本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5481 | 2025-10-06 |
MIF-mediated crosstalk between THRSP + hepatocytes and CD74 + lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH
2025-Jun-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001429
PMID:40590856
|
研究论文 | 本研究揭示了THRSP+肝细胞通过MIF介导与CD74+脂质相关巨噬细胞在肝脏门静脉区的相互作用驱动MASH进展的机制 | 首次发现THRSP通过促进肝内新生脂肪生成和抑制FASN泛素化来驱动MASH进展,并阐明MIF介导的肝细胞与巨噬细胞空间串扰机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)进展的空间分区机制 | MASH小鼠模型和MASH患者肝脏组织 | 空间转录组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 空间转录组学, CellPhoneDB分析, 基因过表达/敲除实验 | NA | 空间转录组数据, 基因表达数据 | MASH小鼠和患者肝脏样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5482 | 2025-10-06 |
MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT
2025-May-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60295-2
PMID:40450001
|
研究论文 | 开发用于单细胞RNA测序分析的MACanalyzeR工具,揭示PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织产热扩张中的作用 | 开发了专门用于单核细胞/巨噬细胞代谢谱分析的scRNAseq工具MACanalyzeR,并首次发现Pparg脂质相关巨噬细胞通过分泌GDF15调节棕色脂肪组织稳态 | 研究仅使用雄性小鼠模型,未涉及雌性动物或人类样本 | 探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能和代谢调节中的作用机制 | 肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织 | 单细胞转录组学 | 肥胖代谢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两种肥胖小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5483 | 2025-10-06 |
Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.05.636743
PMID:39975302
|
研究论文 | 本研究通过食蟹猴模型揭示慢性酒精摄入增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力 | 首次在灵长类动物模型中证实慢性酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的转录组和表观基因组,增强其向破骨细胞前体分化的能力 | 研究仅使用食蟹猴模型,尚未在人类中验证;样本规模有限 | 探究慢性酒精摄入如何影响造血干细胞和祖细胞向破骨细胞的分化能力 | 食蟹猴的造血干细胞和祖细胞及其分化的破骨细胞前体 | 单细胞组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,光谱流式细胞术,TRAP染色 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 食蟹猴模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5484 | 2025-10-06 |
Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1611951
PMID:40741331
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析肝细胞癌肿瘤巢中心与边缘区域肿瘤细胞的转录组和基因组特征差异 | 首次在空间维度系统比较肝细胞癌肿瘤巢中心与边缘区域的转录组异质性和拷贝数变异特征 | 样本量较小(8例患者,19个样本),仅基于空间转录组数据 | 探究肝细胞癌肿瘤巢空间异质性的生物学特征 | 肝细胞癌患者的肿瘤巢和肝纤维化结节 | 空间转录组学 | 肝细胞癌 | 空间转录组学,拷贝数变异分析,基因本体富集分析 | inferCNV | 空间转录组数据,病理组织切片 | 8例肝细胞癌患者的19个空间转录组样本,包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5485 | 2025-10-06 |
Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1499121
PMID:40741411
|
研究论文 | 通过生物信息学分析STC1表达与胃癌免疫浸润的关系 | 首次系统评估STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润和T细胞耗竭的关联 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 评估STC1作为胃癌免疫治疗靶点的潜力 | 胃癌组织和癌旁组织 | 生物信息学 | 胃癌 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序, ssGSEA, TIMER, GSEA | Cox回归分析 | 基因表达数据 | TCGA-STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 5486 | 2025-10-06 |
Identification of CTSC-driven progression in ESCC by single-cell sequencing and experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1585139
PMID:40740774
|
研究论文 | 通过单细胞测序和实验验证识别CTSC在食管鳞癌进展中的驱动作用 | 整合三个单细胞数据集揭示食管鳞癌恶性细胞亚型与凋亡途径的关联,首次发现CTSC基因表达与免疫治疗耐药性相关 | 样本量相对有限(18个样本),需要在更大队列中验证CTSC的预后价值 | 研究食管鳞癌肿瘤微环境并构建基于凋亡相关基因的风险特征模型 | 食管鳞癌患者组织样本和细胞系 | 数字病理学 | 食管鳞癌 | 单细胞测序, 免疫组化, 体外实验, 体内实验 | COX回归风险模型, 伪时间分析 | 单细胞RNA测序数据, 免疫组化图像, 实验数据 | 18个样本共92,714个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5487 | 2025-10-06 |
Identification of a stromal immunosuppressive barrier orchestrated by SPP1+/C1QC+ macrophages and CD8+ exhausted T cells driving gastric cancer immunotherapy resistance
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618591
PMID:40740771
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据,揭示了胃癌中由SPP1+/C1QC+巨噬细胞和CD8+耗竭T细胞主导的基质免疫抑制屏障 | 首次在胃癌中发现由特定巨噬细胞亚群和耗竭T细胞协同形成的免疫抑制屏障网络,并揭示了MIF信号轴在其中起关键作用 | 研究队列规模有限,需要更大样本验证;机制研究仍需进一步实验证实 | 探索胃癌免疫治疗抵抗的细胞相互作用网络和分子机制 | 胃癌患者免疫细胞及其相互作用网络 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序,免疫荧光 | 无监督聚类分析 | 基因表达数据,空间分布数据 | NFHGC队列(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
| 5488 | 2025-10-06 |
Integrated multi-omics and machine learning reveal an immunogenic cell death-related signature for prognostic stratification and therapeutic optimization in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1606874
PMID:40740776
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了一个免疫原性细胞死亡相关特征用于结直肠癌的预后分层和治疗优化 | 整合单细胞RNA测序和批量转录组数据,通过评估101种机器学习组合构建了优化的11基因ICD相关特征,并发现了一个新型巨噬细胞亚型SPP1/SLC11A1 | 需要未来的验证研究来指导个性化治疗策略 | 系统表征免疫原性细胞死在结直肠癌中的预后意义和治疗潜力 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | StepCox [forward], RSF | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5489 | 2025-10-06 |
Integrative spatial and single-cell transcriptomics elucidate programmed cell death-driven tumor microenvironment dynamics in hepatocellular carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1589563
PMID:40740783
|
研究论文 | 本研究开发了程序性细胞死亡评分预测模型,用于评估肝细胞癌预后并阐明肿瘤微环境差异 | 整合空间转录组学和单细胞转录组学分析,首次构建PCD评分模型并揭示UBE2E1作为关键致癌标志物 | 回顾性研究设计,样本量有限,需要进一步验证 | 开发程序性细胞死亡评分模型评估肝细胞癌预后并分析肿瘤微环境差异 | 肝细胞癌患者和肿瘤微环境细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 体外实验 | 预测模型 | 转录组数据 | TCGA数据库363例患者 + GEO数据库221例患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5490 | 2025-10-06 |
Deciphering spatially confined immune evasion niches in osteosarcoma with 3-D spatial transcriptomics: a literature review
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1640645
PMID:40740859
|
文献综述 | 通过三维空间转录组学技术解析骨肉瘤中空间受限的免疫逃逸生态位 | 首次系统整合三维空间转录组学技术揭示骨肉瘤中多层次免疫逃逸微环境的空间组织结构 | NA | 阐明骨肉瘤免疫逃逸机制并探索空间指导的联合治疗策略 | 骨肉瘤肿瘤微环境及其空间组织结构 | 空间转录组学 | 骨肉瘤 | 三维空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 基于条形码的转录本捕获与体积重建技术 |
| 5491 | 2025-10-06 |
Natural killer cell as a potential predictive biomarker for early immune checkpoint inhibitor-associated cardiovascular adverse events: a retrospective cohort study
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1556373
PMID:40740863
|
研究论文 | 本研究探讨外周免疫细胞对免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的预测价值 | 首次发现基线NK细胞比例可作为早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的潜在预测生物标志物 | 回顾性研究设计,样本量有限,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 评估外周免疫细胞在预测早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件中的价值 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的癌症患者 | 生物医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,倾向评分匹配,受试者工作特征曲线分析 | 逻辑回归模型 | 单细胞RNA测序数据,临床数据 | 203名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5492 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Analysis Combined with Machine Learning Identified FABP4 in Smooth Muscle Cells as a Pathogenic Factor in Atherosclerosis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519114
PMID:40740974
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和机器学习方法,识别出平滑肌细胞中的FABP4作为动脉粥样硬化的致病因子 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习技术鉴定出与动脉粥样硬化相关的Scissor+平滑肌细胞亚群,并发现FABP4作为关键致病因子 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,需要进一步体内实验验证 | 探索平滑肌细胞在动脉粥样硬化发病机制中的作用并寻找治疗靶点 | 平滑肌细胞(SMCs),特别是与动脉粥样硬化相关的Scissor+ SMCs亚群 | 生物信息学,机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,机器学习,qRT-PCR,药物预测 | LASSO回归,随机森林,支持向量机 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 475个Scissor+ SMCs和1363个Scissor- SMCs,来自多个公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5493 | 2025-10-06 |
High fat diet-induced loss of pituitary plasticity in aging female mice with ablated leptin signaling in somatotropes
2025, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2025.1617109
PMID:40741169
|
研究论文 | 本研究探讨高脂饮食对缺乏生长激素细胞瘦素受体的老年雌性小鼠垂体转录组功能的影响 | 首次揭示高脂饮食通过下调翻译调控通路和减少多潜能细胞表达来损害垂体可塑性 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类中验证;样本量相对有限 | 研究高脂饮食对缺乏生长激素细胞瘦素受体的老年雌性小鼠垂体功能的影响 | 10月龄缺乏生长激素细胞瘦素受体的雌性小鼠及其同窝对照小鼠 | 单细胞转录组学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序,代谢笼监测,葡萄糖耐量测试 | NA | 单细胞转录组数据,血清激素数据 | 老年雌性突变小鼠和对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5494 | 2025-10-06 |
Endothelial Tgfbr2 Deficiency Ameliorate Liver Fibrosis Through Regulating Angiocrine Signalling and Macrophage Accumulation
2025-Sep, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70227
PMID:40747899
|
研究论文 | 本研究探讨了肝窦内皮细胞中TGF-β信号通过调节血管分泌信号和巨噬细胞积累在肝纤维化中的作用 | 首次揭示内皮细胞特异性Tgfbr2缺失通过调节血管分泌信号和巨噬细胞趋化改善肝纤维化的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化价值需进一步验证 | 研究肝窦内皮细胞中TGF-β信号在肝纤维化进程中的具体作用机制 | 肝窦内皮细胞、巨噬细胞、肝纤维化小鼠模型 | 单细胞基因组学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序, RNA测序, qPCR, western blotting, 流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像, 流式细胞数据 | 健康个体和肝硬化患者的单细胞RNA测序数据集, 内皮细胞特异性Tgfbr2敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 5495 | 2025-10-06 |
Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 12A Enhances Retinal Ganglion Cell Survival and Promotes Axon Regeneration
2025-Aug-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202500988RR
PMID:40747811
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现Tnfrsf12a/Fn14能增强视网膜神经节细胞存活并促进轴突再生 | 首次发现Tnfrsf12a/Fn14在αRGCs/ipRGCs中富集于轴突再生相关生物过程,并证实其双重神经保护和再生功能 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在更高等哺乳动物验证 | 探索增强视网膜神经节细胞存活和轴突再生的转录通路 | 小鼠视网膜神经节细胞 | 神经科学 | 视神经损伤 | 单细胞RNA测序,AAV病毒载体,免疫染色,电生理记录 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据,电生理数据 | 小鼠视神经损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5496 | 2025-10-06 |
A primer on single-cell RNA-seq analysis using dendritic cells as a case study
2025-Jul, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.15009
PMID:39245787
|
综述 | 本文以树突状细胞为例,为免疫学家提供单细胞RNA测序分析的全面入门指南 | 通过树突状细胞这一典型免疫细胞案例,系统整合单细胞转录组学分析工具与方法,填补了该领域实践指导的空白 | 作为入门指南未涉及高级分析方法,且主要聚焦于树突状细胞这一特定细胞类型 | 为免疫学家提供单细胞转录组学分析的实践指导,促进该技术在免疫学研究中的应用 | 树突状细胞及其亚群 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5497 | 2025-10-06 |
When is prostate cancer really cancer?
2025-Mar-01, Journal of the National Cancer Institute
DOI:10.1093/jnci/djae200
PMID:39350309
|
综述 | 探讨前列腺癌分级组1是否应被归类为癌症的国际研讨会观点总结 | 提出基于空间转录组学证据重新定义前列腺癌诊断标准,挑战传统病理学分类 | 患者在没有癌症诊断情况下是否愿意接受持续监测尚不明确 | 降低前列腺癌死亡率同时减少过度诊断和过度治疗带来的危害 | 前列腺癌分级组1的诊断标准和临床意义 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 组织切片 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5498 | 2025-10-06 |
Generating Neuroimmune Assembloids Using Human Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Derived Cortical Organoids and Microglia
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2024_554
PMID:38976205
|
研究论文 | 开发了一种利用人诱导多能干细胞衍生的皮质类器官和小胶质细胞生成神经免疫组装体的新方法 | 首次将小胶质细胞整合到皮质类器官中形成神经免疫组装体,确保小胶质细胞的长期存活和成熟 | 未明确说明组装体的长期稳定性和功能验证的充分性 | 建立包含免疫细胞的脑类器官模型以研究神经系统疾病 | 人诱导多能干细胞衍生的皮质类器官和小胶质细胞 | 干细胞与类器官技术 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序,免疫染色,冷冻切片 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5499 | 2025-10-06 |
Unveiling the Immune Landscape of Delirium through Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning: Towards Precision Diagnosis and Therapy
2025-Jan, Psychogeriatrics : the official journal of the Japanese Psychogeriatric Society
IF:1.7Q3
DOI:10.1111/psyg.13233
PMID:39814058
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和机器学习揭示谵妄免疫景观,探索PI3K-Akt信号通路基因作为生物标志物的潜力 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习方法系统分析术后谵妄的免疫分子机制 | 样本量相对有限(30例患者和30例对照),需要更大规模研究验证 | 识别术后谵妄的预测和诊断生物标志物 | 术后谵妄患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR | 六种机器学习模型 | 基因表达数据 | 60个样本(30例患者和30例对照) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 5500 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic profiling uncovers cellular complexity and microenvironment in gastric tumorigenesis associated with Helicobacter pylori
2025-Aug, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.10.012
PMID:39414226
|
研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示幽门螺杆菌相关胃肿瘤发生过程中的细胞异质性和微环境特征 | 首次构建了涵盖胃炎、肠上皮化生和胃癌的胃肿瘤发生单细胞图谱,揭示了不同细胞谱系的癌症相关表达特征和细胞间通讯网络 | 样本量相对有限(18例标本),需要在更大队列中验证发现 | 解析幽门螺杆菌驱动的胃肿瘤发生过程中的细胞异质性和分子机制 | 人类胃组织标本(胃炎、胃肠上皮化生和胃癌) | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,免疫组化,qRT-PCR,生物信息学分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织学数据,公共数据库数据 | 18例胃组织标本(胃炎、胃肠上皮化生和胃癌),另有人类胃组织验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |