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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2026-02-10
TrAGEDy-trajectory alignment of gene expression dynamics
2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 本文介绍了一种名为TrAGEDy的新方法,用于对齐单细胞转录组学中的独立轨迹,避免错误整合步骤 TrAGEDy能够处理不对称生物过程的轨迹对齐,优于现有工具,在模拟和真实数据中均表现更优 NA 开发一种方法以对齐单细胞转录组学中的独立轨迹,用于比较不同生物过程 T细胞和布氏锥虫血流形式的基因表达动态 生物信息学 NA 单细胞转录组学测序 NA 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
42 2026-02-10
Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究探讨了门脉高压中肝动脉血流增加通过VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞驱动门管区纤维化的分子机制 揭示了肝动脉缓冲反应诱导的动脉血流增加通过VCAM-1介导的巨噬细胞招募和Spp1+巨噬细胞驱动纤维化的新机制 研究基于大鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;未涉及长期疾病进展或治疗干预的评估 探究门脉高压中肝动脉血流增加导致门管区纤维化的分子机制 Sprague-Dawley大鼠门脉高压模型中的肝脏组织、巨噬细胞和门脉成纤维细胞 NA 门脉高压 单细胞RNA测序、RNA-FISH、微CT、免疫细胞分析、转录组分析 NA 图像数据、转录组数据、血流动力学数据 Sprague-Dawley大鼠门脉高压模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
43 2026-02-09
IL-1β+ lung-resident macrophages mediate endothelial dysfunction and acute lung injury in sepsis through immune-metabolic crosstalk
2025-Dec-08, Cell death discovery IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过小鼠脓毒症模型,揭示了表达IL-1β的肺驻留巨噬细胞在脓毒症诱导的急性肺损伤中通过免疫-代谢串扰介导内皮功能障碍和组织损伤的关键作用 识别了IL-1β⁺肺驻留巨噬细胞亚群作为脓毒症肺损伤的关键贡献者,并揭示了其通过免疫-代谢轴协调内皮功能障碍的新机制 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;免疫-代谢相互作用的分子通路细节尚未完全阐明 阐明脓毒症诱导急性肺损伤中免疫细胞与肺内皮相互作用的分子调节机制 小鼠脓毒症模型中的肺驻留巨噬细胞和肺内皮细胞 数字病理学 脓毒症/急性肺损伤 单细胞RNA测序,代谢组学,免疫测定,Western印迹,组织病理学,体外共培养实验 NA RNA测序数据,代谢组数据,蛋白质数据,图像数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
44 2026-02-09
Biallelic BRF2 mutations disrupt redox homeostasis as etiological factors in syndromic immunodeficiency and developmental disorders
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1
研究论文 本研究通过鉴定并表征一个家族病例中的新型双等位基因BRF2变异,揭示了BRF2功能障碍通过破坏氧化还原稳态导致综合征性免疫缺陷和发育异常的分子机制 首次将BRF2双等位基因突变与氧化还原稳态破坏联系起来,并阐明其在血液免疫和发育异常中的致病机制 研究基于单个家族病例,样本量有限,且分子机制主要在细胞水平验证 阐明BRF2基因突变导致综合征性免疫缺陷和发育异常的分子病因学 携带新型双等位基因BRF2变异的家族病例患者 NA 综合征性免疫缺陷和发育异常 全外显子组测序,单细胞RNA测序 NA 基因组测序数据,单细胞转录组数据 一个家族病例(患者及其家庭成员) NA 全外显子组测序,单细胞RNA测序 NA NA
45 2026-02-09
Galectin-9 inhibition of the MIF-CD74/CD44 pathway suppresses chronic arthritis
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序识别出类风湿关节炎中一个独特的MIF亚群,并探索了稳定重组半乳糖凝集素-9(sGal-9)作为CD44阻断剂,通过抑制MIF-CD44通路来抑制关节炎的破坏性表型 首次在单细胞水平识别出RA-FLSs中的MIF亚群,并证明sGal-9作为新型抗MIF剂,能有效抑制关节炎的破坏性表型 研究主要基于体外和动物模型,尚未进行临床试验,且sGal-9的长期安全性和疗效需进一步验证 探索针对类风湿关节炎中成纤维样滑膜细胞(FLSs)的治疗策略,特别是通过抑制MIF-CD44通路来减轻关节炎的破坏 类风湿关节炎患者的成纤维样滑膜细胞(RA-FLSs)以及小鼠关节炎模型 单细胞测序与分子生物学 类风湿关节炎 单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 未明确指定样本数量,但涉及RA患者的FLSs和小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
46 2026-02-09
Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1
研究论文 本研究揭示了肺细胞通过外泌体通讯在造血干细胞自我更新和移植中发挥重要作用 首次通过单细胞外泌体追踪分析和体内移植研究,发现肺细胞通过外泌体通讯调控长期造血干细胞稳态,突破了传统认为仅由骨髓微环境调控的观点 研究主要基于实验条件,在人类疾病如镰状细胞病和骨髓衰竭中的实际应用效果仍需进一步验证 探究肺细胞外泌体通讯对造血干细胞自我更新和移植能力的影响机制 造血干细胞,特别是长期造血干细胞,以及人原代小气道上皮细胞来源的外泌体 单细胞组学 镰状细胞病,骨髓衰竭 单细胞RNA测序,外泌体microRNA分析,蛋白质组学 NA 单细胞RNA测序数据,外泌体microRNA数据,蛋白质组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
47 2026-02-09
Precision T cell correction platform for inborn errors of immunity
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1
研究论文 本文介绍了一种基于CRISPR-Cas9和同源定向修复的T细胞单核苷酸变异精确校正平台,用于治疗先天性免疫缺陷病 开发了一种高效的T细胞单核苷酸变异校正平台,通过同源定向修复实现高达80%的校正率,并在多个IEI模型中验证了功能校正,同时通过多组学安全分析未检测到基因组、转录组或蛋白质组异常 该平台可能不适用于晚期疾病、严重炎症或急性感染患者,且目前仅针对特定单基因免疫缺陷病模型进行了验证 开发一种精确的基因编辑平台,用于治疗先天性免疫缺陷病,特别是通过校正T细胞来替代造血干细胞移植 T细胞,以及STAT1功能获得性突变、软骨毛发发育不全、ADA2缺乏症和自身免疫性多内分泌病-念珠菌病-外胚层营养不良等IEI模型 基因编辑与细胞治疗 先天性免疫缺陷病 CRISPR-Cas9基因编辑,同源定向修复,GUIDE-seq,单细胞RNA测序,长读长基因组测序,蛋白质组学分析 NA 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据 NA NA 单细胞RNA测序,长读长基因组测序 NA NA
48 2026-02-09
Prediction of cell states and key transcription factors of the human cornea through integrated single-cell omics analyses
2025-Aug, PNAS nexus IF:2.2Q1
研究论文 本研究通过整合多个已发表的人类角膜单细胞RNA-seq数据,创建了一个角膜细胞状态元图谱,并开发了机器学习工具cPredictor进行细胞状态注释,同时结合染色质可及性数据识别关键转录因子 整合多个单细胞RNA-seq研究数据创建统一的人类角膜细胞状态元图谱,开发了cPredictor机器学习流程进行细胞状态注释,并首次将单细胞转录组数据与染色质可及性数据整合进行基因调控网络分析 研究依赖于已发表数据,可能存在批次效应;cPredictor的准确性需要在更多独立数据集中验证;多能干细胞来源的角膜类器官与真实角膜的差异需要进一步研究 解决人类角膜研究中细胞状态注释不一致的问题,建立可靠的角膜细胞状态参考图谱 人类角膜组织、多能干细胞来源的角膜类器官 单细胞组学 角膜疾病 单细胞RNA-seq、染色质可及性分析、机器学习 机器学习管道(cPredictor) 单细胞转录组数据、染色质可及性数据、免疫组化图像 整合了四个已发表研究的人类角膜单细胞RNA-seq数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
49 2026-02-09
Maintenance of chronic neuroinflammation in multiple sclerosis via interferon signaling and CD8 T cell-mediated cytotoxicity
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体测序,揭示了多发性硬化症中慢性神经炎症的维持机制,特别是干扰素信号和CD8 T细胞介导的细胞毒性作用 首次将放射学特征(PRL)与单细胞水平的免疫特征相关联,揭示了B细胞耗竭治疗后仍持续的CD8 T细胞介导的神经炎症机制,并提名了潜在治疗靶点 样本量相对有限(34名MS患者),且研究主要关注白质病变,未全面评估灰质或整个中枢神经系统的炎症情况 探究多发性硬化症中慢性神经炎症的分子和细胞机制,并寻找疾病进展的生物标志物和治疗靶点 多发性硬化症患者的脑脊液和血液免疫细胞,重点关注慢性活动性白质病变(CAL/PRL)相关的免疫特征 数字病理学 多发性硬化症 单细胞转录组测序(scRNAseq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-seq)、蛋白质组学、流式细胞术 NA 单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据、蛋白质组数据、流式细胞术数据 34名经放射学特征表征的多发性硬化症成人患者(17名未治疗,6名接受B细胞耗竭治疗)和5名健康对照 NA 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 NA NA
50 2026-02-09
Identification of increased dedifferentiation along the Prom1+ cancer cells in Müllerian adenosarcoma with sarcomatous overgrowth
2025-Mar, British journal of cancer IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析,揭示了Müllerian腺肉瘤中Prom1+癌细胞亚群的异质性和去分化轨迹 首次在MASO中鉴定出Prom1+癌细胞沿发育轨迹的三个表型(分化样、中间样、去分化样),并发现HMGB2/3+亚型是主要的去分化样癌细胞,E2F1被确认为Prom1谱系去分化的关键转录因子 研究样本量较小(基于单细胞测序),且主要聚焦于Prom1谱系,可能未涵盖肿瘤的全部异质性 探究Müllerian腺肉瘤伴肉瘤样过度生长(MASO)的肿瘤病因和细胞异质性 MASO肿瘤组织及配对正常组织 数字病理学 子宫肉瘤 单细胞RNA测序,免疫组化,体外实验 轨迹分析,转录因子调控网络 单细胞RNA-seq数据,TCGA数据,图像数据 未明确样本数量,但涉及MASO和配对正常组织的单细胞测序 NA 单细胞RNA-seq NA NA
51 2026-02-09
Single-cell RNA sequencing via endoscopic ultrasound-guided fine-needle biopsy for pancreatic tumors uncovered an aggressive subclone with a poor prognosis
2025-Mar, ESMO gastrointestinal oncology
研究论文 本研究通过内镜超声引导下细针穿刺活检结合单细胞RNA测序技术,揭示了胰腺肿瘤中一个与不良预后相关的侵袭性亚克隆 首次利用内镜超声引导下细针穿刺活检样本进行单细胞RNA测序,成功识别出与胰腺癌晚期阶段相关的UBE2C高表达侵袭性亚克隆 样本量较小,仅对4名患者成功进行了单细胞RNA测序分析,可能影响结果的普遍性 评估内镜超声引导下细针穿刺活检用于单细胞RNA测序的可行性,并探索胰腺肿瘤的细胞异质性 胰腺肿瘤患者 数字病理学 胰腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 20名患者,40份标本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
52 2026-02-09
CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids
2025-Jan, Cell and tissue research IF:3.2Q3
综述 本文综述了基于CRISPR的功能基因组学筛选方法在人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用,以研究神经发育障碍的发病机制 结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序技术,揭示人类神经细胞中遗传变异的下游基因和细胞通路,为神经发育障碍提供新见解 存在当前挑战,如技术应用的限制和未来方向需进一步探索 利用CRISPR技术研究神经发育障碍的遗传机制和潜在治疗策略 人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官 自然语言处理 神经发育障碍 CRISPR基因编辑,单细胞RNA测序 NA NA NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
53 2026-02-09
A monocyte-derived blood transcriptomic signature reveals systemic immunosuppression in HCC and partial reversal following curative therapy
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期肝细胞癌(HCC)诱导的系统性免疫抑制转录组特征,并发现治愈性治疗可部分逆转该特征,同时开发了一个源自单核细胞的23基因血液标志物,具有诊断和预后潜力 首次在早期HCC患者中通过纵向单细胞RNA测序(治疗前后)结合健康对照,系统描绘了肿瘤负荷及其切除对系统性免疫转录组的重塑,并鉴定出一个与肿瘤组织免疫抑制特征一致的CD14+单核细胞亚群及其23基因标志物 样本量较小(仅6名患者),治疗后随访时间较短(1-3个月),且未完全恢复至健康水平 阐明肿瘤负荷及其切除如何重塑系统性免疫转录组,并提取具有诊断和预后潜力的血液标志物 早期肝细胞癌(HCC)患者、健康对照者、外周血单个核细胞(PBMCs)、肿瘤及癌旁肝组织免疫细胞 单细胞组学 肝细胞癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、bulk PBMC转录组分析 NA 单细胞转录组数据、bulk转录组数据 6名早期HCC患者(治疗前后配对样本)及6名年龄匹配的健康对照 NA 单细胞RNA-seq NA NA
54 2026-02-09
Single-cell and machine learning integration reveals OS-driven CCND1 promotes an aggressive phenotype in papillary thyroid carcinoma
2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法,揭示了氧化应激驱动的CCND1在甲状腺乳头状癌中促进侵袭性表型的关键作用 首次在单细胞水平上系统评估了氧化应激与甲状腺乳头状癌的关系,并利用机器学习模型识别出CCND1、SOX4和TFF3作为关键生物标志物,同时通过体外实验验证了氧化应激直接驱动CCND1过表达的机制 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞模型,缺乏体内实验验证和临床样本的深入功能验证 识别甲状腺乳头状癌中与氧化应激相关的生物标志物,为临床诊断和治疗提供潜在靶点 甲状腺乳头状癌组织、正常甲状腺组织以及TPC-1细胞系 数字病理学 甲状腺乳头状癌 单细胞RNA测序, 机器学习, 加权基因共表达网络分析, 伪时间分析, CellChat分析, 蛋白质印迹, 免疫印迹, ROS检测, 细胞活力测定 机器学习模型 单细胞RNA测序数据, 独立验证数据集, 体外实验数据 未明确指定样本数量,但使用了PTC和正常甲状腺组织的单细胞RNA测序数据以及TPC-1细胞系 NA 单细胞RNA-seq NA NA
55 2026-02-08
EPI-SauriCas9-based mouse ovarian cancer models recapitulating pten deletion in patients
2025-Dec-29, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究开发并验证了使用EPI-SauriCas9系统构建的携带Pten和Trp53缺失的小鼠卵巢上皮模型(MEPP),用于模拟患者PTEN缺失的卵巢癌 利用EPI-SauriCas9系统创建了首个模拟PTEN和TP53缺失的小鼠卵巢癌模型,揭示了Pten缺失在促进肿瘤发生和转移中的作用,并通过单细胞RNA测序鉴定了具有不同转移潜能的独特上皮亚群 模型可能无法完全复制人类卵巢癌的所有复杂性,且研究主要聚焦于PTEN和TP53缺失的特定亚型 开发一个用于研究PTEN缺失卵巢癌的平台,并探索其肿瘤发生机制及潜在治疗方法 小鼠卵巢上皮细胞及由此衍生的肿瘤模型 癌症研究 卵巢癌 EPI-SauriCas9基因编辑系统,单细胞RNA测序,高通量药物筛选 基因编辑小鼠模型 基因表达数据,药物反应数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
56 2026-02-08
Probing cellular landscapes in plants via single-cell transcriptomics
2025-Dec-25, Plant science : an international journal of experimental plant biology IF:4.2Q1
综述 本文全面综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在植物系统中的研究进展、应用、挑战及未来方向 整合了跨植物物种和组织类型的见解,提供了关于植物发育和适应的交叉视角,并批判性地评估了关键技术挑战及潜在解决方案 植物系统中scRNA-seq与功能基因组学和空间技术的整合仍然有限,存在原生质体分离、标记基因可用性有限和细胞类型注释等关键挑战 综述scRNA-seq在解析植物细胞异质性、发育过程、基因调控、胁迫响应和细胞命运决定方面的应用与进展 多种植物组织 数字病理学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学,多组学方法 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
57 2026-02-08
ScRNA profiling of peripheral blood in kidney transplant recipients across rejection responses and treatments
2025-Dec-24, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了肾移植受者外周血细胞,比较了不同排斥类型和治疗阶段的免疫细胞组成差异 首次提供了肾移植后不同排斥类型和治疗阶段的外周血单细胞转录组数据集,支持免疫细胞亚群的比较分析 样本量较小(仅5名参与者),且为初步分析,需要更大规模研究验证 探索肾移植受者外周血免疫细胞在排斥反应和免疫抑制治疗中的变化 肾移植受者的外周血细胞 数字病理学 肾脏疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 5名肾移植受者,98,595个质量控制通过的细胞 NA 单细胞RNA-seq NA NA
58 2026-02-08
CIA: unveiling cellular identities with cluster-independent annotation in single-cell RNA sequencing data for comprehensive cell type characterization and exploration
2025-Dec-17, BMC bioinformatics IF:2.9Q1
研究论文 本文介绍了一种名为CIA(Cluster Independent Annotation)的新型计算工具,用于在单细胞RNA测序数据中准确识别细胞类型,无需完全注释的参考数据集或复杂机器学习过程 开发了CIA工具,基于预定义细胞类型签名,提供用户友好且实用的单细胞类型和功能注释解决方案,支持Python和R语言,适用于所有主要单细胞分析框架 NA 解决单细胞RNA测序数据中细胞识别和分类的挑战,提供高效且可解释的细胞类型注释工具 单细胞RNA测序数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
59 2026-02-08
BGN Secreted by Cancer-Associated Fibroblasts Promotes Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via Activation of TLR4-Mediated Erk and NF-κB Signaling Pathways
2025-Dec-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究揭示了癌症相关成纤维细胞分泌的BGN通过激活TLR4介导的Erk和NF-κB信号通路促进食管鳞状细胞癌进展 首次在ESCC中鉴定出CAF分泌的BGN是关键促癌因子,并阐明其通过TLR4受体激活Erk和NF-κB信号通路的分子机制 研究主要基于细胞系和体外共培养模型,缺乏体内动物实验验证;临床样本量有限(66例) 探究癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌进展中的具体作用机制 食管鳞状细胞癌细胞系(TE-9、TE-10、TE-15)、间充质干细胞、66例ESCC组织样本 肿瘤生物学 食管鳞状细胞癌 cDNA微阵列分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学 共培养模型 基因表达数据、蛋白质表达数据、临床病理数据 3个ESCC细胞系、间充质干细胞、66例ESCC组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
60 2026-02-08
Single-Cell transcriptomic profiles of peripheral blood immune cells reveal early monocyte and platelet activation in the transition from high-risk states to clinical sepsis
2025-Sep-25, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组测序揭示了外周血免疫细胞在脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中,单核细胞和血小板早期激活的转录组重编程特征 首次在单细胞水平上系统描绘了脓毒症进展过程中单核细胞和血小板的动态转录组变化,并发现了一个在多种高风险人群中一致、早期且持续上调的核心基因特征(S100A8, S100A9, IFITM2, IFITM3) 研究样本量相对有限,且主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的功能验证 阐明从脓毒症高风险状态向临床脓毒症转变过程中的免疫细胞转录组变化特征 健康对照、脓毒症高风险个体、临床脓毒症患者的外周血免疫细胞,以及独立队列中的极早产脓毒症婴儿和老年糖尿病患者 单细胞组学 脓毒症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 健康对照、高风险个体、临床脓毒症患者,以及独立队列的极早产婴儿和老年糖尿病患者(具体样本数未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
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