单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5781	2025-01-23	Identification of core immune-related genes CTSK, C3, and IFITM1 for diagnosing Helicobacter pylori infection-associated gastric cancer through transcriptomic analysis 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138645 PMID:39667460	研究论文	本文通过转录组分析识别了与幽门螺杆菌感染相关的胃癌诊断核心免疫相关基因CTSK、C3和IFITM1	利用随机森林模型评估免疫相关诊断基因，并通过单细胞RNA测序和免疫细胞浸润分析验证这些基因在幽门螺杆菌相关胃癌中的关键作用	研究主要依赖于公开的基因表达数据，缺乏大规模临床样本验证	识别幽门螺杆菌感染与胃癌之间的诊断基因和机制	幽门螺杆菌感染相关的胃癌	生物信息学	胃癌	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、随机森林模型、单细胞RNA测序	随机森林模型	基因表达数据	75个基因，15个免疫相关基因
5782	2025-01-23	Visium spatial transcriptomics and proteomics identifies novel hepatic cell populations and transcriptomic signatures of alcohol-associated hepatitis 2025-Jan, Alcohol, clinical & experimental research DOI:10.1111/acer.15494 PMID:39592394	研究论文	本研究利用10X Genomics Visium空间转录组和蛋白质组技术，识别了酒精性肝炎（AH）中的肝细胞群体及其相关的转录组和蛋白质组变化	首次使用空间转录组和蛋白质组技术全面分析酒精性肝炎中的细胞群体和分子变化，揭示了疾病相关的细胞可塑性和分子特征	样本量较小（AH患者n=2，非ALD对照组n=2），可能影响结果的普遍性	识别酒精性肝炎中的肝细胞群体及其分子变化，以发现新的治疗靶点	酒精性肝炎患者和非酒精性肝病对照者的肝组织	数字病理学	酒精性肝炎	10X Genomics Visium空间转录组和蛋白质组分析	NA	空间转录组和蛋白质组数据	4个样本（2个AH患者，2个非ALD对照）
5783	2025-01-22	Central and peripheral kynurenine pathway metabolites in COVID-19: Implications for neurological and immunological responses 2025-Feb, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.11.031 PMID:39615604	研究论文	本研究探讨了COVID-19患者中中枢和外周kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响	首次发现COVID-19患者中枢神经系统中kynurenine代谢物水平升高，并揭示了外周炎症通过单核细胞中IDO1的过表达激活kynurenine途径的机制	样本量相对较小，且仅针对瑞典患者进行研究，可能限制了结果的普遍性	研究COVID-19患者中kynurenine途径代谢物的变化及其对神经和免疫反应的影响	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照	生物医学	COVID-19	超高效液相色谱-串联质谱法（UPLC-MS/MS）和单细胞转录组学	NA	代谢物水平和基因表达数据	53名COVID-19患者和12名非炎症性神经系统疾病对照，以及130名COVID-19患者的单细胞转录组数据
5784	2025-01-22	Identification of circadian rhythm-related biomarkers and development of diagnostic models for Crohn's disease using machine learning algorithms 2025-Jan-21, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453922 PMID:39836385	研究论文	本研究通过机器学习算法识别了与克罗恩病相关的昼夜节律生物标志物，并开发了诊断模型	首次将昼夜节律相关基因作为克罗恩病的诊断生物标志物，并利用机器学习算法构建诊断模型	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受限于数据的质量和多样性	识别克罗恩病的昼夜节律相关生物标志物并开发诊断模型	克罗恩病患者和对照组的基因表达数据	机器学习	克罗恩病	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞测序	机器学习算法	基因表达数据	NA
5785	2025-01-22	Deep topic modeling of spatial transcriptomics in the rheumatoid arthritis synovium identifies distinct classes of ectopic lymphoid structures 2025-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631928 PMID:39829741	研究论文	本文利用空间转录组学（ST）技术，定义了类风湿性关节炎（RA）滑膜中的稳定微环境，并开发了一种基于Dirichlet变分自编码器架构的无参考解卷积方法DeepTopics，用于识别疾病相关的细胞群落	开发了DeepTopics方法，首次在RA滑膜中识别出22个由特定细胞类型、激活状态和/或生物过程定义的细胞群落，并发现了在组织学相似的RA滑膜样本中存在不同的细胞结构	研究样本量较小，仅包括8个滑膜组织样本和6名RA患者，可能限制了结果的普适性	研究RA滑膜中细胞类型的相互作用以及滑膜微环境如何影响细胞状态	类风湿性关节炎（RA）滑膜组织样本	数字病理学	类风湿性关节炎	空间转录组学（ST）	Dirichlet变分自编码器	空间转录组数据	8个滑膜组织样本，来自6名RA患者
5786	2025-01-22	An integrated single-cell and spatial transcriptomic atlas of thyroid cancer progression identifies prognostic fibroblast subpopulations 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631962 PMID:39829764	研究论文	本研究结合单细胞测序和空间转录组学技术，构建了甲状腺癌进展的综合图谱，识别了与疾病进展相关的成纤维细胞亚群	首次整合单细胞测序和空间转录组学技术，系统描绘了甲状腺癌进展中的基质细胞亚群及其与肿瘤细胞的相互作用	研究主要基于测序数据，缺乏对功能机制的深入验证	揭示甲状腺癌进展过程中基质细胞亚群的特征及其在疾病进展中的作用	甲状腺癌组织样本	数字病理学	甲状腺癌	单细胞测序, 空间转录组学, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5787	2025-01-21	Smooth muscle cell-specific CD47 deletion suppresses atherosclerosis 2025-Jan-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2024.123315 PMID:39675550	研究论文	本研究探讨了平滑肌细胞（SMC）中CD47的激活通过TSP1在调节VSMC表型和动脉粥样硬化发展中的作用	研究发现Cd47在动脉粥样硬化动脉中的表型调节SMCs中上调，并且SMC特异性Cd47缺失可减轻动脉粥样硬化	研究中未观察到SMC限制性Cd47缺陷小鼠在体重增加、肝脏和脂肪组织质量、血浆总胆固醇和空腹血糖方面的显著差异	研究SMC CD47激活在调节VSMC表型和动脉粥样硬化发展中的作用	平滑肌细胞（SMC）和动脉粥样硬化	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子生物学技术、免疫组织学方法	细胞特异性敲除小鼠	基因表达数据、组织样本	人类动脉粥样硬化血管组织和VSMCs、小鼠模型
5788	2024-08-13	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveal that Oncofetal Reprogramming of Fibroblasts Is Associated with Malignant Degeneration of Burn Scar 2025-Feb, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.07.022 PMID:39128494	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5789	2025-01-20	Analysis of the effect of ALA-PDT on macrophages in footpad model of mice infected with Fonsecaea monophora based on single-cell sequencing 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2024-1132 PMID:39822988	研究论文	本文通过单细胞测序技术分析了ALA-PDT治疗对感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中巨噬细胞免疫反应的影响	首次使用单细胞测序技术研究ALA-PDT对巨噬细胞免疫反应的影响，揭示了治疗后巨噬细胞抗原识别相关基因表达上调的机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探讨ALA-PDT治疗对感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中巨噬细胞免疫反应的影响	感染Fonsecaea monophora的小鼠足垫模型中的巨噬细胞	数字病理学	真菌感染	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	小鼠足垫模型
5790	2025-01-19	Targeting MXD1 sensitises pancreatic cancer to trametinib 2025-Jan-16, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333408 PMID:39819860	研究论文	本研究揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）对trametinib耐药的分子机制，并确定了MXD1作为可药物靶点	发现了trametinib耐药PDAC中病毒模拟反应过度激活的癌细胞亚群，并证明MXD1作为组蛋白甲基转移酶的辅助因子，通过增加转座元件（TE）位点的H3K4三甲基化来增强染色质可及性，从而激活病毒模拟反应	研究主要基于患者来源的异种移植模型和原代细胞系，临床验证仍需进一步研究	阐明PDAC对trametinib耐药的机制，并识别与耐药相关的可药物靶点，以提高trametinib耐药PDAC的治疗效果	胰腺导管腺癌（PDAC）	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、靶向切割和标记测序	患者来源的异种移植模型（PDX）	RNA测序数据、染色质可及性数据	患者来源的异种移植模型和原代细胞系
5791	2025-01-19	Elucidating stearoyl metabolism and NCOA4-mediated ferroptosis in gastric cancer liver metastasis through multi-omics single-cell integrative mendelian analysis: advancing personalized immunotherapy strategies 2025-Jan-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01769-z PMID:39812999	研究论文	本研究通过多组学单细胞整合孟德尔分析，探讨了硬脂酰代谢和NCOA4介导的铁死亡在胃癌肝转移中的作用，推进了个性化免疫治疗策略	揭示了硬脂酰代谢在胃癌肝转移中的关键作用，并首次将NCOA4基因与铁死亡机制联系起来，为理解肿瘤微环境异质性提供了新视角	研究主要基于单细胞测序和空间转录组学数据，仍需进一步实验验证其生物学机制	探讨硬脂酰代谢和铁死亡在胃癌肝转移中的作用机制，为开发个性化免疫治疗策略提供依据	胃癌肝转移患者的肿瘤微环境	肿瘤生物学	胃癌	单细胞多组学技术、空间转录组学、孟德尔随机化分析	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	NA
5792	2025-01-19	Encompassing view of spatial and single-cell RNA sequencing renews the role of the microvasculature in human atherosclerosis 2025-Jan, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00582-1 PMID:39715784	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，生成了人类动脉粥样硬化斑块的高分辨率图谱，揭示了细胞类型特异性和动脉粥样硬化特异性表达变化及空间受限的细胞间通讯改变	结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，首次生成了人类动脉粥样硬化斑块的高分辨率图谱，揭示了细胞类型特异性和动脉粥样硬化特异性表达变化及空间受限的细胞间通讯改变	样本量较小，仅包含12个人类标本	研究人类动脉粥样硬化的细胞类型特异性和空间受限的细胞间通讯变化	人类动脉粥样硬化斑块	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	12个人类标本
5793	2025-01-16	The role of CD101 and Tim3 in the immune microenvironment of gastric cancer and their potential as prognostic biomarkers 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113835 PMID:39700955	研究论文	本研究探讨了CD101和Tim3在胃癌免疫微环境中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	通过多组学方法揭示了CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞的差异表达基因，并构建了基于14个预后基因的风险评分模型	研究中未明确提及样本的具体数量，可能影响结果的普遍性	阐明胃癌的分子机制，探索新的生物标志物和治疗策略	胃癌患者的CD101- Tim3+ CD8+ T细胞和CD101+ Tim3+ CD8+ T细胞	生物信息学	胃癌	转录组测序、单细胞RNA测序、细胞通讯分析、富集分析	风险评分模型	基因表达数据	NA
5794	2025-01-16	c-JUN interacts with HDAC1 as a potential combinatorial therapeutic target in acute myeloid leukemia 2025-Jan-27, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113927 PMID:39721452	研究论文	本文通过多组学分析探讨了HDAC1在急性髓性白血病（AML）中的致癌作用，并验证了c-JUN与HDAC1的潜在调控关系	首次在单细胞水平上识别了AML中HSC-Prog的特定基因特征，并通过实验验证了c-JUN与HDAC1的相互作用及其在AML治疗中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性	探索AML的潜在治疗靶点和有效治疗策略	急性髓性白血病（AML）患者和小鼠模型	生物医学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、Western blotting、共免疫沉淀（Co-IP）、流式细胞术、活体成像（IVIS、iSMAART）	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	AML患者样本和小鼠模型
5795	2025-01-16	Elucidating cardiomyocyte heterogeneity and maturation dynamics through integrated single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111596 PMID:39811652	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术分析了新生小鼠心脏细胞，绘制了详细的心肌细胞亚群转录图谱，揭示了心肌细胞成熟状态的连续性和空间分布	通过单细胞和空间转录组学技术，首次详细描绘了心肌细胞的异质性和成熟动态，识别了关键的过渡性心肌细胞亚群，为心脏再生治疗提供了新的靶点	研究仅限于新生小鼠心脏，未涉及成年或其他物种的心脏细胞	阐明心肌细胞的异质性和成熟动态，以促进心脏再生医学研究	新生小鼠心脏的心肌细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	新生小鼠心脏细胞
5796	2025-01-16	Predictive value of dendritic cell-related genes for prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025-Jan-14, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03642-z PMID:39810206	研究论文	本研究通过筛选树突状细胞相关基因，构建了一个预测肺腺癌患者预后和免疫治疗反应的预后标志物	创新性地建立了基于深度学习的预测模型DCRGS，用于预测肺腺癌患者的预后，并展示了其在临床管理中的潜在应用	研究依赖于特定数据集，可能需要在更广泛的患者群体中进行验证	预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	肺腺癌患者	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、实时定量PCR（q-PCR）	深度学习模型	RNA测序数据、临床样本数据	未明确提及具体样本数量
5797	2025-01-16	Prospects of neutrophilic implications against pathobiology of chronic obstructive pulmonary disease: Pharmacological insights and technological advances 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113634 PMID:39577220	review	本文探讨了中性粒细胞在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的关键作用，强调了针对中性粒细胞的新型治疗方法的紧迫性，并探讨了利用单细胞RNA测序技术进一步研究中性粒细胞及相关风险基因作为COPD治疗潜在生物标志物的可能性	强调了针对中性粒细胞的新型治疗方法的紧迫性，并探讨了利用单细胞RNA测序技术研究中性粒细胞及相关风险基因作为COPD治疗潜在生物标志物的可能性	NA	探讨中性粒细胞在COPD中的作用，并探索新的治疗方法	中性粒细胞及其在COPD中的生物学活动	digital pathology	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
5798	2025-01-16	Qingfei Yin alleviates Streptococcus pneumoniae pneumonia by promoting complete autophagy to suppress necroptosis 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156280 PMID:39637472	研究论文	本研究探讨了清肺饮（QFY）通过促进完全自噬来抑制坏死性凋亡，从而缓解肺炎链球菌引起的肺炎的机制	首次揭示了清肺饮通过下调p62表达促进完全自噬，进而缓解肺炎链球菌诱导的肺上皮细胞坏死性凋亡的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探索清肺饮治疗肺炎链球菌肺炎的机制	肺炎链球菌引起的肺炎	生物医学	肺炎	单细胞转录组学、HE染色、免疫荧光、AO染色、PI染色、Western blot分析	小鼠肺炎模型、TC-1细胞模型	基因表达数据、细胞图像数据	113,353个细胞
5799	2025-01-14	Major cell types in the coronary thrombosis of acute myocardial infarction patients revealed by scRNA-seq 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70181 PMID:39804415	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5800	2025-01-16	Advances in modeling cellular state dynamics: integrating omics data and predictive techniques 2025, Animal cells and systems IF:2.5Q1 DOI:10.1080/19768354.2024.2449518 PMID:39807350	综述	本文综述了当前用于建模细胞状态动态的方法，包括从动态或静态生物分子网络模型到深度学习模型的技术	强调了这些方法如何与转录组学和单细胞RNA测序等多种组学数据结合，以捕捉和预测细胞行为和转变	讨论了这些方法在可扩展性和分辨率要求方面的局限性，这些要求根据研究生物系统的复杂性和大小而变化	旨在指导未来研究开发更强大和可解释的模型，以理解和操纵各种生物背景下的细胞状态动态，最终推进治疗策略和精准医学	细胞状态动态	机器学习	NA	转录组学, 单细胞RNA测序	深度学习模型	组学数据	NA