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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5701 | 2025-10-06 |
"Small extracellular vesicles: messengers at the service of breast cancer agenda in the primary and distant microenvironments"
2025-Jul-21, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03471-y
PMID:40691627
|
综述 | 本文综述了小细胞外囊泡在乳腺癌原发和远处微环境中的关键作用及其临床转化潜力 | 系统整合小细胞外囊泡在乳腺癌微环境通讯中的多功能角色,并探讨人工智能与多组学技术结合的解决方案 | 存在小细胞外囊泡异质性问题和追踪技术限制,临床转化仍面临靶向效率、体内稳定性等挑战 | 阐明小细胞外囊泡在乳腺癌进展和治疗抵抗中的分子机制及临床应用前景 | 乳腺癌相关的小细胞外囊泡及其携带的生物分子(蛋白质、脂质、非编码RNA等) | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 超速离心、免疫亲和、微流控系统、单细胞转录组学、多组学分析 | NA | 分子生物学数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞转录组学、多组学分析 | NA | NA |
| 5702 | 2025-10-06 |
Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv9466
PMID:40680117
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研究论文 | 开发基于人工智能的模型,利用H&E染色全切片图像推断肿瘤细胞轨迹并进行大规模癌症进展分析 | 首次利用常规病理切片中的细胞形态特征和组织学空间组织来推断肿瘤细胞分化状态和动态轨迹 | 方法依赖于图像质量,且在三组独立肺腺癌队列中验证但需进一步扩大验证范围 | 开发成本效益高的方法来分析肿瘤进展动态和肿瘤微环境细胞群体多样性 | 肺腺癌患者的H&E染色全切片图像和肿瘤细胞 | 数字病理 | 肺癌 | 人工智能模型,空间转录组学分析,批量转录组学分析 | AI模型 | 图像 | 三个独立肺腺癌队列 | NA | 空间转录组学,批量转录组学 | NA | NA |
| 5703 | 2025-10-06 |
PoweREST: Statistical power estimation for spatial transcriptomics experiments to detect differentially expressed genes between two conditions
2025-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013293
PMID:40729405
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研究论文 | 开发了用于空间转录组学实验统计功效估计的工具PoweREST,支持10X Genomics Visium数据的差异表达基因检测功效计算 | 首个专门针对空间转录组学实验的统计功效估计工具,支持实验前和初步数据收集后的功效分析 | 目前仅支持10X Genomics Visium平台数据,未涵盖其他空间转录组学技术 | 解决空间转录组学实验中差异表达基因检测的统计功效计算问题 | 空间转录组学数据中的差异表达基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 统计功效分析模型 | 空间转录组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium空间转录组学平台 |
| 5704 | 2025-10-06 |
Prg4+ fibro-adipogenic progenitors in muscle are crucial for bone fracture repair
2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.14.654160
PMID:40462922
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研究论文 | 本研究揭示了肌肉中Prg4+纤维脂肪祖细胞在骨骨折修复中的关键作用 | 首次发现Prg4标记的FAP亚群能从肌肉迁移至骨折部位并分化为软骨细胞和骨细胞 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究肌肉细胞在骨骨折修复中的贡献机制 | 小鼠肌肉组织和骨骨折模型 | 细胞生物学 | 骨损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5705 | 2025-10-06 |
Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.06.636643
PMID:39974881
|
研究论文 | 本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌转移的机制,并证明FGFR4抑制剂可有效阻断该转移过程 | 首次发现HNF1A通过调控FGFR4促进PDAC转移,并验证FGFR4抑制剂对转移的阻断作用 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究HNF1A在PDAC转移中的作用机制并寻找靶向治疗策略 | 胰腺导管腺癌细胞系、患者来源PDAC细胞、小鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 组织芯片分析, UMAP空间分析, RNA干扰 | NA | 基因表达数据, 组织染色图像, 细胞迁移和侵袭数据 | ATCC细胞系、患者来源细胞及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析 | NA | NA |
| 5706 | 2025-10-06 |
Characteristics of a CCL21 Gene-Modified Dendritic Cell Vaccine Utilized for a Clinical Trial in Non-Small Cell Lung Cancer
2025-Feb-04, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0435
PMID:39559833
|
研究论文 | 本研究对CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗进行了全面表征,并探讨了制造过程中多种因素对疫苗特性的影响 | 首次在非小细胞肺癌临床试验中采用CCL21基因修饰的树突状细胞疫苗,并通过单细胞RNA测序揭示了疫苗细胞的异质性特征 | 研究样本量有限,仅为I期临床试验结果,且使用健康供者血液可能影响疫苗特性的准确性 | 开发能够克服免疫治疗耐药性的新型树突状细胞疫苗 | 非小细胞肺癌患者 | 免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,腺病毒载体转导 | NA | 基因表达数据 | I期临床试验样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5707 | 2025-10-06 |
Identification of Nfel1a and Nfel3 as novel regulators for zebrafish thrombopoiesis
2025-02, Blood cells, molecules & diseases
DOI:10.1016/j.bcmd.2024.102897
PMID:39413675
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现斑马鱼血栓细胞与哺乳动物巨核细胞在基因表达上的相似性,并鉴定出Nfe2l1a和Nfe2l3作为调控血栓形成的新转录因子 | 首次在斑马鱼中鉴定出Nfe2l1a和Nfe2l3作为血栓形成的新型正调控转录因子 | 研究仅针对斑马鱼模型,未在哺乳动物中验证相关机制 | 探究Nfe2相关因子在斑马鱼血栓形成过程中的调控作用 | 斑马鱼血栓细胞 | 发育生物学 | 血液疾病 | 单细胞测序,基因敲低 | 斑马鱼模型 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5708 | 2025-10-06 |
TIME-CoExpress: Temporal Trajectory Modeling of Dynamic Gene Co-expression Patterns Using Single-Cell Transcriptomics Data
2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.23.634392
PMID:39896591
|
研究论文 | 提出一种基于copula的方法来建模单细胞转录组数据中基因共表达模式沿细胞时间轨迹的非线性变化 | 使用数据驱动的平滑函数建模基因共表达的非线性变化,能够处理scRNAseq数据中的过度离散和零膨胀特征 | 仅通过模拟分析和单个数据集验证方法性能,需要更多真实数据验证 | 开发时序轨迹建模方法以识别细胞发育过程中差异共表达的基因组合 | 单细胞转录组数据中的基因共表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | copula模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5709 | 2025-10-06 |
SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70003
PMID:39943646
|
研究论文 | 提出基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC,用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 使用基因频率对矩阵分块,通过矩阵分解算法完成分块后的小矩阵,同时保留块矩阵中可能存在的生物零值 | NA | 改进单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的缺失值补全方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 矩阵分解算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5710 | 2025-10-06 |
Analysis of the Relationship Between NLRP3 and Alzheimer's Disease in Oligodendrocytes based on Bioinformatics and In Vitro Experiments
2025, Current Alzheimer research
IF:1.8Q4
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研究论文 | 通过生物信息学分析和体外实验验证NLRP3在少突胶质细胞中与阿尔茨海默病的关联 | 首次结合生物信息学与分子生物学实验系统研究NLRP3在少突胶质细胞中与AD的关联,并构建了基于五个关键基因的诊断模型 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步在体实验验证 | 探索NLRP3在少突胶质细胞中与阿尔茨海默病的潜在关联 | 阿尔茨海默病患者与健康对照的基因表达数据,少突胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 生物信息学分析,单细胞转录组学,RT-qPCR,免疫荧光,Western blot | LASSO回归,随机森林,支持向量机 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的AD相关公共数据集 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 5711 | 2025-10-06 |
scRSSL: Residual semi-supervised learning with deep generative models to automatically identify cell types
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12107
PMID:40261690
|
研究论文 | 提出基于残差半监督学习的深度生成模型scRSSL,用于自动识别单细胞转录组数据中的细胞类型 | 首次将残差网络引入半监督生成模型,通过残差神经网络提取单细胞数据的局部特征 | NA | 解决单细胞数据高维度、大样本量、高稀疏性和样本不平衡等挑战,实现准确的细胞类型识别 | 单细胞转录组测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度残差生成模型, 半监督学习 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5712 | 2025-10-06 |
SAE1 May Play a Pro-Carcinogenic Role in Pancreatic Adenocarcinoma: A Comprehensive Study Integrating Multiple Pieces of Evidence
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70017
PMID:40302186
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研究论文 | 本研究通过整合多种证据探讨SAE1在胰腺腺癌中的促癌作用 | 首次在胰腺腺癌中系统研究SAE1的作用,整合了mRNA数据、免疫组化、CRISPR修饰细胞系分析和单细胞RNA测序等多种方法 | 未明确说明样本量大小和研究人群特征 | 评估SAE1在胰腺腺癌发生发展中的作用机制 | 胰腺腺癌细胞系和临床样本 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | mRNA分析,免疫组化,CRISPR,单细胞RNA测序,ChIP-Seq,分子对接 | 分子对接模型 | mRNA数据,蛋白质表达数据,单细胞测序数据,临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,ChIP-Seq | NA | NA |
| 5713 | 2025-10-06 |
Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches
2025 Jan-Dec, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.70021
PMID:40458850
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研究论文 | 通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法探索系统性红斑狼疮中谷胱甘肽代谢的关键基因 | 首次整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法系统性研究谷胱甘肽代谢在系统性红斑狼疮中的作用 | NA | 识别与系统性红斑狼疮相关的关键代谢物和基因,揭示谷胱甘肽通路的作用机制 | 系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞和单核细胞 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 机器学习 | LASSO回归, CatBoost, XGBoost, NGBoost | 基因表达数据, 代谢组数据 | 多个数据集(包括训练集、验证集和GSE112087数据集) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5714 | 2025-10-06 |
Machine learning combining external validation to explore the immunopathogenesis of diabetic foot ulcer and predict therapeutic drugs
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0328906
PMID:40749079
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研究论文 | 本研究结合机器学习和单细胞方法探索糖尿病足溃疡的免疫发病机制并预测治疗药物 | 首次通过机器学习算法结合外部验证和单细胞测序识别糖尿病足溃疡的核心基因和潜在治疗药物 | 研究依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索糖尿病足溃疡的免疫机制并识别潜在治疗药物 | 糖尿病足溃疡患者 | 机器学习 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞测序, 差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, 分子对接, 分子动力学模拟 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | GEO数据库数据集,包含外部验证数据集GSE147890 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5715 | 2025-10-06 |
Single-cell eQTL Mapping Reveals Cell Subtype-specific Genetic Control and Mechanism in Malignant Transformation of Colorectal Cancer
2025-Aug-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1561
PMID:40029140
|
研究论文 | 通过单细胞eQTL图谱揭示结直肠癌恶性转化过程中细胞亚型特异性遗传调控机制 | 构建首个结直肠癌单细胞eQTL图谱,发现76%的sc-eQTL具有细胞类型特异性,且通过多基因风险评分显著改善结直肠癌风险预测 | NA | 解析结直肠癌恶性转化过程中的细胞亚型特异性遗传调控机制 | 142个多阶段结直肠癌样本 | 单细胞基因组学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,单细胞多组学数据 | 751,531个单细胞转录组,142个多阶段样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
| 5716 | 2025-10-06 |
Unraveling Liver Cirrhosis: Bridging Pathophysiology to Innovative Therapeutics
2025-Aug-03, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.70037
PMID:40754005
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综述 | 本文综述了肝硬化的病理生理机制及创新治疗策略的最新研究进展 | 整合了单细胞转录组学、空间生物学和人工智能等前沿技术对肝硬化异质性的新认识,并探讨了微生物组调节、抗纤维化药物和再生医学等创新疗法 | 作为综述文章,未报告原始研究数据,主要基于现有文献进行整合分析 | 探讨肝硬化的病理生理机制并评估创新治疗策略 | 肝硬化及其相关病理过程 | 医学研究 | 肝硬化 | 单细胞转录组学、空间生物学、弹性成像、液体活检、人工智能建模 | 计算模型 | 文本综述 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5717 | 2025-10-06 |
Single cell RNA-sequencing reveals BHLHE40 and NDRG1 as key regulatory molecules modulating the trophoblastic senescence in preeclampsia
2025-Aug, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.06.009
PMID:40517485
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现BHLHE40和NDRG1是调控先兆子痫中滋养细胞衰老的关键分子 | 首次通过整合单细胞RNA测序、ChIP检测和转录组数据分析,揭示BHLHE40和NDRG1在滋养细胞衰老中的关键调控作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验验证,需要进一步在体功能验证 | 探索先兆子痫中滋养细胞衰老的分子机制和关键调控靶点 | 先兆子痫患者胎盘组织、LPS诱导的先兆子痫大鼠模型和体外培养的滋养细胞 | 单细胞测序分析 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序, ChIP检测, 转录组测序, WGCNA分析 | 列线图模型 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集(GSE173193, GSE24129, GSE75010)和实验验证样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5718 | 2025-10-06 |
Single-Cell Omics Analysis Reveals Immunological Dysregulation in COVID-19 and HIV: Identifying a Shared Abnormality of B Cell Activation via the Unfolded Protein Response and Diagnostic Biomarkers Using Machine Learning Algorithms
2025-Aug, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70538
PMID:40757697
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示COVID-19和HIV患者B细胞中未折叠蛋白反应通路的异常激活,并开发机器学习诊断模型 | 首次在单细胞水平发现COVID-19和HIV共享的B细胞未折叠蛋白反应通路异常激活机制 | 分子机制仍需进一步深入研究 | 探究COVID-19和HIV共存时疾病加重的分子机制 | COVID-19和HIV感染患者的外周血细胞 | 单细胞组学 | COVID-19, HIV | 单细胞转录组测序 | 机器学习诊断模型 | 单细胞转录组数据,批量转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5719 | 2025-10-06 |
Traditional medicine Kuanxiong Aerosol alleviates atherosclerotic plaque inflammation by mitigating CX3CR1+ macrophage apoptosis via the cGAS-STING pathway
2025-Jul-30, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157120
PMID:40753933
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研究论文 | 本研究探讨宽胸气雾剂通过cGAS-STING通路减轻CX3CR1+巨噬细胞凋亡,从而缓解动脉粥样硬化斑块炎症的作用机制 | 首次揭示宽胸气雾剂对巨噬细胞亚群的调控作用及其抗凋亡功能 | NA | 探索宽胸气雾剂治疗动脉粥样硬化的潜力及其作用机制 | ApoE-/-小鼠模型 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,超高效液相色谱-高分辨质谱,生物信息学分析,分子对接 | NA | 基因表达数据,质谱数据,组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5720 | 2025-10-06 |
Analyses of Nogo-Family Genes in Mouse and Human Microglia Omics Datasets Identify LINGO1 as a Candidate Drug Target in Alzheimer's Disease
2025-Jul-30, Current neuropharmacology
IF:4.8Q1
|
研究论文 | 通过分析小鼠和人类小胶质细胞组学数据,探索Nogo家族基因表达模式并鉴定LINGO1作为阿尔茨海默病的潜在药物靶点 | 首次发现LINGO1在人类AD小胶质细胞中高度富集,并系统分析了Nogo信号系统在小胶质细胞中的表达特征 | 研究主要基于公开数据集,需要进一步实验验证功能机制 | 探索Nogo家族基因在小胶质细胞中的表达模式及其在阿尔茨海默病中的作用 | 小鼠和人类小胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序,RNA-seq,RiboTag翻译谱分析 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 整合21个人类脑细胞单细胞测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | CZ CellxGene Discover | 用于整合分析21个单细胞测序数据集的工具平台 |