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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5561 | 2025-10-06 |
Blood Biomarker-Based Predictive Indicator for Liver Metastasis in Alpha-Fetoprotein-Producing Gastric Cancer and Multi-Omics Tumor Microenvironment Insights
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503499
PMID:40433893
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研究论文 | 本研究开发了基于血液生物标志物的预测指标ANLiM评分,用于预测甲胎蛋白产生型胃癌的肝转移和免疫治疗反应 | 首次结合AFP和中性粒细胞-淋巴细胞比率开发ANLiM评分,并通过多组学分析揭示肝转移AFPGC的免疫抑制微环境特征 | 回顾性研究设计,样本量相对有限(317例患者) | 开发甲胎蛋白产生型胃癌肝转移的预测指标并探索其肿瘤微环境特征 | 317例甲胎蛋白产生型胃癌患者 | 肿瘤学 | 胃癌 | 多变量逻辑回归模型,全外显子组测序,蛋白质组分析,单细胞RNA测序,多重免疫荧光 | 逻辑回归模型,列线图 | 临床数据,基因组数据,蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 317例患者 | NA | 全外显子组测序,蛋白质组分析,单细胞RNA测序,空间转录omics | NA | NA |
| 5562 | 2025-10-06 |
A Dual Approach with Organoid and CRISPR Screening Reveals ERCC6 as a Determinant of Cisplatin Resistance in Osteosarcoma
2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500632
PMID:40476445
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研究论文 | 本研究通过骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选技术,揭示了ERCC6基因在骨肉瘤顺铂耐药性中的关键作用机制 | 首次结合患者来源骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选技术,发现ERCC6通过调控BAX基因的可变剪接影响顺铂耐药性 | 研究主要基于体外和动物模型,尚未进行临床验证 | 探究骨肉瘤顺铂耐药性的分子机制 | 骨肉瘤患者来源类器官和骨肉瘤细胞系 | 癌症生物学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, CRISPR筛选, 组织病理学分析 | 类器官模型, 细胞系模型 | 基因表达数据, 测序数据, 病理图像 | 患者来源骨肉瘤类器官和骨肉瘤细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 5563 | 2025-10-06 |
Fibroblasts-The emerging therapeutic target of the cardiovascular system?
2025-Jul, Pharmacological reviews
IF:19.3Q1
DOI:10.1016/j.pharmr.2025.100072
PMID:40609323
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综述 | 探讨成纤维细胞在心血管系统中的异质性及其作为新兴治疗靶点的潜力 | 通过单细胞RNA测序揭示成纤维细胞在心血管系统中的异质性和可塑性,提出其超越细胞外基质生产的多样化功能 | 缺乏成纤维细胞亚型的共识命名法,需要大规模荟萃分析和广泛验证研究 | 探索成纤维细胞在心血管系统中的治疗潜力 | 心血管系统中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5564 | 2025-10-06 |
Rewriting the dendritic cell code in cancer-from subset identity to immunotherapeutic design
2025-Jul, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70108
PMID:40667699
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综述 | 本文系统解析树突状细胞在癌症免疫中的功能特化及其被肿瘤微环境重编程的机制,并探讨相关免疫治疗策略 | 整合空间转录组学和单细胞研究最新发现,揭示关键DC-T细胞生态位,提出基于DC亚群特异性的情境感知免疫治疗新范式 | 作为综述文章,未包含原始实验数据,主要基于已有研究进行整合分析 | 阐明树突状细胞在肿瘤免疫中的重编程机制并探索免疫治疗新策略 | 树突状细胞亚群(cDC1、cDC2、pDCs、DC3s、tDCs、moDCs等)及其与肿瘤微环境的相互作用 | 免疫学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞研究 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞研究 | NA | NA |
| 5565 | 2025-10-06 |
Hantaan virus-derived peptides that stabilize HLA-E could abrogate inhibition of CD56dimNKG2A+ NK cells
2025-Jul, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012717
PMID:40680069
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研究论文 | 本研究揭示了汉坦病毒来源肽段通过稳定HLA-E分子从而解除CD56dimNKG2A+ NK细胞抑制的机制 | 首次发现汉坦病毒来源的四种表位肽均不能被CD94/NKG2A识别,反而能增强NK细胞的细胞毒性功能 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 探讨汉坦病毒感染中NKG2A-HLA-E轴介导的NK细胞应答机制 | 肾综合征出血热患者和汉坦病毒 | 免疫学 | 病毒感染性疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,配体-受体结合实验,四聚体染色,细胞毒性实验 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,结合亲和力数据 | 肾综合征出血热患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5566 | 2025-10-06 |
Featured Immune Characteristics of Periodontitis and Primary Sjögren's Syndrome Revealed by Single-Cell Transcriptome Analyses
2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70713
PMID:40696268
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示牙周炎和原发性干燥综合征的免疫特征 | 首次在单细胞水平比较牙周炎和原发性干燥综合征的免疫细胞景观,发现两种疾病共有的CD8 naive T细胞耗竭机制 | 数据来源于公共数据库,样本量有限,需要进一步实验验证 | 比较牙周炎和原发性干燥综合征在单细胞水平的免疫特征异同 | 健康对照者、牙周炎患者和原发性干燥综合征患者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 牙周炎, 原发性干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | Seurat, NicheNetr | 单细胞转录组数据 | 来自NCBI和NGDC数据库的PBMC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5567 | 2025-10-06 |
Extracellular Origins of Cognition: Lessons from Primate Neocortical ECM
2025-Jul, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.13979
PMID:40696865
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评论 | 本文评论了Vilicich等人的研究,该研究通过多模态方法构建了灵长类新皮层发育过程中细胞外基质的分子图谱 | 整合单细胞转录组学、蛋白质组学和免疫组织荧光技术,首次系统绘制发育中灵长类新皮层ECM的空间分布图谱,提出“Exomatrix”概念 | 作为评论性文章,未提供原始实验数据,主要基于对已有研究的解读和分析 | 探讨细胞外基质在神经发育和认知功能形成中的作用 | 人类和非人类灵长类动物发育中的新皮层 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学, 蛋白质组学, 免疫组织荧光 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组分析, 空间成像 | NA | NA |
| 5568 | 2025-10-06 |
Genetic Associations of Clonal Hematopoiesis With Cardioembolic Stroke: Insights From Genome-Wide Mendelian Randomization, Bulk RNA, Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70515
PMID:40702735
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研究论文 | 本研究通过基因组范围孟德尔随机化、转录组学和单细胞RNA测序探讨克隆造血与心源性卒中之间的遗传关联 | 首次通过多组学整合揭示CHIP与心源性卒中的因果关联,并发现PARP1和CD3G作为关键治疗靶点 | 样本量有限,需要进一步实验验证机制 | 探索克隆造血与缺血性卒中之间的因果关系和分子机制 | 缺血性卒中患者队列和克隆造血相关遗传标记 | 生物信息学 | 心血管疾病 | GWAS, RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习 | 孟德尔随机化模型, 机器学习模型 | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞数据 | GWAS卒中队列数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 5569 | 2025-10-06 |
S-Propargyl-Cysteine Attenuates Stroke Heterogeneity via Promoting Protective Autophagy Across Multiple Neural Cell Types: Insights From Single-Cell Sequencing
2025-Jul, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70399
PMID:40702904
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示S-炔丙基半胱氨酸通过促进保护性自噬在多种神经细胞类型中减轻脑卒中异质性的神经保护机制 | 首次发现SPRC通过不依赖经典酶CBS/3-MST的方式发挥神经保护作用,并揭示其通过激活保护性自噬的分子机制 | 研究主要基于动物模型,临床转化潜力需进一步验证;对自噬信号通路的具体调控机制尚未完全阐明 | 探究SPRC在缺血性脑卒中中的神经保护潜力及其作用机制 | 脑缺血大鼠模型、CBS和3-MST基因敲除小鼠、中枢神经系统细胞(特别是神经元) | 单细胞测序 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序,脑缺血-再灌注损伤模型,基因敲除技术 | NA | 单细胞RNA测序数据,血清H2S水平数据,神经行为学数据 | 基于GEO数据集GSE174574的大鼠和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5570 | 2025-10-06 |
APOBEC3C-Mediated NF-κB Activation Promotes Malignant Progression of Gliomas
2025-Jul, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.70224
PMID:40704619
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研究论文 | 本研究探讨APOBEC3C在胶质瘤恶性进展中的作用机制及其临床意义 | 首次揭示APOBEC3C通过NF-κB信号通路促进胶质瘤上皮间质转化过程 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内实验验证 | 分析APOBEC3C在胶质瘤中的临床病理特征、免疫学特性及预后价值,并验证其介导胶质瘤恶性进展的具体机制 | 胶质瘤患者和胶质瘤细胞系 | 生物信息学 | 胶质瘤 | mRNA-seq, 单细胞测序, Western blot, Transwell实验, 细胞划痕实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据, 蛋白质印迹数据 | CGGA数据库693例胶质瘤患者,TCGA数据库697例胶质瘤患者,另加CGGA单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5571 | 2025-10-06 |
Pan-cancer analysis of enhancer-induced MIR17HG and validation as a SIRT1-promoting factor in colorectal cancer
2025-Jun-30, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02841-y
PMID:40586938
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研究论文 | 通过泛癌分析揭示MIR17HG的致癌作用及其在结直肠癌中通过HSF1增强子激活的调控机制 | 首次发现HSF1通过增强子活性驱动MIR17HG过表达,并证实其通过SIRT1促进结直肠癌进展 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探索MIR17HG在癌症中的致癌作用及其调控机制 | 多种肿瘤类型及结直肠癌 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 生物信息学分析,单细胞测序,虚拟筛选 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 23种肿瘤类型和11种肿瘤类型的表达数据 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5572 | 2025-10-06 |
Epidermal γδ T cells, CD8 T cells and macrophages are increased in number in alopecia areata and express BST2 as part of an interferon-driven antiviral gene signature
2025-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.26.661822
PMID:40667382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现斑秃皮肤中表皮γδ T细胞、CD8 T细胞和巨噬细胞数量增加,并表达干扰素驱动的抗病毒基因标记物BST2 | 首次发现表皮γδ T细胞和巨噬细胞参与斑秃发病机制,并确定BST2作为干扰素驱动免疫激活的标志物 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 阐明斑秃发病机制中除CD4和CD8 T细胞外其他免疫细胞的作用 | C3H/HeJ小鼠斑秃模型和人类斑秃皮肤样本 | 免疫学 | 斑秃 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5573 | 2025-10-06 |
TET3 facilitates bladder cancer progression through targeted modulation of stemness pathways
2025-Jun-26, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-025-02857-4
PMID:40569530
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研究论文 | 本研究揭示TET3通过调控干细胞特性通路促进膀胱癌进展的分子机制 | 首次在膀胱癌中系统阐明TET3通过调控干细胞特性通路促进肿瘤进展的作用机制 | 未明确TET3调控干细胞特性的具体下游靶点及信号通路细节 | 探究TET3在膀胱癌进展中的作用机制及潜在治疗价值 | 膀胱癌细胞系及动物模型 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,功能实验,体内肿瘤生长分析,组织学分析 | NA | 基因表达数据,组织图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5574 | 2025-10-06 |
Multimodal transcriptomics identifies metallothionein as a novel pathway in primary sclerosing cholangitis
2025-Jun-25, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001432
PMID:40560681
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研究论文 | 本研究通过结合空间转录组学和单核RNA测序技术,在原发性硬化性胆管炎中发现了金属硫蛋白这一新通路 | 首次在PSC中鉴定出金属硫蛋白通路,并通过多组学技术将其定位到纤维化病变边缘的特定肝细胞亚型 | 样本量相对有限,且主要使用移植肝脏样本,可能无法完全代表疾病早期阶段 | 探索原发性硬化性胆管炎的发病机制和潜在治疗靶点 | 人类肝脏移植样本和小鼠模型 | 数字病理学 | 原发性硬化性胆管炎 | 空间转录组学,单核RNA测序,免疫组织化学 | NA | 转录组数据,空间定位数据 | 23例PSC患者和7例疾病对照的肝脏样本,共分析76,664个空间位点和91,891个细胞核 | NA | 空间转录组学,单核RNA测序 | NA | NA |
| 5575 | 2025-10-06 |
A scalable, all-optical method for mapping synaptic connectivity with cell-type specificity
2025-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.25.661552
PMID:40667305
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研究论文 | 开发了一种可扩展的全光学方法,用于绘制具有细胞类型特异性的突触连接图谱 | 结合光学扰动与观察工具和空间转录组学,实现了高灵敏度、高通量且具有细胞类型特异性的长程突触连接检测 | NA | 开发高通量方法以解析哺乳动物大脑中细胞类型特异性连接模式 | 小鼠运动皮层中超过1000个运动皮层神经元 | 神经科学 | NA | 全光学方法、遗传编码电压指示剂、空间转录组学 | NA | 光学成像数据、基因表达数据 | 超过1000个运动皮层神经元 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5576 | 2025-10-06 |
Integrating Artificial Intelligence in Next-Generation Sequencing: Advances, Challenges, and Future Directions
2025-Jun-19, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47060470
PMID:40699869
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综述 | 探讨人工智能与二代测序技术的融合及其在基因组学研究和临床应用中的变革性影响 | 系统阐述AI在NGS全流程中的增强作用,并前瞻性地讨论AI在第三代测序中的应用及联邦学习等未来方向 | 存在数据异质性、模型可解释性和伦理问题等挑战 | 研究人工智能与二代测序技术的协同整合及其在基因组学领域的应用 | 人工智能技术与二代测序技术的整合方法及应用场景 | 机器学习 | 癌症 | 二代测序,第三代测序,单细胞测序 | CNN, RNN, 混合架构 | 基因组数据,表观基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,表观基因组分析,转录组学 | NA | NA |
| 5577 | 2025-10-06 |
Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2025-Jun-03, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366
PMID:39704522
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研究论文 | 通过多模态空间分析揭示输卵管前驱病变向高级别浆液性卵巢癌发展过程中的免疫抑制和微环境重塑机制 | 首次整合高plex成像和空间转录组学技术分析HGSOC发展过程中的人类组织样本,揭示了前驱病变中染色体不稳定、持续性IFN信号传导和免疫失调等分子变化 | 样本数量有限,研究结果需要在更大规模队列中验证 | 阐明输卵管前驱病变向高级别浆液性卵巢癌发展的分子机制 | 人类输卵管组织样本,包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC | 数字病理学 | 卵巢癌 | 高plex成像,空间转录组学 | NA | 图像,空间转录组数据 | 不同HGSOC发展阶段的人类组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5578 | 2025-10-06 |
Effect of Chronic Stress on Whole Blood Transcriptome: A Meta-Analysis of Publicly Available Datasets from Rodent Models
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657043
PMID:40661584
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荟萃分析 | 通过荟萃分析公开数据集研究慢性应激对小鼠全血转录组的影响 | 首次对多个公开数据集进行系统性荟萃分析,结合单细胞RNA测序数据探索细胞类型特异性富集 | 仅纳入三个数据集,样本量有限(n=92),仅使用小鼠模型 | 研究慢性应激对全血转录组的影响,为神经精神疾病的诊断和治疗提供分子见解 | 8周龄小鼠 | 转录组学 | 神经精神疾病 | 转录组分析,单细胞RNA测序 | 随机效应模型,Limma分析流程 | 基因表达数据 | 92只小鼠(45只非应激组/47只应激组) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | NA | 小鼠外周血单个核细胞单细胞RNA测序数据集 |
| 5579 | 2025-10-06 |
Reconstructing Dynamic Gene Regulatory Networks Using f-Divergence from Time-Series scRNA-Seq Data
2025-May-30, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47060408
PMID:40699807
|
研究论文 | 提出一种基于f-散度的动态基因调控网络推断方法f-DyGRN,用于从时间序列单细胞RNA测序数据重建动态基因调控网络 | 首次将f-散度应用于量化单细胞基因表达的时间变异,结合Granger因果关系模型和移动窗口策略捕捉动态调控变化 | 方法性能依赖于合适的f-散度度量选择,且仅使用THP-1细胞数据进行验证 | 从时间序列单细胞RNA测序数据推断动态基因调控网络 | THP-1人髓系单核细胞白血病细胞的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | f-DyGRN(基于f-散度的动态基因调控网络模型),Granger因果关系模型 | 单细胞RNA测序数据,时间序列数据 | 模拟数据和真实THP-1细胞单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5580 | 2025-10-06 |
Mapping Small Extracellular Vesicle Secretion Potential in Healthy Human Gingiva Using Spatial Transcriptomics
2025-Apr-07, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47040256
PMID:40699655
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研究论文 | 利用空间转录组学技术绘制健康人牙龈组织中小细胞外囊泡分泌潜力的空间分布图谱 | 首次在sEVs生物发生特定背景下对可用牙龈转录组数据进行荟萃分析,揭示了沟内上皮浅层和深层是sEVs相关基因表达最富集的区域 | 研究基于公开转录组数据,未进行实验验证;仅分析了43个已知sEVs生物发生相关基因中的12个 | 探索健康人牙龈组织中不同结构在小细胞外囊泡生物发生中的作用 | 健康人牙龈组织 | 空间转录组学 | 口腔组织再生 | 空间转录组学,基因本体分析 | NA | 转录组数据,空间基因表达数据 | 公开可用的牙龈转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |