单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5741	2025-01-27	Aberrant c-AMP signalling in richter syndrome revealed by single-cell transcriptome and 3D chromatin analysis 2025-Jan-23, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00723-5 PMID:39849544	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高通量染色体构象捕获技术，揭示了Richter综合征（RS）中cAMP信号通路的异常及其在B细胞转化中的作用	首次结合单细胞RNA测序和Hi-C技术，全面解析了RS中的B细胞转化和染色质结构变化，并发现了cAMP信号通路的异常	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小，可能限制了结果的普适性	揭示Richter综合征的分子机制，特别是cAMP信号通路在B细胞转化中的作用	Richter综合征患者的DLBCL-RS样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量染色体构象捕获（Hi-C）	NA	单细胞RNA测序数据、染色质构象数据	超过10,000个细胞
5742	2025-01-26	Epigenomics-guided precision oncology: Chromatin variants in prostate tumor evolution 2025-Jan-23, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35327 PMID:39853587	review	本文探讨了表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，特别是染色质变异如何促进肿瘤进化和治疗抵抗	提出了染色质变异作为表观基因组异质性的基本单位，并探讨了其在指导精准肿瘤学新时代中的潜力	主要基于现有研究的综述，缺乏新的实验数据支持	探索表观基因组异质性在前列腺癌中的作用，以改善患者治疗效果	前列腺癌细胞中的染色质变异	digital pathology	prostate cancer	单细胞测序和液体活检表观基因组分析	NA	表观基因组数据	NA
5743	2025-01-26	The role of MRO as an M2 macrophage-associated gene in non-small cell lung cancer: insights into immune infiltration, prognostic significance, and therapeutic implications 2025-Jan-21, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01817-8 PMID:39838218	研究论文	本研究探讨了M2巨噬细胞相关基因MRO在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用，重点关注免疫浸润、预后意义和治疗潜力	首次系统性地研究了MRO基因在NSCLC中的表达及其与M2巨噬细胞的关联，并评估了其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于TCGA数据库的样本，缺乏外部验证队列，且未进行实验验证	探讨MRO基因在非小细胞肺癌中的免疫浸润、预后意义和治疗潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）样本，包括肺腺癌（LUAD）和肺鳞状细胞癌（LUSC）	数字病理学	肺癌	CIBERSORT算法、单细胞RNA测序、ESTIMATE算法、TIDE和Submap分析	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA数据库中的NSCLC样本
5744	2025-01-26	Exploring the utility of snRNA-seq in profiling human bladder tissue: A comprehensive comparison with scRNA-seq 2025-Jan-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111628 PMID:39850354	研究论文	本文探讨了单核RNA测序（snRNA-seq）在分析人类膀胱组织中的效用，并与单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行了全面比较	比较了snRNA-seq和scRNA-seq在表征下泌尿道（LUT）细胞类型中的优势和局限性，特别是在人类膀胱组织中的应用	不同组织中的比较研究结果不一致，snRNA-seq在细胞类型识别方面存在挑战	确定snRNA-seq和scRNA-seq在表征下泌尿道细胞类型中的优势和局限性	人类膀胱组织	生物信息学	NA	snRNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
5745	2025-01-26	Novel Integration of Spatial and Single-Cell Omics Data Sets Enables Deeper Insights into IPF Pathogenesis 2025-Jan-13, Proteomes IF:4.0Q2 DOI:10.3390/proteomes13010003 PMID:39846634	研究论文	本文通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，深入研究了特发性肺纤维化（IPF）的发病机制，并识别了与疾病相关的细胞类型和潜在治疗靶点	创新性地整合了空间转录组学、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学数据，提供了对IPF发病机制的更深入理解，并验证了方法的通用性	研究主要基于已发表的数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	研究目标是识别与IPF发病机制相关的细胞类型和潜在治疗靶点	研究对象为特发性肺纤维化（IPF）患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微切割质谱	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	基于已发表的数据集，具体样本数量未明确
5746	2025-01-26	A comprehensive analysis framework for evaluating commercial single-cell RNA sequencing technologies 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1186 PMID:39675380	研究论文	本研究评估了九种商业化的单细胞RNA测序（scRNA-seq）试剂盒，并引入了一个新的度量标准——读取利用率，以区分不同试剂盒的性能	引入了读取利用率这一新度量标准，用于评估scRNA-seq试剂盒将测序读取转化为可用计数的效率	研究仅使用了来自单一供体的外周血单核细胞（PBMCs），可能限制了结果的普适性	评估和比较商业化的单细胞RNA测序技术，以促进单细胞研究的有效实施	九种商业化的单细胞RNA测序试剂盒	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	169,262个细胞
5747	2025-01-25	Zinc ions facilitate metabolic bioenergetic recovery post spinal cord injury by activating microglial mitophagy through the STAT3-FOXO3a-SOD2 pathway 2025-Feb-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.11.045 PMID:39613048	研究论文	本研究探讨了锌离子通过激活小胶质细胞线粒体自噬，促进脊髓损伤后代谢能量恢复的机制	揭示了锌离子通过STAT3-FOXO3a-SOD2轴调控线粒体基因表达，改善小胶质细胞能量稳态的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索锌离子在脊髓损伤后小胶质细胞代谢恢复中的作用	脊髓损伤后的小胶质细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5748	2025-01-25	Single-cell analysis of human peripheral blood reveals high immune response activity in successful ageing individuals 2025-Feb, Mechanisms of ageing and development IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.mad.2024.112011 PMID:39622417	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）外周血的免疫系统动态调控及其分子机制	揭示了成功老龄化个体中CD8效应记忆T细胞和终末分化B细胞的富集，以及CD56 NK细胞中Fc-γ受体信号通路的激活，这些发现可能作为健康老龄化的生物标志物	样本量相对较小，仅包括7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照	研究老龄化过程中免疫系统的动态调控及其分子机制	成功老龄化个体（百岁老人和超级百岁老人）的外周血单核细胞	生物信息学	老年病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	87,215个外周血单核细胞，来自7名超级百岁老人、3名百岁老人和4名老年对照
5749	2025-01-25	Cellular heterogeneity and cytokine signatures in acute myeloid leukemia: A novel prognostic model 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102194 PMID:39689517	研究论文	本研究利用高分辨率单细胞RNA测序技术，解析了急性髓性白血病（AML）的复杂细胞景观，并构建了一个基于七种关键细胞因子相关基因的预后风险评分模型	通过单细胞RNA测序揭示了AML的细胞异质性，并首次构建了一个基于细胞因子相关基因的预后风险评分模型，该模型在多个独立AML患者队列中验证了其强大的预后能力	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	解析AML的细胞异质性并开发一个临床适用的预后风险评分模型	AML患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	预后风险评分模型	RNA测序数据	多个独立AML患者队列
5750	2025-01-25	Heterogeneity of cancer-associated fibroblast subpopulations in prostate cancer: Implications for prognosis and immunotherapy 2025-Feb, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102255 PMID:39721245	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群的多样性及其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	首次系统性地描述了前列腺癌中CAF的四个主要亚群，并构建了反映这些亚群临床相关性的预后模型	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	阐明癌症相关成纤维细胞在前列腺癌肿瘤微环境中的多重作用，特别是其对疾病预后和免疫治疗策略的影响	前列腺癌样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	前列腺癌样本
5751	2025-01-25	Novel photocrosslinking chemical probes utilized for high-resolution spatial transcriptomics 2025-Jan-20, RSC chemical biology IF:4.2Q2 DOI:10.1039/d4cb00262h PMID:39845105	研究论文	本文介绍了一种名为CrossSeq的新技术，利用光交联荧光探针和共聚焦显微镜激活，在固定细胞上标记用户定义的感兴趣区域，用于多重空间转录组分析	开发了CrossSeq技术，结合光交联荧光探针和共聚焦显微镜，提高了空间转录组分析的分辨率和多重性	目前的技术在标记的空间分辨率、可测序的RNA数量以及在同一组织景观中分离空间上不同的细胞方面仍存在限制	解决现有空间转录组分析技术在空间分辨率和多重性方面的限制	固定细胞和MDA-MB-231-LM2转移性癌症迁移模型	空间转录组学	癌症	光交联荧光探针、共聚焦显微镜、流式细胞术	NA	RNA表达数据	NA
5752	2025-01-25	Bulk and single-cell transcriptome revealed the metabolic heterogeneity in human glioma 2025-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41241 PMID:39844970	研究论文	本文通过整合分析多个数据集，揭示了人类胶质瘤中的代谢异质性，并开发了一种基于四种关键代谢途径的分类系统	开发了一种新的胶质瘤分类系统，揭示了代谢异质性，并提供了单细胞转录组数据的新见解	未明确说明样本的具体数量及来源	揭示胶质瘤的代谢异质性，开发基于代谢途径的分类系统	人类胶质瘤	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组分析、空间转录组分析	ConsensusClusterPlus、CellChat、stLearn	转录组数据	未明确说明
5753	2025-01-25	Clinical and immunological outcomes after randomized trial of baked milk oral immunotherapy for milk allergy 2025-Jan-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184301 PMID:39782691	研究论文	本研究评估了烘焙牛奶口服免疫疗法（BMOIT）在牛奶过敏儿童中的安全性和有效性，并探讨了其免疫学相关变化	首次通过随机试验评估BMOIT在减少不良反应的同时诱导脱敏的效果，并识别了成功的BMOIT的免疫学相关性	样本量较小（30名儿童），且研究仅针对3-18岁的牛奶过敏儿童	确定BMOIT是否能减少不良反应并诱导脱敏，并识别成功的BMOIT的免疫学相关性	3-18岁的牛奶过敏儿童	免疫学	牛奶过敏	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	免疫学数据、临床数据	30名3-18岁的牛奶过敏儿童
5754	2025-01-25	Targeting the NLRP3 inflammasome abrogates cardiotoxicity of immune checkpoint blockers 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010127 PMID:39773567	研究论文	本研究探讨了通过抑制NLRP3炎性小体来减轻免疫检查点抑制剂（ICIs）引起的心脏毒性，并保持或增强其抗肿瘤免疫效果	首次提出通过抑制NLRP3炎性小体来同时减轻心脏毒性和增强抗肿瘤免疫效果，为临床治疗提供了新策略	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	寻找有效减轻心脏毒性并保持或增强抗肿瘤免疫效果的方法	黑色素瘤携带的C57BL/6J雌性小鼠	免疫治疗	心血管疾病	MCC950抑制NLRP3炎性小体活性，超声心动图，免疫荧光，流式细胞术，逆转录定量PCR，RNA测序	NA	RNA测序数据，免疫细胞数据，炎症因子数据	黑色素瘤携带的C57BL/6J雌性小鼠
5755	2025-01-25	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	本研究通过构建一个全面的转录和表观遗传图谱，预测了九种CD8 T细胞分化状态的转录因子活性，揭示了新的调控机制，并通过CRISPR筛选和单细胞RNA测序验证了特定转录因子的作用	发现了新的TEX特异性转录因子如ZSCAN20、JDP2和ZFP324，并揭示了它们在肿瘤控制中的重要作用，同时鉴定了多状态转录因子如HIC1和GFI1	研究主要集中于CD8 T细胞，未涉及其他类型的T细胞或免疫细胞	精确编程T细胞状态以改善病毒感染和癌症中的免疫反应	CD8 T细胞的分化状态	生物信息学	癌症	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（Perturb-seq）	NA	转录组数据、表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态
5756	2025-01-25	Spatial transcriptomics of healthy and fibrotic human liver at single-cell resolution 2025-Jan-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55325-4 PMID:39747812	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH）技术，研究了健康和纤维化人类肝脏在单细胞分辨率下的空间转录组学	首次在单细胞分辨率下描述了人类肝脏的空间组织，揭示了肝细胞的区域分布、巨噬细胞和间充质细胞亚群的空间解析，以及肝细胞多倍体与基因表达的关系	研究主要集中于肝脏，未涉及其他器官或疾病模型	研究健康和纤维化人类肝脏在单细胞分辨率下的空间转录组学，以揭示疾病驱动的细胞和空间重塑	健康和纤维化的人类肝脏	数字病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	未明确提及样本数量，但涉及健康和纤维化肝脏样本
5757	2025-01-25	Altered Atlas of Exercise-Responsive MicroRNAs Revealing miR-29a-3p Attacks Armored and Cold Tumors and Boosts Anti-B7-H3 Therapy 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0590 PMID:39845707	研究论文	本研究揭示了运动响应性microRNA miR-29a-3p在乳腺癌及多种癌症中的肿瘤抑制作用，并开发了基于miR-29a-3p的抗肿瘤疗法	首次发现miR-29a-3p作为运动响应性microRNA，通过抑制B7-H3表达攻击装甲和冷肿瘤，并开发了基于miR-29a-3p的脂质体疗法	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索运动响应性microRNA在癌症中的作用机制，并开发基于miR-29a-3p的抗肿瘤疗法	乳腺癌及多种癌症类型	肿瘤学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）	小鼠模型	RNA测序数据、细胞实验数据	多个独立公共和内部队列、体外实验涉及多种细胞类型、小鼠模型
5758	2025-01-24	Inhibition of programmed cell death by melanoma cell subpopulations reveals mechanisms of melanoma metastasis and potential therapeutic targets 2025-Jan-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01789-9 PMID:39832036	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了黑色素瘤转移的特定机制，并探讨了程序性细胞死亡在黑色素瘤发展中的作用	通过单细胞测序技术细分黑色素瘤细胞亚群，揭示了C0 SOD3+黑色素瘤细胞亚群与氧化途径在转移性肿瘤组织中的密切关系，并构建了与黑色素瘤预后相关的预测模型	研究中未提及样本量，可能影响结果的普遍性	探讨黑色素瘤转移的机制及潜在治疗靶点	黑色素瘤细胞亚群	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序	预测模型	基因表达数据	NA
5759	2025-01-24	Revolutionizing ESCC prognosis: the efficiency of tumor-infiltrating immune cells (TIIC) signature score 2025-Jan-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01709-3 PMID:39833504	研究论文	本文开发了一种基于肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）特征评分的模型，用于预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后	首次开发了TIIC特征评分模型，为ESCC的预后和免疫治疗提供了新的策略和指导	NA	评估TIIC特征评分在ESCC预后中的有效性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	转录组数据、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	转录组数据、单细胞RNA测序数据	从GEO和TCGA数据库中提取的ESCC样本
5760	2025-01-24	Integrative single-cell and multi-omics analyses reveal ferroptosis-associated gene expression and immune microenvironment heterogeneity in gastric cancer 2025-Jan-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01798-8 PMID:39831925	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了胃癌中铁死亡相关基因表达和免疫微环境异质性	首次在胃癌中系统性地研究了铁死亡相关基因的表达及其与免疫微环境的关联，并利用机器学习算法构建了高预测准确性的模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探索胃癌中铁死亡相关基因的表达及其在肿瘤微环境中的作用	胃癌细胞及其微环境中的免疫细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、ssGSEA分析、机器学习算法	机器学习模型	RNA测序数据	未明确提及样本数量