单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5761	2025-01-24	Differential impact of TIM-3 ligands on NK cell function 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010618 PMID:39773563	研究论文	本研究探讨了TIM-3配体对自然杀伤（NK）细胞功能的不同影响，特别是在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者中的应用	揭示了TIM-3配体对NK细胞功能的复杂影响，特别是galectin-9在TIM-3和CD44信号传导中的作用，并提出了针对TIM-3的免疫治疗策略的局限性	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，未涉及大规模临床试验验证	评估TIM-3+ NK细胞在HNSCC患者中的普遍性和功能，确定四种TIM-3配体对TIM-3+ NK细胞功能的不同影响，并评估靶向配体介导的TIM-3信号传导是否能增强NK细胞的效应功能	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者中的TIM-3+ NK细胞	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外杀伤实验、增殖实验、细胞因子产生实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	HNSCC患者的肿瘤和血液样本
5762	2025-01-24	Chemotherapy-induced cellular senescence promotes stemness of aggressive B-cell non-Hodgkin's lymphoma via CCR7/ARHGAP18/IKBα signaling activation 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009356 PMID:39773566	研究论文	本研究探讨了化疗诱导的细胞衰老如何通过CCR7/ARHGAP18/IKBα信号通路促进侵袭性B细胞非霍奇金淋巴瘤的干细胞特性	首次发现CCR7在化疗诱导的衰老B细胞非霍奇金淋巴瘤中的关键作用，并揭示了其通过ARHGAP18/IKBα信号通路促进干细胞特性的机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨化疗诱导的细胞衰老如何影响B细胞非霍奇金淋巴瘤的干细胞特性和耐药性	侵袭性B细胞非霍奇金淋巴瘤细胞	癌症研究	B细胞非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、免疫荧光、Western blot、共免疫沉淀、细胞增殖检测、衰老相关β-半乳糖苷酶染色、集落和球体形成实验、Transwell实验	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
5763	2025-01-24	Disruption of tumor-intrinsic PGAM5 increases anti-PD-1 efficacy through the CCL2 signaling pathway 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009993 PMID:39773565	研究论文	本研究探讨了肿瘤内源性PGAM5通过CCL2信号通路对免疫治疗效果的调控作用	揭示了肿瘤内源性PGAM5通过调控线粒体动力学影响肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的极化，进而影响免疫治疗效果的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索肿瘤内源性PGAM5对肿瘤微环境中免疫细胞的影响，并评估其作为肝细胞癌（HCC）免疫治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、免疫荧光、染色质免疫共沉淀、ELISA、质谱分析	小鼠皮下和原位HCC模型	基因表达数据、蛋白质组学数据	基于GEO和TCGA-LIHC数据集的分析，以及两个独立队列的肿瘤组织阵列
5764	2025-01-24	Comprehensive Analysis of Programmed Cell Death-Related Genes in Diagnosis and Synovitis During Osteoarthritis Development: Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S491203 PMID:39839184	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，全面分析了程序性细胞死亡相关基因在骨关节炎（OA）发展和滑膜炎中的诊断作用	首次系统探讨了程序性细胞死亡（PCD）相关基因与OA滑膜炎的关系，并构建了基于Hub PCD-DEGs的诊断模型	研究主要基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证	探讨PCD相关基因在OA滑膜炎中的作用及其作为诊断标志物或治疗靶点的潜力	OA患者的滑膜组织	生物信息学	骨关节炎	RNA测序，qRT-PCR	机器学习算法，诊断模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEO数据库中的OA滑膜样本
5765	2025-01-24	Analysis and Validation of Autophagy-Related Gene Biomarkers and Immune Cell Infiltration Characteristic in Bronchopulmonary Dysplasia by Integrating Bioinformatics and Machine Learning 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S495132 PMID:39839185	研究论文	本文通过整合生物信息学和机器学习方法，分析和验证了支气管肺发育不良（BPD）中自噬相关基因（ARGs）的生物标志物及免疫细胞浸润特征	首次结合生物信息学和机器学习算法筛选并验证了BPD中的关键基因，并建立了预测BPD风险的列线图模型	研究主要依赖于公开的基因表达数据，实验验证仅限于高氧大鼠模型，未涉及人类样本	筛选和验证BPD中的特征基因，探索其作为治疗靶点的潜力	支气管肺发育不良（BPD）	生物信息学	肺发育不良	基因表达分析、单细胞测序、免疫组化	Lasso、MCC、Degree、MCODE	基因表达数据	GSE8586数据集中的样本及高氧大鼠模型
5766	2025-01-23	Application of Single-Cell Genomics to Animal Models of Periodontitis and Peri-Implantitis 2025-Feb, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14093 PMID:39695834	综述	本文综述了单细胞基因组学技术在牙周炎和种植体周围炎动物模型中的应用	结合单细胞RNA测序（scRNAseq）与动物模型，揭示牙周炎和种植体周围炎的细胞异质性和特定细胞作用，克服了批量RNA测序的局限性	NA	整合单细胞基因组学技术与牙周炎和种植体周围炎的动物模型，以促进对这些疾病发病机制的理解和精准治疗的发展	牙周炎和种植体周围炎的动物模型	基因组学	牙周炎, 种植体周围炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
5767	2025-01-23	Mechanistic study of the regulation of mitochondrial function by the GPNMB/Nrf2/NF-κB signaling pathway mediated by Quzhi Tang to alleviate chondrocyte senescence 2025-Jan-31, Journal of ethnopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.jep.2024.119165 PMID:39617085	研究论文	本研究探讨了祛脂汤（QZT）通过调节GPNMB/Nrf2/NF-κB信号通路来修复线粒体损伤和改善软骨细胞衰老的机制	首次结合单细胞转录组分析、组织病理学、分子生物学和免疫学方法，揭示了GPNMB在软骨细胞衰老中的关键作用，并阐明了QZT通过调节GPNMB/Nrf2/NF-κB信号通路减轻软骨细胞衰老的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨祛脂汤（QZT）在治疗膝骨关节炎（KOA）中的潜在药物机制，特别是其对软骨细胞衰老的调节作用	小鼠软骨组织	分子生物学	膝骨关节炎	单细胞转录组分析、组织病理学、分子生物学、免疫学方法	NA	转录组数据、组织病理学数据	小鼠软骨组织
5768	2025-01-23	The Expression of the LDLR, LDLRAP1, and PCSK9 Genes has Prognostic Significance in Triple-negative Breast Cancer 2025-Jan-20, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291217241219055416 PMID:39838687	研究论文	本研究探讨了胆固醇摄取基因在预测乳腺癌患者生存率中的预后意义	首次系统评估了胆固醇摄取基因在不同乳腺癌亚型中的表达差异及其预后意义	未对HER2阳性亚型的预后预测基因进行深入分析	确定胆固醇摄取基因在乳腺癌患者总体生存率中的预后意义，并评估这种意义在不同乳腺癌亚型中的差异	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	mRNA测序	DESeq2, Fisher's test	mRNA测序数据	来自癌症基因组图谱（TCGA）门户的肿瘤样本
5769	2025-01-23	TLR7/8/9 agonists and low-dose cisplatin synergistically promotes tertiary lymphatic structure formation and antitumor immunity 2025-Jan-19, NPJ vaccines IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41541-024-01055-z PMID:39827246	研究论文	本文探讨了一种新型组合疗法，通过低剂量局部顺铂与TLR7/8/9激动剂（CR108）联合使用，促进三级淋巴结构形成并增强抗肿瘤免疫反应	创新点在于结合低剂量顺铂和CR108，显著增强抗肿瘤反应，促进三级淋巴结构形成，并揭示其作为功能性抗肿瘤效应T细胞库的潜在途径	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究目的是开发一种新型组合疗法，以增强原位疫苗接种的抗肿瘤效果	研究对象为小鼠模型中的4T1和B16肿瘤	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序分析	NA	NA	小鼠模型中的4T1和B16肿瘤
5770	2025-01-23	Analysis of cellular NO-GC expression in the murine heart and lineage determination in angiotensin II-induced fibrosis 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111615 PMID:39829679	研究论文	本文研究了NO敏感鸟苷酸环化酶（NO-GC）在健康和纤维化小鼠心肌中的细胞表达，并探讨了其在心脏纤维化中的作用	首次描述了NO-GC在健康和纤维化心肌中的细胞表达模式，并揭示了其在心脏纤维化中的潜在作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中进行验证	探讨NO-GC在不同心脏细胞类型中的表达及其在心脏纤维化中的作用	小鼠心肌细胞	心血管疾病	心血管疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠心肌组织样本
5771	2025-01-23	Potent human antibodies against SpA5 identified by high-throughput single-cell sequencing of phase I clinical volunteers' B cells 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111627 PMID:39834865	研究论文	本文通过高通量单细胞RNA和VDJ测序技术，从64名接种重组五组分疫苗的志愿者中快速鉴定了针对SpA5的人类抗体	利用高通量单细胞测序技术快速筛选出高效抗体，并结合Alphafold2和分子对接方法预测和验证潜在表位	研究样本量较小，仅涉及64名志愿者	解决抗生素耐药性问题，筛选高效抗体以预防耐药菌感染	64名接种重组五组分疫苗的志愿者的记忆B细胞	生物医学	抗生素耐药性感染	高通量单细胞RNA测序、VDJ测序、Alphafold2、分子对接	NA	单细胞RNA测序数据、VDJ测序数据	64名志愿者的记忆B细胞
5772	2025-01-23	BMP6, a potential biomarker of inflammatory fibrosis and promising protective factor for dilated cardiomyopathy 2025-Jan-15, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-025-01062-9 PMID:39825396	研究论文	本文探讨了BMP6作为炎症性纤维化的潜在生物标志物及其在扩张型心肌病（DCM）中的保护作用	通过Bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、孟德尔随机化分析和动物模型构建，首次揭示了BMP6在DCM中的特异性表达及其抗纤维化作用	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证BMP6的治疗效果	识别和验证DCM心衰的潜在特异性标志物和干预靶点	扩张型心肌病（DCM）患者的心脏组织和动物模型	心血管疾病	扩张型心肌病	Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 孟德尔随机化分析, 动物模型构建, BMP6敲低	NA	RNA-seq数据	NA
5773	2025-01-23	The role of cell cycle-related genes in the tumorigenesis of adrenal and thyroid neuroendocrine tumors 2025-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41457 PMID:39834406	综述	本文综述了肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤中细胞周期相关基因的作用及其在肿瘤发生、进展和转移中的分子机制	总结了当前单细胞RNA测序研究，突出了细胞周期相关基因作为治疗靶点和肿瘤类型或侵袭性判断组件的潜力	关于这些主题的信息仍然有限，需要进一步研究以探索这些肿瘤的调控机制	理解肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤的分子机制和细胞周期相关基因的作用	神经母细胞瘤、甲状腺髓样癌和嗜铬细胞瘤	数字病理学	神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5774	2025-01-23	Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements 2025-01-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025 PMID:39731911	研究论文	本文通过跨物种分析胸腺模拟细胞，揭示了其进化上的古老起源以及保守和物种特异性元素	首次对人类和小鼠的胸腺模拟细胞进行单细胞RNA测序，并整合了斑马鱼的数据，揭示了物种间的保守性和特异性	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本仅来自儿科供体，可能限制了结果的普适性	研究胸腺模拟细胞的进化起源及其在自身免疫中的潜在作用	人类、小鼠和斑马鱼的胸腺模拟细胞	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类儿科供体的胸腺模拟细胞样本
5775	2025-01-23	Integrative Analyses of Single-Cell RNA-Sequencing and Bulk RNA-Sequencing Reveal Prognostic Markers of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients with Cardiogenic Shock Receiving Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Support Collected before Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Establishment 2025-Jan-14, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.4c07339 PMID:39829552	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序的综合分析，揭示了在接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持的急性心源性休克患者中，外周血单核细胞的预后标志物	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，分析了急性心源性休克患者在接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持前的外周血单核细胞，发现了与不良预后相关的B细胞和NK/NKT细胞亚群及其高表达的HSPA1B基因	研究依赖于公共数据库中的数据，且样本量有限，可能影响结果的普遍性	探索外周血单核细胞在急性心源性休克患者中的预后标志物	接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持的急性心源性休克患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Seurat，limma	RNA测序数据	从基因表达综合数据库获取的急性心源性休克患者的外周血单核细胞数据
5776	2025-01-23	Efficient and accurate detection of viral sequences at single-cell resolution reveals putative novel viruses perturbing host gene expression 2025-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.11.571168 PMID:38168363	研究论文	本文介绍了一种基于高度保守氨基酸域的方法，用于在批量和单细胞转录组数据中准确快速地检测病毒序列，从而能够检测覆盖超过10万种病毒物种的RNA病毒	该方法能够在单细胞分辨率下并行分析病毒存在和宿主基因表达，从而表征宿主病毒组并识别病毒趋向性和宿主反应	现有方法依赖于参考基因组或无法通过细胞条形码跟踪保持单细胞分辨率	高效准确地检测病毒感染，以了解其对人类健康的影响并做出准确预测以限制不良影响，如未来的流行病	病毒序列和宿主基因表达	生物信息学	传染病	高通量测序	NA	转录组数据	恒河猴外周血单核细胞数据
5777	2025-01-23	Integrating Prior Knowledge Using Transformer for Gene Regulatory Network Inference 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409990 PMID:39605181	研究论文	本文提出了一种基于Transformer的新框架GRNPT，用于从单细胞RNA测序轨迹中推断基因调控网络，并整合了大型语言模型的嵌入和时序卷积网络自编码器	GRNPT框架结合了大型语言模型和深度学习技术，能够从公开的生物数据中提取知识，并在训练数据有限的情况下显著优于现有的监督和无监督方法	NA	提高基因调控网络推断的准确性和泛化能力	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer, 时序卷积网络（TCN）自编码器	基因表达数据	NA
5778	2025-01-23	Accurate Spatial Heterogeneity Dissection and Gene Regulation Interpretation for Spatial Transcriptomics using Dual Graph Contrastive Learning 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410081 PMID:39605202	研究论文	本文介绍了一种名为stDCL的双图对比学习方法，用于在空间转录组数据中识别空间域并解释基因调控	stDCL通过图嵌入自编码器自适应地结合基因表达数据和空间信息，提出双图对比学习来训练模型，确保潜在嵌入表示与实际空间分布紧密相似并展现聚类相似性	当前方法在区域识别时往往无法同时表征空间结构和基因调控，限制了空间解剖和基因解释的能力	开发一种能够准确捕捉外部空间异质性并解释内部基因调控的方法，以理解组织微环境中的潜在生物学机制	空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学	双图对比学习	基因表达数据和空间信息	复杂皮层数据集
5779	2025-01-23	PPARα agonist ameliorates cholestatic liver injury by regulating hepatic macrophage homeostasis 2025-Jan, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.138510 PMID:39647740	研究论文	本研究探讨了PPARα激动剂通过调节肝脏巨噬细胞稳态来改善胆汁淤积性肝损伤的机制	揭示了PPARα激动剂通过抑制炎症反应、减少中性粒细胞浸润和促进M2样巨噬细胞极化来缓解胆汁淤积性肝损伤的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨PPARα激动剂在胆汁淤积性肝损伤中的免疫调节机制	小鼠模型中的肝脏巨噬细胞	NA	肝病	CyTOF分析、scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据、质谱流式细胞术数据	小鼠模型
5780	2025-01-23	Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402132 PMID:39661721	研究论文	本文介绍了一种计算框架BENEIN，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并通过抑制这些因子实现结直肠癌细胞向正常样肠上皮细胞的重编程	提出了BENEIN计算框架，首次识别出MYB、HDAC2和FOXA2作为主调控因子，并通过实验验证了它们同时抑制能够诱导结直肠癌细胞向正常细胞分化	研究主要基于人类大肠单细胞转录组数据，未涉及其他类型癌症或组织	研究细胞分化轨迹中的主调控因子，并探索其在癌症逆转中的应用	人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞	计算生物学	结直肠癌	单细胞转录组测序	布尔网络推断与控制（BENEIN）	单细胞转录组数据	NA