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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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5541 | 2025-02-21 |
Hypoxia-induced histone methylation and NF-κB activation in pancreas cancer fibroblasts promote EMT-supportive growth factor secretion
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635486
PMID:39974981
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研究论文 | 本文研究了胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境中缺氧诱导的组蛋白甲基化和NF-κB激活如何促进癌症相关成纤维细胞(CAFs)分泌支持上皮-间质转化(EMT)的生长因子 | 揭示了缺氧条件下CAFs通过IGF-2和HGF促进PDAC癌细胞EMT的机制,并发现活性氧激活的NF-κB与缺氧依赖性组蛋白甲基化共同作用促进这些生长因子的表达 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人体中进行验证 | 探讨缺氧条件下CAFs如何通过生长因子介导的细胞间通讯促进PDAC癌细胞的EMT | 胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和癌细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组分析、抑制剂筛选 | NA | 转录组数据、小鼠模型数据 | 患者肿瘤样本和小鼠模型 |
5542 | 2025-02-21 |
Identification of High-Risk Cells in Single-Cell Spatially Resolved Transcriptomics Data Using Deep Transfer Learning
2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.30.635803
PMID:39975321
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DEGAS的深度迁移学习算法,用于在单细胞空间分辨转录组数据中识别高风险细胞和区域 | DEGAS算法通过基因表达数据的潜在表示和领域适应,将疾病属性从患者转移到单个细胞,解决了现有方法无法将单个细胞与疾病属性关联的问题 | NA | 识别单细胞空间分辨转录组数据中的高风险细胞和区域,以深入了解特定疾病过程 | 肿瘤样本中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 深度迁移学习 | 单细胞空间分辨转录组数据 | 包括10X Genomics Xenium和Nanostring CosMx平台的数据,以及新生成的T2D Xenium数据集和公开的黑色素瘤Xenium数据集 |
5543 | 2025-02-21 |
Nicotinamide N-methyltransferase negatively regulates metastasis-promoting property of cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma
2025-Feb, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.12633
PMID:39623600
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研究论文 | 本研究探讨了烟酰胺N-甲基转移酶(NNMT)在肺腺癌(LUAD)中的代谢和表观遗传调控作用 | 揭示了NNMT在癌症相关成纤维细胞(CAFs)中的代谢和表观遗传调控功能,扩展了对LUAD转移调控的理解 | 研究主要基于体外和体内实验,临床样本验证仍需进一步扩大 | 探索NNMT在LUAD中的代谢和表观遗传调控机制 | 肺腺癌(LUAD)及其癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 癌症研究 | 肺癌 | 非靶向代谢组学分析、单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫荧光分析、染色质免疫共沉淀-PCR | NA | 代谢组数据、RNA-seq数据、免疫组化数据 | NA |
5544 | 2025-02-21 |
Mouse gut blueprint: regionality and resilience
2025-Feb, Trends in immunology
IF:13.1Q1
DOI:10.1016/j.it.2025.01.004
PMID:39880712
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研究论文 | Mayassi及其同事利用空间转录组学创建了小鼠肠道的全面蓝图,探索其在扰动条件下的适应性和恢复力 | 首次利用空间转录组学技术详细描绘了小鼠肠道的区域化结构及其在外部挑战下的适应性反应 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及人类或其他动物的肠道研究 | 探索小鼠肠道的区域化结构及其在扰动条件下的适应性和恢复力 | 小鼠肠道 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确提及样本数量 |
5545 | 2025-02-21 |
FastCCC: A permutation-free framework for scalable, robust, and reference-based cell-cell communication analysis in single cell transcriptomics studies
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635115
PMID:39975391
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研究论文 | 本文介绍了FastCCC,一种无需排列的框架,用于在单细胞转录组学研究中实现可扩展、稳健且基于参考的细胞间通讯分析 | FastCCC采用快速傅里叶变换卷积计算p值,无需排列,引入模块化代数操作框架捕捉广泛的细胞间通讯模式,并能利用大规模单细胞参考数据增强用户收集数据集的细胞间通讯分析 | NA | 开发一种新的方法来检测单细胞转录组学研究中的细胞间通讯,以理解多细胞生物的功能 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 快速傅里叶变换卷积 | 单细胞转录组数据 | 约1600万细胞,涵盖19种不同组织类型和450多种独特细胞类型 |
5546 | 2025-02-21 |
Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension
2025-Jan, ERJ open research
IF:4.3Q1
DOI:10.1183/23120541.00486-2024
PMID:39811555
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,评估了肺动脉高压(PAH)患者外周血单核细胞(PBMCs)在血管扩张剂治疗前后的基因表达和网络连接变化,揭示了血管扩张剂对炎症转录和通路的逆转作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统地评估了PAH患者PBMCs在血管扩张剂治疗前后的炎症转录和网络连接变化,揭示了血管扩张剂的抗炎活性 | 样本量较小,特别是对照组和治疗组之间的样本量不平衡,可能影响结果的普遍性 | 研究血管扩张剂对PAH患者炎症反应的逆转作用,并探索其作为诊断和预后工具的潜力 | 肺动脉高压(PAH)患者,包括特发性PAH(iPAH)和系统性硬化症相关PAH(sscPAH)患者,以及非PAH对照组 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 对照组3人,未治疗的PAH患者4人,PDE5i治疗3个月后的PAH患者7人,PDE5i+macitentan治疗3个月后的PAH患者6人 |
5547 | 2025-02-21 |
Competing endogenous RNA networks in ovarian cancer: from bench to bedside
2025, EXCLI journal
IF:3.8Q1
DOI:10.17179/excli2024-7827
PMID:39967908
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综述 | 本文综述了竞争性内源RNA(ceRNA)网络在卵巢癌中的重要性,包括其在癌症发生、治疗、诊断和预后中的作用 | 提供了关于ceRNA网络在卵巢癌中作用的最新综述,并展望了单细胞RNA测序和个性化医疗时代的未来研究方向 | 主要基于已有文献的综述,缺乏新的实验数据支持 | 探讨ceRNA网络在卵巢癌中的作用及其在治疗、诊断和预后中的潜在应用 | 卵巢癌细胞中的miRNAs、circRNAs、lncRNAs和ceRNAs | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
5548 | 2025-02-20 |
scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates
2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf047
PMID:39888860
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scatterbar的开源R包,用于在空间解析坐标上可视化比例数据 | scatterbar通过散点堆叠条形图增强了比例数据的视觉显著性,相比传统的散点饼图更易于区分和比较空间位置上的比例差异 | NA | 开发一个工具以更有效地可视化空间解析的比例数据,特别是空间转录组数据 | 空间转录组数据中的细胞类型比例 | 数据可视化 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间解析的转录组数据 | 成年小鼠大脑的空间转录组数据集 |
5549 | 2025-02-20 |
Tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study
2025-Feb-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002166
PMID:39705130
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研究论文 | 本研究通过荧光标记和空间转录组学技术,追踪了脂肪来源干细胞外泌体(ADSC-exos)在小鼠坐骨神经挤压伤模型中的应用效果 | 结合荧光标记和空间转录组学技术,揭示了ADSC-exos在神经再生中的复杂细胞类型和信号通路相互作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体中验证 | 探讨ADSC-exos在神经再生中的具体机制 | 小鼠坐骨神经挤压伤模型 | 再生医学 | 神经损伤 | 荧光标记, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 荧光成像数据 | 小鼠模型 |
5550 | 2025-02-20 |
FGF19-Activated Hepatic Stellate Cells Release ANGPTL4 that Promotes Colorectal Cancer Liver Metastasis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413525
PMID:39716892
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和临床样本,揭示了FGF19激活的肝星状细胞释放ANGPTL4促进结直肠癌肝转移的机制 | 首次证明了FGF19/ANGPTL4轴对结直肠癌肝转移的影响,并提供了新的治疗策略 | 研究主要依赖于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探讨结直肠癌肝转移的分子机制及潜在治疗策略 | 结直肠癌细胞、肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞 | 癌症研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | 小鼠模型 | RNA测序数据 | 临床样本及多种结直肠癌转移小鼠模型 |
5551 | 2025-02-20 |
Senescent Fibroblasts Drive FAP/OLN Imbalance Through mTOR Signaling to Exacerbate Inflammation and Bone Resorption in Periodontitis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409398
PMID:39716898
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研究论文 | 本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白(FAP)在牙周炎中的作用,揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡,加剧炎症和骨吸收的机制 | 首次通过孟德尔随机化分析确定了FAP水平与牙周炎易感性之间的正相关关系,并揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡的新机制 | 研究主要基于实验性牙周炎模型,临床样本的验证仍需进一步研究 | 探讨FAP在牙周炎中的作用及其机制 | 人类和小鼠的牙周炎组织、牙龈成纤维细胞(GFs) | 生物医学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 人类和小鼠的牙周炎组织 |
5552 | 2025-02-20 |
CXCL16/CXCR6/TGF-β Feedback Loop Between M-MDSCs and Treg Inhibits Anti-Bacterial Immunity During Biofilm Infection
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202409537
PMID:39716908
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研究论文 | 本研究探讨了金黄色葡萄球菌(S. aureus)引起的假体周围感染(PJI)中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系 | 揭示了M-MDSCs和Treg细胞通过CXCL16-CXCR6相互作用增强免疫抑制的机制,并提出了通过干扰这一相互作用来减轻细菌负担的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本,可能无法完全反映人类PJI的复杂性 | 研究金黄色葡萄球菌引起的假体周围感染(PJI)中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系 | 假体周围感染(PJI)患者的滑膜组织和PJI小鼠模型 | 免疫学 | 假体周围感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Treg特异性CXCR6敲除小鼠模型 | RNA测序数据、免疫组化数据 | PJI患者的滑膜组织和PJI小鼠模型 |
5553 | 2025-02-20 |
Aneurysm Is Restricted by CD34+ Cell-Formed Fibrous Collars Through the PDGFRb-PI3K Axis
2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408996
PMID:39731355
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研究论文 | 本研究探讨了CD34+细胞通过PDGFRb-PI3K轴在腹主动脉瘤(AAA)中形成纤维环的作用 | 揭示了非骨髓来源的CD34+细胞在AAA发展中转分化为Periostin肌成纤维细胞,并参与纤维环形成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的研究仍需进一步验证 | 探讨CD34+细胞在腹主动脉瘤(AAA)中的作用及其机制 | 腹主动脉瘤(AAA)患者和小鼠模型 | 生物医学 | 心血管疾病 | Cd34-CreER;Rosa26-tdTomato;(Apoe)谱系追踪、骨髓移植、单细胞测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 患者和小鼠模型的主动脉组织 |
5554 | 2025-02-20 |
Spatial single-cell maps reveal ST6GAL1 promoting ovarian cancer metastasis
2025-Feb, Glycoconjugate journal
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s10719-025-10177-y
PMID:39883364
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研究论文 | 本研究利用空间和单细胞转录组技术探讨了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用 | 首次整合空间和单细胞转录组数据,揭示了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的关键作用及其与代谢活性的关联 | 研究主要基于已有数据集,缺乏实验验证 | 探讨ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用及其临床意义 | 卵巢癌上皮细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组技术、空间转录组技术、RNA测序 | RCTD(稳健细胞类型分解) | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、RNA测序数据 | GSE130000(单细胞转录组数据集)、GSE211956(空间转录组数据集)、The Cancer Genome Atlas(RNA测序数据) |
5555 | 2025-02-18 |
Spatial transcriptomics reveals regional characteristics of lupus nephritis in murine kidneys and immune response to prednisolone or Gancao Nourishing-Yin decoction therapies
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70236
PMID:39956926
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
5556 | 2025-02-20 |
A single-cell mass cytometry-based atlas of the developing mouse brain
2025-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01786-1
PMID:39695302
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研究论文 | 本文通过单细胞质谱流式技术绘制了发育中鼠脑的图谱,揭示了不同细胞谱系的分子变化 | 首次使用单细胞质谱流式技术对发育中鼠脑的单细胞蛋白质丰度进行表征,填补了单细胞RNA测序在蛋白质水平上的空白 | 研究主要集中在小鼠模型,可能无法完全反映人类大脑发育的复杂性 | 研究哺乳动物大脑发育过程中不同细胞谱系的分子变化 | C57/BL6小鼠的胚胎期(E11.5-E12.5)和出生后(E13.5-P4)的脑组织 | 生物信息学 | NA | 单细胞质谱流式技术(mass cytometry),单细胞RNA测序(scRNA-seq),免疫组织化学(immunohistochemistry),RNAscope原位杂交(ISH) | NA | 单细胞蛋白质和RNA表达数据 | 24,290,787个细胞,每个样本2到4个生物学重复 |
5557 | 2025-02-20 |
Mendelian randomization and multiomics comprehensively reveal the causal relationship and potential mechanism between atrial fibrillation and gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1446661
PMID:39963672
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研究论文 | 本研究利用双样本孟德尔随机化方法和多组学数据,全面揭示了心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制 | 通过构建包含136个AF相关SNPs的遗传工具,揭示了AF对胃癌风险的潜在因果效应,并识别了62个AF-GC共关联基因,构建了关键基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 研究依赖于遗传工具和现有数据,可能无法完全捕捉所有潜在的混杂因素 | 研究心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制 | 心房颤动(AF)和胃癌(GC) | 生物信息学 | 胃癌 | 双样本孟德尔随机化方法、高通量测序、单细胞测序 | NA | 遗传数据、高通量测序数据、单细胞测序数据 | 包含136个AF相关SNPs的遗传工具 |
5558 | 2025-02-20 |
Integrated analysis of M2 macrophage-related gene prognostic model and single-cell sequence to predict immunotherapy response in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1519677
PMID:39963673
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研究论文 | 本文通过整合M2巨噬细胞相关基因的预后模型和单细胞序列分析,预测肺腺癌患者的免疫治疗反应 | 构建了基于M2巨噬细胞相关基因的预后特征,用于预测肺腺癌患者的免疫治疗疗效和预后 | 研究依赖于公开的基因表达数据,可能受到数据质量和样本量的限制 | 探索M2巨噬细胞相关基因在肺腺癌中的临床价值,并构建预后特征以预测免疫治疗疗效 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA)和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)分析 | NA | 基因表达数据 | GSE26939和GSE19188芯片数据 |
5559 | 2025-02-20 |
Identification of Five NK Cell-Related Hub Genes in COPD Using Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S491298
PMID:39963682
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,识别了COPD中与NK细胞相关的五个关键基因 | 首次利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学工具,系统地探索了COPD中NK细胞亚型的关键基因及其在免疫微环境中的作用 | 研究主要依赖于生物信息学分析,实验验证部分仅限于RT-qPCR,缺乏更深入的分子机制研究 | 探索COPD中免疫浸润的关键基因,特别是NK细胞亚型的作用 | COPD患者的免疫细胞,特别是NK细胞亚型 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病(COPD) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | LASSO回归 | RNA测序数据 | GSE57148作为训练集,GSE8581作为验证集 |
5560 | 2025-02-20 |
SPP1 as a Prognostic and Immunotherapeutic Biomarker in Gliomas and Other Cancer Types: A Pan-Cancer Study
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S505237
PMID:39963684
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研究论文 | 本研究通过泛癌分析探讨了分泌磷蛋白1(SPP1)作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的作用 | 首次在泛癌水平上系统分析了SPP1的表达与预后、免疫细胞浸润及免疫检查点标志物的相关性,并通过功能验证实验证实了SPP1在胶质瘤细胞中的重要作用 | 需要进一步研究SPP1靶向治疗在临床环境中的疗效 | 探讨SPP1作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的潜力 | 胶质瘤及其他癌症类型 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 来自UCSC TCGA Pan-Cancer、TCGA-GBM、UALCAN、GEO和TISCH的数据集 |