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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-07-23 |
Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts
2025-07-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181
PMID:40440095
|
研究论文 | 通过跨癌症类型的空间多组学数据,识别出四种保守的癌症相关成纤维细胞亚型及其空间生态位 | 利用空间邻近信息进行癌症相关成纤维细胞亚型的从头发现,而非依赖单细胞转录组学的标记物方法,建立了空间环境与成纤维细胞身份之间的关联 | NA | 以系统级视角解析肿瘤微环境中的基质异质性,并定义癌症相关成纤维细胞的空间分类 | 多种癌症类型中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞空间多组学 | NA | 空间多组学数据 | 涉及多种癌症类型和平台的数据集 | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学 | 10x Visium | 单细胞空间多组学平台 |
| 42 | 2026-07-23 |
Allergen induces pulmonary neuroendocrine cell hyperplasia in a model of asthma
2025-07-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187018
PMID:40626365
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研究论文 | 该文章研究在哮喘模型中发现过敏原可诱导肺部神经内分泌细胞增生 | 首次揭示在成年小鼠气道中,过敏原(屋尘螨)通过抑制Notch信号通路诱导PNEC增生,且PNEC增生来源于现有PNEC增殖和Club细胞转分化 | 未明确说明 | 探究过敏原诱导的肺部神经内分泌细胞(PNEC)在哮喘反应中的调控机制 | 成年小鼠气道中的肺部神经内分泌细胞(PNEC) | 机器学习 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型(具体数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 43 | 2026-07-23 |
Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes
2025-06-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188543
PMID:40359016
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研究论文 | 该研究分析了早期多发性硬化患者外周血B细胞的单细胞表达,发现TBX21+CD21loCXCR3+ B细胞扩增与EB病毒诱导的表型相似,并与早期疾病活动相关 | 首次通过单细胞RNA测序和流式细胞术证实非典型B细胞(ABCs)在早期多发性硬化患者中显著富集,并发现其炎性反应与EB病毒相关,但并非直接感染 | 未检测到ABCs直接感染EB病毒,且样本量可能有限;研究仅关注早期MS患者,无法推广至所有病程阶段 | 探究EB病毒感染在多发性硬化发病中的致病机制,特别是B细胞的作用 | 早期多发性硬化患者的外周血B细胞,包括CD19+CD20+CD21loCD11c+T-bet+非典型B细胞 | 计算机视觉 | 多发性硬化 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞表达数据 | 来自免疫耐受网络STAyCIS试验的纵向早期MS患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2026-07-23 |
IL-1β signaling modulates T follicular helper and regulatory cells in human lymphoid tissues
2025-06-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.188724
PMID:40392614
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法解析了IL-1β信号在人类淋巴组织中调节滤泡辅助性T细胞和滤泡调节性T细胞的作用 | 首次在人体次级淋巴器官中揭示IL-1β信号通过IL-1R1/IL-1R2受体平衡调节Tfh/Tfr细胞分化及活化状态 | 未明确说明研究局限性 | 阐明IL-1β信号在人类滤泡T细胞活化及自身免疫疾病中的调控机制 | 人类扁桃体、脾脏、肠系膜淋巴结及自身免疫病患者样本 | 免疫学 | 抗体介导的自身免疫病 | 流式细胞术、单细胞转录组学、体外培养 | NA | 流式细胞数据、单细胞转录组数据 | 包含人类次级淋巴器官及自身免疫病患者样本,具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2026-07-23 |
Tumor suppressors in Sox2-mediated lung cancers promote distinct cell-intrinsic and immunologic remodeling
2025-06-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.171364
PMID:40327401
|
研究论文 | 本文探讨了在Sox2介导的肺癌中,抑癌因子Trp53和Pten的缺失如何影响肿瘤进展及免疫微环境重塑 | 首次在Sox2高表达的NSCLC小鼠模型中系统比较Trp53和Pten缺失对肿瘤组织学、转移能力及免疫微环境的不同影响,并发现LN2A模型中CD38+肿瘤相关炎性单核细胞激活补体通路的新机制 | 基于小鼠模型,结果需在人类患者中验证;未探讨其他常见抑癌因子(如KRAS)的协同作用 | 阐明抑癌因子Trp53和Pten在Sox2介导的NSCLC亚型(LUSC和LUAD)进展及免疫微环境重塑中的作用 | 小鼠模型:SNL、SNL-Trp53、SNL-Pten及LN2A细胞系;C57BL/6背景小鼠 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多组基因修饰小鼠模型(每组数量未明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3'试剂盒 |
| 46 | 2026-07-23 |
Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells
2025-06-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187381
PMID:40548376
|
研究论文 | 利用单细胞RNA-seq深入探究组织驻留记忆T细胞在不同时间点的发育过程及AP-1转录因子的作用 | 通过线性模型捕捉T细胞从效应到记忆状态的基因表达变化,并定义了跨组织的时序TRM特征,发现被既往研究忽略的AP-1转录因子家族成员在成熟细胞中的关键作用 | 未提及明显限制,可能包括样本量有限或仅聚焦于两种组织类型 | 揭示CD8+ TRM细胞分化和记忆效应功能启动的机制 | 皮肤和小肠上皮内淋巴细胞中的CD8+ TRM细胞 | 自然语言处理, 数字病理学, 计算机视觉 | 心血管疾病, 老年病 | 单细胞RNA测序, ATAC测序, CyCIF组织成像 | 线性模型 | 基因表达数据, 染色质开放区域数据, 组织成像数据 | 10个发育时间点的单细胞RNA-seq数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 空间转录组学 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序, ATAC-seq, CyCIF成像 |
| 47 | 2026-07-23 |
Type 2 diabetes alters quiescent pancreatic stellate cells to tumor-prone state
2025-06-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187424
PMID:40548381
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了2型糖尿病如何改变静止胰腺星状细胞的亚群,使其向促肿瘤状态转变 | 首次通过单细胞RNA测序技术,在2型糖尿病背景下详细分析了静止胰腺星状细胞的亚群变化,并发现了一种新型的促肿瘤免疫和血管生成的Paf亚群(tapPafs) | 研究仅限于小鼠模型和早期人体样本,缺乏对长期糖尿病进程中PSC动态变化的追踪 | 探究2型糖尿病对静止胰腺星状细胞亚群的影响及其在胰腺导管腺癌发展中的作用 | 8周龄C57BL/6J小鼠和糖尿病db/db小鼠的胰腺星状细胞以及人胰腺组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌、2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胰腺星状细胞样本(具体数量未提及)及部分人体组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 48 | 2026-07-23 |
ICOS+CD4+ T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis
2025-05-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.186483
PMID:40198121
|
研究论文 | 本研究探讨了抗PD-1治疗引发的肺部病理发生机制,发现ICOS+CD4+ T细胞在老年小鼠和患者中易导致免疫相关不良事件 | 首次揭示ICOS+CD4+ T细胞在抗PD-1治疗诱导的肺部毒性中的关键作用,并确认了年龄因素对免疫相关不良事件易感性的影响 | 主要基于小鼠模型,人类样本验证有限,且未完全阐明ICOS+CD4+ T细胞活化的上游信号通路 | 阐明抗PD-(L)1治疗中免疫相关不良事件的细胞机制,特别是年龄对肺部毒性的影响 | 荷瘤老年小鼠和癌症患者 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 老年小鼠和年轻小鼠,以及癌症患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 49 | 2026-07-23 |
Shared roles of immune and stromal cells in the pathogenesis of human bronchiolitis obliterans syndrome
2025-05-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176596
PMID:40232854
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类闭塞性细支气管炎综合征的免疫和基质细胞在发病机制中的共享作用 | 首次在两种形式的人类BOS(CLAD-BOS和cGVHD-BOS)中鉴定出CD8+组织驻留记忆T细胞的扩增群体,并发现其与其他慢性肺疾病不同,同时揭示了非免疫细胞群中与巨噬细胞趋化和增殖相关的基因和通路 | 样本量较小(CLAD-BOS患者4例、cGVHD-BOS患者3例、对照组3例),可能限制了结果的普遍性 | 阐明闭塞性细支气管炎综合征的发病机制,寻找共享的细胞和分子通路 | 人类闭塞性细支气管炎综合征的肺部组织样本 | 自然语言处理 | 慢性肺病,移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10例:4例CLAD-BOS患者、3例cGVHD-BOS患者、3例对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 50 | 2026-07-23 |
Characterization of a pathogenic nonmigratory fibroblast population in systemic sclerosis skin
2025-05-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.185618
PMID:40232859
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研究论文 | 研究系统性硬化症皮肤中一种致病性非迁移成纤维细胞群体的特征 | 首次从皮肤活检中分离出非迁移的“驻留”成纤维细胞群体,并与常规外植体培养的迁移细胞进行比较,揭示其在疾病不同阶段和自身抗体亚组中的致病差异 | 未提供明确的局限性说明 | 探索系统性硬化症中非迁移成纤维细胞群体的致病作用及其在纤维化中的潜在角色 | 系统性硬化症患者的成纤维细胞(迁移和驻留群体) | 机器学习和数字病理学 | 系统性硬化症 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 多通道免疫荧光 | NA | 文本和图像 | 从系统性硬化症患者的皮肤活检组织中分离的成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-07-23 |
Transcriptional signatures of endothelial cells shape immune responses in cardiopulmonary health and disease
2025-05-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.191059
PMID:40401523
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综述 | 本文综述了心肺脉管系统中内皮细胞的转录特征及其在免疫调控中的作用,重点关注单细胞RNA测序揭示的细胞异质性和疾病状态下的转录重编程 | 首次系统总结心肺系统中内皮细胞亚群的免疫调节特性,包括抗原呈递、细胞因子分泌、免疫细胞募集等功能的转录特征,并提出内皮细胞作为未来治疗靶点的潜力 | 未提供具体实验数据验证,依赖现有文献综述,可能缺乏对不同疾病模型中内皮细胞功能的定量比较 | 阐述心肺健康与疾病中内皮细胞的免疫调控功能,特别是适应性及非适应性免疫调节作用 | 心肺脉管系统中的内皮细胞亚群 | 自然语言处理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2026-07-23 |
Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics
2025-05-12, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297
PMID:40045576
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研究论文 | 通过单细胞转录组学鉴定甘蔗花叶病毒早期系统感染中起作用的玉米基因 | 首次利用单细胞RNA测序技术研究甘蔗花叶病毒早期系统感染期间病毒积累与细胞内基因表达变化的共变模式,识别了潜在抗病毒或促病毒因子 | 只关注了早期系统感染阶段,未覆盖后期症状表现或长期互作动态 | 探究玉米叶片早期系统感染甘蔗花叶病毒时病毒积累与基因表达变化的共变关系 | 甘蔗花叶病毒感染的玉米叶片 | 单细胞转录组学 | 植物病毒病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 甘蔗花叶病毒感染的玉米叶片样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-07-23 |
IFN-γ and donor leukocyte infusions for relapsed myeloblastic malignancies after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2025-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.190655
PMID:40131369
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研究论文 | 一项I期临床试验评估了IFN-γ联合供体白细胞输注治疗异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤的安全性和疗效 | 首次在人类临床试验中验证IFN-γ联合供体白细胞输注治疗移植后复发髓系肿瘤的安全性和初步疗效,并通过单细胞RNA测序证实IFN-γ在体内激活造血干细胞/髓系祖细胞中的IFN-γ反应通路 | 样本量较小(仅7例患者),需要更大规模研究正式验证该方法的疗效 | 评估IFN-γ联合供体白细胞输注治疗异基因造血干细胞移植后复发髓系恶性肿瘤的安全性和耐受性 | 异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病或骨髓增生异常综合征患者 | 数字病理学 | 急性髓系白血病, 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7例患者(其中6例接受供体白细胞输注) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2026-07-23 |
The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation
2025-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189362
PMID:40100274
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研究论文 | 发现急性应激通过大脑-身体回路抑制膀胱ILC2细胞活化,从而减轻细菌性膀胱炎的炎症反应 | 首次揭示下丘脑室旁核(PVN)通过糖皮质激素信号直接调控ILC2细胞功能,形成脑-体抗炎反射通路 | 摘要未提及研究局限性 | 探究急性应激状态下大脑神经回路调控膀胱感染的分子机制 | 小鼠模型中的膀胱组织、室旁核神经元、2型先天淋巴细胞(ILC2) | 机器学习和单细胞转录组学 | 泌尿系统感染(膀胱炎) | 单细胞RNA测序、逆行神经示踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠膀胱免疫细胞(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 55 | 2026-07-23 |
Single-cell RNA-seq reveals the immune response of Co-infection with streptococcus pneumoniae after influenza A virus by a lung-on-chip: The molecular structure and mechanism of tight junction protein ZO-1
2025-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141815
PMID:40057081
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研究论文 | 利用肺芯片模型和单细胞RNA测序揭示甲型流感病毒与肺炎链球菌共感染对肺部免疫反应的影响,重点关注紧密连接蛋白ZO-1的分子结构和作用机制 | 首次结合人肺芯片模型和单细胞RNA测序技术,系统研究流感病毒与肺炎链球菌共感染对肺部免疫反应的影响,并揭示紧密连接蛋白ZO-1在维持肺屏障完整性中的关键作用及其下调与异常定位机制 | 未提及具体限制 | 探索甲型流感病毒与肺炎链球菌共感染对肺部免疫反应的影响,特别是紧密连接蛋白ZO-1的分子结构和作用机制 | 人肺芯片模型中甲型流感病毒与肺炎链球菌共感染的肺细胞 | 数字病理学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2026-07-23 |
Two duplicated GhMML3 genes coordinately control development of lint and fuzz fibers in cotton
2025-04-14, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2025.101281
PMID:39943690
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research paper | 本文发现两个重复的GhMML3基因通过剂量依赖性方式协同调控棉花长绒和短绒纤维的发育 | 首次揭示两个重复的GhMML3基因通过剂量依赖机制协同调控棉花两种纤维发育,并阐明其与关键纤维起始基因GhHD-1和GhMYB25的调控关系 | 未详细说明基因编辑突变体的脱靶效应评估及大田环境下的表型验证 | 解析棉花长绒和短绒纤维发育的遗传与分子调控机制 | 棉花(包括野生型J668和隐性裸籽突变体nNSM) | machine learning | NA | CRISPR-Cas9基因编辑、基因过表达、转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 包括J668、nNSM突变体、基因编辑突变体#mml3s及杂交后代群体 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 57 | 2026-07-23 |
Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease
2025-04, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.037203
PMID:40135555
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研究论文 | 通过整合基因甲基化、表达和蛋白质水平的多组学数据,利用孟德尔随机化和共定位分析,识别与冠状动脉疾病相关的基因,并探讨其分子机制 | 创新性地结合多组学数据和孟德尔随机化方法,发现TAGLN2、APOB、GIP等基因与冠状动脉疾病风险的新关联,展示了多组学整合在揭示因果关系方面的优势 | 研究主要基于公开数据集,样本量有限,且未进行功能验证实验,结果可能受到混杂因素的影响 | 探索冠状动脉疾病的分子网络和潜在因果基因 | 冠状动脉疾病患者和对照组的基因甲基化、表达和蛋白质数据 | 机器学习 | 心血管疾病 | 孟德尔随机化,共定位分析,单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据(甲基化、基因表达、蛋白质水平) | 多项研究数据集,具体样本量未详述 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-07-23 |
Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Glioblastoma (GBM) With a 5-Gene CAF-Risk Signature
2025-04, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.70158
PMID:40226936
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研究论文 | 开发并验证了一个5基因癌症相关成纤维细胞(CAF)风险特征,用于预测胶质母细胞瘤(GBM)患者的预后和免疫治疗反应 | 首次构建并验证了基于CAF的5基因风险特征(ITGA5、MMP14、FN1、COL5A1和COL6A1),并证明其与免疫浸润和免疫治疗反应显著相关 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 探究CAF在GBM中的作用,通过开发CAF风险特征并探索其与免疫浸润和免疫治疗反应的相关性 | 胶质母细胞瘤(GBM)患者 | 机器学习 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq、单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2026-07-13 |
Completing spatial transcriptomics data for gene expression prediction benchmarking
2025-12, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2025.103754
PMID:40885036
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研究论文 | 提出SpaRED数据库和SpaCKLE模型,用于评估和改善基于组织学图像的基因表达预测 | 首次建立系统化的空间转录组公共数据集SpaRED,并开发基于Transformer的基因表达补全模型SpaCKLE,大幅降低预测均方误差 | 未提及具体局限性 | 解决空间转录组数据成本高、基因捕获效率低及模型评估不一致的问题 | 空间转录组公共数据集和基因表达预测模型 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | Transformer | 图像 | 26个公共数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 60 | 2026-07-13 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell-type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2025-11-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02121-25
PMID:41081505
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析人原代气道上皮细胞对两种真菌病原体的细胞特异性反应 | 首次报道了曲霉和球孢子菌感染人原代气道上皮细胞的单细胞转录组分析,揭示了不同真菌诱导的细胞类型特异性应激和信号通路差异 | 未提供具体局限性信息 | 研究气道上皮细胞对曲霉和球孢子菌感染的早期致病机制及细胞特异性反应 | 人原代气道上皮细胞感染曲霉或球孢子菌后的单细胞转录组 | 单细胞转录组学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 单细胞转录组数据 | 使用人原代气道上皮细胞(具体数量未提及) | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 未明确提及 |