单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-04-11	Uncovering Molecular and Genetic Drivers of Dental Caries Via scRNA-seq and Mendelian Randomisation 2025-Apr, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.10.005 PMID:39510929	研究论文	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和孟德尔随机化（MR）揭示龋齿的分子和遗传驱动因素	首次结合scRNA-seq和MR技术，全面解析龋齿的分子和遗传机制，发现六个关键基因与龋齿风险相关	未来研究需进一步探索这些基因在龋齿进展中的功能作用及其作为早期检测和治疗靶点的潜力	阐明导致龋齿易感性和进展的分子和遗传因素	健康和龋齿影响的牙髓组织	基因组学	龋齿	scRNA-seq, 孟德尔随机化（MR）	NA	基因表达数据	GSE185222数据集中的牙髓组织样本
542	2025-04-11	S100A8/A9 innate immune signaling as a distinct mechanism driving progression of smoking-related breast cancers 2025-Apr, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03276-5 PMID:39856330	research paper	该研究揭示了S100A8/A9先天免疫信号作为吸烟相关乳腺癌进展的独特分子机制	发现了α7 nAChR-S100A8/A9-Syntaphilin免疫信号模块驱动尼古丁诱导的肿瘤进展，并将吸烟相关乳腺癌识别为一种独特的侵袭性亚型	研究主要关注吸烟相关乳腺癌，未涉及其他环境因素或遗传因素对乳腺癌进展的影响	探索吸烟如何通过先天免疫信号促进乳腺癌进展的分子机制	吸烟相关的乳腺癌细胞和患者样本	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包括乳腺癌细胞和患者样本
543	2025-04-11	Macrophages protect against sensory axon loss in peripheral neuropathy 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08535-1 PMID:39939762	research paper	研究探讨巨噬细胞在预防周围神经病变中感觉轴突损失的作用	首次揭示CCR2巨噬细胞在肥胖前期糖尿病小鼠周围神经中的神经保护作用，通过galectin 3延缓感觉轴突退化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究炎症在周围神经病变发病机制中的作用	肥胖前期糖尿病小鼠的周围神经	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用高脂高果糖饮食（HFHFD）喂养的小鼠
544	2025-03-19	A graph neural network that combines scRNA-seq and protein-protein interaction data 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02628-z PMID:40097813	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
545	2025-03-21	Marrying mechanics with spatial transcriptomics 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02491-4 PMID:40108447	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
546	2025-04-11	Insulin-like growth factor 2 as a driving force for exponential expansion and differentiation of the neonatal thymus 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204347 PMID:40110795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胰岛素样生长因子2（IGF2）在新生儿胸腺扩张和分化中的关键作用	首次发现成纤维细胞来源的IGF2通过促进皮质胸腺上皮细胞增殖来驱动新生儿胸腺扩张，并揭示了其在进化上的保守性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究胸腺从快速发育到稳态转变的分子机制	小鼠和人类胸腺组织	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类胸腺组织
547	2025-04-11	MiR-146a engineered extracellular vesicles derived from mesenchymal stromal cells more potently attenuate ischaemia-reperfusion injury in lung transplantation 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70298 PMID:40195092	研究论文	研究通过雾化递送工程化的人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡（hucMSC-EVs）来减轻大鼠肺移植模型中的缺血再灌注损伤（IRI）	使用miR-146a修饰的hucMSC-EVs通过抑制NLRP3炎症小体激活来减轻IRI，并通过雾化递送实现非侵入性治疗	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	探索减轻肺移植中缺血再灌注损伤的新方法	大鼠肺移植模型和细胞冷保存再灌注模型	数字病理	肺移植相关疾病	Bulk-RNA测序、单细胞测序分析、免疫荧光和Western blot	大鼠原位肺移植模型	基因表达数据和蛋白质数据	NA
548	2025-04-11	Roles of innate immune system and receptor Dectin-1 in synovium and cartilage homeostasis of osteoarthritis 2025-Mar-29, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142669 PMID:40164261	研究论文	本研究探讨了先天免疫系统及其受体Dectin-1在骨关节炎（OA）滑膜和软骨稳态中的作用	揭示了先天免疫相关基因和通路在OA滑膜中的表达模式，并强调了Dectin-1在巨噬细胞中的作用	需要进一步探索先天免疫在OA中的具体机制	研究先天免疫在OA滑膜炎中的机制	OA患者的滑膜组织和巨噬细胞	免疫学	骨关节炎	RNA测序、单细胞测序、STRING数据库分析	机器学习算法组合（113种）	RNA测序数据、单细胞测序数据	NA
549	2025-04-11	Integration of bulk and single-cell RNA sequencing reveals dynamic changes in epidermal cells 2025-Mar-28, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142601 PMID:40158578	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，研究牦牛表皮细胞在毛囊周期中的动态变化及其调控机制	首次结合批量与单细胞RNA测序揭示牦牛毛囊周期中14种不同细胞群体的时空动态变化及表皮细胞分化轨迹	研究仅聚焦于牦牛模型，未验证其他物种的普适性	解析毛囊周期中表皮细胞行为的分子调控机制	牦牛表皮细胞（生长期、退行期、休止期）	单细胞组学	NA	批量RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多时期牦牛表皮细胞样本（具体数量未明确）
550	2025-04-11	Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status 2025-Mar-27, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513 PMID:40203764	研究论文	该研究比较了单独使用pembrolizumab或与低剂量化疗联合使用对非小细胞肺癌（NSCLC）且身体状况较差患者的疗效	首次在身体状况较差的NSCLC患者中比较了pembrolizumab单独使用与联合低剂量化疗的疗效，并提供了长期生存数据	样本量较小（43名患者），且仅20名患者可评估反应，可能影响统计效力	评估pembrolizumab单独或联合低剂量化疗在身体状况较差的晚期NSCLC患者中的疗效和安全性	晚期非小细胞肺癌且ECOG评分为2的患者	肿瘤学	非小细胞肺癌	流式细胞术和单细胞测序	随机对照试验	临床数据和生物标志物数据	43名患者（每组20名可评估反应）
551	2025-04-11	Single-cell transcriptomic analysis identifies tissue-specific fibroblasts as the main modulators of myeloid cells in peritoneal metastasis of different origin 2025-Mar-26, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217678 PMID:40154914	研究论文	通过单细胞转录组分析，识别出组织特异性成纤维细胞是不同来源腹膜转移中髓系细胞的主要调节者	发现了一种仅在CPM和正常腹膜中检测到的具有免疫调节特性的成纤维细胞亚群，并证实其与巨噬细胞的相互作用	研究主要基于单细胞RNA测序和免疫组化，未涉及功能实验验证所有发现的生物学机制	探究结直肠癌腹膜转移微环境中不同细胞类型间的相互作用	结直肠癌腹膜转移患者和结直肠癌患者的肿瘤及远处正常组织	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 免疫组化	NA	单细胞转录组数据, 图像数据	结直肠癌腹膜转移患者和结直肠癌患者的组织样本
552	2025-04-11	Comparative single cell analysis of transcriptional bursting reveals the role of genome organization on de novo transcript origination 2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591771 PMID:38746255	研究论文	通过比较单细胞RNA测序研究，揭示了基因组组织对转录爆发和新转录本起源的影响	提出了一种新的统计方法，识别出198个基因核心集，能够预测细胞类型身份并跨越2500-3000万年的物种特异性差异	研究仅基于三个近缘物种，可能无法推广到更广泛的物种范围	探究基因组组织对精子发生过程中转录爆发和分子进化的影响	精子发生过程中的生殖细胞和体细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), RNA荧光原位杂交(FISH), 成像技术	NA	RNA测序数据, 图像数据	三个近缘物种的精子发生过程中的细胞
553	2025-04-11	Decoding glioblastoma's diversity: Are neurons part of the game? 2025-Mar-25, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217666 PMID:40147584	研究论文	探讨胶质母细胞瘤（GBM）与神经元之间的相互作用及其在肿瘤发展中的作用	揭示了GBM如何利用神经发育途径重塑神经元网络，并提出了潜在的细胞间相互作用驱动胶质瘤-神经元动态的假设	scRNA-seq技术无法捕获神经元的转录组，需依赖snRNA-seq进行研究	研究GBM与神经元的相互作用及其在肿瘤发展中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）和神经元	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	公开可用的snRNA-seq数据集
554	2025-04-11	Propionate alleviates diabetes-induced cardiac fibrosis in mice via regulating Serpinf1 2025-Mar-25, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.151641 PMID:40203653	研究论文	本研究探讨了丙酸盐对糖尿病小鼠心脏纤维化的治疗作用及其机制	发现丙酸盐通过上调Serpinf1基因表达，抑制Wnt信号通路的异常激活，改善糖尿病心脏纤维化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	研究丙酸盐对糖尿病心脏纤维化的治疗作用及机制	链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠模型和原代小鼠心脏成纤维细胞	心血管疾病	糖尿病心肌病	单细胞RNA测序、shRNA敲低实验	小鼠模型	RNA测序数据、生化检测数据	未明确说明具体数量，使用糖尿病小鼠模型和原代心脏成纤维细胞
555	2025-04-11	Cardiac Fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development via the collagen signaling pathway 2025-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.11.612512 PMID:39314489	research paper	本研究揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制	首次系统性地探索了心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞在发育过程中的相互关系，并确定了胶原作为关键信号分子	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心脏成纤维细胞在心肌和血管发育中的作用机制	小鼠心脏成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	心血管发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、Pdgfra-CreER控制的DTA系统	小鼠模型	基因表达数据、单细胞测序数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织
556	2025-04-11	Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644194 PMID:40166168	研究论文	本文提出了一种基于最优传输的时空转录组学轨迹推断方法SOCS，用于保持生物结构单元的完整性	SOCS方法在时间序列空间转录组学数据中保持生物结构单元的连续性和基因表达相似性，提高了轨迹推断的准确性	未提及具体的数据集或实验验证范围，可能缺乏广泛的适用性验证	开发一种能够保持生物结构单元完整性的时间序列空间转录组学轨迹推断方法	时间序列空间转录组学数据	生物信息学	NA	最优传输	SOCS	基因表达数据	NA
557	2025-04-11	Machine learning predictions from unpredictable chaos 2025-Mar-19, ArXiv PMID:40166748	research paper	本文介绍了一种名为混沌学习的新颖多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中进行准确预测	首次提出混沌学习范式，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入到交互式混沌动力系统中，实现对混沌系统前所未有的定量预测	NA	探索混沌系统的可预测性并开发新的预测方法	混沌系统（Lorenz和Rossler吸引子）以及28个现实问题数据集（包括脑电波、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据和图像数据）	machine learning	NA	multiscale topological Laplacians	NA	脑电波数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	28个数据集（10个脑电波、4个蛋白质基准数据集、13个单细胞RNA测序数据集和1个图像数据集）
558	2025-04-11	Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.29.564555 PMID:39677775	研究论文	本文研究了乳腺小叶癌中DNA损伤检查点中介蛋白1（MDC1）的共调节活性及其与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性的关联	揭示了MDC1在乳腺小叶癌中的新型共调节活性及其导致的DNA修复功能障碍，以及这种功能障碍如何与PARP抑制剂敏感性相关	研究主要基于细胞和异种移植模型，尚未在临床患者中验证	探讨乳腺小叶癌中MDC1的共调节活性及其对DNA修复和PARP抑制剂敏感性的影响	乳腺小叶癌细胞和异种移植模型	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组分析、DNA修复活性分析	异种移植模型	转录组数据、功能数据	多个乳腺小叶癌异种移植模型
559	2025-04-11	Epigenomic subtypes of late-onset Alzheimer's disease reveal distinct microglial signatures 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.15.643144 PMID:40166175	研究论文	本研究通过分析三个独立尸检脑队列的全基因组DNA甲基化数据，识别出晚发性阿尔茨海默病的两种表观基因组亚型，并探讨了它们的细胞类型特异性及其与临床或神经病理特征的关联	首次在晚发性阿尔茨海默病中识别出两种具有不同细胞类型特异性DNA甲基化模式的表观基因组亚型，并揭示了它们与特定小胶质细胞状态的关联	研究基于尸检脑组织样本，可能无法完全反映疾病早期阶段的表观遗传变化	探索晚发性阿尔茨海默病的分子异质性，为精准医疗提供基础	晚发性阿尔茨海默病患者(三个独立尸检脑队列，n=831)	表观遗传学	阿尔茨海默病	全基因组DNA甲基化分析、单细胞RNA测序、批量RNA测序	无监督聚类方法	DNA甲基化数据、转录组数据	三个独立尸检脑队列共831例样本
560	2025-04-11	Astrocyte heterogeneity reveals region-specific astrogenesis in the white matter 2025-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01878-6 PMID:39994409	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，比较了小鼠大脑皮层灰质和白质/胼胝体中的星形胶质细胞，揭示了白质星形胶质细胞的异质性及其与灰质星形胶质细胞的差异	首次系统比较了灰质和白质星形胶质细胞的分子特征，并发现不同白质区域（如皮层和小脑）的星形胶质细胞具有区域特异性分子特性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究白质星形胶质细胞的异质性及其与灰质星形胶质细胞的区别	小鼠大脑皮层灰质和白质/胼胝体中的星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	小鼠前脑样本