单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5501	2025-03-01	Dynamic Immune Response Landscapes of Avian Peripheral Blood Post-Vaccination Against Infectious Bronchitis Virus Infection 2025-Jan-30, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines13020146 PMID:40006693	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，全面分析了接种H120减毒活疫苗后鸡外周血单核细胞的体内动态变化，揭示了抗病毒适应性免疫反应启动阶段的特定免疫细胞群体及其分子网络	首次在单细胞水平上使用高通量单细胞转录组测序技术，详细描绘了鸡接种IBV疫苗后外周血单核细胞的动态免疫反应景观	研究仅限于特定病原体自由鸡，且仅分析了接种后两周内的免疫反应动态	研究鸡接种IBV疫苗后的免疫反应动态，为未来疫苗的合理设计、现有疫苗效力的增强以及免疫程序的优化提供理论支持	特定病原体自由鸡的外周血单核细胞	生物信息学	禽传染性支气管炎	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	29,846个鸡外周血单核细胞
5502	2025-03-01	Phospholipase C Beta 2 as a Key Regulator of Tumor Progression and Epithelial-Mesenchymal Transition via PI3K/AKT Signaling in Renal Cell Carcinoma 2025-Jan-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020304 PMID:40002717	研究论文	本研究探讨了磷脂酶C Beta 2在肾细胞癌（RCC）中通过PI3K/AKT信号通路调节上皮-间质转化（EMT）的作用	揭示了磷脂酶C Beta 2在RCC中的具体表达模式和分子机制，特别是其通过PI3K/AKT信号通路调节EMT的作用	研究中使用的细胞系和样本量可能限制了结果的普遍性	探索磷脂酶C Beta 2在RCC进展中的调控功能及其作为治疗靶点的潜力	肾细胞癌（RCC）	生物信息学	肾癌	scRNA-seq, 转录组测序, RT-PCR, 免疫荧光, 救援实验, Western blotting	NA	基因表达数据, 细胞实验数据	RCC样本和细胞系
5503	2025-03-01	Novel Insights into the Pathogenesis of Inflammatory Bowel Diseases 2025-Jan-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13020305 PMID:40002718	综述	本文综述了炎症性肠病（IBD）发病机制的最新进展，探讨了关键机制及预防和个性化治疗的潜在途径	整合了多组学分析、单细胞转录组学和纵向队列研究的结果，聚焦于免疫调节、肠道微生物群动态及环境因素对疾病发生和进展的影响	尽管近期进展支持了新治疗策略的开发，但深入理解IBD发病机制的复杂动态仍具挑战性	旨在综合IBD发病机制的最新进展，探索预防和个性化治疗的潜在途径	炎症性肠病（IBD），包括克罗恩病和溃疡性结肠炎	NA	炎症性肠病	多组学分析、单细胞转录组学、纵向队列研究	NA	NA	NA
5504	2025-03-01	CellChat for systematic analysis of cell-cell communication from single-cell transcriptomics 2025-Jan, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01045-4 PMID:39289562	研究论文	本文介绍了一种名为CellChat的计算工具，用于从单细胞转录组数据中推断和分析细胞间通讯网络	CellChat v2版本增加了额外的比较功能、扩展的配体-受体对数据库以及丰富的功能注释，并引入了交互式CellChat Explorer	需要基本的R语言和单细胞数据分析知识，但不需专门的生物信息学培训	系统分析细胞间通讯网络，识别不同生物条件下细胞间通讯的变化	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	简化质量作用模型	单细胞转录组数据	NA
5505	2025-03-01	Gestational diabetes induces autistic-like behaviors in offspring by disrupting the GABAergic system 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1538115 PMID:40012680	研究论文	本研究探讨了妊娠糖尿病（GDM）如何通过影响GABA能系统诱导后代出现自闭症样行为	首次通过单细胞转录组学和代谢组学分析揭示了GDM对后代GABA能系统的影响，并发现GAD2启动子区域的DNA超甲基化导致GAD2表达减少	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨妊娠糖尿病对后代神经发育的影响及其机制	妊娠糖尿病小鼠模型及其雄性后代	神经科学	自闭症	单细胞转录组学、代谢组学、c-Fos染色	小鼠模型	行为数据、基因表达数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但使用了妊娠糖尿病小鼠模型及其雄性后代
5506	2025-03-01	Seurat function argument values in scRNA-seq data analysis: potential pitfalls and refinements for biological interpretation 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1519468 PMID:40013100	研究论文	本文探讨了在scRNA-seq数据分析中Seurat函数参数值的潜在陷阱及其对生物学解释的改进	本研究的新颖之处在于采用生物学和生物信息学的综合方法，以阐明数据处理后的生物学见解	文章未讨论在生物学中应用这些方法的合理性，且数据集整合没有既定规则	研究目的是揭示scRNA-seq数据处理中的潜在问题并提出改进方法	scRNA-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
5507	2025-02-28	Identification of Mitochondrial-related Characteristic Biomarkers in Osteosarcoma using Bioinformatics and Machine Learning 2025-Feb-25, Combinatorial chemistry & high throughput screening IF:1.6Q3 DOI:10.2174/0113862073350964241203080017 PMID:40012292	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，识别了与骨肉瘤（OS）相关的线粒体特征生物标志物	首次结合生物信息学分析和机器学习算法（LASSO回归和SVM-RFE）识别了骨肉瘤中线粒体相关差异表达基因（MitoDEGs），并验证了其在免疫细胞浸润和微环境中的作用	研究主要依赖于公共数据库的mRNA表达数据，实验验证仅限于体外RT-PCR，缺乏体内实验验证	探索骨肉瘤中线粒体相关基因的诊断标志物及其在免疫调节中的作用	骨肉瘤（OS）患者	生物信息学	骨肉瘤	RNA-seq, scRNA-seq, RT-PCR	LASSO回归, SVM-RFE	mRNA表达数据	来自GSE16088和GSE19276数据库的骨肉瘤样本
5508	2025-02-28	Comprehensive Analysis of TCR and BCR Repertoires: Insights into Methodologies, Challenges, and Applications 2025-Feb-24, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-024-00034-z PMID:39994831	review	本文综述了T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）多样性分析的关键方法、挑战和应用	整合了免疫学、生物信息学和临床研究，提供了对免疫功能、治疗反应和精准医学方法的深入见解	NA	探讨TCR和BCR序列分析的方法和应用	T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）	生物信息学	NA	RNA测序	NA	序列数据	NA
5509	2025-02-28	A Temporal and Spatial Atlas of Adaptive Immune Responses in the Lymph Node Following Viral Infection 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.635509 PMID:39975238	研究论文	本文介绍了一种名为AIR-SPACE的整合方法，结合高分辨率空间转录组学和高保真长读长测序技术，用于分析病毒感染后淋巴结中适应性免疫细胞的空间组织	AIR-SPACE方法首次实现了在原生空间背景下同时分析细胞转录组和适应性免疫受体（AIR）库	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	研究目的是理解病毒感染后淋巴结中适应性免疫反应的空间和时间动态	研究对象为小鼠腘淋巴结在痘苗病毒感染后的适应性免疫反应	免疫学	病毒感染	高分辨率空间转录组学，高保真长读长测序	NA	空间转录组数据，长读长测序数据	五个不同时间点的小鼠腘淋巴结样本
5510	2025-02-28	Causal differential expression analysis under unmeasured confounders with causarray 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.635593 PMID:39975097	研究论文	本文介绍了一种名为causarray的双重稳健因果推断框架，用于分析基于阵列的基因组数据，旨在解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题	causarray框架结合了广义混杂因素调整方法和灵活的机器学习技术，能够在多种设置下稳健地分离处理效应和混杂因素，并保留生物信号	NA	解决观察性基因组数据中未测量混杂因素的问题，揭示因果关系	基于阵列的基因组数据，包括批量细胞和单细胞水平的数据	基因组学	自闭症, 阿尔茨海默病	单细胞测序, CRISPR技术	NA	基因组数据	两个单细胞基因组研究：一个涉及发育中的小鼠大脑的自闭症风险基因的体内Perturb-seq研究，另一个涉及使用三个人类大脑转录组数据集的阿尔茨海默病病例对照研究
5511	2025-02-28	MAP3K4 signaling regulates HDAC6 and TRAF4 coexpression and stabilization in trophoblast stem cells 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108116 PMID:39710325	研究论文	本文研究了MAP3K4信号在滋养层干细胞中调控HDAC6和TRAF4共表达和稳定的机制	揭示了MAP3K4、HDAC6和TRAF4在胎盘发育中的新关联，并发现了Traf4与Map3k4或Hdac6在胎盘迷路分化过程中的共表达转换	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘中的相关机制尚需进一步验证	探讨MAP3K4信号在胎盘发育中的作用及其与HDAC6和TRAF4的关系	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠滋养层干细胞和胎盘组织样本
5512	2025-02-28	Fast, flexible analysis of differences in cellular composition with crumblr 2025-Jan-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635498 PMID:39975411	研究论文	本文介绍了一种名为crumblr的可扩展统计方法，用于分析细胞类型组成的变化	crumblr方法在细胞谱系层次结构的多个层次上进行统计测试，采用多变量方法提高检测能力，相比现有方法在控制假阳性率的同时增加了检测能力	NA	开发一种统计方法，用于识别细胞类型频率的变化	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	前列腺癌, 结核病, SARS-CoV-2感染	单细胞RNA测序	线性混合模型	单细胞RNA测序数据	NA
5513	2025-02-27	Optimizing duodenal tissue acquisition for mechanistic studies of duodenal ablation in type 2 diabetes 2025, Endoscopy international open IF:2.2Q2 DOI:10.1055/a-2503-2135 PMID:40007651	研究论文	本文介绍了一种优化的十二指肠组织采集协议，用于研究2型糖尿病和代谢综合征中十二指肠消融后的形态学变化	使用十二指肠冷圈套切除术创建组织微阵列（TMAs）并进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），以解决传统活检中组织方向变异性的问题	研究样本量较小，DIRECT研究中仅包括9名患者，EMINENT-2研究中样本量未明确	优化十二指肠组织采集协议，以支持十二指肠消融对代谢综合征和2型糖尿病影响的机制研究	接受上消化道内镜介入治疗的患者	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	DIRECT研究中9名患者，共16次冷圈套切除术；EMINENT-2研究中38次冷圈套切除术
5514	2025-02-28	Integrated Bioinformatic Analyses Reveal Thioredoxin as a Putative Marker of Cancer Stem Cells and Prognosis in Prostate Cancer 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251319872 PMID:40008390	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了硫氧还蛋白（TXN）作为前列腺癌干细胞（CSCs）的潜在标志物及其与预后的关系	首次发现TXN在前列腺癌干细胞中的高表达及其与患者不良预后的相关性，提出TXN可能作为新的治疗靶点	样本量有限，需进一步进行体外和体内实验验证TXN是否功能性地调节前列腺癌干细胞	识别调节干细胞特性的新因素并预测前列腺癌的预后	前列腺癌干细胞（CSCs）	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），基因集富集分析（GSEA）	NA	RNA测序数据	2个前列腺癌组织的单细胞RNA测序数据集
5515	2025-02-27	Pan-cancer characterization of m6A-mediated regulation of T cell exhaustion dynamics and clinical relevancies in human cancers 2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2025.102465 PMID:39995977	研究论文	本文通过整合多组学数据，探讨了m6A修饰在T细胞耗竭（TEX）动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	首次在泛癌水平上揭示了m6A修饰对TEX动态的调控作用，并基于m6A-TEX相互作用识别了三种泛癌亚型，每种亚型具有独特的分子特征、免疫表型和生存结果	研究主要基于多组学数据的整合分析，缺乏实验验证，且样本来源多样，可能存在异质性	探讨m6A修饰在T细胞耗竭动态调控中的作用及其在癌症中的临床相关性	T细胞耗竭（TEX）及其与m6A修饰的相互作用	癌症免疫治疗	癌症	多组学数据分析、单细胞RNA测序	NA	多组学数据、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集、免疫治疗数据集	多种细胞系、单细胞RNA测序数据、泛癌数据集和免疫治疗数据集
5516	2025-02-27	Liver transcriptome analysis reveals PSC-attributed gene set associated with fibrosis progression 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101267 PMID:39996122	研究论文	本研究通过RNA测序分析，识别了与原发性硬化性胆管炎（PSC）相关的胆道纤维化发展的基因特征	揭示了PSC特有的基因特征，这些特征与胆道纤维化的发展相关，可能有助于识别新的生物标志物和治疗靶点	样本量相对较小，且需要进一步的外部验证和机制研究	识别与PSC相关的胆道纤维化发展的基因特征	原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）患者的肝活检样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	RNA测序数据	47例肝活检样本（PSC 16例，PBC 15例，MASLD 16例），外部验证集73例PSC肝活检样本
5517	2025-02-27	Toll-Like Receptor 7 Promotes Periodontal Inflammation and Alveolar Bone Resorption Through the NF-κB Signaling Pathway 2025-Feb-25, Journal of periodontal research IF:3.4Q1 DOI:10.1111/jre.13394 PMID:40007244	研究论文	本文研究了Toll样受体7（TLR7）在牙周炎中的作用及其潜在机制	揭示了TLR7在牙周炎中的新角色，并强调了TLR7-NF-κB轴在疾病发病机制中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探讨TLR7在牙周炎中的作用及其机制	牙周炎患者和健康个体的牙龈组织，小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	生物医学	牙周炎	单细胞测序，TLR7抑制剂M5049，NF-κB抑制剂PDTC	小鼠牙周炎模型	基因表达数据，炎症反应数据	健康个体和牙周炎患者的牙龈组织样本，小鼠模型
5518	2025-02-27	SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance 2025-Feb-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02354-7 PMID:39988626	研究论文	本研究探讨了前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	通过单细胞测序和转录因子调控网络分析，首次揭示了SREBF1在前列腺癌代谢重编程和铁死亡抵抗中的关键作用，并验证了SREBF1抑制剂的治疗效果	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	探讨前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, hdWGCNA, bulk RNA分析	NA	RNA测序数据	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织样本
5519	2025-02-27	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636743 PMID:39975302	研究论文	本文研究了长期饮酒（CAC）如何增强造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了CAC通过改变HSPCs的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力	研究主要基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨长期饮酒对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化能力的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体	生物医学	骨质疏松	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	恒河猴模型
5520	2025-02-27	Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.634337 PMID:39975309	研究论文	本文探讨了短读RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，并进行了针对性实验以研究片段长度、PCR升温速率和核糖体耗竭的影响	本文通过实验和数据分析，挑战了先前关于RNA-Seq非均匀性来源的假设，提供了新的见解	研究结果与先前出版物或建议相矛盾，可能需要进一步验证	研究RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，以改进实验协议和分析方法	RNA-Seq数据中的非均匀覆盖现象	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	使用了不同样本质量、PCR循环数、逆转录酶和技术或生物学重复的现有数据集