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当前共找到 10537 篇文献，本页显示第 5761 - 5780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5761 | 2025-10-06 |
Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA
2025-Jul-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11747-y
PMID:40597567
|
研究论文 | 提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA | 开发了无偏识别高相互作用基因的方法，可应用于多种转录组数据，克服现有方法基于强基线假设的局限性 | NA | 研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用 | 乳腺癌中的基质-上皮细胞通讯 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 共表达分析 | WGCNA | bulk转录组、单细胞转录组、空间转录组 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5762 | 2025-10-06 |
cytoKernel: robust kernel embeddings for assessing differential expression of single-cell data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf399
PMID:40658464
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研究论文 | 提出一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel，用于评估单细胞数据的差异表达 | 使用基于核的评分检验，利用单细胞数据的完整概率分布模式检测差异表达，能够识别传统方法忽略的多模态特征变化 | NA | 开发稳健的差异表达分析方法，检测单细胞数据中更细微的表达变化 | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱流式细胞术数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术 | 基于核的评分检验 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 5763 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of gene regulatory networks in the mammary glands of P4HA1-knockout mice
2025-Jul, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011505
PMID:40694594
|
研究论文 | 通过单细胞分析研究P4HA1基因敲除小鼠乳腺中基底上皮细胞的基因调控网络 | 首次在P4HA1敲除小鼠乳腺中应用单细胞网络推断方法结合SCENIC流程构建基因调控网络 | 单细胞数据固有的技术挑战 | 研究P4HA1在小鼠乳腺中的作用及其与乳腺癌的关联 | 对照组和P4HA1敲除小鼠的乳腺基底上皮细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | SCENIC | 单细胞转录组数据 | 两组小鼠（对照组5Ht和P4HA1敲除组6Ho） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5764 | 2025-10-06 |
Bridging the Gap in Breast Cancer Dormancy: Models, Mechanisms, and Translational Challenges
2025-Jun-26, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/ph18070961
PMID:40732251
|
综述 | 本文系统分析乳腺癌休眠研究现状，整合研究空白并提出转化医学优先方向 | 提出整合单细胞多组学、空间转录组学和人源化长期模型的研究框架，强调巨噬细胞靶向治疗和休眠特异性临床试验 | 现有研究数据存在矛盾，模型系统不完善，缺乏可靠生物标志物 | 解析乳腺癌休眠机制并推动临床转化研究 | 播散性肿瘤细胞（DTCs）和肿瘤微环境 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞多组学、空间转录组学、计算分析 | 人源化长期模型 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5765 | 2025-10-06 |
MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT
2025-May-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60295-2
PMID:40450001
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研究论文 | 开发用于单细胞RNA测序分析的MACanalyzeR工具，揭示PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织产热扩张中的作用 | 开发了专门用于单核细胞/巨噬细胞代谢谱分析的scRNAseq工具MACanalyzeR，并首次发现Pparg脂质相关巨噬细胞通过分泌GDF15调节棕色脂肪组织稳态 | 研究仅使用雄性小鼠模型，未涉及雌性动物或人类样本 | 探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能和代谢调节中的作用机制 | 肥胖雄性小鼠模型（db/db和高脂饮食喂养小鼠）的棕色脂肪组织 | 单细胞转录组学 | 肥胖代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两种肥胖小鼠模型（db/db和高脂饮食喂养小鼠） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5766 | 2025-10-06 |
Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636743
PMID:39975302
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研究论文 | 本研究通过食蟹猴模型揭示慢性酒精摄入增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力 | 首次在灵长类动物模型中证实慢性酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力 | 研究仅使用食蟹猴模型，尚未在人类中验证；样本规模有限 | 探究慢性酒精摄入如何影响造血干细胞和祖细胞向破骨细胞的分化能力 | 食蟹猴的造血干细胞和祖细胞及其分化的破骨细胞前体 | 单细胞组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序，光谱流式细胞术，TRAP染色 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 食蟹猴模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5767 | 2025-10-06 |
Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1611951
PMID:40741331
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研究论文 | 通过空间转录组学分析肝细胞癌肿瘤巢中心与边缘区域肿瘤细胞的转录组和基因组特征差异 | 首次在空间维度系统比较肝细胞癌肿瘤巢中心与边缘区域的转录组异质性和拷贝数变异特征 | 样本量较小（8例患者，19个样本），仅基于空间转录组数据 | 探究肝细胞癌肿瘤巢空间异质性的生物学特征 | 肝细胞癌患者的肿瘤巢和肝纤维化结节 | 空间转录组学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学，拷贝数变异分析，基因本体富集分析 | inferCNV | 空间转录组数据，病理组织切片 | 8例肝细胞癌患者的19个空间转录组样本，包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5768 | 2025-10-06 |
Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1499121
PMID:40741411
|
研究论文 | 通过生物信息学分析STC1表达与胃癌免疫浸润的关系 | 首次系统评估STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润和T细胞耗竭的关联 | 基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证 | 评估STC1作为胃癌免疫治疗靶点的潜力 | 胃癌组织和癌旁组织 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序, ssGSEA, TIMER, GSEA | Cox回归分析 | 基因表达数据 | TCGA-STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 5769 | 2025-10-06 |
Identification of CTSC-driven progression in ESCC by single-cell sequencing and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1585139
PMID:40740774
|
研究论文 | 通过单细胞测序和实验验证识别CTSC在食管鳞癌进展中的驱动作用 | 整合三个单细胞数据集揭示食管鳞癌恶性细胞亚型与凋亡途径的关联，首次发现CTSC基因表达与免疫治疗耐药性相关 | 样本量相对有限（18个样本），需要在更大队列中验证CTSC的预后价值 | 研究食管鳞癌肿瘤微环境并构建基于凋亡相关基因的风险特征模型 | 食管鳞癌患者组织样本和细胞系 | 数字病理学 | 食管鳞癌 | 单细胞测序, 免疫组化, 体外实验, 体内实验 | COX回归风险模型, 伪时间分析 | 单细胞RNA测序数据, 免疫组化图像, 实验数据 | 18个样本共92,714个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5770 | 2025-10-06 |
Identification of a stromal immunosuppressive barrier orchestrated by SPP1+/C1QC+ macrophages and CD8+ exhausted T cells driving gastric cancer immunotherapy resistance
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618591
PMID:40740771
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，揭示了胃癌中由SPP1+/C1QC+巨噬细胞和CD8+耗竭T细胞主导的基质免疫抑制屏障 | 首次在胃癌中发现由特定巨噬细胞亚群和耗竭T细胞协同形成的免疫抑制屏障网络，并揭示了MIF信号轴在其中起关键作用 | 研究队列规模有限，需要更大样本验证；机制研究仍需进一步实验证实 | 探索胃癌免疫治疗抵抗的细胞相互作用网络和分子机制 | 胃癌患者免疫细胞及其相互作用网络 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,免疫荧光 | 无监督聚类分析 | 基因表达数据,空间分布数据 | NFHGC队列（具体样本数未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 5771 | 2025-10-06 |
Integrated multi-omics and machine learning reveal an immunogenic cell death-related signature for prognostic stratification and therapeutic optimization in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1606874
PMID:40740776
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法，开发了一个免疫原性细胞死亡相关特征用于结直肠癌的预后分层和治疗优化 | 整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，通过评估101种机器学习组合构建了优化的11基因ICD相关特征，并发现了一个新型巨噬细胞亚型SPP1/SLC11A1 | 需要未来的验证研究来指导个性化治疗策略 | 系统表征免疫原性细胞死在结直肠癌中的预后意义和治疗潜力 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | StepCox [forward], RSF | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5772 | 2025-10-06 |
Integrative spatial and single-cell transcriptomics elucidate programmed cell death-driven tumor microenvironment dynamics in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1589563
PMID:40740783
|
研究论文 | 本研究开发了程序性细胞死亡评分预测模型，用于评估肝细胞癌预后并阐明肿瘤微环境差异 | 整合空间转录组学和单细胞转录组学分析，首次构建PCD评分模型并揭示UBE2E1作为关键致癌标志物 | 回顾性研究设计，样本量有限，需要进一步验证 | 开发程序性细胞死亡评分模型评估肝细胞癌预后并分析肿瘤微环境差异 | 肝细胞癌患者和肿瘤微环境细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 体外实验 | 预测模型 | 转录组数据 | TCGA数据库363例患者 + GEO数据库221例患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5773 | 2025-10-06 |
Deciphering spatially confined immune evasion niches in osteosarcoma with 3-D spatial transcriptomics: a literature review
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1640645
PMID:40740859
|
文献综述 | 通过三维空间转录组学技术解析骨肉瘤中空间受限的免疫逃逸生态位 | 首次系统整合三维空间转录组学技术揭示骨肉瘤中多层次免疫逃逸微环境的空间组织结构 | NA | 阐明骨肉瘤免疫逃逸机制并探索空间指导的联合治疗策略 | 骨肉瘤肿瘤微环境及其空间组织结构 | 空间转录组学 | 骨肉瘤 | 三维空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基于条形码的转录本捕获与体积重建技术 |
| 5774 | 2025-10-06 |
Natural killer cell as a potential predictive biomarker for early immune checkpoint inhibitor-associated cardiovascular adverse events: a retrospective cohort study
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1556373
PMID:40740863
|
研究论文 | 本研究探讨外周免疫细胞对免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的预测价值 | 首次发现基线NK细胞比例可作为早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的潜在预测生物标志物 | 回顾性研究设计，样本量有限，需要更大规模的前瞻性研究验证 | 评估外周免疫细胞在预测早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件中的价值 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，倾向评分匹配，受试者工作特征曲线分析 | 逻辑回归模型 | 单细胞RNA测序数据，临床数据 | 203名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5775 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Analysis Combined with Machine Learning Identified FABP4 in Smooth Muscle Cells as a Pathogenic Factor in Atherosclerosis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519114
PMID:40740974
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和机器学习方法，识别出平滑肌细胞中的FABP4作为动脉粥样硬化的致病因子 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习技术鉴定出与动脉粥样硬化相关的Scissor+平滑肌细胞亚群，并发现FABP4作为关键致病因子 | 研究主要基于公共数据库和体外实验，需要进一步体内实验验证 | 探索平滑肌细胞在动脉粥样硬化发病机制中的作用并寻找治疗靶点 | 平滑肌细胞(SMCs)，特别是与动脉粥样硬化相关的Scissor+ SMCs亚群 | 生物信息学，机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，机器学习，qRT-PCR，药物预测 | LASSO回归，随机森林，支持向量机 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 475个Scissor+ SMCs和1363个Scissor- SMCs，来自多个公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5776 | 2025-10-06 |
Endothelial Tgfbr2 Deficiency Ameliorate Liver Fibrosis Through Regulating Angiocrine Signalling and Macrophage Accumulation
2025-Sep, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70227
PMID:40747899
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研究论文 | 本研究探讨了肝窦内皮细胞中TGF-β信号通过调节血管分泌信号和巨噬细胞积累在肝纤维化中的作用 | 首次揭示内皮细胞特异性Tgfbr2缺失通过调节血管分泌信号和巨噬细胞趋化改善肝纤维化的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床转化价值需进一步验证 | 研究肝窦内皮细胞中TGF-β信号在肝纤维化进程中的具体作用机制 | 肝窦内皮细胞、巨噬细胞、肝纤维化小鼠模型 | 单细胞基因组学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, RNA测序, qPCR, western blotting, 流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像, 流式细胞数据 | 健康个体和肝硬化患者的单细胞RNA测序数据集, 内皮细胞特异性Tgfbr2敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 5777 | 2025-10-06 |
Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 12A Enhances Retinal Ganglion Cell Survival and Promotes Axon Regeneration
2025-Aug-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500988RR
PMID:40747811
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现Tnfrsf12a/Fn14能增强视网膜神经节细胞存活并促进轴突再生 | 首次发现Tnfrsf12a/Fn14在αRGCs/ipRGCs中富集于轴突再生相关生物过程，并证实其双重神经保护和再生功能 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在更高等哺乳动物验证 | 探索增强视网膜神经节细胞存活和轴突再生的转录通路 | 小鼠视网膜神经节细胞 | 神经科学 | 视神经损伤 | 单细胞RNA测序，AAV病毒载体，免疫染色，电生理记录 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据，电生理数据 | 小鼠视神经损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5778 | 2025-10-06 |
A primer on single-cell RNA-seq analysis using dendritic cells as a case study
2025-Jul, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.15009
PMID:39245787
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综述 | 本文以树突状细胞为例，为免疫学家提供单细胞RNA测序分析的全面入门指南 | 通过树突状细胞这一典型免疫细胞案例，系统整合单细胞转录组学分析工具与方法，填补了该领域实践指导的空白 | 作为入门指南未涉及高级分析方法，且主要聚焦于树突状细胞这一特定细胞类型 | 为免疫学家提供单细胞转录组学分析的实践指导，促进该技术在免疫学研究中的应用 | 树突状细胞及其亚群 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5779 | 2025-10-06 |
When is prostate cancer really cancer?
2025-Mar-01, Journal of the National Cancer Institute
DOI:10.1093/jnci/djae200
PMID:39350309
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综述 | 探讨前列腺癌分级组1是否应被归类为癌症的国际研讨会观点总结 | 提出基于空间转录组学证据重新定义前列腺癌诊断标准，挑战传统病理学分类 | 患者在没有癌症诊断情况下是否愿意接受持续监测尚不明确 | 降低前列腺癌死亡率同时减少过度诊断和过度治疗带来的危害 | 前列腺癌分级组1的诊断标准和临床意义 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 组织切片 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5780 | 2025-10-06 |
Generating Neuroimmune Assembloids Using Human Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Derived Cortical Organoids and Microglia
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2024_554
PMID:38976205
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研究论文 | 开发了一种利用人诱导多能干细胞衍生的皮质类器官和小胶质细胞生成神经免疫组装体的新方法 | 首次将小胶质细胞整合到皮质类器官中形成神经免疫组装体，确保小胶质细胞的长期存活和成熟 | 未明确说明组装体的长期稳定性和功能验证的充分性 | 建立包含免疫细胞的脑类器官模型以研究神经系统疾病 | 人诱导多能干细胞衍生的皮质类器官和小胶质细胞 | 干细胞与类器官技术 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序,免疫染色,冷冻切片 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |