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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5761 | 2025-10-06 |
Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension
2025-Jan, ERJ open research
IF:4.3Q1
DOI:10.1183/23120541.00486-2024
PMID:39811555
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肺动脉高压患者外周血单核细胞,揭示血管扩张剂对炎症重编程的逆转作用 | 首次在单细胞水平定义肺动脉高压患者血液中的炎症重编程特征,并证明血管扩张剂具有抗炎活性 | 样本量较小(总样本数20),且仅观察了3个月的治疗效果 | 探究血管扩张剂是否逆转肺动脉高压患者的炎症激活状态 | 肺动脉高压患者(特发性PAH和系统性硬化相关PAH)和非PAH对照的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 网络分析 | 系统生物学方法 | 单细胞转录组数据 | 20个样本(3对照,4未治疗PAH,7 PDE5i治疗,6 PDE5i+macitentan治疗) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5762 | 2025-10-06 |
Integrated Multi-Omics Profiling Identifies PDZ-Binding Kinase (PBK) as a Novel Prognostic Biomarker in Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S493907
PMID:40697330
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研究论文 | 通过多组学分析鉴定PDZ结合激酶(PBK)作为肝细胞癌的新型预后生物标志物 | 首次发现PBK通过三种协同机制驱动HCC进展:促进致癌突变积累、增加转移潜力和重编程免疫抑制微环境 | 研究基于TCGA数据库和细胞系验证,需要更多临床样本验证 | 鉴定肝细胞癌的新型免疫治疗靶点和预后生物标志物 | 肝细胞癌患者和Huh7肝癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 差异表达筛选, siRNA敲低, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA-LIHC队列和Huh7细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5763 | 2025-10-06 |
Integrated Transcriptomic Analysis Provided Diagnostic and Pathophysiological Insights for Epilepsy
2025, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/jimr/5925485
PMID:40697415
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研究论文 | 本研究通过整合转录组数据分析,识别了与癫痫相关的关键基因并构建了诊断模型 | 首次整合多个癫痫数据集和单细胞测序数据,识别出四个关键基因并构建具有良好区分能力的诊断模型 | 研究基于公共数据库的现有数据,缺乏实验验证和独立队列验证 | 探索癫痫的分子诊断标志物和病理生理机制 | 癫痫患者的转录组数据 | 生物信息学 | 癫痫 | 转录组测序, 单细胞测序, 差异表达分析, 蛋白互作网络分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 两个癫痫数据集(GSE143272和GSE32534)和一个单细胞测序数据集(GSE201048) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5764 | 2025-10-06 |
Mechanistic Insights into Shenzhuo Formula for Diabetic Retinopathy: Integrating UPLC-Q-TOF-MS/MS, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing Data, and Experimental Validation
2025, Drug design, development and therapy
DOI:10.2147/DDDT.S505055
PMID:40698062
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研究论文 | 本研究整合多种技术方法探究参术方治疗糖尿病视网膜病变的作用机制 | 首次结合UPLC-Q-TOF-MS/MS、网络药理学、单细胞RNA测序数据和实验验证系统研究参术方治疗糖尿病视网膜病变的机制 | 需要进一步的实验验证来确认具体作用机制 | 探究参术方治疗糖尿病视网膜病变的作用机制 | db/db糖尿病模型小鼠和临床样本数据 | 生物医学研究 | 糖尿病视网膜病变 | UPLC-Q-TOF-MS/MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 免疫荧光染色 | 动物模型 | 质谱数据, 单细胞转录组数据, 影像数据, 病理数据 | db/db小鼠模型和GSE245561数据集临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱分析 | NA | NA |
| 5765 | 2025-10-06 |
POSTN is exclusively activated in cancer-associated fibroblasts and leads to unfavorable prognosis of patients with gastric cancer
2025-Sep, Molecular and clinical oncology
IF:1.4Q4
DOI:10.3892/mco.2025.2877
PMID:40692747
|
研究论文 | 本研究通过分析胃癌肿瘤微环境,发现POSTN在癌症相关成纤维细胞中特异性激活并与不良预后相关 | 首次揭示POSTN在胃癌CAFs中特异性高表达,并受YAP1/TEAD1共转录因子直接调控 | 研究主要基于公共数据库和免疫组化数据,需要进一步实验验证机制 | 探索胃癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的分子标志物及其在耐药性中的作用 | 胃癌患者肿瘤样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据,组织染色图像 | 内部队列胃癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5766 | 2025-10-06 |
Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era
2025-Aug, Molecular ecology
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/mec.17378
PMID:38721834
|
综述 | 探讨基因组时代新技术对非模式生物基因表达研究的潜在影响 | 提出将长读长测序和单细胞RNA测序技术整合应用于生态基因组学研究的新视角 | NA | 评估新兴基因组技术对非模式生物基因表达研究的推动作用 | 非模式生物的基因表达研究 | 生态基因组学 | NA | 长读长测序, 单细胞RNA测序, 传统RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5767 | 2025-10-06 |
NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells
2025-Aug, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014
PMID:39733935
|
研究论文 | 本研究揭示NFATc1通过促进CD8+T细胞向Tc17细胞分化来增强过敏性接触性皮炎反应 | 首次发现NFATc1通过调控CD8+T细胞分化命运,促进Tc17细胞生成并加重过敏性接触性皮炎 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究NFATc1在过敏性接触性皮炎发病机制中的作用 | 小鼠CD8+T细胞和过敏性接触性皮炎模型 | 免疫学 | 过敏性接触性皮炎 | 单细胞RNA测序,细胞极化实验,过继转移实验 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 野生型和Nfatc1条件性敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5768 | 2025-10-06 |
Long-Term High-Fat Diet Affected Bone Marrow Microenvironment During Aging at Single-Cell Resolution
2025-Aug, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70276
PMID:40692664
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示长期高脂饮食对衰老过程中骨髓微环境的影响 | 首次在单细胞分辨率下系统阐明长期高脂饮食通过骨髓微环境加速衰老的机制,发现骨髓巨噬细胞中Chil3和Fabp4上调及Ptn-Sdc3、Cxcl12-Cxcr4轴等新型信号通路 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究长期高脂饮食如何通过影响骨髓微环境加速衰老过程 | 长期高脂饮食喂养的衰老小鼠模型及其骨髓细胞 | 单细胞组学 | 骨质疏松 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | LHA小鼠模型的骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5769 | 2025-10-06 |
Generation of Porcine Blastoids from Embryonic Stem Cells
2025-Jul-25, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_651
PMID:40705202
|
研究论文 | 本研究开发了一种从猪胚胎干细胞生成类囊胚结构的方法 | 建立了首个猪胚胎干细胞来源的类囊胚三维两步分化策略 | NA | 开发大动物胚胎发育研究模型以加速育种进程 | 猪胚胎干细胞和类囊胚结构 | 发育生物学 | NA | 三维分化策略、单细胞转录组分析 | NA | 形态学数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5770 | 2025-10-06 |
Enhancing and accelerating cell type deconvolution of large-scale spatial transcriptomics slices with dual network model
2025-Jul-24, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf419
PMID:40704686
|
研究论文 | 提出一种基于双网络模型的快速细胞类型反卷积算法jMF2D,用于增强大规模空间转录组切片的细胞类型解析 | 通过联合学习细胞类型相似性网络来桥接scRNA-seq和空间转录组数据,提高细胞类型特征的准确性,同时节省约90%的运行时间 | NA | 开发快速准确的细胞类型反卷积算法以分析空间转录组数据 | 空间转录组切片中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 非负矩阵分解,网络模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 5771 | 2025-10-06 |
Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair
2025-Jul-23, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb00706b
PMID:40566954
|
研究论文 | 本研究开发了一种脱细胞小肠水凝胶递送系统,用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞,通过免疫调节和组织修复缓解小鼠结肠炎 | 首次将脱细胞小肠水凝胶与骨髓间充质干细胞结合,通过直肠靶向给药治疗结肠炎,展现出优于传统PLGA-PEG-PLGA水凝胶的生物活性和治疗效果 | 需要进一步研究水凝胶与干细胞的相互作用机制,优化给药方案,并通过单细胞RNA测序阐明免疫调节机制 | 开发有效的炎症性肠病治疗策略 | 小鼠结肠炎模型和大鼠骨髓间充质干细胞 | 组织工程与再生医学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5772 | 2025-10-06 |
Down-regulation of IGFBP2 mediates endometrial epithelial cells senescence in thin endometrium
2025-Jul-23, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf032
PMID:40700608
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现IGFBP2下调介导子宫内膜上皮细胞衰老是薄型子宫内膜的关键致病机制 | 首次在单细胞水平揭示IGFBP2通过PI3K/AKT信号通路调控PTEN活性影响P21积累介导细胞衰老的新机制 | 研究样本量有限,动物模型通过刮宫联合H2O2灌注建立可能与人类自然发病机制存在差异 | 探究薄型子宫内膜的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 薄型子宫内膜患者样本、人原代子宫内膜上皮细胞、Ishikawa细胞系、TE小鼠模型 | 单细胞生物学 | 妇科生殖疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5773 | 2025-10-06 |
Integrative causal and single-cell analyses reveal genes responsive to endocrine disruptors driving human male infertility
2025-Jul-22, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118709
PMID:40700968
|
研究论文 | 通过整合因果分析和单细胞测序技术,揭示内分泌干扰物响应基因在男性不育症中的作用机制 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序,系统鉴定与内分泌干扰物相关的男性不育致病基因 | 研究主要基于遗传变异和基因表达数据,需要进一步实验验证具体的分子机制 | 探索内分泌干扰物通过调控基因表达导致男性不育的分子机制 | 人类睾丸组织及与男性不育相关的基因 | 单细胞组学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 共定位分析 | NA | 基因表达数据, 遗传变异数据, 单细胞转录组数据 | 大规模cis-eQTL和GWAS数据集,包含人类睾丸组织单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5774 | 2025-10-06 |
Sceptic: pseudotime analysis for time-series single-cell sequencing and imaging data
2025-Jul-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03679-3
PMID:40676652
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研究论文 | 提出一种用于时间序列单细胞数据的监督式伪时间分析方法Sceptic | 开发基于支持向量机的监督式伪时间分析方法,显著提高预测准确性并适用于多种单细胞数据类型 | NA | 解决现有单细胞伪时间分析方法预测准确性低且难以泛化到不同数据类型的问题 | 时间序列单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和显微镜图像数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、显微镜成像 | 支持向量机(SVM) | 单细胞测序数据、图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞成像 | NA | NA |
| 5775 | 2025-10-06 |
Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis
2025-Jul-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881
PMID:40393458
|
研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学技术揭示结直肠癌转移过程中的表型异质性与可塑性调控机制 | 首次发现具有再生和炎症表型的中间态癌细胞群体,并鉴定AP-1和NF-κB作为关键转录调控因子 | 未明确说明样本量具体数值,调控机制验证需进一步实验证实 | 探究结直肠癌转移过程中表型异质性的调控因素和外在信号 | 原发性和转移性结直肠癌患者样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞多组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 5776 | 2025-10-06 |
SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data
2025-Jul-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893
PMID:40480216
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研究论文 | 开发SpaLinker集成框架,通过整合空间转录组和bulk RNA-seq数据识别与表型相关的肿瘤微环境空间特征 | 首创表型驱动的计算框架,整合空间和bulk测序数据,在分子、细胞和组织结构三个层面解析空间分辨的肿瘤微环境 | 空间测序样本的临床注释数据稀缺 | 建立空间特征与临床表型的定量关联 | 肿瘤微环境空间特征 | 空间转录组学 | 泛癌种 | 空间转录组测序,bulk RNA-seq | 计算框架 | 空间转录组数据,bulk RNA-seq数据 | 多种肿瘤空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5777 | 2025-10-06 |
Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions
2025-Jul-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538
PMID:40541174
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研究论文 | 本研究揭示了整合素β1在调控人类多能干细胞状态转换过程中对集落形态的关键作用 | 首次发现整合素β1活性通过调节细胞骨架和ERK信号通路控制多能干细胞状态转换过程中的集落形态重组 | 研究仅限于体外细胞模型,未涉及体内验证 | 探究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞naive样和primed状态转换中的作用机制 | 人类诱导多能干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞转录组分析, 功能分析 | NA | 基因表达数据, 形态学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5778 | 2025-10-06 |
PROFET Predicts Continuous Gene Expression Dynamics from scRNA-seq Data to Elucidate Heterogeneity of Cancer Treatment Responses
2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.27.662030
PMID:40631077
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研究论文 | 开发PROFET计算框架从稀疏采样的单细胞RNA测序数据重建连续基因表达动态轨迹 | 提出基于Lipschitz正则化梯度流和神经力匹配的粒子流方法,首次实现从静态单细胞数据推断连续非线性基因表达动态 | 方法依赖于时间戳样本的可用性,在极稀疏采样情况下性能可能受限 | 研究癌症治疗响应异质性,特别是激素受体阳性乳腺癌对帕博西尼的治疗反应 | 小鼠和人类单细胞RNA测序数据,包括帕博西尼耐药乳腺癌细胞系和患者来源数据集 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 神经网络,梯度流模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5779 | 2025-10-06 |
Single-cell and spatial transcriptome analysis revealed cellular heterogeneity of glycosyltransferases in cervical cancer, and identified GALNT3-negative epithelial cells as a protective factor: a retrospective cohort study based on public database
2025-07-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002520
PMID:40387729
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析揭示宫颈癌中糖基转移酶的细胞异质性,发现GALNT3阴性上皮细胞是保护性因素 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学分析宫颈癌中糖基转移酶的细胞异质性,鉴定出GALNT3阴性上皮细胞作为保护因子 | 基于公共数据库的回顾性队列研究,需要进一步实验验证 | 探索糖基转移酶在宫颈癌中的作用机制 | 宫颈癌患者样本和细胞系 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 基于公共数据库的回顾性队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5780 | 2025-10-06 |
Evaluation of tumor pseudocapsule using computed tomography-based radiomics in pancreatic neuroendocrine tumors to predict prognosis and guide surgical strategy: a cohort study
2025-07-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002511
PMID:40395025
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研究论文 | 本研究通过CT影像组学评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态,以预测预后并指导手术策略 | 首次结合CT影像组学和机器学习术前识别假包膜状态,为小胰腺神经内分泌肿瘤的手术方式选择提供依据 | 单中心回顾性研究,样本量有限,需要外部验证 | 评估胰腺神经内分泌肿瘤假包膜状态对预后的影响并指导手术决策 | 胰腺神经内分泌肿瘤患者 | 医学影像分析 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序,CT影像组学分析 | 机器学习模型 | 医学影像,临床病理数据,单细胞测序数据 | 475例胰腺神经内分泌肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |