单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-04-11	A Krüppel-like factor establishes cellular heterogeneity during schistosome tegumental maintenance 2025-Mar, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013002 PMID:40153400	研究论文	本研究探讨了Krüppel样因子4（klf4）在血吸虫皮层细胞异质性建立中的作用	首次揭示了klf4在血吸虫皮层相关细胞谱系（TRL）维持中的关键作用，及其对皮层细胞分子特性的精细调控	未完全阐明klf4下游调控网络的具体机制	解析血吸虫长期存活于宿主血液中的分子机制	曼氏血吸虫的皮层细胞及其前体细胞	寄生虫学	血吸虫病	RNA干扰（RNAi）、单细胞RNA测序（scRNAseq）和批量RNA测序（bulk RNAseq）	NA	RNA测序数据	NA
562	2025-04-11	Modulation of cell fate by shock wave therapy in ischaemic heart disease 2025-Mar, European heart journal open DOI:10.1093/ehjopen/oeaf011 PMID:40201592	研究论文	研究探讨了心脏冲击波疗法（SWT）通过激活Toll样受体3（TLR3）促进心脏成纤维细胞向内皮细胞转分化，从而改善缺血性心肌病患者的左心室功能	首次揭示了SWT通过机械刺激激活TLR3信号通路，促进成纤维细胞向内皮细胞的转分化，并改善了心肌灌注和功能	研究主要基于体外实验和转基因小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究SWT如何通过TLR3激活改善缺血性心肌病的心功能	人类心脏成纤维细胞和转基因小鼠模型	心血管疾病	缺血性心肌病	单细胞RNA测序、RNA轨迹分析、染色质可及性测序（ATAC-seq）	转基因小鼠模型（Fsp1-Cre/LacZ）	RNA测序数据、染色质可及性数据	人类心脏成纤维细胞和转基因小鼠模型
563	2025-04-11	Integrating mitochondrial and lysosomal gene analysis for breast cancer prognosis using machine learning 2025-01-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86970-4 PMID:39865118	research paper	该研究通过整合线粒体和溶酶体基因分析，利用机器学习开发预测模型，以改善乳腺癌患者的预后分层和个性化干预	首次结合线粒体和溶酶体共调控因子构建机器学习模型，并发现B细胞免疫浸润减少与mlMSGs活性增加是影响预后的关键因素	研究样本量未明确说明，且模型需进一步临床验证	开发乳腺癌预后预测模型并探索免疫微环境特征	乳腺癌患者及其相关基因数据	machine learning	breast cancer	scRNA-seq, CNV分析, SNPs分析, WGCNA, Cox回归	coxboost + Survivor-SVM	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	NA
564	2025-04-11	Gene function revealed at the moment of stochastic gene silencing 2025-01-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07530-0 PMID:39828795	research paper	介绍了一种名为scSGS的新方法，利用单细胞基因表达的自然变异性来解读基因功能	提出了scSGS方法，通过分类转录活跃和沉默的细胞样本，识别差异表达基因来推断目标基因功能，避免了基因敲除和扰动研究中的生存偏差	未提及具体的技术限制或样本量限制	开发一种高效预测基因功能的方法，减少基因功能研究中转基因动物的使用	单细胞基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞基因表达数据	NA
565	2025-04-11	The Role of Zuo Jin Wan in Modulating the Tumor Microenvironment of Colorectal Cancer 2025, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073281374231228041841 PMID:38284730	研究论文	探讨左金丸在调节结直肠癌肿瘤微环境中的作用	首次研究左金丸在结直肠癌免疫调节中的作用，揭示其通过调节多种细胞类型及下调TIMP1和MTDH表达来影响肿瘤微环境	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索左金丸对结直肠癌免疫微环境的调节作用	结直肠癌细胞、免疫细胞（T细胞、B细胞、肥大细胞等）及基质细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR	NA	基因表达数据	基于已发表研究的单细胞RNA测序数据（PMID: 32451460, 32103181, 32561858）
566	2025-04-11	Novel insights into Cntnap4 in Alzheimer's disease: Intestinal flora interaction 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138508 PMID:39647729	研究论文	本研究探讨了Cntnap4基因在阿尔茨海默病中的作用及其与肠道菌群的相互作用	揭示了Cntnap4缺陷如何通过影响Tau蛋白磷酸化、淀粉样斑块积累和神经元损失加剧AD，并首次提出肠道菌群与AD进展的潜在联系	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	阐明Cntnap4在AD发病机制中的作用及肠道菌群的可能参与	AD模型小鼠及其肠道菌群	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	scRNA-seq、高通量转录组测序、16s rRNA测序	动物模型	基因表达数据、微生物组数据	未明确说明数量的AD模型小鼠
567	2025-04-11	Glucocorticoid receptor inhibits Th2 immune responses by down-regulating Pparg and Gata3 in schistosomiasis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518586 PMID:40196108	研究论文	研究糖皮质激素受体（GR）激活对血吸虫病中Th2免疫反应的影响	揭示了GR激活通过下调Gata3和Pparg抑制Th2免疫反应的新机制	需要进一步研究靶向GR激活治疗血吸虫病的可行性和安全性	探究GR激活对血吸虫病中Th2免疫反应的潜在影响	血吸虫感染的小鼠和体外培养的Th2细胞	免疫学	血吸虫病	RNA测序和单细胞测序	NA	基因表达数据	血吸虫感染的小鼠和体外培养的Th2细胞
568	2025-04-11	Comprehensive multiomics analysis identifies PYCARD as a key pyroptosis-related gene in osteoarthritis synovial macrophages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1558139 PMID:40196125	研究论文	通过多组学分析确定PYCARD作为骨关节炎滑膜巨噬细胞中焦亡相关关键基因	首次将PYCARD识别为骨关节炎巨噬细胞中的核心焦亡基因，并预测了57种潜在治疗化合物	研究主要基于RNA测序数据，需要进一步的实验验证	探究焦亡在骨关节炎发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	骨关节炎患者的滑膜组织和巨噬细胞	生物信息学	骨关节炎	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, LASSO-Cox回归模型, 蛋白质互作网络分析	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
569	2025-04-11	A tumor-infiltrating B lymphocytes -related index based on machine-learning predicts prognosis and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1524120 PMID:40196113	研究论文	本研究基于机器学习方法开发了一个与肿瘤浸润B淋巴细胞相关的指数（BRI），用于预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应	首次系统地描述了肺腺癌中肿瘤浸润B淋巴细胞的特征，并利用十种不同算法开发了BRI指数	研究结果需要更多独立队列验证，且BRI与CD8+ T细胞浸润的负相关机制尚不明确	开发预测肺腺癌患者预后和免疫治疗反应的生物标志物	肺腺癌患者和肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习（十种算法组合）	基因表达数据	TCGA、GSE31210、GSE72094等多个数据集
570	2025-04-11	Immune cells differentiation in osteoarthritic cartilage damage: friends or foes? 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1545284 PMID:40201177	综述	本文综述了骨关节炎(OA)中免疫细胞分化的复杂作用及其在疾病进展中的双重角色	深入分析了OA中免疫细胞亚群的组成、分布和功能异质性，并比较了OA与类风湿关节炎(RA)在诊断和免疫治疗上的异同	未涉及具体实验验证，主要基于现有文献分析	阐明OA关节中免疫细胞的动态变化和相互作用，为未来临床精准靶向干预提供理论基础	骨关节炎(OA)中的免疫细胞亚群	免疫学	骨关节炎	单细胞测序和免疫组学技术	NA	NA	NA
571	2025-04-11	Characterizing the immune infiltrate in secondary syphilis: implications for transmission and pathology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549206 PMID:40201184	研究论文	本研究通过免疫组织化学、批量RNA测序和单细胞RNA测序等方法，探讨了二期梅毒皮肤病变中的免疫浸润特征及其对传播和病理的影响	揭示了表皮TLR通过MYD88感知对梅毒感染宿主反应的贡献，突出了梅毒螺旋体在皮肤中逃避免疫反应的机制	研究主要基于皮肤活检样本，可能无法全面反映全身免疫反应	研究二期梅毒的免疫浸润特征及其对传播和病理的影响	二期梅毒患者的皮肤活检样本、健康个体的PBMCs以及原代或MyD88敲除的角质形成细胞	免疫学	梅毒	免疫组织化学(IHC)、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	组织样本、RNA测序数据	二期梅毒患者的皮肤活检样本、健康个体的PBMCs
572	2025-04-11	Single-cell RNA sequencing advances in revealing the development and progression of MASH: the identifications and interactions of non-parenchymal cells 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1513993 PMID:40201243	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示代谢相关脂肪性肝炎（MASH）发展和进展中的作用，特别是非实质细胞（NPCs）的鉴定和相互作用	利用单细胞转录组测序技术深入理解非实质细胞在MASH中的异质性和细胞间相互作用，为疾病机制和潜在药物靶点提供新见解	综述性质，未涉及具体实验数据或新发现	探讨单细胞RNA测序技术在MASH研究中的应用，揭示非实质细胞的作用	代谢相关脂肪性肝炎（MASH）中的非实质细胞（如Kupffer细胞、肝星状细胞和肝窦内皮细胞）	数字病理学	代谢相关脂肪性肝炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
573	2025-04-11	Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal the evolution of glucose metabolism in hepatocellular carcinoma and identify G6PD as a potential therapeutic target 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1553722 PMID:40201344	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了肝细胞癌中葡萄糖代谢的时空演变，并验证了G6PD作为潜在治疗靶点	首次从时空角度解析肝细胞癌中葡萄糖代谢的变化，并实验验证G6PD在调控癌细胞增殖、迁移和侵袭中的作用	样本量相对较小（7例单细胞测序样本和4例空间转录组样本）	探索肝细胞癌中葡萄糖代谢的时空演变并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌组织及癌旁组织	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、空间转录组学(ST)、高通量测序、伤口愈合实验、CCK-8实验、transwell实验	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	7例HCC及癌旁组织的单细胞测序数据，4例HCC组织的空间转录组数据
574	2025-04-11	Single-cell sequencing reveals the role of aggrephagy-related patterns in tumor microenvironment, prognosis and immunotherapy in endometrial cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1560625 PMID:40201347	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了聚集自噬相关模式在子宫内膜癌肿瘤微环境、预后及免疫治疗中的作用	首次在子宫内膜癌中系统研究了聚集自噬相关基因在肿瘤微环境中的功能，并发现其与免疫治疗反应和预后的关联	样本量相对较小（5个肿瘤样本），且需要进一步实验验证	探究聚集自噬在子宫内膜癌肿瘤微环境中的作用及其临床意义	子宫内膜癌肿瘤微环境中的细胞（成纤维细胞、巨噬细胞、CD8+T细胞和淋巴管内皮细胞）	digital pathology	endometrial cancer	single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫组化	NMF	RNA-seq数据	5个EC肿瘤样本的36,227个单细胞
575	2025-04-11	Comprehensive Analyses of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data From M2 Macrophages to Elucidate the Immune Prognostic Signature in Patients with Gastric Cancer Peritoneal Metastasis 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S506143 PMID:40201390	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据分析M2巨噬细胞，构建胃癌腹膜转移患者的免疫预后特征模型	首次结合单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析构建基于M2巨噬细胞的预后风险模型，用于预测胃癌腹膜转移患者的预后和化疗免疫治疗反应	模型仅在内部和外部验证集中进行了验证，需要更大规模的前瞻性研究进一步确认其临床适用性	提高胃癌腹膜转移患者预后的预测精度并指导个体化治疗	胃癌腹膜转移患者	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, WGCNA, LASSO分析	预后风险模型	RNA测序数据	TCGA、GSE62254和IMvigor210数据集
576	2025-04-10	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and interactions of immune cells and Müller glia during zebrafish retina regeneration 2025-Dec-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-02083 PMID:38934409	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中免疫细胞和Müller胶质细胞的异质性及相互作用	首次发现两种静止状态的Müller胶质细胞（MG1和MG2）在视网膜损伤后的不同命运转变，以及三种小胶质细胞亚型在损伤后的动态变化	研究局限于斑马鱼模型，结果向哺乳动物的推广需要进一步验证	探究炎症如何调控Müller胶质细胞重编程以促进视网膜再生	斑马鱼视网膜中的免疫细胞和Müller胶质细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
577	2025-04-10	Dynamic development of microglia and macrophages after spinal cord injury 2025-Dec-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00063 PMID:39101644	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的动态发展及其在疾病进程中的不同作用	首次在单细胞水平上区分了小胶质细胞和巨噬细胞在脊髓损伤后的不同演化路径，并发现了它们各自的特异性功能表型和细胞间通讯模式	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明脊髓损伤后继发性损伤过程中小胶质细胞和巨噬细胞的动态变化及其功能差异	脊髓损伤后的小胶质细胞和巨噬细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
578	2025-03-11	Corrigendum to "ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost" [Microbiol. Res. 289 (2024) 127912] 2025-Jul, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128137 PMID:40058996	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
579	2025-04-10	FoxO1 mediates odontoblast differentiation of hDPSCs via B cell-derived ANGPTL1 in dental caries: A laboratory investigation 2025-May, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14206 PMID:39904951	research paper	本研究探讨了B细胞及其分泌因子ANGPTL1在龋齿条件下促进人牙髓干细胞(hDPSCs)向成牙本质细胞分化的作用，重点关注FoxO1的激活	揭示了B细胞分泌的ANGPTL1通过上调FoxO1促进hDPSCs向成牙本质细胞分化的新机制	研究主要基于实验室数据，尚未进行临床验证	探索龋齿环境下牙髓修复和再生的分子机制	人牙髓干细胞(hDPSCs)和B细胞	dental research	dental caries	scRNA-Seq, ELISA, 免疫荧光染色, 双荧光素酶报告基因检测, 染色质免疫沉淀	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	NA
580	2025-04-10	Applications of spatial transcriptomics in studying spermatogenesis 2025-Apr-09, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70043 PMID:40202007	综述	本文综述了空间转录组学在研究精子发生过程中的应用	探讨了空间转录组学技术在保留组织背景下研究细胞类型分子特征及其相互作用的新方法	未提及具体技术实施的限制或样本量不足等问题	增进对精子发生调控机制的理解，探索男性不育的潜在原因	哺乳动物睾丸中的细胞类型及其分子特征	空间转录组学	男性不育	空间转录组学技术	NA	空间转录组数据	NA