单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-12-14	Multi-omics analysis unveils the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in chordoma progression 2025-Jan, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6369 PMID:39611243	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、多重定量免疫荧光以及体内外实验，全面揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤中的异质性、空间分布及其临床意义	研究主要集中在脊索瘤中炎症性癌症相关成纤维细胞的作用，未涉及其他类型癌症中的类似机制	探讨炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤进展中的作用及其潜在的临床意义	脊索瘤中的癌症相关成纤维细胞及其与肿瘤细胞和其他细胞类型的相互作用	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、多重定量免疫荧光	NA	RNA	87,693个单细胞来自7个肿瘤样本和4个对照椎间盘核样本，以及126名患者的批量RNA测序数据和116名患者的多重定量免疫荧光验证数据
42	2024-12-13	Immune cell-enriched single-cell RNA sequencing unveils the interplay between infiltrated CD8+ T resident memory cells and choroid plexus epithelial cells in Alzheimer's disease 2025-Jan-15, Journal of neuroimmunology IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.jneuroim.2024.578488 PMID:39571412	研究论文	本研究通过免疫细胞富集的单细胞RNA测序，揭示了阿尔茨海默病中浸润的CD8+ T记忆细胞与脉络丛上皮细胞之间的相互作用	首次通过单细胞RNA测序分析了阿尔茨海默病模型小鼠中CD8+ T记忆细胞和脉络丛上皮细胞的基因表达差异，揭示了T细胞耗竭标志物的显著升高以及脉络丛上皮细胞基因表达模式的改变	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证结果	探索阿尔茨海默病脑微环境的特征及其潜在机制	阿尔茨海默病模型小鼠的脑实质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11,587个单细胞样本，来自12个月大的5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠和对照小鼠
43	2024-12-13	SpaInGNN: Enhanced clustering and integration of spatial transcriptomics based on refined graph neural networks 2025-Jan, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.006 PMID:39542070	研究论文	本文提出了一种基于改进图神经网络的空间转录组学聚类与整合方法SpaInGNN，以提高空间域识别的准确性	SpaInGNN通过整合空间位置数据、组织学信息和基因表达谱，利用图神经网络生成低维潜在嵌入，并结合组织图像距离和欧几里得距离优化空间位置图，从而提高空间域识别的准确性	NA	解决空间转录组学中单细胞水平空间域识别的挑战	小鼠嗅球和人类外侧前额叶皮层样本	空间转录组学	NA	图神经网络	GNN	空间位置数据、组织学信息、基因表达谱	小鼠嗅球和人类外侧前额叶皮层样本
44	2024-12-12	Identification and validation of serum MUC17 as a non-invasive early warning biomarker for screening of gastric intraepithelial neoplasia 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102207 PMID:39580962	研究论文	本文研究了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物的鉴定和验证	首次鉴定并验证了MUC17作为胃上皮内瘤变的非侵入性生物标志物，具有高胃癌特异性	研究主要基于数据库数据和临床样本的验证，未来需要更大规模的临床试验来进一步验证其有效性	寻找和验证胃上皮内瘤变的非侵入性早期预警生物标志物	MUC17在胃上皮内瘤变中的表达及其作为生物标志物的潜力	NA	胃癌	scRNA-seq, IHC, Elisa	NA	mRNA数据, 基因列表	临床患者的血清和组织样本，涵盖不同病理阶段
45	2024-12-12	Single-cell analysis combined with transcriptome sequencing identifies autophagy hub genes in macrophages after spinal cord injury 2025-Jan, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110412 PMID:39612968	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组测序联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	首次通过单细胞RNA测序和转录组测序的联合分析，揭示了脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化	实验仅限于脊髓损伤后的巨噬细胞，未涉及其他细胞类型或疾病模型	探索脊髓损伤后巨噬细胞中自噬枢纽基因的变化及其分子机制	脊髓损伤后的巨噬细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
46	2024-12-11	Left/right asymmetrically expressed ephrin and Flamingo proteins regulate lateralized axon growth in C. elegans 2025-Jan, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.09.014 PMID:39341445	研究论文	研究揭示了在C. elegans神经系统中左右不对称表达的ephrin和Flamingo蛋白如何调控轴突生长的分子机制	首次发现ephrin蛋白EFN-2和Flamingo蛋白FMI-1在AIY神经元谱系中左右不对称表达，并协同调控轴突生长的左右不对称性	研究仅限于C. elegans神经系统，未探讨这些分子不对称性在其他物种中的作用	探讨左右不对称分子在神经系统中的表达及其功能后果	C. elegans神经系统的AIY神经元谱系中的ephrin和Flamingo蛋白	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C. elegans的AIY神经元谱系
47	2024-12-11	Identification of cancer-associated fibrolast subtypes and distinctive role of MFAP5 in CT-detected extramural venous invasion in gastric cancer 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102188 PMID:39531783	研究论文	研究报告了MFAP5+癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中通过调节乳酸化修饰促进CT检测到的壁外静脉侵犯（EMVI）的形成	首次揭示了MFAP5+ CAFs在胃癌中通过调节乳酸化修饰促进EMVI形成的作用，为胃癌的诊断和治疗提供了新的参考	研究样本量较小，仅涉及13名胃癌患者，可能影响结果的普适性	探讨癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其对壁外静脉侵犯的影响	胃癌患者的病理样本和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序、免疫组化、慢病毒敲低	NA	基因表达数据、图像	13名胃癌患者的病理样本
48	2024-12-11	Machine learning-derived natural killer cell signature predicts prognosis and therapeutic response in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102180 PMID:39536695	研究论文	本文通过整合多种机器学习算法，建立了一个与自然杀伤细胞相关的风险模型，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	本文创新性地整合了十种不同的机器学习算法，建立了包含18个基因的风险模型，能够准确预测透明细胞肾细胞癌患者的预后，并揭示了自然杀伤细胞与其他细胞亚群之间的复杂信号相互作用	本文主要基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析，未涉及大规模的临床验证	研究自然杀伤细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用，并建立预测患者预后和治疗反应的风险模型	透明细胞肾细胞癌患者的转录组数据、临床数据以及自然杀伤细胞的功能和表达模式	数字病理学	肾细胞癌	单细胞测序、qRT-PCR、IHC、CCK8检测、流式细胞术	Coxboost plus plsRcox	转录组数据	TCGA数据库中的透明细胞肾细胞癌转录组数据和临床数据，以及GEO数据库中的单细胞测序数据
49	2024-12-11	Pronounced early differentiation underlies zebra finch gonadal germ cell development 2025-Jan, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.006 PMID:39214328	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了鸡和斑胸草雀的生殖细胞发育差异	发现了斑胸草雀中存在两种早期生殖细胞类型，而鸡中只有一种，揭示了鸟类生殖细胞发育策略的多样性	研究仅限于鸡和斑胸草雀两种鸟类，其他鸟类的生殖细胞发育情况尚未涉及	探讨不同鸟类生殖细胞发育策略的差异，为基因编辑和生殖技术在其他鸟类中的应用提供依据	鸡和斑胸草雀的早期胚胎生殖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鸡和斑胸草雀的早期胚胎生殖细胞样本
50	2024-12-10	Heterogeneity of mature oligodendrocytes in the central nervous system 2025-May-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00055 PMID:38934385	研究论文	本文探讨了中枢神经系统中成熟少突胶质细胞的异质性	本文通过回顾早期研究并结合现代分子技术，揭示了成熟少突胶质细胞在中枢神经系统中的多样性及其在不同疾病状态下的变化	由于研究的时间限制，对成熟少突胶质细胞的亚分类需谨慎，未来研究需利用更先进的技术	研究成熟少突胶质细胞在中枢神经系统中的异质性及其在疾病中的变化	中枢神经系统中的成熟少突胶质细胞	NA	多发性硬化症、阿尔茨海默病、精神疾病	单细胞/核RNA测序	NA	RNA	至少六个成熟少突胶质细胞亚群
51	2024-12-10	Local ablation disrupts immune evasion in pancreatic cancer 2025-Jan-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217327 PMID:39580047	研究论文	研究局部消融技术在胰腺癌中打破免疫逃逸的作用	首次探讨了局部消融技术在胰腺癌中激活宿主免疫系统并克服免疫治疗抵抗的潜力	研究主要基于小鼠模型和人类样本，需要进一步的临床试验验证	探讨局部消融技术在胰腺癌中的免疫调节作用及其与免疫治疗的协同效应	胰腺癌模型、人类胰腺癌样本	数字病理学	胰腺癌	局部消融技术	NA	空间转录组学、组织学技术	小鼠模型、人类样本
52	2024-12-09	Rapid and efficient immune response induced by a designed modular cholera toxin B subunit (CTB)-based self-assembling nanoparticle 2025-Apr, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.122946 PMID:39515192	研究论文	本文设计了一种基于霍乱毒素B亚单位（CTB）的自组装纳米颗粒，并研究了其快速免疫激活机制	该纳米疫苗通过CTB五聚体和非天然三聚体域自组装，展示了S. Paratyphi A O-多糖抗原，并揭示了其在淋巴结中的动态变化和强大的体液免疫反应能力	免疫激活机制的深入理解仍有限，限制了此类纳米载体的进一步扩展	研究新型自组装纳米疫苗的快速免疫激活机制，并评估其在不同感染模型中的预防效果	基于CTB的自组装纳米颗粒及其在免疫激活中的作用	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
53	2024-12-09	A 3D-printed microdevice encapsulates vascularized islets composed of iPSC-derived β-like cells and microvascular fragments for type 1 diabetes treatment 2025-Apr, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.122947 PMID:39547136	研究论文	本文介绍了一种3D打印的微型装置，用于封装血管化的胰岛，这些胰岛由诱导多能干细胞（iPSC）衍生的β样细胞和微血管片段组成，用于治疗1型糖尿病	创新点在于使用3D打印技术制造了一种可回收的微型装置，封装了血管化的胰岛，用于长期治疗1型糖尿病	研究仅在C57BL/6小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	开发一种新的治疗方法，通过移植血管化的胰岛来治疗1型糖尿病	诱导多能干细胞衍生的β样细胞和微血管片段	NA	1型糖尿病	3D打印技术	NA	单细胞RNA测序数据	C57BL/6小鼠
54	2024-12-09	Granuloma Annulare Exhibits Mixed Immune and Macrophage Polarization Profiles with Spatial Transcriptomics 2025-Jan, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.04.024 PMID:38844128	研究论文	研究了环状肉芽肿（GA）的空间转录组学特征，揭示了其免疫和巨噬细胞极化的混合模式	首次使用空间转录组学技术分析GA的空间基因表达模式，揭示了GA微环境中T辅助1和T辅助2信号的混合特征以及M1和M2巨噬细胞的极化特性	研究样本量较小，仅涉及6名患者，可能影响结果的普遍性	通过空间转录组学技术深入理解环状肉芽肿（GA）的空间基因表达模式	环状肉芽肿（GA）患者的皮肤组织	数字病理学	皮肤疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	6名环状肉芽肿（GA）患者
55	2024-12-07	Neonatal inflammation impairs developmentally-associated microglia and promotes a highly reactive microglial subset 2025-Jan, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.09.019 PMID:39322088	研究论文	研究新生儿炎症对小鼠神经发育障碍模型中脑髓样细胞亚群的影响	通过单细胞RNA测序和流式细胞术，识别出表达补体受体C5ar1的特定微胶质细胞亚群，并发现其在炎症途径中高度激活	NA	探讨新生儿炎症对神经发育障碍中微胶质细胞发育轨迹的影响	小鼠神经发育障碍模型中的脑髓样细胞亚群	NA	神经发育障碍	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型
56	2024-12-06	Subtype-specific transcription factors affect polyamine metabolism and the tumor microenvironment in breast cancer 2025-Feb, Cancer innovation DOI:10.1002/cai2.138 PMID:39629335	研究论文	研究了转录因子对乳腺癌亚型中多胺代谢和肿瘤微环境的影响	首次确定了三个亚型特异性转录因子，它们调控高风险乳腺癌亚型中的三个多胺代谢基因，并影响肿瘤微环境	研究仅限于乳腺癌亚型，未涵盖其他癌症类型	探讨转录因子对乳腺癌亚型中多胺代谢基因的调控及其对肿瘤微环境的影响	乳腺癌亚型中的多胺代谢基因及其转录因子	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA	涉及四种乳腺癌亚型的RNA-seq数据和单细胞RNA-seq数据
57	2024-12-05	Endothelial Angpt2 Promotes Adipocyte Progenitor Cells Maturation to Increase Visceral Adipose Tissue Accumulation 2025-Jan, Diabetes/metabolism research and reviews DOI:10.1002/dmrr.70012 PMID:39628006	研究论文	研究探讨了内皮细胞Angpt2在促进脂肪前体细胞成熟和内脏脂肪组织积累中的作用	揭示了JAK1/STAT3信号通路激活下内皮细胞分泌的Angpt2通过整合素-α5β1信号促进脂肪前体细胞从MSLN表型向CFD表型转变，从而促进内脏脂肪组织积累的新机制	研究样本量较小，且仅限于肥胖和糖尿病患者，可能影响结果的普适性	探究内脏脂肪组织积累的具体机制	内脏脂肪组织、内皮细胞、脂肪前体细胞	NA	肥胖	单细胞RNA测序(scRNAseq)、PCR、WB、免疫荧光染色、流式细胞术	NA	基因表达数据	13个内脏脂肪组织样本，来自5名肥胖和糖尿病患者、9名肥胖患者和1名正常BMI个体
58	2024-11-30	Inhibiting ceramide synthase 5 expression in microglia decreases neuroinflammation after spinal cord injury 2025-Oct-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-01933 PMID:39610106	研究论文	研究抑制微胶质细胞中神经酰胺合酶5表达对脊髓损伤后神经炎症的影响	首次揭示了神经酰胺合酶5在脊髓损伤后微胶质细胞中的作用及其通过NLRP3信号通路介导的细胞焦亡机制	研究主要基于小鼠模型和细胞共培养系统，尚未在人类中验证	探讨微胶质细胞在脊髓损伤后神经炎症反应中的分子机制	微胶质细胞、脊髓损伤模型小鼠、PC12-BV2细胞	NA	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和细胞共培养系统
59	2024-11-27	Droplet-Based Single-Cell 3' mRNA Sequencing of Marburg Virus-Infected Samples 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4256-6_27 PMID:39585636	研究论文	描述了一种基于液滴的单细胞3' mRNA测序方法，用于研究马尔堡病毒感染的样本	使用10× Chromium Next GEM单细胞基因组学技术，首次在体内研究马尔堡病毒感染的非人灵长类血液样本	研究在BSL-4实验室进行，操作复杂且需要严格的生物安全措施	揭示病毒与宿主相互作用的转录组复杂性	马尔堡病毒感染的单细胞样本	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	mRNA	非人灵长类血液样本
60	2024-11-26	Identification of Nfel1a and Nfel3 as novel regulators for zebrafish thrombopoiesis 2025-Feb, Blood cells, molecules & diseases DOI:10.1016/j.bcmd.2024.102897 PMID:39413675	研究论文	研究揭示了Nfe2I1a和Nfe2l3作为斑马鱼血栓生成的新调控因子	发现Nfe2I1a和Nfe2l3是斑马鱼血栓生成的新型转录因子，并证明了它们在血栓生成中的正调控作用	NA	探讨斑马鱼血栓生成过程中Nfe2相关基因的作用	斑马鱼的血栓生成和Nfe2相关基因	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA