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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2026-09-21
IQGAP2 regulates blood-brain barrier immune dynamics
2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1
研究论文 该研究探讨了IQGAP2如何调控血脑屏障的免疫动态,发现IQGAP2缺失会增加免疫细胞浸润并引发炎症反应 首次揭示IQGAP2作为血脑屏障免疫特权的重要调控因子,并发现阿尔茨海默病与海马区IQGAP2减少相关 未明确说明 探究IQGAP2对血脑屏障免疫细胞浸润的调控作用 小鼠、斑马鱼和人类组织 机器学习 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序和免疫组织学 NA 图像和文本 未明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
42 2026-09-21
Functional and molecular single-cell analyses implicate PRDM14 in the initiation of B cell leukemia in mice
2025-Mar-14, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 该研究通过单细胞功能与分子分析,揭示了PRDM14在小鼠B细胞白血病起始中的作用 发现Prdm14表达可导致异常B祖细胞群体出现,具有短期自我更新和分化阻滞,且其表达特征更类似B-1细胞而非B-2细胞,并首次将PRDM14的DNA结合与H3K4me1/H3K4me3修饰关联,提出其通过混杂DNA结合激活致癌通路 研究基于小鼠模型,结果是否适用于人类B细胞白血病尚需验证;未明确PRDM14直接靶基因的全景 探究Prdm14在造血祖细胞中驱动肿瘤发生的分子机制,特别是其如何起始B细胞白血病 Prdm14表达的T细胞淋巴母细胞白血病/淋巴瘤小鼠模型中的骨髓细胞,特别是前白血病阶段的异常B祖细胞 单细胞组学 白血病 质谱流式细胞术(CyTOF)、单细胞RNA测序、染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq) 小鼠模型 单细胞表达数据、蛋白质定量数据、染色质结合数据 未明确说明具体样本数量,涉及小鼠骨髓前白血病阶段细胞及年老宿主小鼠 NA 质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-seq NA NA
43 2026-09-21
Integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals fibroblast subtypes in hepatocellular carcinoma: spatial distribution, differentiation trajectories, and therapeutic potential
2025-02-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 该研究通过整合单细胞、批量及空间转录组数据,揭示了肝细胞癌中三种成纤维细胞亚群的 spatial distribution,并发现 VEGFA+ CAF 由缺氧微环境诱导,通过促进血管生成导致不良预后。 首次在肝细胞癌中鉴定出三种具有不同空间分布的成纤维细胞亚群(HLA-DRB1+ CAF、MMP11+ CAF、VEGFA+ CAF),并揭示 VEGFA+ CAF 处于分化终末阶段且为肿瘤特异性;同时构建了基于 VEGFA+ CAF 高表达基因的机器学习模型,可准确预测预后和索拉非尼响应。 摘要中未明确提及研究局限性。 深入理解肝细胞癌中癌症相关成纤维细胞的多样性,以预测患者预后并指导治疗策略。 肝细胞癌患者样本中的成纤维细胞亚群及肿瘤微环境。 数字病理学 肝癌 单细胞RNA测序, 批量转录组测序, 空间转录组学 机器学习模型 图像, 文本 训练队列88个肝细胞癌单细胞RNA测序样本,验证队列94个样本,总计超过120万个细胞 NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 空间转录组学 NA NA
44 2026-09-21
Integrated analysis reveals that EGR1 promotes epithelial IL33 production in T2 asthma
2025-02-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 通过整合生物信息学分析和实验验证,揭示转录因子EGR1直接调控T2型哮喘中气道上皮细胞IL33的产生 首次通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据分析,发现EGR1是气道上皮细胞来源的基因,并通过ChIP-PCR和双荧光素酶报告基因实验证实EGR1作为转录因子直接调控IL33 mRNA的转录 研究主要基于BEAS-2B细胞系和HDM诱导的小鼠哮喘模型,缺乏人体气道样本的直接验证;EGR1调控IL33的具体上下游信号通路尚未完全阐明 探究过敏原暴露触发气道上皮细胞释放IL33的分子机制,特别是EGR1在T2型哮喘中对IL33产生的调控作用 BEAS-2B人气道上皮细胞系、HDM诱导的小鼠哮喘模型、bulk RNA-seq和scRNA-seq数据集 机器学习, 数字病理学 哮喘 bulk RNA-seq, single cell RNA-seq, ChIP-PCR, 双荧光素酶报告基因实验, siRNA敲低, 过表达质粒 NA 文本, 图像 NA NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
45 2026-09-21
Identification of pro-fibrotic cellular subpopulations in fascia of gluteal muscle contracture using single-cell RNA sequencing
2025-02-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,对臀肌挛缩症患者的纤维化深筋膜与非纤维化对照筋膜进行对比分析,揭示了成纤维细胞和巨噬细胞亚群在深筋膜纤维化中的关键作用 首次将单细胞RNA测序应用于纤维化深筋膜的研究,识别出促纤维化成纤维细胞亚群和两种促纤维化巨噬细胞亚群(SPP1 MP和ECM-like MP),并揭示了SPP1 MP与成纤维细胞之间的信号互作作为潜在治疗靶点 摘要中未提及具体样本量信息,且研究仅聚焦于臀肌挛缩症相关的深筋膜纤维化,样本来源和数量可能有限 探究臀肌挛缩症纤维化深筋膜中的细胞异质性,鉴定参与深筋膜纤维化的关键细胞亚群及其分子机制 臀肌挛缩症患者的纤维化深筋膜组织及非纤维化对照筋膜组织 数字病理学 臀肌挛缩症 单细胞RNA测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
46 2026-09-21
Role of CD4+ T cells in cancer immunity: a single-cell sequencing exploration of tumor microenvironment
2025-02-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
综述 本文综述了单细胞测序技术在肿瘤免疫微环境中CD4+ T细胞研究中的应用,探讨了CD4+ T细胞亚群的异质性、功能及其在肿瘤免疫中的意义 从单细胞测序角度系统总结CD4+ T细胞在肿瘤免疫微环境中的表型多样性和功能特异性,并综述调控CD4+ T细胞活性的关键信号通路和分子网络,为癌症治疗和预后提供新视角 作为综述,未提供原始实验数据,且可能受限于已发表研究的异质性和单细胞测序技术的现有局限 探讨CD4+ T细胞在肿瘤免疫中的作用,特别是通过单细胞测序技术揭示其在肿瘤微环境中的异质性和功能,并总结相关信号通路以提出新的治疗靶点和策略 肿瘤免疫微环境中的CD4+ T淋巴细胞 数字病理学 肺癌 单细胞测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
47 2026-09-21
Single-cell and spatial-resolved profiling reveals cancer-associated fibroblast heterogeneity in colorectal cancer metabolic subtypes
2025-02-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 该研究整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,通过层次聚类确定结直肠癌代谢亚型,并探索SFRP2+癌症相关成纤维细胞(CAF)簇的特征及其与代谢亚型的关联 结合单细胞和空间转录组技术揭示了结直肠癌代谢亚型中CAF的异质性,特别是发现了SFRP2+ CAF与代谢活性的相关性,以及AGMAT低表达的癌细胞能够招募SFRP2+ CAF 未明确提及 探索结直肠癌代谢亚型及其肿瘤特异性簇之间的相互作用,以促进个性化治疗策略的开发 结直肠癌(CRC)样本 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化 层次聚类 图像、文本 未明确提及 NA 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、空间转录组学 NA NA
48 2026-09-21
Single-cell profiling reveals a reduced epithelial defense system, decreased immune responses and the immune regulatory roles of different fibroblast subpopulations in chronic atrophic gastritis
2025-02-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序技术,构建了慢性萎缩性胃炎(CAG)病变的单细胞转录组图谱,揭示了上皮防御系统减弱、免疫反应下降以及不同成纤维细胞亚群的免疫调节作用 首次在单细胞水平上系统描绘了CAG病变中上皮细胞状态和组织微环境的变化,发现了C1Q+巨噬细胞免疫功能下降、T细胞耗竭增加,以及APSN+CXCL11+APOE+成纤维细胞亚群与胃癌发展的关联 样本量较小,仅纳入3例CAG活检样本及其配对正常组织,可能影响结论的普遍性 阐明驱动慢性萎缩性胃炎发生的分子机制,识别萎缩黏膜中的关键细胞变化和分子事件 慢性萎缩性胃炎患者的胃黏膜活检样本及配对正常组织 单细胞组学 胃癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 3例CAG活检样本及配对正常组织 NA 单细胞RNA测序 NA NA
49 2026-09-21
Renal Cell Type and State Estimation in Brightfield Histology Images: A Pilot Study on Diabetic Nephropathy
2025-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering
研究论文 本文提出了一种基于深度学习的图像到文本检索网络和视觉语言模型的两阶段流程,用于从明场组织学图像中预测糖尿病肾病中的肾细胞类型和状态 提出了一种结合CONCH对比学习模型的两阶段流程:第一阶段通过图像到文本检索网络将明场组织学图像分类为四种结构类型并生成组织病理学文本提示,第二阶段利用视觉语言模型结合配对图像和文本输入预测细胞类型和状态比例 本研究为初步研究,样本量有限,仅基于糖尿病肾病样本,尚未在更大规模和更多疾病类型的数据集上验证 利用机器学习流程从明场组织学图像中预测细胞类型和状态,以增强临床医学中的诊断和预后 糖尿病肾病样本的10X Visium FFPE全切片图像 数字病理学 糖尿病肾病 空间转录组学 CNN, ViT, 视觉语言模型, 对比学习模型 图像, 文本 10张10X Visium FFPE全切片图像(糖尿病肾病样本) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10X Visium 福尔马林固定石蜡包埋全切片图像
50 2026-09-21
Molecular heterogeneity and development of the ventral tegmental area
2025-Feb, Current opinion in behavioral sciences IF:4.9Q1
综述 本文综述了单细胞测序技术在解析腹侧被盖区分子异质性及发育方面的研究进展 系统总结了单细胞测序技术揭示的腹侧被盖区多巴胺能神经元细胞异质性和发育分子复杂性 未提及具体的技术局限性或研究不足 总结腹侧被盖区多巴胺能神经元的分子异质性及其发育过程 腹侧被盖区和黑质的多巴胺能神经元 机器学习 NA 单细胞测序 NA 文本 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
51 2026-09-21
Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder
2025-01-08, Science translational medicine IF:15.8Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序和功能分析揭示了RUNX1-家族性血小板障碍中CD74信号轴驱动炎症和造血缺陷的机制,并证明靶向CD74及其下游通路可逆转分化缺陷 首次发现CD74信号轴是RUNX1-FPD前白血病阶段炎症的驱动因素之一,并证明靶向CD74及其下游JAK/STAT和mTOR通路可逆转分化缺陷、减轻炎症,提出将JAK1/2抑制剂和mTOR抑制剂重新用于早期干预策略 摘要中未明确提及研究局限性 探究RUNX1-家族性血小板障碍中炎症的早期驱动机制,寻找可预防白血病进展的干预策略 RUNX1-家族性血小板障碍患者的骨髓样本及造血干细胞和祖细胞 单细胞组学 家族性血小板障碍、白血病 单细胞RNA测序 NA 文本、图像 10例样本进行单细胞RNA测序,超过75例患者样本进行功能分析 NA 单细胞RNA测序 NA NA
52 2026-09-21
Gut microbial production of lithocholic acid reprograms pro-resolutive macrophages to enhance vedolizumab responsiveness via the TGR5/FXR-NF-κB axis
2025-Jan-02, The ISME journal
研究论文 该研究通过人源化小鼠结肠炎模型、多组学和单细胞测序,揭示了肠道菌群代谢物石胆酸通过TGR5/FXR-NF-κB轴重编程促缓解巨噬细胞,从而增强克罗恩病对维得利珠单抗的响应 首次阐明肠道菌群代谢物石胆酸通过TGR5/FXR-NF-κB信号网络重编程巨噬细胞为促缓解表型,从而增强维得利珠单抗在克罗恩病中的疗效,揭示了微生物-免疫回路 研究主要基于动物模型和体外实验,临床样本验证有限,需要更大规模的临床队列进一步证实石胆酸作为生物标志物的预测价值 阐明维得利珠单抗在克罗恩病中响应性的机制,探索肠道菌群代谢物对治疗应答的调控作用 克罗恩病患者来源的临床供体粪便样本、人源化小鼠模型、伪无菌小鼠 机器学习, 单细胞组学, 微生物组学, 代谢组学 克罗恩病, 炎症性肠病 宏基因组测序, 代谢组学, 靶向代谢组学, 单细胞RNA测序, 转录组分析, 粪便微生物移植 NA 图像, 文本, 测序数据, 代谢数据 NA NA 单细胞RNA测序, 宏基因组测序, 代谢组学, 转录组测序 NA NA
53 2026-09-21
Lyz1-Expressing Alveolar Type II Cells Contribute to Lung Regeneration
2025, Journal of respiratory biology and translational medicine
研究论文 通过单细胞RNA测序鉴定出一个特异性表达Lyz1的AT2细胞亚群,并揭示其在肺损伤后参与肺泡再生的祖细胞功能 首次鉴定出特异性表达Lyz1的AT2细胞亚群,并通过细胞命运图谱证明其作为肺泡再生祖细胞参与生成自我更新的AT2细胞和分化的AT1细胞,且在3D类器官中表现出显著增强的增殖能力 摘要中未明确说明研究的局限性 探究异质性AT2细胞群体在肺稳态和肺泡再生中的具体贡献,鉴定参与肺修复的特定AT2细胞亚群 小鼠肺组织中的肺泡上皮II型细胞(AT2细胞)及其亚群,以及肺损伤后的再生过程 单细胞组学 肺损伤 单细胞RNA测序、细胞命运图谱、3D类器官培养 NA 单细胞转录组数据、图像 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
54 2026-09-21
Bayesian Sparse Gaussian Mixture Model for Clustering in High Dimensions
2025, Journal of machine learning research : JMLR IF:4.3Q2
PMID:41799364
研究论文 本文研究高维稀疏高斯混合模型的聚类问题,提出了一种基于连续 spike-and-slab 先验的贝叶斯方法,并证明了其后验收敛率是最优的,最后通过模拟和单细胞 RNA 测序数据分析验证了方法 提出了一种计算可行的贝叶斯方法,使用连续 spike-and-slab 先验处理高维高斯混合模型中的稀疏聚类中心,证明了后验收敛率的最优性,并且不需要预先指定聚类数量,可以自适应估计 约束最大似然估计器由于目标函数非凸和可行集离散而计算不可行,所提方法主要针对稀疏聚类中心,可能在其他场景下适用性有限 研究高维稀疏高斯混合模型的聚类问题,旨在开发一种计算可行且统计最优的贝叶斯估计方法 高维高斯混合模型,聚类中心具有稀疏性,聚类数量随样本量增长 机器学习 NA 单细胞RNA测序 贝叶斯稀疏高斯混合模型 数值数据, 文本数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
55 2026-09-20
Protective IFIH1 variant reduces immune-mediated islet stress and dysfunction in a type 1 diabetes genetic background
2025-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文利用CRISPR-Cas9技术将保护性E627*和风险性A946T变异引入源自1型糖尿病患者的hiPSC,分化为SC-islets后经干扰素、poly(I:C)和柯萨奇病毒B3处理,通过单细胞RNA测序和功能实验研究变异对胰岛细胞的影响 首次在源自1型糖尿病患者的干细胞衍生胰岛中引入MDA5的E627*和A946T变异,结合单细胞RNA测序和多种功能实验,揭示了保护性变异通过抑制应激介导的转录反应、减少细胞功能障碍和凋亡来发挥保护作用的机制 摘要中未提及 探究MDA5变异(E627*和A946T)在人类胰腺胰岛健康和功能中的具体作用及其对1型糖尿病发病机制的影响 源自1型糖尿病患者的hiPSC分化而来的干细胞衍生胰岛及其β、α、δ细胞亚群 单细胞组学 1型糖尿病 CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA测序 NA NA
56 2026-09-20
MRGPRX2-expressing mast cells are increased in the GI tract of individuals with active inflammatory bowel disease and hereditary α-tryptasemia
2025-Dec-30, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究通过基因分型、空间转录组学和质谱流式细胞术,探讨了遗传性α-类胰蛋白酶血症(HαT)与炎症性肠病(IBD)患者胃肠道肥大细胞中MRGPRX2表达的变化 首次在HαT合并IBD的背景下,结合空间转录组学和质谱流式细胞术,揭示了MRGPRX2和SIGLEC8转录本的显著增加以及肥大细胞活化标志物CD203c、LAMP-1和SIGLEC8的高表达 空间转录组学样本量较小(HαT组n=4,非HαT组n=4),质谱流式细胞术样本量也有限(HαT组n=5,对照组n=9),可能影响结果的普遍性 探究HαT患者中MRGPRX2表达是否发生改变,以及其在IBD胃肠道疾病中的作用 IBD患者的生物样本库样本、降结肠组织和小肠活检组织 数字病理学 炎症性肠病 基因分型、空间转录组学、质谱流式细胞术、ddPCR NA 图像、文本 854例IBD生物样本库样本用于基因分型;降结肠组织8例(HαT组4例,非HαT组4例);小肠活检14例(HαT组5例,对照组9例) NA 空间转录组学、质谱流式细胞术 NA NA
57 2026-09-20
Type 2 diabetes Reprograms Bone Marrow Hematopoiesis and Dysregulates Immune Signaling in Response to Stroke
2025-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究探讨了2型糖尿病如何通过重编程骨髓造血和失调免疫信号来恶化缺血性卒中结局 首次结合单细胞RNA测序、GeoMx数字空间分析、nCounter和流式细胞术,揭示糖尿病卒中后骨髓造血祖细胞和单核细胞的信号网络重组,并发现MIF、SIRP和THBS通路上调是关键机制 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证;样本量有限;未进行功能实验验证靶向通路的治疗效果 探究2型糖尿病是否改变缺血性卒中后骨髓造血并失调免疫信号 对照组(db/+)和糖尿病组(db/db)小鼠的骨髓细胞,经历实验性卒中或假手术 单细胞组学、空间转录组学、免疫学 2型糖尿病、缺血性卒中 单细胞RNA测序、GeoMx数字空间分析、nCounter、流式细胞术 NA 单细胞转录组数据、空间转录组数据、基因表达数据、流式细胞数据 NA 10x Genomics, NanoString 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium, GeoMx DSP, nCounter 10x Chromium单细胞3'转录组、GeoMx数字空间分析、nCounter基因表达分析
58 2026-09-20
Construction of an early diagnostic model for pulmonary hypertension based on aging-related signature genes and identification of potential therapeutic targets
2025-12-29, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过整合转录组数据分析,构建了基于衰老相关基因的肺动脉高压早期诊断模型,并识别潜在治疗靶点 首次基于衰老相关特征基因构建了高精度肺动脉高压诊断模型,并发现TUL-XXI039作为潜在多靶点治疗药物 研究主要基于转录组数据和体外模型,缺乏体内实验验证和临床样本的大规模前瞻性验证 构建肺动脉高压早期诊断模型并识别潜在治疗靶点 肺动脉高压患者转录组数据及肺动脉平滑肌细胞缺氧模型 机器学习 肺动脉高压 转录组分析、单细胞RNA测序、qPCR LASSO回归、随机森林、支持向量机 转录组数据、图像 多个数据集,具体样本量未明确 NA NA NA NA
59 2026-09-20
Multi-omics analysis reveals shared diagnostic and therapeutic targets in endometriosis and recurrent implantation failure
2025-12-29, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 该研究通过多组学数据分析揭示了子宫内膜异位症和复发性着床失败中影响子宫内膜容受性的共享分子机制和潜在诊疗靶点 首次通过多组学整合分析(包括WGCNA、GO/KEGG富集分析、单细胞测序和免疫荧光验证)系统鉴定了子宫内膜异位症和复发性着床失败中15个共享核心基因(如SRPRB、SLC35B1、SLC25A6和RBM3),并发现这些基因主要表达于基底上皮细胞 研究主要基于公共数据库(NCBI GEO)的回顾性数据,缺乏前瞻性实验验证和临床样本的大规模验证,且未深入探究这些核心基因的具体调控机制和体内功能 阐明子宫内膜异位症和复发性着床失败中影响子宫内膜容受性的共享分子机制,并寻找潜在的诊断和治疗靶点 子宫内膜异位症和复发性着床失败相关的基因表达数据集及子宫内膜组织 机器学习 子宫内膜异位症 多组学分析,单细胞测序,免疫荧光 WGCNA,ROC曲线分析 基因表达数据,图像 NA NA 单细胞RNA测序,批量RNA测序 NA NA
60 2026-09-20
Primordial cardiomyocytes orchestrate myocardial morphogenesis and vascularization but are dispensable for regeneration
2025-Dec-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 该研究通过斑马鱼成体心脏的单细胞RNA测序,鉴定出一个以厌氧代谢为特征、位于致密心肌与小梁心肌之间的原始心肌细胞亚群,并揭示其在心脏形态发生和血管化中的关键作用,但对再生并非必需 首次鉴定出斑马鱼心脏中具有厌氧代谢特征的原始心肌细胞亚群,并证明其在心脏形态发生和冠脉血管化中起组织者作用,同时揭示其在再生过程中可被其他细胞替代,表明发育程序与再生程序存在根本差异 研究主要基于斑马鱼模型,原始心肌细胞在哺乳动物心脏中的保守性尚不明确,且未深入探讨原始心肌细胞调控心肌形态发生和血管化的具体分子机制 探究不同心肌细胞亚群在心脏发育和修复中的具体功能 斑马鱼成体心脏中的心肌细胞亚群 单细胞生物学,发育生物学,再生医学 心血管疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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