蛋白质，并发现与细胞大小变化密切相关的蛋白质亚群	NA	探索前列腺癌耐药细胞的蛋白质组特征及其在治疗抵抗中的作用	前列腺癌耐药细胞(DRCs)和亲代PC3细胞	蛋白质组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学(SCP)、数据非依赖性采集(DIA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据、转录组数据	每日60个样本的高通量分析
599	2025-04-10	scMUG: deep clustering analysis of single-cell RNA-seq data on multiple gene functional modules 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf138 PMID:40188497	研究论文	本文介绍了一种名为scMUG的计算流程，用于增强单细胞RNA测序数据的聚类分析	首次将基因功能关联信息整合到单细胞RNA测序聚类分析中，并引入了一种结合局部密度和全局分布的新型相似性度量方法	未明确提及具体限制	解决单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题，提高聚类分析性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	九个人类单细胞RNA测序数据集
600	2025-04-10	Cellular heterogeneity in metabolism and associated microbiome of a non-model phytoflagellate 2025-Jan-02, The ISME journal DOI:10.1093/ismejo/wraf046 PMID:40057978	research paper	本研究利用单细胞转录组学技术探究了非模型微真核生物Ochromonas triangulata的代谢异质性及其相关微生物组	首次在缺乏参考基因组的非模型微真核生物中应用单细胞转录组学，揭示了与不同生长阶段相关的代谢状态和微生物组相互作用	研究对象仅限于单一微真核生物物种，未验证在其他非模型生物中的普适性	探索非模型微真核生物的代谢异质性和微生物组相互作用	Ochromonas triangulata微真核生物及其共培养细菌群落	单细胞转录组学	NA	Smart-seq2单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	单个微真核生物物种及其共培养细菌群落