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当前共找到 10570 篇文献，本页显示第 561 - 580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 561 | 2026-09-10 |
Interferon-γ Signaling in Eosinophilic Esophagitis Affects Epithelial Barrier Function and Programmed Cell Death
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101466
PMID:39884574
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和类器官模型探究干扰素-γ信号在嗜酸性食管炎中对上皮屏障功能和程序性细胞死亡的作用 | 首次在单细胞水平解析嗜酸性食管炎中干扰素应答基因在不同细胞类型的表达，并揭示干扰素-γ对上皮细胞分化和屏障功能的显著影响 | 未详细说明样本量及统计效力，且类器官模型可能无法完全模拟体内复杂的免疫微环境 | 阐明干扰素信号在嗜酸性食管炎中对食管上皮细胞功能和屏障完整性的影响机制 | 嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞、CD8+ T细胞、类器官模型 | 单细胞转录组学、免疫学 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、类器官培养 | NA | 基因表达数据、图像（类器官形态） | NA | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 562 | 2026-09-10 |
Cellular Crosstalk Promotes Hepatic Progenitor Cell Proliferation and Stellate Cell Activation in 3D Co-culture
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101472
PMID:39892785
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研究论文 | 研究在3D共培养系统中，肝星状细胞与肝祖细胞的相互作用促进祖细胞增殖和星状细胞活化，模拟肝损伤后的细胞事件 | 建立了3D类器官共培养系统，实时观察细胞相互作用，并发现3D共培养中星状细胞激活与2D单培养不同，特定基因簇上调 | 摘要未提及局限性信息 | 探究肝祖细胞与肝星状细胞在3D共培养中的直接相互作用及其在肝损伤和纤维化中的相关性 | 小鼠肝星状细胞和肝祖细胞（未分化胆管细胞类器官）及人类肝脏外植体 | 细胞生物学 | 肝纤维化 | 3D类器官共培养, 荧光标记, 细胞分选, 空间转录组学 | 类器官共培养模型 | 基因表达数据 | 人类肝脏外植体 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 563 | 2026-09-10 |
Periplakin Attenuates Liver Fibrosis via Reprogramming CD44Low Cells into CD44High Liver Progenitor Cells
2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101498
PMID:40107450
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研究论文 | 该研究揭示了周斑蛋白（PPL）通过将CD44Low细胞重编程为CD44High肝祖细胞来减轻肝纤维化的机制 | 首次发现PPL在肝纤维化中促进LPC扩增，并证明PPL+CD44Low细胞可重编程为PPL+CD44High LPC，从而减轻纤维化，提供了一种潜在的治疗策略 | 未提及具体局限性 | 探讨PPL对肝纤维化进程中肝祖细胞衍生和功能的影响及其治疗潜力 | 肝纤维化患者和小鼠模型中的肝组织及细胞（PPL+CD44Low和CD44High LPC） | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞测序、腺病毒介导的基因过表达、细胞移植 | NA | 基因表达数据、图像 | 人类和小鼠肝纤维化模型（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 564 | 2026-09-09 |
Coronary Artery Calcification: Decoding Mechanisms, Innovations, and Translational Strategies from Bench to Bedside
2025-12-26, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-025-10720-0
PMID:41454180
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综述 | 本文总结冠状动脉钙化30年的研究，涵盖病理机制、技术创新和临床管理，并提出从反应性治疗转向主动血管健康优化的策略 | 整合单细胞测序揭示内膜和 medial 两种CAC亚型及其不同驱动通路，并评估IVL和AI等新技术在临床应用中的创新进展 | 他汀类药物对钙化的双重效应尚不明确，亚型诊断存在空白，且IVL等先进工具在超过70%的资源有限设施中不可用 | 解码冠状动脉钙化的机制、创新和转化策略，以推动精准治疗和预防钙化性心血管疾病 | 冠状动脉钙化的病理过程、细胞亚型、技术干预和临床管理证据 | 心血管医学 | 冠状动脉钙化性心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 文本和文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 565 | 2026-09-09 |
QuiCAT: a scalable and flexible framework for mapping synthetic sequences
2025-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf607
PMID:41217759
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研究论文 | 介绍QuiCAT，一个用于映射合成序列的可扩展且灵活的计算框架，以分析单细胞和空间转录组学中的合成标签数据 | 开发了一个端到端的Python包，提供参考自由和参考基于两种工作流，在速度和准确性上优于现有工具，并兼容Python生态系统的下游分析 | 未在摘要中明确提及局限性 | 提供一个可扩展且灵活的工具，用于从测序数据中提取、聚类和分析合成标签，以满足大规模应用需求 | 合成细胞标签数据，涵盖群体水平、单细胞和空间转录组学数据集 | 生物信息学 | 不适用 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、合成标签测序 | 聚类算法 | 测序数据（单细胞和空间转录组学） | 未提供具体样本量 | 不适用 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 566 | 2026-09-09 |
FastSCODE: an accelerated SCODE algorithm for inferring gene regulatory networks on manycore processors
2025-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf624
PMID:41237047
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研究论文 | 提出了FastSCODE，一种在众核处理器上加速SCODE算法的批量计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 通过批量计算和众核并行优化，实现了SCODE算法在GPU等众核处理器上的加速，性能提升达6000倍 | 原文未明确提及局限性 | 加速SCODE算法以高效处理大规模单细胞RNA测序数据 | 基因调控网络推断，基于单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 常微分方程模型 | 基因表达谱 | CeNGEN单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 567 | 2026-09-09 |
scRegulate: single-cell regulatory-embedded variational inference of transcription factor activity from gene expression
2025-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf638
PMID:41288963
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研究论文 | 开发了scRegulate，一种基于变分推断的生成式深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，并构建基因调控网络 | 将实验验证的转录因子-靶基因关系与数据驱动的推断相结合，通过概率潜变量模型逐步适应输入数据，能够捕捉新颖、动态和上下文特异的调控相互作用 | 未明确提及局限性 | 从单细胞RNA测序数据中准确推断转录因子活性及基因调控网络 | 单细胞转录组数据（包括公开实验数据集、合成数据集、Perturb-seq数据集及人类PBMC单细胞RNA测序数据） | 机器学习, 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分推断生成模型 | 基因表达数据（单细胞RNA测序数据） | 包含公开实验数据集、合成数据集、Perturb-seq数据集及人类PBMC数据，具体样本数未提供 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 568 | 2026-09-09 |
Guided co-clustering transfer across unpaired and paired single-cell multi-omics data
2025-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf639
PMID:41325188
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research paper | 介绍了一种名为GuidedCoC的新框架，用于将未配对的scRNA-seq数据中的结构知识转移到配对的scRNA-seq/scATAC-seq多组学数据上，以改进细胞聚类和特征对齐 | 首次提出通过信息论目标函数联合共聚类细胞和特征，在跨模态和跨域间转移结构知识，无需显式注释即可自动对齐细胞群体 | 文中未提及具体局限性 | 解决单细胞多组学数据整合中配对数据稀疏、技术噪声及高质量配对数据有限的问题，提升聚类准确性和生物学可解释性 | 配对的单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq数据以及未配对的单细胞RNA-seq数据 | machine learning | NA | 单细胞多组学测序 | 共聚类模型 | 单细胞基因表达和染色质可及性数据 | 多个基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 569 | 2026-09-09 |
The cell as a token: high-dimensional geometry in language models and cell embeddings
2025-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf595
PMID:41165609
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综述 | 本文综述了自然语言处理中关于嵌入空间结构特性的理解如何为单细胞数据分析，特别是虚拟细胞模型的构建提供新思路 | 从高维几何角度切入，系统讨论语言模型和单细胞嵌入之间的类比，并提出将语言模型中的可解释性探针和上下文推理技术引入虚拟细胞模型的构建 | 未提供实验验证，仅局限于理论探讨和概念性框架 | 探讨语言模型中嵌入几何学的认识如何改进单细胞数据集的分析，并用于构建细胞图谱和虚拟细胞模型 | 自然语言嵌入和单细胞嵌入在高维空间中的几何结构及其共性 | 自然语言处理, 单细胞分析 | NA | 单细胞测序, 预训练模型 | 基础模型 | 文本, 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 570 | 2026-09-09 |
PseudotimeDE-fast: fast testing of differential gene expression along cell pseudotime
2025-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf573
PMID:41117775
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研究论文 | 介绍了一种可扩展的检测细胞拟时间差异表达基因的方法PseudotimeDE-fast，并验证其性能与计算效率 | 提供具有良好校准P值的可扩展方法，显著提升计算效率，同时保持与现有方法相当或更优的性能 | 仅关注沿拟时间的DE基因检测，未涉及其他生物学问题 | 开发一种可扩展的、P值校准的差异表达基因检测方法，以应对单细胞RNA测序数据规模增长带来的挑战 | 单细胞RNA测序数据中的基因差异表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计学模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 571 | 2026-09-09 |
A cross model spatial and single-cell atlas reveals the conserved involvement of osteopontin in polycystic kidney disease
2025-Sep-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.17.676846
PMID:41000888
|
研究论文 | 本研究构建了跨模型的空间和单细胞图谱，揭示了骨桥蛋白在多囊肾病中的保守作用 | 创新性地整合了多个PKD小鼠模型的单细胞与空间转录组数据，并构建了跨模型与模型内变化的交互式网站资源 | 未在摘要中明确提及局限性 | 阐明PKD中基因突变、发病年龄和疾病进展速率等变量对细胞和分子后果的影响，并寻找新的治疗靶点 | 多囊肾病小鼠模型及患者来源的细胞 | 基因组学 | 多囊肾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 基因表达数据和空间转录组数据 | 多个PKD小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 572 | 2026-09-09 |
Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles
2025-09, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791
PMID:40348058
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析，揭示了CTNNB1突变子宫内膜癌中β-catenin蛋白不同亚细胞定位导致的差异基因表达谱 | 首次在CTNNB1突变子宫内膜癌中，基于β-catenin蛋白的核内或膜/胞质定位进行空间转录组分析，发现定位差异导致不同的转录谱和潜在治疗靶点TROP2 | 未提供明确局限性信息 | 探究CTNNB1突变子宫内膜癌中β-catenin蛋白不同定位（核内与膜/胞质）对下游基因表达的影响 | CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样癌（EEC）肿瘤样本 | 空间转录组学 | 子宫内膜癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 肿瘤样本（具体数量未提及） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 573 | 2026-09-09 |
Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer
2025-09, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805
PMID:40473111
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，鉴定触发肝转移的恶性细胞，并基于病理切片图像开发深度学习模型以预测结直肠癌肝转移风险 | 首次将单细胞和空间转录组分析与病理组学结合，开发了无需手动标注的弱监督深度学习模型，用于预测结直肠癌肝转移 | 未明确提及局限性 | 提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测能力 | 结直肠癌患者及其肝转移组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序、全切片图像分析 | ResNet18 | 基因表达数据、组织切片图像 | 内部测试集（TCGA-CRC组织学图像）及两个外部验证队列（西南医科大学附属医院和西南医科大学附属中医医院） | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组、批量RNA测序 | NA | NA |
| 574 | 2026-09-09 |
Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction
2025-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253
PMID:40609069
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研究论文 | 本研究构建了首个针对人类结肠上皮细胞的细胞类型特异性基因组规模代谢模型iColonEpithelium，并利用其识别与炎症性肠病相关的代谢特征 | 首次构建了人类结肠上皮细胞的细胞类型特异性基因组规模代谢模型，并包含独特的转运反应区室以模拟与肠道微生物组的代谢互作 | 摘要中未提及明确的局限性 | 利用代谢模型揭示人类结肠上皮细胞的代谢活动，并识别炎症性肠病相关的代谢变化 | 人类结肠上皮细胞 | 系统生物学 | 炎症性肠病 | NA | 基因组规模代谢模型 | 单细胞RNA测序数据 | 克罗恩病、溃疡性结肠炎及健康对照样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 575 | 2026-09-09 |
Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes
2025-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241
PMID:40623094
|
研究论文 | 本文引入动力矩阵来分析和统一位点频率谱、单细胞分裂分布和突变负荷分布，并推导这些分布的期望递推关系 | 提出动力矩阵框架，统一了SFS、DD和MBD，推导出新的MBD表达式，并在引入死亡的情况下近似所有三种分布 | 未提及具体局限性 | 整合理解肿瘤体细胞进化中的突变累积统计量，并建立它们之间的数学联系 | 肿瘤细胞群体中的突变累积分布（SFS、DD和MBD） | 机器学习 | 肿瘤 | 数学建模 | NA | 模拟数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 576 | 2026-09-09 |
Mitochondrial genetic landscape and its correlation with immune cell infiltration in preeclampsia: Insights from bioinformatics
2025-06, Journal of reproductive immunology
IF:2.9Q2
DOI:10.1016/j.jri.2025.104527
PMID:40203595
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研究论文 | 通过生物信息学分析，识别与子痫前期相关的线粒体相关基因，并探讨其与免疫细胞浸润的相关性 | 首次系统分析子痫前期中线粒体相关基因与免疫微环境的关系，并发现CYP11A1作为HELLP综合征的潜在生物标志物 | 研究主要基于公开数据集，可能受样本异质性影响；功能验证仅限于胎盘组织，缺乏更广泛的临床验证 | 识别子痫前期中关键的线粒体相关基因及其潜在调控机制，并探索其诊断价值和免疫相关性 | 子痫前期胎盘组织中的线粒体相关基因表达及免疫细胞浸润情况 | 生物信息学 | 子痫前期 | 转录组测序、单细胞测序、LASSO回归、ROC曲线分析、免疫荧光染色 | LASSO回归模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据、临床特征数据 | 未明确，涉及GEO数据集GSE114691、GSE190971、GSE75010、GSE25906 | 未明确 | 转录组测序、单细胞RNA测序 | 未明确 | 未明确 |
| 577 | 2026-09-09 |
DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue
2025-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133
PMID:40465796
|
研究论文 | 介绍DeepDeconUQ，一种基于bulk RNA-seq数据预测恶性肿瘤细胞分数区间估计的深度神经网络模型 | 将不确定性量化整合到癌症细胞分数预测中，通过共形分位数回归提供可靠的预测区间，并校准区间保证统计有效性和判别力 | 未提及明确的局限性 | 改进恶性肿瘤细胞分数的估计方法，提供带预测区间的估计以支持临床和研究应用 | 模拟和真实癌症数据集中的组织样本 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq, scRNA-seq | 深度神经网络，分位数回归 | 基因表达谱数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | bulk RNA-seq | NA | NA |
| 578 | 2026-09-09 |
Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics
2025-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169
PMID:40505018
|
研究论文 | 介绍WISpR算法，一种基于稀疏回归的空间转录组学细胞类型反卷积方法，以改善细胞分布预测的准确性 | 引入斑点特异性超参数和稀疏驱动建模，保留生物学一致性，优于五种现有方法 | 未提及 | 开发一种能准确预测空间转录组数据中细胞类型分布，同时保持生物学相关性的机器学习算法 | 空间转录组数据中的细胞类型分布，包括正常和癌性组织 | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学 | 稀疏回归模型 | 空间转录组数据 | 十个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 579 | 2026-09-09 |
RIDDEN: Data-driven inference of receptor activity from transcriptomic data
2025-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013188
PMID:40522999
|
研究论文 | 开发了RIDDEN，一个基于转录组数据推断受体活性的计算工具，它利用受体调控的基因表达谱而非配体和受体的表达水平预测受体活性 | 首次直接关注受体侧活动，利用受体调控的基因表达谱而非配体和受体的共表达来推断活性，并构建了包含14463个扰动表达谱和229个受体的大型训练模型 | 摘要中未提及明显局限性 | 开发一种直接从转录组数据推断受体活性的计算工具，以识别细胞和疾病特异性受体活性变化并促进细胞间通信研究 | 受体活性推断模型，用于免疫检查点阻断治疗的癌症患者队列以及体外和体内受体扰动数据 | 机器学习 | 癌症 | 转录组测序 | 机器学习模型 | 基因表达谱 | 使用14463个扰动基因表达谱（用于229种受体）以及独立的体外和体内受体扰动数据集和免疫检查点阻断治疗的癌症患者队列 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 580 | 2026-09-09 |
MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction
2025-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013090
PMID:40549685
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研究论文 | 介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于从单细胞测序数据中准确识别线粒体突变并推断细胞谱系。 | MitoTracer能够自动识别信息丰富的线粒体突变，并在多个平台上表现出优于现有方法的高敏感性和特异性。 | 未在摘要中明确提及，可能包括对特定数据类型依赖或计算复杂度等。 | 开发一种工具，以精确识别信息丰富的线粒体突变，用于基于单细胞测序数据的谱系重建。 | 线粒体突变和单细胞测序数据（scRNA-seq和scATAC-seq样本）。 | 计算生物学、生物信息学 | 癌症（如BRAF突变黑色素瘤） | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | 算法（MitoTracer，可能基于统计或机器学习方法） | 单细胞测序数据、基因表达数据、染色质开放性数据 | 未明确提及，但涉及癌症进化数据集和实验谱系测序数据 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | NA |