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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5961 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal transcriptomic profiling reveals metabolic dysfunction prior to overt tauopathy in the PS19 mouse model
2025-Jul-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6941464/v1
PMID:40671812
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研究论文 | 本研究通过空间转录组分析揭示了PS19小鼠模型中在明显tau病变出现前的代谢功能障碍 | 首次在tau病变可检测病理出现前识别出CA3区域糖酵解通路基因的早期上调,揭示了区域特异性代谢失调的时间动态 | 研究仅限于PS19转基因小鼠模型,结果在人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究区域脆弱性与前缠结tau驱动的转录组变化之间的关系 | tau P301S转基因小鼠模型(PS19品系) | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | PS19小鼠模型在不同疾病阶段的海马体和皮质区域 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5962 | 2025-10-06 |
From scRNA-seq to therapeutic targets: Unveiling the impact of activated mast cells on intestinal dysfunction in acute pancreatitis
2025-Jul-07, World journal of gastroenterology
IF:4.3Q1
DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107865
PMID:40656612
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评论 | 对一项关于急性胰腺炎中肥大细胞通过分泌CCL5导致肠道功能障碍的单细胞转录组研究的评论 | 强调了研究中整合单细胞转录组与功能分析的方法创新 | NA | 探讨急性胰腺炎相关肠道损伤的细胞和分子机制 | 急性胰腺炎早期小肠组织 | 单细胞转录组学 | 急性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5963 | 2025-10-06 |
USP14-IMP2-CXCL2 axis in tumor-associated macrophages facilitates resistance to anti-PD-1 therapy in gastric cancer by recruiting myeloid-derived suppressor cells
2025-07, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03425-w
PMID:40269263
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞中USP14-IMP2-CXCL2轴通过招募髓源性抑制细胞导致胃癌抗PD-1治疗耐药的机制 | 首次发现USP14通过去泛素化稳定m6A阅读器IMP2,增强CXCL2表达和分泌,从而驱动抗PD-1治疗耐药的新机制 | 研究主要基于临床样本和动物实验,需要进一步验证在人类患者中的临床应用价值 | 探索胃癌抗PD-1治疗耐药的分子机制并寻找新的治疗策略 | 胃癌患者内镜活检样本、肿瘤相关巨噬细胞、髓源性抑制细胞 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 无法手术胃癌患者的内镜活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5964 | 2025-10-06 |
Angiopoietin-TIE2 feedforward circuit promotes PIK3CA-driven venous malformations
2025-Jul, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00655-9
PMID:40410415
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研究论文 | 本研究揭示了PIK3CA驱动的静脉畸形中血管生成素-TIE2正反馈环路促进疾病进展的机制 | 首次发现静脉特异性信号环路,揭示PI3Kα活性通过自分泌和旁分泌机制放大上游TIE2受体信号 | mTOR阻断对晚期静脉畸形效果有限,研究主要基于小鼠模型 | 探究PIK3CA相关静脉畸形的发病机制和潜在治疗靶点 | 静脉畸形小鼠模型和人类静脉畸形样本 | 病理学 | 静脉畸形 | 单细胞转录组学,谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5965 | 2025-10-06 |
Mechanisms and therapeutic potential of epithelial-immune crosstalk in airway inflammation
2025-Jul, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2025.2514604
PMID:40452271
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综述 | 本文综述了气道上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力 | 整合了单细胞测序技术的新发现与单克隆抗体靶向治疗的最新进展 | 气道炎症的复杂病理生理机制尚未完全阐明 | 探讨上皮-免疫细胞相互作用在气道炎症中的机制及治疗潜力 | 慢性气道炎症疾病(包括慢性鼻窦炎、过敏性鼻炎、哮喘、囊性纤维化和慢性阻塞性肺疾病) | NA | 气道炎症疾病 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5966 | 2025-10-06 |
Unveiling the Immune Landscape: Single-Cell Sequencing of Infectious Mononucleosis Patients
2025-Jul, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70491
PMID:40673701
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术分析儿童传染性单核细胞增多症的免疫动态特征 | 首次在单细胞水平揭示EBV感染B细胞亚群的趋向性差异,发现RPMS1致癌调节因子在维持病毒潜伏期的作用,以及NK细胞亚群对EBV的差异化应答机制 | 研究样本仅限于儿科IM患者,未包含其他年龄段或EBV相关疾病对照 | 解析EBV与宿主免疫系统的相互作用机制 | 传染性单核细胞增多症患者的免疫细胞 | 单细胞生物学 | 传染性单核细胞增多症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 儿科IM患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5967 | 2025-10-06 |
Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.19.572477
PMID:38187622
|
研究论文 | 提出了一种用于单细胞RNA-seq数据的可解释轨迹推断方法scLANE测试 | 使用可解释的广义线性模型处理基因表达非线性变化,通过经验选择的基样条和扩展到估计方程与混合模型支持复杂实验设计 | NA | 开发可解释的轨迹差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型,基样条 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5968 | 2025-10-06 |
Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026
PMID:40220759
|
研究论文 | 提出一种基于超图变分自编码器的贝叶斯深度生成模型,用于单细胞RNA测序数据分析和基因调控网络推断 | 首次将超图表示学习与变分自编码器结合,通过结构方程模型和超图自注意力机制协同优化基因调控网络推断 | NA | 开发高效的单细胞RNA测序数据分析方法,准确推断基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据,基因调控网络,基因模块 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE),超图神经网络,自注意力机制 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5969 | 2025-10-06 |
A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds
2025-Apr-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023
PMID:40262526
|
研究论文 | 介绍一种用于高通量冷冻处理和组织分析的多重组织模具方法 | 开发了首个可实现冷冻处理多重化的商业协议和产品,能同时处理不同大小和来源的组织 | 未提及该方法在临床应用中的验证数据 | 开发更高效、经济的组织冷冻处理方法 | 小鼠组织和神经类器官 | 组织病理学 | NA | 冷冻切片、组织分析、空间转录组学 | NA | 组织切片、表达标记数据 | 19种不同成年小鼠组织,约110个不同年龄和大小的神经类器官 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5970 | 2025-10-06 |
CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity
2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.06.535943
PMID:37383947
|
研究论文 | 提出CellCover方法用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性标记基因组合 | 将标记基因选择问题建模为组合优化中的最小集合覆盖问题,克服传统差异表达方法的局限性 | 方法依赖于二值化表达数据,可能损失部分连续表达信息 | 开发更有效的细胞类型标记基因识别方法 | 血液和脑组织中的细胞类型,特别是新皮质神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 组合优化算法 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集(包含大量细胞) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5971 | 2025-10-06 |
Exploration of M2 macrophage-related biomarkers and a candidate drug for glioblastoma using high-dimensional weighted gene co-expression network analysis
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1587258
PMID:40661076
|
研究论文 | 本研究通过高维加权基因共表达网络分析探索M2巨噬细胞相关生物标志物,并预测胶质母细胞瘤候选药物 | 首次结合单细胞RNA测序和hdWGCNA方法系统识别M2巨噬细胞相关基因标志物,并预测thalidomide作为候选治疗药物 | 研究基于公共数据库数据,需要实验验证;样本来源有限 | 识别M2巨噬细胞相关基因生物标志物并预测胶质母细胞瘤治疗药物 | 胶质母细胞瘤组织和细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 高维加权基因共表达网络分析, 分子对接 | 诊断模型 | 基因表达数据 | GSE162631和GSE4290数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5972 | 2025-10-06 |
Silencing NEDD4L Effectively Inhibits the Malignant Behaviors of Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S511466
PMID:40661237
|
研究论文 | 本研究探讨NEDD4L在肝细胞癌中的表达、预后价值及其通过调控细胞周期和免疫检查点促进肝癌恶性行为的机制 | 首次系统揭示NEDD4L在肝癌中的双重调控作用——既通过泛素化降解细胞周期抑制因子促进细胞异常增殖,又通过下调免疫检查点促进免疫逃逸 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究NEDD4L在肝细胞癌发生发展中的作用机制及治疗潜力 | 肝细胞癌细胞系及患者单细胞测序数据 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞测序, Edu, CCK-8, Transwell, 伤口愈合实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 体外功能实验数据 | 多个数据库的肝癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 5973 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-sequencing highlights a curtailed NK cell function in convalescent COVID-19 pregnant women
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1560391
PMID:40661959
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了康复期COVID-19孕妇中NK细胞功能受损的免疫特征 | 首次在康复期孕妇中发现SARS-CoV-2感染导致NK细胞和细胞毒性T细胞功能持续受损,揭示了感染后免疫系统长期改变 | 研究样本仅来自两个地理队列,需要更大规模研究验证 | 研究SARS-CoV-2感染对孕妇免疫系统的短期和长期影响 | 孕妇(包括COVID-19感染期和康复期) | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 两个独立地理队列的孕妇样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | Chromium Single Cell 3' Gel Bead Chip and Library Kit | 10x Chromium Single Cell 3'(Drop-seq方法) |
| 5974 | 2025-10-06 |
Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/8828435
PMID:40662145
|
研究论文 | 本研究基于饥饿反应相关基因构建了首个肝细胞癌预后风险模型 | 首次基于饥饿反应相关基因构建肝细胞癌预后风险模型,揭示了SRRGs在LIHC预后预测中的价值 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 开发基于饥饿反应相关基因的肝细胞癌预后评估模型 | 肝细胞癌患者、Huh7和THLE-2细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、WGCNA、功能富集分析、ssGSEA、伤口愈合实验、transwell实验 | RiskScore风险模型 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5975 | 2025-10-06 |
CD163+ macrophages drive rapid pulmonary fibrosis via osteopontin secretion
2025-Aug-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114976
PMID:40466617
|
研究论文 | 本研究揭示了CD163+巨噬细胞通过分泌骨桥蛋白(OPN)驱动快速肺纤维化的机制 | 首次发现CD163+巨噬细胞-骨桥蛋白轴在快速肺纤维化中的关键作用,并验证其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于COVID-19相关快速肺纤维化患者,结果在其他病因引起的肺纤维化中的普适性需要进一步验证 | 阐明CD163+巨噬细胞在快速肺纤维化发病机制中的作用 | COVID-19相关快速肺纤维化患者、LPS三击诱导的小鼠快速肺纤维化模型、体外共培养系统 | 病理生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 基因敲除, 基因沉默 | 动物模型, 细胞共培养模型 | 基因表达数据, 病理学数据 | COVID-19相关快速肺纤维化患者样本、小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 5976 | 2025-10-06 |
Treatment with senolytic drugs ameliorates steroid-induced osteonecrosis of the femoral head by inhibiting osteoclastogenesis
2025-Aug-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114963
PMID:40480005
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研究论文 | 本研究探讨了细胞衰老在股骨头坏死中的作用,发现清除衰老细胞可抑制破骨细胞过度活化并改善疾病进展 | 首次揭示衰老巨噬细胞通过促进破骨细胞生成在股骨头坏死中的关键作用,并证明senolytic药物(D+Q)的治疗潜力 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探究清除衰老细胞是否能改善股骨头坏死 | 股骨头坏死患者样本、ONFH小鼠模型、骨髓来源巨噬细胞 | 骨科学 | 股骨头坏死 | 单细胞测序、TRAP染色、SA-β-gal染色、体外细胞培养 | 动物疾病模型、细胞模型 | 基因表达数据、组织染色图像、细胞功能数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5977 | 2025-10-06 |
Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to reveal the crosstalk and heterogeneity of NOTCH and autophagy activity following idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Aug-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115017
PMID:40494203
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA数据,揭示特发性肺纤维化中NOTCH信号与自噬活动的异质性和相互作用 | 首次在单细胞水平揭示NOTCH和自噬活动在IPF中的异质性和相关性,并识别出同时调控这两个通路的关键基因 | 研究主要基于转录组数据分析,虽然进行了蛋白质水平验证,但功能机制研究仍需深入 | 探究特发性肺纤维化中NOTCH信号通路与自噬活动的相互作用机制 | 特发性肺纤维化患者的不同细胞类型 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, Western blotting | XGBoost, Boruta, 随机森林, LASSO, GBM, SVM-RFE | RNA测序数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 5978 | 2025-10-06 |
High ELK3 expression is associated with the wild type IDH1 in glioma and enhances infiltration of M2 macrophages
2025-Aug-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115064
PMID:40513332
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研究论文 | 本研究探讨ELK3在胶质瘤中的预后价值及其通过调控M2巨噬细胞浸润的免疫调节机制 | 首次揭示ELK3表达与IDH1野生型胶质瘤的关联,并发现ELK3通过促进M2巨噬细胞浸润影响肿瘤免疫微环境 | 机制研究尚不充分,需要进一步实验验证ELK3调控免疫浸润的具体分子通路 | 探究ELK3对胶质瘤预后的影响及其在肿瘤免疫浸润中的作用 | 胶质瘤患者样本和公共数据库数据 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 生物信息学分析、免疫组化、RT-qPCR、Western blotting、免疫共培养 | Cox比例风险回归模型、预后列线图 | 基因表达数据、临床数据、免疫组化数据 | TCGA队列及外部验证队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5979 | 2025-10-06 |
ISLR knockdown enhances radiotherapy-induced anti-tumor immunity by disrupting the Treg-mregDC-lymphoid niche in triple-negative breast cancer
2025-Aug-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114988
PMID:40517736
|
研究论文 | 本研究探讨ISLR基因在三阴性乳腺癌中通过调节MIF/CD74信号通路影响放疗诱导的抗肿瘤免疫反应 | 首次揭示ISLR通过调控Treg-mregDC-淋巴微环境在放疗诱导的免疫反应中的关键作用 | 研究主要基于细胞系和小鼠模型,需要进一步临床验证 | 探索ISLR在放疗调节三阴性乳腺癌免疫治疗反应中的作用机制 | 三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231和荷瘤小鼠模型 | 癌症免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,基因敲低,基因过表达 | 小鼠异种移植模型 | 基因表达数据,细胞功能数据,体内疗效数据 | 细胞系实验和动物模型,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5980 | 2025-10-06 |
Macrophages Atp6v0d2 regulates XBP1-mediated cholesterol metabolism to suppress metabolic dysfunction-associated steatohepatitis progression
2025-Aug-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115088
PMID:40526981
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研究论文 | 本研究揭示了巨噬细胞特异性基因Atp6v0d2通过调控XBP1介导的胆固醇代谢抑制代谢功能障碍相关脂肪性肝炎进展的机制 | 首次发现Atp6v0d2在MASH肝脏中显著上调,并阐明其通过调节XBP1内质网应激影响巨噬细胞表型转换和胆固醇流出的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中充分验证 | 阐明Atp6v0d2在MASH发病机制中的功能意义并探索其作为治疗靶点的潜力 | 髓系来源巨噬细胞和饮食诱导肥胖的雄性小鼠模型 | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序,基因敲除技术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,病理学数据 | 多种基因修饰小鼠模型(Atp6v0d2Δmye,Atp6v0d2-/-, Trem2Δmye等) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |