单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5801	2025-01-15	A comprehensive analysis to reveal the underlying molecular mechanisms of natural killer cell in thyroid carcinoma based on single-cell RNA sequencing data 2025-Jan-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01779-x PMID:39808350	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据揭示了自然杀伤细胞在甲状腺癌中的潜在分子机制	首次通过单细胞RNA测序数据全面分析自然杀伤细胞在甲状腺癌中的作用，并识别出关键基因和药物	KEGG功能富集分析仅获得两条信号通路，可能限制了分子机制的全面理解	探索自然杀伤细胞在甲状腺癌中的分子机制，以帮助疾病的管理和治疗	甲状腺癌组织中的自然杀伤细胞	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	从公共数据库下载的数据，具体样本数量未提及
5802	2025-01-15	Characterizing tertiary lymphoid structures associated single-cell atlas in breast cancer patients 2025-Jan-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03635-y PMID:39806382	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究了乳腺癌患者中与三级淋巴结构（TLS）相关的区域，并识别了18种细胞类型及其相互作用	首次在单细胞水平上详细描述了乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和细胞间通讯，揭示了巨噬细胞在TLS中的谱系转变和特定T细胞与B细胞的强相互作用	研究主要依赖于高分辨率技术，可能受限于样本量和技术的覆盖范围	探索乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和功能，以增强对免疫治疗反应的理解	乳腺癌患者的TLS相关区域	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	四个独立的乳腺癌数据集，包括一个来自10×Xenium平台的细胞级分辨率数据集和三个来自10×Visium平台的斑点级数据集
5803	2025-01-15	Rapid and quantitative functional interrogation of human enhancer variant activity in live mice 2025-Jan-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55500-7 PMID:39762235	研究论文	本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9双色荧光报告系统，用于快速定量比较活体小鼠中增强子等位基因的活性	开发了dual-enSERT系统，能够在不到两周的时间内对活体小鼠中的增强子等位基因活性进行快速定量比较，并结合单细胞转录组学分析基因表达	NA	研究非编码变异在先天性障碍中的功能影响	增强子变异	基因功能分析	先天性障碍、自闭症谱系障碍、颅面畸形	Cas9双色荧光报告系统、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	十五种未表征的罕见和常见非编码变异
5804	2025-01-15	Immune Dysregulation and Cellular Composition in Lichen Sclerosus Revealed by Integrative Epigenetic Analysis with Cell Type Deconvolution 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S481324 PMID:39802516	研究论文	本文通过整合DNA甲基化和单细胞RNA测序数据，揭示了硬化性苔藓（LS）中的免疫失调和细胞组成变化	结合DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，首次详细描述了LS中的细胞类型特异性甲基化变化和免疫细胞浸润情况	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	研究硬化性苔藓的病因和病理机制，寻找潜在的治疗靶点和诊断标志物	硬化性苔藓患者与正常皮肤组织	数字病理学	皮肤病	DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序	EpiSCORE去卷积模型	DNA甲基化数据, 单细胞RNA测序数据	NA
5805	2025-01-14	Dissecting the cellular reprogramming and tumor microenvironment in left- and right-sided Colorectal Cancer by single cell RNA sequencing 2025-Feb, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.12.002 PMID:39675521	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究左右侧结直肠癌的细胞重编程和肿瘤微环境差异	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析左右侧结直肠癌的细胞组成、转录特征及功能差异，揭示了右侧结直肠癌中更复杂的细胞间相互作用和免疫抑制模式	研究依赖于公开数据库中的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差或样本选择限制	探究左右侧结直肠癌在细胞组成、转录特征及肿瘤微环境中的差异，以优化个性化治疗方案	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	55个结直肠癌样本中的126,279个细胞
5806	2025-01-14	Identification of cancer-associated fibroblast subtypes and prognostic model development in breast cancer: role of the RUNX1/SDC1 axis in promoting invasion and metastasis 2025-01-03, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09950-w PMID:39753834	研究论文	本研究识别了乳腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）的分子亚型，并开发了基于CAF的预后模型	发现了RUNX1/SDC1轴在促进乳腺癌细胞侵袭和转移中的作用，并开发了高精度的预后预测模型	未提及具体的研究局限性	研究乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的分子亚型及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	预后预测模型	RNA测序数据	未提及具体样本数量
5807	2025-01-14	Expansion of peripheral cytotoxic CD4+ T cells in Alzheimer's disease: New insights from multi-omics evidence 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110976 PMID:39657893	研究论文	本文通过分析阿尔茨海默病（AD）患者的单细胞RNA测序数据，揭示了外周血单核细胞中CD4+细胞毒性T细胞（CD4-CTLs）的显著增加，并验证了其在体内和体外的相关性	首次发现CD4-CTLs在AD患者外周血中的扩张，并识别了转录因子TBX21和MYBL1作为关键驱动因素，同时通过孟德尔随机化识别了风险基因SRGN和ITGB1	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证这些发现的生物学意义	探讨CD4+细胞毒性T细胞在阿尔茨海默病中的作用及其扩张机制	阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
5808	2025-01-14	Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974 PMID:39694081	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录谱	首次在单细胞分辨率下提供了驴睾丸和附睾的全面转录图谱，并识别了特定生殖细胞和附睾主细胞中的关键基因表达模式	研究局限于驴的生殖细胞，未涉及其他物种或更广泛的生殖生物学问题	提供驴精子发生和成熟过程的全面单细胞景观分析	驴的睾丸和附睾细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确说明样本数量，但涉及驴的睾丸和附睾细胞
5809	2025-01-14	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair 2025-Jan, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982 PMID:39706310	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肌成纤维细胞在伤口修复中的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了肌成纤维细胞在不同伤口愈合情况下的多样性，并识别出11个亚群	研究样本主要来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕，可能无法完全代表所有类型的伤口修复情况	探索肌成纤维细胞在伤口修复中的多样性和功能	肌成纤维细胞	生物信息学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	89,148个细胞，来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕
5810	2025-01-14	Genetic analysis uncovers potential mechanisms linking juvenile ldiopathic arthritisto breast cancer: A Bioinformatic Pilot study 2025-Jan, Cancer genetics IF:1.4Q4 DOI:10.1016/j.cancergen.2024.09.004 PMID:39729926	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨青少年特发性关节炎（JIA）与乳腺癌风险之间的潜在机制	首次使用WGCNA和共识机器学习标签方法，结合Bulk-seq和scRNA-seq数据分析，揭示了JIA与乳腺癌风险之间的潜在基因联系	研究为初步探索，样本量有限，需进一步实验验证	探讨JIA对癌症风险的潜在机制	青少年特发性关节炎（JIA）和乳腺癌	生物信息学	乳腺癌	Bulk-seq, scRNA-seq, WGCNA, 共识机器学习标签	NA	基因表达数据	从GEO数据库和TCGA数据库中选取的Bulk-seq数据，以及scRNA-seq数据
5811	2025-01-13	Identification and Construction of a R-loop Mediated Diagnostic Model and Associated Immune Microenvironment of COPD through Machine Learning and Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-11, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02232-x PMID:39798034	研究论文	本文通过机器学习和单细胞转录组学技术，识别并构建了R-loop介导的慢性阻塞性肺疾病（COPD）诊断模型及其相关的免疫微环境	首次利用12种机器学习算法（150种组合）识别出14个与COPD相关的核心R-loop调节因子（RLRs），并基于这些RLRs构建了COPD风险评分模型，区分出两种不同的COPD亚型	研究主要基于转录组数据，未涉及其他类型的数据验证，且样本量未明确说明	探讨R-loop调节因子在COPD中的作用，并构建基于RLRs的COPD诊断模型	COPD患者的肺组织样本和COPD小鼠的肺组织	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序、RT-PCR	机器学习模型	转录组数据	NA
5812	2025-01-11	Targeting pathological brain activity-related to neuroinflammation through scRNA-seq for new personalized therapies in Parkinson's disease 2025-Jan-10, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02086-7 PMID:39788941	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5813	2025-01-13	The role of histone lactylation genes in hepatocellular carcinoma prognostic models and their immune cell infiltration features: a comprehensive analysis of single-cell, spatial transcriptome, Mendelian randomization and experiment 2025-Jan-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01775-1 PMID:39789404	研究论文	本文通过多种机器学习方法构建并验证了与组蛋白赖氨酸乳酸化（Kla）相关的基因模型，探讨了这些基因在肝细胞癌（HCC）预后模型中的作用及其与免疫细胞浸润特征的关系	首次构建了基于Kla相关基因的HCC预后模型，并结合单细胞分析、空间转录组学、孟德尔随机化和实验验证，全面探讨了Kla基因在HCC中的作用	研究依赖于多个数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且实验验证仅限于Huh7和LO2细胞系	探索Kla相关基因在HCC预后模型中的作用及其与免疫细胞浸润特征的关系	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因和免疫细胞	机器学习	肝细胞癌	qRT-PCR, 单细胞分析, 空间转录组学, 孟德尔随机化	ROC, Kaplan‒Meier曲线, Cox回归, 决策曲线	基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据	多个数据库的整合数据，Huh7和LO2细胞系
5814	2025-01-13	An antagonistic role of clock genes and lima1 in kidney regeneration 2025-Jan-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07455-8 PMID:39789202	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了斑马鱼在急性肾损伤后的基因表达动态和细胞状态，揭示了时钟基因per1a和nr1d1在肾脏再生中的重要作用	首次揭示了时钟基因per1a和nr1d1通过抑制lima1a在肾脏再生中的关键作用，并发现lima1a是时钟蛋白的直接靶标	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中进行验证	探讨时钟基因在肾脏再生中的作用机制	斑马鱼的肾脏再生过程	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	斑马鱼突变体模型	基因表达数据	斑马鱼急性肾损伤模型
5815	2025-01-13	Rapamycin improves satellite cells' autophagy and muscle regeneration during hypercapnia 2025-Jan-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182842 PMID:39589836	研究论文	本文研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并探讨了雷帕霉素在改善这些过程中的作用	首次在体内研究了高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并发现雷帕霉素可以改善这些过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨高碳酸血症对卫星细胞自噬和肌肉再生的影响，并测试雷帕霉素是否能逆转这些影响	卫星细胞和肌肉再生	生物医学	肌肉疾病	单细胞测序、批量测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
5816	2025-01-13	Idebenone Protects Photoreceptors Impaired by Oxidative Phosphorylation Disorder in Retinal Detachment 2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.1.17 PMID:39774627	研究论文	本文研究了氧化磷酸化（OXPHOS）功能障碍在视网膜脱离（RD）中的作用，并探讨了idebenone对RD模型中的OXPHOS功能障碍的改善作用	首次系统地研究了视网膜脱离后视网膜细胞的代谢变化，并验证了idebenone在改善OXPHOS功能障碍中的潜在作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍的机制及其对光感受器的影响	人类视网膜细胞和小鼠视网膜脱离模型	数字病理学	视网膜脱离	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
5817	2025-01-13	Single-cell transcriptomics of pediatric Burkitt lymphoma reveals intra-tumor heterogeneity and markers of therapy resistance 2025-Jan, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02431-3 PMID:39424708	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析了儿童伯基特淋巴瘤（BL）的肿瘤异质性及治疗抵抗的标志物	揭示了BL肿瘤内部的异质性，并识别了与治疗抵抗相关的候选生物标志物TPM2	研究样本仅限于EBV阴性的BL标本，可能不适用于所有BL患者	研究BL的异质性及区分治疗响应者与非响应者的特征	儿童伯基特淋巴瘤（BL）患者	数字病理学	伯基特淋巴瘤	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组数据	EBV阴性的BL标本
5818	2025-01-13	Harnessing machine learning and multi-omics to explore tumor evolutionary characteristics and the role of AMOTL1 in prostate cancer 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138402 PMID:39643184	研究论文	本研究利用单细胞测序和批量RNA测序，结合机器学习和多组学技术，开发并验证了肿瘤进化特征预测指标（TECPI），以探索前列腺癌的肿瘤进化特征及AMOTL1的作用	结合机器学习和多组学技术开发了TECPI，相比传统临床预测指标和81个已发表模型，TECPI在预后预测和患者治疗效果方面表现更优，并验证了AMOTL1在前列腺癌药效学中的关键作用	NA	探索前列腺癌的肿瘤进化特征及其在个性化精准医学中的应用	前列腺癌（PCa）	机器学习	前列腺癌	单细胞测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5819	2025-01-13	Autophagy Associated Genes (ARGs) -Based Predictive Model AIDPS for Prostate Cancer 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70213 PMID:39789383	研究论文	本研究旨在通过自噬相关基因（ARGs）构建预测模型AIDPS，用于前列腺癌的临床结果预测	利用单细胞测序数据和RNA测序数据，结合101种机器学习算法，构建了基于人工智能的预后签名（AIDPS）模型，该模型在前列腺癌的预后预测中表现优于其他已发表模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	识别和评估自噬相关特征，以预测前列腺癌患者的临床结果	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, RNA测序	Ridge模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的公共数据
5820	2025-01-12	Identification of cancer cell-intrinsic biomarkers associated with tumor progression and characterization of SFTA3 as a tumor suppressor in lung adenocarcinomas 2025-Jan-08, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13395-z PMID:39780110	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别了与肺腺癌进展相关的癌症细胞内在基因特征，并全面分析了SFTA3在肺腺癌中的作用	构建了一个包含八个基因的预后模型，并首次揭示了SFTA3在肺腺癌中的肿瘤抑制作用及其潜在诊断价值	研究主要基于单细胞RNA测序数据，样本量有限，且未进行大规模临床验证	识别与肺腺癌进展相关的癌症细胞内在生物标志物，并探讨SFTA3在肺腺癌中的作用	肺腺癌患者及其血清样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量