单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5721	2025-01-31	Extracellular Vesicles From Bone Marrow-Derived Macrophages Enriched in ARG1 Enhance Microglial Phagocytosis and Haematoma Clearance Following Intracerebral Haemorrhage 2025-Jan, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.70041 PMID:39868438	研究论文	本研究探讨了骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）通过细胞外囊泡（EVs）增强小胶质细胞吞噬能力，促进脑出血后血肿清除的机制	揭示了BMDMs通过EVs传递ARG1增强小胶质细胞吞噬能力的新机制，为脑出血治疗提供了新的治疗靶点	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证	研究脑出血后小胶质细胞吞噬能力的调控机制	骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和小胶质细胞	生物医学	脑出血	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据、RNA测序数据	NA
5722	2025-01-31	Integrative Machine Learning of Glioma and Coronary Artery Disease Reveals Key Tumour Immunological Links 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70377 PMID:39868675	研究论文	本文结合机器学习和单细胞RNA测序技术探索了胶质瘤肿瘤微环境，并通过全基因组关联研究和孟德尔随机化方法发现了影响癌症和心血管疾病结果的TME元素相关遗传变异	利用机器学习技术分析高维数据，获得新的分子亚型和生物标志物，揭示了TME中的潜在血管生成和免疫原性特征，为精准肿瘤学治疗提供信息	NA	探索胶质瘤肿瘤微环境，识别影响癌症和心血管疾病结果的遗传变异，并发现新的分子亚型和生物标志物	胶质瘤肿瘤微环境（TME）	机器学习	胶质瘤, 心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 全基因组关联研究（GWAS）, 孟德尔随机化（MR）	NA	RNA测序数据	NA
5723	2025-01-31	Identifying Key Biomarkers Related to Immune Response in the Progression of Diabetic Kidney Disease: Mendelian Randomization Combined With Comprehensive Transcriptomics and Single-Cell Sequencing Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S482047 PMID:39871959	研究论文	本研究通过孟德尔随机化结合转录组学和单细胞测序分析，识别了与糖尿病肾病（DKD）进展相关的关键免疫反应生物标志物	结合孟德尔随机化、转录组学和单细胞测序分析，识别了与DKD进展相关的关键基因，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，需进一步在人类样本中验证	识别DKD发病和进展中的关键基因，并探索其作为治疗靶点的潜力	糖尿病肾病（DKD）患者和小鼠模型	生物信息学	糖尿病肾病	孟德尔随机化、转录组学分析、单细胞测序、RT-qPCR	NA	基因表达数据、单细胞数据	DKD小鼠模型
5724	2025-01-31	Tumour heterogeneity and personalized treatment screening based on single-cell transcriptomics 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.12.020 PMID:39877290	研究论文	本文基于单细胞转录组学数据，研究了肿瘤异质性及其对个性化治疗的影响	通过整合多种生物信息学分析，构建了多种癌症的肿瘤细胞异质性蓝图，并识别了肿瘤细胞亚群特异性生物标志物和潜在治疗药物	研究仅基于五种癌症的单细胞转录组数据集，样本类型和数量有限	探索肿瘤细胞异质性在单细胞水平上的生物学差异，并为个性化治疗提供新的见解	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌和肝癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌、胃癌、肝癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	五种癌症的单细胞转录组数据集
5725	2025-01-30	MAIT Cell-Mediated Immune Mechanisms of Dialysis-Induced Peritoneal Fibrosis and Therapeutic Targeting 2025-Jan-28, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000627 PMID:39874111	研究论文	本研究探讨了MAIT细胞在长期腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的免疫机制及治疗靶点	首次揭示了MAIT细胞通过MR1受体与间皮细胞相互作用，激活mTORC1信号通路，促进腹膜纤维化的机制，并提出了通过阻断MR1-MAIT相互作用来治疗纤维化的新策略	研究主要基于体外模型和Mr1基因敲除小鼠，尚未在人体临床试验中验证其治疗效果	探讨MAIT细胞在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	长期接受腹膜透析的患者及Mr1基因敲除小鼠	免疫学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	长期腹膜透析患者及Mr1基因敲除小鼠
5726	2024-12-09	NLRP3 inflammasome mediates pyroptosis of alveolar macrophages to induce radiation lung injury 2025-Feb-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136740 PMID:39642726	研究论文	研究探讨了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用	首次揭示了NLRP3炎症小体在辐射诱导的肺损伤中通过介导肺泡巨噬细胞的焦亡作用，并提出了潜在的治疗策略	NA	探讨辐射诱导的肺损伤中肺泡巨噬细胞焦亡和炎症小体激活的机制	肺泡巨噬细胞、T细胞、B细胞和上皮细胞	NA	辐射诱导的肺损伤	多色流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、共免疫沉淀和Duolink技术	NA	细胞和组织微环境数据	NA
5727	2025-01-29	Human Dermal Microvascular Arterial and Venous Blood Endothelial Cells and Their Use in Bioengineered Dermo-Epidermal Skin Substitutes 2025-Jan-28, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401588 PMID:39871784	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5728	2024-12-24	Cholinergic waves have a modest influence on the transcriptome of retinal ganglion cells 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627027 PMID:39713433	研究论文	研究了视网膜波对视网膜神经节细胞类型转录组变化的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了视网膜波对不同类型视网膜神经节细胞基因表达的微弱影响	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小	探讨视网膜波对视网膜神经节细胞基因表达的影响	视网膜神经节细胞的转录组变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞
5729	2025-01-29	Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632900 PMID:39868295	研究论文	本文探讨了造血衰老的三个表型特征的原因，特别是炎症如何促进这些衰老表型	提出了一个实验模型（IkappaBminus）来解析NFkappaB在造血衰老表型中的作用，并发现HSC自主的NFkappaB活动损害其功能，而骨髓环境中的炎症驱动髓系偏倚	研究主要基于实验模型，可能无法完全反映人类造血衰老的复杂性	解析造血衰老的三个表型特征的独立调控机制	造血干细胞（HSC）及其在衰老过程中的功能变化	生物医学	衰老相关疾病	scRNA-seq	IkappaBminus模型	基因表达数据	小鼠和人类的HSC数据集
5730	2025-01-28	COSIME: Cooperative multi-view integration and Scalable and Interpretable Model Explainer 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.11.632570 PMID:39868220	研究论文	本文介绍了COSIME，一种用于多组学数据集成和可解释性模型解释的新方法	COSIME通过可学习的最优传输（LOT）的反向传播和蒙特卡洛采样，实现了多视图数据的集成和特征关系的解释	NA	解决多组学数据集成和特征关系解释的瓶颈问题	单细胞转录组学、单细胞空间转录组学、表观基因组学和代谢组学数据	机器学习	阿尔茨海默病	可学习的最优传输（LOT）、蒙特卡洛采样	深度神经网络	多组学数据	模拟数据和真实世界数据集
5731	2025-01-28	Inhibition of Glutamine Metabolism Suppresses Tumor Progression through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632174 PMID:39868269	研究论文	本研究探讨了抑制谷氨酰胺代谢通过重塑巨噬细胞免疫微环境来抑制肿瘤进展的机制	使用免疫活性小鼠模型和单细胞RNA测序技术，开发了一种仅在癌组织中生物激活的GLNi前药JHU083，揭示了其对肿瘤微环境中不同巨噬细胞亚型的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索谷氨酰胺代谢抑制剂在癌症治疗中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	免疫活性小鼠模型中的妇科癌症	癌症研究	妇科癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	免疫活性小鼠模型中的肿瘤样本
5732	2025-01-28	Exosomal miRNA reprogramming in pyroptotic macrophage drives silica-induced fibroblast-to-myofibroblast transition and pulmonary fibrosis 2025-Feb-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136629 PMID:39603130	研究论文	本文研究了二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）通过诱导巨噬细胞焦亡和释放外泌体，进而驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞转化，促进肺纤维化的机制	揭示了SiNPs通过诱导巨噬细胞焦亡和外泌体释放，调控TGF-β信号通路，促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	揭示二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	二氧化硅纳米颗粒（SiNPs）、巨噬细胞、成纤维细胞、外泌体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量miRNA测序、高光谱成像、人工智能病理识别	NA	RNA测序数据、高光谱图像	体外和体内矽肺模型
5733	2025-01-28	Resident synovial macrophages in synovial fluid: Implications for immunoregulation 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110422 PMID:39701169	研究论文	本文探讨了常驻滑膜巨噬细胞（RSMs）在滑液中的存在及其对免疫调节的影响	创建了一种新型的体外模型来验证人类滑膜中的RSMs，并发现这些细胞在炎症性关节炎中上调了促纤维化和促破骨细胞途径	滑膜屏障破裂后，这些细胞是否持续或引发滑液中的慢性炎症仍未知	识别人类滑液中的RSMs作为滑膜屏障完整性的间接测量	人类滑液和滑膜	免疫学	关节炎	scRNA-seq	体外模型	基因表达数据	NA
5734	2025-01-28	The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress 2025-Jan-27, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2025.2453941 PMID:39868728	研究论文	本研究通过结合与缺氧和内质网应激相关的基因，构建了一个乳腺癌预后模型	结合缺氧和内质网应激相关基因构建预后模型，并分析免疫浸润和药物敏感性	未提及样本量是否足够大，以及模型在其他数据集上的验证情况	预测乳腺癌患者的预后	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq	Cox回归和Lasso回归	RNA-seq数据和临床数据	未明确提及具体样本量
5735	2025-01-28	Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631842 PMID:39829792	研究论文	本文通过一项为期三年的纵向研究，探讨了多次COVID-19疫苗接种对78名无症状感染者的T细胞和抗体反应的长期影响	研究发现，尽管抗体滴度随每次加强针逐渐增加并稳定，T细胞反应迅速达到平台期并保持稳定，且约30%的参与者显示出对非Spike抗原的CD4+ T细胞反应	研究仅限于无症状感染者，未涵盖有症状感染者的免疫反应	探讨多次COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响	78名无症状感染者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫反应数据	78名无症状感染者
5736	2025-01-28	Deciphering the senescence-based tumoral heterogeneity and characteristics in pancreatic cancer: Results from parallel bulk and single-cell transcriptome data 2025-Jan, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.70001 PMID:39865528	研究论文	本文通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征	首次在胰腺癌中通过整合分析和单细胞RNA测序数据，揭示了基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，并鉴定了与胰腺癌迁移和预后相关的衰老相关基因	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	揭示胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征，以促进胰腺癌的治疗和精准治疗发展	胰腺癌患者	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, ssGSEA算法, infercnv算法	NA	RNA测序数据	来自TCGA-PAAD、PACA-AU、PACA-CA和GSE154778数据集的胰腺癌患者样本
5737	2025-01-27	Prenatal exposure on nanoplastics: A study of spatial transcriptomics in hippocampal offspring 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125480 PMID:39644950	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，研究了母体暴露于聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs）对大鼠后代海马区的影响，揭示了纳米塑料对后代海马发育的神经毒性及其与学习记忆功能下降的关联	首次使用空间转录组学技术系统性地研究了纳米塑料对后代海马区的影响，揭示了细胞类型特异性基因表达谱的变化及其与神经发育障碍的关联	研究仅针对大鼠模型，尚未在人类中验证；未探讨长期暴露的累积效应	探究母体暴露于纳米塑料对后代海马区发育的影响及其机制	大鼠后代海马区	空间转录组学	神经发育障碍	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
5738	2025-01-27	DEHP-mediated oxidative stress leads to impaired testosterone synthesis in Leydig cells through the cAMP/PKA/SF-1/StAR pathway 2025-Feb-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2024.125503 PMID:39657860	研究论文	本研究探讨了环境中的增塑剂DEHP如何通过氧化应激影响Leydig细胞（LCs）的睾酮合成，揭示了cAMP/PKA/SF-1/StAR通路在其中的作用	首次结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析与体内外实验，揭示了DEHP通过氧化应激抑制cAMP/PKA/SF-1/StAR通路，从而损害LCs睾酮合成的机制	研究主要聚焦于DEHP对LCs的影响，未涉及其他环境污染物或细胞类型的潜在作用	探究DEHP对Leydig细胞损伤的分子机制，特别是其对睾酮合成的影响	Leydig细胞（LCs）	生物医学	男性生殖系统疾病	scRNA-seq分析、体内外实验	NA	单细胞RNA测序数据、生化指标数据	未明确说明样本数量，但涉及体内外实验
5739	2025-01-27	Single-cell transcriptome sequencing analysis of physiological and immune profiling of crucian carp (Carassius auratus) gills 2025-Feb, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.110087 PMID:39662647	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和组织学分析，首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性	首次在单细胞水平上注释并分析了鲫鱼鳃的细胞类型及其功能异质性，揭示了ILCM的代谢活跃状态和免疫调节的主要途径	研究局限于鲫鱼鳃的细胞类型和功能分析，未涉及其他鱼类或器官	探索鲫鱼鳃的生理和免疫功能，特别是在单细胞水平上的功能异质性	鲫鱼（Carassius auratus）的鳃	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	单细胞RNA测序数据	鲫鱼鳃的19种细胞类型
5740	2025-01-27	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-Jan-25, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	本文介绍了HemaScope，一个专门用于分析造血细胞单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据的生物信息学工具包	HemaScope工具包结合了scRNA-seq和ST技术的优势，提供了模块化设计，能够处理造血细胞的特异性特征，如谱系归属评估、细胞周期预测和标记基因收集	未明确提及具体限制	开发一个用户友好的工具包，用于分析造血细胞的单细胞和空间转录组学数据	造血细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据	案例研究中使用了人类骨髓细胞图谱、小鼠急性髓性白血病细胞、血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤和原发性中枢神经系统淋巴瘤的微环境