单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5601	2025-05-04	CITED2 Binding to EP300 Regulates Human Spermatogonial Stem Cell Proliferation and Survival Through HSPA6 2025, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/sci/2362489 PMID:40313859	研究论文	本研究探讨了CITED2通过结合EP300调控人类精原干细胞增殖和存活的机制	揭示了CITED2在人类精原干细胞中的新功能及其通过HSPA6调节增殖和凋亡的机制	研究主要基于体外细胞系实验，未涉及体内模型验证	阐明人类精原干细胞自我更新和分化的调控机制	人类精原干细胞	生殖生物学	男性不育	单细胞测序、RNA测序、免疫共沉淀	NA	测序数据	人类睾丸GEO数据集中的单细胞测序数据
5602	2025-05-04	The malignant signature gene of cancer-associated fibroblasts serves as a potential prognostic biomarker for colon adenocarcinoma patients 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1589678 PMID:40313961	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术识别并验证了与癌症相关成纤维细胞恶性相关的基因标记，特别是FNDC5基因，作为结肠腺癌患者的潜在预后生物标志物	首次通过单细胞RNA测序结合CNV推断和伪时间轨迹分析，识别出与CAFs恶性相关的基因，并验证了FNDC5作为独立预后基因的潜力	样本量相对较小（8,911个细胞），且仅在体外实验中验证了FNDC5的功能	探索癌症相关成纤维细胞在结肠腺癌中的特异性作用，并寻找潜在的预后生物标志物	结肠腺癌患者的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CNV分析，伪时间轨迹分析	Cox回归模型，LASSO回归	单细胞RNA测序数据	8,911个来自正常和肿瘤样本的细胞
5603	2025-05-04	BTG2-deficient mast cells remodel the tumor and tumor-draining lymph node microenvironment leading to chemotherapy resistance in breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562700 PMID:40313959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了BTG2缺陷型肥大细胞在乳腺癌肿瘤微环境和肿瘤引流淋巴结中的作用，及其与新辅助化疗耐药性的关联	首次发现低表达BTG2的肥大细胞通过IL-2分泌诱导Treg细胞产生，并通过Tryptase-PAR-2-pERK信号通路促进成纤维前体细胞分化，从而导致化疗耐药	研究样本量较小（仅4例乳腺癌患者），且机制研究主要在鼠模型中进行验证	探究乳腺癌化疗耐药性的免疫调控机制	乳腺癌患者肿瘤引流淋巴结和肿瘤组织中的肥大细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	鼠模型	RNA测序数据	4例乳腺癌患者（敏感组和耐药组各2例）
5604	2025-05-04	Revisiting the role of cancer-associated fibroblasts in tumor microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1582532 PMID:40313969	综述	本文深入探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的作用及其研究挑战	提出了CAF研究中的标准化命名和生物标志物缺乏问题，并探讨了CAFs在免疫逃逸和治疗抵抗中的动态作用	CAFs的异质性和功能多样性尚未完全理解，现有检测方法缺乏标准化和可靠的定量测量	旨在分析CAF研究中的挑战，提出未来研究方向，并强调改进CAF靶向治疗策略的必要性	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞转录组学、抗体检测、mRNA探针	NA	NA	NA
5605	2025-05-04	Perivascular RELMα-positive synovial macrophages recruit monocytes at the onset of inflammatory arthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567661 PMID:40313955	research paper	该研究揭示了在炎症性关节炎发病初期，RELMα阳性的滑膜巨噬细胞如何通过分泌CCL2招募单核细胞至滑膜间质	首次定位了RELMα阳性巨噬细胞在滑膜间质及血管周围的具体位置，并阐明了它们在单核细胞招募中的作用机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类疾病中的适用性尚需验证	探究炎症性关节炎发病初期单核细胞招募的细胞机制	RELMα阳性滑膜巨噬细胞和单核细胞	免疫学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, 报告基因小鼠模型	抗原诱导关节炎小鼠模型	基因表达数据	NA
5606	2025-05-03	Prognostic significance of neutrophil extracellular trap-related genes in childhood acute lymphoblastic leukemia: insights from multi-omics and in vitro experiment 2025-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1080/16078454.2025.2452701 PMID:39829399	研究论文	本研究基于中性粒细胞胞外诱捕网相关基因(NETRGs)构建了一个儿童急性淋巴细胞白血病(cALL)的预后模型	首次将多组学数据与体外实验相结合，鉴定出7个预后相关基因并构建风险模型，揭示了TLR2等6个潜在治疗靶点	研究样本来自公共数据库，缺乏独立队列验证实验结果的临床适用性	开发儿童急性淋巴细胞白血病的预后预测模型并探索潜在治疗靶点	儿童急性淋巴细胞白血病患者	生物信息学	急性淋巴细胞白血病	转录组测序、单细胞转录组测序、RT-qPCR	LASSO回归、Cox回归风险模型	基因表达数据	来自TARGET-ALL-P2/P3队列和GSE26713/GSE130116数据集的样本
5607	2025-05-03	Interferon Regulatory Factor 1 Promotes Diabetic Vasculopathy by Mediating Endothelial Cell Pyroptosis 2025-Jun, Annals of vascular surgery IF:1.4Q3 DOI:10.1016/j.avsg.2025.02.018 PMID:40086624	research paper	该研究探讨了干扰素调节因子1（IRF-1）通过介导内皮细胞焦亡促进糖尿病血管病变的机制	首次揭示了IRF-1在糖尿病血管病变中通过调节内皮细胞焦亡的作用机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究糖尿病血管病变的分子机制	糖尿病模型小鼠BKS-db/db和内皮细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、免疫荧光、免疫组化、HE染色、Masson染色	NA	基因表达数据、组织图像	两组样本（非糖尿病动脉粥样硬化和糖尿病动脉粥样硬化）
5608	2025-05-03	Single-cell sequencing reveals a regulatory role of WT1 in mast cell proliferation in endometrial polyps 2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500116R PMID:40304994	研究论文	通过单细胞测序技术研究子宫内膜息肉中WT1在肥大细胞增殖中的调控作用	首次在单细胞水平上揭示了WT1作为关键转录调节因子在子宫内膜息肉肥大细胞增殖中的作用	研究样本量有限，需要更大规模的验证	探究子宫内膜息肉的细胞异质性和分子机制	子宫内膜息肉(EPs)及邻近正常子宫内膜组织(EUs)	单细胞测序	子宫内膜息肉	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	子宫内膜息肉和邻近正常子宫内膜组织样本
5609	2025-05-03	CCN5 suppresses injury-induced vascular restenosis by inhibiting smooth muscle cell proliferation and facilitating endothelial repair via thymosin β4 and Cd9 pathway 2025-May-02, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehae911 PMID:39873228	研究论文	本研究探讨了CCN5在抑制血管损伤后再狭窄中的作用及其机制	揭示了CCN5通过胸腺素β4和Cd9通路抑制平滑肌细胞增殖并促进内皮修复的双重保护作用	研究主要基于动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CCN5在预防支架内再狭窄(ISR)中的作用机制	猪冠状动脉和小鼠股动脉的血管细胞	心血管疾病	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 酶联免疫吸附试验, 质谱分析, 免疫共沉淀	NA	基因表达数据, 蛋白质相互作用数据	支架植入猪冠状动脉和小鼠损伤诱导的股动脉新生内膜样本
5610	2025-05-03	Kindlin-2-Mediated Hematopoiesis Remodeling Regulates Triple-Negative Breast Cancer Immune Evasion 2025-May-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0698 PMID:39918417	研究论文	研究探讨了kindlin-2在三阴性乳腺癌（TNBC）免疫逃逸中的作用及其通过造血重塑调节免疫反应的机制	揭示了kindlin-2通过调节造血过程和PD-L1表达促进TNBC免疫逃逸的新机制，并提出了kindlin-2作为联合免疫检查点阻断治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索kindlin-2在TNBC免疫逃逸中的作用及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌（TNBC）及其免疫微环境	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组织化学（IHC）	基因敲除（KO）小鼠模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	未明确说明样本数量，但使用了TNBC肿瘤小鼠模型
5611	2025-05-03	Denosumab Enhances Antitumor Immunity by Suppressing SPP1 and Boosting Cytotoxic T Cells 2025-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-1094 PMID:40009710	研究论文	本研究探讨了denosumab通过抑制SPP1基因表达和增强细胞毒性T细胞活性来增强抗肿瘤免疫的新作用	揭示了denosumab在抗肿瘤免疫中的新机制，即通过抑制SPP1表达和增加细胞毒性T细胞数量来增强免疫反应	研究样本量较小，仅包括9例GCTB患者，且pan-cancer分析为相关性研究，未进行机制验证	探索denosumab在抗肿瘤免疫中的作用及其机制	人类巨细胞瘤(GCTB)患者样本和34种不同类型的癌症数据	肿瘤免疫学	巨细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9例GCTB患者样本(6例未治疗，3例仅接受denosumab治疗)和34种癌症的pan-cancer数据
5612	2025-05-03	Charting the Single-Cell and Spatial Landscape of IDH-Wildtype Glioblastoma with GBmap 2025-May-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf113 PMID:40312969	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据，构建了GBmap，一个全面的单细胞和空间图谱，以揭示IDH野生型胶质母细胞瘤的细胞异质性和空间结构	构建了GBmap，一个统一的单细胞图谱，并开发了肿瘤结构评分（TSS）来量化肿瘤组织，揭示了缺氧依赖性肿瘤微环境与不良预后的关联	研究依赖于已有数据集，可能受限于数据质量和样本多样性	揭示IDH野生型胶质母细胞瘤的细胞异质性、空间结构及其临床相关性	IDH野生型胶质母细胞瘤的肿瘤微环境和空间组织	digital pathology	glioblastoma	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	240名患者的110万个细胞
5613	2025-05-03	T-type calcium channels regulate medulloblastoma and can be targeted for therapy 2025-May, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-04967-5 PMID:39961940	研究论文	本研究探讨了T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次对T型钙通道在髓母细胞瘤中的多组学特征进行了全面表征，并提供了将米贝地尔重新用作治疗策略的临床前数据	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	研究T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其治疗靶点潜力	髓母细胞瘤肿瘤细胞和动物模型	肿瘤生物学	髓母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RPPA, hdWGCNA	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	公开可用的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集，以及动物模型
5614	2025-05-03	Harnessing omics data for drug discovery and development in ovarian aging 2025-May-01, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmaf002 PMID:39977580	综述	本文综述了多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	整合了基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组等多组学数据，从组织和单细胞层面探索卵巢衰老的分子机制和药物靶点	仅限于截至2024年9月的英文文献，可能遗漏其他语言的重要研究	探索多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	卵巢衰老相关的多组学数据	生物信息学	卵巢衰老	基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、微生物组学、单细胞技术、空间转录组学	机器学习、人工智能、深度学习	多组学数据	NA
5615	2025-05-03	Differential cellular origins of the extracellular matrix of tumor and normal tissues according to colorectal cancer subtypes 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02964-z PMID:40032993	research paper	该研究通过整合定量蛋白质组学和单细胞RNA测序数据，分析了结直肠癌肿瘤微环境中细胞外基质（ECM）的蛋白异质性	鉴定了正常组织和肿瘤组织中ECM蛋白的差异细胞来源，并建立了细胞-基质组数据库，定义了与特定成纤维细胞亚型相关的间充质亚型特异性分子	样本量较小（24个组织样本来自21名患者），可能影响结果的普遍性	理解结直肠癌肿瘤微环境中ECM的蛋白异质性及其与疾病进展的关系	结直肠癌患者的肿瘤组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	TMT质谱分析、scRNA-Seq、bulk RNA-Seq	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据	24个组织样本（来自21名CRC患者）
5616	2025-05-03	Macrophage-mediated IL-6 signaling drives ryanodine receptor-2 calcium leak in postoperative atrial fibrillation 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI187711 PMID:40048254	研究论文	本研究探讨了术后心房颤动(poAF)的细胞和分子机制，特别是巨噬细胞介导的IL-6信号在RyR2钙泄漏中的作用	首次揭示了巨噬细胞通过IL-6-STAT3-CaMKII信号通路驱动RyR2-S2814磷酸化，从而导致poAF的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明术后心房颤动的发病机制	小鼠和人类心脏手术后的心房组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、假时间轨迹分析、共聚焦成像	条件性基因敲除小鼠模型(cKO)	单细胞转录组数据、生化数据、功能数据	小鼠模型和人类心包液样本(具体数量未明确说明)
5617	2025-05-03	Claudin18.2-positive gastric cancer-specific changes in neoadjuvant chemotherapy-driven immunosuppressive tumor microenvironment 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02981-y PMID:40128286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，分析了37例胃癌样本，探讨了新辅助化疗驱动的CLDN18.2阳性胃癌肿瘤微环境的免疫抑制变化	揭示了化疗在CLDN18.2阳性胃癌中驱动免疫抑制性肿瘤微环境变化的特异性机制	样本量较小（37例GC样本，其中11例CLDN18.2阳性）	探究CLDN18.2阳性胃癌中新辅助化疗驱动的肿瘤微环境变化	胃癌样本（特别是CLDN18.2阳性病例）	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据	37例胃癌样本（11例CLDN18.2阳性）
5618	2025-05-03	Dissecting the Single-Cell Diversity and Heterogeneity Underlying Cervical Precancerous Lesions and Cancer Tissues 2025-May, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-024-01695-5 PMID:39354287	研究论文	研究从宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌(CSCC)的细胞多样性和异质性	整合四个单细胞数据集，利用scCODA揭示细胞类型组成变化，并通过ATAC-seq分析将表观遗传改变与基因表达谱相关联，识别出与CSCC进展相关的关键转录因子	NA	探索宫颈癌前病变到宫颈鳞状细胞癌的细胞多样性和异质性	正常组织、癌旁组织、癌前病变和宫颈肿瘤	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序、ATAC-seq、RT-qPCR、免疫组化(IHC)	logistic回归模型	单细胞测序数据、表观遗传数据、基因表达数据	四个单细胞数据集(具体样本数量未明确说明)
5619	2025-05-03	Restoring mitochondrial function promotes hematopoietic reconstitution from cord blood following cryopreservation-related functional decline 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183607 PMID:40036065	研究论文	研究探讨了冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响，并提出了一种恢复线粒体功能的策略	首次构建了冷冻保存脐带血造血干细胞的单细胞转录组图谱，并发现冷冻保存导致线粒体功能异常，提出使用萝卜硫素（SF）改善这一现象	研究仅基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中验证SF的效果	探究冷冻保存对脐带血造血干细胞功能的影响及可能的改善策略	脐带血中的CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及单核细胞（MNCs）	再生医学	造血系统疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	冷冻保存1、5、10和19年的脐带血样本
5620	2025-05-03	Innate immune training in the neonatal response to sepsis 2025-Apr-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01179-5 PMID:40307728	research paper	研究新生儿对败血症的先天免疫训练反应	揭示了卡介苗（BCG）疫苗接种通过重新编程骨髓生成的多方面来改善新生儿对多微生物败血症的生存率	训练免疫如何影响宿主保护性反应的具体机制尚未明确	探讨BCG疫苗接种对新生儿免疫系统的影响及其在败血症防护中的作用	新生儿，特别是早产儿	免疫学	败血症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量