单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5521	2025-02-27	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，调查了正常结肠和右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎中肠肌层固有层的免疫细胞群体，揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性，并验证了其在不同条件下的表型变化	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的验证相对有限	研究结肠炎期间结肠肌层固有层免疫细胞的多样性和可塑性	结肠肌层固有层的免疫细胞，特别是巨噬细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、免疫组织化学、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像、流式细胞术数据	动物模型（小鼠）和人类溃疡性结肠炎患者的样本
5522	2025-02-27	Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning 2025-Jan-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06031-8 PMID:39748378	研究论文	本研究利用单细胞测序和机器学习技术，揭示了肺纤维化的复杂细胞和分子机制，旨在提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	通过单细胞测序和机器学习分析，发现了与肺纤维化相关的新的基因特征和免疫细胞特征，并开发了具有更高精度的诊断模型	研究主要基于肺纤维化患者的肺组织样本，样本来源和数量可能限制了结果的普适性	揭示肺纤维化的细胞和分子机制，提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	肺纤维化患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序	机器学习	基因表达数据	肺纤维化患者的肺组织样本
5523	2025-02-26	Exploring immune gene expression and potential regulatory mechanisms in anaplastic thyroid carcinoma using a combination of single-cell and bulk RNA sequencing data 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108311 PMID:39674047	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量RNA测序数据，探索了未分化甲状腺癌（ATC）中的免疫基因表达及其潜在调控机制	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了ATC中的差异表达免疫基因，并发现了潜在的调控转录因子和药物靶点	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	识别ATC中的新型治疗靶点，以改善ATC的诊断和治疗	未分化甲状腺癌（ATC）和乳头状甲状腺癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自GEO数据库的ATC和PTC样本
5524	2025-02-26	Development of a centrosome amplification-associated signature in kidney renal clear cell carcinoma based on multiple machine learning models 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108317 PMID:39675190	研究论文	本研究通过多种机器学习模型开发了与肾透明细胞癌（KIRC）中心体扩增相关的特征，并评估了其对预后和治疗反应的预测能力	首次构建了与KIRC中心体扩增相关的预后指数（CAAPI），并揭示了其在肿瘤微环境调节和免疫治疗反应中的重要作用	研究主要依赖于TCGA-KIRC数据集，外部验证数据集较少，可能影响结果的普适性	探索中心体扩增相关特征在KIRC预后和治疗反应预测中的作用	肾透明细胞癌（KIRC）患者	机器学习	肾癌	随机生存森林分析、Cox回归分析、单细胞RNA测序	随机生存森林、Cox回归模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-KIRC数据集、ICGC和GEO数据集用于验证，单细胞RNA测序数据来自GSE159115
5525	2025-02-26	High antigen-presenting CAF levels correlate with reduced glycosaminoglycan biosynthesis-heparan sulfate/heparin metabolism in immune cells and poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma: Insights from bulk and single-cell transcriptome profiling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140418 PMID:39889995	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了食管鳞状细胞癌中抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）对肿瘤代谢环境的重塑作用及其与患者不良预后的关联	首次在食管鳞状细胞癌中识别出抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）亚群，并揭示了其对肿瘤代谢环境的重塑机制	研究中未详细探讨apCAF如何具体影响免疫逃逸的分子机制	探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的代谢重编程作用及其对患者预后的影响	食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5526	2025-02-26	Resolving the bone - optimizing decalcification in spatial transcriptomics and molecular pathology 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2446038 PMID:39723974	综述	本文探讨了在空间转录组学和分子病理学中优化骨组织脱钙的方法，以提高研究结果	提出了传统和现代脱钙方法的比较，并提供了技术和方法上的改进建议，以实现分子稳健的骨和钙化组织处理	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	优化骨组织脱钙方法，以改善空间转录组学和分子病理学的研究结果	骨组织和钙化组织	分子病理学	NA	脱钙技术	NA	NA	NA
5527	2025-02-26	Human placental extract improves liver cirrhosis in mice with regulation of macrophages and senescent cells 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.017 PMID:39991509	研究论文	本研究探讨了人胎盘提取物（HPE）对肝硬化小鼠模型的治疗效果及其机制	首次使用空间转录组学详细分析HPE对肝硬化的抗炎机制，特别是对巨噬细胞和衰老细胞的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	开发肝硬化的新型治疗方法，替代肝移植	肝硬化小鼠模型	生物医学	肝硬化	实时PCR、免疫染色、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、血清ALT水平数据	每组8只小鼠
5528	2025-02-26	Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis 2025-Feb-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07589-9 PMID:39987372	研究论文	本文研究了与肺纤维化发病和进展相关的细胞相互作用，通过单细胞RNA测序技术构建了年轻和老年Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型的肺细胞图谱	发现了HPS小鼠中SAA3炎症性肺成纤维细胞的年龄依赖性增加，并揭示了HPS1和HPS2小鼠中不同类型的细胞相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量较少，可能限制了结果的普适性	探究肺纤维化的发病机制及进展过程中的细胞相互作用	Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	年轻和老年HPS小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织
5529	2025-02-26	Advancing our understanding of root development: Technologies and insights from diverse studies 2025-Feb-07, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae605 PMID:39688896	综述	本文综述了根发育研究中的技术进展，特别是单细胞基因表达分析的变革性影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的应用，使得根生物学研究能够进行详细的细胞特异性基因表达分析，创建全面的根图谱，预测细胞发育，并以前所未有的精度绘制基因调控网络（GRNs）	NA	增强对根发育的理解，以促进植物生长和健康	根发育	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多模态分析、生物信息学、CRISPR、生物传感器、微流控设备	NA	基因表达数据	NA
5530	2025-02-26	Experimental Framework for Assessing Mouse Retinal Regeneration Through Single-Cell RNA-Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_8 PMID:39240520	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序评估小鼠视网膜再生的实验框架	利用单细胞RNA测序技术增强了对Müller胶质细胞源性视网膜再生的理解，并提供了小鼠视网膜细胞制备的实验框架	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类视网膜再生	评估和促进视网膜再生，以治疗视网膜退行性疾病	小鼠视网膜细胞	生物信息学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
5531	2025-02-26	Single-Cell Transcriptome Sequencing and Analysis Provide a New Approach for the Treatment of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025, Neuroendocrinology IF:3.2Q2 DOI:10.1159/000542833 PMID:39602898	研究论文	本文首次对宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）进行了单细胞转录组测序，揭示了其细胞和分子景观，并筛选了临床预后的关键基因	首次对SCNECC进行单细胞转录组测序，揭示了其分子特征、起源和发病机制，并筛选了关键基因	样本量较小，仅包括一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本	研究SCNECC的分子特征、起源和发病机制，为治疗提供新见解	宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）	数字病理学	宫颈癌	单细胞转录组测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞转录组数据	一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本
5532	2025-02-26	Establishment of a Lactylation-Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3547543 PMID:39990773	研究论文	本研究旨在开发一个与乳酸化相关的基因特征（LRG）用于肝细胞癌（HCC），并通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析验证其预后价值	首次开发了一个基于乳酸化相关基因的HCC预后模型，并通过单细胞RNA测序揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	开发并验证一个乳酸化相关基因特征用于HCC的预后评估和治疗靶点识别	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归模型、Riskscore模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及肿瘤和正常组织的对比分析
5533	2025-02-26	Integrative multi-omics and machine learning identify a robust signature for discriminating prognosis and therapeutic targets in bladder cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105066 PMID:39991573	研究论文	本研究通过整合转录组学和蛋白质组学数据，分析了膀胱癌的预后基因，并建立了预后模型，旨在为膀胱癌治疗提供新的见解	整合多组学数据和机器学习方法，识别出膀胱癌的预后标志物和治疗靶点，构建了风险模型和列线图模型	样本量较小，仅使用了6个肿瘤组织和6个癌旁组织样本	分析膀胱癌的预后基因，建立预后模型，为膀胱癌治疗提供新的见解	膀胱癌肿瘤组织和癌旁组织	机器学习	膀胱癌	转录组学、蛋白质组学、蛋白质乙酰化测序、单细胞RNA测序	Cox回归分析、LASSO Cox回归	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	6个膀胱癌肿瘤组织和6个癌旁组织样本，以及TCGA-BLCA和GSE13507数据集
5534	2025-02-26	Single-Cell Sequencing Reveals PD-L1-Mediated Immune Escape Signaling in Lung Adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103656 PMID:39991571	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸信号机制	首次利用单细胞测序技术全面解析了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并鉴定了11个与PD-L1/PD-1免疫逃逸轴相关的差异表达基因	样本量较小，仅包含8名患者的肿瘤组织样本，可能限制了结果的普适性	研究肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并开发预测和治疗靶点	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞测序，定量聚合酶链反应（qPCR）	NA	单细胞测序数据	8名肺腺癌患者的肿瘤组织样本，共分析了58,810个单细胞
5535	2025-02-25	Single Cell Deletion of the Transcription Factors Trps1 and Sox9 in Astrocytes Reveals Novel Functions in the Adult Cerebral Cortex 2025-Apr, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24645 PMID:39610085	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术删除成年大脑皮层中的转录因子Trps1和Sox9，揭示了它们在星形胶质细胞中的新功能	首次在成年大脑皮层中通过单细胞和空间转录组学技术揭示了Trps1和Sox9在星形胶质细胞中的特异性功能及其对周围细胞的非细胞自主效应	研究仅限于成年大脑皮层的星形胶质细胞，未涉及其他脑区或发育阶段	探索转录因子Trps1和Sox9在成年大脑皮层星形胶质细胞中的功能及其异质性	成年大脑皮层的星形胶质细胞	神经科学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
5536	2025-02-25	Presence of tertiary lymphoid structures and exhausted tissue-resident T cells determines clinical response to PD-1 blockade in renal cell carcinoma 2025-Feb-24, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0991 PMID:39992403	研究论文	本文通过转录组分析研究了肾细胞癌（RCC）患者对PD-1单药治疗的响应机制，发现三级淋巴结构（TLS）和耗竭的组织驻留T细胞在临床响应中的关键作用	首次通过单细胞转录组学和外部队列验证，识别出与不良临床结果相关的耗竭CD8+ T细胞群体，并整合这些发现提出新的治疗靶点	研究样本量相对较小（102例患者），且仅针对肾细胞癌，可能限制了结果的普适性	探讨肾细胞癌患者对PD-1单药治疗的响应机制，寻找克服抗PD-1单药治疗耐药性的潜在治疗靶点	102例肾细胞癌患者的生物样本	肿瘤免疫学	肾细胞癌	转录组分析、单细胞转录组学	NA	转录组数据	102例肾细胞癌患者
5537	2025-02-25	Clonal Heterogeneity in Human Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Its Impact on Tumor Progression 2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637729 PMID:39990481	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，分析了人类胰腺导管腺癌（PDAC）的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响	揭示了PDAC肿瘤内显著的克隆异质性，挑战了传统的基底型和经典型二元分类，支持了由克隆进化和空间组织影响的转录连续体	研究样本量相对有限（n = 62），且主要关注原发性PDAC，未涉及转移性PDAC	探讨PDAC的克隆异质性及其对肿瘤生物学的影响	人类胰腺导管腺癌（PDAC）样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	62个原发性PDAC样本，443,451个单细胞，53,236个空间转录组点
5538	2025-02-25	Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637521 PMID:39990382	研究论文	本文研究了刺鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用	揭示了刺鼠在损伤后基质细胞如何重新进入细胞周期并维持细胞周期进程的时空控制，以及通过单细胞RNA测序鉴定了与再生和瘢痕组织相关的关键细胞类型	研究主要集中于刺鼠的耳部再生，未涉及其他组织或物种的广泛验证	探讨哺乳动物复杂组织再生过程中细胞增殖动态和特定细胞类型的作用	刺鼠的耳部组织	细胞生物学	NA	免疫染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	刺鼠耳部组织样本
5539	2025-02-25	CausalGeD: Blending Causality and Diffusion for Spatial Gene Expression Generation 2025-Feb-11, ArXiv PMID:39990788	研究论文	本文提出了一种结合因果关系和扩散过程的方法CausalGeD，用于生成空间基因表达数据	CausalGeD首次将扩散和自回归过程结合，利用基因间的因果关系，无需预定义关系即可捕捉调控机制	现有方法的性能有限，结构相似性通常低于60%	提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据整合的性能	基因表达数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	Causal Attention Transformer	基因表达数据	10个组织数据集
5540	2025-02-25	Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics 2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.15.580581 PMID:38559016	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，识别与人类和小鼠转录调控因子（TR）表达最协调的基因伙伴，构建单细胞共表达网络，并评估跨物种和细胞类型的TR共表达模式的一致性	通过整合120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞），构建跨物种和细胞类型的TR共表达网络，并结合ChIP-seq数据识别跨方法和物种支持的候选调控相互作用	研究主要关注跨细胞类型的可重复性，可能忽略了特定生物背景下的信号	识别跨物种和细胞类型的转录调控因子共表达模式，并评估其一致性	人类和小鼠的转录调控因子（TR）及其共表达基因伙伴	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞）