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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5481 | 2025-10-06 |
Cell simulation as cell segmentation
2025-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02697-0
PMID:40404994
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为Proseg的概率分割方法,通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组数据的细胞分割精度 | 采用从头细胞模拟方法推断形态学上合理的细胞边界,在多个商业平台上表现出优越性能和计算效率 | NA | 提高单细胞空间转录组数据中细胞分割的准确性 | 肾细胞癌患者样本中的肿瘤浸润免疫细胞(中性粒细胞和T细胞) | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞空间转录组学 | 概率分割模型 | 空间转录组数据 | NA | 多个商业平台(具体未指明) | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 5482 | 2025-10-06 |
CDKN1A as a potential target for Eltrombopag treatment in ITP and its regulation of the communication between macrophages and transitional B cells in ITP
2025-Jun, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06436-5
PMID:40515824
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,发现CDKN1A是影响ITP患者对Eltrombopag治疗反应的关键基因,并揭示了其在巨噬细胞与过渡B细胞通讯中的作用 | 首次发现CDKN1A作为Eltrombopag治疗ITP的关键调控因子,揭示了巨噬细胞通过TGFβ信号通路与过渡B细胞通讯的新机制 | 研究主要基于细胞系实验和生物信息学分析,需要进一步在临床样本中验证 | 鉴定ITP患者对Eltrombopag治疗反应的新型生物标志物,研究巨噬细胞和过渡B细胞在ITP发病机制中的作用 | 免疫性血小板减少症(ITP)患者、RAW264.7巨噬细胞系 | 生物信息学 | 免疫性血小板减少症 | 单细胞RNA-seq、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、分子对接、siRNA敲低、质粒过表达 | Seurat | 基因表达数据、单细胞测序数据 | GSE112278和GSE196676数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5483 | 2025-10-06 |
A human and mouse subpopulation of senescent β-cells induces pathologic dysfunction through targetable paracrine signaling
2025-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.07.648438
PMID:40654723
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研究论文 | 本研究通过鉴定人和小鼠衰老β细胞亚群,揭示其通过可靶向的旁分泌信号诱导病理功能障碍的机制 | 首次在人和小鼠中鉴定出表达特定标志物的衰老β细胞亚群,并证明其分泌的SASP因子可诱导继发性衰老和β细胞功能障碍 | NA | 研究衰老β细胞亚群的异质性及其在糖尿病病理过程中的作用 | 人和小鼠的胰腺β细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,蛋白质组数据 | 高脂饮食喂养的小鼠和来自2型糖尿病供体的人类胰岛 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 5484 | 2025-10-06 |
EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses
2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf004
PMID:40073167
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞编程和回忆应答中的关键调控作用 | 首次系统阐明EZH2通过表观遗传机制调控记忆B细胞分化和功能潜能的分子机制 | EZH2敲除不完全,存在选择性压力维持其甲基转移酶活性,可能影响表型分析的准确性 | 探究表观遗传酶EZH2在记忆B细胞形成和功能调控中的作用机制 | 小鼠记忆B细胞 | 免疫学 | 流感感染 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5485 | 2025-10-06 |
USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis
2025-04, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2024.2429371
PMID:39663592
|
研究论文 | 本研究揭示了USP4缺失通过介导RAB7A泛素化破坏自噬体-溶酶体融合,从而加剧牙周炎发病机制 | 首次发现USP4通过调控RAB7A泛素化状态影响自噬体-溶酶体融合在牙周炎中的作用机制 | NA | 阐明自噬与牙周炎发病机制之间的分子调控网络 | 临床牙龈组织样本、实验性牙周炎小鼠模型、巨噬细胞 | 分子生物学 | 牙周炎 | 基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、组织学数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5486 | 2025-10-06 |
Individualized therapy guided by single-cell sequencing in anti-GABAAR encephalitis
2025-Mar-08, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-025-03300-y
PMID:40057475
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研究论文 | 通过单细胞测序指导抗GABAAR脑炎的个体化治疗 | 首次在抗GABAAR脑炎中发现单克隆CD8 T细胞群和异常JAK-STAT信号通路,并鉴定出LMO5蛋白作为交叉反应抗原 | 仅基于单个病例研究,样本量有限 | 探索抗GABAAR脑炎的发病机制并指导个体化治疗 | 一名难治性抗GABAAR脑炎患者和四名健康志愿者的PBMCs及脑脊液细胞 | 单细胞测序 | 自身免疫性脑炎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1名患者和4名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5487 | 2025-10-06 |
Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631842
PMID:39829792
|
研究论文 | 通过三年纵向研究分析多次COVID-19加强疫苗接种对T细胞和抗体反应的长期影响 | 首次系统揭示重复疫苗接种后T细胞反应的动态变化规律,发现T细胞反应快速达到平台期并保持稳定 | 样本量相对有限(78人),且无法完全排除无症状感染对结果的潜在影响 | 研究重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响 | 78名无报告症状感染的疫苗接种者 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 免疫学数据、基因表达数据 | 78名疫苗接种者,为期三年的纵向研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5488 | 2025-10-06 |
Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension
2025-Jan, ERJ open research
IF:4.3Q1
DOI:10.1183/23120541.00486-2024
PMID:39811555
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肺动脉高压患者外周血单核细胞,揭示血管扩张剂对炎症重编程的逆转作用 | 首次在单细胞水平定义肺动脉高压患者血液中的炎症重编程特征,并证明血管扩张剂具有抗炎活性 | 样本量较小(总样本数20),且仅观察了3个月的治疗效果 | 探究血管扩张剂是否逆转肺动脉高压患者的炎症激活状态 | 肺动脉高压患者(特发性PAH和系统性硬化相关PAH)和非PAH对照的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 网络分析 | 系统生物学方法 | 单细胞转录组数据 | 20个样本(3对照,4未治疗PAH,7 PDE5i治疗,6 PDE5i+macitentan治疗) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5489 | 2025-10-06 |
Integrated Multi-Omics Profiling Identifies PDZ-Binding Kinase (PBK) as a Novel Prognostic Biomarker in Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S493907
PMID:40697330
|
研究论文 | 通过多组学分析鉴定PDZ结合激酶(PBK)作为肝细胞癌的新型预后生物标志物 | 首次发现PBK通过三种协同机制驱动HCC进展:促进致癌突变积累、增加转移潜力和重编程免疫抑制微环境 | 研究基于TCGA数据库和细胞系验证,需要更多临床样本验证 | 鉴定肝细胞癌的新型免疫治疗靶点和预后生物标志物 | 肝细胞癌患者和Huh7肝癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 差异表达筛选, siRNA敲低, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA-LIHC队列和Huh7细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5490 | 2025-10-06 |
Integrated Transcriptomic Analysis Provided Diagnostic and Pathophysiological Insights for Epilepsy
2025, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/jimr/5925485
PMID:40697415
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组数据分析,识别了与癫痫相关的关键基因并构建了诊断模型 | 首次整合多个癫痫数据集和单细胞测序数据,识别出四个关键基因并构建具有良好区分能力的诊断模型 | 研究基于公共数据库的现有数据,缺乏实验验证和独立队列验证 | 探索癫痫的分子诊断标志物和病理生理机制 | 癫痫患者的转录组数据 | 生物信息学 | 癫痫 | 转录组测序, 单细胞测序, 差异表达分析, 蛋白互作网络分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 两个癫痫数据集(GSE143272和GSE32534)和一个单细胞测序数据集(GSE201048) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5491 | 2025-10-06 |
Mechanistic Insights into Shenzhuo Formula for Diabetic Retinopathy: Integrating UPLC-Q-TOF-MS/MS, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing Data, and Experimental Validation
2025, Drug design, development and therapy
DOI:10.2147/DDDT.S505055
PMID:40698062
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研究论文 | 本研究整合多种技术方法探究参术方治疗糖尿病视网膜病变的作用机制 | 首次结合UPLC-Q-TOF-MS/MS、网络药理学、单细胞RNA测序数据和实验验证系统研究参术方治疗糖尿病视网膜病变的机制 | 需要进一步的实验验证来确认具体作用机制 | 探究参术方治疗糖尿病视网膜病变的作用机制 | db/db糖尿病模型小鼠和临床样本数据 | 生物医学研究 | 糖尿病视网膜病变 | UPLC-Q-TOF-MS/MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 免疫荧光染色 | 动物模型 | 质谱数据, 单细胞转录组数据, 影像数据, 病理数据 | db/db小鼠模型和GSE245561数据集临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱分析 | NA | NA |
| 5492 | 2025-10-06 |
POSTN is exclusively activated in cancer-associated fibroblasts and leads to unfavorable prognosis of patients with gastric cancer
2025-Sep, Molecular and clinical oncology
IF:1.4Q4
DOI:10.3892/mco.2025.2877
PMID:40692747
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研究论文 | 本研究通过分析胃癌肿瘤微环境,发现POSTN在癌症相关成纤维细胞中特异性激活并与不良预后相关 | 首次揭示POSTN在胃癌CAFs中特异性高表达,并受YAP1/TEAD1共转录因子直接调控 | 研究主要基于公共数据库和免疫组化数据,需要进一步实验验证机制 | 探索胃癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的分子标志物及其在耐药性中的作用 | 胃癌患者肿瘤样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据,组织染色图像 | 内部队列胃癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5493 | 2025-10-06 |
Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era
2025-Aug, Molecular ecology
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/mec.17378
PMID:38721834
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综述 | 探讨基因组时代新技术对非模式生物基因表达研究的潜在影响 | 提出将长读长测序和单细胞RNA测序技术整合应用于生态基因组学研究的新视角 | NA | 评估新兴基因组技术对非模式生物基因表达研究的推动作用 | 非模式生物的基因表达研究 | 生态基因组学 | NA | 长读长测序, 单细胞RNA测序, 传统RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 5494 | 2025-10-06 |
NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells
2025-Aug, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014
PMID:39733935
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研究论文 | 本研究揭示NFATc1通过促进CD8+T细胞向Tc17细胞分化来增强过敏性接触性皮炎反应 | 首次发现NFATc1通过调控CD8+T细胞分化命运,促进Tc17细胞生成并加重过敏性接触性皮炎 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究NFATc1在过敏性接触性皮炎发病机制中的作用 | 小鼠CD8+T细胞和过敏性接触性皮炎模型 | 免疫学 | 过敏性接触性皮炎 | 单细胞RNA测序,细胞极化实验,过继转移实验 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 野生型和Nfatc1条件性敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5495 | 2025-10-06 |
Long-Term High-Fat Diet Affected Bone Marrow Microenvironment During Aging at Single-Cell Resolution
2025-Aug, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70276
PMID:40692664
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示长期高脂饮食对衰老过程中骨髓微环境的影响 | 首次在单细胞分辨率下系统阐明长期高脂饮食通过骨髓微环境加速衰老的机制,发现骨髓巨噬细胞中Chil3和Fabp4上调及Ptn-Sdc3、Cxcl12-Cxcr4轴等新型信号通路 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究长期高脂饮食如何通过影响骨髓微环境加速衰老过程 | 长期高脂饮食喂养的衰老小鼠模型及其骨髓细胞 | 单细胞组学 | 骨质疏松 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | LHA小鼠模型的骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5496 | 2025-10-06 |
Generation of Porcine Blastoids from Embryonic Stem Cells
2025-Jul-25, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_651
PMID:40705202
|
研究论文 | 本研究开发了一种从猪胚胎干细胞生成类囊胚结构的方法 | 建立了首个猪胚胎干细胞来源的类囊胚三维两步分化策略 | NA | 开发大动物胚胎发育研究模型以加速育种进程 | 猪胚胎干细胞和类囊胚结构 | 发育生物学 | NA | 三维分化策略、单细胞转录组分析 | NA | 形态学数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5497 | 2025-10-06 |
Prognostic significance of somatic mutations in myeloid cells of men with chronic heart failure - interaction between loss of Y chromosome and clonal haematopoiesis
2025-Jul-24, European journal of heart failure
IF:16.9Q1
DOI:10.1002/ejhf.3778
PMID:40702883
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研究论文 | 本研究探讨了男性慢性心力衰竭患者中Y染色体缺失和克隆性造血相关体细胞突变的预后意义 | 首次揭示了Y染色体缺失与DNMT3A/TET2突变在慢性心力衰竭中的协同作用及其对单核细胞促纤维化信号通路的影响 | 研究仅针对男性患者,样本量相对有限,需要更大规模的研究验证 | 评估Y染色体缺失和克隆性造血突变在慢性心力衰竭患者中的预后价值 | 781名男性慢性心力衰竭患者 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因突变分析 | 预后分析模型 | 基因组数据,临床数据 | 781名男性慢性心力衰竭患者,包含验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5498 | 2025-10-06 |
Enhancing and accelerating cell type deconvolution of large-scale spatial transcriptomics slices with dual network model
2025-Jul-24, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf419
PMID:40704686
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研究论文 | 提出一种基于双网络模型的快速细胞类型反卷积算法jMF2D,用于增强大规模空间转录组切片的细胞类型解析 | 通过联合学习细胞类型相似性网络来桥接scRNA-seq和空间转录组数据,提高细胞类型特征的准确性,同时节省约90%的运行时间 | NA | 开发快速准确的细胞类型反卷积算法以分析空间转录组数据 | 空间转录组切片中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 非负矩阵分解,网络模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 5499 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of Murine Limbal Epithelia Reveals Gas1 as a Novel Stem/Progenitor Cell Marker for the Corneal Epithelium
2025-Jul-24, Cornea
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/ICO.0000000000003938
PMID:40704715
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术鉴定小鼠角膜缘上皮中Gas1作为角膜上皮干细胞/祖细胞的新型标志物 | 首次发现Gas1可作为角膜缘上皮干细胞的特异性表面标志物,为干细胞分离和富集提供新工具 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证 | 鉴定角膜缘上皮干细胞的特异性标志物 | 小鼠角膜缘上皮细胞 | 单细胞测序 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光, PCR | NA | 单细胞转录组数据 | 5-60周龄小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | SmartSeq-2 | SmartSeq-2单细胞转录组测序技术 |
| 5500 | 2025-10-06 |
Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair
2025-Jul-23, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb00706b
PMID:40566954
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研究论文 | 本研究开发了一种脱细胞小肠水凝胶递送系统,用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞,通过免疫调节和组织修复缓解小鼠结肠炎 | 首次将脱细胞小肠水凝胶与骨髓间充质干细胞结合,通过直肠靶向给药治疗结肠炎,展现出优于传统PLGA-PEG-PLGA水凝胶的生物活性和治疗效果 | 需要进一步研究水凝胶与干细胞的相互作用机制,优化给药方案,并通过单细胞RNA测序阐明免疫调节机制 | 开发有效的炎症性肠病治疗策略 | 小鼠结肠炎模型和大鼠骨髓间充质干细胞 | 组织工程与再生医学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |