单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-09-10	Protective Role of Apelin in a Mouse Model of Post-Intensive Care Syndrome 2025-Sep-08, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2025-0028OC PMID:40920972	研究论文	本研究通过小鼠模型和临床数据分析，探讨Apelin-APJ信号通路在重症监护后综合征（PICS）中的保护作用及分子机制	首次将Apelin-APJ信号通路损伤与PICS发病机制联系起来，并发现肌肉特异性Apelin过表达可改善症状	需要进一步研究明确组织特异性作用，目前机制尚未完全阐明	探究PICS的分子机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型和COVID-19相关ARDS幸存者	基础医学研究	重症监护后综合征	单细胞RNA测序、转录组分析、动物模型构建	小鼠疾病模型	基因表达数据、临床数据、行为学数据	小鼠模型和人类患者样本（具体数量未明确说明）
562	2025-09-10	Extracellular Matrix and Fibroblast Activation in Lymphangioleiomyomatosis 2025-Sep-08, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2025-0237OC PMID:40920984	研究论文	本研究探讨淋巴管平滑肌瘤病（LAM）中细胞外基质（ECM）和成纤维细胞活化的作用机制及潜在治疗策略	通过单细胞测序技术识别LAM细胞的癌症干细胞样状态，并揭示mTORC1驱动的4E-BP1/eIF4E翻译调控对ECM基因的超越转录控制的作用	研究基于特定细胞亚群分析，未涉及整体动物模型或临床疗效验证	阐明LAM疾病中ECM基因表达调控机制及开发靶向治疗策略	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者来源的细胞及成纤维细胞	分子病理学	淋巴管平滑肌瘤病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	NA（未明确样本数量）
563	2025-09-10	Standardizing single-cell approaches to osteoarthritis: Toward a comprehensive cellular atlas 2025-Sep-04, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.08.016 PMID:40914548	评论	本文探讨了单细胞RNA测序在骨关节炎研究中的应用，并呼吁标准化细胞类型注释与数据整合以构建全面的细胞图谱	提出通过标准化注释和整合新旧数据集来构建更完整的骨关节炎单细胞图谱的创新方向	NA	推动骨关节炎单细胞研究标准化，构建全面细胞图谱	骨关节炎关节组织细胞	数字病理学	骨关节炎	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
564	2025-09-10	Longitudinal single-cell RNA model aids prediction of EGFR-TKI resistance 2025-Sep-04, Carcinogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1093/carcin/bgaf038 PMID:40739818	研究论文	本研究利用纵向单细胞RNA测序数据探索肺腺癌EGFR-TKI耐药机制并建立预测模型	首次结合纵向scRNA-seq与机器学习构建EGFR耐药评分(ERscore)系统，在单细胞水平解析耐药肿瘤细胞亚群与代谢特征	NA	研究肺腺癌EGFR-TKI耐药机制并开发预测工具	EGFR突变肺腺癌患者的肿瘤样本（治疗前后配对样本）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), inferCNV算法, 基因评分方法	机器学习模型（具体类型未明确说明）	单细胞RNA测序数据	NA（未明确说明具体样本数量）
565	2025-09-10	Contribution of S1pr1-featured astrocyte subpopulation to cisplatin-induced neuropathic pain in male mice 2025-Sep-03, Pain IF:5.9Q1 DOI:10.1097/j.pain.0000000000003780 PMID:40899794	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示顺铂诱导神经病理性疼痛中S1pr1高表达星形胶质细胞亚群的作用及Wnt信号通路机制	首次发现顺铂特异性增加脊髓中S1pr1high星形胶质细胞比例并鉴定其特有的Wnt信号通路激活机制	研究仅使用雄性小鼠模型，未探讨性别差异影响	解析顺铂诱导神经病理性疼痛的细胞与分子机制	雄性小鼠脊髓组织与星形胶质细胞亚群	神经科学	神经病理性疼痛	单细胞转录组学、鞘内注射、药理学拮抗	NA	基因表达数据	雄性小鼠脊髓样本（具体数量未明确说明）
566	2025-09-10	Reproducible single-cell annotation of programs underlying T cell subsets, activation states and functions 2025-Sep-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02793-1 PMID:40903640	研究论文	开发T-CellAnnoTator（TCAT）流程，通过量化预定义基因表达程序改进T细胞表征	提出同时量化T细胞激活状态和细胞亚群的创新分析框架，识别传统分类无法捕捉的连续状态	NA	改进T细胞表征方法并识别可重复的基因表达程序	T细胞及其基因表达程序	生物信息学	肿瘤免疫	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自700个个体、38种组织和5种疾病背景的1,700,000个T细胞
567	2025-09-10	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2025-Sep-02, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00952-9 PMID:40897908	研究论文	本研究通过单细胞测序和流式细胞术揭示了神经相关巨噬细胞（NAMs）在调控脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用	首次发现CD169+CD11c+神经相关巨噬细胞（NAMs）这一特殊巨噬细胞亚群，并证明其随年龄减少会导致脂肪组织炎症增加和脂解功能受损	研究仅限于小鼠模型，人类中的类似机制尚需验证	探究脂肪组织巨噬细胞在年龄相关炎症（inflammaging）中的调控机制	小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群	免疫学	年龄相关疾病	单细胞测序、多参数流式细胞术、血管内标记	NA	单细胞测序数据、流式细胞数据	不同年龄阶段的小鼠脂肪组织样本
568	2025-09-10	Benchmarking sketching methods on spatial transcriptomics data 2025-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672376 PMID:40909701	研究论文	系统评估不同采样方法在空间转录组数据上的表现，并提出空间感知的优化策略	首次系统比较多种采样方法在空间转录组数据中的应用，并提出结合空间平滑的杠杆评分方法以平衡转录组异质性和空间结构保持	研究基于有限数据集和模拟数据，未涵盖所有可能的组织类型和技术平台	解决空间转录组数据分析中的计算瓶颈，通过智能子采样实现高效无偏分析	空间转录组数据（包括小鼠卵巢、MERFISH脑数据、人类乳腺癌和肺癌数据）及模拟数据	空间转录组学	乳腺癌、肺癌	空间转录组技术（ST）、MERFISH	随机SVD、空间权重矩阵	空间转录组数据、基因表达数据、空间坐标数据	多个真实数据集（包含数十万细胞/位置）及模拟数据
569	2025-09-10	Exploration of potential therapeutic target genes for preeclampsia through genetic analysis 2025-Sep, Journal of human hypertension IF:2.7Q2 DOI:10.1038/s41371-025-01054-0 PMID:40715499	研究论文	通过遗传分析探索先兆子痫的潜在治疗靶基因	首次整合cis-eQTL、孟德尔随机化、功能富集分析和单细胞RNA测序数据系统筛选并验证先兆子痫的潜在药物靶基因	研究主要基于血液样本的eQTL数据，未能完全反映胎盘组织中的基因表达情况	识别可能降低先兆子痫风险的遗传靶点	先兆子痫患者相关遗传数据和基因表达数据	生物信息学	妊娠期高血压疾病	cis-eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、SMR分析、共定位分析、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、基因表达数据	基于eQTLGen联盟的血液样本数据
570	2025-09-10	Isotope-encoded spatial biology identifies plaque-age-dependent maturation and synaptic loss in an Alzheimer's disease mouse model 2025-Sep-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63328-y PMID:40890115	研究论文	本研究结合同位素标记和空间生物学技术，探究阿尔茨海默病小鼠模型中Aβ斑块年龄依赖性成熟与突触丧失的关系	首次将稳定同位素标记与质谱成像结合用于斑块时间标记，实现空间维度上追踪斑块老化过程	研究基于小鼠模型，结果向人类转化需谨慎；技术整合复杂度可能限制广泛应用	揭示Aβ斑块随时间演变对周围组织的病理影响机制	App knock-in Aβ小鼠模型中的淀粉样蛋白斑块及周围神经组织	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学	NA	质谱成像数据、空间基因表达数据、结构染色数据	转基因阿尔茨海默病小鼠模型样本
571	2025-09-10	Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type-specific responses in primary human pancreatic islets 2025-Sep-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116211 PMID:40892543	研究论文	通过单细胞RNA测序研究柯萨奇病毒B3感染对人类胰岛细胞类型的特异性影响	发现病毒对不同细胞类型的感染率相当，而非先前认为的β细胞偏好性；首次揭示MIR7-3HG长链非编码RNA在调控病毒感染中的作用	研究使用人类尸体胰岛样本，可能无法完全反映活体生理状态	探究柯萨奇病毒B感染对人类胰岛不同细胞类型的特异性影响	人类尸体胰岛细胞（包括β细胞、α细胞、导管细胞等）和干细胞来源的胰岛	病毒学与细胞生物学	1型糖尿病	单细胞RNA测序，功能研究	NA	RNA测序数据，功能实验数据	人类尸体胰岛样本和干细胞来源的胰岛样本（具体数量未明确说明）
572	2025-09-10	Patterns of Mitochondrial ATP Predict Tissue Folding 2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.31.673364 PMID:40909554	研究论文	本研究揭示线粒体ATP的空间模式预测组织折叠过程	发现线粒体在上皮细胞顶端的局部富集及其在组织折叠前的ATP增加模式，并证明该亚细胞模式可计算预测组织折叠	NA	探究胚胎发育中化学能量空间模式与组织形态发生的关系	果蝇、小鸡和小鼠的上皮组织	发育生物学	NA	时间推移成像、空间转录组学、耗氧率测量	NA	图像、基因表达数据、生理测量数据	多物种（果蝇、小鸡、小鼠）上皮组织样本
573	2025-09-10	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Aug-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116184 PMID:40886314	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别了结核病中CD8+ T细胞的效应谱系，并发现CD226作为关键分子参与识别结核分枝杆菌感染的巨噬细胞	首次发现CD226是区分功能性和耗竭性CD8+ T细胞谱系的最显著差异表达基因，并证实其共刺激作用对识别感染巨噬细胞至关重要	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究慢性感染如何影响肺实质CD8+ T细胞的多样性及其识别机制	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8+ T细胞和结核分枝杆菌感染的巨噬细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, 流式细胞术, 细胞纯化	NA	单细胞转录组数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠肺细胞
574	2025-09-10	A simple liquid 3D cell culture paradigm models oxidative mitochondrial metabolism of epithelial breast cancer cells with relevance for lung metastases 2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.24.671623 PMID:40909564	研究论文	比较两种3D细胞培养模型（乳腺球培养和栓子培养）在模拟乳腺癌细胞氧化代谢和肺转移潜力方面的差异	首次通过栓子培养模型揭示乳腺癌细胞获得类似肿瘤组织的线粒体氧化代谢特征，并与肺转移能力关联	仅使用三种乳腺癌细胞系，模型适用范围需进一步验证	开发适合研究转移性乳腺癌细胞信号通路和药物敏感性的体外模型	乳腺癌细胞系（SUM149, IBC-3, MDA-MB-468）	癌症生物学	乳腺癌	蛋白质组学、单细胞转录组学、代谢流分析、电子显微镜	3D细胞培养模型	分子生物学数据、显微图像	三种乳腺癌细胞系在两种培养模型中的比较
575	2025-09-10	Rethinking large-scale phylogenomics with EukPhylo v.1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Aug-27, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01770-25 PMID:40862604	研究论文	介绍EukPhylo v.1.0工具包，用于真核生物谱系发育基因组学数据管理和分析	提供模块化、用户友好的流程，通过系统发育信息指导的污染去除和同源基因家族估计，提升真核生物系统树重建的准确性和可重复性	未明确说明工具在处理特定复杂微生物群落数据时的局限性或计算资源需求	解决微生物真核生物（特别是不可培养谱系）在 phylogenomic 分析中的数据污染和可重复性挑战	真核生物、细菌和古菌的多样化谱系，包括1000个物种	生物信息学	NA	单细胞测序、同源基因家族分析、系统发育树构建	NA	基因组序列数据、基因家族数据	1000个物种（包括真核生物、细菌和古菌），基于约15,000个古老基因家族
576	2025-09-10	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-cell/nuclei RNA Sequencing Data 2025-Aug-26, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf077 PMID:40857558	研究论文	本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精确度和准确性，并提出了优化研究设计的实用指南	首次基于大规模数据（23个数据集，3,682,576个细胞）系统评估sc/snRNA-seq的定量性能，开发了VICE工具来评估数据质量和估计差异表达真阳性率	研究主要基于技术重复和样本匹配数据评估，可能无法完全反映真实生物样本的复杂性	提高单细胞RNA测序数据的可靠性和可重复性	单细胞和单核RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, RNA-seq	NA	基因表达数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
577	2025-09-10	Large-scale single-cell profiling of stem cells identifies redundant regulators of shoot development and yield trait variation 2025-Aug-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.024 PMID:40865519	研究论文	通过大规模单细胞分析鉴定植物茎尖干细胞调控因子及其与产量性状的关联	首次在玉米和拟南芥中高效捕获CLAVATA3和WUSCHEL表达干细胞，并进行跨物种保守性分析和等位变异关联研究	NA	鉴定植物茎尖干细胞调控因子并解析其与产量性状的遗传关联	玉米和拟南芥的茎尖干细胞	单细胞生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个CLAVATA3和WUSCHEL表达细胞（包含突变体和多种玉米种质）
578	2025-09-10	An engineered glioblastoma model yields macrophage-secreted drivers of invasion 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181903 PMID:40857405	研究论文	通过工程化胶质母细胞瘤模型揭示巨噬细胞分泌的侵袭驱动因子	结合工程化3D水凝胶肿瘤微环境模型与多组学分析，首次鉴定出TGFBI作为巨噬细胞分泌的可靶向促癌因子	模型系统虽能模拟肿瘤微环境，但仍可能与体内真实情况存在差异	探究肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在胶质母细胞瘤侵袭中的作用机制	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和M2极化巨噬细胞	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学、蛋白质组学、3D水凝胶工程模型	工程化3D肿瘤微环境模型	转录组数据、蛋白质组数据	胶质母细胞瘤患者单细胞数据（具体数量未明确说明）
579	2025-09-10	Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis 2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.05.25332835 PMID:40894156	研究论文	通过亚细胞分辨率空间转录组学分析幼年特发性关节炎患者滑膜组织，揭示免疫与基质细胞的空间互作机制	开发新型空间共定位分析流程，首次在JIA滑膜中发现NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作、CXCL9-CXCR3信号轴及三级淋巴结构	研究聚焦活动期患者样本，未涵盖疾病不同阶段或治疗后的动态变化	解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子架构与细胞互作网络	活动期幼年特发性关节炎患者的滑膜组织样本	空间转录组学	幼年特发性关节炎	空间转录组学分析	空间共定位分析流程（新开发的计算方法）	空间转录组数据	活动期JIA患者滑膜组织（具体样本量未明确说明）
580	2025-09-10	Obesity hinders the efficacy of adipose-derived stem cells for knee osteoarthritis by reducing the proportion of DPP4+ stem cells 2025-Jul-24, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf004 PMID:40913785	研究论文	本研究探讨肥胖如何通过减少DPP4+干细胞比例削弱脂肪源性干细胞对膝骨关节炎的治疗效果	首次揭示肥胖通过特异性减少DPP4+干细胞亚群而影响干细胞疗效的机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探究肥胖对脂肪源性干细胞治疗骨关节炎疗效的影响机制	野生型和ob/ob肥胖小鼠的脂肪源性干细胞	再生医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选(FACS)	NA	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	野生型和ob/ob小鼠的脂肪源性干细胞样本