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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5741 | 2025-10-06 |
Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer
2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00485-8
PMID:39794360
|
研究论文 | 提出一种基于Transformer的深度学习模型TraCSED,用于分析乳腺癌中克隆选择和基因表达动态,揭示耐药机制 | 开发了首个基于Transformer的动态深度学习方法来建模克隆选择过程,能够识别与克隆选择相关的可解释基因程序及其时间动态 | 仅针对乳腺癌特定治疗药物进行研究,未验证在其他癌症类型或治疗方案的普适性 | 研究癌症细胞转录异质性及其对治疗反应的影响,识别耐药机制 | 乳腺癌细胞系,使用giredestrant(选择性ER拮抗剂和降解剂)或palbociclib(CDK4/6抑制剂)处理的细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,克隆条形码技术 | Transformer | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5742 | 2025-10-06 |
CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data
2025-Jan-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739
PMID:39788105
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研究论文 | 开发了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP,用于从大规模单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序 | 提出首个基于GPU的无监督学习方法,能够在大规模单细胞RNA测序数据中一致且可扩展地推断基因表达程序 | 未详细说明参数选择的具体方法,且仅在小鼠脑图谱和人类肿瘤数据集上验证 | 开发可扩展的无监督学习方法以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督机器学习 | 基因表达数据 | 220万个小鼠脑细胞及人类肿瘤和细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5743 | 2025-10-06 |
Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models
2025-Jan-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adk8623
PMID:39772774
|
研究论文 | 本研究通过三维细胞和体内模型揭示了缺氧诱导因子2在重复损伤后肺泡再生中的调控作用 | 首次发现HIF2信号通路在异常上皮细胞中的持续激活,并证明靶向抑制HIF2可促进功能性肺泡修复 | 研究主要基于动物模型和类器官,需要进一步验证在人类患者中的效果 | 探究特发性肺纤维化中异常上皮细胞出现和持续存在的机制 | IPF患者、小鼠模型、小鼠肺泡类器官、人远端肺类器官 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | IPF患者和小鼠模型的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5744 | 2025-10-06 |
YAP Overcomes Mechanical Barriers to Induce Mitotic Rounding and Adult Cardiomyocyte Division
2025-Jan-07, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究揭示了YAP5SA如何克服机械屏障诱导成年心肌细胞有丝分裂圆化和细胞分裂 | 首次发现YAP5SA能克服心肌机械微环境限制,诱导成年哺乳动物心肌细胞进行有丝分裂圆化和细胞分裂 | 研究主要基于基因工程模型,在人类心肌细胞中的适用性尚需验证 | 探究YAP5SA诱导成年心肌细胞重新进入细胞周期的机制 | 成年哺乳动物心肌细胞 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,克隆分析,标志基因分析,功能研究 | NA | 基因表达数据,细胞成像数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5745 | 2025-10-06 |
A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations
2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177793
PMID:39744938
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研究论文 | 通过整合公共数据集和自身研究,构建了包含139名受试者的人类脑脊液单细胞转录组图谱,揭示了神经系统疾病相关的免疫细胞群体 | 发现了CSF中特有的AREG+树突状细胞新亚群,并在多发性硬化症患者中更为丰富 | 研究主要基于现有数据集整合,可能受到原始数据质量和一致性的限制 | 建立脑脊液免疫细胞的单细胞转录组参考图谱,用于神经系统疾病研究 | 人类脑脊液和血液样本中的免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 数据整合分析 | 单细胞转录组数据 | 139名受试者,包含135份脑脊液样本和58份血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5746 | 2025-10-06 |
Spatial differences in gene expression across the dorsal raphe nucleus in a model of early Alzheimer's disease
2025-Jan, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.1177/13872877241299119
PMID:39584353
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术探索早期阿尔茨海默病模型中背缝核不同亚区的基因表达差异 | 首次在阿尔茨海默病模型中揭示背缝核不同亚区对病理变化的差异性易感性,并发现长链非编码RNA Map2k3os可能参与tau蛋白磷酸化调控 | 空间转录组技术存在局限性,需要结合其他验证方法 | 识别与5-羟色胺神经元对AD病理易感性或抵抗性相关的遗传成分 | 过表达人tau蛋白的小鼠模型(htau小鼠)的背缝核组织 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间基因表达分析,RNAscope,免疫组织化学 | NA | 空间基因表达数据,图像数据 | htau小鼠背缝核组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间基因表达平台 |
| 5747 | 2025-10-06 |
Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions
2025-Jan, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02031-y
PMID:39753771
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研究论文 | 通过多族群精细定位分析192个风险区域,完善乳腺癌遗传风险和生物学机制 | 首次对已知乳腺癌风险位点进行多族群精细定位分析,发现131个新关联信号并将50个信号的因果变异缩小至单个变异 | 因果变异和目标基因的确认仍需进一步功能验证 | 精细定位乳腺癌遗传风险位点并探索其生物学机制 | 172,737例女性乳腺癌病例和242,009例对照(非洲、亚洲和欧洲 ancestry) | 基因组学 | 乳腺癌 | 全基因组关联研究(GWAS), 单细胞RNA测序, 体外实验 | NA | 基因组数据, 功能基因组学数据 | 414,746个样本(172,737病例 + 242,009对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 全基因组关联分析 | NA | NA |
| 5748 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression
2025-01-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170
PMID:39699274
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究多发性骨髓瘤患者轻链逃逸现象,揭示与骨溶解基因表达相关的肿瘤亚群 | 首次在单细胞水平追踪轻链逃逸现象,发现LAMP5过表达与骨溶解风险的新关联 | 研究基于单个患者的纵向样本,样本量有限 | 理解多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的分子机制和临床意义 | 多发性骨髓瘤患者骨髓活检样本 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,药物敏感性测试,拷贝数变异推断 | NA | 单细胞转录组数据,临床血清数据 | 1名患者在诊断时、首次复发和复发/难治时间点的系列骨髓活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5749 | 2025-10-06 |
Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues
2025, BME frontiers
IF:5.0Q1
DOI:10.34133/bmef.0110
PMID:40084126
|
研究论文 | 开发了3D空间基因邻域网络嵌入方法,用于识别亚细胞基因邻近关系和细胞间通讯中的关键亚细胞模式 | 结合3D成像空间转录组学和图深度学习,首次在三维空间中分析亚细胞基因邻近关系 | 三维空间数据复杂度增加,需要新的分析方法,未明确说明样本量大小 | 识别亚细胞基因邻近关系和细胞间通讯中的关键亚细胞模式 | 间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮层中的星形胶质细胞与神经元 | 空间转录组学 | NA | 3D成像空间转录组学、多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | 图自编码器 | 3D空间转录组数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学、3D成像 | NA | NA |
| 5750 | 2025-10-06 |
Comprehensive sequencing of the lung neuroimmune landscape in response to asthmatic induction
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1518771
PMID:40181989
|
研究论文 | 本研究通过多组学测序技术全面解析哮喘诱导下肺神经免疫图谱的转录组变化 | 首次结合单核RNA测序与空间转录组学揭示哮喘诱导下迷走神经节和肺组织中神经免疫转录组的细胞簇特异性及空间分布特征 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究哮喘诱导如何改变肺神经免疫转录组 | 小鼠迷走神经节(结状/颈静脉神经节)和肺组织 | 空间转录组学 | 哮喘 | RNA测序, 单核RNA测序, 空间RNA测序 | NA | 转录组数据 | 初始状态和经链格孢诱导的哮喘小鼠模型 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, 标准RNA测序 | NA | NA |
| 5751 | 2025-10-06 |
CRABP2 promotes peritoneal metastasis in CRC through TGF-β/Smad-mediated EMT signaling and invadopodia formation
2025-Oct, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111927
PMID:40505846
|
研究论文 | 本研究探讨CRABP2通过TGF-β/Smad介导的上皮间质转化信号和侵袭伪足形成促进结直肠癌腹膜转移的机制 | 首次揭示CRABP2作为腹膜转移相关基因通过调控侵袭伪足形成和EMT信号通路促进结直肠癌转移的新机制 | CRABP2在腹膜转移中的具体调控网络仍需进一步验证 | 阐明CRABP2在结直肠癌腹膜转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞和患者样本 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 体外实验, 体内实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5752 | 2025-10-06 |
Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection
2025-Oct, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944
PMID:40527360
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研究论文 | 本研究通过鉴定乳酸化相关枢纽基因,探索其在胸主动脉夹层中的治疗和诊断价值 | 首次系统研究乳酸化修饰在胸主动脉夹层中的作用,发现12个乳酸化相关枢纽基因并验证LDHA抑制剂的有效性 | 研究主要基于数据库分析和动物模型,需要进一步临床验证 | 探索乳酸化修饰在胸主动脉夹层发病机制中的作用并寻找新的治疗靶点 | 胸主动脉夹层患者组织样本和BAPN诱导的小鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, ROC分析, WGCNA | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 人类主动脉组织和BAPN诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5753 | 2025-10-06 |
Rab27a+CAF exosomal miR-9-5p promotes osteosarcoma progression via CREBRF/MAPK signaling pathway
2025-Oct, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111964
PMID:40581265
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研究论文 | 本研究揭示了Rab27a+癌相关成纤维细胞通过外泌体miR-9-5p抑制CREBRF并激活MAPK信号通路促进骨肉瘤进展的新机制 | 首次发现Rab27a+CAF来源的外泌体miR-9-5p通过CREBRF/MAPK信号轴调控骨肉瘤恶性进展和化疗耐药 | 研究主要聚焦于miR-9-5p/CREBRF/MAPK轴,可能存在其他未被探索的调控机制 | 探究癌相关成纤维细胞外泌体miRNA在骨肉瘤进展中的作用机制 | 骨肉瘤患者血清和组织样本、骨肉瘤细胞系、小鼠皮下移植瘤模型 | 肿瘤生物学 | 骨肉瘤 | 小RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、双荧光素酶报告基因检测、CCK8、Edu染色、细胞周期分析、细胞凋亡检测 | NA | RNA测序数据、基因表达数据、功能实验数据 | 骨肉瘤患者血清和组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序,小RNA测序 | NA | NA |
| 5754 | 2025-10-06 |
Amorphous calcium zinc phosphate promotes macrophage-driven alveolar bone regeneration via modulation of energy metabolism and mitochondrial homeostasis
2025-Oct, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.06.053
PMID:40677756
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研究论文 | 本研究开发了无定形钙锌磷酸盐纳米颗粒并通过调节巨噬细胞能量代谢促进牙槽骨再生 | 首次发现ACZP材料通过抑制IP3R/MCU通路、调节内质网-线粒体耦联和能量代谢方式(糖酵解向氧化磷酸化转换)来增强巨噬细胞的抗炎表型极化 | 研究仅在新西兰白兔模型中进行验证,尚未进行人体临床试验 | 探索钙磷酸盐材料促进骨形成的免疫调节机制并开发新型骨再生材料 | 巨噬细胞和新西兰白兔的牙槽骨缺损模型 | 组织工程与再生医学 | 牙槽骨缺损 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 新西兰白兔牙槽骨缺损模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5755 | 2025-10-06 |
Tumor-associated Schwann cells promote salivary adenoid cystic carcinoma stem-like reprogramming via IGF2/IGF1R induced histone H3 lysine 18 lactylation
2025-Sep-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217847
PMID:40466903
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关雪旺细胞通过IGF2/IGF1R信号轴诱导组蛋白H3K18乳酸化修饰,促进唾液腺腺样囊性癌干细胞样重编程的分子机制 | 首次发现TA-SCs通过旁分泌IGF2信号提升组蛋白乳酸化水平,并阐明IGF2/IGF1R-H3K18la轴在SACC干细胞样重编程中的关键作用 | TA-SCs重编程的具体分子通路细节仍需进一步探索,临床转化潜力有待验证 | 探究肿瘤相关雪旺细胞在唾液腺腺样囊性癌进展和干细胞样重编程中的功能机制 | 唾液腺腺样囊性癌肿瘤微环境中的雪旺细胞和肿瘤细胞 | 肿瘤微环境研究 | 唾液腺腺样囊性癌 | 组织透明化三维成像, 单细胞RNA测序, 转录组分析 | NA | 图像数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5756 | 2025-10-06 |
Dynamic evolution of venetoclax resistance in acute myeloid leukemia unveiled by longitudinal single-cell RNA-seq
2025-Sep-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217853
PMID:40482912
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研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序揭示急性髓系白血病中venetoclax耐药的动态演化过程 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘venetoclax治疗期间骨髓微环境重塑的动态过程,发现两种关键耐药机制并建立预后预测模型 | 样本量相对有限,需要在更大队列中进一步验证 | 研究急性髓系白血病患者对venetoclax治疗的耐药机制和骨髓微环境动态变化 | 接受DAV方案治疗的急性髓系白血病患者骨髓标本 | 单细胞测序分析 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 单细胞转录组数据 | AML患者治疗前后配对骨髓标本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5757 | 2025-10-06 |
Characterizing chromosome instability reveals its association with lipid-associated macrophages and clonal evolution of lymph node metastasis in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Sep-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217874
PMID:40516322
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了染色体不稳定性在食管鳞癌淋巴结转移中的作用机制 | 首次发现染色体不稳定性通过易错DNA双链断裂修复途径与脂质相关巨噬细胞形成新型关联,促进淋巴结转移 | 研究样本量有限,机制验证仍需进一步实验 | 探究染色体不稳定性在食管鳞癌淋巴结转移中的作用及机制 | 食管鳞癌患者组织样本、类器官模型及淋巴结转移灶 | 癌症基因组学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 全外显子测序, 基因组测序, 空间蛋白质分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | 食管鳞癌临床标本及类器官模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5758 | 2025-10-06 |
The role of tumor microenvironment and immune cell crosstalk in triple-negative breast cancer (TNBC): Emerging therapeutic opportunities
2025-Sep-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217865
PMID:40516902
|
综述 | 本综述整合了三阴性乳腺癌肿瘤微环境与免疫细胞相互作用的研究现状,探讨新兴治疗机遇 | 系统阐述TME中T细胞异质性、Tregs免疫抑制机制、MUC1-C/CXCL9调控作用及空间分析在预测复发中的价值 | 未涉及具体临床实验数据验证,主要基于现有研究文献整合分析 | 探索三阴性乳腺癌肿瘤微环境与免疫细胞互作的机制及治疗靶点 | 三阴性乳腺癌肿瘤微环境组成成分及免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学分析 | NA | 基因组数据,转录组数据,空间分布数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 5759 | 2025-10-06 |
Targeting the cholinergic-astrocyte axis: A novel strategy for brain metastasis prevention in lung adenocarcinoma
2025-Sep-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217870
PMID:40516905
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研究论文 | 本研究揭示了胆碱能代谢-星形胶质细胞轴在肺腺癌脑转移中的作用机制,并提出多奈哌齐作为预防脑转移的潜在治疗策略 | 首次发现胆碱能代谢激活是肺腺癌脑转移的特征性标志,并阐明乙酰胆碱酯酶通过免疫抑制和血脑屏障破坏的双重促转移机制 | 样本量相对有限,需要更大规模临床试验验证多奈哌齐的预防效果 | 探索肺腺癌脑转移的发病机制并开发预防策略 | 肺腺癌患者肿瘤组织和脑转移灶 | 癌症生物学 | 肺腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,组织芯片,体外实验 | NA | 基因表达数据,组织样本 | 875例RNA测序病例,280例组织芯片验证,26个脑转移灶和8个正常脑组织单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 5760 | 2025-10-06 |
Neoadjuvant PD-1 blockade induces the autophagy of immune cells: a new target for synergistic therapy of recurrent glioblastoma
2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102119
PMID:40678806
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析新辅助PD-1阻断诱导复发性胶质母细胞瘤免疫细胞自噬的机制,并探索协同治疗策略 | 首次揭示新辅助PD-1阻断通过诱导淋巴样细胞自活化,发现L+M细胞作为关键免疫组分,并鉴定利巴韦林作为潜在协同治疗药物 | 自噬在特定免疫细胞亚群中的具体作用机制尚未完全阐明,药物靶向效果需要进一步实验验证 | 探索新辅助PD-1阻断对复发性胶质母细胞瘤免疫细胞自噬的影响及协同治疗靶点 | 复发性胶质母细胞瘤患者组织样本 | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |