单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 10549 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-15 |
scRNA-seq of Penaeus japonicus hemocytes under environmentally-induced restriction of sand-diving behavior
2025-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111125
PMID:41038398
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析日本对虾血细胞在环境诱导的沙潜行为限制下的分子响应 | 首次利用单细胞转录组技术研究日本对虾血细胞在底质缺失条件下的分子变化，识别出与沙潜行为调控相关的关键候选基因 | 关键候选基因（如trpa1、trpm和cut蛋白家族）的具体功能有待进一步验证 | 探究日本对虾在沙潜行为受限时的分子响应机制 | 日本对虾（Penaeus japonicus）血细胞 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR、RNA原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 日本对虾血细胞样品，涉及三种培养系统（沙组、无沙组、无沙应激组） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2026-05-15 |
ScASplicer: An interactive shiny/R application for alternative splicing analysis of single-cell sequencing
2025-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111116
PMID:41038402
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研究论文 | 开发了一个名为ScASplicer的交互式Shiny/R应用程序，用于单细胞测序的可变剪接分析 | 通过开发Python包简化输入文件生成并扩展MARVEL至多细胞群体分析，首次提供无需编程的交互式单细胞可变剪接探索平台 | 未说明限制条件 | 为单细胞RNA测序的可变剪接分析提供一个通用且用户友好的网络应用程序 | 单细胞RNA测序数据中的可变剪接事件 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2026-05-15 |
SerpinB2 promotes the proliferation of glioma cells by regulating the cell cycle through the Wnt/β-catenin signaling pathway
2025-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111148
PMID:41176096
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研究论文 | 本文结合转录组测序和单细胞转录组分析，揭示了SerpinB2通过Wnt/β-catenin信号通路调控细胞周期促进胶质瘤细胞增殖的分子机制 | 首次利用转录组与单细胞转录组联合分析阐明SerpinB2在胶质瘤中的促增殖机制，并通过Wnt/β-catenin通路调控细胞周期S期 | 未提及具体局限性，可能包括样本量有限及动物模型与人类肿瘤的差异 | 阐明SerpinB2在胶质瘤细胞增殖中的分子机制 | 胶质瘤细胞及荷瘤小鼠模型 | 机器学习和数字病理学 | 胶质瘤 | 转录组测序、单细胞测序 | NA | 转录组序列数据、单细胞转录组数据 | CGGA和TISCH数据库中的胶质瘤样本及荷瘤小鼠 | NA | 单细胞转录组学、批量RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2026-05-15 |
A bioinformatics pipeline for identifying homoplasmic and heteroplasmic mitochondrial DNA SNVs in single-cell RNA-Seq datasets
2025-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111122
PMID:41061772
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研究论文 | 开发了一个用于在单细胞RNA测序数据中鉴定同质和异质性线粒体DNA单核苷酸变异的生物信息学流程 | 该流程通过质控、比对到线粒体基因组、SNV识别和注释，并使用覆盖率阈值检测异质性，同时过滤测序错误和新颖的删除策略，包括链偏倚、RNA修饰错误和过度代表变异 | 未在本文中明确讨论，但可能依赖于scRNA-seq数据的质量和现有比对方法的准确性 | 提高从公共scRNA-seq数据中可靠检测mDNA SNV的能力，理解其机制和临床表现 | 单细胞RNA测序数据中的线粒体DNA同质和异质性单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2025-10-31 |
Mapping disease-specific vascular cell populations responsible for obliterative arterial remodelling during the development of pulmonary arterial hypertension
2025-Oct-28, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaf146
PMID:40875786
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别肺动脉高压发展中导致闭塞性动脉重构的疾病特异性血管细胞群 | 首次在肺动脉高压模型中通过多时间点单细胞转录组分析鉴定出两种疾病特异性内皮细胞群，并发现TM4SF1作为动脉重构的新治疗靶点 | 研究基于动物模型，在人类患者中的验证仍需进一步研究 | 阐明肺动脉高压发展中闭塞性动脉病变形成的细胞机制 | 肺动脉高压大鼠模型和PAH患者的肺组织细胞 | 单细胞组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序，RNA velocity分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个时间点的肺动脉高压模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 46 | 2026-05-15 |
Large Language Models for Translational Cancer Informatics
2025-10, JCO clinical cancer informatics
IF:3.3Q2
DOI:10.1200/CCI-25-00108
PMID:41086385
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综述 | 探讨大语言模型在癌症研究中的应用，涵盖单细胞转录组学、空间转录组学和计算病理学 | 系统性地从细胞和病理两个角度评估大语言模型在精准肿瘤学中的潜力，覆盖多模态数据分析 | 多数模型未针对癌症特定应用进行优化，缺乏领域特定的微调和可扩展适应策略 | 综述大语言模型在癌症转化信息学中的应用，推动精准肿瘤学发展 | 2022年至2025年间发表的24种大语言模型及其在癌症研究中的应用 | 自然语言处理 | 癌症 | 大语言模型、单细胞RNA测序、空间转录组学、组织病理学 | 大语言模型 | 基因表达数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 47 | 2026-05-15 |
TSC2/mTORC1 integrates deoxynivalenol signals recognized by membrane receptors IR and EGFR to restrict intestinal stem cell function
2025-08-15, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138769
PMID:40466374
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序等技术，发现TSC2/mTORC1通路整合膜受体IR和EGFR识别的脱氧雪腐镰刀菌烯醇信号，限制肠道干细胞功能 | 首次阐明脱氧雪腐镰刀菌烯醇通过膜受体IR和EGFR调控TSC2/mTORC1活性，进而影响肠道干细胞功能的分子机制 | 尚未提及具体的局限性 | 探究膜受体如何整合细胞外脱氧雪腐镰刀菌烯醇信号以损害肠道干细胞的定向命运决定 | 猪肠道干细胞、猪肠道类器官、IPEC-J2细胞系 | 机器学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序、等温滴定量热法 | NA | 基因表达数据 | 使用猪肠道类器官和IPEC-J2细胞系的体外实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2026-05-15 |
Bacterial ADP-heptose triggers stem cell regeneration in the intestinal epithelium following injury
2025-Aug-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.06.009
PMID:40651470
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研究论文 | 该论文揭示了细菌代谢产物ADP-庚糖通过ALPK1-TIFA信号通路触发肠道上皮损伤后干细胞再生的机制 | 首次发现ALPK1-TIFA信号在肠道干细胞中调控损伤后静止干细胞向恢复性干细胞的转换，并鉴定潘氏细胞为ADP-庚糖诱导恢复性干细胞的起源细胞 | 未提及具体限制 | 阐明ADP-庚糖通过ALPK1-TIFA信号在肠道上皮损伤后干细胞再生中的作用机制 | 肠道干细胞、潘氏细胞 | 数字病理学 | 肠道损伤 | 单细胞转录组学、谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型（Tifa突变小鼠）以及辐射或硫酸葡聚糖钠诱导的损伤模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 49 | 2026-05-15 |
Tryptamine Metabolism and Functionalization in Gut Commensal Bacteria Expand Human Tryptamine Signaling Responses
2025-07-18, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.5c00313
PMID:40577169
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研究论文 | 本研究通过筛选人类粪便来源细菌培养物上清液，发现并鉴定了由肠道共生菌产生的新型色胺衍生物，这些分子能激活人类褪黑素受体及多种GPCR，并具有抗炎活性 | 首次发现肠道共生菌中色胺代谢产生的两种新型小分子（含尿素核心对称双色胺结构及单色胺功能化修饰），并阐明其作为褪黑素受体1A/1B、P2RY11、GPR55受体激动剂及可溶性环氧化物水解酶抑制剂的多重生物活性 | 未具体说明研究局限性，但可能包括在体实验仅采用小鼠模型、未验证人类肠道微环境中的实际浓度效应、单细胞RNA测序分析仅评估单一化合物处理效果等 | 探索人类肠道微生物代谢产生的功能小分子对GPCR信号通路的影响，扩展人类与微生物界面色胺信号传导的认知 | 人类粪便来源细菌培养物上清液、肠道共生菌R. intestinalis、小鼠肠道组织中的上皮内淋巴细胞 | 机器学习和统计方法 | NA | RNA测序 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 50 | 2026-05-15 |
A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics
2025-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02707-1
PMID:40442373
|
研究论文 | 开发了一种名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，将组织病理学与空间转录组学连接起来 | 首次提出将H&E图像和转录组数据通过Visium组织块进行整合的视觉-组学基础模型，并构建了涵盖32个器官的220万配对数据集 | 未提及具体限制 | 开发能够桥接组织病理学图像与空间转录组数据的统一计算模型 | 来自32个器官的220万配对组织图像和转录组数据 | 计算机视觉, 机器学习, 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | OmiCLIP（基础模型） | 图像, 文本（基因符号序列） | 220万配对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium平台的组织块数据 |
| 51 | 2026-05-15 |
Deciphering the molecular mechanism of YY1/HIF1A modulating ovarian cancer angiogenesis based on single-cell transcriptomics technology
2025 Jul-Dec, Mutation research
DOI:10.1016/j.mrfmmm.2025.111916
PMID:41072350
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研究论文 | 基于单细胞转录组学技术解析YY1/HIF1A调控卵巢癌血管生成的分子机制 | 首次通过单细胞转录组学分析结合细胞实验，揭示了YY1通过竞争性结合FBXW7稳定HIF1A表达，进而促进卵巢癌血管生成的具体机制 | 未提及 | 探讨YY1在卵巢癌血管生成中的作用及其分子机制 | 卵巢癌细胞及单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学, 共培养技术, 免疫共沉淀, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告基因检测, qRT-PCR, Western blotting | NA | 转录组数据 | GEO数据库中的卵巢癌肿瘤样本及邻近样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2026-05-15 |
Chikungunya virus persists in joint-associated macrophages and promotes chronic disease
2025-Jun-25, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6917990/v1
PMID:40678223
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、空间转录组学和流式细胞术探究基孔肯雅病毒在小鼠关节相关组织中的持续存在及其对慢性疾病的促进作用 | 首次揭示了基孔肯雅病毒RNA在关节相关巨噬细胞中持续复制并驱动慢性关节炎症的机制，通过CD4 T细胞与巨噬细胞的相互作用阐明了慢性疾病的免疫病理学基础 | 研究主要基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化仍需进一步验证；未详细说明病毒RNA复制的具体分子机制 | 阐明甲病毒（如基孔肯雅病毒）引起慢性肌肉骨骼疼痛和炎症的持久化机制 | 感染基孔肯雅病毒或其他甲病毒的小鼠关节相关组织 | 数字病理学 | 基孔肯雅病毒病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 序列数据 | 小鼠关节相关组织样本（具体数量未在摘要中提及） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞转录组平台和10x Visium空间转录组平台 |
| 53 | 2026-05-15 |
QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.15.659779
PMID:40667252
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研究论文 | 介绍QCatch，一个用于单细胞测序数据质量控制评估和生成的Python命令行工具 | 专门针对alevin-fry和simpleaf输出设计，生成交互式HTML质量控制报告，并以内附带注释的H5AD格式导出结果 | 未提及具体局限性 | 为单细胞测序数据提供标准化质量控制报告功能 | 单细胞测序数据 | 机器学习和生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 54 | 2026-05-15 |
Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease
2025-May-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019
PMID:40311614
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研究论文 | 通过直接替换小胶质细胞，揭示脑巨噬细胞在单基因神经系统疾病中的病理和治疗作用 | 首次通过单细胞测序揭示Krabbe病中干扰素反应特征和小胶质细胞失调，并利用直接CNS单核细胞注射实现高效小胶质细胞替换，证明该疗法可显著改善疾病 | 主要在动物模型中进行，临床转化需进一步验证安全性和有效性 | 阐明巨噬细胞在Krabbe病病理和治疗中的具体角色，探索直接小胶质细胞替换的潜在治疗价值 | Krabbe病（球细胞脑白质营养不良）模型小鼠（twitcher小鼠）及人类脑标本 | 机器学习 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 动物模型（twitcher小鼠）及人类脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 55 | 2026-05-15 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 通过时空剖析揭示卡路里限制对哺乳动物大脑衰老的影响 | 利用高可扩展单核基因组学和空间转录组学平台，首次在区域和细胞类型特异性分辨率下解析卡路里限制抗衰老的分子和细胞机制 | 未明确提及，但可能包括仅在小鼠模型中验证，且卡路里限制对人类大脑衰老的转化应用需进一步研究 | 阐明卡路里限制对衰老大脑的分子和细胞保护机制，特别是区域特异性效应 | 小鼠大脑（来自36只小鼠，3个年龄组，超过50万个细胞），以及来自卡路里限制和对照条件下老年小鼠的12个脑切片进行空间转录组分析 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单核基因组学、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 36只小鼠大脑、12个脑切片、超过50万个细胞 | 10x Genomics | 单核RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单核3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 56 | 2026-05-15 |
Unveiling the dynamics of B lymphocytes in systemic lupus erythematosus patients treated with belimumab through longitudinal single-cell RNA sequencing
2025-04-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae364
PMID:39037931
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研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序揭示贝利木单抗治疗系统性红斑狼疮患者中B淋巴细胞的动态变化 | 首次利用纵向单细胞转录组数据详细描绘了抗BAFF治疗过程中B细胞亚群的动态变化，包括初始B细胞、过渡型B细胞和记忆B细胞的时序波动，并发现NR4A1在治疗6个月后表达升高，可能参与限制自身反应性B细胞 | 样本量较小（仅4例韩国SLE患者），且未提供更多患者异质性和长期预后的关联信息 | 探究抗BAFF治疗（贝利木单抗）对系统性红斑狼疮患者中B淋巴细胞动态的影响，揭示其免疫学机制 | 4例韩国SLE患者的外周血单个核细胞（PBMCs），以及22例日本SLE患者的批量转录组数据 | 机器学习自然语言处理数字病理学 | 自身免疫性疾病系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组、批量转录组、流式细胞术蛋白水平数据 | 4例SLE患者（纵向采集7个时间点：治疗前及治疗后2周、1、3、6、12个月），另22例日本SLE患者（批量转录组数据） | 10x Genomics、Illumina | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | 10x Chromium、Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序、Illumina NovaSeq批量RNA测序 |
| 57 | 2026-05-15 |
Cancer associated fibroblasts in cancer development and therapy
2025-03-28, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01688-0
PMID:40156055
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综述 | 综述了癌症相关成纤维细胞在肿瘤发展和治疗中的多方面作用及其作为治疗靶点的潜力 | 基于单细胞RNA测序研究，强调了CAF的异质性和可塑性，并提出包括ECM调节、直接消除、中断CAF-TME串扰和CAF正常化等多种靶向策略 | 未提及具体局限性 | 总结CAF在癌症发展中的基础知识和新进展，探讨其作为治疗靶点的潜力 | 癌症相关成纤维细胞（CAF） | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-05-15 |
Asymmetric Histone Inheritance Regulates Differential Transcription Re-initiation and Cell Fate Decisions in Mouse Olfactory Horizontal Basal Cells
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.02.641101
PMID:40093102
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research paper | 通过损伤诱导再生模型研究小鼠嗅觉上皮中水平基底细胞的不对称组蛋白遗传及其对细胞命运决定的影响 | 首次在哺乳动物成体干细胞中揭示不对称组蛋白遗传模式，并发现其调控干细胞转录因子p63差异富集和异步转录重新起始 | 研究主要基于小鼠模型，人类嗅觉上皮中是否存类似机制尚需验证；未深入探讨组蛋白不对称遗传的分子机制 | 阐明哺乳动物体细胞分裂中表观遗传物质的分配模式及其对组织再生和行为的影响 | 小鼠嗅觉上皮水平基底细胞（HBCs） | machine learning, digital pathology | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、组蛋白标记 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠嗅觉上皮组织及配对子代细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 59 | 2026-05-15 |
Cancer-Associated Fibroblasts in Intrahepatic Cholangiocarcinoma: Insights into Origins, Heterogeneity, Lymphangiogenesis, and Peritoneal Metastasis
2025-03, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.07.009
PMID:39117110
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综述 | 系统总结了肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞的起源、异质性、淋巴管生成和腹膜转移机制 | 整合了最新的细胞谱系追踪、单细胞RNA测序和生物标志物分析成果，揭示了CAFs的多亚型复杂性及其潜在的抑癌与促转移双重作用 | 未涉及CAFs在免疫治疗中的具体作用机制及临床转化策略的详细讨论 | 评估肝内胆管癌中CAFs的起源、表型和功能复杂性，并阐明其在淋巴管生成和腹膜转移中的作用 | 肝内胆管癌中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序，细胞谱系追踪 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 60 | 2026-05-15 |
Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer
2025-02-05, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01667-5
PMID:39910394
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研究论文 | 通过构建转录调控网络，确定GRN为连接小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应的关键调节因子 | 首次揭示GRN作为小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应之间的桥梁调控因子，并提出基于GRN表达水平的患者分层策略 | 未明确提及局限性，但缺乏对GRN调控机制的深入验证，且样本量信息未在摘要中提供 | 探究小细胞肺癌对EP化疗和免疫治疗产生耐药的分子机制，并识别潜在的生物标志物 | 小细胞肺癌细胞系和肿瘤相关巨噬细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |